Changeset 46f798f in sasview for src/sas/sascalc/dataloader/readers


Ignore:
Timestamp:
Feb 28, 2017 12:05:36 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Children:
13043af, 0d64713
Parents:
587ce8c (diff), c221349 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Jeff Krzywon <krzywon@…> (02/28/17 12:05:36)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (02/28/17 12:05:36)
Message:

Merge pull request #31 from SasView?/sesans41

Sesans integration into sasview.

Location:
src/sas/sascalc/dataloader/readers
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    r250fec92 rad4632c  
    133133               "variable" : None, 
    134134               "children" : {"Idata" : SASDATA_IDATA, 
     135                             "Sesans": {"storeas": "content"}, 
     136                             "zacceptance": {"storeas": "float"}, 
    135137                             "<any>" : ANY 
    136138                            } 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rbcabf4e rc221349  
    261261                # I and Q - 1D data 
    262262                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    263                     self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     263                    unit_list = unit.split("|") 
     264                    if len(unit_list) > 1: 
     265                        self.current_dataset.yaxis(unit_list[0].strip(), 
     266                                                   unit_list[1].strip()) 
     267                    else: 
     268                        self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    264269                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    265270                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    266271                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    267272                elif tagname == 'Q': 
    268                     self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     273                    unit_list = unit.split("|") 
     274                    if len(unit_list) > 1: 
     275                        self.current_dataset.xaxis(unit_list[0].strip(), 
     276                                                   unit_list[1].strip()) 
     277                    else: 
     278                        self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    269279                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    270280                elif tagname == 'Qdev': 
    … …  
    278288                elif tagname == 'Shadowfactor': 
    279289                    pass 
     290                elif tagname == 'Sesans': 
     291                    self.current_datainfo.isSesans = bool(data_point) 
     292                elif tagname == 'zacceptance': 
     293                    self.current_datainfo.sample.zacceptance = (data_point, unit) 
    280294 
    281295                # I and Qx, Qy - 2D data 
    … …  
    10201034            node.append(point) 
    10211035            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    1022                             {'unit': datainfo.x_unit}) 
     1036                            {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
    10231037            if len(datainfo.y) >= i: 
    10241038                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    1025                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
     1039                                {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
    10261040            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    10271041                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    1028                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
     1042                                {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
    10291043            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    10301044                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    1031                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     1045                                {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
    10321046            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    10331047                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    1034                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     1048                                {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
    10351049            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    10361050                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    1037                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     1051                                {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     1052        if datainfo.isSesans: 
     1053            sesans = self.create_element("Sesans") 
     1054            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
     1055            node.append(sesans) 
     1056            self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
     1057                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
     1058 
    10381059 
    10391060    def _write_data_2d(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r9525358 r7caf3e5  
    88import numpy 
    99import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import SESANSData1D 
     10from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    1111 
    1212# Check whether we have a converter available 
    … …  
    5959                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    6060                buff = input_f.read() 
    61 #                print buff 
    6261                lines = buff.splitlines() 
    63 #                print lines 
    64                 #Jae could not find python universal line spliter: 
    65                 #keep the below for now 
    66                 # some ascii data has \r line separator, 
    67                 # try it when the data is on only one long line 
    68 #                if len(lines) < 2 : 
    69 #                    lines = buff.split('\r') 
    70                   
    7162                x  = numpy.zeros(0) 
    7263                y  = numpy.zeros(0) 
    … …  
    8374                tdlam = numpy.zeros(0) 
    8475                tdx = numpy.zeros(0) 
    85 #                print "all good" 
    86                 output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam) 
    87 #                print output                 
     76                output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    8877                self.filename = output.filename = basename 
    8978 
    90 #                #Initialize counters for data lines and header lines. 
    91 #                is_data = False  # Has more than 5 lines 
    92 #                # More than "5" lines of data is considered as actual 
    93 #                # data unless that is the only data 
    94 #                mum_data_lines = 5 
    95 #                # To count # of current data candidate lines 
    96 #                i = -1 
    97 #                # To count total # of previous data candidate lines 
    98 #                i1 = -1 
    99 #                # To count # of header lines 
    100 #                j = -1 
    101 #                # Helps to count # of header lines 
    102 #                j1 = -1 
    103 #                #minimum required number of columns of data; ( <= 4). 
    104 #                lentoks = 2 
    10579                paramnames=[] 
    10680                paramvals=[] 
    … …  
    11185                Pvals=[] 
    11286                dPvals=[] 
    113 #                print x 
    114 #                print zvals 
     87 
    11588                for line in lines: 
    11689                    # Initial try for CSV (split on ,) 
    … …  
    12295                    if len(toks)>5: 
    12396                        zvals.append(toks[0]) 
    124                         dzvals.append(toks[1]) 
    125                         lamvals.append(toks[2]) 
    126                         dlamvals.append(toks[3]) 
    127                         Pvals.append(toks[4]) 
    128                         dPvals.append(toks[5]) 
     97                        dzvals.append(toks[3]) 
     98                        lamvals.append(toks[4]) 
     99                        dlamvals.append(toks[5]) 
     100                        Pvals.append(toks[1]) 
     101                        dPvals.append(toks[2]) 
    129102                    else: 
    130103                        continue 
    … …  
    140113                default_z_unit = "A" 
    141114                data_conv_P = None 
    142                 default_p_unit = " " 
     115                default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    143116                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
     117                if lam_unit == 'AA': 
     118                    lam_unit = 'A' 
    144119                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    145120                valrange=range(1, len(zvals)) 
    … …  
    161136                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    162137                output.y = y 
     138                output.y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added 
    163139                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    164140                output.dy = dy 
    165141                output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit) 
    166142                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
     143                 
     144                output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit) 
     145                output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
    167146 
    168                 output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit) 
    169                 output.yaxis(r"\rm{P/P0}", output.y_unit) 
    170147                # Store loading process information 
    171148                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    172                 output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
     149                #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    173150                output.sample.name = paramvals[1] 
    174151                output.sample.ID = paramvals[0] 
    175152                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    176153                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    177                 if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1': 
     154                if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == r'\A^-1': 
    178155                    zaccept_unit = "1/A" 
    179156                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
    180                 output.vars=varheader 
     157                output.vars = varheader 
    181158 
    182159                if len(output.x) < 1: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.