source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py @ 250fec92

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 250fec92 was 250fec92, checked in by krzywon, 3 years ago

Closes #596: Major rewrite to canSAS XML reader to create separate Data1D objects for each SASdata. Also fixed a few bugs that were present in the reader, that were not caught until now.

  • Property mode set to 100644
File size: 20.1 KB
Line 
1"""
2Information relating to the CanSAS data format. These constants are used in
3the cansas_reader.py file to read in any version of the cansas format.
4"""
5class CansasConstants(object):
6    """
7    The base class to define where all of the data is to be saved by
8    cansas_reader.py.
9    """
10    names = ''
11    format = ''
12
13    def __init__(self):
14        self.names = self.CANSAS_NS
15        self.format = self.CANSAS_FORMAT
16
17    def iterate_namespace(self, namespace):
18        """
19        Method to iterate through a cansas constants tree based on a list of
20        names
21
22        :param namespace: A list of names that match the tree structure of
23            cansas_constants
24        """
25        # The current level to look through in cansas_constants.
26        return_me = CurrentLevel()
27        return_me.current_level = self.CANSAS_FORMAT.get("SASentry")
28        # Defaults for variable and datatype
29        return_me.ns_datatype = "content"
30        return_me.ns_optional = True
31        for name in namespace:
32            try:
33                if name != "SASentry":
34                    return_me.current_level = \
35                        return_me.current_level.get("children").get(name, "")
36                    if return_me.current_level == "":
37                        return_me.current_level = \
38                                return_me.current_level.get("<any>", "")
39                    cl_datatype = return_me.current_level.get("storeas", "")
40                    cl_units_optional = \
41                             return_me.current_level.get("units_optional", "")
42                    # Where are how to store the variable for the given
43                    # namespace CANSAS_CONSTANTS tree is hierarchical, so
44                    # is no value, inherit
45                    return_me.ns_datatype = cl_datatype if cl_datatype != "" \
46                        else return_me.ns_datatype
47                    return_me.ns_optional = cl_units_optional if \
48                        cl_units_optional != return_me.ns_optional \
49                                        else return_me.ns_optional
50            except AttributeError:
51                return_me.ns_datatype = "content"
52                return_me.ns_optional = True
53        return return_me
54
55    def get_namespace_map(self):
56        """
57        Helper method to get the names namespace list
58        """
59        return self.names
60
61    # CANSAS_NS holds the base namespace and default schema file information
62    CANSAS_NS = {"1.0" : {"ns" : "cansas1d/1.0",
63                          "schema" : "cansas1d_v1_0.xsd"
64                         },
65                 "1.1" : {"ns" : "urn:cansas1d:1.1",
66                          "schema" : "cansas1d_v1_1.xsd"
67                         }
68                }
69
70    # The constants below hold information on where to store the CanSAS data
71    # when loaded in using sasview
72    ANY = {"storeas" : "content"}
73    TITLE = {}
74    SASNOTE = {}
75    SASPROCESS_TERM = {"attributes" : {"unit" : {}, "name" : {}}}
76    SASPROCESS_SASPROCESSNOTE = {"children" : {"<any>" : ANY}}
77    SASPROCESS = {"children" : {"name" : {},
78                                "date" : {},
79                                "description" : {},
80                                "term" : SASPROCESS_TERM,
81                                "SASprocessnote" : SASPROCESS_SASPROCESSNOTE,
82                                "<any>" : ANY
83                               },
84                 }
85    RUN = {"attributes" : {"name" :{}}}
86    SASDATA_IDATA_Q = {"units_optional" : False,
87                       "storeas" : "float",
88                        "unit" : "x_unit",
89                       "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
90                      }
91    SASDATA_IDATA_I = {"units_optional" : False,
92                       "storeas" : "float",
93                        "unit" : "y_unit",
94                       "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
95                      }
96    SASDATA_IDATA_IDEV = {"units_optional" : False,
97                          "storeas" : "float",
98                          "unit" : "y_unit",
99                          "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
100                         }
101    SASDATA_IDATA_QDEV = {"units_optional" : False,
102                          "storeas" : "float",
103                          "unit" : "x_unit",
104                          "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
105                         }
106    SASDATA_IDATA_DQL = {"units_optional" : False,
107                         "storeas" : "float",
108                         "unit" : "x_unit",
109                         "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
110                        }
111    SASDATA_IDATA_DQW = {"units_optional" : False,
112                         "storeas" : "float",
113                         "unit" : "x_unit",
114                         "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}},
115                        }
116    SASDATA_IDATA_QMEAN = {"unit" : "x_unit",
117                           "attributes" : {"unit" : {}},
118                          }
119    SASDATA_IDATA_SHADOWFACTOR = {}
120    SASDATA_IDATA = {"attributes" : {"name" : {},"timestamp" : {"storeas" : "timestamp"}},
121                     "children" : {"Q" : SASDATA_IDATA_Q,
122                                   "I" : SASDATA_IDATA_I,
123                                   "Idev" : SASDATA_IDATA_IDEV,
124                                   "Qdev" : SASDATA_IDATA_QDEV,
125                                   "dQw" : SASDATA_IDATA_DQW,
126                                   "dQl" : SASDATA_IDATA_DQL,
127                                   "Qmean" : SASDATA_IDATA_QMEAN,
128                                   "Shadowfactor" : SASDATA_IDATA_SHADOWFACTOR,
129                                   "<any>" : ANY
130                                  }
131                    }
132    SASDATA = {"attributes" : {"name" : {}},
133               "variable" : None,
134               "children" : {"Idata" : SASDATA_IDATA,
135                             "<any>" : ANY
136                            }
137              }
138    SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA = {"storeas" : "float",
139                                 "unit" : "wavelength_unit",
140                                 "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}
141                                }
142    SASTRANSSPEC_TDATA_T = {"storeas" : "float",
143                            "unit" : "transmission_unit",
144                            "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}
145                           }
146    SASTRANSSPEC_TDATA_TDEV = {"storeas" : "float",
147                               "unit" : "transmission_deviation_unit",
148                               "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"}}
149                              }
150    SASTRANSSPEC_TDATA = {"children" : {"Lambda" : SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA,
151                                        "T" : SASTRANSSPEC_TDATA_T,
152                                        "Tdev" : SASTRANSSPEC_TDATA_TDEV,
153                                        "<any>" : ANY,
154                                       }
155                         }
156    SASTRANSSPEC = {"children" : {"Tdata" : SASTRANSSPEC_TDATA,
157                                  "<any>" : ANY,
158                                 },
159                    "attributes" : {"name" :{}, "timestamp" : {},}
160                   }
161    SASSAMPLE_THICK = {"unit" : "thickness_unit",
162                       "storeas" : "float",
163                       "attributes" : {"unit" :{}},
164                      }
165    SASSAMPLE_TRANS = {"storeas" : "float",}
166    SASSAMPLE_TEMP = {"unit" : "temperature_unit",
167                      "storeas" : "float",
168                      "attributes" :{"unit" :{}},
169                     }
170    SASSAMPLE_POS_ATTR = {"unit" : {}}
171    SASSAMPLE_POS_X = {"unit" : "position_unit",
172                       "storeas" : "float",
173                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR
174                      }
175    SASSAMPLE_POS_Y = {"unit" : "position_unit",
176                       "storeas" : "float",
177                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR
178                      }
179    SASSAMPLE_POS_Z = {"unit" : "position_unit",
180                       "storeas" : "float",
181                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR
182                      }
183    SASSAMPLE_POS = {"children" : {"x" : SASSAMPLE_POS_X,
184                                   "y" : SASSAMPLE_POS_Y,
185                                   "z" : SASSAMPLE_POS_Z,
186                                  },
187                    }
188    SASSAMPLE_ORIENT_ATTR = {"unit" :{}}
189    SASSAMPLE_ORIENT_ROLL = {"unit" : "orientation_unit",
190                             "storeas" : "float",
191                             "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR
192                            }
193    SASSAMPLE_ORIENT_PITCH = {"unit" : "orientation_unit",
194                              "storeas" : "float",
195                              "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR
196                             }
197    SASSAMPLE_ORIENT_YAW = {"unit" : "orientation_unit",
198                            "storeas" : "float",
199                            "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR
200                           }
201    SASSAMPLE_ORIENT = {"children" : {"roll" : SASSAMPLE_ORIENT_ROLL,
202                                      "pitch" : SASSAMPLE_ORIENT_PITCH,
203                                      "yaw" : SASSAMPLE_ORIENT_YAW,
204                                     },
205                       }
206    SASSAMPLE = {"attributes" :
207                 {"name" : {},},
208                 "children" : {"ID" : {},
209                               "thickness" : SASSAMPLE_THICK,
210                               "transmission" : SASSAMPLE_TRANS,
211                               "temperature" : SASSAMPLE_TEMP,
212                               "position" : SASSAMPLE_POS,
213                               "orientation" : SASSAMPLE_ORIENT,
214                               "details" : {},
215                               "<any>" : ANY
216                              },
217                }
218    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR = {"unit" : ""}
219    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_X = {"unit" : "beam_size_unit",
220                               "storeas" : "float",
221                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR
222                              }
223    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Y = {"unit" : "beam_size_unit",
224                               "storeas" : "float",
225                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR
226                              }
227    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Z = {"unit" : "beam_size_unit",
228                               "storeas" : "float",
229                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR
230                              }
231    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE = {"attributes" : {"name" : {}},
232                             "children" : {"x" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_X,
233                                           "y" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Y,
234                                           "z" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Z,
235                                          }
236                            }
237    SASINSTR_SRC_WL = {"unit" : "wavelength_unit",
238                       "storeas" : "float",
239                       "attributes" : {"unit" :{},
240                       }
241                      }
242    SASINSTR_SRC_WL_MIN = {"unit" : "wavelength_min_unit",
243                           "storeas" : "float",
244                           "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"},}
245                          }
246    SASINSTR_SRC_WL_MAX = {"unit" : "wavelength_max_unit",
247                           "storeas" : "float",
248                           "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"},}
249                          }
250    SASINSTR_SRC_WL_SPR = {"unit" : "wavelength_spread_unit",
251                           "storeas" : "float",
252                           "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"},}
253                          }
254    SASINSTR_SRC = {"attributes" : {"name" : {}},
255                    "children" : {"radiation" : {},
256                                  "beam_size" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE,
257                                  "beam_shape" : {},
258                                  "wavelength" : SASINSTR_SRC_WL,
259                                  "wavelength_min" : SASINSTR_SRC_WL_MIN,
260                                  "wavelength_max" : SASINSTR_SRC_WL_MAX,
261                                  "wavelength_spread" : SASINSTR_SRC_WL_SPR,
262                                 },
263                   }
264    SASINSTR_COLL_APER_ATTR = {"unit" : {}}
265    SASINSTR_COLL_APER_X = {"unit" : "size_unit",
266                            "storeas" : "float",
267                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR
268                           }
269    SASINSTR_COLL_APER_Y = {"unit" : "size_unit",
270                            "storeas" : "float",
271                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR
272                           }
273    SASINSTR_COLL_APER_Z = {"unit" : "size_unit",
274                            "storeas" : "float",
275                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR
276                           }
277    SASINSTR_COLL_APER_SIZE = {"attributes" : {"unit" : {}},
278                               "children" : {"storeas" : "float",
279                                             "x" : SASINSTR_COLL_APER_X,
280                                             "y" : SASINSTR_COLL_APER_Y,
281                                             "z" : SASINSTR_COLL_APER_Z,
282                                            }
283                              }
284    SASINSTR_COLL_APER_DIST = {"storeas" : "float",
285                               "attributes" : {"unit" : {}},
286                               "unit" : "distance_unit",
287                              }
288    SASINSTR_COLL_APER = {"attributes" : {"name" : {}, "type" : {}, },
289                          "children" : {"size" : SASINSTR_COLL_APER_SIZE,
290                                        "distance" : SASINSTR_COLL_APER_DIST
291                                       }
292                         }
293    SASINSTR_COLL = {"attributes" : {"name" : {}},
294                     "children" :
295                         {"length" :
296                          {"unit" : "length_unit",
297                           "storeas" : "float",
298                           "attributes" : {"storeas" : "content", "unit" : {}},
299                          },
300                          "aperture" : SASINSTR_COLL_APER,
301                         },
302                    }
303    SASINSTR_DET_SDD = {"storeas" : "float",
304                        "unit" : "distance_unit",
305                        "attributes" : {"unit" :{}},
306                       }
307    SASINSTR_DET_OFF_ATTR = {"unit" : {"storeas" : "content" }}
308    SASINSTR_DET_OFF_X = {"storeas" : "float",
309                          "unit" : "offset_unit",
310                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR
311                         }
312    SASINSTR_DET_OFF_Y = {"storeas" : "float",
313                          "unit" : "offset_unit",
314                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR
315                         }
316    SASINSTR_DET_OFF_Z = {"storeas" : "float",
317                          "unit" : "offset_unit",
318                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR
319                         }
320    SASINSTR_DET_OFF = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_OFF_X,
321                                      "y" : SASINSTR_DET_OFF_Y,
322                                      "z" : SASINSTR_DET_OFF_Z,
323                                     }
324                       }
325    SASINSTR_DET_OR_ATTR = {}
326    SASINSTR_DET_OR_ROLL = {"storeas" : "float",
327                            "unit" : "orientation_unit",
328                            "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR
329                           }
330    SASINSTR_DET_OR_PITCH = {"storeas" : "float",
331                             "unit" : "orientation_unit",
332                             "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR
333                            }
334    SASINSTR_DET_OR_YAW = {"storeas" : "float",
335                           "unit" : "orientation_unit",
336                           "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR
337                          }
338    SASINSTR_DET_OR = {"children" : {"roll" : SASINSTR_DET_OR_ROLL,
339                                     "pitch" : SASINSTR_DET_OR_PITCH,
340                                     "yaw" : SASINSTR_DET_OR_YAW,
341                                    }
342                      }
343    SASINSTR_DET_BC_X = {"storeas" : "float",
344                         "unit" : "beam_center_unit",
345                         "attributes" : {"storeas" : "content"}
346                        }
347    SASINSTR_DET_BC_Y = {"storeas" : "float",
348                         "unit" : "beam_center_unit",
349                         "attributes" : {"storeas" : "content"}
350                        }
351    SASINSTR_DET_BC_Z = {"storeas" : "float",
352                         "unit" : "beam_center_unit",
353                         "attributes" : {"storeas" : "content"}
354                        }
355    SASINSTR_DET_BC = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_BC_X,
356                                     "y" : SASINSTR_DET_BC_Y,
357                                     "z" : SASINSTR_DET_BC_Z,}
358                      }
359    SASINSTR_DET_PIXEL_X = {"storeas" : "float",
360                            "unit" : "pixel_size_unit",
361                            "attributes" : {"storeas" : "content" }
362                           }
363    SASINSTR_DET_PIXEL_Y = {"storeas" : "float",
364                            "unit" : "pixel_size_unit",
365                            "attributes" : {"storeas" : "content"}
366                           }
367    SASINSTR_DET_PIXEL_Z = {"storeas" : "float",
368                            "unit" : "pixel_size_unit",
369                            "attributes" : {"storeas" : "content"}
370                           }
371    SASINSTR_DET_PIXEL = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_PIXEL_X,
372                                        "y" : SASINSTR_DET_PIXEL_Y,
373                                        "z" : SASINSTR_DET_PIXEL_Z,
374                                       }
375                         }
376    SASINSTR_DET_SLIT = {"storeas" : "float",
377                         "unit" : "slit_length_unit",
378                         "attributes" : {"unit" : {}}
379                        }
380    SASINSTR_DET = {"attributes" : {"name" : {"storeas" : "content"}},
381                    "children" : {"name" : {"storeas" : "content"},
382                                  "SDD" : SASINSTR_DET_SDD,
383                                  "offset" : SASINSTR_DET_OFF,
384                                  "orientation" : SASINSTR_DET_OR,
385                                  "beam_center" : SASINSTR_DET_BC,
386                                  "pixel_size" : SASINSTR_DET_PIXEL,
387                                  "slit_length" : SASINSTR_DET_SLIT,
388                                 }
389                   }
390    SASINSTR = {"children" :
391                {"name" : {},
392                 "SASsource" : SASINSTR_SRC,
393                 "SAScollimation" : SASINSTR_COLL,
394                 "SASdetector" : SASINSTR_DET,
395                },
396               }
397    CANSAS_FORMAT = {"SASentry" :
398                     {"units_optional" : True,
399                      "storeas" : "content",
400                      "attributes" : {"name" : {}},
401                      "children" : {"Title" : TITLE,
402                                    "Run" : RUN,
403                                    "SASdata" : SASDATA,
404                                    "SAStransmission_spectrum" : SASTRANSSPEC,
405                                    "SASsample" : SASSAMPLE,
406                                    "SASinstrument" : SASINSTR,
407                                    "SASprocess" : SASPROCESS,
408                                    "SASnote" : SASNOTE,
409                                    "<any>" : ANY,
410                                   }
411                     }
412                    }
413
414
415class CurrentLevel(object):
416    """
417    A helper class to hold information on where you are in the constants tree
418    """
419
420    current_level = ''
421    ns_datatype = ''
422    ns_optional = True
423
424    def __init__(self):
425        self.current_level = {}
426        self.ns_datatype = "content"
427        self.ns_optional = True
428
429    def get_current_level(self):
430        """
431        Helper method to get the current_level map
432        """
433        return self.current_level
434
435    def get_data_type(self):
436        """
437        Helper method to get the ns_datatype label
438        """
439        return self.ns_datatype
440
441    def get_variable(self):
442        """
443        Helper method to get the ns_variable label
444        """
445        return self.ns_variable
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.