source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py @ bcabf4e

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since bcabf4e was bcabf4e, checked in by krzywon, 3 years ago

2D masking loaded properly and mask is now saved as 1s and 0s as per CanSAS specification.

  • Property mode set to 100644
File size: 69.2 KB
Line 
1"""
2    CanSAS data reader - new recursive cansas_version.
3"""
4############################################################################
5#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
6#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
7#project funded by the US National Science Foundation.
8#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
9#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
10#following sentence:
11#This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547.
12#copyright 2008,2009 University of Tennessee
13#############################################################################
14
15import logging
16import numpy as np
17import os
18import sys
19import datetime
20import inspect
21# For saving individual sections of data
22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \
23    plottable_1D, plottable_2D
24from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \
25    Detector, Process, Aperture
26from sas.sascalc.dataloader.data_info import \
27    combine_data_info_with_plottable as combine_data
28import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader
29from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader
30from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel
31
32# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either.
33import xml.dom.minidom
34from xml.dom.minidom import parseString
35
36PREPROCESS = "xmlpreprocess"
37ENCODING = "encoding"
38RUN_NAME_DEFAULT = "None"
39INVALID_SCHEMA_PATH_1_1 = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_1.xsd"
40INVALID_SCHEMA_PATH_1_0 = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_0.xsd"
41INVALID_XML = "\n\nThe loaded xml file, {0} does not fully meet the CanSAS v1.x specification. SasView loaded " + \
42              "as much of the data as possible.\n\n"
43HAS_CONVERTER = True
44try:
45    from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter
46except ImportError:
47    HAS_CONVERTER = False
48
49CONSTANTS = CansasConstants()
50CANSAS_FORMAT = CONSTANTS.format
51CANSAS_NS = CONSTANTS.names
52ALLOW_ALL = True
53
54class Reader(XMLreader):
55    """
56    Class to load cansas 1D XML files
57
58    :Dependencies:
59        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later.
60    """
61    # CanSAS version - defaults to version 1.0
62    cansas_version = "1.0"
63    base_ns = "{cansas1d/1.0}"
64    cansas_defaults = None
65    type_name = "canSAS"
66    invalid = True
67    frm = ""
68    # Log messages and errors
69    logging = None
70    errors = set()
71    # Namespace hierarchy for current xml_file object
72    names = None
73    ns_list = None
74    # Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file
75    current_datainfo = None
76    current_dataset = None
77    current_data1d = None
78    data = None
79    # List of data1D objects to be sent back to SasView
80    output = None
81    # Wildcards
82    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"]
83    # List of allowed extensions
84    ext = ['.xml', '.XML', '.svs', '.SVS']
85    # Flag to bypass extension check
86    allow_all = True
87
88    def reset_state(self):
89        """
90        Resets the class state to a base case when loading a new data file so previous
91        data files do not appear a second time
92        """
93        self.current_datainfo = None
94        self.current_dataset = None
95        self.current_data1d = None
96        self.data = []
97        self.process = Process()
98        self.transspectrum = TransmissionSpectrum()
99        self.aperture = Aperture()
100        self.collimation = Collimation()
101        self.detector = Detector()
102        self.names = []
103        self.cansas_defaults = {}
104        self.output = []
105        self.ns_list = None
106        self.logging = []
107        self.encoding = None
108
109    def read(self, xml_file, schema_path="", invalid=True):
110        """
111        Validate and read in an xml_file file in the canSAS format.
112
113        :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format
114        :param schema_path: A file path to an XML schema to validate the xml_file against
115        """
116        # For every file loaded, reset everything to a base state
117        self.reset_state()
118        self.invalid = invalid
119        # Check that the file exists
120        if os.path.isfile(xml_file):
121            basename, extension = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file))
122            # If the file type is not allowed, return nothing
123            if extension in self.ext or self.allow_all:
124                # Get the file location of
125                self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path)
126                self.add_data_set()
127                # Try to load the file, but raise an error if unable to.
128                # Check the file matches the XML schema
129                try:
130                    self.is_cansas(extension)
131                    self.invalid = False
132                    # Get each SASentry from XML file and add it to a list.
133                    entry_list = self.xmlroot.xpath(
134                            '/ns:SASroot/ns:SASentry',
135                            namespaces={'ns': self.cansas_defaults.get("ns")})
136                    self.names.append("SASentry")
137
138                    # Get all preprocessing events and encoding
139                    self.set_processing_instructions()
140
141                    # Parse each <SASentry> item
142                    for entry in entry_list:
143                        # Create a new DataInfo object for every <SASentry>
144
145                        # Set the file name and then parse the entry.
146                        self.current_datainfo.filename = basename + extension
147                        self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D"
148                        self.current_datainfo.meta_data[PREPROCESS] = \
149                            self.processing_instructions
150
151                        # Parse the XML SASentry
152                        self._parse_entry(entry)
153                        # Combine datasets with datainfo
154                        self.add_data_set()
155                except RuntimeError:
156                    # If the file does not match the schema, raise this error
157                    invalid_xml = self.find_invalid_xml()
158                    invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + extension) + invalid_xml
159                    self.errors.add(invalid_xml)
160                    # Try again with an invalid CanSAS schema, that requires only a data set in each
161                    base_name = xml_reader.__file__
162                    base_name = base_name.replace("\\", "/")
163                    base = base_name.split("/sas/")[0]
164                    if self.cansas_version == "1.1":
165                        invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_1.format(base, self.cansas_defaults.get("schema"))
166                    else:
167                        invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_0.format(base, self.cansas_defaults.get("schema"))
168                    self.set_schema(invalid_schema)
169                    try:
170                        if self.invalid:
171                            if self.is_cansas():
172                                self.output = self.read(xml_file, invalid_schema, False)
173                            else:
174                                raise RuntimeError
175                        else:
176                            raise RuntimeError
177                    except RuntimeError:
178                        x = np.zeros(1)
179                        y = np.zeros(1)
180                        self.current_data1d = Data1D(x,y)
181                        self.current_data1d.errors = self.errors
182                        return [self.current_data1d]
183        else:
184            self.output.append("Not a valid file path.")
185        # Return a list of parsed entries that dataloader can manage
186        return self.output
187
188    def _parse_entry(self, dom, recurse=False):
189        """
190        Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of
191            the CanSAS data format. This will allow multiple data files
192            and extra nodes to be read in simultaneously.
193
194        :param dom: dom object with a namespace base of names
195        """
196
197        if not self._is_call_local() and not recurse:
198            self.reset_state()
199            self.add_data_set()
200            self.names.append("SASentry")
201            self.parent_class = "SASentry"
202        self._check_for_empty_data()
203        self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \
204                            CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}")
205
206        # Go through each child in the parent element
207        for node in dom:
208            attr = node.attrib
209            name = attr.get("name", "")
210            type = attr.get("type", "")
211            # Get the element name and set the current names level
212            tagname = node.tag.replace(self.base_ns, "")
213            tagname_original = tagname
214            # Skip this iteration when loading in save state information
215            if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or tagname == "invariant":
216                continue
217
218            # Get where to store content
219            self.names.append(tagname_original)
220            self.ns_list = CONSTANTS.iterate_namespace(self.names)
221            # If the element is a child element, recurse
222            if len(node.getchildren()) > 0:
223                self.parent_class = tagname_original
224                if tagname == 'SASdata':
225                    self._initialize_new_data_set(node)
226                    if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D):
227                        x_bins = attr.get("x_bins", "")
228                        y_bins = attr.get("y_bins", "")
229                        if x_bins is not "" and y_bins is not "":
230                            self.current_dataset.shape = (x_bins, y_bins)
231                        else:
232                            self.current_dataset.shape = ()
233                # Recursion step to access data within the group
234                self._parse_entry(node, True)
235                if tagname == "SASsample":
236                    self.current_datainfo.sample.name = name
237                elif tagname == "beam_size":
238                    self.current_datainfo.source.beam_size_name = name
239                elif tagname == "SAScollimation":
240                    self.collimation.name = name
241                elif tagname == "aperture":
242                    self.aperture.name = name
243                    self.aperture.type = type
244                self.add_intermediate()
245            else:
246                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D):
247                    data_point = node.text
248                    unit = attr.get('unit', '')
249                else:
250                    data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname)
251
252                # If this is a dataset, store the data appropriately
253                if tagname == 'Run':
254                    self.current_datainfo.run_name[data_point] = name
255                    self.current_datainfo.run.append(data_point)
256                elif tagname == 'Title':
257                    self.current_datainfo.title = data_point
258                elif tagname == 'SASnote':
259                    self.current_datainfo.notes.append(data_point)
260
261                # I and Q - 1D data
262                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D):
263                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit)
264                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point)
265                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D):
266                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point)
267                elif tagname == 'Q':
268                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit)
269                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point)
270                elif tagname == 'Qdev':
271                    self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, data_point)
272                elif tagname == 'dQw':
273                    self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point)
274                elif tagname == 'dQl':
275                    self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, data_point)
276                elif tagname == 'Qmean':
277                    pass
278                elif tagname == 'Shadowfactor':
279                    pass
280
281                # I and Qx, Qy - 2D data
282                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D):
283                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit)
284                    self.current_dataset.data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
285                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D):
286                    self.current_dataset.err_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
287                elif tagname == 'Qx':
288                    self.current_dataset.xaxis("Qx", unit)
289                    self.current_dataset.qx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
290                elif tagname == 'Qy':
291                    self.current_dataset.yaxis("Qy", unit)
292                    self.current_dataset.qy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
293                elif tagname == 'Qxdev':
294                    self.current_dataset.xaxis("Qxdev", unit)
295                    self.current_dataset.dqx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
296                elif tagname == 'Qydev':
297                    self.current_dataset.yaxis("Qydev", unit)
298                    self.current_dataset.dqy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",")
299                elif tagname == 'Mask':
300                    inter = [item == "1" for item in data_point.split(",")]
301                    self.current_dataset.mask = np.asarray(inter, dtype=bool)
302
303                # Sample Information
304                elif tagname == 'ID' and self.parent_class == 'SASsample':
305                    self.current_datainfo.sample.ID = data_point
306                elif tagname == 'Title' and self.parent_class == 'SASsample':
307                    self.current_datainfo.sample.name = data_point
308                elif tagname == 'thickness' and self.parent_class == 'SASsample':
309                    self.current_datainfo.sample.thickness = data_point
310                    self.current_datainfo.sample.thickness_unit = unit
311                elif tagname == 'transmission' and self.parent_class == 'SASsample':
312                    self.current_datainfo.sample.transmission = data_point
313                elif tagname == 'temperature' and self.parent_class == 'SASsample':
314                    self.current_datainfo.sample.temperature = data_point
315                    self.current_datainfo.sample.temperature_unit = unit
316                elif tagname == 'details' and self.parent_class == 'SASsample':
317                    self.current_datainfo.sample.details.append(data_point)
318                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'position':
319                    self.current_datainfo.sample.position.x = data_point
320                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit
321                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'position':
322                    self.current_datainfo.sample.position.y = data_point
323                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit
324                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'position':
325                    self.current_datainfo.sample.position.z = data_point
326                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit
327                elif tagname == 'roll' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names:
328                    self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point
329                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit
330                elif tagname == 'pitch' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names:
331                    self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point
332                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit
333                elif tagname == 'yaw' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names:
334                    self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point
335                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit
336
337                # Instrumental Information
338                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASinstrument':
339                    self.current_datainfo.instrument = data_point
340                # Detector Information
341                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASdetector':
342                    self.detector.name = data_point
343                elif tagname == 'SDD' and self.parent_class == 'SASdetector':
344                    self.detector.distance = data_point
345                    self.detector.distance_unit = unit
346                elif tagname == 'slit_length' and self.parent_class == 'SASdetector':
347                    self.detector.slit_length = data_point
348                    self.detector.slit_length_unit = unit
349                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'offset':
350                    self.detector.offset.x = data_point
351                    self.detector.offset_unit = unit
352                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'offset':
353                    self.detector.offset.y = data_point
354                    self.detector.offset_unit = unit
355                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'offset':
356                    self.detector.offset.z = data_point
357                    self.detector.offset_unit = unit
358                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'beam_center':
359                    self.detector.beam_center.x = data_point
360                    self.detector.beam_center_unit = unit
361                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'beam_center':
362                    self.detector.beam_center.y = data_point
363                    self.detector.beam_center_unit = unit
364                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'beam_center':
365                    self.detector.beam_center.z = data_point
366                    self.detector.beam_center_unit = unit
367                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'pixel_size':
368                    self.detector.pixel_size.x = data_point
369                    self.detector.pixel_size_unit = unit
370                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'pixel_size':
371                    self.detector.pixel_size.y = data_point
372                    self.detector.pixel_size_unit = unit
373                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'pixel_size':
374                    self.detector.pixel_size.z = data_point
375                    self.detector.pixel_size_unit = unit
376                elif tagname == 'roll' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names:
377                    self.detector.orientation.x = data_point
378                    self.detector.orientation_unit = unit
379                elif tagname == 'pitch' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names:
380                    self.detector.orientation.y = data_point
381                    self.detector.orientation_unit = unit
382                elif tagname == 'yaw' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names:
383                    self.detector.orientation.z = data_point
384                    self.detector.orientation_unit = unit
385                # Collimation and Aperture
386                elif tagname == 'length' and self.parent_class == 'SAScollimation':
387                    self.collimation.length = data_point
388                    self.collimation.length_unit = unit
389                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SAScollimation':
390                    self.collimation.name = data_point
391                elif tagname == 'distance' and self.parent_class == 'aperture':
392                    self.aperture.distance = data_point
393                    self.aperture.distance_unit = unit
394                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'size':
395                    self.aperture.size.x = data_point
396                    self.collimation.size_unit = unit
397                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'size':
398                    self.aperture.size.y = data_point
399                    self.collimation.size_unit = unit
400                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'size':
401                    self.aperture.size.z = data_point
402                    self.collimation.size_unit = unit
403
404                # Process Information
405                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASprocess':
406                    self.process.name = data_point
407                elif tagname == 'description' and self.parent_class == 'SASprocess':
408                    self.process.description = data_point
409                elif tagname == 'date' and self.parent_class == 'SASprocess':
410                    try:
411                        self.process.date = datetime.datetime.fromtimestamp(data_point)
412                    except:
413                        self.process.date = data_point
414                elif tagname == 'SASprocessnote':
415                    self.process.notes.append(data_point)
416                elif tagname == 'term' and self.parent_class == 'SASprocess':
417                    unit = attr.get("unit", "")
418                    dic = {}
419                    dic["name"] = name
420                    dic["value"] = data_point
421                    dic["unit"] = unit
422                    self.process.term.append(dic)
423
424                # Transmission Spectrum
425                elif tagname == 'T' and self.parent_class == 'Tdata':
426                    self.transspectrum.transmission = np.append(self.transspectrum.transmission, data_point)
427                    self.transspectrum.transmission_unit = unit
428                elif tagname == 'Tdev' and self.parent_class == 'Tdata':
429                    self.transspectrum.transmission_deviation = np.append(self.transspectrum.transmission_deviation, data_point)
430                    self.transspectrum.transmission_deviation_unit = unit
431                elif tagname == 'Lambda' and self.parent_class == 'Tdata':
432                    self.transspectrum.wavelength = np.append(self.transspectrum.wavelength, data_point)
433                    self.transspectrum.wavelength_unit = unit
434
435                # Source Information
436                elif tagname == 'wavelength' and (self.parent_class == 'SASsource' or self.parent_class == 'SASData'):
437                    self.current_datainfo.source.wavelength = data_point
438                    self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit
439                elif tagname == 'wavelength_min' and self.parent_class == 'SASsource':
440                    self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point
441                    self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit
442                elif tagname == 'wavelength_max' and self.parent_class == 'SASsource':
443                    self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point
444                    self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit
445                elif tagname == 'wavelength_spread' and self.parent_class == 'SASsource':
446                    self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point
447                    self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit
448                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'beam_size':
449                    self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point
450                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit
451                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'beam_size':
452                    self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point
453                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit
454                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'pixel_size':
455                    self.current_datainfo.source.data_point.z = data_point
456                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit
457                elif tagname == 'radiation' and self.parent_class == 'SASsource':
458                    self.current_datainfo.source.radiation = data_point
459                elif tagname == 'beam_shape' and self.parent_class == 'SASsource':
460                    self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point
461
462                # Everything else goes in meta_data
463                else:
464                    new_key = self._create_unique_key(self.current_datainfo.meta_data, tagname)
465                    self.current_datainfo.meta_data[new_key] = data_point
466
467            self.names.remove(tagname_original)
468            length = 0
469            if len(self.names) > 1:
470                length = len(self.names) - 1
471            self.parent_class = self.names[length]
472        if not self._is_call_local() and not recurse:
473            self.frm = ""
474            self.add_data_set()
475            empty = None
476            return self.output[0], empty
477
478
479    def _is_call_local(self):
480        """
481
482        """
483        if self.frm == "":
484            inter = inspect.stack()
485            self.frm = inter[2]
486        mod_name = self.frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "")
487        mod_name = mod_name.replace(".py", "")
488        mod = mod_name.split("sas/")
489        mod_name = mod[1]
490        if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader":
491            return False
492        return True
493
494    def is_cansas(self, ext="xml"):
495        """
496        Checks to see if the xml file is a CanSAS file
497
498        :param ext: The file extension of the data file
499        """
500        if self.validate_xml():
501            name = "{http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance}schemaLocation"
502            value = self.xmlroot.get(name)
503            if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == \
504                    value.rsplit(" ")[0]:
505                return True
506        if ext == "svs":
507            return True
508        raise RuntimeError
509
510    def load_file_and_schema(self, xml_file, schema_path=""):
511        """
512        Loads the file and associates a schema, if a schema is passed in or if one already exists
513
514        :param xml_file: The xml file path sent to Reader.read
515        :param schema_path: The path to a schema associated with the xml_file, or find one based on the file
516        """
517        base_name = xml_reader.__file__
518        base_name = base_name.replace("\\", "/")
519        base = base_name.split("/sas/")[0]
520
521        # Load in xml file and get the cansas version from the header
522        self.set_xml_file(xml_file)
523        self.cansas_version = self.xmlroot.get("version", "1.0")
524
525        # Generic values for the cansas file based on the version
526        self.cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0")
527        if schema_path == "":
528            schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{1}".format \
529                (base, self.cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/")
530
531        # Link a schema to the XML file.
532        self.set_schema(schema_path)
533
534    def add_data_set(self):
535        """
536        Adds the current_dataset to the list of outputs after preforming final processing on the data and then calls a
537        private method to generate a new data set.
538
539        :param key: NeXus group name for current tree level
540        """
541
542        if self.current_datainfo and self.current_dataset:
543            self._final_cleanup()
544        self.data = []
545        self.current_datainfo = DataInfo()
546
547    def _initialize_new_data_set(self, node=None):
548        """
549        A private class method to generate a new 1D data object.
550        Outside methods should call add_data_set() to be sure any existing data is stored properly.
551
552        :param node: XML node to determine if 1D or 2D data
553        """
554        x = np.array(0)
555        y = np.array(0)
556        for child in node:
557            if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata":
558                for i_child in child:
559                    if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx":
560                        self.current_dataset = plottable_2D()
561                        return
562        self.current_dataset = plottable_1D(x, y)
563
564    def add_intermediate(self):
565        """
566        This method stores any intermediate objects within the final data set after fully reading the set.
567
568        :param parent: The NXclass name for the h5py Group object that just finished being processed
569        """
570
571        if self.parent_class == 'SASprocess':
572            self.current_datainfo.process.append(self.process)
573            self.process = Process()
574        elif self.parent_class == 'SASdetector':
575            self.current_datainfo.detector.append(self.detector)
576            self.detector = Detector()
577        elif self.parent_class == 'SAStransmission_spectrum':
578            self.current_datainfo.trans_spectrum.append(self.transspectrum)
579            self.transspectrum = TransmissionSpectrum()
580        elif self.parent_class == 'SAScollimation':
581            self.current_datainfo.collimation.append(self.collimation)
582            self.collimation = Collimation()
583        elif self.parent_class == 'aperture':
584            self.collimation.aperture.append(self.aperture)
585            self.aperture = Aperture()
586        elif self.parent_class == 'SASdata':
587            self._check_for_empty_resolution()
588            self.data.append(self.current_dataset)
589
590    def _final_cleanup(self):
591        """
592        Final cleanup of the Data1D object to be sure it has all the
593        appropriate information needed for perspectives
594        """
595
596        # Append errors to dataset and reset class errors
597        self.current_datainfo.errors = set()
598        for error in self.errors:
599            self.current_datainfo.errors.add(error)
600        self.errors.clear()
601
602        # Combine all plottables with datainfo and append each to output
603        # Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate
604        for dataset in self.data:
605            if isinstance(dataset, plottable_1D):
606                if dataset.x is not None:
607                    dataset.x = np.delete(dataset.x, [0])
608                    dataset.x = dataset.x.astype(np.float64)
609                    dataset.xmin = np.min(dataset.x)
610                    dataset.xmax = np.max(dataset.x)
611                if dataset.y is not None:
612                    dataset.y = np.delete(dataset.y, [0])
613                    dataset.y = dataset.y.astype(np.float64)
614                    dataset.ymin = np.min(dataset.y)
615                    dataset.ymax = np.max(dataset.y)
616                if dataset.dx is not None:
617                    dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0])
618                    dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64)
619                if dataset.dxl is not None:
620                    dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0])
621                    dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64)
622                if dataset.dxw is not None:
623                    dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0])
624                    dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64)
625                if dataset.dy is not None:
626                    dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0])
627                    dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64)
628                np.trim_zeros(dataset.x)
629                np.trim_zeros(dataset.y)
630                np.trim_zeros(dataset.dy)
631            elif isinstance(dataset, plottable_2D):
632                dataset.data = dataset.data.astype(np.float64)
633                dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64)
634                dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data)
635                dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data)
636                dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64)
637                dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data)
638                dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data)
639                dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data
640                                         + dataset.qy_data * dataset.qy_data)
641                if dataset.err_data is not None:
642                    dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64)
643                if dataset.dqx_data is not None:
644                    dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64)
645                if dataset.dqy_data is not None:
646                    dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64)
647                if dataset.mask is not None:
648                    dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool)
649
650                if len(dataset.shape) == 2:
651                    n_rows, n_cols = dataset.shape
652                    dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)]
653                    dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)]
654                    dataset.data = dataset.data.flatten()
655                else:
656                    dataset.y_bins = []
657                    dataset.x_bins = []
658                    dataset.data = dataset.data.flatten()
659
660            final_dataset = combine_data(dataset, self.current_datainfo)
661            self.output.append(final_dataset)
662
663    def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0):
664        """
665        Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting
666        Recurse until a unique key value is found.
667
668        :param dictionary: A dictionary with any number of entries
669        :param name: The index of the item to be added to dictionary
670        :param numb: The number to be appended to the name, starts at 0
671        """
672        if dictionary.get(name) is not None:
673            numb += 1
674            name = name.split("_")[0]
675            name += "_{0}".format(numb)
676            name = self._create_unique_key(dictionary, name, numb)
677        return name
678
679    def _get_node_value(self, node, tagname):
680        """
681        Get the value of a node and any applicable units
682
683        :param node: The XML node to get the value of
684        :param tagname: The tagname of the node
685        """
686        #Get the text from the node and convert all whitespace to spaces
687        units = ''
688        node_value = node.text
689        if node_value is not None:
690            node_value = ' '.join(node_value.split())
691        else:
692            node_value = ""
693
694        # If the value is a float, compile with units.
695        if self.ns_list.ns_datatype == "float":
696            # If an empty value is given, set as zero.
697            if node_value is None or node_value.isspace() \
698                                    or node_value.lower() == "nan":
699                node_value = "0.0"
700            #Convert the value to the base units
701            node_value, units = self._unit_conversion(node, tagname, node_value)
702
703        # If the value is a timestamp, convert to a datetime object
704        elif self.ns_list.ns_datatype == "timestamp":
705            if node_value is None or node_value.isspace():
706                pass
707            else:
708                try:
709                    node_value = \
710                        datetime.datetime.fromtimestamp(node_value)
711                except ValueError:
712                    node_value = None
713        return node_value, units
714
715    def _unit_conversion(self, node, tagname, node_value):
716        """
717        A unit converter method used to convert the data included in the file
718        to the default units listed in data_info
719
720        :param node: XML node
721        :param tagname: name of the node
722        :param node_value: The value of the current dom node
723        """
724        attr = node.attrib
725        value_unit = ''
726        err_msg = None
727        default_unit = None
728        if not isinstance(node_value, float):
729            node_value = float(node_value)
730        if 'unit' in attr and attr.get('unit') is not None:
731            try:
732                local_unit = attr['unit']
733                unitname = self.ns_list.current_level.get("unit", "")
734                if "SASdetector" in self.names:
735                    save_in = "detector"
736                elif "aperture" in self.names:
737                    save_in = "aperture"
738                elif "SAScollimation" in self.names:
739                    save_in = "collimation"
740                elif "SAStransmission_spectrum" in self.names:
741                    save_in = "transspectrum"
742                elif "SASdata" in self.names:
743                    x = np.zeros(1)
744                    y = np.zeros(1)
745                    self.current_data1d = Data1D(x, y)
746                    save_in = "current_data1d"
747                elif "SASsource" in self.names:
748                    save_in = "current_datainfo.source"
749                elif "SASsample" in self.names:
750                    save_in = "current_datainfo.sample"
751                elif "SASprocess" in self.names:
752                    save_in = "process"
753                else:
754                    save_in = "current_datainfo"
755                exec "default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname)
756                if local_unit and default_unit and local_unit.lower() != default_unit.lower() \
757                        and local_unit.lower() != "none":
758                    if HAS_CONVERTER == True:
759                        # Check local units - bad units raise KeyError
760                        data_conv_q = Converter(local_unit)
761                        value_unit = default_unit
762                        node_value = data_conv_q(node_value, units=default_unit)
763                    else:
764                        value_unit = local_unit
765                        err_msg = "Unit converter is not available.\n"
766                else:
767                    value_unit = local_unit
768            except KeyError:
769                err_msg = "CanSAS reader: unexpected "
770                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; "
771                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
772                err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit)
773                value_unit = local_unit
774            except:
775                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting "
776                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]"
777                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
778                value_unit = local_unit
779        elif 'unit' in attr:
780            value_unit = attr['unit']
781        if err_msg:
782            self.errors.add(err_msg)
783        return node_value, value_unit
784
785    def _check_for_empty_data(self):
786        """
787        Creates an empty data set if no data is passed to the reader
788
789        :param data1d: presumably a Data1D object
790        """
791        if self.current_dataset == None:
792            x_vals = np.empty(0)
793            y_vals = np.empty(0)
794            dx_vals = np.empty(0)
795            dy_vals = np.empty(0)
796            dxl = np.empty(0)
797            dxw = np.empty(0)
798            self.current_dataset = plottable_1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals)
799            self.current_dataset.dxl = dxl
800            self.current_dataset.dxw = dxw
801
802    def _check_for_empty_resolution(self):
803        """
804        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q
805        """
806        if isinstance(self.current_dataset, plottable_1D):
807            dql_exists = False
808            dqw_exists = False
809            dq_exists = False
810            di_exists = False
811            if self.current_dataset.dxl is not None:
812                dql_exists = True
813            if self.current_dataset.dxw is not None:
814                dqw_exists = True
815            if self.current_dataset.dx is not None:
816                dq_exists = True
817            if self.current_dataset.dy is not None:
818                di_exists = True
819            if dqw_exists and not dql_exists:
820                array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1
821                self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl,
822                                                     np.zeros([array_size]))
823            elif dql_exists and not dqw_exists:
824                array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1
825                self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw,
826                                                     np.zeros([array_size]))
827            elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists:
828                array_size = self.current_dataset.x.size - 1
829                self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx,
830                                                    np.zeros([array_size]))
831            if not di_exists:
832                array_size = self.current_dataset.y.size - 1
833                self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy,
834                                                    np.zeros([array_size]))
835        elif isinstance(self.current_dataset, plottable_2D):
836            dqx_exists = False
837            dqy_exists = False
838            di_exists = False
839            mask_exists = False
840            if self.current_dataset.dqx_data is not None:
841                dqx_exists = True
842            if self.current_dataset.dqy_data is not None:
843                dqy_exists = True
844            if self.current_dataset.err_data is not None:
845                di_exists = True
846            if self.current_dataset.mask is not None:
847                mask_exists = True
848            if not dqy_exists:
849                array_size = self.current_dataset.qy_data.size - 1
850                self.current_dataset.dqy_data = np.append(
851                    self.current_dataset.dqy_data, np.zeros([array_size]))
852            if not dqx_exists:
853                array_size = self.current_dataset.qx_data.size - 1
854                self.current_dataset.dqx_data = np.append(
855                    self.current_dataset.dqx_data, np.zeros([array_size]))
856            if not di_exists:
857                array_size = self.current_dataset.data.size - 1
858                self.current_dataset.err_data = np.append(
859                    self.current_dataset.err_data, np.zeros([array_size]))
860            if not mask_exists:
861                array_size = self.current_dataset.data.size - 1
862                self.current_dataset.mask = np.append(
863                    self.current_dataset.mask,
864                    np.ones([array_size] ,dtype=bool))
865
866    ####### All methods below are for writing CanSAS XML files #######
867
868    def write(self, filename, datainfo):
869        """
870        Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file
871
872        :param filename: name of the file to write
873        :param datainfo: Data1D object
874        """
875        # Create XML document
876        doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo)
877        # Write the file
878        file_ref = open(filename, 'w')
879        if self.encoding == None:
880            self.encoding = "UTF-8"
881        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding,
882                  pretty_print=True, xml_declaration=True)
883        file_ref.close()
884
885    def _to_xml_doc(self, datainfo):
886        """
887        Create an XML document to contain the content of a Data1D
888
889        :param datainfo: Data1D object
890        """
891        is_2d = False
892        if issubclass(datainfo.__class__, Data2D):
893            is_2d = True
894
895        # Get PIs and create root element
896        pi_string = self._get_pi_string()
897        # Define namespaces and create SASroot object
898        main_node = self._create_main_node()
899        # Create ElementTree, append SASroot and apply processing instructions
900        base_string = pi_string + self.to_string(main_node)
901        base_element = self.create_element_from_string(base_string)
902        doc = self.create_tree(base_element)
903        # Create SASentry Element
904        entry_node = self.create_element("SASentry")
905        root = doc.getroot()
906        root.append(entry_node)
907
908        # Add Title to SASentry
909        self.write_node(entry_node, "Title", datainfo.title)
910        # Add Run to SASentry
911        self._write_run_names(datainfo, entry_node)
912        # Add Data info to SASEntry
913        if is_2d:
914            self._write_data_2d(datainfo, entry_node)
915        else:
916            self._write_data(datainfo, entry_node)
917        # Transmission Spectrum Info
918        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node)
919        # Sample info
920        self._write_sample_info(datainfo, entry_node)
921        # Instrument info
922        instr = self._write_instrument(datainfo, entry_node)
923        #   Source
924        self._write_source(datainfo, instr)
925        #   Collimation
926        self._write_collimation(datainfo, instr)
927        #   Detectors
928        self._write_detectors(datainfo, instr)
929        # Processes info
930        self._write_process_notes(datainfo, entry_node)
931        # Note info
932        self._write_notes(datainfo, entry_node)
933        # Return the document, and the SASentry node associated with
934        #      the data we just wrote
935        # If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
936        #      object rather than an lxml object.
937        self.frm = inspect.stack()[1]
938        doc, entry_node = self._check_origin(entry_node, doc)
939        return doc, entry_node
940
941    def write_node(self, parent, name, value, attr=None):
942        """
943        :param doc: document DOM
944        :param parent: parent node
945        :param name: tag of the element
946        :param value: value of the child text node
947        :param attr: attribute dictionary
948
949        :return: True if something was appended, otherwise False
950        """
951        if value is not None:
952            parent = self.ebuilder(parent, name, value, attr)
953            return True
954        return False
955
956    def _get_pi_string(self):
957        """
958        Creates the processing instructions header for writing to file
959        """
960        pis = self.return_processing_instructions()
961        if len(pis) > 0:
962            pi_tree = self.create_tree(pis[0])
963            i = 1
964            for i in range(1, len(pis) - 1):
965                pi_tree = self.append(pis[i], pi_tree)
966            pi_string = self.to_string(pi_tree)
967        else:
968            pi_string = ""
969        return pi_string
970
971    def _create_main_node(self):
972        """
973        Creates the primary xml header used when writing to file
974        """
975        xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
976        version = self.cansas_version
977        n_s = CANSAS_NS.get(version).get("ns")
978        if version == "1.1":
979            url = "http://www.cansas.org/formats/1.1/"
980        else:
981            url = "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/"
982        schema_location = "{0} {1}cansas1d.xsd".format(n_s, url)
983        attrib = {"{" + xsi + "}schemaLocation" : schema_location,
984                  "version" : version}
985        nsmap = {'xsi' : xsi, None: n_s}
986
987        main_node = self.create_element("{" + n_s + "}SASroot",
988                                        attrib=attrib, nsmap=nsmap)
989        return main_node
990
991    def _write_run_names(self, datainfo, entry_node):
992        """
993        Writes the run names to the XML file
994
995        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
996        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
997        """
998        if datainfo.run == None or datainfo.run == []:
999            datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT)
1000            datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT
1001        for item in datainfo.run:
1002            runname = {}
1003            if item in datainfo.run_name and \
1004            len(str(datainfo.run_name[item])) > 1:
1005                runname = {'name': datainfo.run_name[item]}
1006            self.write_node(entry_node, "Run", item, runname)
1007
1008    def _write_data(self, datainfo, entry_node):
1009        """
1010        Writes 1D I and Q data to the XML file
1011
1012        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1013        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1014        """
1015        node = self.create_element("SASdata")
1016        self.append(node, entry_node)
1017
1018        for i in range(len(datainfo.x)):
1019            point = self.create_element("Idata")
1020            node.append(point)
1021            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i],
1022                            {'unit': datainfo.x_unit})
1023            if len(datainfo.y) >= i:
1024                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i],
1025                                {'unit': datainfo.y_unit})
1026            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i:
1027                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i],
1028                                {'unit': datainfo.y_unit})
1029            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i:
1030                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i],
1031                                {'unit': datainfo.x_unit})
1032            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i:
1033                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i],
1034                                {'unit': datainfo.x_unit})
1035            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i:
1036                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i],
1037                                {'unit': datainfo.x_unit})
1038
1039    def _write_data_2d(self, datainfo, entry_node):
1040        """
1041        Writes 2D data to the XML file
1042
1043        :param datainfo: The Data2D object the information is coming from
1044        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1045        """
1046        attr = {}
1047        if datainfo.data.shape:
1048            attr["x_bins"] = str(len(datainfo.x_bins))
1049            attr["y_bins"] = str(len(datainfo.y_bins))
1050        node = self.create_element("SASdata", attr)
1051        self.append(node, entry_node)
1052
1053        point = self.create_element("Idata")
1054        node.append(point)
1055        qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))])
1056        qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))])
1057        intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))])
1058
1059        self.write_node(point, "Qx", qx,
1060                        {'unit': datainfo._xunit})
1061        self.write_node(point, "Qy", qy,
1062                        {'unit': datainfo._yunit})
1063        self.write_node(point, "I", intensity,
1064                        {'unit': datainfo._zunit})
1065        if datainfo.err_data is not None:
1066            err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in
1067                            xrange(len(datainfo.err_data))])
1068            self.write_node(point, "Idev", err,
1069                            {'unit': datainfo._zunit})
1070        if datainfo.dqy_data is not None:
1071            dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in
1072                            xrange(len(datainfo.dqy_data))])
1073            self.write_node(point, "Qydev", dqy,
1074                            {'unit': datainfo._yunit})
1075        if datainfo.dqx_data is not None:
1076            dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in
1077                            xrange(len(datainfo.dqx_data))])
1078            self.write_node(point, "Qxdev", dqx,
1079                            {'unit': datainfo._xunit})
1080        if datainfo.mask is not None:
1081            mask = ','.join(
1082                ["1" if datainfo.mask[i] else "0"
1083                 for i in xrange(len(datainfo.mask))])
1084            self.write_node(point, "Mask", mask)
1085
1086    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node):
1087        """
1088        Writes the transmission spectrum data to the XML file
1089
1090        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1091        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1092        """
1093        for i in range(len(datainfo.trans_spectrum)):
1094            spectrum = datainfo.trans_spectrum[i]
1095            node = self.create_element("SAStransmission_spectrum",
1096                                       {"name" : spectrum.name})
1097            self.append(node, entry_node)
1098            if isinstance(spectrum.timestamp, datetime.datetime):
1099                node.setAttribute("timestamp", spectrum.timestamp)
1100            for i in range(len(spectrum.wavelength)):
1101                point = self.create_element("Tdata")
1102                node.append(point)
1103                self.write_node(point, "Lambda", spectrum.wavelength[i],
1104                                {'unit': spectrum.wavelength_unit})
1105                self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i],
1106                                {'unit': spectrum.transmission_unit})
1107                if spectrum.transmission_deviation != None \
1108                and len(spectrum.transmission_deviation) >= i:
1109                    self.write_node(point, "Tdev",
1110                                    spectrum.transmission_deviation[i],
1111                                    {'unit':
1112                                     spectrum.transmission_deviation_unit})
1113
1114    def _write_sample_info(self, datainfo, entry_node):
1115        """
1116        Writes the sample information to the XML file
1117
1118        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1119        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1120        """
1121        sample = self.create_element("SASsample")
1122        if datainfo.sample.name is not None:
1123            self.write_attribute(sample, "name",
1124                                 str(datainfo.sample.name))
1125        self.append(sample, entry_node)
1126        self.write_node(sample, "ID", str(datainfo.sample.ID))
1127        self.write_node(sample, "thickness", datainfo.sample.thickness,
1128                        {"unit": datainfo.sample.thickness_unit})
1129        self.write_node(sample, "transmission", datainfo.sample.transmission)
1130        self.write_node(sample, "temperature", datainfo.sample.temperature,
1131                        {"unit": datainfo.sample.temperature_unit})
1132
1133        pos = self.create_element("position")
1134        written = self.write_node(pos,
1135                                  "x",
1136                                  datainfo.sample.position.x,
1137                                  {"unit": datainfo.sample.position_unit})
1138        written = written | self.write_node( \
1139            pos, "y", datainfo.sample.position.y,
1140            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
1141        written = written | self.write_node( \
1142            pos, "z", datainfo.sample.position.z,
1143            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
1144        if written == True:
1145            self.append(pos, sample)
1146
1147        ori = self.create_element("orientation")
1148        written = self.write_node(ori, "roll",
1149                                  datainfo.sample.orientation.x,
1150                                  {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
1151        written = written | self.write_node( \
1152            ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y,
1153            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
1154        written = written | self.write_node( \
1155            ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z,
1156            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
1157        if written == True:
1158            self.append(ori, sample)
1159
1160        for item in datainfo.sample.details:
1161            self.write_node(sample, "details", item)
1162
1163    def _write_instrument(self, datainfo, entry_node):
1164        """
1165        Writes the instrumental information to the XML file
1166
1167        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1168        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1169        """
1170        instr = self.create_element("SASinstrument")
1171        self.append(instr, entry_node)
1172        self.write_node(instr, "name", datainfo.instrument)
1173        return instr
1174
1175    def _write_source(self, datainfo, instr):
1176        """
1177        Writes the source information to the XML file
1178
1179        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1180        :param instr: instrument node  to be appended to
1181        """
1182        source = self.create_element("SASsource")
1183        if datainfo.source.name is not None:
1184            self.write_attribute(source, "name",
1185                                 str(datainfo.source.name))
1186        self.append(source, instr)
1187        if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '':
1188            datainfo.source.radiation = "neutron"
1189        self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation)
1190
1191        size = self.create_element("beam_size")
1192        if datainfo.source.beam_size_name is not None:
1193            self.write_attribute(size, "name",
1194                                 str(datainfo.source.beam_size_name))
1195        written = self.write_node( \
1196            size, "x", datainfo.source.beam_size.x,
1197            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
1198        written = written | self.write_node( \
1199            size, "y", datainfo.source.beam_size.y,
1200            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
1201        written = written | self.write_node( \
1202            size, "z", datainfo.source.beam_size.z,
1203            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
1204        if written == True:
1205            self.append(size, source)
1206
1207        self.write_node(source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape)
1208        self.write_node(source, "wavelength",
1209                        datainfo.source.wavelength,
1210                        {"unit": datainfo.source.wavelength_unit})
1211        self.write_node(source, "wavelength_min",
1212                        datainfo.source.wavelength_min,
1213                        {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit})
1214        self.write_node(source, "wavelength_max",
1215                        datainfo.source.wavelength_max,
1216                        {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit})
1217        self.write_node(source, "wavelength_spread",
1218                        datainfo.source.wavelength_spread,
1219                        {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit})
1220
1221    def _write_collimation(self, datainfo, instr):
1222        """
1223        Writes the collimation information to the XML file
1224
1225        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1226        :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to
1227        """
1228        if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None:
1229            coll = Collimation()
1230            datainfo.collimation.append(coll)
1231        for item in datainfo.collimation:
1232            coll = self.create_element("SAScollimation")
1233            if item.name is not None:
1234                self.write_attribute(coll, "name", str(item.name))
1235            self.append(coll, instr)
1236
1237            self.write_node(coll, "length", item.length,
1238                            {"unit": item.length_unit})
1239
1240            for aperture in item.aperture:
1241                apert = self.create_element("aperture")
1242                if aperture.name is not None:
1243                    self.write_attribute(apert, "name", str(aperture.name))
1244                if aperture.type is not None:
1245                    self.write_attribute(apert, "type", str(aperture.type))
1246                self.append(apert, coll)
1247
1248                size = self.create_element("size")
1249                if aperture.size_name is not None:
1250                    self.write_attribute(size, "name",
1251                                         str(aperture.size_name))
1252                written = self.write_node(size, "x", aperture.size.x,
1253                                          {"unit": aperture.size_unit})
1254                written = written | self.write_node( \
1255                    size, "y", aperture.size.y,
1256                    {"unit": aperture.size_unit})
1257                written = written | self.write_node( \
1258                    size, "z", aperture.size.z,
1259                    {"unit": aperture.size_unit})
1260                if written == True:
1261                    self.append(size, apert)
1262
1263                self.write_node(apert, "distance", aperture.distance,
1264                                {"unit": aperture.distance_unit})
1265
1266    def _write_detectors(self, datainfo, instr):
1267        """
1268        Writes the detector information to the XML file
1269
1270        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1271        :param inst: lxml instrument node to be appended to
1272        """
1273        if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []:
1274            det = Detector()
1275            det.name = ""
1276            datainfo.detector.append(det)
1277
1278        for item in datainfo.detector:
1279            det = self.create_element("SASdetector")
1280            written = self.write_node(det, "name", item.name)
1281            written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance,
1282                                                {"unit": item.distance_unit})
1283            if written == True:
1284                self.append(det, instr)
1285
1286            off = self.create_element("offset")
1287            written = self.write_node(off, "x", item.offset.x,
1288                                      {"unit": item.offset_unit})
1289            written = written | self.write_node(off, "y", item.offset.y,
1290                                                {"unit": item.offset_unit})
1291            written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z,
1292                                                {"unit": item.offset_unit})
1293            if written == True:
1294                self.append(off, det)
1295
1296            ori = self.create_element("orientation")
1297            written = self.write_node(ori, "roll", item.orientation.x,
1298                                      {"unit": item.orientation_unit})
1299            written = written | self.write_node(ori, "pitch",
1300                                                item.orientation.y,
1301                                                {"unit": item.orientation_unit})
1302            written = written | self.write_node(ori, "yaw",
1303                                                item.orientation.z,
1304                                                {"unit": item.orientation_unit})
1305            if written == True:
1306                self.append(ori, det)
1307
1308            center = self.create_element("beam_center")
1309            written = self.write_node(center, "x", item.beam_center.x,
1310                                      {"unit": item.beam_center_unit})
1311            written = written | self.write_node(center, "y",
1312                                                item.beam_center.y,
1313                                                {"unit": item.beam_center_unit})
1314            written = written | self.write_node(center, "z",
1315                                                item.beam_center.z,
1316                                                {"unit": item.beam_center_unit})
1317            if written == True:
1318                self.append(center, det)
1319
1320            pix = self.create_element("pixel_size")
1321            written = self.write_node(pix, "x", item.pixel_size.x,
1322                                      {"unit": item.pixel_size_unit})
1323            written = written | self.write_node(pix, "y", item.pixel_size.y,
1324                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
1325            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z,
1326                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
1327            if written == True:
1328                self.append(pix, det)
1329            self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length,
1330                {"unit": item.slit_length_unit})
1331
1332
1333    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node):
1334        """
1335        Writes the process notes to the XML file
1336
1337        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1338        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1339
1340        """
1341        for item in datainfo.process:
1342            node = self.create_element("SASprocess")
1343            self.append(node, entry_node)
1344            self.write_node(node, "name", item.name)
1345            self.write_node(node, "date", item.date)
1346            self.write_node(node, "description", item.description)
1347            for term in item.term:
1348                if isinstance(term, list):
1349                    value = term['value']
1350                    del term['value']
1351                elif isinstance(term, dict):
1352                    value = term.get("value")
1353                    del term['value']
1354                else:
1355                    value = term
1356                self.write_node(node, "term", value, term)
1357            for note in item.notes:
1358                self.write_node(node, "SASprocessnote", note)
1359            if len(item.notes) == 0:
1360                self.write_node(node, "SASprocessnote", "")
1361
1362    def _write_notes(self, datainfo, entry_node):
1363        """
1364        Writes the notes to the XML file and creates an empty note if none
1365        exist
1366
1367        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
1368        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1369
1370        """
1371        if len(datainfo.notes) == 0:
1372            node = self.create_element("SASnote")
1373            self.append(node, entry_node)
1374        else:
1375            for item in datainfo.notes:
1376                node = self.create_element("SASnote")
1377                self.write_text(node, item)
1378                self.append(node, entry_node)
1379
1380    def _check_origin(self, entry_node, doc):
1381        """
1382        Return the document, and the SASentry node associated with
1383        the data we just wrote.
1384        If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
1385        object rather than an lxml object.
1386
1387        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1388        :param doc: entire xml tree
1389        """
1390        if not self.frm:
1391            self.frm = inspect.stack()[1]
1392        mod_name = self.frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "")
1393        mod_name = mod_name.replace(".py", "")
1394        mod = mod_name.split("sas/")
1395        mod_name = mod[1]
1396        if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader":
1397            string = self.to_string(doc, pretty_print=False)
1398            doc = parseString(string)
1399            node_name = entry_node.tag
1400            node_list = doc.getElementsByTagName(node_name)
1401            entry_node = node_list.item(0)
1402        return doc, entry_node
1403
1404    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1405    def _store_float(self, location, node, variable, storage, optional=True):
1406        """
1407        Get the content of a xpath location and store
1408        the result. Check that the units are compatible
1409        with the destination. The value is expected to
1410        be a float.
1411
1412        The xpath location might or might not exist.
1413        If it does not exist, nothing is done
1414
1415        :param location: xpath location to fetch
1416        :param node: node to read the data from
1417        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1418        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1419        :param optional: if True, no exception will be raised
1420            if unit conversion can't be done
1421
1422        :raise ValueError: raised when the units are not recognized
1423        """
1424        entry = get_content(location, node)
1425        try:
1426            value = float(entry.text)
1427        except:
1428            value = None
1429
1430        if value is not None:
1431            # If the entry has units, check to see that they are
1432            # compatible with what we currently have in the data object
1433            units = entry.get('unit')
1434            if units is not None:
1435                toks = variable.split('.')
1436                local_unit = None
1437                exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]
1438                if local_unit != None and units.lower() != local_unit.lower():
1439                    if HAS_CONVERTER == True:
1440                        try:
1441                            conv = Converter(units)
1442                            exec "storage.%s = %g" % \
1443                                (variable, conv(value, units=local_unit))
1444                        except:
1445                            _, exc_value, _ = sys.exc_info()
1446                            err_mess = "CanSAS reader: could not convert"
1447                            err_mess += " %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
1448                                % (variable, units, local_unit, exc_value)
1449                            self.errors.add(err_mess)
1450                            if optional:
1451                                logging.info(err_mess)
1452                            else:
1453                                raise ValueError, err_mess
1454                    else:
1455                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\
1456                        % (variable, units)
1457                        err_mess += " expecting [%s]" % local_unit
1458                        self.errors.add(err_mess)
1459                        if optional:
1460                            logging.info(err_mess)
1461                        else:
1462                            raise ValueError, err_mess
1463                else:
1464                    exec "storage.%s = value" % variable
1465            else:
1466                exec "storage.%s = value" % variable
1467
1468    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1469    def _store_content(self, location, node, variable, storage):
1470        """
1471        Get the content of a xpath location and store
1472        the result. The value is treated as a string.
1473
1474        The xpath location might or might not exist.
1475        If it does not exist, nothing is done
1476
1477        :param location: xpath location to fetch
1478        :param node: node to read the data from
1479        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1480        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1481
1482        :return: return a list of errors
1483        """
1484        entry = get_content(location, node)
1485        if entry is not None and entry.text is not None:
1486            exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable
1487
1488
1489# DO NOT REMOVE Called by outside packages:
1490#    sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_state
1491#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate
1492def get_content(location, node):
1493    """
1494    Get the first instance of the content of a xpath location.
1495
1496    :param location: xpath location
1497    :param node: node to start at
1498
1499    :return: Element, or None
1500    """
1501    nodes = node.xpath(location,
1502                       namespaces={'ns': CANSAS_NS.get("1.0").get("ns")})
1503    if len(nodes) > 0:
1504        return nodes[0]
1505    else:
1506        return None
1507
1508# DO NOT REMOVE Called by outside packages:
1509#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate
1510def write_node(doc, parent, name, value, attr=None):
1511    """
1512    :param doc: document DOM
1513    :param parent: parent node
1514    :param name: tag of the element
1515    :param value: value of the child text node
1516    :param attr: attribute dictionary
1517
1518    :return: True if something was appended, otherwise False
1519    """
1520    if attr is None:
1521        attr = {}
1522    if value is not None:
1523        node = doc.createElement(name)
1524        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value)))
1525        for item in attr:
1526            node.setAttribute(item, attr[item])
1527        parent.appendChild(node)
1528        return True
1529    return False
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.