source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py @ 7caf3e5

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 7caf3e5 was 7caf3e5, checked in by GitHub <noreply@…>, 3 years ago

Merge branch 'master' into sesans41

  • Property mode set to 100644
File size: 6.2 KB
Line 
1"""
2    SESANS reader (based on ASCII reader)
3   
4    Reader for .ses or .sesans file format
5   
6    Jurrian Bakker
7"""
8import numpy
9import os
10from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D
11
12# Check whether we have a converter available
13has_converter = True
14try:
15    from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter
16except:
17    has_converter = False
18_ZERO = 1e-16
19
20class Reader:
21    """
22    Class to load sesans files (6 columns).
23    """
24    ## File type
25    type_name = "SESANS"
26   
27    ## Wildcards
28    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses",
29            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"]
30    ## List of allowed extensions
31    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS']
32   
33    ## Flag to bypass extension check
34    allow_all = True
35   
36    def read(self, path):
37       
38#        print "reader triggered"
39       
40        """
41        Load data file
42       
43        :param path: file path
44       
45        :return: SESANSData1D object, or None
46       
47        :raise RuntimeError: when the file can't be opened
48        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
49        """
50        if os.path.isfile(path):
51            basename = os.path.basename(path)
52            _, extension = os.path.splitext(basename)
53            if self.allow_all or extension.lower() in self.ext:
54                try:
55                    # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii
56                    # characters that brakes the open operation
57                    input_f = open(path,'rb')
58                except:
59                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path
60                buff = input_f.read()
61                lines = buff.splitlines()
62                x  = numpy.zeros(0)
63                y  = numpy.zeros(0)
64                dy = numpy.zeros(0)
65                lam  = numpy.zeros(0)
66                dlam = numpy.zeros(0)
67                dx = numpy.zeros(0)
68               
69               #temp. space to sort data
70                tx  = numpy.zeros(0)
71                ty  = numpy.zeros(0)
72                tdy = numpy.zeros(0)
73                tlam  = numpy.zeros(0)
74                tdlam = numpy.zeros(0)
75                tdx = numpy.zeros(0)
76                output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True)
77                self.filename = output.filename = basename
78
79                paramnames=[]
80                paramvals=[]
81                zvals=[]
82                dzvals=[]
83                lamvals=[]
84                dlamvals=[]
85                Pvals=[]
86                dPvals=[]
87
88                for line in lines:
89                    # Initial try for CSV (split on ,)
90                    line=line.strip()
91                    toks = line.split('\t')
92                    if len(toks)==2:
93                        paramnames.append(toks[0])
94                        paramvals.append(toks[1])
95                    if len(toks)>5:
96                        zvals.append(toks[0])
97                        dzvals.append(toks[3])
98                        lamvals.append(toks[4])
99                        dlamvals.append(toks[5])
100                        Pvals.append(toks[1])
101                        dPvals.append(toks[2])
102                    else:
103                        continue
104
105                x=[]
106                y=[]
107                lam=[]
108                dx=[]
109                dy=[]
110                dlam=[]
111                lam_header = lamvals[0].split()
112                data_conv_z = None
113                default_z_unit = "A"
114                data_conv_P = None
115                default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3)
116                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","")
117                if lam_unit == 'AA':
118                    lam_unit = 'A'
119                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]]
120                valrange=range(1, len(zvals))
121                for i in valrange:
122                    x.append(float(zvals[i]))
123                    y.append(float(Pvals[i]))
124                    lam.append(float(lamvals[i]))
125                    dy.append(float(dPvals[i]))
126                    dx.append(float(dzvals[i]))
127                    dlam.append(float(dlamvals[i]))
128
129                x,y,lam,dy,dx,dlam = [
130                   numpy.asarray(v, 'double')
131                   for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam)
132                ]
133
134                input_f.close()
135
136                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit)
137                output.y = y
138                output.y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added
139                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit)
140                output.dy = dy
141                output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit)
142                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit)
143               
144                output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit)
145                output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs
146
147                # Store loading process information
148                output.meta_data['loader'] = self.type_name
149                #output.sample.thickness = float(paramvals[6])
150                output.sample.name = paramvals[1]
151                output.sample.ID = paramvals[0]
152                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[")
153                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","")
154                if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == r'\A^-1':
155                    zaccept_unit = "1/A"
156                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit)
157                output.vars = varheader
158
159                if len(output.x) < 1:
160                    raise RuntimeError, "%s is empty" % path
161                return output
162
163        else:
164            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
165        return None
166
167    def _unit_conversion(self, value, value_unit, default_unit):
168        if has_converter == True and value_unit != default_unit:
169            data_conv_q = Converter(value_unit)
170            value = data_conv_q(value, units=default_unit)
171            new_unit = default_unit
172        else:
173            new_unit = value_unit
174        return value, new_unit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.