Changeset b5e9ce26 in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Feb 14, 2017 3:27:46 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
2ffe241
Parents:
68adf86 (diff), 2510b9b (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Jeff Krzywon <krzywon@…> (02/14/17 15:27:46)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (02/14/17 15:27:46)
Message:

Merge branch 'master' into sesans41

Location:
src/sas
Files:
19 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rad4632c rb5e9ce26  
    2020import inspect 
    2121# For saving individual sections of data 
    22 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, DataInfo, plottable_1D 
    23 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture 
    24 from sas.sascalc.dataloader.data_info import combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
     23    plottable_1D, plottable_2D 
     24from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
     25    Detector, Process, Aperture 
     26from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
     27    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    2528import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    2629from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    … …  
    5659        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later. 
    5760    """ 
    58     ## CanSAS version - defaults to version 1.0 
     61    # CanSAS version - defaults to version 1.0 
    5962    cansas_version = "1.0" 
    6063    base_ns = "{cansas1d/1.0}" 
    … …  
    6366    invalid = True 
    6467    frm = "" 
    65     ## Log messages and errors 
     68    # Log messages and errors 
    6669    logging = None 
    6770    errors = set() 
    68     ## Namespace hierarchy for current xml_file object 
     71    # Namespace hierarchy for current xml_file object 
    6972    names = None 
    7073    ns_list = None 
    71     ## Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
     74    # Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
    7275    current_datainfo = None 
    7376    current_dataset = None 
    7477    current_data1d = None 
    7578    data = None 
    76     ## List of data1D objects to be sent back to SasView 
     79    # List of data1D objects to be sent back to SasView 
    7780    output = None 
    78     ## Wildcards 
     81    # Wildcards 
    7982    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"] 
    80     ## List of allowed extensions 
     83    # List of allowed extensions 
    8184    ext = ['.xml', '.XML', '.svs', '.SVS'] 
    82     ## Flag to bypass extension check 
     85    # Flag to bypass extension check 
    8386    allow_all = True 
    8487 
    … …  
    220223                self.parent_class = tagname_original 
    221224                if tagname == 'SASdata': 
    222                     self._initialize_new_data_set() 
    223                 ## Recursion step to access data within the group 
     225                    self._initialize_new_data_set(node) 
     226                    if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     227                        x_bins = attr.get("x_bins", "") 
     228                        y_bins = attr.get("y_bins", "") 
     229                        if x_bins is not "" and y_bins is not "": 
     230                            self.current_dataset.shape = (x_bins, y_bins) 
     231                        else: 
     232                            self.current_dataset.shape = () 
     233                # Recursion step to access data within the group 
    224234                self._parse_entry(node, True) 
    225235                if tagname == "SASsample": 
    … …  
    234244                self.add_intermediate() 
    235245            else: 
    236                 data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
    237  
    238                 ## If this is a dataset, store the data appropriately 
     246                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     247                    data_point = node.text 
     248                    unit = attr.get('unit', '') 
     249                else: 
     250                    data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
     251 
     252                # If this is a dataset, store the data appropriately 
    239253                if tagname == 'Run': 
    240254                    self.current_datainfo.run_name[data_point] = name 
    … …  
    245259                    self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    246260 
    247                 ## I and Q Data 
    248                 elif tagname == 'I': 
     261                # I and Q - 1D data 
     262                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    249263                    unit_list = unit.split(" | ") 
    250264                    if len(unit_list) > 1: 
    … …  
    253267                        self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    254268                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    255                 elif tagname == 'Idev': 
     269                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    256270                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    257271                elif tagname == 'Q': 
    … …  
    277291                    self.current_datainfo.sample.zacceptance = (data_point, unit) 
    278292 
    279                 ## Sample Information 
     293                # I and Qx, Qy - 2D data 
     294                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     295                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     296                    self.current_dataset.data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     297                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     298                    self.current_dataset.err_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     299                elif tagname == 'Qx': 
     300                    self.current_dataset.xaxis("Qx", unit) 
     301                    self.current_dataset.qx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     302                elif tagname == 'Qy': 
     303                    self.current_dataset.yaxis("Qy", unit) 
     304                    self.current_dataset.qy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     305                elif tagname == 'Qxdev': 
     306                    self.current_dataset.xaxis("Qxdev", unit) 
     307                    self.current_dataset.dqx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     308                elif tagname == 'Qydev': 
     309                    self.current_dataset.yaxis("Qydev", unit) 
     310                    self.current_dataset.dqy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     311                elif tagname == 'Mask': 
     312                    inter = [item == "1" for item in data_point.split(",")] 
     313                    self.current_dataset.mask = np.asarray(inter, dtype=bool) 
     314 
     315                # Sample Information 
    280316                elif tagname == 'ID' and self.parent_class == 'SASsample': 
    281317                    self.current_datainfo.sample.ID = data_point 
    … …  
    311347                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit 
    312348 
    313                 ## Instrumental Information 
     349                # Instrumental Information 
    314350                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASinstrument': 
    315351                    self.current_datainfo.instrument = data_point 
    316                 ## Detector Information 
     352                # Detector Information 
    317353                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASdetector': 
    318354                    self.detector.name = data_point 
    … …  
    359395                    self.detector.orientation.z = data_point 
    360396                    self.detector.orientation_unit = unit 
    361                 ## Collimation and Aperture 
     397                # Collimation and Aperture 
    362398                elif tagname == 'length' and self.parent_class == 'SAScollimation': 
    363399                    self.collimation.length = data_point 
    … …  
    378414                    self.collimation.size_unit = unit 
    379415 
    380                 ## Process Information 
     416                # Process Information 
    381417                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASprocess': 
    382418                    self.process.name = data_point 
    … …  
    398434                    self.process.term.append(dic) 
    399435 
    400                 ## Transmission Spectrum 
     436                # Transmission Spectrum 
    401437                elif tagname == 'T' and self.parent_class == 'Tdata': 
    402438                    self.transspectrum.transmission = np.append(self.transspectrum.transmission, data_point) 
    … …  
    409445                    self.transspectrum.wavelength_unit = unit 
    410446 
    411                 ## Source Information 
     447                # Source Information 
    412448                elif tagname == 'wavelength' and (self.parent_class == 'SASsource' or self.parent_class == 'SASData'): 
    413449                    self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    … …  
    436472                    self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
    437473 
    438                 ## Everything else goes in meta_data 
     474                # Everything else goes in meta_data 
    439475                else: 
    440476                    new_key = self._create_unique_key(self.current_datainfo.meta_data, tagname) 
    … …  
    450486            self.add_data_set() 
    451487            empty = None 
    452             if self.output[0].dx is not None: 
    453                 self.output[0].dxl = np.empty(0) 
    454                 self.output[0].dxw = np.empty(0) 
    455             else: 
    456                 self.output[0].dx = np.empty(0) 
    457488            return self.output[0], empty 
    458489 
    … …  
    526557        self.current_datainfo = DataInfo() 
    527558 
    528     def _initialize_new_data_set(self, parent_list=None): 
     559    def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
    529560        """ 
    530561        A private class method to generate a new 1D data object. 
    531562        Outside methods should call add_data_set() to be sure any existing data is stored properly. 
    532563 
    533         :param parent_list: List of names of parent elements 
    534         """ 
    535  
    536         if parent_list is None: 
    537             parent_list = [] 
     564        :param node: XML node to determine if 1D or 2D data 
     565        """ 
    538566        x = np.array(0) 
    539567        y = np.array(0) 
     568        for child in node: 
     569            if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata": 
     570                for i_child in child: 
     571                    if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx": 
     572                        self.current_dataset = plottable_2D() 
     573                        return 
    540574        self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    541575 
    … …  
    572606        """ 
    573607 
    574         ## Append errors to dataset and reset class errors 
     608        # Append errors to dataset and reset class errors 
    575609        self.current_datainfo.errors = set() 
    576610        for error in self.errors: 
    … …  
    578612        self.errors.clear() 
    579613 
    580         ## Combine all plottables with datainfo and append each to output 
    581         ## Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
     614        # Combine all plottables with datainfo and append each to output 
     615        # Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
    582616        for dataset in self.data: 
    583             if dataset.x is not None: 
    584                 dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
    585                 dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
    586                 dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
    587                 dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
    588             if dataset.y is not None: 
    589                 dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
    590                 dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
    591                 dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
    592                 dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
    593             if dataset.dx is not None: 
    594                 dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
    595                 dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
    596             if dataset.dxl is not None: 
    597                 dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
    598                 dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
    599             if dataset.dxw is not None: 
    600                 dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
    601                 dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
    602             if dataset.dy is not None: 
    603                 dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
    604                 dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
    605             np.trim_zeros(dataset.x) 
    606             np.trim_zeros(dataset.y) 
    607             np.trim_zeros(dataset.dy) 
     617            if isinstance(dataset, plottable_1D): 
     618                if dataset.x is not None: 
     619                    dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
     620                    dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
     621                    dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
     622                    dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
     623                if dataset.y is not None: 
     624                    dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
     625                    dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
     626                    dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
     627                    dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
     628                if dataset.dx is not None: 
     629                    dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
     630                    dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
     631                if dataset.dxl is not None: 
     632                    dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
     633                    dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
     634                if dataset.dxw is not None: 
     635                    dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
     636                    dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
     637                if dataset.dy is not None: 
     638                    dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
     639                    dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
     640                np.trim_zeros(dataset.x) 
     641                np.trim_zeros(dataset.y) 
     642                np.trim_zeros(dataset.dy) 
     643            elif isinstance(dataset, plottable_2D): 
     644                dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
     645                dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
     646                dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
     647                dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
     648                dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
     649                dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
     650                dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
     651                dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data 
     652                                         + dataset.qy_data * dataset.qy_data) 
     653                if dataset.err_data is not None: 
     654                    dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
     655                if dataset.dqx_data is not None: 
     656                    dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
     657                if dataset.dqy_data is not None: 
     658                    dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
     659                if dataset.mask is not None: 
     660                    dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool) 
     661 
     662                if len(dataset.shape) == 2: 
     663                    n_rows, n_cols = dataset.shape 
     664                    dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)] 
     665                    dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
     666                    dataset.data = dataset.data.flatten() 
     667                else: 
     668                    dataset.y_bins = [] 
     669                    dataset.x_bins = [] 
     670                    dataset.data = dataset.data.flatten() 
     671 
    608672            final_dataset = combine_data(dataset, self.current_datainfo) 
    609673            self.output.append(final_dataset) 
    … …  
    705769                        and local_unit.lower() != "none": 
    706770                    if HAS_CONVERTER == True: 
    707                         ## Check local units - bad units raise KeyError 
     771                        # Check local units - bad units raise KeyError 
    708772                        data_conv_q = Converter(local_unit) 
    709773                        value_unit = default_unit 
    … …  
    752816        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q 
    753817        """ 
    754         dql_exists = False 
    755         dqw_exists = False 
    756         dq_exists = False 
    757         di_exists = False 
    758         if self.current_dataset.dxl is not None: 
    759             dql_exists = True 
    760         if self.current_dataset.dxw is not None: 
    761             dqw_exists = True 
    762         if self.current_dataset.dx is not None: 
    763             dq_exists = True 
    764         if self.current_dataset.dy is not None: 
    765             di_exists = True 
    766         if dqw_exists and not dql_exists: 
    767             array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
    768             self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, np.zeros([array_size])) 
    769         elif dql_exists and not dqw_exists: 
    770             array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
    771             self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, np.zeros([array_size])) 
    772         elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
    773             array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
    774             self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, np.zeros([array_size])) 
    775         if not di_exists: 
    776             array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
    777             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, np.zeros([array_size])) 
    778  
     818        if isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
     819            dql_exists = False 
     820            dqw_exists = False 
     821            dq_exists = False 
     822            di_exists = False 
     823            if self.current_dataset.dxl is not None: 
     824                dql_exists = True 
     825            if self.current_dataset.dxw is not None: 
     826                dqw_exists = True 
     827            if self.current_dataset.dx is not None: 
     828                dq_exists = True 
     829            if self.current_dataset.dy is not None: 
     830                di_exists = True 
     831            if dqw_exists and not dql_exists: 
     832                array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
     833                self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, 
     834                                                     np.zeros([array_size])) 
     835            elif dql_exists and not dqw_exists: 
     836                array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
     837                self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, 
     838                                                     np.zeros([array_size])) 
     839            elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
     840                array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
     841                self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
     842                                                    np.zeros([array_size])) 
     843            if not di_exists: 
     844                array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
     845                self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
     846                                                    np.zeros([array_size])) 
     847        elif isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     848            dqx_exists = False 
     849            dqy_exists = False 
     850            di_exists = False 
     851            mask_exists = False 
     852            if self.current_dataset.dqx_data is not None: 
     853                dqx_exists = True 
     854            if self.current_dataset.dqy_data is not None: 
     855                dqy_exists = True 
     856            if self.current_dataset.err_data is not None: 
     857                di_exists = True 
     858            if self.current_dataset.mask is not None: 
     859                mask_exists = True 
     860            if not dqy_exists: 
     861                array_size = self.current_dataset.qy_data.size - 1 
     862                self.current_dataset.dqy_data = np.append( 
     863                    self.current_dataset.dqy_data, np.zeros([array_size])) 
     864            if not dqx_exists: 
     865                array_size = self.current_dataset.qx_data.size - 1 
     866                self.current_dataset.dqx_data = np.append( 
     867                    self.current_dataset.dqx_data, np.zeros([array_size])) 
     868            if not di_exists: 
     869                array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
     870                self.current_dataset.err_data = np.append( 
     871                    self.current_dataset.err_data, np.zeros([array_size])) 
     872            if not mask_exists: 
     873                array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
     874                self.current_dataset.mask = np.append( 
     875                    self.current_dataset.mask, 
     876                    np.ones([array_size] ,dtype=bool)) 
    779877 
    780878    ####### All methods below are for writing CanSAS XML files ####### 
    781  
    782879 
    783880    def write(self, filename, datainfo): 
    … …  
    804901        :param datainfo: Data1D object 
    805902        """ 
    806         if not issubclass(datainfo.__class__, Data1D): 
    807             raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance" 
     903        is_2d = False 
     904        if issubclass(datainfo.__class__, Data2D): 
     905            is_2d = True 
    808906 
    809907        # Get PIs and create root element 
    … …  
    825923        self._write_run_names(datainfo, entry_node) 
    826924        # Add Data info to SASEntry 
    827         self._write_data(datainfo, entry_node) 
     925        if is_2d: 
     926            self._write_data_2d(datainfo, entry_node) 
     927        else: 
     928            self._write_data(datainfo, entry_node) 
    828929        # Transmission Spectrum Info 
    829930        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node) 
    … …  
    9191020    def _write_data(self, datainfo, entry_node): 
    9201021        """ 
    921         Writes the I and Q data to the XML file 
     1022        Writes 1D I and Q data to the XML file 
    9221023 
    9231024        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    … …  
    9541055                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    9551056 
     1057 
     1058    def _write_data_2d(self, datainfo, entry_node): 
     1059        """ 
     1060        Writes 2D data to the XML file 
     1061 
     1062        :param datainfo: The Data2D object the information is coming from 
     1063        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1064        """ 
     1065        attr = {} 
     1066        if datainfo.data.shape: 
     1067            attr["x_bins"] = str(len(datainfo.x_bins)) 
     1068            attr["y_bins"] = str(len(datainfo.y_bins)) 
     1069        node = self.create_element("SASdata", attr) 
     1070        self.append(node, entry_node) 
     1071 
     1072        point = self.create_element("Idata") 
     1073        node.append(point) 
     1074        qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))]) 
     1075        qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))]) 
     1076        intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))]) 
     1077 
     1078        self.write_node(point, "Qx", qx, 
     1079                        {'unit': datainfo._xunit}) 
     1080        self.write_node(point, "Qy", qy, 
     1081                        {'unit': datainfo._yunit}) 
     1082        self.write_node(point, "I", intensity, 
     1083                        {'unit': datainfo._zunit}) 
     1084        if datainfo.err_data is not None: 
     1085            err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in 
     1086                            xrange(len(datainfo.err_data))]) 
     1087            self.write_node(point, "Idev", err, 
     1088                            {'unit': datainfo._zunit}) 
     1089        if datainfo.dqy_data is not None: 
     1090            dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in 
     1091                            xrange(len(datainfo.dqy_data))]) 
     1092            self.write_node(point, "Qydev", dqy, 
     1093                            {'unit': datainfo._yunit}) 
     1094        if datainfo.dqx_data is not None: 
     1095            dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in 
     1096                            xrange(len(datainfo.dqx_data))]) 
     1097            self.write_node(point, "Qxdev", dqx, 
     1098                            {'unit': datainfo._xunit}) 
     1099        if datainfo.mask is not None: 
     1100            mask = ','.join( 
     1101                ["1" if datainfo.mask[i] else "0" 
     1102                 for i in xrange(len(datainfo.mask))]) 
     1103            self.write_node(point, "Mask", mask) 
    9561104 
    9571105    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_0.xsd

    r250fec92 raf08e55  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         
    … …  
    5162                <attribute name="name" type="string" use="optional" default="" /> 
    5263                <attribute name="timestamp" type="dateTime" use="optional" /> 
     64                <attribute name="x_bins" type="string" use="optional" /> 
     65                <attribute name="y_bins" type="string" use="optional" /> 
    5366        </complexType> 
    5467 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_1.xsd

    r250fec92 raf08e55  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         
    … …  
    5162                <attribute name="name" type="string" use="optional" default="" /> 
    5263                <attribute name="timestamp" type="dateTime" use="optional" /> 
     64                <attribute name="x_bins" type="string" use="optional" /> 
     65                <attribute name="y_bins" type="string" use="optional" /> 
    5366        </complexType> 
    5467 

  • src/sas/sascalc/file_converter/c_ext/bsl_loader.c

    rdc8a553 r2ab9c432  
    11#include <Python.h> 
     2//#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION 
    23#include <numpy/arrayobject.h> 
    34#include <stdio.h> 
    … …  
    2122static PyObject *CLoader_init(CLoader *self, PyObject *args, PyObject *kwds) { 
    2223    const char *filename; 
    23     const int n_frames; 
    24     const int n_pixels; 
    25     const int n_rasters; 
    26     const int swap_bytes; 
     24    int n_frames; 
     25    int n_pixels; 
     26    int n_rasters; 
     27    int swap_bytes; 
    2728 
    2829    if (self != NULL) { 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/plotting.py

    r6ffa0dd rca224b1  
    134134        """ 
    135135        for group_id in self.plot_panels.keys(): 
    136             panel = self.plot_panels[group_id] 
    137             panel.graph.reset() 
    138             self.hide_panel(group_id) 
     136            self.clear_panel_by_id(group_id) 
    139137        self.plot_panels = {} 
    140138 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    r20522e1 ra6fccd7  
    11051105        """ 
    11061106        for key, value in self.master_category_dict.iteritems(): 
     1107            formfactor = state.formfactorcombobox.split(":") 
     1108            if isinstance(formfactor, list): 
     1109                formfactor = formfactor[0] 
    11071110            for list_item in value: 
    1108                 if state.formfactorcombobox in list_item: 
     1111                if formfactor in list_item: 
    11091112                    return self.categorybox.Items.index(key) 
    11101113        return 0 
    … …  
    11521155        self._show_combox_helper() 
    11531156        # select the current model 
    1154         try: 
    1155             # to support older version 
    1156             category_pos = int(state.categorycombobox) 
    1157         except: 
    1158             state.formfactorcombobox = state.formfactorcombobox.lower() 
    1159             state.formfactorcombobox = \ 
    1160                 state.formfactorcombobox.replace('model', '') 
    1161             state.formfactorcombobox = unicode(state.formfactorcombobox) 
    1162             state.categorycombobox = unicode(state.categorycombobox) 
    1163             if state.categorycombobox in self.categorybox.Items: 
    1164                 category_pos = self.categorybox.Items.index( 
    1165                     state.categorycombobox) 
    1166             else: 
    1167                 # Look in master list for model name (model.lower) 
    1168                 category_pos = self.get_cat_combo_box_pos(state) 
     1157        state._convert_to_sasmodels() 
     1158        state.categorycombobox = unicode(state.categorycombobox) 
     1159        if state.categorycombobox in self.categorybox.Items: 
     1160            category_pos = self.categorybox.Items.index( 
     1161                state.categorycombobox) 
     1162        else: 
     1163            # Look in master list for model name (model.lower) 
     1164            category_pos = self.get_cat_combo_box_pos(state) 
    11691165 
    11701166        self.categorybox.Select(category_pos) 
    11711167        self._show_combox(None) 
    1172         try: 
    1173             # to support older version 
    1174             formfactor_pos = int(state.formfactorcombobox) 
    1175         except: 
    1176             formfactor_pos = 0 
    1177             for ind_form in range(self.formfactorbox.GetCount()): 
    1178                 if self.formfactorbox.GetString(ind_form) == \ 
    1179                                                     (state.formfactorcombobox): 
    1180                     formfactor_pos = int(ind_form) 
     1168        from models import PLUGIN_NAME_BASE 
     1169        if self.categorybox.GetValue() == 'Customized Models' \ 
     1170                and PLUGIN_NAME_BASE not in state.formfactorcombobox: 
     1171            state.formfactorcombobox = \ 
     1172                PLUGIN_NAME_BASE + state.formfactorcombobox 
     1173        formfactor_pos = 0 
     1174        for ind_form in range(self.formfactorbox.GetCount()): 
     1175            if self.formfactorbox.GetString(ind_form) == \ 
     1176                                                (state.formfactorcombobox): 
     1177                formfactor_pos = int(ind_form) 
     1178                break 
     1179 
     1180        self.formfactorbox.Select(formfactor_pos) 
     1181 
     1182        structfactor_pos = 0 
     1183        if state.structurecombobox is not None: 
     1184            state.structurecombobox = unicode(state.structurecombobox) 
     1185            for ind_struct in range(self.structurebox.GetCount()): 
     1186                if self.structurebox.GetString(ind_struct) == \ 
     1187                                                (state.structurecombobox): 
     1188                    structfactor_pos = int(ind_struct) 
    11811189                    break 
    1182  
    1183         self.formfactorbox.Select(formfactor_pos) 
    1184  
    1185         structfactor_pos = 0 
    1186         try: 
    1187             # to support older version 
    1188             structfactor_pos = int(state.structurecombobox) 
    1189         except: 
    1190             if state.structurecombobox is not None: 
    1191                 state.structurecombobox = unicode(state.structurecombobox) 
    1192                 for ind_struct in range(self.structurebox.GetCount()): 
    1193                     if self.structurebox.GetString(ind_struct) == \ 
    1194                                                     (state.structurecombobox): 
    1195                         structfactor_pos = int(ind_struct) 
    1196                         break 
    11971190 
    11981191        self.structurebox.SetSelection(structfactor_pos) 
    … …  
    13841377        # self.state.struct_rbutton = self.struct_rbutton.GetValue() 
    13851378        # self.state.plugin_rbutton = self.plugin_rbutton.GetValue() 
    1386         self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetLabel() 
    1387         self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetLabel() 
    1388         self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetLabel() 
     1379        self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetValue() 
     1380        self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetValue() 
     1381        self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetValue() 
    13891382 
    13901383        # post state to fit panel 
    … …  
    15871580        if len(statelist) == 0 or len(listtorestore) == 0: 
    15881581            return 
    1589         if len(statelist) != len(listtorestore): 
    1590             return 
    15911582 
    15921583        for j in range(len(listtorestore)): 
    1593             item_page = listtorestore[j] 
    1594             item_page_info = statelist[j] 
    1595             # change the state of the check box for simple parameters 
    1596             if item_page[0] is not None: 
    1597                 item_page[0].SetValue(item_page_info[0]) 
    1598             if item_page[2] is not None: 
    1599                 item_page[2].SetValue(item_page_info[2]) 
    1600                 if item_page[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
    1601                     if item_page_info[2] in self.model.fun_list: 
    1602                         fun_val = self.model.fun_list[item_page_info[2]] 
    1603                         self.model.setParam(item_page_info[1], fun_val) 
    1604             if item_page[3] is not None: 
    1605                 # show or hide text +/- 
    1606                 if item_page_info[2]: 
    1607                     item_page[3].Show(True) 
    1608                 else: 
    1609                     item_page[3].Hide() 
    1610             if item_page[4] is not None: 
    1611                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1612                 if item_page_info[4][0]: 
    1613                     item_page[4].Show(True) 
    1614                     item_page[4].SetValue(item_page_info[4][1]) 
    1615                 else: 
    1616                     item_page[3].Hide() 
    1617             if item_page[5] is not None: 
    1618                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1619                 item_page[5].Show(item_page_info[5][0]) 
    1620                 item_page[5].SetValue(item_page_info[5][1]) 
    1621  
    1622             if item_page[6] is not None: 
    1623                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1624                 item_page[6].Show(item_page_info[6][0]) 
    1625                 item_page[6].SetValue(item_page_info[6][1]) 
     1584            for param in statelist: 
     1585                if param[1] == listtorestore[j][1]: 
     1586                    item_page = listtorestore[j] 
     1587                    item_page_info = param 
     1588                    if (item_page_info[1] == "theta" or item_page_info[1] == 
     1589                            "phi") and not self._is_2D(): 
     1590                        break 
     1591                    # change the state of the check box for simple parameters 
     1592                    if item_page[0] is not None: 
     1593                        item_page[0].SetValue(item_page_info[0]) 
     1594                    if item_page[2] is not None: 
     1595                        item_page[2].SetValue(item_page_info[2]) 
     1596                        if item_page[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
     1597                            if item_page_info[2] in self.model.fun_list: 
     1598                                fun_val = self.model.fun_list[item_page_info[2]] 
     1599                                self.model.setParam(item_page_info[1], fun_val) 
     1600                    if item_page[3] is not None: 
     1601                        # show or hide text +/- 
     1602                        if item_page_info[2]: 
     1603                            item_page[3].Show(True) 
     1604                        else: 
     1605                            item_page[3].Hide() 
     1606                    if item_page[4] is not None: 
     1607                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1608                        if item_page_info[4][0]: 
     1609                            item_page[4].Show(True) 
     1610                            item_page[4].SetValue(str(item_page_info[4][1])) 
     1611                        else: 
     1612                            item_page[3].Hide() 
     1613                    if item_page[5] is not None: 
     1614                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1615                        item_page[5].Show(True) 
     1616                        item_page[5].SetValue(str(item_page_info[5][1])) 
     1617                    if item_page[6] is not None: 
     1618                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1619                        item_page[6].Show(True) 
     1620                        item_page[6].SetValue(str(item_page_info[6][1])) 
     1621                    break 
    16261622 
    16271623    def _reset_strparam_state(self, listtorestore, statelist): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r24fd27a ra6fccd7  
    11901190        self.state.slit_smearer = self.slit_smearer.GetValue() 
    11911191 
    1192         self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetLabel() 
    1193         self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetLabel() 
     1192        self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetValue() 
     1193        self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetValue() 
     1194        self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetValue() 
    11941195        self.enable_fit_button() 
    11951196        if self.model is not None: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r313c5c9 r0de74af  
    2323PLUGIN_LOG = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR, 
    2424                          "plugins.log") 
     25PLUGIN_NAME_BASE = '[plug-in] ' 
    2526 
    2627def get_model_python_path(): 
    … …  
    181182            try: 
    182183                model = load_custom_model(path) 
    183                 model.name = "[plug-in] "+model.name 
     184                model.name = PLUGIN_NAME_BASE + model.name 
    184185                plugins[model.name] = model 
    185186            except Exception: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    rc8e1996 r6d2b50b  
    2525from lxml import etree 
    2626 
     27from sasmodels import convert 
    2728import sasmodels.weights 
    2829 
    … …  
    271272        # store value of chisqr 
    272273        self.tcChi = None 
     274        self.version = (1,0,0) 
    273275 
    274276    def clone(self): 
    … …  
    349351        obj.cb1 = copy.deepcopy(self.cb1) 
    350352        obj.smearer = copy.deepcopy(self.smearer) 
     353        obj.version = copy.deepcopy(self.version) 
    351354 
    352355        for name, state in self.saved_states.iteritems(): 
    … …  
    355358            obj.saved_states[copy_name] = copy_state 
    356359        return obj 
     360 
     361    def _old_first_model(self): 
     362        """ 
     363        Handle save states from 4.0.1 and before where the first item in the 
     364        selection boxes of category, formfactor and structurefactor were not 
     365        saved. 
     366        :return: None 
     367        """ 
     368        if self.formfactorcombobox == '': 
     369            FIRST_FORM = { 
     370                'Shapes' : 'BCCrystalModel', 
     371                'Uncategorized' : 'LineModel', 
     372                'StructureFactor' : 'HardsphereStructure', 
     373                'Ellipsoid' : 'core_shell_ellipsoid', 
     374                'Lamellae' : 'lamellar', 
     375                'Paracrystal' : 'bcc_paracrystal', 
     376                'Parallelepiped' : 'core_shell_parallelepiped', 
     377                'Shape Independent' : 'be_polyelectrolyte', 
     378                'Sphere' : 'adsorbed_layer', 
     379                'Structure Factor' : 'hardsphere', 
     380                'Customized Models' : '' 
     381            } 
     382            if self.categorycombobox == '': 
     383                if len(self.parameters) == 3: 
     384                    self.categorycombobox = "Shape-Independent" 
     385                    self.formfactorcombobox = 'PowerLawAbsModel' 
     386                elif len(self.parameters) == 9: 
     387                    self.categorycombobox = 'Cylinder' 
     388                    self.formfactorcombobox = 'barbell' 
     389                else: 
     390                    msg = "Save state does not have enough information to load" 
     391                    msg += " the all of the data." 
     392                    logging.warning(msg=msg) 
     393            else: 
     394                self.formfactorcombobox = FIRST_FORM[self.categorycombobox] 
     395 
     396    @staticmethod 
     397    def param_remap_to_sasmodels_convert(params, is_string=False): 
     398        """ 
     399        Remaps the parameters for sasmodels conversion 
     400 
     401        :param params: list of parameters (likely self.parameters) 
     402        :return: remapped dictionary of parameters 
     403        """ 
     404        p = dict() 
     405        for fittable, name, value, _, uncert, lower, upper, units in params: 
     406            if not value: 
     407                value = numpy.nan 
     408            if not uncert or uncert[1] == '' or uncert[1] == 'None': 
     409                uncert[0] = False 
     410                uncert[1] = numpy.nan 
     411            if not upper or upper[1] == '' or upper[1] == 'None': 
     412                upper[0] = False 
     413                upper[1] = numpy.nan 
     414            if not lower or lower[1] == '' or lower[1] == 'None': 
     415                lower[0] = False 
     416                lower[1] = numpy.nan 
     417            if is_string: 
     418                p[name] = str(value) 
     419            else: 
     420                p[name] = float(value) 
     421            p[name + ".fittable"] = bool(fittable) 
     422            p[name + ".std"] = float(uncert[1]) 
     423            p[name + ".upper"] = float(upper[1]) 
     424            p[name + ".lower"] = float(lower[1]) 
     425            p[name + ".units"] = units 
     426        return p 
     427 
     428    @staticmethod 
     429    def param_remap_from_sasmodels_convert(params): 
     430        """ 
     431        Converts {name : value} map back to [] param list 
     432        :param params: parameter map returned from sasmodels 
     433        :return: None 
     434        """ 
     435        p_map = [] 
     436        for name, info in params.iteritems(): 
     437            if ".fittable" in name or ".std" in name or ".upper" in name or \ 
     438                            ".lower" in name or ".units" in name: 
     439                pass 
     440            else: 
     441                fittable = params.get(name + ".fittable", True) 
     442                std = params.get(name + ".std", '0.0') 
     443                upper = params.get(name + ".upper", 'inf') 
     444                lower = params.get(name + ".lower", '-inf') 
     445                units = params.get(name + ".units") 
     446                if std is not None and std is not numpy.nan: 
     447                    std = [True, str(std)] 
     448                else: 
     449                    std = [False, ''] 
     450                if lower is not None and lower is not numpy.nan: 
     451                    lower = [True, str(lower)] 
     452                else: 
     453                    lower = [True, '-inf'] 
     454                if upper is not None and upper is not numpy.nan: 
     455                    upper = [True, str(upper)] 
     456                else: 
     457                    upper = [True, 'inf'] 
     458                param_list = [bool(fittable), str(name), str(info), 
     459                              "+/-", std, lower, upper, str(units)] 
     460                p_map.append(param_list) 
     461        return p_map 
     462 
     463    def _convert_to_sasmodels(self): 
     464        """ 
     465        Convert parameters to a form usable by sasmodels converter 
     466 
     467        :return: None 
     468        """ 
     469        # Create conversion dictionary to send to sasmodels 
     470        self._old_first_model() 
     471        p = self.param_remap_to_sasmodels_convert(self.parameters) 
     472        structurefactor, params = convert.convert_model(self.structurecombobox, 
     473                                                        p, False, self.version) 
     474        formfactor, params = convert.convert_model(self.formfactorcombobox, 
     475                                                   params, False, self.version) 
     476        if len(self.str_parameters) > 0: 
     477            str_pars = self.param_remap_to_sasmodels_convert( 
     478                self.str_parameters, True) 
     479            formfactor, str_params = convert.convert_model( 
     480                self.formfactorcombobox, str_pars, False, self.version) 
     481            for key, value in str_params.iteritems(): 
     482                params[key] = value 
     483 
     484        if self.formfactorcombobox == 'SphericalSLDModel': 
     485            self.multi_factor += 1 
     486        self.formfactorcombobox = formfactor 
     487        self.structurecombobox = structurefactor 
     488        self.parameters = [] 
     489        self.parameters = self.param_remap_from_sasmodels_convert(params) 
    357490 
    358491    def _repr_helper(self, list, rep): 
    … …  
    682815 
    683816        attr = newdoc.createAttribute("version") 
    684         attr.nodeValue = '1.0' 
     817        import sasview 
     818        attr.nodeValue = sasview.__version__ 
     819        # attr.nodeValue = '1.0' 
    685820        top_element.setAttributeNode(attr) 
    686821 
    … …  
    8751010            raise RuntimeError, msg 
    8761011 
    877         if node.get('version') and node.get('version') == '1.0': 
     1012        if node.get('version'): 
     1013            # Get the version for model conversion purposes 
     1014            self.version = tuple(int(e) for e in 
     1015                                 str.split(node.get('version'), ".")) 
     1016            # The tuple must be at least 3 items long 
     1017            while len(self.version) < 3: 
     1018                ver_list = list(self.version) 
     1019                ver_list.append(0) 
     1020                self.version = tuple(ver_list) 
    8781021 
    8791022            # Get file name 
    … …  
    10331176        if self.cansas: 
    10341177            return self._read_cansas(path) 
    1035  
    1036     def _data2d_to_xml_doc(self, datainfo): 
    1037         """ 
    1038         Create an XML document to contain the content of a Data2D 
    1039  
    1040         :param datainfo: Data2D object 
    1041  
    1042         """ 
    1043         if not issubclass(datainfo.__class__, Data2D): 
    1044             raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data2D instance" 
    1045  
    1046         title = "cansas1d/%s" % self.version 
    1047         title += "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd" 
    1048         doc = xml.dom.minidom.Document() 
    1049         main_node = doc.createElement("SASroot") 
    1050         main_node.setAttribute("version", self.version) 
    1051         main_node.setAttribute("xmlns", "cansas1d/%s" % self.version) 
    1052         main_node.setAttribute("xmlns:xsi", 
    1053                                "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
    1054         main_node.setAttribute("xsi:schemaLocation", title) 
    1055  
    1056         doc.appendChild(main_node) 
    1057  
    1058         entry_node = doc.createElement("SASentry") 
    1059         main_node.appendChild(entry_node) 
    1060  
    1061         write_node(doc, entry_node, "Title", datainfo.title) 
    1062         if datainfo is not None: 
    1063             write_node(doc, entry_node, "data_class", 
    1064                        datainfo.__class__.__name__) 
    1065         for item in datainfo.run: 
    1066             runname = {} 
    1067             if item in datainfo.run_name and \ 
    1068                             len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
    1069                 runname = {'name': datainfo.run_name[item]} 
    1070             write_node(doc, entry_node, "Run", item, runname) 
    1071         # Data info 
    1072         new_node = doc.createElement("SASdata") 
    1073         entry_node.appendChild(new_node) 
    1074         for item in LIST_OF_DATA_2D_ATTR: 
    1075             element = doc.createElement(item[0]) 
    1076             element.setAttribute(item[0], str(getattr(datainfo, item[1]))) 
    1077             new_node.appendChild(element) 
    1078  
    1079         for item in LIST_OF_DATA_2D_VALUES: 
    1080             root_node = doc.createElement(item[0]) 
    1081             new_node.appendChild(root_node) 
    1082             temp_list = getattr(datainfo, item[1]) 
    1083  
    1084             if temp_list is None or len(temp_list) == 0: 
    1085                 element = doc.createElement(item[0]) 
    1086                 element.appendChild(doc.createTextNode(str(temp_list))) 
    1087                 root_node.appendChild(element) 
    1088             else: 
    1089                 for value in temp_list: 
    1090                     element = doc.createElement(item[0]) 
    1091                     element.setAttribute(item[0], str(value)) 
    1092                     root_node.appendChild(element) 
    1093  
    1094         # Sample info 
    1095         sample = doc.createElement("SASsample") 
    1096         if datainfo.sample.name is not None: 
    1097             sample.setAttribute("name", str(datainfo.sample.name)) 
    1098         entry_node.appendChild(sample) 
    1099         write_node(doc, sample, "ID", str(datainfo.sample.ID)) 
    1100         write_node(doc, sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, 
    1101                    {"unit": datainfo.sample.thickness_unit}) 
    1102         write_node(doc, sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
    1103         write_node(doc, sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, 
    1104                    {"unit": datainfo.sample.temperature_unit}) 
    1105  
    1106         for item in datainfo.sample.details: 
    1107             write_node(doc, sample, "details", item) 
    1108  
    1109         pos = doc.createElement("position") 
    1110         written = write_node(doc, pos, "x", datainfo.sample.position.x, 
    1111                              {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1112         written = written | write_node(doc, pos, "y", 
    1113                                        datainfo.sample.position.y, 
    1114                                        {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1115         written = written | write_node(doc, pos, "z", 
    1116                                        datainfo.sample.position.z, 
    1117                                        {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1118         if written: 
    1119             sample.appendChild(pos) 
    1120  
    1121         ori = doc.createElement("orientation") 
    1122         written = write_node(doc, ori, "roll", datainfo.sample.orientation.x, 
    1123                              {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1124         written = written | write_node(doc, ori, "pitch", 
    1125                                        datainfo.sample.orientation.y, 
    1126                                        {"unit": 
    1127                                             datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1128         written = written | write_node(doc, ori, "yaw", 
    1129                                        datainfo.sample.orientation.z, 
    1130                                        {"unit": 
    1131                                             datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1132         if written: 
    1133             sample.appendChild(ori) 
    1134  
    1135         # Instrument info 
    1136         instr = doc.createElement("SASinstrument") 
    1137         entry_node.appendChild(instr) 
    1138  
    1139         write_node(doc, instr, "name", datainfo.instrument) 
    1140  
    1141         #   Source 
    1142         source = doc.createElement("SASsource") 
    1143         if datainfo.source.name is not None: 
    1144             source.setAttribute("name", str(datainfo.source.name)) 
    1145         instr.appendChild(source) 
    1146  
    1147         write_node(doc, source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
    1148         write_node(doc, source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
    1149         size = doc.createElement("beam_size") 
    1150         if datainfo.source.beam_size_name is not None: 
    1151             size.setAttribute("name", str(datainfo.source.beam_size_name)) 
    1152         written = write_node(doc, size, "x", datainfo.source.beam_size.x, 
    1153                              {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1154         written = written | write_node(doc, size, "y", 
    1155                                        datainfo.source.beam_size.y, 
    1156                                        {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1157         written = written | write_node(doc, size, "z", 
    1158                                        datainfo.source.beam_size.z, 
    1159                                        {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1160         if written: 
    1161             source.appendChild(size) 
    1162  
    1163         write_node(doc, source, "wavelength", datainfo.source.wavelength, 
    1164                    {"unit": datainfo.source.wavelength_unit}) 
    1165         write_node(doc, source, "wavelength_min", 
    1166                    datainfo.source.wavelength_min, 
    1167                    {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
    1168         write_node(doc, source, "wavelength_max", 
    1169                    datainfo.source.wavelength_max, 
    1170                    {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
    1171         write_node(doc, source, "wavelength_spread", 
    1172                    datainfo.source.wavelength_spread, 
    1173                    {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
    1174  
    1175         #   Collimation 
    1176         for item in datainfo.collimation: 
    1177             coll = doc.createElement("SAScollimation") 
    1178             if item.name is not None: 
    1179                 coll.setAttribute("name", str(item.name)) 
    1180             instr.appendChild(coll) 
    1181  
    1182             write_node(doc, coll, "length", item.length, 
    1183                        {"unit": item.length_unit}) 
    1184  
    1185             for apert in item.aperture: 
    1186                 ap = doc.createElement("aperture") 
    1187                 if apert.name is not None: 
    1188                     ap.setAttribute("name", str(apert.name)) 
    1189                 if apert.type is not None: 
    1190                     ap.setAttribute("type", str(apert.type)) 
    1191                 coll.appendChild(ap) 
    1192  
    1193                 write_node(doc, ap, "distance", apert.distance, 
    1194                            {"unit": apert.distance_unit}) 
    1195  
    1196                 size = doc.createElement("size") 
    1197                 if apert.size_name is not None: 
    1198                     size.setAttribute("name", str(apert.size_name)) 
    1199                 written = write_node(doc, size, "x", apert.size.x, 
    1200                                      {"unit": apert.size_unit}) 
    1201                 written = written | write_node(doc, size, "y", apert.size.y, 
    1202                                                {"unit": apert.size_unit}) 
    1203                 written = written | write_node(doc, size, "z", apert.size.z, 
    1204                                                {"unit": apert.size_unit}) 
    1205                 if written: 
    1206                     ap.appendChild(size) 
    1207  
    1208         #   Detectors 
    1209         for item in datainfo.detector: 
    1210             det = doc.createElement("SASdetector") 
    1211             written = write_node(doc, det, "name", item.name) 
    1212             written = written | write_node(doc, det, "SDD", item.distance, 
    1213                                            {"unit": item.distance_unit}) 
    1214             written = written | write_node(doc, det, "slit_length", 
    1215                                            item.slit_length, 
    1216                                            {"unit": item.slit_length_unit}) 
    1217             if written: 
    1218                 instr.appendChild(det) 
    1219  
    1220             off = doc.createElement("offset") 
    1221             written = write_node(doc, off, "x", item.offset.x, 
    1222                                  {"unit": item.offset_unit}) 
    1223             written = written | write_node(doc, off, "y", item.offset.y, 
    1224                                            {"unit": item.offset_unit}) 
    1225             written = written | write_node(doc, off, "z", item.offset.z, 
    1226                                            {"unit": item.offset_unit}) 
    1227             if written: 
    1228                 det.appendChild(off) 
    1229  
    1230             center = doc.createElement("beam_center") 
    1231             written = write_node(doc, center, "x", item.beam_center.x, 
    1232                                  {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1233             written = written | write_node(doc, center, "y", 
    1234                                            item.beam_center.y, 
    1235                                            {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1236             written = written | write_node(doc, center, "z", 
    1237                                            item.beam_center.z, 
    1238                                            {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1239             if written: 
    1240                 det.appendChild(center) 
    1241  
    1242             pix = doc.createElement("pixel_size") 
    1243             written = write_node(doc, pix, "x", item.pixel_size.x, 
    1244                                  {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1245             written = written | write_node(doc, pix, "y", item.pixel_size.y, 
    1246                                            {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1247             written = written | write_node(doc, pix, "z", item.pixel_size.z, 
    1248                                            {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1249             if written: 
    1250                 det.appendChild(pix) 
    1251  
    1252             ori = doc.createElement("orientation") 
    1253             written = write_node(doc, ori, "roll", item.orientation.x, 
    1254                                  {"unit": item.orientation_unit}) 
    1255             written = written | write_node(doc, ori, "pitch", 
    1256                                            item.orientation.y, 
    1257                                            {"unit": item.orientation_unit}) 
    1258             written = written | write_node(doc, ori, "yaw", item.orientation.z, 
    1259                                            {"unit": item.orientation_unit}) 
    1260             if written: 
    1261                 det.appendChild(ori) 
    1262  
    1263         # Processes info 
    1264         for item in datainfo.process: 
    1265             node = doc.createElement("SASprocess") 
    1266             entry_node.appendChild(node) 
    1267  
    1268             write_node(doc, node, "name", item.name) 
    1269             write_node(doc, node, "date", item.date) 
    1270             write_node(doc, node, "description", item.description) 
    1271             for term in item.term: 
    1272                 value = term['value'] 
    1273                 del term['value'] 
    1274                 write_node(doc, node, "term", value, term) 
    1275             for note in item.notes: 
    1276                 write_node(doc, node, "SASprocessnote", note) 
    1277         # Return the document, and the SASentry node associated with 
    1278         # the data we just wrote 
    1279         return doc, entry_node 
    12801178 
    12811179    def _parse_state(self, entry): 
    … …  
    13541252        """ 
    13551253        node = dom.xpath('ns:data_class', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1356         if not node or node[0].text.lstrip().rstrip() != "Data2D": 
    1357             return_value, _ = self._parse_entry(dom) 
    1358             numpy.trim_zeros(return_value.x) 
    1359             numpy.trim_zeros(return_value.y) 
    1360             numpy.trim_zeros(return_value.dy) 
    1361             size_dx = return_value.dx.size 
    1362             size_dxl = return_value.dxl.size 
    1363             size_dxw = return_value.dxw.size 
    1364             if size_dxl == 0 and size_dxw == 0: 
    1365                 return_value.dxl = None 
    1366                 return_value.dxw = None 
    1367                 numpy.trim_zeros(return_value.dx) 
    1368             elif size_dx == 0: 
    1369                 return_value.dx = None 
    1370                 size_dx = size_dxl 
    1371                 numpy.trim_zeros(return_value.dxl) 
    1372                 numpy.trim_zeros(return_value.dxw) 
    1373  
    1374             return return_value, _ 
    1375  
    1376         # Parse 2D 
    1377         data_info = Data2D() 
    1378  
    1379         # Look up title 
    1380         self._store_content('ns:Title', dom, 'title', data_info) 
    1381  
    1382         # Look up run number 
    1383         nodes = dom.xpath('ns:Run', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1384         for item in nodes: 
    1385             if item.text is not None: 
    1386                 value = item.text.strip() 
    1387                 if len(value) > 0: 
    1388                     data_info.run.append(value) 
    1389                     if item.get('name') is not None: 
    1390                         data_info.run_name[value] = item.get('name') 
    1391  
    1392         # Look up instrument name 
    1393         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:name', dom, 
    1394                             'instrument', data_info) 
    1395  
    1396         # Notes 
    1397         note_list = dom.xpath('ns:SASnote', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1398         for note in note_list: 
    1399             try: 
    1400                 if note.text is not None: 
    1401                     note_value = note.text.strip() 
    1402                     if len(note_value) > 0: 
    1403                         data_info.notes.append(note_value) 
    1404             except Exception: 
    1405                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
    1406                 err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    1407                 self.errors.append(err_mess) 
    1408                 logging.error(err_mess) 
    1409  
    1410         # Sample info ################### 
    1411         entry = get_content('ns:SASsample', dom) 
    1412         if entry is not None: 
    1413             data_info.sample.name = entry.get('name') 
    1414  
    1415         self._store_content('ns:SASsample/ns:ID', dom, 'ID', data_info.sample) 
    1416         self._store_float('ns:SASsample/ns:thickness', dom, 'thickness', 
    1417                           data_info.sample) 
    1418         self._store_float('ns:SASsample/ns:transmission', dom, 'transmission', 
    1419                           data_info.sample) 
    1420         self._store_float('ns:SASsample/ns:temperature', dom, 'temperature', 
    1421                           data_info.sample) 
    1422  
    1423         nodes = dom.xpath('ns:SASsample/ns:details', 
    1424                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1425         for item in nodes: 
    1426             try: 
    1427                 if item.text is not None: 
    1428                     detail_value = item.text.strip() 
    1429                     if len(detail_value) > 0: 
    1430                         data_info.sample.details.append(detail_value) 
    1431             except Exception: 
    1432                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
    1433                 err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    1434                 self.errors.append(err_mess) 
    1435                 logging.error(err_mess) 
    1436  
    1437         # Position (as a vector) 
    1438         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:x', dom, 'position.x', 
    1439                           data_info.sample) 
    1440         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:y', dom, 'position.y', 
    1441                           data_info.sample) 
    1442         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:z', dom, 'position.z', 
    1443                           data_info.sample) 
    1444  
    1445         # Orientation (as a vector) 
    1446         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:roll', 
    1447                           dom, 'orientation.x', data_info.sample) 
    1448         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:pitch', 
    1449                           dom, 'orientation.y', data_info.sample) 
    1450         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:yaw', 
    1451                           dom, 'orientation.z', data_info.sample) 
    1452  
    1453         # Source info ################### 
    1454         entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource', dom) 
    1455         if entry is not None: 
    1456             data_info.source.name = entry.get('name') 
    1457  
    1458         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:radiation', 
    1459                             dom, 'radiation', data_info.source) 
    1460         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_shape', 
    1461                             dom, 'beam_shape', data_info.source) 
    1462         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength', 
    1463                           dom, 'wavelength', data_info.source) 
    1464         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_min', 
    1465                           dom, 'wavelength_min', data_info.source) 
    1466         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_max', 
    1467                           dom, 'wavelength_max', data_info.source) 
    1468         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_spread', 
    1469                           dom, 'wavelength_spread', data_info.source) 
    1470  
    1471         # Beam size (as a vector) 
    1472         entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size', dom) 
    1473         if entry is not None: 
    1474             data_info.source.beam_size_name = entry.get('name') 
    1475  
    1476         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:x', 
    1477                           dom, 'beam_size.x', data_info.source) 
    1478         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:y', 
    1479                           dom, 'beam_size.y', data_info.source) 
    1480         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:z', 
    1481                           dom, 'beam_size.z', data_info.source) 
    1482  
    1483         # Collimation info ################### 
    1484         nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SAScollimation', 
    1485                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1486         for item in nodes: 
    1487             collim = Collimation() 
    1488             if item.get('name') is not None: 
    1489                 collim.name = item.get('name') 
    1490             self._store_float('ns:length', item, 'length', collim) 
    1491  
    1492             # Look for apertures 
    1493             apert_list = item.xpath('ns:aperture', 
    1494                                     namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1495             for apert in apert_list: 
    1496                 aperture = Aperture() 
    1497  
    1498                 # Get the name and type of the aperture 
    1499                 aperture.name = apert.get('name') 
    1500                 aperture.type = apert.get('type') 
    1501  
    1502                 self._store_float('ns:distance', apert, 'distance', aperture) 
    1503  
    1504                 entry = get_content('ns:size', apert) 
    1505                 if entry is not None: 
    1506                     aperture.size_name = entry.get('name') 
    1507  
    1508                 self._store_float('ns:size/ns:x', apert, 'size.x', aperture) 
    1509                 self._store_float('ns:size/ns:y', apert, 'size.y', aperture) 
    1510                 self._store_float('ns:size/ns:z', apert, 'size.z', aperture) 
    1511  
    1512                 collim.aperture.append(aperture) 
    1513  
    1514             data_info.collimation.append(collim) 
    1515  
    1516         # Detector info ###################### 
    1517         nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SASdetector', 
    1518                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1519         for item in nodes: 
    1520  
    1521             detector = Detector() 
    1522  
    1523             self._store_content('ns:name', item, 'name', detector) 
    1524             self._store_float('ns:SDD', item, 'distance', detector) 
    1525  
    1526             # Detector offset (as a vector) 
    1527             self._store_float('ns:offset/ns:x', item, 'offset.x', detector) 
    1528             self._store_float('ns:offset/ns:y', item, 'offset.y', detector) 
    1529             self._store_float('ns:offset/ns:z', item, 'offset.z', detector) 
    1530  
    1531             # Detector orientation (as a vector) 
    1532             self._store_float('ns:orientation/ns:roll', item, 
    1533                               'orientation.x', detector) 
    1534             self._store_float('ns:orientation/ns:pitch', item, 
    1535                               'orientation.y', detector) 
    1536             self._store_float('ns:orientation/ns:yaw', item, 
    1537                               'orientation.z', detector) 
    1538  
    1539             # Beam center (as a vector) 
    1540             self._store_float('ns:beam_center/ns:x', item, 
    1541                               'beam_center.x', detector) 
    1542             self._store_float('ns:beam_center/ns:y', item, 
    1543                               'beam_center.y', detector) 
    1544             self._store_float('ns:beam_center/ns:z', item, 
    1545                               'beam_center.z', detector) 
    1546  
    1547             # Pixel size (as a vector) 
    1548             self._store_float('ns:pixel_size/ns:x', item, 
    1549                               'pixel_size.x', detector) 
    1550             self._store_float('ns:pixel_size/ns:y', item, 
    1551                               'pixel_size.y', detector) 
    1552             self._store_float('ns:pixel_size/ns:z', item, 
    1553                               'pixel_size.z', detector) 
    1554  
    1555             self._store_float('ns:slit_length', item, 'slit_length', detector) 
    1556  
    1557             data_info.detector.append(detector) 
    1558  
    1559         # Processes info ###################### 
    1560         nodes = dom.xpath('ns:SASprocess', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1561         for item in nodes: 
    1562             process = Process() 
    1563             self._store_content('ns:name', item, 'name', process) 
    1564             self._store_content('ns:date', item, 'date', process) 
    1565             self._store_content('ns:description', item, 'description', process) 
    1566  
    1567             term_list = item.xpath('ns:term', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1568             for term in term_list: 
    1569                 try: 
    1570                     term_attr = {} 
    1571                     for attr in term.keys(): 
    1572                         term_attr[attr] = term.get(attr).strip() 
    1573                     if term.text is not None: 
    1574                         term_attr['value'] = term.text.strip() 
    1575                         process.term.append(term_attr) 
    1576                 except: 
    1577                     err_mess = "cansas_reader.read: error processing " 
    1578                     err_mess += "entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
    1579                     self.errors.append(err_mess) 
    1580                     logging.error(err_mess) 
    1581  
    1582             note_list = item.xpath('ns:SASprocessnote', 
    1583                                    namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1584             for note in note_list: 
    1585                 if note.text is not None: 
    1586                     process.notes.append(note.text.strip()) 
    1587  
    1588             data_info.process.append(process) 
    1589  
    1590         # Data info ###################### 
    1591         nodes = dom.xpath('ns:SASdata', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1592         if len(nodes) > 1: 
    1593             raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with" + \ 
    1594                                 " multiple SASdata entries" 
    1595  
    1596         for entry in nodes: 
    1597             for item in LIST_OF_DATA_2D_ATTR: 
    1598                 # get node 
    1599                 node = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
    1600                 setattr(data_info, item[1], parse_entry_helper(node, item)) 
    1601  
    1602             for item in LIST_OF_DATA_2D_VALUES: 
    1603                 field = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
    1604                 value_list = [] 
    1605                 if field is not None: 
    1606                     value_list = \ 
    1607                         [parse_entry_helper(node, item) for node in field] 
    1608                 if len(value_list) < 2: 
    1609                     setattr(data_info, item[0], None) 
    1610                 else: 
    1611                     setattr(data_info, item[0], numpy.array(value_list)) 
    1612  
    1613         return data_info 
     1254        return_value, _ = self._parse_entry(dom) 
     1255        return return_value, _ 
    16141256 
    16151257    def _read_cansas(self, path): 
    … …  
    16921334                        name = original_fname 
    16931335                    state.data.group_id = name 
     1336                    state.version = fitstate.version 
    16941337                    # store state in fitting 
    16951338                    self.call_back(state=state, 
    … …  
    17451388            state.data.run_name[0] = state.data.name 
    17461389 
    1747         if issubclass(state.data.__class__, 
    1748                       sas.sascalc.dataloader.data_info.Data1D): 
    1749             data = state.data 
    1750             doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    1751         else: 
    1752             data = state.data 
    1753             doc, sasentry = self._data2d_to_xml_doc(data) 
     1390        data = state.data 
     1391        doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    17541392 
    17551393        if state is not None: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_state.py

    rcb93b40 rdb5294e  
    423423                    for item in DEFAULT_STATE: 
    424424                        input_field = get_content('ns:%s' % item, entry) 
    425                         val = str(input_field.text.strip()) 
     425                        if input_field.text is not None: 
     426                            val = str(input_field.text.strip()) 
     427                        else: 
     428                            val = '' 
    426429                        if input_field is not None: 
    427430                            temp_state[item] = val 
    … …  
    433436                for item in DEFAULT_STATE: 
    434437                    input_field = get_content('ns:%s' % item, entry) 
    435                     val = str(input_field.text.strip()) 
     438                    if input_field.text is not None: 
     439                        val = str(input_field.text.strip()) 
     440                    else: 
     441                        val = '' 
    436442                    if input_field is not None: 
    437443                        self.set_saved_state(name=item, value=val) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/media/pr_help.rst

    r0391dae r1221196  
    1010----------- 
    1111 
    12 This tool calculates a real-space distance distribution function, *P(r)*, using  
    13 the inversion approach (Moore, 1908). 
     12This tool calculates a real-space distance distribution function, *P(r)*, using 
     13the inversion approach (Moore, 1980). 
    1414 
    1515*P(r)* is set to be equal to an expansion of base functions of the type 
    … …  
    2424 
    2525  \chi^2=\frac{\sum_i (I_{meas}(Q_i)-I_{th}(Q_i))^2}{error^2}+Reg\_term 
    26    
     26 
    2727 
    2828where $I_{meas}(Q_i)$ is the measured scattering intensity and $I_{th}(Q_i)$ is 
    29 the prediction from the Fourier transform of the *P(r)* expansion.  
     29the prediction from the Fourier transform of the *P(r)* expansion. 
    3030 
    31 The $Reg\_term$ term is a regularization term set to the second derivative  
     31The $Reg\_term$ term is a regularization term set to the second derivative 
    3232$d^2P(r)/d^2r$ integrated over $r$. It is used to produce a smooth *P(r)* output. 
    3333 
    … …  
    4040 
    4141*  *Number of terms*: the number of base functions in the P(r) expansion. 
    42     
     42 
    4343*  *Regularization constant*: a multiplicative constant to set the size of 
    4444   the regularization term. 

  • src/sas/sascalc/data_util/qsmearing.py

    rd3911e3 r157b716  
    1313import logging 
    1414import sys 
    15  
     15import numpy as np  # type: ignore 
     16from numpy import pi, exp # type:ignore 
    1617from sasmodels.resolution import Slit1D, Pinhole1D 
     18from sasmodels.sesans import SesansTransform 
    1719from sasmodels.resolution2d import Pinhole2D 
     20from src.sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    1821 
    1922def smear_selection(data, model = None): 
    … …  
    3639    # Sanity check. If we are not dealing with a SAS Data1D 
    3740    # object, just return None 
     41    # This checks for 2D data (does not throw exception because fail is common) 
    3842    if  data.__class__.__name__ not in ['Data1D', 'Theory1D']: 
    3943        if data == None: 
    … …  
    4145        elif data.dqx_data == None or data.dqy_data == None: 
    4246            return None 
    43         return PySmear2D(data, model) 
    44  
     47        return Pinhole2D(data) 
     48    # This checks for 1D data with smearing info in the data itself (again, fail is likely; no exceptions) 
    4549    if  not hasattr(data, "dx") and not hasattr(data, "dxl")\ 
    4650         and not hasattr(data, "dxw"): 
    … …  
    4852 
    4953    # Look for resolution smearing data 
     54    # This is the code that checks for SESANS data; it looks for the file loader 
     55    # TODO: change other sanity checks to check for file loader instead of data structure? 
     56    _found_sesans = False 
     57    #if data.dx is not None and data.meta_data['loader']=='SESANS': 
     58    if data.dx is not None and data.isSesans: 
     59        #if data.dx[0] > 0.0: 
     60        if numpy.size(data.dx[data.dx <= 0]) == 0: 
     61            _found_sesans = True 
     62        # if data.dx[0] <= 0.0: 
     63        if numpy.size(data.dx[data.dx <= 0]) > 0: 
     64            raise ValueError('one or more of your dx values are negative, please check the data file!') 
     65 
     66    if _found_sesans == True: 
     67        #Pre-compute the Hankel matrix (H) 
     68        qmax, qunits = data.sample.zacceptance 
     69        SElength = Converter(data._xunit)(data.x, "A") 
     70        zaccept = Converter(qunits)(qmax, "1/A"), 
     71        Rmax = 10000000 
     72        hankel = SesansTransform(data.x, SElength, zaccept, Rmax) 
     73        # Then return the actual transform, as if it were a smearing function 
     74        return PySmear(hankel, model, offset=0) 
     75 
    5076    _found_resolution = False 
    5177    if data.dx is not None and len(data.dx) == len(data.x): 
    … …  
    89115    Wrapper for pure python sasmodels resolution functions. 
    90116    """ 
    91     def __init__(self, resolution, model): 
     117    def __init__(self, resolution, model, offset=None): 
    92118        self.model = model 
    93119        self.resolution = resolution 
    94         self.offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
     120        if offset is None: 
     121            offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
     122        self.offset = offset 
    95123 
    96124    def apply(self, iq_in, first_bin=0, last_bin=None): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r345e7e4 rad4632c  
    2525import numpy 
    2626import math 
    27  
    28 class plottable_sesans1D(object): 
    29     """ 
    30     SESANS is a place holder for 1D SESANS plottables. 
    31  
    32     #TODO: This was directly copied from the plottables_1D. Modified Somewhat. 
    33     #Class has been updated. 
    34     """ 
    35     # The presence of these should be mutually 
    36     # exclusive with the presence of Qdev (dx) 
    37     x = None 
    38     y = None 
    39     lam = None 
    40     dx = None 
    41     dy = None 
    42     dlam = None 
    43     ## Slit smearing length 
    44     dxl = None 
    45     ## Slit smearing width 
    46     dxw = None 
    47  
    48     # Units 
    49     _xaxis = '' 
    50     _xunit = '' 
    51     _yaxis = '' 
    52     _yunit = '' 
    53  
    54     def __init__(self, x, y, lam, dx=None, dy=None, dlam=None): 
    55 #        print "SESANS plottable working" 
    56         self.x = numpy.asarray(x) 
    57         self.y = numpy.asarray(y) 
    58         self.lam = numpy.asarray(lam) 
    59         if dx is not None: 
    60             self.dx = numpy.asarray(dx) 
    61         if dy is not None: 
    62             self.dy = numpy.asarray(dy) 
    63         if dlam is not None: 
    64             self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
    65  
    66     def xaxis(self, label, unit): 
    67         """ 
    68         set the x axis label and unit 
    69         """ 
    70         self._xaxis = label 
    71         self._xunit = unit 
    72  
    73     def yaxis(self, label, unit): 
    74         """ 
    75         set the y axis label and unit 
    76         """ 
    77         self._yaxis = label 
    78         self._yunit = unit 
    79  
    8027 
    8128class plottable_1D(object): 
    … …  
    9340    ## Slit smearing width 
    9441    dxw = None 
     42    ## SESANS specific params (wavelengths for spin echo length calculation) 
     43    lam = None 
     44    dlam = None 
    9545 
    9646    # Units 
    … …  
    10050    _yunit = '' 
    10151 
    102     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None): 
     52    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None, lam=None, dlam=None): 
    10353        self.x = numpy.asarray(x) 
    10454        self.y = numpy.asarray(y) 
    … …  
    11161        if dxw is not None: 
    11262            self.dxw = numpy.asarray(dxw) 
     63        if lam is not None: 
     64            self.lam = numpy.asarray(lam) 
     65        if dlam is not None: 
     66            self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
    11367 
    11468    def xaxis(self, label, unit): 
    … …  
    398352    ## Details 
    399353    details = None 
     354    ## SESANS zacceptance 
     355    zacceptance = None 
    400356 
    401357    def __init__(self): 
    … …  
    535491    ## Loading errors 
    536492    errors = None 
     493    ## SESANS data check 
     494    isSesans = None 
     495 
    537496 
    538497    def __init__(self): 
    … …  
    567526        ## Loading errors 
    568527        self.errors = [] 
     528        ## SESANS data check 
     529        self.isSesans = False 
    569530 
    570531    def append_empty_process(self): 
    … …  
    586547        _str += "Title:           %s\n" % self.title 
    587548        _str += "Run:             %s\n" % str(self.run) 
     549        _str += "SESANS:          %s\n" % str(self.isSesans) 
    588550        _str += "Instrument:      %s\n" % str(self.instrument) 
    589551        _str += "%s\n" % str(self.sample) 
    … …  
    736698        return self._perform_union(other) 
    737699 
    738 class SESANSData1D(plottable_sesans1D, DataInfo): 
    739     """ 
    740     SESANS 1D data class 
    741     """ 
    742     x_unit = 'nm' 
    743     y_unit = 'pol' 
    744  
    745     def __init__(self, x=None, y=None, lam=None, dx=None, dy=None, dlam=None): 
     700class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
     701    """ 
     702    1D data class 
     703    """ 
     704    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=None): 
    746705        DataInfo.__init__(self) 
    747         plottable_sesans1D.__init__(self, x, y, lam, dx, dy, dlam) 
     706        plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy,None, None, lam, dlam) 
     707        self.isSesans = isSesans 
     708        try: 
     709            if self.isSesans: # the data is SESANS 
     710                self.x_unit = 'A' 
     711                self.y_unit = 'pol' 
     712            elif not self.isSesans: # the data is SANS 
     713                self.x_unit = '1/A' 
     714                self.y_unit = '1/cm' 
     715        except: # the data is not recognized/supported, and the user is notified 
     716            raise(TypeError, 'data not recognized, check documentation for supported 1D data formats') 
    748717 
    749718    def __str__(self): 
    … …  
    759728        return _str 
    760729 
    761     def clone_without_data(self, length=0, clone=None): 
    762         """ 
    763         Clone the current object, without copying the data (which 
    764         will be filled out by a subsequent operation). 
    765         The data arrays will be initialized to zero. 
    766  
    767         :param length: length of the data array to be initialized 
    768         :param clone: if provided, the data will be copied to clone 
    769         """ 
    770         from copy import deepcopy 
    771         if clone is None or not issubclass(clone.__class__, Data1D): 
    772             x = numpy.zeros(length) 
    773             dx = numpy.zeros(length) 
    774             y = numpy.zeros(length) 
    775             dy = numpy.zeros(length) 
    776             clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
    777  
    778         clone.title = self.title 
    779         clone.run = self.run 
    780         clone.filename = self.filename 
    781         clone.instrument = self.instrument 
    782         clone.notes = deepcopy(self.notes) 
    783         clone.process = deepcopy(self.process) 
    784         clone.detector = deepcopy(self.detector) 
    785         clone.sample = deepcopy(self.sample) 
    786         clone.source = deepcopy(self.source) 
    787         clone.collimation = deepcopy(self.collimation) 
    788         clone.trans_spectrum = deepcopy(self.trans_spectrum) 
    789         clone.meta_data = deepcopy(self.meta_data) 
    790         clone.errors = deepcopy(self.errors) 
    791  
    792         return clone 
    793  
    794 class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
    795     """ 
    796     1D data class 
    797     """ 
    798     x_unit = '1/A' 
    799     y_unit = '1/cm' 
    800  
    801     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
    802         DataInfo.__init__(self) 
    803         plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
    804  
    805     def __str__(self): 
    806         """ 
    807         Nice printout 
    808         """ 
    809         _str = "%s\n" % DataInfo.__str__(self) 
    810         _str += "Data:\n" 
    811         _str += "   Type:         %s\n" % self.__class__.__name__ 
    812         _str += "   X-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._xaxis, self._xunit) 
    813         _str += "   Y-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._yaxis, self._yunit) 
    814         _str += "   Length:       %g\n" % len(self.x) 
    815         return _str 
    816  
    817730    def is_slit_smeared(self): 
    818731        """ 
    … …  
    843756            y = numpy.zeros(length) 
    844757            dy = numpy.zeros(length) 
    845             clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
     758            lam = numpy.zeros(length) 
     759            dlam = numpy.zeros(length) 
     760            clone = Data1D(x, y, lam=lam, dx=dx, dy=dy, dlam=dlam) 
    846761 
    847762        clone.title = self.title 
    … …  
    1021936    def __init__(self, data=None, err_data=None, qx_data=None, 
    1022937                 qy_data=None, q_data=None, mask=None, 
    1023                  dqx_data=None, dqy_data=None): 
    1024         self.y_bins = [] 
    1025         self.x_bins = [] 
     938                 dqx_data=None, dqy_data=None, isSesans=None): 
    1026939        DataInfo.__init__(self) 
    1027940        plottable_2D.__init__(self, data, err_data, qx_data, 
    1028941                              qy_data, q_data, mask, dqx_data, dqy_data) 
     942        self.y_bins = [] 
     943        self.x_bins = [] 
     944        self.isSesans=isSesans 
     945 
    1029946        if len(self.detector) > 0: 
    1030947            raise RuntimeError, "Data2D: Detector bank already filled at init" 
    … …  
    12651182    final_dataset.xmin = data.xmin 
    12661183    final_dataset.ymin = data.ymin 
     1184    final_dataset.isSesans = datainfo.isSesans 
    12671185    final_dataset.title = datainfo.title 
    12681186    final_dataset.run = datainfo.run 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    r250fec92 rad4632c  
    133133               "variable" : None, 
    134134               "children" : {"Idata" : SASDATA_IDATA, 
     135                             "Sesans": {"storeas": "content"}, 
     136                             "zacceptance": {"storeas": "float"}, 
    135137                             "<any>" : ANY 
    136138                            } 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r345e7e4 rb5db35d  
    88import numpy 
    99import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import SESANSData1D 
     10from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    1111 
    1212# Check whether we have a converter available 
    … …  
    5959                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    6060                buff = input_f.read() 
    61 #                print buff 
    6261                lines = buff.splitlines() 
    63 #                print lines 
    64                 #Jae could not find python universal line spliter: 
    65                 #keep the below for now 
    66                 # some ascii data has \r line separator, 
    67                 # try it when the data is on only one long line 
    68 #                if len(lines) < 2 : 
    69 #                    lines = buff.split('\r') 
    70                   
    7162                x  = numpy.zeros(0) 
    7263                y  = numpy.zeros(0) 
    … …  
    8374                tdlam = numpy.zeros(0) 
    8475                tdx = numpy.zeros(0) 
    85 #                print "all good" 
    86                 output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam) 
    87 #                print output                 
     76                output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    8877                self.filename = output.filename = basename 
    8978 
    90 #                #Initialize counters for data lines and header lines. 
    91 #                is_data = False  # Has more than 5 lines 
    92 #                # More than "5" lines of data is considered as actual 
    93 #                # data unless that is the only data 
    94 #                mum_data_lines = 5 
    95 #                # To count # of current data candidate lines 
    96 #                i = -1 
    97 #                # To count total # of previous data candidate lines 
    98 #                i1 = -1 
    99 #                # To count # of header lines 
    100 #                j = -1 
    101 #                # Helps to count # of header lines 
    102 #                j1 = -1 
    103 #                #minimum required number of columns of data; ( <= 4). 
    104 #                lentoks = 2 
    10579                paramnames=[] 
    10680                paramvals=[] 
    … …  
    11185                Pvals=[] 
    11286                dPvals=[] 
    113 #                print x 
    114 #                print zvals 
     87 
    11588                for line in lines: 
    11689                    # Initial try for CSV (split on ,) 
    … …  
    12295                    if len(toks)>5: 
    12396                        zvals.append(toks[0]) 
    124                         dzvals.append(toks[1]) 
    125                         lamvals.append(toks[2]) 
    126                         dlamvals.append(toks[3]) 
    127                         Pvals.append(toks[4]) 
    128                         dPvals.append(toks[5]) 
     97                        dzvals.append(toks[3]) 
     98                        lamvals.append(toks[4]) 
     99                        dlamvals.append(toks[5]) 
     100                        Pvals.append(toks[1]) 
     101                        dPvals.append(toks[2]) 
    129102                    else: 
    130103                        continue 
    … …  
    140113                default_z_unit = "A" 
    141114                data_conv_P = None 
    142                 default_p_unit = " " 
     115                default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    143116                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
     117                if lam_unit == 'AA': 
     118                    lam_unit = 'A' 
    144119                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    145120                valrange=range(1, len(zvals)) 
    … …  
    161136                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    162137                output.y = y 
     138                output.y_unit = '\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added 
    163139                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    164140                output.dy = dy 
    … …  
    166142                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    167143 
    168                 output.xaxis("\rm{z}", output.x_unit) 
    169                 output.yaxis("\\rm{P/P0}", output.y_unit) 
     144                output.xaxis("\\rm{z}", output.x_unit) 
     145                output.yaxis("\\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
    170146                # Store loading process information 
    171147                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    172                 output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
     148                #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    173149                output.sample.name = paramvals[1] 
    174150                output.sample.ID = paramvals[0] 
    175151                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    176152                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    177                 if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1': 
     153                if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == '\A^-1': 
    178154                    zaccept_unit = "1/A" 
    179155                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
    180                 output.vars=varheader 
     156                output.vars = varheader 
    181157 
    182158                if len(output.x) < 1: 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    rd3911e3 ra9f579c  
    131131        a way to get residuals from data. 
    132132    """ 
    133     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, smearer=None, data=None): 
     133    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, smearer=None, data=None, lam=None, dlam=None): 
    134134        """ 
    135135            :param smearer: is an object of class QSmearer or SlitSmearer 
    … …  
    152152                 
    153153        """ 
    154         Data1D.__init__(self, x=x, y=y, dx=dx, dy=dy) 
     154        Data1D.__init__(self, x=x, y=y, dx=dx, dy=dy, lam=lam, dlam=dlam) 
    155155        self.num_points = len(x) 
    156156        self.sas_data = data 

  • src/sas/sasgui/guiframe/dataFitting.py

    r345e7e4 r68adf86  
    1717    """ 
    1818    """ 
    19     def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None): 
     19 
     20    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=False): 
    2021        """ 
    2122        """ 
    … …  
    2425        if y is None: 
    2526            y = [] 
    26         PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
    27         LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
     27        self.isSesans = isSesans 
     28        PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam) 
     29        LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam, isSesans) 
     30 
    2831        self.id = None 
    2932        self.list_group_id = [] 
    … …  
    3235        self.path = None 
    3336        self.xtransform = None 
     37        if self.isSesans: 
     38            self.xtransform = "x" 
    3439        self.ytransform = None 
     40        if self.isSesans: 
     41            self.ytransform = "y" 
    3542        self.title = "" 
    3643        self.scale = None 
    … …  
    6875        # First, check the data compatibility 
    6976        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
    70         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     77        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    7178        result.clone_without_data(length=len(self.x), clone=self) 
    7279        result.copy_from_datainfo(data1d=self) 
    … …  
    115122        # First, check the data compatibility 
    116123        self._validity_check_union(other) 
    117         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     124        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    118125        tot_length = len(self.x) + len(other.x) 
    119126        result = self.clone_without_data(length=tot_length, clone=result) 
     127        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     128            result.dlam = None 
     129        else: 
     130            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    120131        if self.dy == None or other.dy is None: 
    121132            result.dy = None 
    … …  
    141152        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    142153        result.y = result.y[ind] 
     154        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     155        result.lam = result.lam[ind] 
     156        if result.dlam != None: 
     157            result.dlam = numpy.append(self.dlam, other.dlam) 
     158            result.dlam = result.dlam[ind] 
    143159        if result.dy != None: 
    144160            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 
    … …  
    260276        # First, check the data compatibility 
    261277        self._validity_check_union(other) 
    262         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     278        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=[]) 
    263279        tot_length = len(self.x)+len(other.x) 
    264280        result.clone_without_data(length=tot_length, clone=self) 
     281        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     282            result.dlam = None 
     283        else: 
     284            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    265285        if self.dy == None or other.dy is None: 
    266286            result.dy = None 
    … …  
    285305        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    286306        result.y = result.y[ind] 
     307        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     308        result.lam = result.lam[ind] 
    287309        if result.dy != None: 
    288310            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/data_manager.py

    r345e7e4 r20522e1  
    6161         
    6262        if issubclass(Data2D, data.__class__): 
    63             new_plot = Data2D(image=None, err_image=None)  
    64         else:  
    65             new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
    66             
     63            new_plot = Data2D(image=None, err_image=None, isSesans=data.isSesans) # For now, isSesans for 2D data is always false 
     64        else: 
     65            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=data.isSesans) 
     66 
     67 
     68        #elif data.meta_data['loader'] == 'SESANS': 
     69        #    new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=True) 
     70        #else: 
     71        #    new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None) #SESANS check??? 
     72 
    6773        new_plot.copy_from_datainfo(data) 
    6874        data.clone_without_data(clone=new_plot) 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottables.py

    r345e7e4 ra9f579c  
    10231023    """ 
    10241024 
    1025     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
     1025    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None): 
    10261026        """ 
    10271027        Draw points specified by x[i],y[i] in the current color/symbol. 
    … …  
    10371037        self.x = x 
    10381038        self.y = y 
     1039        self.lam = lam 
    10391040        self.dx = dx 
    10401041        self.dy = dy 
     1042        self.dlam = dlam 
    10411043        self.source = None 
    10421044        self.detector = None 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.