source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py @ 345e7e4

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 345e7e4 was 345e7e4, checked in by GitHub <noreply@…>, 3 years ago

Revert "Jurtest2"

  • Property mode set to 100644
File size: 7.1 KB
Line 
1"""
2    SESANS reader (based on ASCII reader)
3   
4    Reader for .ses or .sesans file format
5   
6    Jurrian Bakker
7"""
8import numpy
9import os
10from sas.sascalc.dataloader.data_info import SESANSData1D
11
12# Check whether we have a converter available
13has_converter = True
14try:
15    from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter
16except:
17    has_converter = False
18_ZERO = 1e-16
19
20class Reader:
21    """
22    Class to load sesans files (6 columns).
23    """
24    ## File type
25    type_name = "SESANS"
26   
27    ## Wildcards
28    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses",
29            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"]
30    ## List of allowed extensions
31    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS']
32   
33    ## Flag to bypass extension check
34    allow_all = True
35   
36    def read(self, path):
37       
38#        print "reader triggered"
39       
40        """
41        Load data file
42       
43        :param path: file path
44       
45        :return: SESANSData1D object, or None
46       
47        :raise RuntimeError: when the file can't be opened
48        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
49        """
50        if os.path.isfile(path):
51            basename = os.path.basename(path)
52            _, extension = os.path.splitext(basename)
53            if self.allow_all or extension.lower() in self.ext:
54                try:
55                    # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii
56                    # characters that brakes the open operation
57                    input_f = open(path,'rb')
58                except:
59                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path
60                buff = input_f.read()
61#                print buff
62                lines = buff.splitlines()
63#                print lines
64                #Jae could not find python universal line spliter:
65                #keep the below for now
66                # some ascii data has \r line separator,
67                # try it when the data is on only one long line
68#                if len(lines) < 2 :
69#                    lines = buff.split('\r')
70                 
71                x  = numpy.zeros(0)
72                y  = numpy.zeros(0)
73                dy = numpy.zeros(0)
74                lam  = numpy.zeros(0)
75                dlam = numpy.zeros(0)
76                dx = numpy.zeros(0)
77               
78               #temp. space to sort data
79                tx  = numpy.zeros(0)
80                ty  = numpy.zeros(0)
81                tdy = numpy.zeros(0)
82                tlam  = numpy.zeros(0)
83                tdlam = numpy.zeros(0)
84                tdx = numpy.zeros(0)
85#                print "all good"
86                output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam)
87#                print output               
88                self.filename = output.filename = basename
89
90#                #Initialize counters for data lines and header lines.
91#                is_data = False  # Has more than 5 lines
92#                # More than "5" lines of data is considered as actual
93#                # data unless that is the only data
94#                mum_data_lines = 5
95#                # To count # of current data candidate lines
96#                i = -1
97#                # To count total # of previous data candidate lines
98#                i1 = -1
99#                # To count # of header lines
100#                j = -1
101#                # Helps to count # of header lines
102#                j1 = -1
103#                #minimum required number of columns of data; ( <= 4).
104#                lentoks = 2
105                paramnames=[]
106                paramvals=[]
107                zvals=[]
108                dzvals=[]
109                lamvals=[]
110                dlamvals=[]
111                Pvals=[]
112                dPvals=[]
113#                print x
114#                print zvals
115                for line in lines:
116                    # Initial try for CSV (split on ,)
117                    line=line.strip()
118                    toks = line.split('\t')
119                    if len(toks)==2:
120                        paramnames.append(toks[0])
121                        paramvals.append(toks[1])
122                    if len(toks)>5:
123                        zvals.append(toks[0])
124                        dzvals.append(toks[1])
125                        lamvals.append(toks[2])
126                        dlamvals.append(toks[3])
127                        Pvals.append(toks[4])
128                        dPvals.append(toks[5])
129                    else:
130                        continue
131
132                x=[]
133                y=[]
134                lam=[]
135                dx=[]
136                dy=[]
137                dlam=[]
138                lam_header = lamvals[0].split()
139                data_conv_z = None
140                default_z_unit = "A"
141                data_conv_P = None
142                default_p_unit = " "
143                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","")
144                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]]
145                valrange=range(1, len(zvals))
146                for i in valrange:
147                    x.append(float(zvals[i]))
148                    y.append(float(Pvals[i]))
149                    lam.append(float(lamvals[i]))
150                    dy.append(float(dPvals[i]))
151                    dx.append(float(dzvals[i]))
152                    dlam.append(float(dlamvals[i]))
153
154                x,y,lam,dy,dx,dlam = [
155                   numpy.asarray(v, 'double')
156                   for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam)
157                ]
158
159                input_f.close()
160
161                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit)
162                output.y = y
163                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit)
164                output.dy = dy
165                output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit)
166                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit)
167
168                output.xaxis("\rm{z}", output.x_unit)
169                output.yaxis("\\rm{P/P0}", output.y_unit)
170                # Store loading process information
171                output.meta_data['loader'] = self.type_name
172                output.sample.thickness = float(paramvals[6])
173                output.sample.name = paramvals[1]
174                output.sample.ID = paramvals[0]
175                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[")
176                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","")
177                if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1':
178                    zaccept_unit = "1/A"
179                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit)
180                output.vars=varheader
181
182                if len(output.x) < 1:
183                    raise RuntimeError, "%s is empty" % path
184                return output
185
186        else:
187            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
188        return None
189
190    def _unit_conversion(self, value, value_unit, default_unit):
191        if has_converter == True and value_unit != default_unit:
192            data_conv_q = Converter(value_unit)
193            value = data_conv_q(value, units=default_unit)
194            new_unit = default_unit
195        else:
196            new_unit = value_unit
197        return value, new_unit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.