Changeset e65c3ba in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Nov 28, 2017 6:09:34 PM (6 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, core_shell_microgels, magnetic_model, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
32398dc
Parents:
110f69c
Message:

lint

Location:
sasmodels
Files:
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/__init__.py

    r997c9ca re65c3ba  
    4747        ] 
    4848    return return_list 
    49  
    50  

  • sasmodels/compare.py

    r110f69c re65c3ba  
    944944    # work with trimmed data, not the full set 
    945945    sorted_err = np.sort(abs(err.compressed())) 
    946     if len(sorted_err) == 0.: 
     946    if len(sorted_err) == 0: 
    947947        print(label + "  no valid values") 
    948948        return 
    … …  
    10811081    ] 
    10821082 
    1083 NAME_OPTIONS = set(k for k in OPTIONS if not k.endswith('=')) 
    1084 VALUE_OPTIONS = [k[:-1] for k in OPTIONS if k.endswith('=')] 
     1083NAME_OPTIONS = (lambda: set(k for k in OPTIONS if not k.endswith('=')))() 
     1084VALUE_OPTIONS = (lambda: [k[:-1] for k in OPTIONS if k.endswith('=')])() 
    10851085 
    10861086 
    … …  
    11741174    name = positional_args[-1] 
    11751175 
    1176     # pylint: disable=bad-whitespace 
     1176    # pylint: disable=bad-whitespace,C0321 
    11771177    # Interpret the flags 
    11781178    opts = { 
    … …  
    12651265        elif arg == '-html':    opts['html'] = True 
    12661266        elif arg == '-help':    opts['html'] = True 
    1267     # pylint: enable=bad-whitespace 
     1267    # pylint: enable=bad-whitespace,C0321 
    12681268 
    12691269    # Magnetism forces 2D for now 
    … …  
    14641464    show html docs for the model 
    14651465    """ 
    1466     import os 
    14671466    from .generate import make_html 
    14681467    from . import rst2html 
    … …  
    14991498        signal.update_parameters(problem) 
    15001499    frame.Bind(wx.EVT_TOOL, _reset_parameters, frame.ToolBar.GetToolByPos(1)) 
    1501     if is_mac: frame.Show() 
     1500    if is_mac: 
     1501        frame.Show() 
    15021502    # If running withing an app, start the main loop 
    15031503    if app: 

  • sasmodels/conversion_table.py

    r505d0ad re65c3ba  
    2929 
    3030CONVERSION_TABLE = { 
    31     (3,1,2) : { 
    32     "adsorbed_layer": [ 
    33         "Core2ndMomentModel", 
    34         { 
    35             "scale": "scale", 
    36             "second_moment": "second_moment", 
    37             "density_shell": "density_poly", 
    38             "sld_solvent": "sld_solv", 
    39             "radius": "radius_core", 
    40             "volfraction": "volf_cores", 
    41             "background": "background", 
    42             "adsorbed_amount": "ads_amount", 
    43             "sld_shell": "sld_poly" 
    44         } 
    45     ], 
    46     "barbell": [ 
    47         "BarBellModel", 
    48         { 
    49             "sld": "sld_barbell", 
    50             "length": "len_bar", 
    51             "radius_bell": "rad_bell", 
    52             "radius": "rad_bar", 
    53             "sld_solvent": "sld_solv" 
    54         } 
    55     ], 
    56     "bcc_paracrystal": [ 
    57         "BCCrystalModel", 
    58         { 
    59             "sld": "sldSph", 
    60             "sld_solvent": "sldSolv" 
    61         } 
    62     ], 
    63     "be_polyelectrolyte": [ 
    64         "BEPolyelectrolyte", 
    65         { 
    66             "ionization_degree": "alpha", 
    67             "polymer_concentration": "c", 
    68             "salt_concentration": "cs", 
    69             "virial_param": "h", 
    70             "background": "background", 
    71             "contrast_factor": "k", 
    72             "bjerrum_length": "lb", 
    73             "monomer_length": "b" 
    74         } 
    75     ], 
    76     "binary_hard_sphere": [ 
    77         "BinaryHSModel", 
    78         { 
    79             "sld_sm": "ss_sld", 
    80             "sld_lg": "ls_sld", 
    81             "volfraction_sm": "vol_frac_ss", 
    82             "radius_lg": "l_radius", 
    83             "radius_sm": "s_radius", 
    84             "volfraction_lg": "vol_frac_ls", 
    85             "sld_solvent": "solvent_sld" 
    86         } 
    87     ], 
    88     "broad_peak": [ 
    89         "BroadPeakModel", 
    90         { 
    91             "peak_pos": "q_peak", 
    92             "scale": None, 
    93             "lorentz_length": "length_l", 
    94             "porod_scale": "scale_p", 
    95             "lorentz_exp": "exponent_l", 
    96             "lorentz_scale": "scale_l", 
    97             "porod_exp": "exponent_p" 
    98         } 
    99     ], 
    100     "capped_cylinder": [ 
    101         "CappedCylinderModel", 
    102         { 
    103             "sld": "sld_capcyl", 
    104             "length": "len_cyl", 
    105             "radius_cap": "rad_cap", 
    106             "radius": "rad_cyl", 
    107             "sld_solvent": "sld_solv" 
    108         } 
    109     ], 
    110     "core_multi_shell": [ 
    111         "CoreMultiShellModel", 
    112         { 
    113             "thickness": "thick_shell", 
    114             "sld": "sld_shell", 
    115             "radius": "rad_core0", 
    116             "sld_core": "sld_core0", 
    117             "sld_solvent": "sld_solv", 
    118             "n": "n_shells", 
    119             "M0:sld_core": "M0_sld_core0", 
    120             "mtheta:sld_core": "M_theta_core0", 
    121             "mphi:sld_core": "M_phi_core0", 
    122             "M0:sld1": "M0_sld_shell1", 
    123             "mtheta:sld1": "M_theta_shell1", 
    124             "mphi:sld1": "M_phi_shell1", 
    125             "M0:sld2": "M0_sld_shell2", 
    126             "mtheta:sld2": "M_theta_shell2", 
    127             "mphi:sld2": "M_phi_shell2", 
    128             "M0:sld3": "M0_sld_shell3", 
    129             "mtheta:sld3": "M_theta_shell3", 
    130             "mphi:sld3": "M_phi_shell3", 
    131             "M0:sld4": "M0_sld_shell4", 
    132             "mtheta:sld4": "M_theta_shell4", 
    133             "mphi:sld4": "M_phi_shell4", 
    134             "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
    135             "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
    136             "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
    137             "up:frac_i": "Up_frac_i", 
    138             "up:frac_f": "Up_frac_f", 
    139             "up:angle": "Up_theta", 
    140         } 
    141     ], 
    142     "core_shell_bicelle": [ 
    143         "CoreShellBicelleModel", 
    144         { 
    145             "phi": "axis_phi", 
    146             "sld_core": "core_sld", 
    147             "sld_rim": "rim_sld", 
    148             "thick_face": "face_thick", 
    149             "sld_solvent": "solvent_sld", 
    150             "thick_rim": "rim_thick", 
    151             "sld_face": "face_sld", 
    152             "theta": "axis_theta" 
    153         } 
    154     ], 
    155     "core_shell_cylinder": [ 
    156         "CoreShellCylinderModel", 
    157         { 
    158             "theta": "axis_theta", 
    159             "phi": "axis_phi", 
    160             "sld_shell": "shell_sld", 
    161             "sld_solvent": "solvent_sld", 
    162             "sld_core": "core_sld" 
    163         } 
    164     ], 
    165     "core_shell_ellipsoid:1": [ 
    166         "CoreShellEllipsoidModel", 
    167         { 
    168             "sld_core": "sld_core", 
    169             "sld_shell": "sld_shell", 
    170             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    171             "radius_equat_core": "equat_core", 
    172             "x_core": "polar_core", 
    173             "thick_shell": "equat_shell", 
    174             "x_polar_shell": "polar_shell", 
    175             "theta": "axis_theta", 
    176             "phi": "axis_phi", 
    177         } 
    178     ], 
    179     "core_shell_ellipsoid": [ 
    180         "CoreShellEllipsoidXTModel", 
    181         { 
    182             "sld_core": "sld_core", 
    183             "sld_shell": "sld_shell", 
    184             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    185             "radius_equat_core": "equat_core", 
    186             "thick_shell": "T_shell", 
    187             "x_core": "X_core", 
    188             "x_polar_shell": "XpolarShell", 
    189             "theta": "axis_theta", 
    190             "phi": "axis_phi", 
    191         } 
    192     ], 
    193     "core_shell_parallelepiped": [ 
    194         "CSParallelepipedModel", 
    195         { 
    196             "sld_core": "sld_pcore", 
    197             "sld_a": "sld_rimA", 
    198             "sld_b": "sld_rimB", 
    199             "sld_c": "sld_rimC", 
    200             "sld_solvent": "sld_solv", 
    201             "length_a": "shortA", 
    202             "length_b": "midB", 
    203             "length_c": "longC", 
    204             "thick_rim_a": "rimA", 
    205             "thick_rim_c": "rimC", 
    206             "thick_rim_b": "rimB", 
    207             "theta": "parallel_theta", 
    208             "phi": "parallel_phi", 
    209             "psi": "parallel_psi", 
    210         } 
    211     ], 
    212     "core_shell_sphere": [ 
    213         "CoreShellModel", 
    214         { 
    215             "sld_core": "core_sld", 
    216             "sld_shell": "shell_sld", 
    217             "sld_solvent": "solvent_sld", 
    218             "M0:sld_core": "M0_sld_core", 
    219             "mtheta:sld_core": "M_theta_core", 
    220             "mphi:sld_core": "M_phi_core", 
    221             "M0:sld_shell": "M0_sld_shell", 
    222             "mtheta:sld_shell": "M_theta_shell", 
    223             "mphi:sld_shell": "M_phi_shell", 
    224             "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
    225             "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
    226             "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
    227             "up:frac_i": "Up_frac_i", 
    228             "up:frac_f": "Up_frac_f", 
    229             "up:angle": "Up_theta" 
    230         } 
    231     ], 
    232     "correlation_length": [ 
    233         "CorrLength", 
    234         { 
    235             "porod_scale": "scale_p", 
    236             "lorentz_scale": "scale_l", 
    237             "porod_exp": "exponent_p", 
    238             "lorentz_exp": "exponent_l", 
    239             "cor_length": "length_l" 
    240         }, 
    241         "CorrLengthModel" 
    242     ], 
    243     "cylinder": [ 
    244         "CylinderModel", 
    245         { 
    246             "sld": "sldCyl", 
    247             "theta": "cyl_theta", 
    248             "phi": "cyl_phi", 
    249             "sld_solvent": "sldSolv", 
    250             "M0:sld": "M0_sld_cyl", 
    251             "mtheta:sld": "M_theta_cyl", 
    252             "mphi:sld": "M_phi_cyl", 
    253             "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
    254             "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
    255             "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
    256             "up:frac_i": "Up_frac_i", 
    257             "up:frac_f": "Up_frac_f", 
    258             "up:angle": "Up_theta" 
    259         } 
    260     ], 
    261     "dab": [ 
    262         "DABModel", 
    263         { 
    264             "cor_length": "length" 
    265         } 
    266     ], 
    267     "ellipsoid": [ 
    268         "EllipsoidModel", 
    269         { 
    270             "phi": "axis_phi", 
    271             "radius_equatorial": "radius_b", 
    272             "sld": "sldEll", 
    273             "theta": "axis_theta", 
    274             "radius_polar": "radius_a", 
    275             "sld_solvent": "sldSolv" 
    276         } 
    277     ], 
    278     "elliptical_cylinder": [ 
    279         "EllipticalCylinderModel", 
    280         { 
    281             "axis_ratio": "r_ratio", 
    282             "radius_minor": "r_minor", 
    283             "sld": "sldCyl", 
    284             "sld_solvent": "sldSolv", 
    285             "theta": "cyl_theta", 
    286             "phi": "cyl_phi", 
    287             "psi": "cyl_psi", 
    288         } 
    289     ], 
    290     "fcc_paracrystal": [ 
    291         "FCCrystalModel", 
    292         { 
    293             "sld": "sldSph", 
    294             "sld_solvent": "sldSolv" 
    295         } 
    296     ], 
    297     "flexible_cylinder": [ 
    298         "FlexibleCylinderModel", 
    299         { 
    300             "sld": "sldCyl", 
    301             "sld_solvent": "sldSolv" 
    302         } 
    303     ], 
    304     "flexible_cylinder_elliptical": [ 
    305         "FlexCylEllipXModel", 
    306         { 
    307             "sld": "sldCyl", 
    308             "sld_solvent": "sldSolv" 
    309         } 
    310     ], 
    311     "fractal": [ 
    312         "FractalModel", 
    313         { 
    314             "sld_block": "sldBlock", 
    315             "radius": "radius", 
    316             "cor_length": "cor_length", 
    317             "sld_solvent": "sldSolv", 
    318             "fractal_dim": "fractal_dim" 
    319         } 
    320     ], 
    321     "fractal_core_shell": [ 
    322         "FractalCoreShell", 
    323         { 
    324             "sld_core": "core_sld", 
    325             "sld_shell": "shell_sld", 
    326             "sld_solvent": "solvent_sld", 
    327             "radius": "radius", 
    328             "thickness": "thickness", 
    329             "fractal_dim": "frac_dim", 
    330             "cor_length": "cor_length", 
    331             "volfraction": "volfraction", 
    332         }, 
    333         "FractalCoreShellModel" 
    334     ], 
    335     "fuzzy_sphere": [ 
    336         "FuzzySphereModel", 
    337         { 
    338             "sld": "sldSph", 
    339             "fuzziness": "fuzziness", 
    340             "radius": "radius", 
    341             "sld_solvent": "sldSolv" 
    342         } 
    343     ], 
    344     "gauss_lorentz_gel": [ 
    345         "GaussLorentzGel", 
    346         { 
    347             "gauss_scale": "scale_g", 
    348             "cor_length_dynamic": "dyn_colength", 
    349             "cor_length_static": "stat_colength", 
    350             "background": "background", 
    351             "lorentz_scale": "scale_l" 
    352         }, 
    353         "GaussLorentzGelModel" 
    354     ], 
    355     "gaussian_peak": [ 
    356         "Peak Gauss Model", 
    357         { 
    358             "peak_pos": "q0", 
    359             "sigma": "B", 
    360         }, 
    361         "PeakGaussModel", 
    362     ], 
    363     "gel_fit": [ 
    364         "GelFitModel", 
    365         { 
    366             "rg": "radius", 
    367             "lorentz_scale": "lScale", 
    368             "guinier_scale": "gScale", 
    369             "fractal_dim": "FractalExp", 
    370             "cor_length": "zeta", 
    371         } 
    372     ], 
    373     "guinier": [ 
    374         "Guinier", 
    375         { 
    376             "rg": "rg" 
    377         }, 
    378         "GuinierModel", 
    379     ], 
    380     "guinier_porod": [ 
    381         "GuinierPorod", 
    382         { 
    383             "s": "dim", 
    384             "rg": "rg", 
    385             "porod_exp": "m", 
    386             "scale": "scale", 
    387             "background": "background" 
    388         }, 
    389         "GuinierPorodModel", 
    390     ], 
    391     "hardsphere": [ 
    392         "HardsphereStructure", 
    393         { 
    394             "scale": "scale_factor", 
    395             "radius_effective": "effect_radius", 
    396         } 
    397     ], 
    398     "hayter_msa": [ 
    399         "HayterMSAStructure", 
    400         { 
    401             "scale": "scale_factor", 
    402             "radius_effective": "effect_radius", 
    403             "volfraction": "volfraction", 
    404             "charge": "charge", 
    405             "temperature": "temperature", 
    406             "concentration_salt": "saltconc", 
    407             "dielectconst": "dielectconst", 
    408         } 
    409     ], 
    410     "hollow_cylinder": [ 
    411         "HollowCylinderModel", 
    412         { 
    413             "sld": "sldCyl", 
    414             "sld_solvent": "sldSolv", 
    415             "radius": "core_radius", 
    416             "thickness": "radius", 
    417             "length": "length", 
    418             "theta": "axis_theta", 
    419             "phi": "axis_phi", 
    420         } 
    421     ], 
    422     "hollow_rectangular_prism": [ 
    423         "RectangularHollowPrismModel", 
    424         { 
    425             "sld": "sldPipe", 
    426             "sld_solvent": "sldSolv", 
    427             "length_a": "short_side", 
    428             "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
    429             "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
    430             "thickness": "thickness", 
    431         } 
    432     ], 
    433     "hollow_rectangular_prism_thin_walls": [ 
    434         "RectangularHollowPrismInfThinWallsModel", 
    435         { 
    436             "sld": "sldPipe", 
    437             "sld_solvent": "sldSolv", 
    438             "length_a": "short_side", 
    439             "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
    440             "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
    441         } 
    442     ], 
    443     "lamellar": [ 
    444         "LamellarModel", 
    445         { 
    446             "sld": "sld_bi", 
    447             "sld_solvent": "sld_sol", 
    448             "thickness": "bi_thick" 
    449         } 
    450     ], 
    451     "lamellar_hg": [ 
    452         "LamellarFFHGModel", 
    453         { 
    454             "sld": "sld_tail", 
    455             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    456             "sld_head": "sld_head", 
    457             "length_tail": "t_length", 
    458             "length_head": "h_thickness" 
    459         } 
    460     ], 
    461     "lamellar_hg_stack_caille": [ 
    462         "LamellarPSHGModel", 
    463         { 
    464             "sld": "sld_tail", 
    465             "sld_head": "sld_head", 
    466             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    467             "length_tail": "deltaT", 
    468             "length_head": "deltaH", 
    469             "d_spacing": "spacing", 
    470             "Caille_parameter": "caille", 
    471             "Nlayers": "n_plates", 
    472         } 
    473     ], 
    474     "lamellar_stack_caille": [ 
    475         "LamellarPSModel", 
    476         { 
    477             "sld": "sld_bi", 
    478             "sld_solvent": "sld_sol", 
    479             "thickness": "delta", 
    480             "d_spacing": "spacing", 
    481             "Caille_parameter": "caille", 
    482             "Nlayers": "n_plates", 
    483         } 
    484     ], 
    485     "lamellar_stack_paracrystal": [ 
    486         "LamellarPCrystalModel", 
    487         { 
    488             "sld": "sld_layer", 
    489             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    490             "thickness": "thickness", 
    491             "d_spacing": "spacing", 
    492             "sigma_d": "pd_spacing", 
    493             "Nlayers": "Nlayers", 
    494         } 
    495     ], 
    496     "line": [ 
    497         "LineModel", 
    498         { 
    499             "slope": "B", 
    500             "scale": None, 
    501             "background": None, 
    502             "intercept": "A" 
    503         } 
    504     ], 
    505     "linear_pearls": [ 
    506         "LinearPearlsModel", 
    507         { 
    508             "sld": "sld_pearl", 
    509             "sld_solvent": "sld_solv", 
    510             "edge_sep": "edge_separation" 
    511         } 
    512     ], 
    513     "lorentz": [ 
    514         "Lorentz", 
    515         { 
    516             "cor_length": "length" 
    517         }, 
    518         "LorentzModel", 
    519     ], 
    520     "mass_fractal": [ 
    521         "MassFractalModel", 
    522         { 
    523             "cutoff_length": "co_length", 
    524             "radius": "radius", 
    525             "fractal_dim_mass": "mass_dim" 
    526         } 
    527     ], 
    528     "mass_surface_fractal": [ 
    529         "MassSurfaceFractal", 
    530         { 
    531             "rg_cluster": "cluster_rg", 
    532             "fractal_dim_mass": "mass_dim", 
    533             "radius": "radius", 
    534             "fractal_dim_surf": "surface_dim", 
    535             "rg_primary": "primary_rg" 
    536         } 
    537     ], 
    538     "mono_gauss_coil": [ 
    539         "Debye", 
    540         { 
    541             "rg": "rg", 
    542             "i_zero": "scale", 
    543             "background": "background", 
    544         }, 
    545         "DebyeModel", 
    546     ], 
    547     "multilayer_vesicle": [ 
    548         "MultiShellModel", 
    549         { 
    550             "radius": "core_radius", 
    551             "sld_solvent": "core_sld", 
    552             "n_shells": "n_pairs", 
    553             "thick_shell": "s_thickness", 
    554             "sld": "shell_sld", 
    555             "thick_solvent": "w_thickness", 
    556         } 
    557     ], 
    558     "onion": [ 
    559         "OnionExpShellModel", 
    560         { 
    561             "n_shells": "n_shells", 
    562             "A": "A_shell", 
    563             "sld_core": "sld_core0", 
    564             "radius_core": "rad_core0", 
    565             "sld_solvent": "sld_solv", 
    566             "thickness": "thick_shell", 
    567             "sld_in": "sld_in_shell", 
    568             "sld_out": "sld_out_shell" 
    569         } 
    570     ], 
    571     "parallelepiped": [ 
    572         "ParallelepipedModel", 
    573         { 
    574             "phi": "parallel_phi", 
    575             "psi": "parallel_psi", 
    576             "sld_solvent": "sldSolv", 
    577             "length_a": "short_a", 
    578             "length_b": "short_b", 
    579             "sld": "sldPipe", 
    580             "theta": "parallel_theta", 
    581             "length_c": "long_c", 
    582             "M0:sld": "M0_sld_pipe", 
    583             "mtheta:sld": "M_theta_pipe", 
    584             "mphi:sld": "M_phi_pipe", 
    585             "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
    586             "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
    587             "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
    588             "up:frac_i": "Up_frac_i", 
    589             "up:frac_f": "Up_frac_f", 
    590             "up:angle": "Up_theta", 
    591         } 
    592     ], 
    593     "peak_lorentz": [ 
    594         "Peak Lorentz Model", 
    595         { 
    596             "peak_pos": "q0", 
    597             "peak_hwhm": "B" 
    598         }, 
    599         "PeakLorentzModel", 
    600     ], 
    601     "pearl_necklace": [ 
    602         "PearlNecklaceModel", 
    603         { 
    604             "scale": "scale", 
    605             "thick_string": "thick_string", 
    606             "sld_string": "sld_string", 
    607             "sld_solvent": "sld_solv", 
    608             "edge_sep": "edge_separation", 
    609             "num_pearls": "num_pearls", 
    610             "radius": "radius", 
    611             "background": "background", 
    612             "sld": "sld_pearl" 
    613         } 
    614     ], 
    615     "poly_gauss_coil": [ 
    616         "Poly_GaussCoil", 
    617         { 
    618             "rg": "rg", 
    619             "polydispersity": "poly_m", 
    620             "i_zero": "scale", 
    621             "background": "background", 
    622         } 
    623     ], 
    624     "polymer_excl_volume": [ 
    625         "PolymerExclVolume", 
    626         { 
    627             "rg": "rg", 
    628             "scale": "scale", 
    629             "background": "background", 
    630             "porod_exp": "m" 
    631         } 
    632     ], 
    633     "polymer_micelle": [ 
    634         "MicelleSphCoreModel", 
    635         { 
    636             "sld_corona": "rho_corona", 
    637             "sld_solvent": "rho_solv", 
    638             "sld_core": "rho_core", 
    639             "ndensity": "ndensity", 
    640             "v_core": "v_core", 
    641             "v_corona": "v_corona", 
    642             "radius_core": "radius_core", 
    643             "rg": "radius_gyr", 
    644             "d_penetration": "d_penetration", 
    645             "n_aggreg": "n_aggreg", 
    646         } 
    647     ], 
    648     "porod": [ 
    649         "PorodModel", 
    650         { 
    651             "scale": "scale", 
    652             "background": "background" 
    653         } 
    654     ], 
    655     "power_law": [ 
    656         "PowerLawAbsModel", 
    657         { 
    658             "scale": "scale", 
    659             "background": "background", 
    660             "power": "m" 
    661         } 
    662     ], 
    663     "pringle": [ 
    664         "PringlesModel", 
    665         { 
    666             "scale": "scale", 
    667             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    668             "thickness": "thickness", 
    669             "beta": "beta", 
    670             "radius": "radius", 
    671             "background": "background", 
    672             "alpha": "alpha", 
    673             "sld": "sld_pringle" 
    674         } 
    675     ], 
    676     "raspberry": [ 
    677         "RaspBerryModel", 
    678         { 
    679             "volfraction_lg": "volf_Lsph", 
    680             "volfraction_sm": "volf_Ssph", 
    681             "radius_sm": "radius_Ssph", 
    682             "radius_lg": "radius_Lsph", 
    683             "sld_lg": "sld_Lsph", 
    684             "sld_sm": "sld_Ssph", 
    685             "sld_solvent": "sld_solv", 
    686             "surface_fraction": "surfrac_Ssph", 
    687             "penetration": "delta_Ssph" 
    688         } 
    689     ], 
    690     "rectangular_prism": [ 
    691         "RectangularPrismModel", 
    692         { 
    693             "sld": "sldPipe", 
    694             "length_a": "short_side", 
    695             "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
    696             "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
    697             "sld_solvent": "sldSolv" 
    698         } 
    699     ], 
    700     "rpa": [ 
    701         "RPA10Model", 
    702         { 
    703             "K12": "Kab", "K13": "Kac", "K14": "Kad", 
    704             "K23": "Kbc", "K24": "Kbd", "K34": "Kcd", 
    705             "N1": "Na", "N2": "Nb", "N3": "Nc", "N4": "Nd", 
    706             "L1": "La", "L2": "Lb", "L3": "Lc", "L4": "Ld", 
    707             "v1": "va", "v2": "vb", "v3": "vc", "v4": "vd", 
    708             "b1": "ba", "b2": "bb", "b3": "bc", "b4": "bd", 
    709             "Phi1": "Phia", "Phi2": "Phib", "Phi3": "Phic", "Phi4": "Phid", 
    710             "case_num": "lcase_n" 
    711         } 
    712     ], 
    713     "sc_paracrystal": [ 
    714         "SCCrystalModel", 
    715         { 
    716             "sld": "sldSph", 
    717             "sld_solvent": "sldSolv" 
    718         } 
    719     ], 
    720     "sphere": [ 
    721         "SphereModel", 
    722         { 
    723             "sld": "sldSph", 
    724             "radius": "radius", 
    725             "sld_solvent": "sldSolv", 
    726             "M0:sld": "M0_sld_sph", 
    727             "mtheta:sld": "M_theta_sph", 
    728             "mphi:sld": "M_phi_sph", 
    729             "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
    730             "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
    731             "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
    732             "up:frac_i": "Up_frac_i", 
    733             "up:frac_f": "Up_frac_f", 
    734             "up:angle": "Up_theta" 
    735         } 
    736     ], 
    737     "spherical_sld": [ 
    738         "SphericalSLDModel", 
    739         # Be lazy and use a generator expression to define 
    740         #    sld1: sld_flat0, ... 
    741         #    thickness1: thick_flat0, ... 
    742         #    interface1: thick_inter0, ... 
    743         #    shape1: func_inter0, ... 
    744         #    nu1: nu_inter0, ... 
    745         # but override thickness1 => rad_cor0 and sld1 => sld_core0. 
    746         # Note: explicit key,value pairs given by **{...} override the 
    747         # keys from the gnerator expression ((k,v) for k,v in seq) when 
    748         # used as dict((generator), **{...}) 
    749         dict(((field_new+str(index+1), field_old+str(index)) 
    750               for field_new, field_old in [("sld", "sld_flat"), 
    751                                            ("thickness", "thick_flat"), 
    752                                            ("interface", "thick_inter"), 
    753                                            ("shape", "func_inter"), 
    754                                            ("nu", "nu_inter"),] 
    755               for index in range(11)), 
    756              **{ 
    757                    "n_shells": "n_shells", 
    758                    "n_steps": "npts_inter", 
    759                    "sld_solvent": "sld_solv", 
    760                    "thickness1": "rad_core0", 
    761                    "sld1": "sld_core0", 
    762                }) 
    763     ], 
    764     "squarewell": [ 
    765         "SquareWellStructure", 
    766         { 
    767             "scale": "scale_factor", 
    768             "radius_effective": "effect_radius", 
    769             "wellwidth": "wellwidth", 
    770             "welldepth": "welldepth", 
    771         } 
    772     ], 
    773     "stacked_disks": [ 
    774         "StackedDisksModel", 
    775         { 
    776             "phi": "axis_phi", 
    777             "sld_layer": "layer_sld", 
    778             "sld_core": "core_sld", 
    779             "theta": "axis_theta", 
    780             "sld_solvent": "solvent_sld", 
    781             "n_stacking": "n_stacking", 
    782             "thick_layer": "layer_thick", 
    783             "thick_core": "core_thick", 
    784         } 
    785     ], 
    786     "star_polymer": [ 
    787         "StarPolymer", 
    788         { 
    789             "arms": "arms", 
    790             "rg_squared": "R2" 
    791         } 
    792     ], 
    793     "stickyhardsphere": [ 
    794         "StickyHSStructure", 
    795         { 
    796             "scale": "scale_factor", 
    797             "radius_effective": "effect_radius", 
    798         } 
    799     ], 
    800     "surface_fractal": [ 
    801         "SurfaceFractalModel", 
    802         { 
    803             "cutoff_length": "co_length", 
    804             "radius": "radius", 
    805             "fractal_dim_surf": "surface_dim" 
    806         } 
    807     ], 
    808     "teubner_strey": [ 
    809         "TeubnerStreyModel", 
    810         { 
    811             # Note: parameters are completely rewritten in convert.py 
    812             "volfraction_a": "volfraction_a", 
    813             "sld_a": "sld_a", 
    814             "sld_b": "sld_b", 
    815             "d": "d", 
    816             "xi": "xi", 
    817         } 
    818     ], 
    819     "triaxial_ellipsoid": [ 
    820         "TriaxialEllipsoidModel", 
    821         { 
    822             "phi": "axis_phi", 
    823             "radius_equat_minor": "semi_axisA", 
    824             "radius_polar": "semi_axisC", 
    825             "radius_equat_major": "semi_axisB", 
    826             "sld_solvent": "sldSolv", 
    827             "psi": "axis_psi", 
    828             "sld": "sldEll", 
    829             "theta": "axis_theta" 
    830         } 
    831     ], 
    832     "two_lorentzian": [ 
    833         "TwoLorentzian", 
    834         { 
    835             "lorentz_scale_1": "scale_1", 
    836             "lorentz_scale_2": "scale_2", 
    837             "lorentz_exp_1": "exponent_1", 
    838             "lorentz_exp_2": "exponent_2", 
    839             "lorentz_length_2": "length_2", 
    840             "lorentz_length_1": "length_1", 
    841             "background": "background" 
    842         }, 
    843         "TwoLorentzianModel", 
    844     ], 
    845     "two_power_law": [ 
    846         "TwoPowerLaw", 
    847         { 
    848             "coefficent_1": "coef_A", 
    849             "power_2": "power2", 
    850             "power_1": "power1", 
    851             "background": "background", 
    852             "crossover": "qc" 
    853         }, 
    854         "TwoPowerLawModel", 
    855     ], 
    856     "unified_power_Rg": [ 
    857         "UnifiedPowerRg", 
    858         dict(((field_new+str(index), field_old+str(index)) 
    859               for field_new, field_old in [("rg", "Rg"), 
    860                                            ("power", "power"), 
    861                                            ("G", "G"), 
    862                                            ("B", "B"),] 
    863               for index in range(11)), 
    864              **{ 
    865                    "background": "background", 
    866                    "scale": "scale", 
    867                }), 
    868         "UnifiedPowerRgModel", 
    869     ], 
    870     "vesicle": [ 
    871         "VesicleModel", 
    872         { 
    873             "sld": "shell_sld", 
    874             "sld_solvent": "solv_sld" 
    875         } 
    876     ] 
     31    (3, 1, 2) : { 
     32        "adsorbed_layer": [ 
     33            "Core2ndMomentModel", 
     34            { 
     35                "scale": "scale", 
     36                "second_moment": "second_moment", 
     37                "density_shell": "density_poly", 
     38                "sld_solvent": "sld_solv", 
     39                "radius": "radius_core", 
     40                "volfraction": "volf_cores", 
     41                "background": "background", 
     42                "adsorbed_amount": "ads_amount", 
     43                "sld_shell": "sld_poly" 
     44            } 
     45        ], 
     46        "barbell": [ 
     47            "BarBellModel", 
     48            { 
     49                "sld": "sld_barbell", 
     50                "length": "len_bar", 
     51                "radius_bell": "rad_bell", 
     52                "radius": "rad_bar", 
     53                "sld_solvent": "sld_solv" 
     54            } 
     55        ], 
     56        "bcc_paracrystal": [ 
     57            "BCCrystalModel", 
     58            { 
     59                "sld": "sldSph", 
     60                "sld_solvent": "sldSolv" 
     61            } 
     62        ], 
     63        "be_polyelectrolyte": [ 
     64            "BEPolyelectrolyte", 
     65            { 
     66                "ionization_degree": "alpha", 
     67                "polymer_concentration": "c", 
     68                "salt_concentration": "cs", 
     69                "virial_param": "h", 
     70                "background": "background", 
     71                "contrast_factor": "k", 
     72                "bjerrum_length": "lb", 
     73                "monomer_length": "b" 
     74            } 
     75        ], 
     76        "binary_hard_sphere": [ 
     77            "BinaryHSModel", 
     78            { 
     79                "sld_sm": "ss_sld", 
     80                "sld_lg": "ls_sld", 
     81                "volfraction_sm": "vol_frac_ss", 
     82                "radius_lg": "l_radius", 
     83                "radius_sm": "s_radius", 
     84                "volfraction_lg": "vol_frac_ls", 
     85                "sld_solvent": "solvent_sld" 
     86            } 
     87        ], 
     88        "broad_peak": [ 
     89            "BroadPeakModel", 
     90            { 
     91                "peak_pos": "q_peak", 
     92                "scale": None, 
     93                "lorentz_length": "length_l", 
     94                "porod_scale": "scale_p", 
     95                "lorentz_exp": "exponent_l", 
     96                "lorentz_scale": "scale_l", 
     97                "porod_exp": "exponent_p" 
     98            } 
     99        ], 
     100        "capped_cylinder": [ 
     101            "CappedCylinderModel", 
     102            { 
     103                "sld": "sld_capcyl", 
     104                "length": "len_cyl", 
     105                "radius_cap": "rad_cap", 
     106                "radius": "rad_cyl", 
     107                "sld_solvent": "sld_solv" 
     108            } 
     109        ], 
     110        "core_multi_shell": [ 
     111            "CoreMultiShellModel", 
     112            { 
     113                "thickness": "thick_shell", 
     114                "sld": "sld_shell", 
     115                "radius": "rad_core0", 
     116                "sld_core": "sld_core0", 
     117                "sld_solvent": "sld_solv", 
     118                "n": "n_shells", 
     119                "M0:sld_core": "M0_sld_core0", 
     120                "mtheta:sld_core": "M_theta_core0", 
     121                "mphi:sld_core": "M_phi_core0", 
     122                "M0:sld1": "M0_sld_shell1", 
     123                "mtheta:sld1": "M_theta_shell1", 
     124                "mphi:sld1": "M_phi_shell1", 
     125                "M0:sld2": "M0_sld_shell2", 
     126                "mtheta:sld2": "M_theta_shell2", 
     127                "mphi:sld2": "M_phi_shell2", 
     128                "M0:sld3": "M0_sld_shell3", 
     129                "mtheta:sld3": "M_theta_shell3", 
     130                "mphi:sld3": "M_phi_shell3", 
     131                "M0:sld4": "M0_sld_shell4", 
     132                "mtheta:sld4": "M_theta_shell4", 
     133                "mphi:sld4": "M_phi_shell4", 
     134                "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
     135                "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
     136                "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
     137                "up:frac_i": "Up_frac_i", 
     138                "up:frac_f": "Up_frac_f", 
     139                "up:angle": "Up_theta", 
     140            } 
     141        ], 
     142        "core_shell_bicelle": [ 
     143            "CoreShellBicelleModel", 
     144            { 
     145                "phi": "axis_phi", 
     146                "sld_core": "core_sld", 
     147                "sld_rim": "rim_sld", 
     148                "thick_face": "face_thick", 
     149                "sld_solvent": "solvent_sld", 
     150                "thick_rim": "rim_thick", 
     151                "sld_face": "face_sld", 
     152                "theta": "axis_theta" 
     153            } 
     154        ], 
     155        "core_shell_cylinder": [ 
     156            "CoreShellCylinderModel", 
     157            { 
     158                "theta": "axis_theta", 
     159                "phi": "axis_phi", 
     160                "sld_shell": "shell_sld", 
     161                "sld_solvent": "solvent_sld", 
     162                "sld_core": "core_sld" 
     163            } 
     164        ], 
     165        "core_shell_ellipsoid:1": [ 
     166            "CoreShellEllipsoidModel", 
     167            { 
     168                "sld_core": "sld_core", 
     169                "sld_shell": "sld_shell", 
     170                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     171                "radius_equat_core": "equat_core", 
     172                "x_core": "polar_core", 
     173                "thick_shell": "equat_shell", 
     174                "x_polar_shell": "polar_shell", 
     175                "theta": "axis_theta", 
     176                "phi": "axis_phi", 
     177            } 
     178        ], 
     179        "core_shell_ellipsoid": [ 
     180            "CoreShellEllipsoidXTModel", 
     181            { 
     182                "sld_core": "sld_core", 
     183                "sld_shell": "sld_shell", 
     184                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     185                "radius_equat_core": "equat_core", 
     186                "thick_shell": "T_shell", 
     187                "x_core": "X_core", 
     188                "x_polar_shell": "XpolarShell", 
     189                "theta": "axis_theta", 
     190                "phi": "axis_phi", 
     191            } 
     192        ], 
     193        "core_shell_parallelepiped": [ 
     194            "CSParallelepipedModel", 
     195            { 
     196                "sld_core": "sld_pcore", 
     197                "sld_a": "sld_rimA", 
     198                "sld_b": "sld_rimB", 
     199                "sld_c": "sld_rimC", 
     200                "sld_solvent": "sld_solv", 
     201                "length_a": "shortA", 
     202                "length_b": "midB", 
     203                "length_c": "longC", 
     204                "thick_rim_a": "rimA", 
     205                "thick_rim_c": "rimC", 
     206                "thick_rim_b": "rimB", 
     207                "theta": "parallel_theta", 
     208                "phi": "parallel_phi", 
     209                "psi": "parallel_psi", 
     210            } 
     211        ], 
     212        "core_shell_sphere": [ 
     213            "CoreShellModel", 
     214            { 
     215                "sld_core": "core_sld", 
     216                "sld_shell": "shell_sld", 
     217                "sld_solvent": "solvent_sld", 
     218                "M0:sld_core": "M0_sld_core", 
     219                "mtheta:sld_core": "M_theta_core", 
     220                "mphi:sld_core": "M_phi_core", 
     221                "M0:sld_shell": "M0_sld_shell", 
     222                "mtheta:sld_shell": "M_theta_shell", 
     223                "mphi:sld_shell": "M_phi_shell", 
     224                "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
     225                "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
     226                "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
     227                "up:frac_i": "Up_frac_i", 
     228                "up:frac_f": "Up_frac_f", 
     229                "up:angle": "Up_theta" 
     230            } 
     231        ], 
     232        "correlation_length": [ 
     233            "CorrLength", 
     234            { 
     235                "porod_scale": "scale_p", 
     236                "lorentz_scale": "scale_l", 
     237                "porod_exp": "exponent_p", 
     238                "lorentz_exp": "exponent_l", 
     239                "cor_length": "length_l" 
     240            }, 
     241            "CorrLengthModel" 
     242        ], 
     243        "cylinder": [ 
     244            "CylinderModel", 
     245            { 
     246                "sld": "sldCyl", 
     247                "theta": "cyl_theta", 
     248                "phi": "cyl_phi", 
     249                "sld_solvent": "sldSolv", 
     250                "M0:sld": "M0_sld_cyl", 
     251                "mtheta:sld": "M_theta_cyl", 
     252                "mphi:sld": "M_phi_cyl", 
     253                "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
     254                "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
     255                "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
     256                "up:frac_i": "Up_frac_i", 
     257                "up:frac_f": "Up_frac_f", 
     258                "up:angle": "Up_theta" 
     259            } 
     260        ], 
     261        "dab": [ 
     262            "DABModel", 
     263            { 
     264                "cor_length": "length" 
     265            } 
     266        ], 
     267        "ellipsoid": [ 
     268            "EllipsoidModel", 
     269            { 
     270                "phi": "axis_phi", 
     271                "radius_equatorial": "radius_b", 
     272                "sld": "sldEll", 
     273                "theta": "axis_theta", 
     274                "radius_polar": "radius_a", 
     275                "sld_solvent": "sldSolv" 
     276            } 
     277        ], 
     278        "elliptical_cylinder": [ 
     279            "EllipticalCylinderModel", 
     280            { 
     281                "axis_ratio": "r_ratio", 
     282                "radius_minor": "r_minor", 
     283                "sld": "sldCyl", 
     284                "sld_solvent": "sldSolv", 
     285                "theta": "cyl_theta", 
     286                "phi": "cyl_phi", 
     287                "psi": "cyl_psi", 
     288            } 
     289        ], 
     290        "fcc_paracrystal": [ 
     291            "FCCrystalModel", 
     292            { 
     293                "sld": "sldSph", 
     294                "sld_solvent": "sldSolv" 
     295            } 
     296        ], 
     297        "flexible_cylinder": [ 
     298            "FlexibleCylinderModel", 
     299            { 
     300                "sld": "sldCyl", 
     301                "sld_solvent": "sldSolv" 
     302            } 
     303        ], 
     304        "flexible_cylinder_elliptical": [ 
     305            "FlexCylEllipXModel", 
     306            { 
     307                "sld": "sldCyl", 
     308                "sld_solvent": "sldSolv" 
     309            } 
     310        ], 
     311        "fractal": [ 
     312            "FractalModel", 
     313            { 
     314                "sld_block": "sldBlock", 
     315                "radius": "radius", 
     316                "cor_length": "cor_length", 
     317                "sld_solvent": "sldSolv", 
     318                "fractal_dim": "fractal_dim" 
     319            } 
     320        ], 
     321        "fractal_core_shell": [ 
     322            "FractalCoreShell", 
     323            { 
     324                "sld_core": "core_sld", 
     325                "sld_shell": "shell_sld", 
     326                "sld_solvent": "solvent_sld", 
     327                "radius": "radius", 
     328                "thickness": "thickness", 
     329                "fractal_dim": "frac_dim", 
     330                "cor_length": "cor_length", 
     331                "volfraction": "volfraction", 
     332            }, 
     333            "FractalCoreShellModel" 
     334        ], 
     335        "fuzzy_sphere": [ 
     336            "FuzzySphereModel", 
     337            { 
     338                "sld": "sldSph", 
     339                "fuzziness": "fuzziness", 
     340                "radius": "radius", 
     341                "sld_solvent": "sldSolv" 
     342            } 
     343        ], 
     344        "gauss_lorentz_gel": [ 
     345            "GaussLorentzGel", 
     346            { 
     347                "gauss_scale": "scale_g", 
     348                "cor_length_dynamic": "dyn_colength", 
     349                "cor_length_static": "stat_colength", 
     350                "background": "background", 
     351                "lorentz_scale": "scale_l" 
     352            }, 
     353            "GaussLorentzGelModel" 
     354        ], 
     355        "gaussian_peak": [ 
     356            "Peak Gauss Model", 
     357            { 
     358                "peak_pos": "q0", 
     359                "sigma": "B", 
     360            }, 
     361            "PeakGaussModel", 
     362        ], 
     363        "gel_fit": [ 
     364            "GelFitModel", 
     365            { 
     366                "rg": "radius", 
     367                "lorentz_scale": "lScale", 
     368                "guinier_scale": "gScale", 
     369                "fractal_dim": "FractalExp", 
     370                "cor_length": "zeta", 
     371            } 
     372        ], 
     373        "guinier": [ 
     374            "Guinier", 
     375            { 
     376                "rg": "rg" 
     377            }, 
     378            "GuinierModel", 
     379        ], 
     380        "guinier_porod": [ 
     381            "GuinierPorod", 
     382            { 
     383                "s": "dim", 
     384                "rg": "rg", 
     385                "porod_exp": "m", 
     386                "scale": "scale", 
     387                "background": "background" 
     388            }, 
     389            "GuinierPorodModel", 
     390        ], 
     391        "hardsphere": [ 
     392            "HardsphereStructure", 
     393            { 
     394                "scale": "scale_factor", 
     395                "radius_effective": "effect_radius", 
     396            } 
     397        ], 
     398        "hayter_msa": [ 
     399            "HayterMSAStructure", 
     400            { 
     401                "scale": "scale_factor", 
     402                "radius_effective": "effect_radius", 
     403                "volfraction": "volfraction", 
     404                "charge": "charge", 
     405                "temperature": "temperature", 
     406                "concentration_salt": "saltconc", 
     407                "dielectconst": "dielectconst", 
     408            } 
     409        ], 
     410        "hollow_cylinder": [ 
     411            "HollowCylinderModel", 
     412            { 
     413                "sld": "sldCyl", 
     414                "sld_solvent": "sldSolv", 
     415                "radius": "core_radius", 
     416                "thickness": "radius", 
     417                "length": "length", 
     418                "theta": "axis_theta", 
     419                "phi": "axis_phi", 
     420            } 
     421        ], 
     422        "hollow_rectangular_prism": [ 
     423            "RectangularHollowPrismModel", 
     424            { 
     425                "sld": "sldPipe", 
     426                "sld_solvent": "sldSolv", 
     427                "length_a": "short_side", 
     428                "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
     429                "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
     430                "thickness": "thickness", 
     431            } 
     432        ], 
     433        "hollow_rectangular_prism_thin_walls": [ 
     434            "RectangularHollowPrismInfThinWallsModel", 
     435            { 
     436                "sld": "sldPipe", 
     437                "sld_solvent": "sldSolv", 
     438                "length_a": "short_side", 
     439                "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
     440                "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
     441            } 
     442        ], 
     443        "lamellar": [ 
     444            "LamellarModel", 
     445            { 
     446                "sld": "sld_bi", 
     447                "sld_solvent": "sld_sol", 
     448                "thickness": "bi_thick" 
     449            } 
     450        ], 
     451        "lamellar_hg": [ 
     452            "LamellarFFHGModel", 
     453            { 
     454                "sld": "sld_tail", 
     455                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     456                "sld_head": "sld_head", 
     457                "length_tail": "t_length", 
     458                "length_head": "h_thickness" 
     459            } 
     460        ], 
     461        "lamellar_hg_stack_caille": [ 
     462            "LamellarPSHGModel", 
     463            { 
     464                "sld": "sld_tail", 
     465                "sld_head": "sld_head", 
     466                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     467                "length_tail": "deltaT", 
     468                "length_head": "deltaH", 
     469                "d_spacing": "spacing", 
     470                "Caille_parameter": "caille", 
     471                "Nlayers": "n_plates", 
     472            } 
     473        ], 
     474        "lamellar_stack_caille": [ 
     475            "LamellarPSModel", 
     476            { 
     477                "sld": "sld_bi", 
     478                "sld_solvent": "sld_sol", 
     479                "thickness": "delta", 
     480                "d_spacing": "spacing", 
     481                "Caille_parameter": "caille", 
     482                "Nlayers": "n_plates", 
     483            } 
     484        ], 
     485        "lamellar_stack_paracrystal": [ 
     486            "LamellarPCrystalModel", 
     487            { 
     488                "sld": "sld_layer", 
     489                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     490                "thickness": "thickness", 
     491                "d_spacing": "spacing", 
     492                "sigma_d": "pd_spacing", 
     493                "Nlayers": "Nlayers", 
     494            } 
     495        ], 
     496        "line": [ 
     497            "LineModel", 
     498            { 
     499                "slope": "B", 
     500                "scale": None, 
     501                "background": None, 
     502                "intercept": "A" 
     503            } 
     504        ], 
     505        "linear_pearls": [ 
     506            "LinearPearlsModel", 
     507            { 
     508                "sld": "sld_pearl", 
     509                "sld_solvent": "sld_solv", 
     510                "edge_sep": "edge_separation" 
     511            } 
     512        ], 
     513        "lorentz": [ 
     514            "Lorentz", 
     515            { 
     516                "cor_length": "length" 
     517            }, 
     518            "LorentzModel", 
     519        ], 
     520        "mass_fractal": [ 
     521            "MassFractalModel", 
     522            { 
     523                "cutoff_length": "co_length", 
     524                "radius": "radius", 
     525                "fractal_dim_mass": "mass_dim" 
     526            } 
     527        ], 
     528        "mass_surface_fractal": [ 
     529            "MassSurfaceFractal", 
     530            { 
     531                "rg_cluster": "cluster_rg", 
     532                "fractal_dim_mass": "mass_dim", 
     533                "radius": "radius", 
     534                "fractal_dim_surf": "surface_dim", 
     535                "rg_primary": "primary_rg" 
     536            } 
     537        ], 
     538        "mono_gauss_coil": [ 
     539            "Debye", 
     540            { 
     541                "rg": "rg", 
     542                "i_zero": "scale", 
     543                "background": "background", 
     544            }, 
     545            "DebyeModel", 
     546        ], 
     547        "multilayer_vesicle": [ 
     548            "MultiShellModel", 
     549            { 
     550                "radius": "core_radius", 
     551                "sld_solvent": "core_sld", 
     552                "n_shells": "n_pairs", 
     553                "thick_shell": "s_thickness", 
     554                "sld": "shell_sld", 
     555                "thick_solvent": "w_thickness", 
     556            } 
     557        ], 
     558        "onion": [ 
     559            "OnionExpShellModel", 
     560            { 
     561                "n_shells": "n_shells", 
     562                "A": "A_shell", 
     563                "sld_core": "sld_core0", 
     564                "radius_core": "rad_core0", 
     565                "sld_solvent": "sld_solv", 
     566                "thickness": "thick_shell", 
     567                "sld_in": "sld_in_shell", 
     568                "sld_out": "sld_out_shell" 
     569            } 
     570        ], 
     571        "parallelepiped": [ 
     572            "ParallelepipedModel", 
     573            { 
     574                "phi": "parallel_phi", 
     575                "psi": "parallel_psi", 
     576                "sld_solvent": "sldSolv", 
     577                "length_a": "short_a", 
     578                "length_b": "short_b", 
     579                "sld": "sldPipe", 
     580                "theta": "parallel_theta", 
     581                "length_c": "long_c", 
     582                "M0:sld": "M0_sld_pipe", 
     583                "mtheta:sld": "M_theta_pipe", 
     584                "mphi:sld": "M_phi_pipe", 
     585                "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
     586                "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
     587                "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
     588                "up:frac_i": "Up_frac_i", 
     589                "up:frac_f": "Up_frac_f", 
     590                "up:angle": "Up_theta", 
     591            } 
     592        ], 
     593        "peak_lorentz": [ 
     594            "Peak Lorentz Model", 
     595            { 
     596                "peak_pos": "q0", 
     597                "peak_hwhm": "B" 
     598            }, 
     599            "PeakLorentzModel", 
     600        ], 
     601        "pearl_necklace": [ 
     602            "PearlNecklaceModel", 
     603            { 
     604                "scale": "scale", 
     605                "thick_string": "thick_string", 
     606                "sld_string": "sld_string", 
     607                "sld_solvent": "sld_solv", 
     608                "edge_sep": "edge_separation", 
     609                "num_pearls": "num_pearls", 
     610                "radius": "radius", 
     611                "background": "background", 
     612                "sld": "sld_pearl" 
     613            } 
     614        ], 
     615        "poly_gauss_coil": [ 
     616            "Poly_GaussCoil", 
     617            { 
     618                "rg": "rg", 
     619                "polydispersity": "poly_m", 
     620                "i_zero": "scale", 
     621                "background": "background", 
     622            } 
     623        ], 
     624        "polymer_excl_volume": [ 
     625            "PolymerExclVolume", 
     626            { 
     627                "rg": "rg", 
     628                "scale": "scale", 
     629                "background": "background", 
     630                "porod_exp": "m" 
     631            } 
     632        ], 
     633        "polymer_micelle": [ 
     634            "MicelleSphCoreModel", 
     635            { 
     636                "sld_corona": "rho_corona", 
     637                "sld_solvent": "rho_solv", 
     638                "sld_core": "rho_core", 
     639                "ndensity": "ndensity", 
     640                "v_core": "v_core", 
     641                "v_corona": "v_corona", 
     642                "radius_core": "radius_core", 
     643                "rg": "radius_gyr", 
     644                "d_penetration": "d_penetration", 
     645                "n_aggreg": "n_aggreg", 
     646            } 
     647        ], 
     648        "porod": [ 
     649            "PorodModel", 
     650            { 
     651                "scale": "scale", 
     652                "background": "background" 
     653            } 
     654        ], 
     655        "power_law": [ 
     656            "PowerLawAbsModel", 
     657            { 
     658                "scale": "scale", 
     659                "background": "background", 
     660                "power": "m" 
     661            } 
     662        ], 
     663        "pringle": [ 
     664            "PringlesModel", 
     665            { 
     666                "scale": "scale", 
     667                "sld_solvent": "sld_solvent", 
     668                "thickness": "thickness", 
     669                "beta": "beta", 
     670                "radius": "radius", 
     671                "background": "background", 
     672                "alpha": "alpha", 
     673                "sld": "sld_pringle" 
     674            } 
     675        ], 
     676        "raspberry": [ 
     677            "RaspBerryModel", 
     678            { 
     679                "volfraction_lg": "volf_Lsph", 
     680                "volfraction_sm": "volf_Ssph", 
     681                "radius_sm": "radius_Ssph", 
     682                "radius_lg": "radius_Lsph", 
     683                "sld_lg": "sld_Lsph", 
     684                "sld_sm": "sld_Ssph", 
     685                "sld_solvent": "sld_solv", 
     686                "surface_fraction": "surfrac_Ssph", 
     687                "penetration": "delta_Ssph" 
     688            } 
     689        ], 
     690        "rectangular_prism": [ 
     691            "RectangularPrismModel", 
     692            { 
     693                "sld": "sldPipe", 
     694                "length_a": "short_side", 
     695                "b2a_ratio": "b2a_ratio", 
     696                "c2a_ratio": "c2a_ratio", 
     697                "sld_solvent": "sldSolv" 
     698            } 
     699        ], 
     700        "rpa": [ 
     701            "RPA10Model", 
     702            { 
     703                "K12": "Kab", "K13": "Kac", "K14": "Kad", 
     704                "K23": "Kbc", "K24": "Kbd", "K34": "Kcd", 
     705                "N1": "Na", "N2": "Nb", "N3": "Nc", "N4": "Nd", 
     706                "L1": "La", "L2": "Lb", "L3": "Lc", "L4": "Ld", 
     707                "v1": "va", "v2": "vb", "v3": "vc", "v4": "vd", 
     708                "b1": "ba", "b2": "bb", "b3": "bc", "b4": "bd", 
     709                "Phi1": "Phia", "Phi2": "Phib", "Phi3": "Phic", "Phi4": "Phid", 
     710                "case_num": "lcase_n" 
     711            } 
     712        ], 
     713        "sc_paracrystal": [ 
     714            "SCCrystalModel", 
     715            { 
     716                "sld": "sldSph", 
     717                "sld_solvent": "sldSolv" 
     718            } 
     719        ], 
     720        "sphere": [ 
     721            "SphereModel", 
     722            { 
     723                "sld": "sldSph", 
     724                "radius": "radius", 
     725                "sld_solvent": "sldSolv", 
     726                "M0:sld": "M0_sld_sph", 
     727                "mtheta:sld": "M_theta_sph", 
     728                "mphi:sld": "M_phi_sph", 
     729                "M0:sld_solvent": "M0_sld_solv", 
     730                "mtheta:sld_solvent": "M_theta_solv", 
     731                "mphi:sld_solvent": "M_phi_solv", 
     732                "up:frac_i": "Up_frac_i", 
     733                "up:frac_f": "Up_frac_f", 
     734                "up:angle": "Up_theta" 
     735            } 
     736        ], 
     737        "spherical_sld": [ 
     738            "SphericalSLDModel", 
     739            # Be lazy and use a generator expression to define 
     740            #    sld1: sld_flat0, ... 
     741            #    thickness1: thick_flat0, ... 
     742            #    interface1: thick_inter0, ... 
     743            #    shape1: func_inter0, ... 
     744            #    nu1: nu_inter0, ... 
     745            # but override thickness1 => rad_cor0 and sld1 => sld_core0. 
     746            # Note: explicit key,value pairs given by **{...} override the 
     747            # keys from the gnerator expression ((k,v) for k,v in seq) when 
     748            # used as dict((generator), **{...}) 
     749            dict(((field_new+str(index+1), field_old+str(index)) 
     750                  for field_new, field_old in [("sld", "sld_flat"), 
     751                                               ("thickness", "thick_flat"), 
     752                                               ("interface", "thick_inter"), 
     753                                               ("shape", "func_inter"), 
     754                                               ("nu", "nu_inter"),] 
     755                  for index in range(11)), 
     756                 **{ 
     757                     "n_shells": "n_shells", 
     758                     "n_steps": "npts_inter", 
     759                     "sld_solvent": "sld_solv", 
     760                     "thickness1": "rad_core0", 
     761                     "sld1": "sld_core0", 
     762                 }) 
     763        ], 
     764        "squarewell": [ 
     765            "SquareWellStructure", 
     766            { 
     767                "scale": "scale_factor", 
     768                "radius_effective": "effect_radius", 
     769                "wellwidth": "wellwidth", 
     770                "welldepth": "welldepth", 
     771            } 
     772        ], 
     773        "stacked_disks": [ 
     774            "StackedDisksModel", 
     775            { 
     776                "phi": "axis_phi", 
     777                "sld_layer": "layer_sld", 
     778                "sld_core": "core_sld", 
     779                "theta": "axis_theta", 
     780                "sld_solvent": "solvent_sld", 
     781                "n_stacking": "n_stacking", 
     782                "thick_layer": "layer_thick", 
     783                "thick_core": "core_thick", 
     784            } 
     785        ], 
     786        "star_polymer": [ 
     787            "StarPolymer", 
     788            { 
     789                "arms": "arms", 
     790                "rg_squared": "R2" 
     791            } 
     792        ], 
     793        "stickyhardsphere": [ 
     794            "StickyHSStructure", 
     795            { 
     796                "scale": "scale_factor", 
     797                "radius_effective": "effect_radius", 
     798            } 
     799        ], 
     800        "surface_fractal": [ 
     801            "SurfaceFractalModel", 
     802            { 
     803                "cutoff_length": "co_length", 
     804                "radius": "radius", 
     805                "fractal_dim_surf": "surface_dim" 
     806            } 
     807        ], 
     808        "teubner_strey": [ 
     809            "TeubnerStreyModel", 
     810            { 
     811                # Note: parameters are completely rewritten in convert.py 
     812                "volfraction_a": "volfraction_a", 
     813                "sld_a": "sld_a", 
     814                "sld_b": "sld_b", 
     815                "d": "d", 
     816                "xi": "xi", 
     817            } 
     818        ], 
     819        "triaxial_ellipsoid": [ 
     820            "TriaxialEllipsoidModel", 
     821            { 
     822                "phi": "axis_phi", 
     823                "radius_equat_minor": "semi_axisA", 
     824                "radius_polar": "semi_axisC", 
     825                "radius_equat_major": "semi_axisB", 
     826                "sld_solvent": "sldSolv", 
     827                "psi": "axis_psi", 
     828                "sld": "sldEll", 
     829                "theta": "axis_theta" 
     830            } 
     831        ], 
     832        "two_lorentzian": [ 
     833            "TwoLorentzian", 
     834            { 
     835                "lorentz_scale_1": "scale_1", 
     836                "lorentz_scale_2": "scale_2", 
     837                "lorentz_exp_1": "exponent_1", 
     838                "lorentz_exp_2": "exponent_2", 
     839                "lorentz_length_2": "length_2", 
     840                "lorentz_length_1": "length_1", 
     841                "background": "background" 
     842            }, 
     843            "TwoLorentzianModel", 
     844        ], 
     845        "two_power_law": [ 
     846            "TwoPowerLaw", 
     847            { 
     848                "coefficent_1": "coef_A", 
     849                "power_2": "power2", 
     850                "power_1": "power1", 
     851                "background": "background", 
     852                "crossover": "qc" 
     853            }, 
     854            "TwoPowerLawModel", 
     855        ], 
     856        "unified_power_Rg": [ 
     857            "UnifiedPowerRg", 
     858            dict(((field_new+str(index), field_old+str(index)) 
     859                  for field_new, field_old in [("rg", "Rg"), 
     860                                               ("power", "power"), 
     861                                               ("G", "G"), 
     862                                               ("B", "B"),] 
     863                  for index in range(11)), 
     864                 **{ 
     865                     "background": "background", 
     866                     "scale": "scale", 
     867                 }), 
     868            "UnifiedPowerRgModel", 
     869        ], 
     870        "vesicle": [ 
     871            "VesicleModel", 
     872            { 
     873                "sld": "shell_sld", 
     874                "sld_solvent": "solv_sld" 
     875            } 
     876        ] 
    877877    } 
    878878} 

  • sasmodels/convert.py

    r07c8d46 re65c3ba  
    44from __future__ import print_function, division 
    55 
    6 import re 
    76import math 
    87import warnings 
    … …  
    6463    return [pk*scale for pk in par] if isinstance(par, list) else par*scale 
    6564 
    66 def _is_sld(model_info, id): 
     65def _is_sld(model_info, par): 
    6766    """ 
    6867    Return True if parameter is a magnetic magnitude or SLD parameter. 
    6968    """ 
    70     if id.startswith('M0:'): 
     69    if par.startswith('M0:'): 
    7170        return True 
    72     if '_pd' in id or '.' in id: 
     71    if '_pd' in par or '.' in par: 
    7372        return False 
    7473    for p in model_info.parameters.call_parameters: 
    75         if p.id == id: 
     74        if p.id == par: 
    7675            return p.type == 'sld' 
    7776    # check through kernel parameters in case it is a named as a vector 
    7877    for p in model_info.parameters.kernel_parameters: 
    79         if p.id == id: 
     78        if p.id == par: 
    8079            return p.type == 'sld' 
    8180    return False 
    … …  
    8887    *scale=1e-6*.  For forward conversion use *scale=1e6*. 
    8988    """ 
    90     return dict((id, (_rescale(v, scale) if _is_sld(model_info, id) else v)) 
    91                 for id, v in pars.items()) 
    92  
    93  
    94 def _get_translation_table(model_info, version=(3,1,2)): 
     89    return dict((par, (_rescale(v, scale) if _is_sld(model_info, par) else v)) 
     90                for par, v in pars.items()) 
     91 
     92 
     93def _get_translation_table(model_info, version=(3, 1, 2)): 
    9594    conv_param = CONVERSION_TABLE.get(version, {}).get(model_info.id, [None, {}]) 
    9695    translation = conv_param[1].copy() 
    … …  
    130129    newpars = pars.copy() 
    131130    for new, old in mapping.items(): 
    132         if old == new: continue 
    133         if old is None: continue 
    134         for underscore, dot in PD_DOT: 
     131        if old == new: 
     132            continue 
     133        if old is None: 
     134            continue 
     135        for _, dot in PD_DOT: 
    135136            source = old+dot 
    136137            if source in newpars: 
    … …  
    159160    return None 
    160161 
    161 def _hand_convert(name, oldpars, version=(3,1,2)): 
    162     if version == (3,1,2): 
     162def _hand_convert(name, oldpars, version=(3, 1, 2)): 
     163    if version == (3, 1, 2): 
    163164        oldpars = _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars) 
    164165    return oldpars 
    … …  
    295296    return oldpars 
    296297 
    297 def convert_model(name, pars, use_underscore=False, model_version=(3,1,2)): 
     298def convert_model(name, pars, use_underscore=False, model_version=(3, 1, 2)): 
    298299    """ 
    299300    Convert model from old style parameter names to new style. 
    … …  
    327328        newpars = _convert_pars(newpars, translation) 
    328329        # TODO: Still not convinced this is the best check 
    329         if not model_info.structure_factor and version == (3,1,2): 
     330        if not model_info.structure_factor and version == (3, 1, 2): 
    330331            newpars = _rescale_sld(model_info, newpars, 1e6) 
    331332        newpars.setdefault('scale', 1.0) 
    … …  
    615616        print("==== %s out ====="%new_name) 
    616617        print(str(compare.parlist(model_info, new_pars, True))) 
    617     assert name==new_name, "%r != %r"%(name, new_name) 
     618    assert name == new_name, "%r != %r"%(name, new_name) 
    618619    for k, v in new_pars.items(): 
    619620        assert k in pars, "%s: %r appeared from conversion"%(name, k) 
    620621        if isinstance(v, float): 
    621             assert abs(v-pars[k])<=abs(1e-12*v), "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k]) 
     622            assert abs(v-pars[k]) <= abs(1e-12*v), \ 
     623                "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k]) 
    622624        else: 
    623625            assert v == pars[k], "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k]) 

  • sasmodels/core.py

    r9e771a3 re65c3ba  
    1010 
    1111import os 
     12from os.path import basename, join as joinpath 
     13from glob import glob 
    1214import re 
    13 from os.path import basename, dirname, join as joinpath 
    14 from glob import glob 
    1515 
    1616import numpy as np # type: ignore 
    … …  
    3535CUSTOM_MODEL_PATH = os.environ.get('SAS_MODELPATH', "") 
    3636if CUSTOM_MODEL_PATH == "": 
    37     path = joinpath(os.path.expanduser("~"), ".sasmodels", "custom_models") 
    38     if not os.path.isdir(path): 
    39         os.makedirs(path) 
    40     CUSTOM_MODEL_PATH = path 
     37    CUSTOM_MODEL_PATH = joinpath(os.path.expanduser("~"), ".sasmodels", "custom_models") 
     38    if not os.path.isdir(CUSTOM_MODEL_PATH): 
     39        os.makedirs(CUSTOM_MODEL_PATH) 
    4140 
    4241try: 

  • sasmodels/data.py

    ra1c5758 re65c3ba  
    6464            data.qmin, data.qmax = data.x.min(), data.x.max() 
    6565            data.mask = (np.isnan(data.y) if data.y is not None 
    66                         else np.zeros_like(data.x, dtype='bool')) 
     66                         else np.zeros_like(data.x, dtype='bool')) 
    6767        elif hasattr(data, 'qx_data'): 
    6868            data.mask = ~data.mask 
    … …  
    427427 
    428428    if getattr(data, 'radial', False): 
    429         radial_data.x = radial_data.q_data 
    430         radial_data.y = radial_data.data 
     429        data.x = data.q_data 
     430        data.y = data.data 
    431431 
    432432    use_data = use_data and data.y is not None 

  • sasmodels/generate.py

    rff10479 re65c3ba  
    163163 
    164164import sys 
    165 from os.path import abspath, dirname, join as joinpath, exists, isdir, getmtime 
     165from os.path import abspath, dirname, join as joinpath, exists, getmtime 
    166166import re 
    167167import string 
    … …  
    654654    line instead. 
    655655    """ 
    656     for path, code in sources: 
     656    for _path, code in sources: 
    657657        if _IQXY_PATTERN.search(code): 
    658658            return True 
    659     else: 
    660         return False 
     659    return False 
    661660 
    662661 
    … …  
    772771    # TODO: allow mixed python/opencl kernels? 
    773772 
    774     ocl = kernels(kernel_code, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, model_info.name) 
    775     dll = kernels(kernel_code, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, model_info.name) 
     773    ocl = _kernels(kernel_code, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, model_info.name) 
     774    dll = _kernels(kernel_code, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, model_info.name) 
    776775    result = { 
    777776        'dll': '\n'.join(source+dll[0]+dll[1]+dll[2]), 
    … …  
    782781 
    783782 
    784 def kernels(kernel, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, name): 
     783def _kernels(kernel, call_iq, call_iqxy, clear_iqxy, name): 
    785784    # type: ([str,str], str, str, str) -> List[str] 
    786785    code = kernel[0] 
    … …  
    931930 
    932931def make_html(model_info): 
     932    # type: (ModelInfo) -> str 
    933933    """ 
    934934    Convert model docs directly to html. 
    … …  
    940940 
    941941def view_html(model_name): 
     942    # type: (str) -> None 
     943    """ 
     944    Load the model definition and view its help. 
     945    """ 
    942946    from . import modelinfo 
    943947    kernel_module = load_kernel_module(model_name) 
    … …  
    946950 
    947951def view_html_from_info(info): 
     952    # type: (ModelInfo) -> None 
     953    """ 
     954    View the help for a loaded model definition. 
     955    """ 
    948956    from . import rst2html 
    949957    url = "file://"+dirname(info.filename)+"/" 
    … …  
    970978    Program which prints the source produced by the model. 
    971979    """ 
    972     import sys 
    973980    from .modelinfo import make_model_info 
    974981 

  • sasmodels/modelinfo.py

    r6aee3ab re65c3ba  
    1818try: 
    1919    from typing import Tuple, List, Union, Dict, Optional, Any, Callable, Sequence, Set 
     20    from types import ModuleType 
    2021except ImportError: 
    2122    pass 
    … …  
    499500        for par in self.call_parameters: 
    500501            if par.name == key: 
    501                 break 
    502         else: 
    503             raise KeyError("unknown parameter %r"%key) 
    504         return par 
     502                return par 
     503        raise KeyError("unknown parameter %r"%key) 
    505504 
    506505    def __contains__(self, key): 
    … …  
    508507            if par.name == key: 
    509508                return True 
    510         else: 
    511             return False 
     509        return False 
    512510 
    513511    def _set_vector_lengths(self): 
    … …  
    526524        """ 
    527525        # Sort out the length of the vector parameters such as thickness[n] 
    528  
    529526        for p in self.kernel_parameters: 
    530527            if p.length_control: 
    531                 for ref in self.kernel_parameters: 
    532                     if ref.id == p.length_control: 
    533                         break 
    534                 else: 
    535                     raise ValueError("no reference variable %r for %s" 
    536                                      % (p.length_control, p.name)) 
     528                ref = self._get_ref(p) 
    537529                ref.is_control = True 
    538530                ref.polydisperse = False 
    … …  
    542534                                     % ref.name) 
    543535                p.length = int(high) 
     536 
     537    def _get_ref(self, p): 
     538        # type: (Parameter) -> Parameter 
     539        for ref in self.kernel_parameters: 
     540            if ref.id == p.length_control: 
     541                return ref 
     542        raise ValueError("no reference variable %r for %s" 
     543                         % (p.length_control, p.name)) 
    544544 
    545545    def _get_defaults(self): 
    … …  
    714714 
    715715def _find_source_lines(model_info, kernel_module): 
     716    # type: (ModelInfo, ModuleType) -> None 
    716717    """ 
    717718    Identify the location of the C source inside the model definition file. 
    … …  
    967968    #: the SESANS correlation function.  Note: not currently implemented. 
    968969    sesans = None           # type: Optional[Callable[[np.ndarray], np.ndarray]] 
     970    #: Returns a random parameter set for the model 
     971    random = None           # type: Optional[Callable[[], Dict[str, float]]] 
    969972 
    970973    # line numbers within the python file for bits of C source, if defined 

  • sasmodels/rst2html.py

    rdd4d95d re65c3ba  
    211211    sys.exit(app.exec_()) 
    212212 
     213# Set default html viewer 
     214view_html = view_html_qtapp 
     215 
    213216def can_use_qt(): 
    214217    """ 
    … …  
    249252    import sys 
    250253    view_help(sys.argv[1], qt=False) 
    251  

  • sasmodels/sasview_model.py

    r17db833 re65c3ba  
    186186    sys.modules['sas.models'] = sas.sascalc.fit 
    187187    sas.models = sas.sascalc.fit 
    188  
    189188    import sas.models 
    190189    from sasmodels.conversion_table import CONVERSION_TABLE 
     190 
    191191    for new_name, conversion in CONVERSION_TABLE.get((3, 1, 2), {}).items(): 
    192192        # CoreShellEllipsoidModel => core_shell_ellipsoid:1 
    … …  
    202202def MultiplicationModel(form_factor, structure_factor): 
    203203    # type: ("SasviewModel", "SasviewModel") -> "SasviewModel" 
     204    """ 
     205    Returns a constructed product model from form_factor and structure_factor. 
     206    """ 
    204207    model_info = product.make_product_info(form_factor._model_info, 
    205208                                           structure_factor._model_info) 

  • sasmodels/special.py

    r110f69c re65c3ba  
    192192 
    193193""" 
     194# pylint: disable=unused-import 
     195 
    194196import numpy as np 
    195 import scipy.special 
    196197 
    197198# Functions to add to our standard set 
    … …  
    199200 
    200201# C99 standard math library functions 
    201 M_PI, M_PI_2, M_PI_4, M_SQRT1_2, M_E = np.pi, np.pi/2, np.pi/4, np.sqrt(0.5), np.e 
    202202from numpy import exp, log, power as pow, expm1, sqrt 
    203203from numpy import sin, cos, tan, arcsin as asin, arccos as acos, arctan as atan 
    … …  
    207207from numpy import NAN, inf as INFINITY 
    208208 
    209 # erf, erfc, tgamma, lgamma  **do not use** 
    210  
    211 # non-standard constants and functions 
    212 M_PI_180, M_4PI_3 = M_PI/180, 4*M_PI/3 
    213  
    214 # can't do SINCOS in python; use "s, c = SINCOS(x)" instead 
    215 def SINCOS(x): return sin(x), cos(x) 
    216  
    217 def square(x): return x*x 
    218  
    219 def cube(x): return x*x*x 
    220  
    221 from numpy import sinc as _sinc 
    222 def sas_sinx_x(x): return _sinc(x/M_PI) 
    223 def powr(x, y): return x**y 
    224 def pown(x, n): return x**n 
    225  
    226 FLOAT_SIZE = 8 
    227  
    228 def polevl(x, c, n): return np.polyval(c[:n], x) 
    229 def p1evl(x, c, n): return np.polyval(np.hstack(([1.], c))[:n], x) 
    230  
    231209from scipy.special import gamma as sas_gamma 
    232210from scipy.special import erf as sas_erf 
    … …  
    236214from scipy.special import jn as sas_JN 
    237215 
     216# erf, erfc, tgamma, lgamma  **do not use** 
     217 
     218# C99 standard math constants 
     219M_PI, M_PI_2, M_PI_4, M_SQRT1_2, M_E = np.pi, np.pi/2, np.pi/4, np.sqrt(0.5), np.e 
     220 
     221# non-standard constants 
     222M_PI_180, M_4PI_3 = M_PI/180, 4*M_PI/3 
     223 
     224# can't do SINCOS in python; use "s, c = SINCOS(x)" instead 
     225def SINCOS(x): 
     226    """return sin(x), cos(x)""" 
     227    return sin(x), cos(x) 
     228 
     229def square(x): 
     230    """return x^2""" 
     231    return x*x 
     232 
     233def cube(x): 
     234    """return x^3""" 
     235    return x*x*x 
     236 
     237def sas_sinx_x(x): 
     238    """return sin(x)/x""" 
     239    from numpy import sinc as _sinc 
     240    return _sinc(x/M_PI) 
     241 
     242def powr(x, y): 
     243    """return x^y for x>0""" 
     244    return x**y 
     245def pown(x, n): 
     246    """return x^n for n integer""" 
     247    return x**n 
     248 
     249FLOAT_SIZE = 8 
     250 
     251def polevl(x, c, n): 
     252    """return p(x) for polynomial p of degree n-1 with coefficients c""" 
     253    return np.polyval(c[:n], x) 
     254 
     255def p1evl(x, c, n): 
     256    """return x^n + p(x) for polynomial p of degree n-1 with coefficients c""" 
     257    return np.polyval(np.hstack(([1.], c))[:n], x) 
     258 
    238259def sas_Si(x): 
    239     return scipy.special.sici(x)[0] 
     260    """return Si(x)""" 
     261    from scipy.special import sici 
     262    return sici(x)[0] 
    240263 
    241264def sas_j1(x): 
     265    """return j1(x)""" 
    242266    if np.isscalar(x): 
    243267        retvalue = (sin(x) - x*cos(x))/x**2 if x != 0. else 0. 
    … …  
    246270            retvalue = (sin(x) - x*cos(x))/x**2 
    247271        retvalue[x == 0.] = 0. 
     272    return retvalue 
    248273 
    249274def sas_3j1x_x(x): 
     275    """return 3*j1(x)/x""" 
    250276    if np.isscalar(x): 
    251277        retvalue = 3*(sin(x) - x*cos(x))/x**3 if x != 0. else 1. 
    … …  
    257283 
    258284def sas_2J1x_x(x): 
     285    """return 2*J1(x)/x""" 
    259286    if np.isscalar(x): 
    260287        retvalue = 2*sas_J1(x)/x if x != 0 else 1. 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.