Changeset d1bee3f in sasview for src/sas/sascalc


Ignore:
Timestamp:
Apr 8, 2017 3:51:45 AM (8 years ago)
Author:
wojciech
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d3a06ce
Parents:
6d6832e (diff), 861f1880 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' of ​https://github.com/SasView/sasview into ticket-510

Location:
src/sas/sascalc
Files:
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/calculator/resolution_calculator.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1515import sys 
    1616import logging 
     17 
     18logger = logging.getLogger(__name__) 
    1719 
    1820#Plank's constant in cgs unit 
    … …  
    10061008            detector_offset = self.sample2detector_distance[1] 
    10071009        except: 
    1008             logging.error(sys.exc_value) 
     1010            logger.error(sys.exc_value) 
    10091011 
    10101012        # detector size in [no of pix_x,no of pix_y] 
    … …  
    10931095            output.qy_data = qy_value 
    10941096        except: 
    1095             logging.error(sys.exc_value) 
     1097            logger.error(sys.exc_value) 
    10961098 
    10971099        return output 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    r5ed76f8 rd1bee3f  
    1212import sys 
    1313import logging 
     14 
     15logger = logging.getLogger(__name__) 
    1416 
    1517MFACTOR_AM = 2.853E-12 
    … …  
    285287                mask = (x_dir2 + y_dir2 + z_dir2) <= 1.0 
    286288            except: 
    287                 logging.error(sys.exc_value) 
     289                logger.error(sys.exc_value) 
    288290        self.output = MagSLD(self.pos_x[mask], self.pos_y[mask], 
    289291                             self.pos_z[mask], self.sld_n[mask], 
    … …  
    394396                except: 
    395397                    # Skip non-data lines 
    396                     logging.error(sys.exc_value) 
     398                    logger.error(sys.exc_value) 
    397399                #Reading Header; Segment count ignored 
    398400                s_line = line.split(":", 1) 
    … …  
    589591                        z_lines.append(z_line) 
    590592                except: 
    591                     logging.error(sys.exc_value) 
     593                    logger.error(sys.exc_value) 
    592594 
    593595            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    … …  
    683685                    except: 
    684686                        # Skip non-data lines 
    685                         logging.error(sys.exc_value) 
     687                        logger.error(sys.exc_value) 
    686688            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, 
    687689                            sld_mx, sld_my, sld_mz) 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    r934ce649 r64ca561  
    88import traceback 
    99import sys 
     10import logging 
    1011 
    1112if sys.platform.count("darwin") > 0: 
    … …  
    2122    from time import clock 
    2223    from time import sleep 
     24 
     25logger = logging.getLogger(__name__) 
    2326 
    2427 
    … …  
    243246            except Exception: 
    244247                pass 
    245         import logging 
    246         logging.error(traceback.format_exc()) 
     248        logger.error(traceback.format_exc()) 
    247249        #print 'CalcThread exception', 
    248250 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r9a5097c rc44baf97  
    353353    details = None 
    354354    ## SESANS zacceptance 
    355     zacceptance = None 
     355    zacceptance = (0,"") 
     356    yacceptance = (0,"") 
    356357 
    357358    def __init__(self): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    rb699768 r463e7ffc  
    3232from readers import cansas_reader 
    3333 
     34logger = logging.getLogger(__name__) 
     35 
    3436class Registry(ExtensionRegistry): 
    3537    """ 
    … …  
    99101            msg = "DataLoader couldn't locate DataLoader plugin folder." 
    100102            msg += """ "%s" does not exist""" % dir 
    101             logging.warning(msg) 
     103            logger.warning(msg) 
    102104            return readers_found 
    103105 
    … …  
    117119                        msg = "Loader: Error importing " 
    118120                        msg += "%s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    119                         logging.error(msg) 
     121                        logger.error(msg) 
    120122 
    121123                # Process zip files 
    … …  
    139141                                msg = "Loader: Error importing" 
    140142                                msg += " %s\n  %s" % (mfile, sys.exc_value) 
    141                                 logging.error(msg) 
     143                                logger.error(msg) 
    142144 
    143145                    except: 
    144146                        msg = "Loader: Error importing " 
    145147                        msg += " %s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    146                         logging.error(msg) 
     148                        logger.error(msg) 
    147149 
    148150        return readers_found 
    … …  
    190192                msg = "Loader: Error accessing" 
    191193                msg += " Reader in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    192                 logging.error(msg) 
     194                logger.error(msg) 
    193195        return reader_found 
    194196 
    … …  
    223225            msg = "Loader: Error accessing Reader " 
    224226            msg += "in %s\n  %s" % (loader.__name__, sys.exc_value) 
    225             logging.error(msg) 
     227            logger.error(msg) 
    226228        return reader_found 
    227229 
    … …  
    268270                msg = "Loader: Error accessing Reader" 
    269271                msg += " in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    270                 logging.error(msg) 
     272                logger.error(msg) 
    271273        return reader_found 
    272274 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    re5c09cf r463e7ffc  
    1818import logging 
    1919import json 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123FILE_NAME = 'defaults.json' 
    … …  
    6769                    msg = "read_associations: skipping association" 
    6870                    msg += " for %s\n  %s" % (ext.lower(), sys.exc_value) 
    69                     logging.error(msg) 
     71                    logger.error(msg) 
    7072    else: 
    7173        print "Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd()) 
    … …  
    8183    :param registry_function: function to be called to register each reader 
    8284    """ 
    83     logging.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
     85    logger.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
    8486    import abs_reader 
    8587    import ascii_reader 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    rad4632c r63d773c  
    135135                             "Sesans": {"storeas": "content"}, 
    136136                             "zacceptance": {"storeas": "float"}, 
     137                             "yacceptance": {"storeas": "float"}, 
    137138                             "<any>" : ANY 
    138139                            } 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r8434365 r63d773c  
    3333import xml.dom.minidom 
    3434from xml.dom.minidom import parseString 
     35 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3537 
    3638PREPROCESS = "xmlpreprocess" 
    … …  
    290292                elif tagname == 'Sesans': 
    291293                    self.current_datainfo.isSesans = bool(data_point) 
     294                elif tagname == 'yacceptance': 
     295                    self.current_datainfo.sample.yacceptance = (data_point, unit) 
    292296                elif tagname == 'zacceptance': 
    293297                    self.current_datainfo.sample.zacceptance = (data_point, unit) 
    … …  
    10551059            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
    10561060            node.append(sesans) 
     1061            self.write_node(node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
     1062                             {'unit': datainfo.sample.yacceptance[1]}) 
    10571063            self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
    10581064                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    … …  
    14711477                            self.errors.add(err_mess) 
    14721478                            if optional: 
    1473                                 logging.info(err_mess) 
     1479                                logger.info(err_mess) 
    14741480                            else: 
    14751481                                raise ValueError, err_mess 
    … …  
    14801486                        self.errors.add(err_mess) 
    14811487                        if optional: 
    1482                             logging.info(err_mess) 
     1488                            logger.info(err_mess) 
    14831489                        else: 
    14841490                            raise ValueError, err_mess 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1919from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    2020from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
     21 
     22logger = logging.getLogger(__name__) 
    2123 
    2224# Look for unit converter 
    … …  
    142144                            error.append(err) 
    143145                        except: 
    144                             logging.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
     146                            logger.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
    145147                                                                sys.exc_value)) 
    146148             
    … …  
    196198                    msg = "Skipping entry (v1.0):%s,%s" % (str(data[i_pt]), 
    197199                                                           sys.exc_value) 
    198                     logging.info(msg) 
     200                    logger.info(msg) 
    199201                 
    200202                # Get bin number 
    … …  
    271273                raise ValueError, msg 
    272274            else: 
    273                 logging.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
     275                logger.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
    274276             
    275277            # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1616from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    1717from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    18      
     18 
     19logger = logging.getLogger(__name__) 
     20 
    1921class Reader: 
    2022    """ 
    … …  
    7678                value = float(val) 
    7779            except: 
    78                 logging.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
     80                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    7981                continue 
    8082             

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    ra235f715 r463e7ffc  
    1818from lxml import etree 
    1919from lxml.builder import E 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123PARSER = etree.ETCompatXMLParser(remove_comments=True, remove_pis=False) 
    … …  
    7173            self.xmlroot = self.xmldoc.getroot() 
    7274        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    73             logging.info(xml_error) 
     75            logger.info(xml_error) 
    7476        except Exception: 
    7577            self.xml = None 
    … …  
    8890            self.xmlroot = etree.fromstring(tag_soup) 
    8991        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    90             logging.info(xml_error) 
     92            logger.info(xml_error) 
    9193        except Exception: 
    9294            self.xml = None 
    … …  
    102104            self.schemadoc = etree.parse(self.schema, parser=PARSER) 
    103105        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    104             logging.info(xml_error) 
     106            logger.info(xml_error) 
    105107        except Exception: 
    106108            self.schema = None 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1818from scipy import optimize 
    1919from sas.sascalc.pr.core.pr_inversion import Cinvertor 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123def help(): 
    … …  
    495497            # We were not able to estimate the errors 
    496498            # Return an empty error matrix 
    497             logging.error(sys.exc_value) 
     499            logger.error(sys.exc_value) 
    498500 
    499501        # Keep a copy of the last output 
    … …  
    541543            # number of terms 
    542544            best_alpha, _, _ = self.estimate_alpha(self.nfunc) 
    543             logging.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
     545            logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
    544546            return self.nfunc, best_alpha, "Could not estimate number of terms" 
    545547 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    55import logging 
    66from sas.sascalc.pr.invertor import Invertor 
     7 
     8logger = logging.getLogger(__name__) 
    79 
    810class NTermEstimator(object): 
    … …  
    180182                data_err = np.append(data_err, err) 
    181183            except: 
    182                 logging.error(sys.exc_value) 
     184                logger.error(sys.exc_value) 
    183185 
    184186    return data_x, data_y, data_err 

  • src/sas/sascalc/realspace/VolumeCanvas.py

    rd85c194 r6435594  
    303303        self.shapecount += 1 
    304304 
    305         #model changed, need to recalculate P(r) 
     305        # model changed, need to recalculate P(r) 
    306306        self._model_changed() 
    307307 
    … …  
    328328            id = "shape"+str(self.shapecount) 
    329329  
    330         #shapeDesc = ShapeDescriptor(shape.lower()) 
     330        # shapeDesc = ShapeDescriptor(shape.lower()) 
    331331        if shape.lower() in shape_dict: 
    332332            shapeDesc = shape_dict[shape.lower()]() 
    … …  
    335335            shapeDesc = PDBDescriptor(shape) 
    336336        else: 
    337             raise ValueError, "VolumeCanvas.add: Unknown shape %s" % shape 
     337            raise ValueError("VolumeCanvas.add: Unknown shape %s" % shape) 
    338338         
    339339        return self.addObject(shapeDesc, id) 
    … …  
    345345        """ 
    346346 
    347         if self.shapes.has_key(id): 
     347        if id in self.shapes: 
    348348            del self.shapes[id] 
    349349        else: 
    350             raise KeyError, "VolumeCanvas.delete: could not find shape ID" 
    351  
    352         #model changed, need to recalculate P(r) 
     350            raise KeyError("VolumeCanvas.delete: could not find shape ID") 
     351 
     352        # model changed, need to recalculate P(r) 
    353353        self._model_changed() 
    354354 
    … …  
    379379        # If a shape identifier was given, look the shape up 
    380380        # in the dictionary 
    381         if len(toks)>1: 
    382             if toks[0] in self.shapes.keys(): 
     381        if len(toks): 
     382            if toks[0] in self.shapes: 
    383383                # The shape was found, now look for the parameter 
    384384                if toks[1] in self.shapes[toks[0]].params: 
    … …  
    387387                    self._model_changed() 
    388388                else: 
    389                     raise ValueError, "Could not find parameter %s" % name 
     389                    raise ValueError("Could not find parameter %s" % name) 
    390390            else: 
    391                 raise ValueError, "Could not find shape %s" % toks[0] 
     391                raise ValueError("Could not find shape %s" % toks[0]) 
    392392         
    393393        else: 
    … …  
    410410        if len(toks) == 1: 
    411411            try: 
    412                 self.params.has_key(toks[0]) 
     412                value = self.params[toks[0]] 
    413413            except KeyError: 
    414                 raise ValueError, \ 
    415                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    416  
    417             value = self.params[toks[0]] 
     414                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find" 
     415                                 " %s" % name) 
    418416            if isinstance(value, ShapeDescriptor): 
    419                 raise ValueError, \ 
    420                     "VolumeCanvas.getParam: Cannot get parameter value."  
     417                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Cannot get parameter" 
     418                                 " value.") 
    421419            else: 
    422420                return value 
    … …  
    424422        elif len(toks) == 2: 
    425423            try: 
    426                 self.shapes.has_key(toks[0]) 
     424                shapeinstance = self.shapes[toks[0]] 
    427425            except KeyError: 
    428                 raise ValueError, \ 
    429                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    430  
    431             shapeinstance = self.shapes[toks[0]] 
    432  
    433             try: 
    434                 shapeinstance.params.has_key(toks[1]) 
    435             except KeyError: 
    436                 raise ValueError, \ 
    437                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
     426                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find " 
     427                                 "%s" % name) 
     428 
     429            if not toks[1] in shapeinstance.params: 
     430                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find " 
     431                                 "%s" % name) 
    438432 
    439433            return shapeinstance.params[toks[1]] 
    440434 
    441435        else: 
    442             raise ValueError, \ 
    443                 "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    444              
    445     def getParamList(self, shapeid = None): 
     436            raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name) 
     437             
     438    def getParamList(self, shapeid=None): 
    446439        """ 
    447440               return a full list of all available parameters from  
    … …  
    455448 
    456449        param_list = [] 
    457         if shapeid == None:         
    458             for key1 in self.params.keys(): 
     450        if shapeid is None: 
     451            for key1 in self.params: 
    459452                #value1 = self.params[key1] 
    460453                param_list.append(key1) 
    461             for key2 in self.shapes.keys(): 
     454            for key2 in self.shapes: 
    462455                value2 = self.shapes[key2] 
    463456                header = key2 + '.' 
    464                 for key3 in value2.params.keys():    
     457                for key3 in value2.params: 
    465458                    fullname = header + key3                  
    466459                    param_list.append(fullname) 
    467460      
    468461        else: 
    469             try: 
    470                 self.shapes.has_key(shapeid) 
    471             except KeyError: 
    472                 raise ValueError, \ 
    473                     "VolumeCanvas: getParamList: Could not find %s" % shapeid 
     462            if not shapeid in self.shapes: 
     463                raise ValueError("VolumeCanvas: getParamList: Could not find " 
     464                                 "%s" % shapeid) 
     465 
    474466            header = shapeid + '.' 
    475             param_list = self.shapes[shapeid].params.keys()   
    476             for i in range(len(param_list)): 
    477                 param_list[i] = header + param_list[i] 
    478  
     467            param_list = [header + param for param in self.shapes[shapeid].params] 
    479468        return param_list 
    480469 
    … …  
    490479            @param shapeDesc: shape description 
    491480        """ 
    492         #Create the object model 
     481        # Create the object model 
    493482        shapeDesc.create() 
    494483                     
    … …  
    605594        # type we recognize 
    606595        else: 
    607             raise ValueError, "run(q): bad type for q" 
     596            raise ValueError("run(q): bad type for q") 
    608597     
    609598    def runXY(self, q = 0): 
    … …  
    625614        # type we recognize 
    626615        else: 
    627             raise ValueError, "runXY(q): bad type for q" 
     616            raise ValueError("runXY(q): bad type for q") 
    628617     
    629618    def _create_modelObject(self): 

  • src/sas/sascalc/realspace/__init__.py

    rd85c194 r6aad2e8  
    4242# 
    4343# \subsection behav Behavior Enumeration: 
    44 # \image html enum.gif 
     44# \image html enum.png 
    4545# 
    4646# \subsection Tutorial 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.