Changeset 7f71637 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Aug 19, 2016 4:11:40 AM (6 years ago)
Author:
lewis
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
ac370c5
Parents:
3d6ab79 (diff), 1686a333 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' into file-converter

Files:
19 added
1 deleted
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • build_tools/sasview_deploy_test.au3

    r6bb4edd r1cecc91  
    66; 
    77; 0 - OK 
    8 ; 1 - Installer failure 
    9 ; 2 - Problems running SasView (simple fitting) 
    10 ; 3 - Uninstaller failure 
     8; 1 - Download failure 
     9; 2 - Installer failure 
     10; 3 - Problems running SasView (simple fitting) 
     11; 4 - Uninstaller failure 
    1112 
    1213#include <Constants.au3> 
    1314#include <FileConstants.au3> 
    1415#include <MsgBoxConstants.au3> 
     16#include <InetConstants.au3> 
    1517#include <WinAPIFiles.au3> 
    1618 
     
    1921 
    2022; Modifiable globals 
    21 Global $fInstallerLocation = "C:\util\setupSasView.exe" 
     23if $CmdLine[0] == 0 Then 
     24   ; Expected command line with the build number as argument 
     25   Exit (-1) 
     26EndIf 
     27 
     28Local $lBuildNumber = $CmdLine[1] 
     29;Global $fInstallerLocation = "C:\util\setupSasView.exe" ; debug and testing location 
     30Global $fInstallerLocation = @TempDir & "\setupSasView.exe" 
     31Global $fRemoteInstallerLocation = "https://jenkins.esss.dk/sasview/job/SasView_Win7_Test/" & $lBuildNumber & "/artifact/sasview/dist/setupSasView.exe" 
     32Global $fUninstallerLocation = "C:\Program Files (x86)\SasView\unins000.exe" 
    2233Global $lTimeout = 10          ; 10 sec timeout for waiting on windows 
    2334Global $lInstallTimeout = 120  ; 2 min timeout for the installation process 
     
    2839 
    2940;; MAIN SCRIPT 
     41Download() 
    3042Install() 
    3143RunSasView() 
    3244Uninstall() 
     45 
    3346Exit(0) 
    3447 
    3548;============================================================== 
     49Func Download() 
     50   ; Download the file in the background with the selected option of 'force a reload from the remote site.' 
     51   ConsoleWrite("Downloading...." & @CRLF) 
     52   Local $iFailFlag = 1 
     53   Local $hDownload = InetGet($fRemoteInstallerLocation, $fInstallerLocation, $INET_FORCERELOAD) 
     54 
     55    ; Close the handle returned by InetGet. 
     56    InetClose($hDownload) 
     57        Assert($hDownload, $iFailFlag) 
     58        ConsoleWrite("Installer downloaded successfully to " & $fInstallerLocation & @CRLF) 
     59 
     60EndFunc 
     61 
    3662Func Install() 
    3763   ;;;;; APPLICATION INSTALLED ;;;;;;; 
    3864   Local $sSetupWindow = "Setup - SasView" 
    39  
     65   Local $iFailFlag = 2 
    4066   ; Run setup 
    4167   if FileExists($fInstallerLocation) Then 
    4268          $installerPID = Run($fInstallerLocation) 
    43           Assert($installerPID, 1) 
     69          Assert($installerPID, $iFailFlag) 
    4470          Sleep(1000) 
    4571   Else 
    4672          ;$Error = ObjEvent(AutoIt.Error, "Setup file does not exist","123") 
    47           Exit(1) 
     73          Exit($iFailFlag) 
    4874   EndIf 
    4975 
    5076   ; License click through 
     77   WinActivate($sSetupWindow) ; <-- REQUIRED when connecting from another host 
    5178   Local $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "License Agreement", $lTimeout) 
    5279   ;ConsoleWrite("license agreement: " & $test) 
    53    Assert($test, 1) 
     80   Assert($test, $iFailFlag) 
    5481   sleep(1000) 
    5582 
     
    5986   Sleep(1000) 
    6087   $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "Select Destination Location", $lTimeout) 
    61    Assert($test, 1) 
     88   Assert($test, $iFailFlag) 
    6289   Send("{ENTER}") 
    6390 
     
    6592   Sleep(1000) 
    6693   $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "Select Additional Tasks", $lTimeout) 
    67    Assert($test, 1) 
     94   Assert($test, $iFailFlag) 
    6895   Send("{ENTER}") 
    6996 
     
    7198   Sleep(1000) 
    7299   $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "Ready to Install", $lTimeout) 
    73    Assert($test, 1) 
     100   Assert($test, $iFailFlag) 
    74101   Send("{ENTER}") 
    75102 
     
    77104   Sleep(5000) 
    78105   $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "Completing the SasView Setup Wizard", $lInstallTimeout) 
    79    Assert($test, 1) 
     106   Assert($test, $iFailFlag) 
    80107   Send("{ENTER}") 
    81108   ;ConsoleWrite("Installed" & @CRLF) 
     
    88115   ; Start app - DEBUG ONLY 
    89116   ;;Run("C:\Program Files (x86)\SasView\SasView.exe") 
    90  
     117   Local $iFailFlag = 2 
    91118   ; Wait for the window 
    92119   Sleep(1000) 
    93120   Local $hWnd = WinWaitActive("SasView  - Fitting -", "", $lTimeout) 
    94    Assert($hWnd, 2) 
     121   Assert($hWnd, $iFailFlag) 
    95122 
    96123   ;;;;; Load a File 
     
    98125   Send("!{f}{ENTER}") 
    99126   WinWaitActive("Choose a file", "", $lTimeout) 
    100    Assert($hWnd, 2) 
     127   Assert($hWnd, $iFailFlag) 
    101128   Sleep(200) 
    102129 
     
    119146 
    120147   Local $hEnd = WinWaitActive("Confirm Exit", "", $lTimeout) 
    121    Assert($hEnd, 2) 
     148   Assert($hEnd, $iFailFlag) 
    122149   ControlClick($hEnd, "", "[CLASS:Button; INSTANCE:1]") 
    123150 
    124151   Local $sv_closed = WinWaitClose($hWnd, "", $lTimeout) 
    125    Assert($sv_closed, 2) 
     152   Assert($sv_closed, $iFailFlag) 
    126153 
    127154EndFunc 
     
    129156Func Uninstall() 
    130157;;;;; UNINSTALL ;;;;;;; 
    131    $installerPID = Run("C:\Program Files (x86)\SasView\unins000.exe") 
     158   Local $iFailFlag = 3 
     159   $installerPID = Run($fUninstallerLocation) 
     160   Assert($installerPID, $iFailFlag) 
    132161 
    133162   Local $sSetupWindow = "SasView Uninstall" 
    134163 
    135164   Local $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "", $lTimeout) 
    136    Assert($test, 3) 
     165   Assert($test, $iFailFlag) 
    137166   Send("{TAB}{ENTER}") 
    138167 
    139168   WinActivate("SasView Uninstal") 
    140169   $test = WinWaitActive($sSetupWindow, "SasView was successfully removed", $lTimeout) 
    141    Assert($test, 3) 
     170   Assert($test, $iFailFlag) 
    142171   Send("{ENTER}") 
    143172 
  • sasview/sasview.py

    r77d92cd r7f71637  
    9999APP_NAME = 'SasView' 
    100100 
     101from matplotlib import backend_bases 
     102backend_bases._default_filetypes.pop('pgf', None) 
     103 
    101104class SasView(): 
    102105    """ 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    rd398285 r250fec92  
    2727        return_me.current_level = self.CANSAS_FORMAT.get("SASentry") 
    2828        # Defaults for variable and datatype 
    29         return_me.ns_variable = "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"" 
    3029        return_me.ns_datatype = "content" 
    3130        return_me.ns_optional = True 
     
    3837                        return_me.current_level = \ 
    3938                                return_me.current_level.get("<any>", "") 
    40                     cl_variable = return_me.current_level.get("variable", "") 
    4139                    cl_datatype = return_me.current_level.get("storeas", "") 
    4240                    cl_units_optional = \ 
    43                              return_me.current_level.get("units_required", "") 
     41                             return_me.current_level.get("units_optional", "") 
    4442                    # Where are how to store the variable for the given 
    4543                    # namespace CANSAS_CONSTANTS tree is hierarchical, so 
    4644                    # is no value, inherit 
    47                     return_me.ns_variable = cl_variable if cl_variable != "" \ 
    48                         else return_me.ns_variable 
    4945                    return_me.ns_datatype = cl_datatype if cl_datatype != "" \ 
    5046                        else return_me.ns_datatype 
     
    5349                                        else return_me.ns_optional 
    5450            except AttributeError: 
    55                 return_me.ns_variable = "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"" 
    5651                return_me.ns_datatype = "content" 
    5752                return_me.ns_optional = True 
     
    7570    # The constants below hold information on where to store the CanSAS data 
    7671    # when loaded in using sasview 
    77     META_DATA = "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"" 
    78     ANY = {"variable" : "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \'{1}\'", 
    79            "storeas" : "content", 
    80           } 
    81     TITLE = {"variable" : "{0}.title = \"{1}\""} 
    82     SASNOTE = {"variable" : "{0}.notes.append(\'{1}\')"} 
    83     SASPROCESS_TERM = {"variable" : None, 
    84                        "attributes" : {"unit" : {"variable" : None}, 
    85                                        "name" : {"variable" : None} 
    86                                       } 
    87                       } 
    88     SASPROCESS_SASPROCESSNOTE = {"variable" : None, 
    89                                  "children" : {"<any>" : ANY} 
    90                                 } 
    91     SASPROCESS = {"variable" : None, 
    92                   "children" : {"name" : {"variable" : "{0}.name = \'{1}\'"}, 
    93                                 "date" : {"variable" : "{0}.date = \'{1}\'"}, 
    94                                 "description" : 
    95                                 {"variable" : "{0}.description = \'{1}\'"}, 
     72    ANY = {"storeas" : "content"} 
     73    TITLE = {} 
     74    SASNOTE = {} 
     75    SASPROCESS_TERM = {"attributes" : {"unit" : {}, "name" : {}}} 
     76    SASPROCESS_SASPROCESSNOTE = {"children" : {"<any>" : ANY}} 
     77    SASPROCESS = {"children" : {"name" : {}, 
     78                                "date" : {}, 
     79                                "description" : {}, 
    9680                                "term" : SASPROCESS_TERM, 
    9781                                "SASprocessnote" : SASPROCESS_SASPROCESSNOTE, 
     
    9983                               }, 
    10084                 } 
    101     RUN = {"variable" : "{0}.run.append(\"{1}\")", 
    102            "attributes" : {"name" : 
    103                            {"variable" : "{0}.run_name[\"{3}\"] = \"{1}\""}} 
    104           } 
    105     SASDATA_IDATA_Q = {"variable" : "{0}.x = numpy.append({0}.x, {1})", 
    106                        "unit" : "x_unit", 
    107                        "attributes" : {"unit" : 
    108                                        {"variable" : "{0}.xaxis(\"Q\", \'{1}\')", 
    109                                         "storeas" : "content" 
    110                                        } 
    111                                       }, 
    112                       } 
    113     SASDATA_IDATA_I = {"variable" : "{0}.y = numpy.append({0}.y, {1})", 
    114                        "unit" : "y_unit", 
    115                        "attributes" : {"unit" : 
    116                                        {"variable" : "{0}.yaxis(\"Intensity\", \'{1}\')", 
    117                                         "storeas" : "content" 
    118                                        } 
    119                                       }, 
    120                       } 
    121     SASDATA_IDATA_IDEV = {"variable" : "{0}.dy = numpy.append({0}.dy, {1})", 
     85    RUN = {"attributes" : {"name" :{}}} 
     86    SASDATA_IDATA_Q = {"units_optional" : False, 
     87                       "storeas" : "float", 
     88                        "unit" : "x_unit", 
     89                       "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     90                      } 
     91    SASDATA_IDATA_I = {"units_optional" : False, 
     92                       "storeas" : "float", 
     93                        "unit" : "y_unit", 
     94                       "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     95                      } 
     96    SASDATA_IDATA_IDEV = {"units_optional" : False, 
     97                          "storeas" : "float", 
    12298                          "unit" : "y_unit", 
    123                           "attributes" : {"unit" : 
    124                                           {"variable" : META_DATA, 
    125                                            "storeas" : "content" 
    126                                           } 
    127                                          }, 
    128                          } 
    129     SASDATA_IDATA_QDEV = {"variable" : "{0}.dx = numpy.append({0}.dx, {1})", 
     99                          "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     100                         } 
     101    SASDATA_IDATA_QDEV = {"units_optional" : False, 
     102                          "storeas" : "float", 
    130103                          "unit" : "x_unit", 
    131                           "attributes" : {"unit" : 
    132                                           {"variable" : META_DATA, 
    133                                            "storeas" : "content" 
    134                                           } 
    135                                          }, 
    136                          } 
    137     SASDATA_IDATA_DQL = {"variable" : "{0}.dxl = numpy.append({0}.dxl, {1})", 
     104                          "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     105                         } 
     106    SASDATA_IDATA_DQL = {"units_optional" : False, 
     107                         "storeas" : "float", 
    138108                         "unit" : "x_unit", 
    139                          "attributes" : {"unit" : 
    140                                          {"variable" : META_DATA, 
    141                                           "storeas" : "content" 
    142                                          } 
    143                                         }, 
    144                         } 
    145     SASDATA_IDATA_DQW = {"variable" : "{0}.dxw = numpy.append({0}.dxw, {1})", 
     109                         "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     110                        } 
     111    SASDATA_IDATA_DQW = {"units_optional" : False, 
     112                         "storeas" : "float", 
    146113                         "unit" : "x_unit", 
    147                          "attributes" : {"unit" : 
    148                                          {"variable" : META_DATA, 
    149                                           "storeas" : "content" 
    150                                          } 
    151                                         }, 
    152                         } 
    153     SASDATA_IDATA_QMEAN = {"storeas" : "content", 
    154                            "unit" : "x_unit", 
    155                            "variable" : META_DATA, 
    156                            "attributes" : {"unit" : {"variable" : META_DATA}}, 
     114                         "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}}, 
     115                        } 
     116    SASDATA_IDATA_QMEAN = {"unit" : "x_unit", 
     117                           "attributes" : {"unit" : {}}, 
    157118                          } 
    158     SASDATA_IDATA_SHADOWFACTOR = {"variable" : META_DATA, 
    159                                   "storeas" : "content", 
    160                                  } 
    161     SASDATA_IDATA = {"storeas" : "float", 
    162                      "units_optional" : False, 
    163                      "variable" : None, 
    164                      "attributes" : {"name" : {"variable" : META_DATA, 
    165                                                "storeas" : "content", 
    166                                               }, 
    167                                      "timestamp" : {"variable" : META_DATA, 
    168                                                     "storeas" : "timestamp", 
    169                                                    } 
    170                                     }, 
     119    SASDATA_IDATA_SHADOWFACTOR = {} 
     120    SASDATA_IDATA = {"attributes" : {"name" : {},"timestamp" : {"storeas" : "timestamp"}}, 
    171121                     "children" : {"Q" : SASDATA_IDATA_Q, 
    172122                                   "I" : SASDATA_IDATA_I, 
     
    180130                                  } 
    181131                    } 
    182     SASDATA = {"attributes" : {"name" : {"variable" : META_DATA,}}, 
     132    SASDATA = {"attributes" : {"name" : {}}, 
    183133               "variable" : None, 
    184134               "children" : {"Idata" : SASDATA_IDATA, 
     
    186136                            } 
    187137              } 
    188     SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA = {"variable" : "{0}.wavelength.append({1})", 
     138    SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA = {"storeas" : "float", 
    189139                                 "unit" : "wavelength_unit", 
    190                                  "attributes" : 
    191                                  {"unit" : 
    192                                   {"variable" : "{0}.wavelength_unit = \"{1}\"", 
    193                                    "storeas" : "content" 
    194                                   } 
    195                                  } 
     140                                 "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}} 
    196141                                } 
    197     SASTRANSSPEC_TDATA_T = {"variable" : "{0}.transmission.append({1})", 
     142    SASTRANSSPEC_TDATA_T = {"storeas" : "float", 
    198143                            "unit" : "transmission_unit", 
    199                             "attributes" : 
    200                             {"unit" : 
    201                              {"variable" : "{0}.transmission_unit = \"{1}\"", 
    202                               "storeas" : "content" 
    203                              } 
    204                             } 
    205                            } 
    206     SASTRANSSPEC_TDATA_TDEV = {"variable" : 
    207                                "{0}.transmission_deviation.append({1})", 
     144                            "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"}} 
     145                           } 
     146    SASTRANSSPEC_TDATA_TDEV = {"storeas" : "float", 
    208147                               "unit" : "transmission_deviation_unit", 
    209                                "attributes" : 
    210                                {"unit" : 
    211                                 {"variable" : 
    212                                  "{0}.transmission_deviation_unit = \"{1}\"", 
    213                                  "storeas" : "content" 
    214                                 } 
    215                                } 
    216                               } 
    217     SASTRANSSPEC_TDATA = {"storeas" : "float", 
    218                           "variable" : None, 
    219                           "children" : {"Lambda" : SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA, 
     148                               "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"}} 
     149                              } 
     150    SASTRANSSPEC_TDATA = {"children" : {"Lambda" : SASTRANSSPEC_TDATA_LAMDBA, 
    220151                                        "T" : SASTRANSSPEC_TDATA_T, 
    221152                                        "Tdev" : SASTRANSSPEC_TDATA_TDEV, 
     
    223154                                       } 
    224155                         } 
    225     SASTRANSSPEC = {"variable" : None, 
    226                     "children" : {"Tdata" : SASTRANSSPEC_TDATA, 
     156    SASTRANSSPEC = {"children" : {"Tdata" : SASTRANSSPEC_TDATA, 
    227157                                  "<any>" : ANY, 
    228158                                 }, 
    229                     "attributes" : 
    230                     {"name" : 
    231                      {"variable" : "{0}.name = \"{1}\""}, 
    232                      "timestamp" : 
    233                      {"variable" : "{0}.timestamp = \"{1}\""}, 
    234                     } 
     159                    "attributes" : {"name" :{}, "timestamp" : {},} 
    235160                   } 
    236     SASSAMPLE_THICK = {"variable" : "{0}.sample.thickness = {1}", 
    237                        "unit" : "sample.thickness_unit", 
    238                        "storeas" : "float", 
    239                        "attributes" : 
    240                        {"unit" : 
    241                         {"variable" : "{0}.sample.thickness_unit = \"{1}\"", 
    242                          "storeas" : "content" 
    243                         } 
    244                        }, 
    245                       } 
    246     SASSAMPLE_TRANS = {"variable" : "{0}.sample.transmission = {1}", 
    247                        "storeas" : "float", 
    248                       } 
    249     SASSAMPLE_TEMP = {"variable" : "{0}.sample.temperature = {1}", 
    250                       "unit" : "sample.temperature_unit", 
     161    SASSAMPLE_THICK = {"unit" : "thickness_unit", 
     162                       "storeas" : "float", 
     163                       "attributes" : {"unit" :{}}, 
     164                      } 
     165    SASSAMPLE_TRANS = {"storeas" : "float",} 
     166    SASSAMPLE_TEMP = {"unit" : "temperature_unit", 
    251167                      "storeas" : "float", 
    252                       "attributes" : 
    253                       {"unit" : 
    254                        {"variable" : "{0}.sample.temperature_unit = \"{1}\"", 
    255                         "storeas" : "content" 
    256                        } 
    257                       }, 
     168                      "attributes" :{"unit" :{}}, 
    258169                     } 
    259     SASSAMPLE_POS_ATTR = {"unit" : {"variable" : 
    260                                     "{0}.sample.position_unit = \"{1}\"", 
    261                                     "storeas" : "content" 
    262                                    } 
    263                          } 
    264     SASSAMPLE_POS_X = {"variable" : "{0}.sample.position.x = {1}", 
    265                        "unit" : "sample.position_unit", 
     170    SASSAMPLE_POS_ATTR = {"unit" : {}} 
     171    SASSAMPLE_POS_X = {"unit" : "position_unit", 
    266172                       "storeas" : "float", 
    267173                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR 
    268174                      } 
    269     SASSAMPLE_POS_Y = {"variable" : "{0}.sample.position.y = {1}", 
    270                        "unit" : "sample.position_unit", 
     175    SASSAMPLE_POS_Y = {"unit" : "position_unit", 
    271176                       "storeas" : "float", 
    272177                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR 
    273178                      } 
    274     SASSAMPLE_POS_Z = {"variable" : "{0}.sample.position.z = {1}", 
    275                        "unit" : "sample.position_unit", 
     179    SASSAMPLE_POS_Z = {"unit" : "position_unit", 
    276180                       "storeas" : "float", 
    277181                       "attributes" : SASSAMPLE_POS_ATTR 
    278182                      } 
    279     SASSAMPLE_POS = {"children" : {"variable" : None, 
    280                                    "x" : SASSAMPLE_POS_X, 
     183    SASSAMPLE_POS = {"children" : {"x" : SASSAMPLE_POS_X, 
    281184                                   "y" : SASSAMPLE_POS_Y, 
    282185                                   "z" : SASSAMPLE_POS_Z, 
    283186                                  }, 
    284187                    } 
    285     SASSAMPLE_ORIENT_ATTR = {"unit" : 
    286                              {"variable" : 
    287                               "{0}.sample.orientation_unit = \"{1}\"", 
    288                               "storeas" : "content" 
    289                              } 
    290                             } 
    291     SASSAMPLE_ORIENT_ROLL = {"variable" : "{0}.sample.orientation.x = {1}", 
    292                              "unit" : "sample.orientation_unit", 
     188    SASSAMPLE_ORIENT_ATTR = {"unit" :{}} 
     189    SASSAMPLE_ORIENT_ROLL = {"unit" : "orientation_unit", 
    293190                             "storeas" : "float", 
    294191                             "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR 
    295192                            } 
    296     SASSAMPLE_ORIENT_PITCH = {"variable" : "{0}.sample.orientation.y = {1}", 
    297                               "unit" : "sample.orientation_unit", 
     193    SASSAMPLE_ORIENT_PITCH = {"unit" : "orientation_unit", 
    298194                              "storeas" : "float", 
    299195                              "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR 
    300196                             } 
    301     SASSAMPLE_ORIENT_YAW = {"variable" : "{0}.sample.orientation.z = {1}", 
    302                             "unit" : "sample.orientation_unit", 
     197    SASSAMPLE_ORIENT_YAW = {"unit" : "orientation_unit", 
    303198                            "storeas" : "float", 
    304199                            "attributes" : SASSAMPLE_ORIENT_ATTR 
    305200                           } 
    306     SASSAMPLE_ORIENT = {"variable" : None, 
    307                         "children" : {"roll" : SASSAMPLE_ORIENT_ROLL, 
     201    SASSAMPLE_ORIENT = {"children" : {"roll" : SASSAMPLE_ORIENT_ROLL, 
    308202                                      "pitch" : SASSAMPLE_ORIENT_PITCH, 
    309203                                      "yaw" : SASSAMPLE_ORIENT_YAW, 
     
    311205                       } 
    312206    SASSAMPLE = {"attributes" : 
    313                  {"name" : {"variable" : "{0}.sample.name = \"{1}\""},}, 
    314                  "variable" : None, 
    315                  "children" : {"ID" : {"variable" : "{0}.sample.ID = \"{1}\""}, 
     207                 {"name" : {},}, 
     208                 "children" : {"ID" : {}, 
    316209                               "thickness" : SASSAMPLE_THICK, 
    317210                               "transmission" : SASSAMPLE_TRANS, 
     
    319212                               "position" : SASSAMPLE_POS, 
    320213                               "orientation" : SASSAMPLE_ORIENT, 
    321                                "details" : 
    322                                {"variable" : 
    323                                 "{0}.sample.details.append(\"{1}\")"}, 
     214                               "details" : {}, 
    324215                               "<any>" : ANY 
    325216                              }, 
    326217                } 
    327     SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR = {"unit" : 
    328                                   "{0}.source.beam_size_unit = \"{1}\"", 
    329                                   "storeas" : "content" 
    330                                  } 
    331     SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_X = {"variable" : "{0}.source.beam_size.x = {1}", 
    332                                "unit" : "source.beam_size_unit", 
     218    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR = {"unit" : ""} 
     219    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_X = {"unit" : "beam_size_unit", 
    333220                               "storeas" : "float", 
    334221                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR 
    335222                              } 
    336     SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Y = {"variable" : "{0}.source.beam_size.y = {1}", 
    337                                "unit" : "source.beam_size_unit", 
     223    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Y = {"unit" : "beam_size_unit", 
    338224                               "storeas" : "float", 
    339225                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR 
    340226                              } 
    341     SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Z = {"variable" : "{0}.source.beam_size.z = {1}", 
    342                                "unit" : "source.beam_size_unit", 
     227    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Z = {"unit" : "beam_size_unit", 
    343228                               "storeas" : "float", 
    344229                               "attributes" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_ATTR 
    345230                              } 
    346     SASINSTR_SRC_BEAMSIZE = {"attributes" : 
    347                              {"name" : {"variable" : 
    348                                         "{0}.source.beam_size_name = \"{1}\""}}, 
    349                              "variable" : None, 
     231    SASINSTR_SRC_BEAMSIZE = {"attributes" : {"name" : {}}, 
    350232                             "children" : {"x" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_X, 
    351233                                           "y" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE_Y, 
     
    353235                                          } 
    354236                            } 
    355     SASINSTR_SRC_WL = {"variable" : "{0}.source.wavelength = {1}", 
    356                        "unit" : "source.wavelength_unit", 
    357                        "storeas" : "float", 
    358                        "attributes" : 
    359                        {"unit" : 
    360                         {"variable" : "{0}.source.wavelength_unit = \"{1}\"", 
    361                          "storeas" : "content" 
    362                         }, 
     237    SASINSTR_SRC_WL = {"unit" : "wavelength_unit", 
     238                       "storeas" : "float", 
     239                       "attributes" : {"unit" :{}, 
    363240                       } 
    364241                      } 
    365     SASINSTR_SRC_WL_MIN = {"variable" : "{0}.source.wavelength_min = {1}", 
    366                            "unit" : "source.wavelength_min_unit", 
     242    SASINSTR_SRC_WL_MIN = {"unit" : "wavelength_min_unit", 
    367243                           "storeas" : "float", 
    368                            "attributes" : 
    369                            {"unit" : 
    370                             {"variable" : 
    371                              "{0}.source.wavelength_min_unit = \"{1}\"", 
    372                              "storeas" : "content" 
    373                             }, 
    374                            } 
     244                           "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"},} 
    375245                          } 
    376     SASINSTR_SRC_WL_MAX = {"variable" : "{0}.source.wavelength_max = {1}", 
    377                            "unit" : "source.wavelength_max_unit", 
     246    SASINSTR_SRC_WL_MAX = {"unit" : "wavelength_max_unit", 
    378247                           "storeas" : "float", 
    379                            "attributes" : 
    380                            {"unit" : 
    381                             {"variable" : 
    382                              "{0}.source.wavelength_max_unit = \"{1}\"", 
    383                              "storeas" : "content" 
    384                             }, 
    385                            } 
     248                           "attributes" : {"unit" :{"storeas" : "content"},} 
    386249                          } 
    387     SASINSTR_SRC_WL_SPR = {"variable" : "{0}.source.wavelength_spread = {1}", 
    388                            "unit" : "source.wavelength_spread_unit", 
     250    SASINSTR_SRC_WL_SPR = {"unit" : "wavelength_spread_unit", 
    389251                           "storeas" : "float", 
    390                            "attributes" : 
    391                            {"unit" : 
    392                             {"variable" : 
    393                              "{0}.source.wavelength_spread_unit = \"{1}\"", 
    394                              "storeas" : "content" 
    395                             }, 
    396                            } 
     252                           "attributes" : {"unit" : {"storeas" : "content"},} 
    397253                          } 
    398     SASINSTR_SRC = {"attributes" : {"name" : {"variable" : 
    399                                               "{0}.source.name = \"{1}\""}}, 
    400                     "variable" : None, 
    401                     "children" : {"radiation" : 
    402                                   {"variable" : 
    403                                    "{0}.source.radiation = \"{1}\""}, 
     254    SASINSTR_SRC = {"attributes" : {"name" : {}}, 
     255                    "children" : {"radiation" : {}, 
    404256                                  "beam_size" : SASINSTR_SRC_BEAMSIZE, 
    405                                   "beam_shape" : 
    406                                   {"variable" : 
    407                                    "{0}.source.beam_shape = \"{1}\""}, 
     257                                  "beam_shape" : {}, 
    408258                                  "wavelength" : SASINSTR_SRC_WL, 
    409259                                  "wavelength_min" : SASINSTR_SRC_WL_MIN, 
     
    412262                                 }, 
    413263                   } 
    414     SASINSTR_COLL_APER_ATTR = {"unit" : {"variable" : "{0}.size_unit = \"{1}\"", 
    415                                          "storeas" : "content" 
    416                                         }, 
    417                               } 
    418     SASINSTR_COLL_APER_X = {"variable" : "{0}.size.x = {1}", 
    419                             "unit" : "size_unit", 
     264    SASINSTR_COLL_APER_ATTR = {"unit" : {}} 
     265    SASINSTR_COLL_APER_X = {"unit" : "size_unit", 
    420266                            "storeas" : "float", 
    421267                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR 
    422268                           } 
    423     SASINSTR_COLL_APER_Y = {"variable" : "{0}.size.y = {1}", 
    424                             "unit" : "size_unit", 
     269    SASINSTR_COLL_APER_Y = {"unit" : "size_unit", 
    425270                            "storeas" : "float", 
    426271                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR 
    427272                           } 
    428     SASINSTR_COLL_APER_Z = {"variable" : "{0}.size.z = {1}", 
    429                             "unit" : "size_unit", 
     273    SASINSTR_COLL_APER_Z = {"unit" : "size_unit", 
    430274                            "storeas" : "float", 
    431275                            "attributes" : SASINSTR_COLL_APER_ATTR 
    432276                           } 
    433     SASINSTR_COLL_APER_SIZE = {"attributes" : 
    434                                {"unit" : {"variable" : 
    435                                           "{0}.size_unit = \"{1}\""}}, 
     277    SASINSTR_COLL_APER_SIZE = {"attributes" : {"unit" : {}}, 
    436278                               "children" : {"storeas" : "float", 
    437279                                             "x" : SASINSTR_COLL_APER_X, 
     
    441283                              } 
    442284    SASINSTR_COLL_APER_DIST = {"storeas" : "float", 
    443                                "attributes" : 
    444                                {"storeas" : "content", 
    445                                 "unit" : {"variable" : 
    446                                           "{0}.distance_unit = \"{1}\""} 
    447                                }, 
    448                                "variable" : "{0}.distance = {1}", 
     285                               "attributes" : {"unit" : {}}, 
    449286                               "unit" : "distance_unit", 
    450287                              } 
    451     SASINSTR_COLL_APER = {"variable" : None, 
    452                           "attributes" : {"name" : {"variable" : 
    453                                                     "{0}.name = \"{1}\""}, 
    454                                           "type" : {"variable" : 
    455                                                     "{0}.type = \"{1}\""}, 
    456                                          }, 
     288    SASINSTR_COLL_APER = {"attributes" : {"name" : {}, "type" : {}, }, 
    457289                          "children" : {"size" : SASINSTR_COLL_APER_SIZE, 
    458290                                        "distance" : SASINSTR_COLL_APER_DIST 
    459291                                       } 
    460292                         } 
    461     SASINSTR_COLL = {"attributes" : 
    462                      {"name" : {"variable" : "{0}.name = \"{1}\""}}, 
    463                      "variable" : None, 
     293    SASINSTR_COLL = {"attributes" : {"name" : {}}, 
    464294                     "children" : 
    465                      {"length" : 
    466                       {"variable" : "{0}.length = {1}", 
    467                        "unit" : "length_unit", 
    468                        "storeas" : "float", 
    469                        "attributes" : 
    470                        {"storeas" : "content", 
    471                         "unit" : {"variable" : "{0}.length_unit = \"{1}\""} 
    472                        }, 
    473                       }, 
    474                       "aperture" : SASINSTR_COLL_APER, 
    475                      }, 
     295                         {"length" : 
     296                          {"unit" : "length_unit", 
     297                           "storeas" : "float", 
     298                           "attributes" : {"storeas" : "content", "unit" : {}}, 
     299                          }, 
     300                          "aperture" : SASINSTR_COLL_APER, 
     301                         }, 
    476302                    } 
    477     SASINSTR_DET_SDD = {"variable" : "{0}.distance = {1}", 
     303    SASINSTR_DET_SDD = {"storeas" : "float", 
    478304                        "unit" : "distance_unit", 
    479                         "attributes" : 
    480                         {"unit" : 
    481                          {"variable" : "{0}.distance_unit = \"{1}\"", 
    482                           "storeas" : "content" 
    483                          } 
    484                         }, 
     305                        "attributes" : {"unit" :{}}, 
    485306                       } 
    486     SASINSTR_DET_OFF_ATTR = {"unit" : {"variable" : "{0}.offset_unit = \"{1}\"", 
    487                                        "storeas" : "content" 
    488                                       }, 
    489                             } 
    490     SASINSTR_DET_OFF_X = {"variable" : "{0}.offset.x = {1}", 
     307    SASINSTR_DET_OFF_ATTR = {"unit" : {"storeas" : "content" }} 
     308    SASINSTR_DET_OFF_X = {"storeas" : "float", 
    491309                          "unit" : "offset_unit", 
    492310                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR 
    493311                         } 
    494     SASINSTR_DET_OFF_Y = {"variable" : "{0}.offset.y = {1}", 
     312    SASINSTR_DET_OFF_Y = {"storeas" : "float", 
    495313                          "unit" : "offset_unit", 
    496314                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR 
    497315                         } 
    498     SASINSTR_DET_OFF_Z = {"variable" : "{0}.offset.z = {1}", 
     316    SASINSTR_DET_OFF_Z = {"storeas" : "float", 
    499317                          "unit" : "offset_unit", 
    500318                          "attributes" : SASINSTR_DET_OFF_ATTR 
    501319                         } 
    502     SASINSTR_DET_OFF = {"variable" : None, 
    503                         "children" : {"x" : SASINSTR_DET_OFF_X, 
     320    SASINSTR_DET_OFF = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_OFF_X, 
    504321                                      "y" : SASINSTR_DET_OFF_Y, 
    505322                                      "z" : SASINSTR_DET_OFF_Z, 
    506323                                     } 
    507324                       } 
    508     SASINSTR_DET_OR_ATTR = {"unit" : "{0}.orientation_unit = \"{1}\"", 
    509                             "storeas" : "content" 
    510                            } 
    511     SASINSTR_DET_OR_ROLL = {"variable" : "{0}.orientation.x = {1}", 
     325    SASINSTR_DET_OR_ATTR = {} 
     326    SASINSTR_DET_OR_ROLL = {"storeas" : "float", 
    512327                            "unit" : "orientation_unit", 
    513328                            "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR 
    514329                           } 
    515     SASINSTR_DET_OR_PITCH = {"variable" : "{0}.orientation.y = {1}", 
     330    SASINSTR_DET_OR_PITCH = {"storeas" : "float", 
    516331                             "unit" : "orientation_unit", 
    517332                             "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR 
    518333                            } 
    519     SASINSTR_DET_OR_YAW = {"variable" : "{0}.orientation.z = {1}", 
     334    SASINSTR_DET_OR_YAW = {"storeas" : "float", 
    520335                           "unit" : "orientation_unit", 
    521336                           "attributes" : SASINSTR_DET_OR_ATTR 
    522337                          } 
    523     SASINSTR_DET_OR = {"variable" : None, 
    524                        "children" : {"roll" : SASINSTR_DET_OR_ROLL, 
     338    SASINSTR_DET_OR = {"children" : {"roll" : SASINSTR_DET_OR_ROLL, 
    525339                                     "pitch" : SASINSTR_DET_OR_PITCH, 
    526340                                     "yaw" : SASINSTR_DET_OR_YAW, 
    527341                                    } 
    528342                      } 
    529     SASINSTR_DET_BC_X = {"variable" : "{0}.beam_center.x = {1}", 
     343    SASINSTR_DET_BC_X = {"storeas" : "float", 
    530344                         "unit" : "beam_center_unit", 
    531                          "attributes" : 
    532                          {"unit" : "{0}.beam_center_unit = \"{1}\"", 
    533                           "storeas" : "content" 
    534                          } 
    535                         } 
    536     SASINSTR_DET_BC_Y = {"variable" : "{0}.beam_center.y = {1}", 
     345                         "attributes" : {"storeas" : "content"} 
     346                        } 
     347    SASINSTR_DET_BC_Y = {"storeas" : "float", 
    537348                         "unit" : "beam_center_unit", 
    538                          "attributes" : 
    539                          {"unit" : "{0}.beam_center_unit = \"{1}\"", 
    540                           "storeas" : "content" 
    541                          } 
    542                         } 
    543     SASINSTR_DET_BC_Z = {"variable" : "{0}.beam_center.z = {1}", 
     349                         "attributes" : {"storeas" : "content"} 
     350                        } 
     351    SASINSTR_DET_BC_Z = {"storeas" : "float", 
    544352                         "unit" : "beam_center_unit", 
    545                          "attributes" : 
    546                          {"unit" : "{0}.beam_center_unit = \"{1}\"", 
    547                           "storeas" : "content" 
    548                          } 
    549                         } 
    550     SASINSTR_DET_BC = {"variable" : None, 
    551                        "children" : {"x" : SASINSTR_DET_BC_X, 
     353                         "attributes" : {"storeas" : "content"} 
     354                        } 
     355    SASINSTR_DET_BC = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_BC_X, 
    552356                                     "y" : SASINSTR_DET_BC_Y, 
    553                                      "z" : SASINSTR_DET_BC_Z, 
    554                                     } 
    555                       } 
    556     SASINSTR_DET_PIXEL_X = {"variable" : "{0}.pixel_size.x = {1}", 
     357                                     "z" : SASINSTR_DET_BC_Z,} 
     358                      } 
     359    SASINSTR_DET_PIXEL_X = {"storeas" : "float", 
    557360                            "unit" : "pixel_size_unit", 
    558                             "attributes" : 
    559                             {"unit" : "{0}.pixel_size_unit = \"{1}\"", 
    560                              "storeas" : "content" 
    561                             } 
    562                            } 
    563     SASINSTR_DET_PIXEL_Y = {"variable" : "{0}.pixel_size.y = {1}", 
     361                            "attributes" : {"storeas" : "content" } 
     362                           } 
     363    SASINSTR_DET_PIXEL_Y = {"storeas" : "float", 
    564364                            "unit" : "pixel_size_unit", 
    565                             "attributes" : 
    566                             {"unit" : "{0}.pixel_size_unit = \"{1}\"", 
    567                              "storeas" : "content" 
    568                             } 
    569                            } 
    570     SASINSTR_DET_PIXEL_Z = {"variable" : "{0}.pixel_size.z = {1}", 
     365                            "attributes" : {"storeas" : "content"} 
     366                           } 
     367    SASINSTR_DET_PIXEL_Z = {"storeas" : "float", 
    571368                            "unit" : "pixel_size_unit", 
    572                             "attributes" : 
    573                             {"unit" : "{0}.pixel_size_unit = \"{1}\"", 
    574                              "storeas" : "content" 
    575                             } 
    576                            } 
    577     SASINSTR_DET_PIXEL = {"variable" : None, 
    578                           "children" : {"x" : SASINSTR_DET_PIXEL_X, 
     369                            "attributes" : {"storeas" : "content"} 
     370                           } 
     371    SASINSTR_DET_PIXEL = {"children" : {"x" : SASINSTR_DET_PIXEL_X, 
    579372                                        "y" : SASINSTR_DET_PIXEL_Y, 
    580373                                        "z" : SASINSTR_DET_PIXEL_Z, 
    581374                                       } 
    582375                         } 
    583     SASINSTR_DET_SLIT = {"variable" : "{0}.slit_length = {1}", 
     376    SASINSTR_DET_SLIT = {"storeas" : "float", 
    584377                         "unit" : "slit_length_unit", 
    585                          "attributes" : 
    586                          {"unit" : 
    587                           {"variable" : "{0}.slit_length_unit = \"{1}\"", 
    588                            "storeas" : "content" 
    589                           } 
    590                          } 
    591                         } 
    592     SASINSTR_DET = {"storeas" : "float", 
    593                     "variable" : None, 
    594                     "attributes" : {"name" : 
    595                                     {"storeas" : "content", 
    596                                      "variable" : "{0}.name = \"{1}\"", 
    597                                     } 
    598                                    }, 
    599                     "children" : {"name" : {"storeas" : "content", 
    600                                             "variable" : "{0}.name = \"{1}\"", 
    601                                            }, 
     378                         "attributes" : {"unit" : {}} 
     379                        } 
     380    SASINSTR_DET = {"attributes" : {"name" : {"storeas" : "content"}}, 
     381                    "children" : {"name" : {"storeas" : "content"}, 
    602382                                  "SDD" : SASINSTR_DET_SDD, 
    603383                                  "offset" : SASINSTR_DET_OFF, 
     
    608388                                 } 
    609389                   } 
    610     SASINSTR = {"variable" : None, 
    611                 "children" : 
    612                 {"variable" : None, 
    613                  "name" : {"variable" : "{0}.instrument = \"{1}\""}, 
     390    SASINSTR = {"children" : 
     391                {"name" : {}, 
    614392                 "SASsource" : SASINSTR_SRC, 
    615393                 "SAScollimation" : SASINSTR_COLL, 
     
    619397    CANSAS_FORMAT = {"SASentry" : 
    620398                     {"units_optional" : True, 
    621                       "variable" : None, 
    622399                      "storeas" : "content", 
    623                       "attributes" : {"name" : 
    624                                       {"variable" : 
    625                                        "{0}.run_name[\"{3}\"] = \"{1}\""}}, 
     400                      "attributes" : {"name" : {}}, 
    626401                      "children" : {"Title" : TITLE, 
    627402                                    "Run" : RUN, 
     
    644419 
    645420    current_level = '' 
    646     ns_variable = '' 
    647421    ns_datatype = '' 
    648422    ns_optional = True 
     
    650424    def __init__(self): 
    651425        self.current_level = {} 
    652         self.ns_variable = '' 
    653426        self.ns_datatype = "content" 
    654427        self.ns_optional = True 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rfcba29a r7f71637  
    1414 
    1515import logging 
    16 import numpy 
     16import numpy as np 
    1717import os 
    1818import sys 
     
    2020import inspect 
    2121# For saving individual sections of data 
    22 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    23 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation 
    24 from sas.sascalc.dataloader.data_info import TransmissionSpectrum 
    25 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector 
    26 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process 
    27 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Aperture 
     22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, DataInfo, plottable_1D 
     23from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture 
     24from sas.sascalc.dataloader.data_info import combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    2825import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    2926from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    30 from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants 
     27from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    3128 
    3229# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either. 
     
    3431from xml.dom.minidom import parseString 
    3532 
    36 ## TODO: Refactor to load multiple <SASData> as separate Data1D objects 
    37 ## TODO: Refactor to allow invalid XML, but give a useful warning when loaded 
    38  
    39 _ZERO = 1e-16 
    4033PREPROCESS = "xmlpreprocess" 
    4134ENCODING = "encoding" 
    4235RUN_NAME_DEFAULT = "None" 
     36INVALID_SCHEMA_PATH_1_1 = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_1.xsd" 
     37INVALID_SCHEMA_PATH_1_0 = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_0.xsd" 
     38INVALID_XML = "\n\nThe loaded xml file, {0} does not fully meet the CanSAS v1.x specification. SasView loaded " + \ 
     39              "as much of the data as possible.\n\n" 
    4340HAS_CONVERTER = True 
    4441try: 
     
    5249ALLOW_ALL = True 
    5350 
    54 # DO NOT REMOVE Called by outside packages: 
    55 #    sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_state 
    56 #    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate 
    57 def get_content(location, node): 
    58     """ 
    59     Get the first instance of the content of a xpath location. 
    60  
    61     :param location: xpath location 
    62     :param node: node to start at 
    63  
    64     :return: Element, or None 
    65     """ 
    66     nodes = node.xpath(location, 
    67                        namespaces={'ns': CANSAS_NS.get("1.0").get("ns")}) 
    68     if len(nodes) > 0: 
    69         return nodes[0] 
    70     else: 
    71         return None 
    72  
    73 # DO NOT REMOVE Called by outside packages: 
    74 #    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate 
    75 def write_node(doc, parent, name, value, attr=None): 
    76     """ 
    77     :param doc: document DOM 
    78     :param parent: parent node 
    79     :param name: tag of the element 
    80     :param value: value of the child text node 
    81     :param attr: attribute dictionary 
    82  
    83     :return: True if something was appended, otherwise False 
    84     """ 
    85     if attr is None: 
    86         attr = {} 
    87     if value is not None: 
    88         node = doc.createElement(name) 
    89         node.appendChild(doc.createTextNode(str(value))) 
    90         for item in attr: 
    91             node.setAttribute(item, attr[item]) 
    92         parent.appendChild(node) 
    93         return True 
    94     return False 
    95  
    9651class Reader(XMLreader): 
    9752    """ 
     
    10156        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later. 
    10257    """ 
    103     ##CanSAS version - defaults to version 1.0 
     58    ## CanSAS version - defaults to version 1.0 
    10459    cansas_version = "1.0" 
    10560    base_ns = "{cansas1d/1.0}" 
     61    cansas_defaults = None 
     62    type_name = "canSAS" 
     63    invalid = True 
     64    ## Log messages and errors 
    10665    logging = None 
    107     errors = None 
    108     type_name = "canSAS" 
     66    errors = set() 
     67    ## Namespace hierarchy for current xml_file object 
     68    names = None 
     69    ns_list = None 
     70    ## Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
     71    current_datainfo = None 
     72    current_dataset = None 
     73    current_data1d = None 
     74    data = None 
     75    ## List of data1D objects to be sent back to SasView 
     76    output = None 
    10977    ## Wildcards 
    11078    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"] 
     
    11482    allow_all = True 
    11583 
    116     def __init__(self): 
    117         ## List of errors 
    118         self.errors = set() 
     84    def reset_state(self): 
     85        """ 
     86        Resets the class state to a base case when loading a new data file so previous 
     87        data files do not appear a second time 
     88        """ 
     89        self.current_datainfo = None 
     90        self.current_dataset = None 
     91        self.current_data1d = None 
     92        self.data = [] 
     93        self.process = Process() 
     94        self.transspectrum = TransmissionSpectrum() 
     95        self.aperture = Aperture() 
     96        self.collimation = Collimation() 
     97        self.detector = Detector() 
     98        self.names = [] 
     99        self.cansas_defaults = {} 
     100        self.output = [] 
     101        self.ns_list = None 
    119102        self.logging = [] 
    120103        self.encoding = None 
     104 
     105    def read(self, xml_file, schema_path="", invalid=True): 
     106        """ 
     107        Validate and read in an xml_file file in the canSAS format. 
     108 
     109        :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format 
     110        :param schema_path: A file path to an XML schema to validate the xml_file against 
     111        """ 
     112        # For every file loaded, reset everything to a base state 
     113        self.reset_state() 
     114        self.invalid = invalid 
     115        # Check that the file exists 
     116        if os.path.isfile(xml_file): 
     117            basename, extension = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file)) 
     118            # If the file type is not allowed, return nothing 
     119            if extension in self.ext or self.allow_all: 
     120                # Get the file location of 
     121                self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path) 
     122                self.add_data_set() 
     123                # Try to load the file, but raise an error if unable to. 
     124                # Check the file matches the XML schema 
     125                try: 
     126                    self.is_cansas(extension) 
     127                    self.invalid = False 
     128                    # Get each SASentry from XML file and add it to a list. 
     129                    entry_list = self.xmlroot.xpath( 
     130                            '/ns:SASroot/ns:SASentry', 
     131                            namespaces={'ns': self.cansas_defaults.get("ns")}) 
     132                    self.names.append("SASentry") 
     133 
     134                    # Get all preprocessing events and encoding 
     135                    self.set_processing_instructions() 
     136 
     137                    # Parse each <SASentry> item 
     138                    for entry in entry_list: 
     139                        # Create a new DataInfo object for every <SASentry> 
     140 
     141 
     142                        # Set the file name and then parse the entry. 
     143                        self.current_datainfo.filename = basename + extension 
     144                        self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D" 
     145                        self.current_datainfo.meta_data[PREPROCESS] = \ 
     146                            self.processing_instructions 
     147 
     148                        # Parse the XML SASentry 
     149                        self._parse_entry(entry) 
     150                        # Combine datasets with datainfo 
     151                        self.add_data_set() 
     152                except RuntimeError: 
     153                    # If the file does not match the schema, raise this error 
     154                    invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
     155                    invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + extension) + invalid_xml 
     156                    self.errors.add(invalid_xml) 
     157                    # Try again with an invalid CanSAS schema, that requires only a data set in each 
     158                    base_name = xml_reader.__file__ 
     159                    base_name = base_name.replace("\\", "/") 
     160                    base = base_name.split("/sas/")[0] 
     161                    if self.cansas_version == "1.1": 
     162                        invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_1.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
     163                    else: 
     164                        invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_0.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
     165                    self.set_schema(invalid_schema) 
     166                    try: 
     167                        if self.invalid: 
     168                            if self.is_cansas(): 
     169                                self.output = self.read(xml_file, invalid_schema, False) 
     170                            else: 
     171                                raise RuntimeError 
     172                        else: 
     173                            raise RuntimeError 
     174                    except RuntimeError: 
     175                        x = np.zeros(1) 
     176                        y = np.zeros(1) 
     177                        self.current_data1d = Data1D(x,y) 
     178                        self.current_data1d.errors = self.errors 
     179                        return [self.current_data1d] 
     180        else: 
     181            self.output.append("Not a valid file path.") 
     182        # Return a list of parsed entries that dataloader can manage 
     183        return self.output 
     184 
     185    def _parse_entry(self, dom): 
     186        """ 
     187        Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of 
     188            the CanSAS data format. This will allow multiple data files 
     189            and extra nodes to be read in simultaneously. 
     190 
     191        :param dom: dom object with a namespace base of names 
     192        """ 
     193 
     194        frm = inspect.stack()[1] 
     195        if not self._is_call_local(frm): 
     196            self.reset_state() 
     197            self.add_data_set() 
     198            self.names.append("SASentry") 
     199            self.parent_class = "SASentry" 
     200        self._check_for_empty_data() 
     201        self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \ 
     202                            CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}") 
     203        tagname = '' 
     204        tagname_original = '' 
     205 
     206        # Go through each child in the parent element 
     207        for node in dom: 
     208            # Get the element name and set the current names level 
     209            tagname = node.tag.replace(self.base_ns, "") 
     210            tagname_original = tagname 
     211            # Skip this iteration when loading in save state information 
     212            if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or tagname == "invariant": 
     213                continue 
     214 
     215            # Get where to store content 
     216            self.names.append(tagname_original) 
     217            self.ns_list = CONSTANTS.iterate_namespace(self.names) 
     218            # If the element is a child element, recurse 
     219            if len(node.getchildren()) > 0: 
     220                self.parent_class = tagname_original 
     221                if tagname == 'SASdata': 
     222                    self._initialize_new_data_set() 
     223                ## Recursion step to access data within the group 
     224                self._parse_entry(node) 
     225                self.add_intermediate() 
     226            else: 
     227                data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
     228 
     229                ## If this is a dataset, store the data appropriately 
     230                if tagname == 'Run': 
     231                    self.current_datainfo.run.append(data_point) 
     232                elif tagname == 'Title': 
     233                    self.current_datainfo.title = data_point 
     234                elif tagname == 'SASnote': 
     235                    self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
     236 
     237                ## I and Q Data 
     238                elif tagname == 'I': 
     239                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     240                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
     241                elif tagname == 'Idev': 
     242                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
     243                elif tagname == 'Q': 
     244                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     245                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
     246                elif tagname == 'Qdev': 
     247                    self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, data_point) 
     248                elif tagname == 'dQw': 
     249                    self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point) 
     250                elif tagname == 'dQl': 
     251                    self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, data_point) 
     252                elif tagname == 'Qmean': 
     253                    pass 
     254                elif tagname == 'Shadowfactor': 
     255                    pass 
     256 
     257                ## Sample Information 
     258                elif tagname == 'ID' and self.parent_class == 'SASsample': 
     259                    self.current_datainfo.sample.ID = data_point 
     260                elif tagname == 'Title' and self.parent_class == 'SASsample': 
     261                    self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     262                elif tagname == 'thickness' and self.parent_class == 'SASsample': 
     263                    self.current_datainfo.sample.thickness = data_point 
     264                    self.current_datainfo.sample.thickness_unit = unit 
     265                elif tagname == 'transmission' and self.parent_class == 'SASsample': 
     266                    self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
     267                elif tagname == 'temperature' and self.parent_class == 'SASsample': 
     268                    self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
     269                    self.current_datainfo.sample.temperature_unit = unit 
     270                elif tagname == 'details' and self.parent_class == 'SASsample': 
     271                    self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
     272                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'position': 
     273                    self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
     274                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit 
     275                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'position': 
     276                    self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
     277                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit 
     278                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'position': 
     279                    self.current_datainfo.sample.position.z = data_point 
     280                    self.current_datainfo.sample.position_unit = unit 
     281                elif tagname == 'roll' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names: 
     282                    self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
     283                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit 
     284                elif tagname == 'pitch' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names: 
     285                    self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point 
     286                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit 
     287                elif tagname == 'yaw' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASsample' in self.names: 
     288                    self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
     289                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit 
     290 
     291                ## Instrumental Information 
     292                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASinstrument': 
     293                    self.current_datainfo.instrument = data_point 
     294                ## Detector Information 
     295                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASdetector': 
     296                    self.detector.name = data_point 
     297                elif tagname == 'SDD' and self.parent_class == 'SASdetector': 
     298                    self.detector.distance = data_point 
     299                    self.detector.distance_unit = unit 
     300                elif tagname == 'slit_length' and self.parent_class == 'SASdetector': 
     301                    self.detector.slit_length = data_point 
     302                    self.detector.slit_length_unit = unit 
     303                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'offset': 
     304                    self.detector.offset.x = data_point 
     305                    self.detector.offset_unit = unit 
     306                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'offset': 
     307                    self.detector.offset.y = data_point 
     308                    self.detector.offset_unit = unit 
     309                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'offset': 
     310                    self.detector.offset.z = data_point 
     311                    self.detector.offset_unit = unit 
     312                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'beam_center': 
     313                    self.detector.beam_center.x = data_point 
     314                    self.detector.beam_center_unit = unit 
     315                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'beam_center': 
     316                    self.detector.beam_center.y = data_point 
     317                    self.detector.beam_center_unit = unit 
     318                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'beam_center': 
     319                    self.detector.beam_center.z = data_point 
     320                    self.detector.beam_center_unit = unit 
     321                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'pixel_size': 
     322                    self.detector.pixel_size.x = data_point 
     323                    self.detector.pixel_size_unit = unit 
     324                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'pixel_size': 
     325                    self.detector.pixel_size.y = data_point 
     326                    self.detector.pixel_size_unit = unit 
     327                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'pixel_size': 
     328                    self.detector.pixel_size.z = data_point 
     329                    self.detector.pixel_size_unit = unit 
     330                elif tagname == 'roll' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names: 
     331                    self.detector.orientation.x = data_point 
     332                    self.detector.orientation_unit = unit 
     333                elif tagname == 'pitch' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names: 
     334                    self.detector.orientation.y = data_point 
     335                    self.detector.orientation_unit = unit 
     336                elif tagname == 'yaw' and self.parent_class == 'orientation' and 'SASdetector' in self.names: 
     337                    self.detector.orientation.z = data_point 
     338                    self.detector.orientation_unit = unit 
     339                ## Collimation and Aperture 
     340                elif tagname == 'length' and self.parent_class == 'SAScollimation': 
     341                    self.collimation.length = data_point 
     342                    self.collimation.length_unit = unit 
     343                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SAScollimation': 
     344                    self.collimation.name = data_point 
     345                elif tagname == 'distance' and self.parent_class == 'aperture': 
     346                    self.aperture.distance = data_point 
     347                    self.aperture.distance_unit = unit 
     348                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'size': 
     349                    self.aperture.size.x = data_point 
     350                    self.collimation.size_unit = unit 
     351                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'size': 
     352                    self.aperture.size.y = data_point 
     353                    self.collimation.size_unit = unit 
     354                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'size': 
     355                    self.aperture.size.z = data_point 
     356                    self.collimation.size_unit = unit 
     357 
     358                ## Process Information 
     359                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASprocess': 
     360                    self.process.name = data_point 
     361                elif tagname == 'description' and self.parent_class == 'SASprocess': 
     362                    self.process.description = data_point 
     363                elif tagname == 'date' and self.parent_class == 'SASprocess': 
     364                    try: 
     365                        self.process.date = datetime.datetime.fromtimestamp(data_point) 
     366                    except: 
     367                        self.process.date = data_point 
     368                elif tagname == 'SASprocessnote': 
     369                    self.process.notes.append(data_point) 
     370                elif tagname == 'term' and self.parent_class == 'SASprocess': 
     371                    self.process.term.append(data_point) 
     372 
     373                ## Transmission Spectrum 
     374                elif tagname == 'T' and self.parent_class == 'Tdata': 
     375                    self.transspectrum.transmission = np.append(self.transspectrum.transmission, data_point) 
     376                    self.transspectrum.transmission_unit = unit 
     377                elif tagname == 'Tdev' and self.parent_class == 'Tdata': 
     378                    self.transspectrum.transmission_deviation = np.append(self.transspectrum.transmission_deviation, data_point) 
     379                    self.transspectrum.transmission_deviation_unit = unit 
     380                elif tagname == 'Lambda' and self.parent_class == 'Tdata': 
     381                    self.transspectrum.wavelength = np.append(self.transspectrum.wavelength, data_point) 
     382                    self.transspectrum.wavelength_unit = unit 
     383 
     384                ## Source Information 
     385                elif tagname == 'wavelength' and (self.parent_class == 'SASsource' or self.parent_class == 'SASData'): 
     386                    self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
     387                    self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     388                elif tagname == 'wavelength_min' and self.parent_class == 'SASsource': 
     389                    self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
     390                    self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
     391                elif tagname == 'wavelength_max' and self.parent_class == 'SASsource': 
     392                    self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
     393                    self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
     394                elif tagname == 'wavelength_spread' and self.parent_class == 'SASsource': 
     395                    self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point 
     396                    self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit 
     397                elif tagname == 'x' and self.parent_class == 'beam_size': 
     398                    self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
     399                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     400                elif tagname == 'y' and self.parent_class == 'beam_size': 
     401                    self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
     402                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     403                elif tagname == 'z' and self.parent_class == 'pixel_size': 
     404                    self.current_datainfo.source.data_point.z = data_point 
     405                    self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     406                elif tagname == 'radiation' and self.parent_class == 'SASsource': 
     407                    self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
     408                elif tagname == 'beam_shape' and self.parent_class == 'SASsource': 
     409                    self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
     410 
     411                ## Everything else goes in meta_data 
     412                else: 
     413                    new_key = self._create_unique_key(self.current_datainfo.meta_data, tagname) 
     414                    self.current_datainfo.meta_data[new_key] = data_point 
     415 
     416            self.names.remove(tagname_original) 
     417            length = 0 
     418            if len(self.names) > 1: 
     419                length = len(self.names) - 1 
     420            self.parent_class = self.names[length] 
     421        if not self._is_call_local(frm): 
     422            self.add_data_set() 
     423            empty = None 
     424            if self.output[0].dx is not None: 
     425                self.output[0].dxl = np.empty(0) 
     426                self.output[0].dxw = np.empty(0) 
     427            else: 
     428                self.output[0].dx = np.empty(0) 
     429            return self.output[0], empty 
     430 
     431 
     432    def _is_call_local(self, frm=""): 
     433        """ 
     434 
     435        :return: 
     436        """ 
     437        if frm == "": 
     438            frm = inspect.stack()[1] 
     439        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
     440        mod_name = mod_name.replace(".py", "") 
     441        mod = mod_name.split("sas/") 
     442        mod_name = mod[1] 
     443        if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader": 
     444            return False 
     445        return True 
    121446 
    122447    def is_cansas(self, ext="xml"): 
     
    134459        if ext == "svs": 
    135460            return True 
    136         return False 
     461        raise RuntimeError 
    137462 
    138463    def load_file_and_schema(self, xml_file, schema_path=""): 
    139464        """ 
    140         Loads the file and associates a schema, if a known schema exists 
     465        Loads the file and associates a schema, if a schema is passed in or if one already exists 
    141466 
    142467        :param xml_file: The xml file path sent to Reader.read 
     468        :param schema_path: The path to a schema associated with the xml_file, or find one based on the file 
    143469        """ 
    144470        base_name = xml_reader.__file__ 
     
    151477 
    152478        # Generic values for the cansas file based on the version 
    153         cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0") 
     479        self.cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0") 
    154480        if schema_path == "": 
    155             schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{1}".format\ 
    156                 (base, cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/") 
     481            schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{1}".format \ 
     482                (base, self.cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/") 
    157483 
    158484        # Link a schema to the XML file. 
    159485        self.set_schema(schema_path) 
    160         return cansas_defaults 
    161  
    162     ## TODO: Test loading invalid CanSAS XML files and see if this works 
    163     ## TODO: Once works, try adding a warning that the data is invalid 
    164     def read(self, xml_file, schema_path=""): 
    165         """ 
    166         Validate and read in an xml_file file in the canSAS format. 
    167  
    168         :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format 
    169         """ 
    170         # output - Final list of Data1D objects 
    171         output = [] 
    172         # ns - Namespace hierarchy for current xml_file object 
    173         ns_list = [] 
    174  
    175         # Check that the file exists 
    176         if os.path.isfile(xml_file): 
    177             basename = os.path.basename(xml_file) 
    178             _, extension = os.path.splitext(basename) 
    179             # If the file type is not allowed, return nothing 
    180             if extension in self.ext or self.allow_all: 
    181                 # Get the file location of 
    182                 cansas_defaults = self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path) 
    183  
    184                 # Try to load the file, but raise an error if unable to. 
    185                 # Check the file matches the XML schema 
    186                 try: 
    187                     if self.is_cansas(extension): 
    188                         # Get each SASentry from XML file and add it to a list. 
    189                         entry_list = self.xmlroot.xpath( 
    190                                 '/ns:SASroot/ns:SASentry', 
    191                                 namespaces={'ns': cansas_defaults.get("ns")}) 
    192                         ns_list.append("SASentry") 
    193  
    194                         # If multiple files, modify the name for each is unique 
    195                         increment = 0 
    196                         # Parse each SASentry item 
    197                         for entry in entry_list: 
    198                             # Define a new Data1D object with zeroes for 
    199                             # x_vals and y_vals 
    200                             data1d = Data1D(numpy.empty(0), numpy.empty(0), 
    201                                             numpy.empty(0), numpy.empty(0)) 
    202                             data1d.dxl = numpy.empty(0) 
    203                             data1d.dxw = numpy.empty(0) 
    204  
    205                             # If more than one SASentry, increment each in order 
    206                             name = basename 
    207                             if len(entry_list) - 1 > 0: 
    208                                 name += "_{0}".format(increment) 
    209                                 increment += 1 
    210  
    211                             # Set the Data1D name and then parse the entry. 
    212                             # The entry is appended to a list of entry values 
    213                             data1d.filename = name 
    214                             data1d.meta_data["loader"] = "CanSAS 1D" 
    215  
    216                             # Get all preprocessing events and encoding 
    217                             self.set_processing_instructions() 
    218                             data1d.meta_data[PREPROCESS] = \ 
    219                                     self.processing_instructions 
    220  
    221                             # Parse the XML file 
    222                             return_value, extras = \ 
    223                                 self._parse_entry(entry, ns_list, data1d) 
    224                             del extras[:] 
    225  
    226                             return_value = self._final_cleanup(return_value) 
    227                             output.append(return_value) 
    228                     else: 
    229                         raise RuntimeError, "Invalid XML at: {0}".format(\ 
    230                                                     self.find_invalid_xml()) 
    231                 except: 
    232                     # If the file does not match the schema, raise this error 
    233                     schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid.xsd" 
    234                     invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
    235                     invalid_xml = "\n\nThe loaded xml file does not fully meet the CanSAS v1.x specification. SasView " + \ 
    236                                   "loaded as much of the data as possible.\n\n" + invalid_xml 
    237                     self.errors.add(invalid_xml) 
    238                     self.set_schema(schema_path) 
    239                     if self.is_cansas(): 
    240                         output = self.read(xml_file, schema_path) 
    241                     else: 
    242                         raise RuntimeError, "%s cannot be read" % xml_file 
    243                 return output 
    244         # Return a list of parsed entries that dataloader can manage 
    245         return None 
    246  
    247     def _final_cleanup(self, data1d): 
     486 
     487    def add_data_set(self): 
     488        """ 
     489        Adds the current_dataset to the list of outputs after preforming final processing on the data and then calls a 
     490        private method to generate a new data set. 
     491 
     492        :param key: NeXus group name for current tree level 
     493        """ 
     494 
     495        if self.current_datainfo and self.current_dataset: 
     496            self._final_cleanup() 
     497        self.data = [] 
     498        self.current_datainfo = DataInfo() 
     499 
     500    def _initialize_new_data_set(self, parent_list=None): 
     501        """ 
     502        A private class method to generate a new 1D data object. 
     503        Outside methods should call add_data_set() to be sure any existing data is stored properly. 
     504 
     505        :param parent_list: List of names of parent elements 
     506        """ 
     507 
     508        if parent_list is None: 
     509            parent_list = [] 
     510        x = np.array(0) 
     511        y = np.array(0) 
     512        self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
     513 
     514    def add_intermediate(self): 
     515        """ 
     516        This method stores any intermediate objects within the final data set after fully reading the set. 
     517 
     518        :param parent: The NXclass name for the h5py Group object that just finished being processed 
     519        """ 
     520 
     521        if self.parent_class == 'SASprocess': 
     522            self.current_datainfo.process.append(self.process) 
     523            self.process = Process() 
     524        elif self.parent_class == 'SASdetector': 
     525            self.current_datainfo.detector.append(self.detector) 
     526            self.detector = Detector() 
     527        elif self.parent_class == 'SAStransmission_spectrum': 
     528            self.current_datainfo.trans_spectrum.append(self.transspectrum) 
     529            self.transspectrum = TransmissionSpectrum() 
     530        elif self.parent_class == 'SAScollimation': 
     531            self.current_datainfo.collimation.append(self.collimation) 
     532            self.collimation = Collimation() 
     533        elif self.parent_class == 'SASaperture': 
     534            self.collimation.aperture.append(self.aperture) 
     535            self.aperture = Aperture() 
     536        elif self.parent_class == 'SASdata': 
     537            self._check_for_empty_resolution() 
     538            self.data.append(self.current_dataset) 
     539 
     540    def _final_cleanup(self): 
    248541        """ 
    249542        Final cleanup of the Data1D object to be sure it has all the 
    250543        appropriate information needed for perspectives 
    251  
    252         :param data1d: Data1D object that has been populated 
    253         """ 
    254         # Final cleanup 
    255         # Remove empty nodes, verify array sizes are correct 
     544        """ 
     545 
     546        ## Append errors to dataset and reset class errors 
     547        self.current_datainfo.errors = set() 
    256548        for error in self.errors: 
    257             data1d.errors.append(error) 
     549            self.current_datainfo.errors.add(error) 
    258550        self.errors.clear() 
    259         numpy.trim_zeros(data1d.x) 
    260         numpy.trim_zeros(data1d.y) 
    261         numpy.trim_zeros(data1d.dy) 
    262         size_dx = data1d.dx.size 
    263         size_dxl = data1d.dxl.size 
    264         size_dxw = data1d.dxw.size 
    265         if data1d._xunit != data1d.x_unit: 
    266             data1d.x_unit = data1d._xunit 
    267         if data1d._yunit != data1d.y_unit: 
    268             data1d.y_unit = data1d._yunit 
    269         if size_dxl == 0 and size_dxw == 0: 
    270             data1d.dxl = None 
    271             data1d.dxw = None 
    272             numpy.trim_zeros(data1d.dx) 
    273         elif size_dx == 0: 
    274             data1d.dx = None 
    275             size_dx = size_dxl 
    276             numpy.trim_zeros(data1d.dxl) 
    277             numpy.trim_zeros(data1d.dxw) 
    278         return data1d 
     551 
     552        ## Combine all plottables with datainfo and append each to output 
     553        ## Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
     554        for dataset in self.data: 
     555            if dataset.x is not None: 
     556                dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
     557                dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
     558                dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
     559                dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
     560            if dataset.y is not None: 
     561                dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
     562                dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
     563                dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
     564                dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
     565            if dataset.dx is not None: 
     566                dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
     567                dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
     568            if dataset.dxl is not None: 
     569                dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
     570                dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
     571            if dataset.dxw is not None: 
     572                dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
     573                dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
     574            if dataset.dy is not None: 
     575                dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
     576                dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
     577            np.trim_zeros(dataset.x) 
     578            np.trim_zeros(dataset.y) 
     579            np.trim_zeros(dataset.dy) 
     580            final_dataset = combine_data(dataset, self.current_datainfo) 
     581            self.output.append(final_dataset) 
    279582 
    280583    def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0): 
    281584        """ 
    282585        Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting 
    283         Recurses until a unique key value is found. 
     586        Recurse until a unique key value is found. 
    284587 
    285588        :param dictionary: A dictionary with any number of entries 
     
    294597        return name 
    295598 
    296     def _unit_conversion(self, node, new_current_level, data1d, \ 
    297                                                 tagname, node_value): 
     599    def _get_node_value(self, node, tagname): 
     600        """ 
     601        Get the value of a node and any applicable units 
     602 
     603        :param node: The XML node to get the value of 
     604        :param tagname: The tagname of the node 
     605        """ 
     606        #Get the text from the node and convert all whitespace to spaces 
     607        units = '' 
     608        node_value = node.text 
     609        if node_value is not None: 
     610            node_value = ' '.join(node_value.split()) 
     611        else: 
     612            node_value = "" 
     613 
     614        # If the value is a float, compile with units. 
     615        if self.ns_list.ns_datatype == "float": 
     616            # If an empty value is given, set as zero. 
     617            if node_value is None or node_value.isspace() \ 
     618                                    or node_value.lower() == "nan": 
     619                node_value = "0.0" 
     620            #Convert the value to the base units 
     621            node_value, units = self._unit_conversion(node, tagname, node_value) 
     622 
     623        # If the value is a timestamp, convert to a datetime object 
     624        elif self.ns_list.ns_datatype == "timestamp": 
     625            if node_value is None or node_value.isspace(): 
     626                pass 
     627            else: 
     628                try: 
     629                    node_value = \ 
     630                        datetime.datetime.fromtimestamp(node_value) 
     631                except ValueError: 
     632                    node_value = None 
     633        return node_value, units 
     634 
     635    def _unit_conversion(self, node, tagname, node_value): 
    298636        """ 
    299637        A unit converter method used to convert the data included in the file 
    300638        to the default units listed in data_info 
    301639 
    302         :param new_current_level: cansas_constants level as returned by 
    303             iterate_namespace 
    304         :param attr: The attributes of the node 
    305         :param data1d: Where the values will be saved 
     640        :param node: XML node 
     641        :param tagname: name of the node 
    306642        :param node_value: The value of the current dom node 
    307643        """ 
     
    310646        err_msg = None 
    311647        default_unit = None 
    312         if 'unit' in attr and new_current_level.get('unit') is not None: 
     648        if 'unit' in attr and attr.get('unit') is not None and not self.ns_list.ns_optional: 
    313649            try: 
    314650                local_unit = attr['unit'] 
    315                 if isinstance(node_value, float) is False: 
    316                     exec("node_value = float({0})".format(node_value)) 
    317                 unitname = new_current_level.get("unit") 
    318                 exec "default_unit = data1d.{0}".format(unitname) 
    319                 if local_unit is not None and default_unit is not None and \ 
    320                         local_unit.lower() != default_unit.lower() \ 
     651                if not isinstance(node_value, float): 
     652                    node_value = float(node_value) 
     653                unitname = self.ns_list.current_level.get("unit", "") 
     654                if "SASdetector" in self.names: 
     655                    save_in = "detector" 
     656                elif "aperture" in self.names: 
     657                    save_in = "aperture" 
     658                elif "SAScollimation" in self.names: 
     659                    save_in = "collimation" 
     660                elif "SAStransmission_spectrum" in self.names: 
     661                    save_in = "transspectrum" 
     662                elif "SASdata" in self.names: 
     663                    x = np.zeros(1) 
     664                    y = np.zeros(1) 
     665                    self.current_data1d = Data1D(x, y) 
     666                    save_in = "current_data1d" 
     667                elif "SASsource" in self.names: 
     668                    save_in = "current_datainfo.source" 
     669                elif "SASsample" in self.names: 
     670                    save_in = "current_datainfo.sample" 
     671                elif "SASprocess" in self.names: 
     672                    save_in = "process" 
     673                else: 
     674                    save_in = "current_datainfo" 
     675                exec "default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname) 
     676                if local_unit and default_unit and local_unit.lower() != default_unit.lower() \ 
    321677                        and local_unit.lower() != "none": 
    322678                    if HAS_CONVERTER == True: 
     
    345701        if err_msg: 
    346702            self.errors.add(err_msg) 
    347         node_value = "float({0})".format(node_value) 
    348703        return node_value, value_unit 
    349704 
    350     def _check_for_empty_data(self, data1d): 
     705    def _check_for_empty_data(self): 
    351706        """ 
    352707        Creates an empty data set if no data is passed to the reader 
     
    354709        :param data1d: presumably a Data1D object 
    355710        """ 
    356         if data1d == None: 
    357             self.errors = set() 
    358             x_vals = numpy.empty(0) 
    359             y_vals = numpy.empty(0) 
    360             dx_vals = numpy.empty(0) 
    361             dy_vals = numpy.empty(0) 
    362             dxl = numpy.empty(0) 
    363             dxw = numpy.empty(0) 
    364             data1d = Data1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals) 
    365             data1d.dxl = dxl 
    366             data1d.dxw = dxw 
    367         return data1d 
    368  
    369     def _handle_special_cases(self, tagname, data1d, children): 
    370         """ 
    371         Handle cases where the data type in Data1D is a dictionary or list 
    372  
    373         :param tagname: XML tagname in use 
    374         :param data1d: The original Data1D object 
    375         :param children: Child nodes of node 
    376         :param node: existing node with tag name 'tagname' 
    377         """ 
    378         if tagname == "SASdetector": 
    379             data1d = Detector() 
    380         elif tagname == "SAScollimation": 
    381             data1d = Collimation() 
    382         elif tagname == "SAStransmission_spectrum": 
    383             data1d = TransmissionSpectrum() 
    384         elif tagname == "SASprocess": 
    385             data1d = Process() 
    386             for child in children: 
    387                 if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "term": 
    388                     term_attr = {} 
    389                     for attr in child.keys(): 
    390                         term_attr[attr] = \ 
    391                             ' '.join(child.get(attr).split()) 
    392                     if child.text is not None: 
    393                         term_attr['value'] = \ 
    394                             ' '.join(child.text.split()) 
    395                     data1d.term.append(term_attr) 
    396         elif tagname == "aperture": 
    397             data1d = Aperture() 
    398         if tagname == "Idata" and children is not None: 
    399             data1d = self._check_for_empty_resolution(data1d, children) 
    400         return data1d 
    401  
    402     def _check_for_empty_resolution(self, data1d, children): 
     711        if self.current_dataset == None: 
     712            x_vals = np.empty(0) 
     713            y_vals = np.empty(0) 
     714            dx_vals = np.empty(0) 
     715            dy_vals = np.empty(0) 
     716            dxl = np.empty(0) 
     717            dxw = np.empty(0) 
     718            self.current_dataset = plottable_1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals) 
     719            self.current_dataset.dxl = dxl 
     720            self.current_dataset.dxw = dxw 
     721 
     722    def _check_for_empty_resolution(self): 
    403723        """ 
    404724        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q 
     
    408728        dq_exists = False 
    409729        di_exists = False 
    410         for child in children: 
    411             tag = child.tag.replace(self.base_ns, "") 
    412             if tag == "dQl": 
    413                 dql_exists = True 
    414             if tag == "dQw": 
    415                 dqw_exists = True 
    416             if tag == "Qdev": 
    417                 dq_exists = True 
    418             if tag == "Idev": 
    419                 di_exists = True 
    420         if dqw_exists and dql_exists == False: 
    421             data1d.dxl = numpy.append(data1d.dxl, 0.0) 
    422         elif dql_exists and dqw_exists == False: 
    423             data1d.dxw = numpy.append(data1d.dxw, 0.0) 
    424         elif dql_exists == False and dqw_exists == False \ 
    425                                             and dq_exists == False: 
    426             data1d.dx = numpy.append(data1d.dx, 0.0) 
    427         if di_exists == False: 
    428             data1d.dy = numpy.append(data1d.dy, 0.0) 
    429         return data1d 
    430  
    431     def _restore_original_case(self, 
    432                                tagname_original, 
    433                                tagname, 
    434                                save_data1d, 
    435                                data1d): 
    436         """ 
    437         Save the special case data to the appropriate location and restore 
    438         the original Data1D object 
    439  
    440         :param tagname_original: Unmodified tagname for the node 
    441         :param tagname: modified tagname for the node 
    442         :param save_data1d: The original Data1D object 
    443         :param data1d: If a special case was handled, an object of that type 
    444         """ 
    445         if tagname_original == "SASdetector": 
    446             save_data1d.detector.append(data1d) 
    447         elif tagname_original == "SAScollimation": 
    448             save_data1d.collimation.append(data1d) 
    449         elif tagname == "SAStransmission_spectrum": 
    450             save_data1d.trans_spectrum.append(data1d) 
    451         elif tagname_original == "SASprocess": 
    452             save_data1d.process.append(data1d) 
    453         elif tagname_original == "aperture": 
    454             save_data1d.aperture.append(data1d) 
    455         else: 
    456             save_data1d = data1d 
    457         return save_data1d 
    458  
    459     def _handle_attributes(self, node, data1d, cs_values, tagname): 
    460         """ 
    461         Process all of the attributes for a node 
    462         """ 
    463         attr = node.attrib 
    464         if attr is not None: 
    465             for key in node.keys(): 
    466                 try: 
    467                     node_value, unit = self._get_node_value(node, cs_values, \ 
    468                                                    data1d, tagname) 
    469                     cansas_attrib = \ 
    470                         cs_values.current_level.get("attributes").get(key) 
    471                     attrib_variable = cansas_attrib.get("variable") 
    472                     if key == 'unit' and unit != '': 
    473                         attrib_value = unit 
    474                     else: 
    475                         attrib_value = node.attrib[key] 
    476                     store_attr = attrib_variable.format("data1d", 
    477                                                         attrib_value, 
    478                                                         key, 
    479                                                         node_value) 
    480                     exec store_attr 
    481                 except AttributeError: 
    482                     pass 
    483         return data1d 
    484  
    485     def _get_node_value(self, node, cs_values, data1d, tagname): 
    486         """ 
    487         Get the value of a node and any applicable units 
    488  
    489         :param node: The XML node to get the value of 
    490         :param cs_values: A CansasConstants.CurrentLevel object 
    491         :param attr: The node attributes 
    492         :param dataid: The working object to be modified 
    493         :param tagname: The tagname of the node 
    494         """ 
    495         #Get the text from the node and convert all whitespace to spaces 
    496         units = '' 
    497         node_value = node.text 
    498         if node_value == "": 
    499             node_value = None 
    500         if node_value is not None: 
    501             node_value = ' '.join(node_value.split()) 
    502  
    503         # If the value is a float, compile with units. 
    504         if cs_values.ns_datatype == "float": 
    505             # If an empty value is given, set as zero. 
    506             if node_value is None or node_value.isspace() \ 
    507                                     or node_value.lower() == "nan": 
    508                 node_value = "0.0" 
    509             #Convert the value to the base units 
    510             node_value, units = self._unit_conversion(node, \ 
    511                         cs_values.current_level, data1d, tagname, node_value) 
    512  
    513         # If the value is a timestamp, convert to a datetime object 
    514         elif cs_values.ns_datatype == "timestamp": 
    515             if node_value is None or node_value.isspace(): 
    516                 pass 
    517             else: 
    518                 try: 
    519                     node_value = \ 
    520                         datetime.datetime.fromtimestamp(node_value) 
    521                 except ValueError: 
    522                     node_value = None 
    523         return node_value, units 
    524  
    525     def _parse_entry(self, dom, names=None, data1d=None, extras=None): 
    526         """ 
    527         Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of 
    528             the CanSAS data format. This will allow multiple data files 
    529             and extra nodes to be read in simultaneously. 
    530  
    531         :param dom: dom object with a namespace base of names 
    532         :param names: A list of element names that lead up to the dom object 
    533         :param data1d: The data1d object that will be modified 
    534         :param extras: Any values that should go into meta_data when data1d 
    535             is not a Data1D object 
    536         """ 
    537  
    538         if extras is None: 
    539             extras = [] 
    540         if names is None or names == []: 
    541             names = ["SASentry"] 
    542  
    543         data1d = self._check_for_empty_data(data1d) 
    544  
    545         self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \ 
    546                             CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}") 
    547         tagname = '' 
    548         tagname_original = '' 
    549  
    550         # Go through each child in the parent element 
    551         for node in dom: 
    552             try: 
    553                 # Get the element name and set the current names level 
    554                 tagname = node.tag.replace(self.base_ns, "") 
    555                 tagname_original = tagname 
    556                 if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or\ 
    557                     tagname == "invariant": 
    558                     continue 
    559                 names.append(tagname) 
    560                 children = node.getchildren() 
    561                 if len(children) == 0: 
    562                     children = None 
    563                 save_data1d = data1d 
    564  
    565                 # Look for special cases 
    566                 data1d = self._handle_special_cases(tagname, data1d, children) 
    567  
    568                 # Get where to store content 
    569                 cs_values = CONSTANTS.iterate_namespace(names) 
    570                 # If the element is a child element, recurse 
    571                 if children is not None: 
    572                     # Returned value is new Data1D object with all previous and 
    573                     # new values in it. 
    574                     data1d, extras = self._parse_entry(node, 
    575                                                        names, data1d, extras) 
    576  
    577                 #Get the information from the node 
    578                 node_value, _ = self._get_node_value(node, cs_values, \ 
    579                                                             data1d, tagname) 
    580  
    581                 # If appending to a dictionary (meta_data | run_name) 
    582                 # make sure the key is unique 
    583                 if cs_values.ns_variable == "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"": 
    584                     # If we are within a Process, Detector, Collimation or 
    585                     # Aperture instance, pull out old data1d 
    586                     tagname = self._create_unique_key(data1d.meta_data, \ 
    587                                                       tagname, 0) 
    588                     if isinstance(data1d, Data1D) == False: 
    589                         store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \ 
    590                                                             node_value, tagname) 
    591                         extras.append(store_me) 
    592                         cs_values.ns_variable = None 
    593                 if cs_values.ns_variable == "{0}.run_name[\"{2}\"] = \"{1}\"": 
    594                     tagname = self._create_unique_key(data1d.run_name, \ 
    595                                                       tagname, 0) 
    596  
    597                 # Check for Data1D object and any extra commands to save 
    598                 if isinstance(data1d, Data1D): 
    599                     for item in extras: 
    600                         exec item 
    601                 # Don't bother saving empty information unless it is a float 
    602                 if cs_values.ns_variable is not None and \ 
    603                             node_value is not None and \ 
    604                             node_value.isspace() == False: 
    605                     # Format a string and then execute it. 
    606                     store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \ 
    607                                                             node_value, tagname) 
    608                     exec store_me 
    609                 # Get attributes and process them 
    610                 data1d = self._handle_attributes(node, data1d, cs_values, \ 
    611                                                  tagname) 
    612  
    613             except TypeError: 
    614                 pass 
    615             except Exception as excep: 
    616                 exc_type, exc_obj, exc_tb = sys.exc_info() 
    617                 fname = os.path.split(exc_tb.tb_frame.f_code.co_filename)[1] 
    618                 print(excep, exc_type, fname, exc_tb.tb_lineno, \ 
    619                       tagname, exc_obj) 
    620             finally: 
    621                 # Save special cases in original data1d object 
    622                 # then restore the data1d 
    623                 save_data1d = self._restore_original_case(tagname_original, \ 
    624                                                 tagname, save_data1d, data1d) 
    625                 if tagname_original == "fitting_plug_in" or \ 
    626                     tagname_original == "invariant" or \ 
    627                     tagname_original == "pr_inversion": 
    628                     pass 
    629                 else: 
    630                     data1d = save_data1d 
    631                     # Remove tagname from names to restore original base 
    632                     names.remove(tagname_original) 
    633         return data1d, extras 
    634  
    635     def _get_pi_string(self): 
    636         """ 
    637         Creates the processing instructions header for writing to file 
    638         """ 
    639         pis = self.return_processing_instructions() 
    640         if len(pis) > 0: 
    641             pi_tree = self.create_tree(pis[0]) 
    642             i = 1 
    643             for i in range(1, len(pis) - 1): 
    644                 pi_tree = self.append(pis[i], pi_tree) 
    645             pi_string = self.to_string(pi_tree) 
    646         else: 
    647             pi_string = "" 
    648         return pi_string 
    649  
    650     def _create_main_node(self): 
    651         """ 
    652         Creates the primary xml header used when writing to file 
    653         """ 
    654         xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
    655         version = self.cansas_version 
    656         n_s = CANSAS_NS.get(version).get("ns") 
    657         if version == "1.1": 
    658             url = "http://www.cansas.org/formats/1.1/" 
    659         else: 
    660             url = "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/" 
    661         schema_location = "{0} {1}cansas1d.xsd".format(n_s, url) 
    662         attrib = {"{" + xsi + "}schemaLocation" : schema_location, 
    663                   "version" : version} 
    664         nsmap = {'xsi' : xsi, None: n_s} 
    665  
    666         main_node = self.create_element("{" + n_s + "}SASroot", 
    667                                         attrib=attrib, nsmap=nsmap) 
    668         return main_node 
    669  
    670     def _write_run_names(self, datainfo, entry_node): 
    671         """ 
    672         Writes the run names to the XML file 
    673  
    674         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    675         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    676         """ 
    677         if datainfo.run == None or datainfo.run == []: 
    678             datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT) 
    679             datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT 
    680         for item in datainfo.run: 
    681             runname = {} 
    682             if item in datainfo.run_name and \ 
    683             len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
    684                 runname = {'name': datainfo.run_name[item]} 
    685             self.write_node(entry_node, "Run", item, runname) 
    686  
    687     def _write_data(self, datainfo, entry_node): 
    688         """ 
    689         Writes the I and Q data to the XML file 
    690  
    691         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    692         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    693         """ 
    694         node = self.create_element("SASdata") 
    695         self.append(node, entry_node) 
    696  
    697         for i in range(len(datainfo.x)): 
    698             point = self.create_element("Idata") 
    699             node.append(point) 
    700             self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    701                             {'unit': datainfo.x_unit}) 
    702             if len(datainfo.y) >= i: 
    703                 self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    704                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
    705             if datainfo.dy != None and len(datainfo.dy) > i: 
    706                 self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    707                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
    708             if datainfo.dx != None and len(datainfo.dx) > i: 
    709                 self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    710                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
    711             if datainfo.dxw != None and len(datainfo.dxw) > i: 
    712                 self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    713                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
    714             if datainfo.dxl != None and len(datainfo.dxl) > i: 
    715                 self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    716                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
    717  
    718     def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node): 
    719         """ 
    720         Writes the transmission spectrum data to the XML file 
    721  
    722         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    723         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    724         """ 
    725         for i in range(len(datainfo.trans_spectrum)): 
    726             spectrum = datainfo.trans_spectrum[i] 
    727             node = self.create_element("SAStransmission_spectrum", 
    728                                        {"name" : spectrum.name}) 
    729             self.append(node, entry_node) 
    730             if isinstance(spectrum.timestamp, datetime.datetime): 
    731                 node.setAttribute("timestamp", spectrum.timestamp) 
    732             for i in range(len(spectrum.wavelength)): 
    733                 point = self.create_element("Tdata") 
    734                 node.append(point) 
    735                 self.write_node(point, "Lambda", spectrum.wavelength[i], 
    736                                 {'unit': spectrum.wavelength_unit}) 
    737                 self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i], 
    738                                 {'unit': spectrum.transmission_unit}) 
    739                 if spectrum.transmission_deviation != None \ 
    740                 and len(spectrum.transmission_deviation) >= i: 
    741                     self.write_node(point, "Tdev", 
    742                                     spectrum.transmission_deviation[i], 
    743                                     {'unit': 
    744                                      spectrum.transmission_deviation_unit}) 
    745  
    746     def _write_sample_info(self, datainfo, entry_node): 
    747         """ 
    748         Writes the sample information to the XML file 
    749  
    750         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    751         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    752         """ 
    753         sample = self.create_element("SASsample") 
    754         if datainfo.sample.name is not None: 
    755             self.write_attribute(sample, "name", 
    756                                  str(datainfo.sample.name)) 
    757         self.append(sample, entry_node) 
    758         self.write_node(sample, "ID", str(datainfo.sample.ID)) 
    759         self.write_node(sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, 
    760                         {"unit": datainfo.sample.thickness_unit}) 
    761         self.write_node(sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
    762         self.write_node(sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, 
    763                         {"unit": datainfo.sample.temperature_unit}) 
    764  
    765         pos = self.create_element("position") 
    766         written = self.write_node(pos, 
    767                                   "x", 
    768                                   datainfo.sample.position.x, 
    769                                   {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    770         written = written | self.write_node( \ 
    771             pos, "y", datainfo.sample.position.y, 
    772             {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    773         written = written | self.write_node( \ 
    774             pos, "z", datainfo.sample.position.z, 
    775             {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    776         if written == True: 
    777             self.append(pos, sample) 
    778  
    779         ori = self.create_element("orientation") 
    780         written = self.write_node(ori, "roll", 
    781                                   datainfo.sample.orientation.x, 
    782                                   {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    783         written = written | self.write_node( \ 
    784             ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y, 
    785             {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    786         written = written | self.write_node( \ 
    787             ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z, 
    788             {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    789         if written == True: 
    790             self.append(ori, sample) 
    791  
    792         for item in datainfo.sample.details: 
    793             self.write_node(sample, "details", item) 
    794  
    795     def _write_instrument(self, datainfo, entry_node): 
    796         """ 
    797         Writes the instrumental information to the XML file 
    798  
    799         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    800         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    801         """ 
    802         instr = self.create_element("SASinstrument") 
    803         self.append(instr, entry_node) 
    804         self.write_node(instr, "name", datainfo.instrument) 
    805         return instr 
    806  
    807     def _write_source(self, datainfo, instr): 
    808         """ 
    809         Writes the source information to the XML file 
    810  
    811         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    812         :param instr: instrument node  to be appended to 
    813         """ 
    814         source = self.create_element("SASsource") 
    815         if datainfo.source.name is not None: 
    816             self.write_attribute(source, "name", 
    817                                  str(datainfo.source.name)) 
    818         self.append(source, instr) 
    819         if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '': 
    820             datainfo.source.radiation = "neutron" 
    821         self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
    822  
    823         size = self.create_element("beam_size") 
    824         if datainfo.source.beam_size_name is not None: 
    825             self.write_attribute(size, "name", 
    826                                  str(datainfo.source.beam_size_name)) 
    827         written = self.write_node( \ 
    828             size, "x", datainfo.source.beam_size.x, 
    829             {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    830         written = written | self.write_node( \ 
    831             size, "y", datainfo.source.beam_size.y, 
    832             {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    833         written = written | self.write_node( \ 
    834             size, "z", datainfo.source.beam_size.z, 
    835             {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    836         if written == True: 
    837             self.append(size, source) 
    838  
    839         self.write_node(source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
    840         self.write_node(source, "wavelength", 
    841                         datainfo.source.wavelength, 
    842                         {"unit": datainfo.source.wavelength_unit}) 
    843         self.write_node(source, "wavelength_min", 
    844                         datainfo.source.wavelength_min, 
    845                         {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
    846         self.write_node(source, "wavelength_max", 
    847                         datainfo.source.wavelength_max, 
    848                         {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
    849         self.write_node(source, "wavelength_spread", 
    850                         datainfo.source.wavelength_spread, 
    851                         {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
    852  
    853     def _write_collimation(self, datainfo, instr): 
    854         """ 
    855         Writes the collimation information to the XML file 
    856  
    857         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    858         :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to 
    859         """ 
    860         if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None: 
    861             coll = Collimation() 
    862             datainfo.collimation.append(coll) 
    863         for item in datainfo.collimation: 
    864             coll = self.create_element("SAScollimation") 
    865             if item.name is not None: 
    866                 self.write_attribute(coll, "name", str(item.name)) 
    867             self.append(coll, instr) 
    868  
    869             self.write_node(coll, "length", item.length, 
    870                             {"unit": item.length_unit}) 
    871  
    872             for aperture in item.aperture: 
    873                 apert = self.create_element("aperture") 
    874                 if aperture.name is not None: 
    875                     self.write_attribute(apert, "name", str(aperture.name)) 
    876                 if aperture.type is not None: 
    877                     self.write_attribute(apert, "type", str(aperture.type)) 
    878                 self.append(apert, coll) 
    879  
    880                 size = self.create_element("size") 
    881                 if aperture.size_name is not None: 
    882                     self.write_attribute(size, "name", 
    883                                          str(aperture.size_name)) 
    884                 written = self.write_node(size, "x", aperture.size.x, 
    885                                           {"unit": aperture.size_unit}) 
    886                 written = written | self.write_node( \ 
    887                     size, "y", aperture.size.y, 
    888                     {"unit": aperture.size_unit}) 
    889                 written = written | self.write_node( \ 
    890                     size, "z", aperture.size.z, 
    891                     {"unit": aperture.size_unit}) 
    892                 if written == True: 
    893                     self.append(size, apert) 
    894  
    895                 self.write_node(apert, "distance", aperture.distance, 
    896                                 {"unit": aperture.distance_unit}) 
    897  
    898     def _write_detectors(self, datainfo, instr): 
    899         """ 
    900         Writes the detector information to the XML file 
    901  
    902         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    903         :param inst: lxml instrument node to be appended to 
    904         """ 
    905         if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []: 
    906             det = Detector() 
    907             det.name = "" 
    908             datainfo.detector.append(det) 
    909  
    910         for item in datainfo.detector: 
    911             det = self.create_element("SASdetector") 
    912             written = self.write_node(det, "name", item.name) 
    913             written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance, 
    914                                                 {"unit": item.distance_unit}) 
    915             if written == True: 
    916                 self.append(det, instr) 
    917  
    918             off = self.create_element("offset") 
    919             written = self.write_node(off, "x", item.offset.x, 
    920                                       {"unit": item.offset_unit}) 
    921             written = written | self.write_node(off, "y", item.offset.y, 
    922                                                 {"unit": item.offset_unit}) 
    923             written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z, 
    924                                                 {"unit": item.offset_unit}) 
    925             if written == True: 
    926                 self.append(off, det) 
    927  
    928             ori = self.create_element("orientation") 
    929             written = self.write_node(ori, "roll", item.orientation.x, 
    930                                       {"unit": item.orientation_unit}) 
    931             written = written | self.write_node(ori, "pitch", 
    932                                                 item.orientation.y, 
    933                                                 {"unit": item.orientation_unit}) 
    934             written = written | self.write_node(ori, "yaw", 
    935                                                 item.orientation.z, 
    936                                                 {"unit": item.orientation_unit}) 
    937             if written == True: 
    938                 self.append(ori, det) 
    939  
    940             center = self.create_element("beam_center") 
    941             written = self.write_node(center, "x", item.beam_center.x, 
    942                                       {"unit": item.beam_center_unit}) 
    943             written = written | self.write_node(center, "y", 
    944                                                 item.beam_center.y, 
    945                                                 {"unit": item.beam_center_unit}) 
    946             written = written | self.write_node(center, "z", 
    947                                                 item.beam_center.z, 
    948                                                 {"unit": item.beam_center_unit}) 
    949             if written == True: 
    950                 self.append(center, det) 
    951  
    952             pix = self.create_element("pixel_size") 
    953             written = self.write_node(pix, "x", item.pixel_size.x, 
    954                                       {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    955             written = written | self.write_node(pix, "y", item.pixel_size.y, 
    956                                                 {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    957             written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z, 
    958                                                 {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    959             if written == True: 
    960                 self.append(pix, det) 
    961             self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length, 
    962                 {"unit": item.slit_length_unit}) 
    963  
    964  
    965     def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node): 
    966         """ 
    967         Writes the process notes to the XML file 
    968  
    969         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    970         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    971  
    972         """ 
    973         for item in datainfo.process: 
    974             node = self.create_element("SASprocess") 
    975             self.append(node, entry_node) 
    976             self.write_node(node, "name", item.name) 
    977             self.write_node(node, "date", item.date) 
    978             self.write_node(node, "description", item.description) 
    979             for term in item.term: 
    980                 value = term['value'] 
    981                 del term['value'] 
    982                 self.write_node(node, "term", value, term) 
    983             for note in item.notes: 
    984                 self.write_node(node, "SASprocessnote", note) 
    985             if len(item.notes) == 0: 
    986                 self.write_node(node, "SASprocessnote", "") 
    987  
    988     def _write_notes(self, datainfo, entry_node): 
    989         """ 
    990         Writes the notes to the XML file and creates an empty note if none 
    991         exist 
    992  
    993         :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    994         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    995  
    996         """ 
    997         if len(datainfo.notes) == 0: 
    998             node = self.create_element("SASnote") 
    999             self.append(node, entry_node) 
    1000         else: 
    1001             for item in datainfo.notes: 
    1002                 node = self.create_element("SASnote") 
    1003                 self.write_text(node, item) 
    1004                 self.append(node, entry_node) 
    1005  
    1006     def _check_origin(self, entry_node, doc, frm): 
    1007         """ 
    1008         Return the document, and the SASentry node associated with 
    1009         the data we just wrote. 
    1010         If the calling function was not the cansas reader, return a minidom 
    1011         object rather than an lxml object. 
    1012  
    1013         :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    1014         :param doc: entire xml tree 
    1015         """ 
    1016         if not frm: 
    1017             frm = inspect.stack()[1] 
    1018         mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
    1019         mod_name = mod_name.replace(".py", "") 
    1020         mod = mod_name.split("sas/") 
    1021         mod_name = mod[1] 
    1022         if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader": 
    1023             string = self.to_string(doc, pretty_print=False) 
    1024             doc = parseString(string) 
    1025             node_name = entry_node.tag 
    1026             node_list = doc.getElementsByTagName(node_name) 
    1027             entry_node = node_list.item(0) 
    1028         return doc, entry_node 
     730        if self.current_dataset.dxl is not None: 
     731            dql_exists = True 
     732        if self.current_dataset.dxw is not None: 
     733            dqw_exists = True 
     734        if self.current_dataset.dx is not None: 
     735            dq_exists = True 
     736        if self.current_dataset.dy is not None: 
     737            di_exists = True 
     738        if dqw_exists and not dql_exists: 
     739            array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
     740            self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, np.zeros([array_size])) 
     741        elif dql_exists and not dqw_exists: 
     742            array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
     743            self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, np.zeros([array_size])) 
     744        elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
     745            array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
     746            self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, np.zeros([array_size])) 
     747        if not di_exists: 
     748            array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
     749            self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, np.zeros([array_size])) 
     750 
     751 
     752    ####### All methods below are for writing CanSAS XML files ####### 
     753 
     754 
     755    def write(self, filename, datainfo): 
     756        """ 
     757        Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file 
     758 
     759        :param filename: name of the file to write 
     760        :param datainfo: Data1D object 
     761        """ 
     762        # Create XML document 
     763        doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo) 
     764        # Write the file 
     765        file_ref = open(filename, 'w') 
     766        if self.encoding == None: 
     767            self.encoding = "UTF-8" 
     768        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding, 
     769                  pretty_print=True, xml_declaration=True) 
     770        file_ref.close() 
    1029771 
    1030772    def _to_xml_doc(self, datainfo): 
     
    1095837        return False 
    1096838 
    1097     def write(self, filename, datainfo): 
    1098         """ 
    1099         Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file 
    1100  
    1101         :param filename: name of the file to write 
    1102         :param datainfo: Data1D object 
    1103         """ 
    1104         # Create XML document 
    1105         doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo) 
    1106         # Write the file 
    1107         file_ref = open(filename, 'w') 
    1108         if self.encoding == None: 
    1109             self.encoding = "UTF-8" 
    1110         doc.write(file_ref, encoding=self.encoding, 
    1111                   pretty_print=True, xml_declaration=True) 
    1112         file_ref.close() 
     839    def _get_pi_string(self): 
     840        """ 
     841        Creates the processing instructions header for writing to file 
     842        """ 
     843        pis = self.return_processing_instructions() 
     844        if len(pis) > 0: 
     845            pi_tree = self.create_tree(pis[0]) 
     846            i = 1 
     847            for i in range(1, len(pis) - 1): 
     848                pi_tree = self.append(pis[i], pi_tree) 
     849            pi_string = self.to_string(pi_tree) 
     850        else: 
     851            pi_string = "" 
     852        return pi_string 
     853 
     854    def _create_main_node(self): 
     855        """ 
     856        Creates the primary xml header used when writing to file 
     857        """ 
     858        xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
     859        version = self.cansas_version 
     860        n_s = CANSAS_NS.get(version).get("ns") 
     861        if version == "1.1": 
     862            url = "http://www.cansas.org/formats/1.1/" 
     863        else: 
     864            url = "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/" 
     865        schema_location = "{0} {1}cansas1d.xsd".format(n_s, url) 
     866        attrib = {"{" + xsi + "}schemaLocation" : schema_location, 
     867                  "version" : version} 
     868        nsmap = {'xsi' : xsi, None: n_s} 
     869 
     870        main_node = self.create_element("{" + n_s + "}SASroot", 
     871                                        attrib=attrib, nsmap=nsmap) 
     872        return main_node 
     873 
     874    def _write_run_names(self, datainfo, entry_node): 
     875        """ 
     876        Writes the run names to the XML file 
     877 
     878        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     879        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     880        """ 
     881        if datainfo.run == None or datainfo.run == []: 
     882            datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT) 
     883            datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT 
     884        for item in datainfo.run: 
     885            runname = {} 
     886            if item in datainfo.run_name and \ 
     887            len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
     888                runname = {'name': datainfo.run_name[item]} 
     889            self.write_node(entry_node, "Run", item, runname) 
     890 
     891    def _write_data(self, datainfo, entry_node): 
     892        """ 
     893        Writes the I and Q data to the XML file 
     894 
     895        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     896        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     897        """ 
     898        node = self.create_element("SASdata") 
     899        self.append(node, entry_node) 
     900 
     901        for i in range(len(datainfo.x)): 
     902            point = self.create_element("Idata") 
     903            node.append(point) 
     904            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
     905                            {'unit': datainfo.x_unit}) 
     906            if len(datainfo.y) >= i: 
     907                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
     908                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
     909            if datainfo.dy != None and len(datainfo.dy) > i: 
     910                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
     911                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
     912            if datainfo.dx != None and len(datainfo.dx) > i: 
     913                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
     914                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
     915            if datainfo.dxw != None and len(datainfo.dxw) > i: 
     916                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
     917                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
     918            if datainfo.dxl != None and len(datainfo.dxl) > i: 
     919                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
     920                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
     921 
     922    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node): 
     923        """ 
     924        Writes the transmission spectrum data to the XML file 
     925 
     926        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     927        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     928        """ 
     929        for i in range(len(datainfo.trans_spectrum)): 
     930            spectrum = datainfo.trans_spectrum[i] 
     931            node = self.create_element("SAStransmission_spectrum", 
     932                                       {"name" : spectrum.name}) 
     933            self.append(node, entry_node) 
     934            if isinstance(spectrum.timestamp, datetime.datetime): 
     935                node.setAttribute("timestamp", spectrum.timestamp) 
     936            for i in range(len(spectrum.wavelength)): 
     937                point = self.create_element("Tdata") 
     938                node.append(point) 
     939                self.write_node(point, "Lambda", spectrum.wavelength[i], 
     940                                {'unit': spectrum.wavelength_unit}) 
     941                self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i], 
     942                                {'unit': spectrum.transmission_unit}) 
     943                if spectrum.transmission_deviation != None \ 
     944                and len(spectrum.transmission_deviation) >= i: 
     945                    self.write_node(point, "Tdev", 
     946                                    spectrum.transmission_deviation[i], 
     947                                    {'unit': 
     948                                     spectrum.transmission_deviation_unit}) 
     949 
     950    def _write_sample_info(self, datainfo, entry_node): 
     951        """ 
     952        Writes the sample information to the XML file 
     953 
     954        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     955        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     956        """ 
     957        sample = self.create_element("SASsample") 
     958        if datainfo.sample.name is not None: 
     959            self.write_attribute(sample, "name", 
     960                                 str(datainfo.sample.name)) 
     961        self.append(sample, entry_node) 
     962        self.write_node(sample, "ID", str(datainfo.sample.ID)) 
     963        self.write_node(sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, 
     964                        {"unit": datainfo.sample.thickness_unit}) 
     965        self.write_node(sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
     966        self.write_node(sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, 
     967                        {"unit": datainfo.sample.temperature_unit}) 
     968 
     969        pos = self.create_element("position") 
     970        written = self.write_node(pos, 
     971                                  "x", 
     972                                  datainfo.sample.position.x, 
     973                                  {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
     974        written = written | self.write_node( \ 
     975            pos, "y", datainfo.sample.position.y, 
     976            {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
     977        written = written | self.write_node( \ 
     978            pos, "z", datainfo.sample.position.z, 
     979            {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
     980        if written == True: 
     981            self.append(pos, sample) 
     982 
     983        ori = self.create_element("orientation") 
     984        written = self.write_node(ori, "roll", 
     985                                  datainfo.sample.orientation.x, 
     986                                  {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
     987        written = written | self.write_node( \ 
     988            ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y, 
     989            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
     990        written = written | self.write_node( \ 
     991            ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z, 
     992            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
     993        if written == True: 
     994            self.append(ori, sample) 
     995 
     996        for item in datainfo.sample.details: 
     997            self.write_node(sample, "details", item) 
     998 
     999    def _write_instrument(self, datainfo, entry_node): 
     1000        """ 
     1001        Writes the instrumental information to the XML file 
     1002 
     1003        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1004        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1005        """ 
     1006        instr = self.create_element("SASinstrument") 
     1007        self.append(instr, entry_node) 
     1008        self.write_node(instr, "name", datainfo.instrument) 
     1009        return instr 
     1010 
     1011    def _write_source(self, datainfo, instr): 
     1012        """ 
     1013        Writes the source information to the XML file 
     1014 
     1015        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1016        :param instr: instrument node  to be appended to 
     1017        """ 
     1018        source = self.create_element("SASsource") 
     1019        if datainfo.source.name is not None: 
     1020            self.write_attribute(source, "name", 
     1021                                 str(datainfo.source.name)) 
     1022        self.append(source, instr) 
     1023        if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '': 
     1024            datainfo.source.radiation = "neutron" 
     1025        self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
     1026 
     1027        size = self.create_element("beam_size") 
     1028        if datainfo.source.beam_size_name is not None: 
     1029            self.write_attribute(size, "name", 
     1030                                 str(datainfo.source.beam_size_name)) 
     1031        written = self.write_node( \ 
     1032            size, "x", datainfo.source.beam_size.x, 
     1033            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
     1034        written = written | self.write_node( \ 
     1035            size, "y", datainfo.source.beam_size.y, 
     1036            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
     1037        written = written | self.write_node( \ 
     1038            size, "z", datainfo.source.beam_size.z, 
     1039            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
     1040        if written == True: 
     1041            self.append(size, source) 
     1042 
     1043        self.write_node(source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
     1044        self.write_node(source, "wavelength", 
     1045                        datainfo.source.wavelength, 
     1046                        {"unit": datainfo.source.wavelength_unit}) 
     1047        self.write_node(source, "wavelength_min", 
     1048                        datainfo.source.wavelength_min, 
     1049                        {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
     1050        self.write_node(source, "wavelength_max", 
     1051                        datainfo.source.wavelength_max, 
     1052                        {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
     1053        self.write_node(source, "wavelength_spread", 
     1054                        datainfo.source.wavelength_spread, 
     1055                        {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
     1056 
     1057    def _write_collimation(self, datainfo, instr): 
     1058        """ 
     1059        Writes the collimation information to the XML file 
     1060 
     1061        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1062        :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1063        """ 
     1064        if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None: 
     1065            coll = Collimation() 
     1066            datainfo.collimation.append(coll) 
     1067        for item in datainfo.collimation: 
     1068            coll = self.create_element("SAScollimation") 
     1069            if item.name is not None: 
     1070                self.write_attribute(coll, "name", str(item.name)) 
     1071            self.append(coll, instr) 
     1072 
     1073            self.write_node(coll, "length", item.length, 
     1074                            {"unit": item.length_unit}) 
     1075 
     1076            for aperture in item.aperture: 
     1077                apert = self.create_element("aperture") 
     1078                if aperture.name is not None: 
     1079                    self.write_attribute(apert, "name", str(aperture.name)) 
     1080                if aperture.type is not None: 
     1081                    self.write_attribute(apert, "type", str(aperture.type)) 
     1082                self.append(apert, coll) 
     1083 
     1084                size = self.create_element("size") 
     1085                if aperture.size_name is not None: 
     1086                    self.write_attribute(size, "name", 
     1087                                         str(aperture.size_name)) 
     1088                written = self.write_node(size, "x", aperture.size.x, 
     1089                                          {"unit": aperture.size_unit}) 
     1090                written = written | self.write_node( \ 
     1091                    size, "y", aperture.size.y, 
     1092                    {"unit": aperture.size_unit}) 
     1093                written = written | self.write_node( \ 
     1094                    size, "z", aperture.size.z, 
     1095                    {"unit": aperture.size_unit}) 
     1096                if written == True: 
     1097                    self.append(size, apert) 
     1098 
     1099                self.write_node(apert, "distance", aperture.distance, 
     1100                                {"unit": aperture.distance_unit}) 
     1101 
     1102    def _write_detectors(self, datainfo, instr): 
     1103        """ 
     1104        Writes the detector information to the XML file 
     1105 
     1106        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1107        :param inst: lxml instrument node to be appended to 
     1108        """ 
     1109        if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []: 
     1110            det = Detector() 
     1111            det.name = "" 
     1112            datainfo.detector.append(det) 
     1113 
     1114        for item in datainfo.detector: 
     1115            det = self.create_element("SASdetector") 
     1116            written = self.write_node(det, "name", item.name) 
     1117            written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance, 
     1118                                                {"unit": item.distance_unit}) 
     1119            if written == True: 
     1120                self.append(det, instr) 
     1121 
     1122            off = self.create_element("offset") 
     1123            written = self.write_node(off, "x", item.offset.x, 
     1124                                      {"unit": item.offset_unit}) 
     1125            written = written | self.write_node(off, "y", item.offset.y, 
     1126                                                {"unit": item.offset_unit}) 
     1127            written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z, 
     1128                                                {"unit": item.offset_unit}) 
     1129            if written == True: 
     1130                self.append(off, det) 
     1131 
     1132            ori = self.create_element("orientation") 
     1133            written = self.write_node(ori, "roll", item.orientation.x, 
     1134                                      {"unit": item.orientation_unit}) 
     1135            written = written | self.write_node(ori, "pitch", 
     1136                                                item.orientation.y, 
     1137                                                {"unit": item.orientation_unit}) 
     1138            written = written | self.write_node(ori, "yaw", 
     1139                                                item.orientation.z, 
     1140                                                {"unit": item.orientation_unit}) 
     1141            if written == True: 
     1142                self.append(ori, det) 
     1143 
     1144            center = self.create_element("beam_center") 
     1145            written = self.write_node(center, "x", item.beam_center.x, 
     1146                                      {"unit": item.beam_center_unit}) 
     1147            written = written | self.write_node(center, "y", 
     1148                                                item.beam_center.y, 
     1149                                                {"unit": item.beam_center_unit}) 
     1150            written = written | self.write_node(center, "z", 
     1151                                                item.beam_center.z, 
     1152                                                {"unit": item.beam_center_unit}) 
     1153            if written == True: 
     1154                self.append(center, det) 
     1155 
     1156            pix = self.create_element("pixel_size") 
     1157            written = self.write_node(pix, "x", item.pixel_size.x, 
     1158                                      {"unit": item.pixel_size_unit}) 
     1159            written = written | self.write_node(pix, "y", item.pixel_size.y, 
     1160                                                {"unit": item.pixel_size_unit}) 
     1161            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z, 
     1162                                                {"unit": item.pixel_size_unit}) 
     1163            if written == True: 
     1164                self.append(pix, det) 
     1165            self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length, 
     1166                {"unit": item.slit_length_unit}) 
     1167 
     1168 
     1169    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node): 
     1170        """ 
     1171        Writes the process notes to the XML file 
     1172 
     1173        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1174        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1175 
     1176        """ 
     1177        for item in datainfo.process: 
     1178            node = self.create_element("SASprocess") 
     1179            self.append(node, entry_node) 
     1180            self.write_node(node, "name", item.name) 
     1181            self.write_node(node, "date", item.date) 
     1182            self.write_node(node, "description", item.description) 
     1183            for term in item.term: 
     1184                if isinstance(term, list): 
     1185                    value = term['value'] 
     1186                    del term['value'] 
     1187                else: 
     1188                    value = term 
     1189                self.write_node(node, "term", value, term) 
     1190            for note in item.notes: 
     1191                self.write_node(node, "SASprocessnote", note) 
     1192            if len(item.notes) == 0: 
     1193                self.write_node(node, "SASprocessnote", "") 
     1194 
     1195    def _write_notes(self, datainfo, entry_node): 
     1196        """ 
     1197        Writes the notes to the XML file and creates an empty note if none 
     1198        exist 
     1199 
     1200        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
     1201        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1202 
     1203        """ 
     1204        if len(datainfo.notes) == 0: 
     1205            node = self.create_element("SASnote") 
     1206            self.append(node, entry_node) 
     1207        else: 
     1208            for item in datainfo.notes: 
     1209                node = self.create_element("SASnote") 
     1210                self.write_text(node, item) 
     1211                self.append(node, entry_node) 
     1212 
     1213    def _check_origin(self, entry_node, doc, frm): 
     1214        """ 
     1215        Return the document, and the SASentry node associated with 
     1216        the data we just wrote. 
     1217        If the calling function was not the cansas reader, return a minidom 
     1218        object rather than an lxml object. 
     1219 
     1220        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1221        :param doc: entire xml tree 
     1222        """ 
     1223        if not frm: 
     1224            frm = inspect.stack()[1] 
     1225        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
     1226        mod_name = mod_name.replace(".py", "") 
     1227        mod = mod_name.split("sas/") 
     1228        mod_name = mod[1] 
     1229        if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader": 
     1230            string = self.to_string(doc, pretty_print=False) 
     1231            doc = parseString(string) 
     1232            node_name = entry_node.tag 
     1233            node_list = doc.getElementsByTagName(node_name) 
     1234            entry_node = node_list.item(0) 
     1235        return doc, entry_node 
    11131236 
    11141237    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states. 
     
    11951318        if entry is not None and entry.text is not None: 
    11961319            exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable 
     1320 
     1321 
     1322# DO NOT REMOVE Called by outside packages: 
     1323#    sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_state 
     1324#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate 
     1325def get_content(location, node): 
     1326    """ 
     1327    Get the first instance of the content of a xpath location. 
     1328 
     1329    :param location: xpath location 
     1330    :param node: node to start at 
     1331 
     1332    :return: Element, or None 
     1333    """ 
     1334    nodes = node.xpath(location, 
     1335                       namespaces={'ns': CANSAS_NS.get("1.0").get("ns")}) 
     1336    if len(nodes) > 0: 
     1337        return nodes[0] 
     1338    else: 
     1339        return None 
     1340 
     1341# DO NOT REMOVE Called by outside packages: 
     1342#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate 
     1343def write_node(doc, parent, name, value, attr=None): 
     1344    """ 
     1345    :param doc: document DOM 
     1346    :param parent: parent node 
     1347    :param name: tag of the element 
     1348    :param value: value of the child text node 
     1349    :param attr: attribute dictionary 
     1350 
     1351    :return: True if something was appended, otherwise False 
     1352    """ 
     1353    if attr is None: 
     1354        attr = {} 
     1355    if value is not None: 
     1356        node = doc.createElement(name) 
     1357        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value))) 
     1358        for item in attr: 
     1359            node.setAttribute(item, attr[item]) 
     1360        parent.appendChild(node) 
     1361        return True 
     1362    return False 
  • src/sas/sasgui/guiframe/media/graph_help.rst

    r318427a9 re68c9bf  
    2020^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    2121 
    22 To invoke the *Graph Menu* simply right-click on a data/theory plot, or click  
    23 the *Graph Menu* (bullet list) icon in the toolbar at the bottom of the plot.  
     22To invoke the *Graph Menu* simply right-click on a data/theory plot, or click 
     23the *Graph Menu* (bullet list) icon in the toolbar at the bottom of the plot. 
    2424Then select a menu item. 
    2525 
     
    2727^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    2828 
    29 To expand a plot window, click the *Maximise* (square) icon in the top-right  
     29To expand a plot window, click the *Maximise* (square) icon in the top-right 
    3030corner. 
    3131 
    32 To shrink a plot window, click the *Restore down* (square-on-square) icon in  
     32To shrink a plot window, click the *Restore down* (square-on-square) icon in 
    3333the top-right corner. 
    3434 
    35 To hide a plot, click the *Minimise* (-) icon in the top-right corner of the  
     35To hide a plot, click the *Minimise* (-) icon in the top-right corner of the 
    3636plot window. 
    3737 
    38 To show a hidden plot, select the *Restore up* (square-on-square) icon on the  
     38To show a hidden plot, select the *Restore up* (square-on-square) icon on the 
    3939minimised window. 
    4040 
    41 To delete a plot, click the *Close* (x) icon in the top-right corner of the  
     41To delete a plot, click the *Close* (x) icon in the top-right corner of the 
    4242plot window. 
    4343 
    44 *NOTE! If a residuals graph (when fitting data) is hidden, it will not show up  
     44*NOTE! If a residuals graph (when fitting data) is hidden, it will not show up 
    4545after computation.* 
    4646 
     
    4848^^^^^^^^^^^^^^^ 
    4949 
    50 Select the *Pan* (crossed arrows) icon in the toolbar at the bottom of the plot  
    51 to activate this option. Move the mouse pointer to the plot. It will change to  
    52 a hand. Then left-click and drag the plot around. The axis values will adjust  
     50Select the *Pan* (crossed arrows) icon in the toolbar at the bottom of the plot 
     51to activate this option. Move the mouse pointer to the plot. It will change to 
     52a hand. Then left-click and drag the plot around. The axis values will adjust 
    5353accordingly. 
    54   
     54 
    5555To disable dragging mode, unselect the *crossed arrows* icon on the toolbar. 
    5656 
     
    5858^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    5959 
    60 Select the *Zoom* (magnifying glass) button in the toolbar at the bottom of  
    61 the plot to activate this option. Move the mouse pointer to the plot. It will  
    62 change to a cross-hair. Then left-click and drag the pointer around to generate  
     60Select the *Zoom* (magnifying glass) button in the toolbar at the bottom of 
     61the plot to activate this option. Move the mouse pointer to the plot. It will 
     62change to a cross-hair. Then left-click and drag the pointer around to generate 
    6363a region of interest. Release the mouse button to generate the new view. 
    6464 
    6565To disable zoom mode, unselect the *Zoom* button on the toolbar. 
    6666 
    67 After zooming in on a a region, the *left arrow* or *right arrow* buttons on  
     67After zooming in on a a region, the *left arrow* or *right arrow* buttons on 
    6868the toolbar will switch between recent views. 
    6969 
    70 *NOTE! If a wheel mouse is available scrolling the wheel will zoom in/out  
    71 on the current plot (changing both axes). Alternatively, point at the numbers  
     70*NOTE! If a wheel mouse is available scrolling the wheel will zoom in/out 
     71on the current plot (changing both axes). Alternatively, point at the numbers 
    7272on one axis and scroll the wheel to zoom in/out on just that axis.* 
    7373 
    74 To return to the original view of the data, click the the *Reset* (home) icon  
     74To return to the original view of the data, click the the *Reset* (home) icon 
    7575in the toolbar at the bottom of the plot (see Resetting_the_graph_ for further details). 
    7676 
     
    7878^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    7979 
    80 To save the current plot as an image file, right click on the plot to bring up  
     80To save the current plot as an image file, right click on the plot to bring up 
    8181the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) and select *Save Image*. 
    82 Alternatively, click on the *Save* (floppy disk) icon in the toolbar at the  
     82Alternatively, click on the *Save* (floppy disk) icon in the toolbar at the 
    8383bottom of the plot. 
    84   
    85 A dialog window will open. Select a folder, enter a filename, choose an output  
     84 
     85A dialog window will open. Select a folder, enter a filename, choose an output 
    8686image type, and click *Save*. 
    8787 
     
    9898*  TIF/TIFF (tagged iamge file) 
    9999 
    100 The PGF image type option requires a LaTeX compiler: xelatex (default),  
    101 lualatex, or pdflatex. These are not shipped with SasView. 
    102  
    103100Printing a plot 
    104101^^^^^^^^^^^^^^^ 
    105102 
    106 To send the current plot to a printer, click on the *Print* (printer) icon in  
     103To send the current plot to a printer, click on the *Print* (printer) icon in 
    107104the toolbar at the bottom of the plot. 
    108105 
     
    112109^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    113110 
    114 To reset the axis range of a graph to its initial values select *Reset Graph  
     111To reset the axis range of a graph to its initial values select *Reset Graph 
    115112Range* on the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_). Alternatively, use 
    116113the *Reset* (home) icon in the toolbar at the bottom of the plot. 
     
    136133 
    137134From the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) select *Change Scale*. A 
    138 dialog window will appear in which it is possible to choose different  
     135dialog window will appear in which it is possible to choose different 
    139136transformations of the x (usually Q) or y (usually I(Q)) axes, including: 
    140137 
     
    142139*  y, 1/y, ln(y), y^2, y.(x^4), 1/sqrt(y), 
    143140*  log10(y), ln(y.x), ln(y.x^2), ln(y.x^4), log10(y.x^4) 
    144   
     141 
    145142A *View* option includes short-cuts to common SAS transformations, such as: 
    146143 
     
    151148*  Kratky 
    152149 
    153 For properly corrected and scaled data, these SAS transformations can be used  
    154 to estimate, for example, Rg, rod diameter, or SANS incoherent background  
     150For properly corrected and scaled data, these SAS transformations can be used 
     151to estimate, for example, Rg, rod diameter, or SANS incoherent background 
    155152levels, via a linear fit (see Making_a_linear_fit_). 
    156153 
     
    161158 
    162159From the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) select *Toggle Linear/Log 
    163 Scale* to switch between a linear to log intensity scale. The type of scale  
     160Scale* to switch between a linear to log intensity scale. The type of scale 
    164161selected is written alongside the colour scale. 
    165162 
     
    170167 
    171168From the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) select *2D Color Map* to 
    172 choose a different color scale for the image and/or change the maximum or  
     169choose a different color scale for the image and/or change the maximum or 
    173170minimum limits of the scale. 
    174171 
     
    176173^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    177174 
    178 Clicking anywhere in the plot window will cause the current coordinates to be  
     175Clicking anywhere in the plot window will cause the current coordinates to be 
    179176displayed in the status bar at the very bottom-left of the SasView window. 
    180   
     177 
    181178.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    182179 
     
    196193 
    197194In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), highlight a data set 
    198 and select *DataInfo* to bring up a data information dialog panel for that  
     195and select *DataInfo* to bring up a data information dialog panel for that 
    199196data set. 
    200197 
     
    203200 
    204201In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), select *Save Points as 
    205 a File* (if 1D data) or *Save as a file(DAT)* (if 2D data). A save dialog will  
     202a File* (if 1D data) or *Save as a file(DAT)* (if 2D data). A save dialog will 
    206203appear. 
    207204 
    208 1D data can be saved in either ASCII text (.TXT) or CanSAS/SASXML (.XML)  
     2051D data can be saved in either ASCII text (.TXT) or CanSAS/SASXML (.XML) 
    209206formats (see :ref:`Formats`). 
    210207 
     
    219216 
    220217In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), select *Linear Fit*. A 
    221 fitting dialog will appear. Set some initial parameters and data limits and  
    222 click *Fit*. The fitted parameter values are displayed and the resulting line  
    223 calculated from them is added to the plot.  
     218fitting dialog will appear. Set some initial parameters and data limits and 
     219click *Fit*. The fitted parameter values are displayed and the resulting line 
     220calculated from them is added to the plot. 
    224221 
    225222This option is most useful for performing simple Guinier, XS Guinier, and 
    226 Porod type analyses, for example, to estimate Rg, a rod diameter, or incoherent  
     223Porod type analyses, for example, to estimate Rg, a rod diameter, or incoherent 
    227224background level, respectively. 
    228225 
     
    243240 
    244241In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), select *Show Error Bar* 
    245 or *Hide Error Bar* to switch between showing/hiding the errors associated  
    246 with the chosen dataset.  
     242or *Hide Error Bar* to switch between showing/hiding the errors associated 
     243with the chosen dataset. 
    247244 
    248245Modify plot properties 
     
    250247 
    251248In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), select *Modify Plot 
    252 Property* to change the size, color, or shape of the displayed marker for the  
     249Property* to change the size, color, or shape of the displayed marker for the 
    253250chosen dataset, or to change the dataset label that appears on the plot. 
    254251 
     
    263260This feature is only available with 2D data. 
    264261 
    265 2D data averaging allows you to perform different types of averages on your  
    266 data. The region to be averaged is displayed in the plot window and its limits  
     2622D data averaging allows you to perform different types of averages on your 
     263data. The region to be averaged is displayed in the plot window and its limits 
    267264can be modified by dragging the boundaries around. 
    268265 
     
    280277*  Box averaging on Qy 
    281278 
    282 A 'slicer' will appear (except for *Perform Circular Average*) in the plot that  
    283 you can drag by clicking on a slicer's handle. When the handle is highlighted  
     279A 'slicer' will appear (except for *Perform Circular Average*) in the plot that 
     280you can drag by clicking on a slicer's handle. When the handle is highlighted 
    284281in red, it means that the slicer can move/change size. 
    285282 
    286 *NOTE! The slicer size will reset if you try to select a region greater than  
     283*NOTE! The slicer size will reset if you try to select a region greater than 
    287284the size of the data.* 
    288285 
    289 Alternatively, once a 'slicer' is active you can also select the region to  
    290 average by bringing back the *Dataset Menu* and selecting *Edit Slicer  
    291 Parameters*. A dialog window will appear in which you can enter values to  
     286Alternatively, once a 'slicer' is active you can also select the region to 
     287average by bringing back the *Dataset Menu* and selecting *Edit Slicer 
     288Parameters*. A dialog window will appear in which you can enter values to 
    292289define a region or select the number of points to plot (*nbins*). 
    293290 
    294 A separate plot window will also have appeared, displaying the requested  
     291A separate plot window will also have appeared, displaying the requested 
    295292average. 
    296293 
    297 *NOTE! The displayed average only updates when input focus is moved back to  
     294*NOTE! The displayed average only updates when input focus is moved back to 
    298295that window; ie, when the mouse pointer is moved onto that plot.* 
    299296 
    300 Selecting *Box Sum* automatically brings up the 'Slicer Parameters' dialog in  
     297Selecting *Box Sum* automatically brings up the 'Slicer Parameters' dialog in 
    301298order to display the average numerically, rather than graphically. 
    302299 
     
    306303^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    307304 
    308 This operation will perform an average in constant Q-rings around the (x,y)  
     305This operation will perform an average in constant Q-rings around the (x,y) 
    309306pixel location of the beam center. 
    310307 
     
    312309^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    313310 
    314 This operation is the same as 'Unmasked Circular Average' except that any  
     311This operation is the same as 'Unmasked Circular Average' except that any 
    315312masked region is excluded. 
    316313 
     
    320317This operation averages in constant Q-arcs. 
    321318 
    322 The width of the sector is specified in degrees (+/- |delta|\|phi|\) each side  
     319The width of the sector is specified in degrees (+/- |delta|\|phi|\) each side 
    323320of the central angle (|phi|\). 
    324321 
     
    326323^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    327324 
    328 This operation performs an average between two Q-values centered on (0,0),  
     325This operation performs an average between two Q-values centered on (0,0), 
    329326and averaged over a specified number of pixels. 
    330327 
    331 The data is returned as a function of angle (|phi|\) in degrees with zero  
     328The data is returned as a function of angle (|phi|\) in degrees with zero 
    332329degrees at the 3 O'clock position. 
    333330 
     
    337334This operation performs a sum of counts in a 2D region of interest. 
    338335 
    339 When editing the slicer parameters, the user can enter the length and the width  
     336When editing the slicer parameters, the user can enter the length and the width 
    340337the rectangular slicer and the coordinates of the center of the rectangle. 
    341338 
     
    345342This operation computes an average I(Qx) for the region of interest. 
    346343 
    347 When editing the slicer parameters, the user can control the length and the  
    348 width the rectangular slicer. The averaged output is calculated from constant  
    349 bins with rectangular shape. The resultant Q values are nominal values, that  
     344When editing the slicer parameters, the user can control the length and the 
     345width the rectangular slicer. The averaged output is calculated from constant 
     346bins with rectangular shape. The resultant Q values are nominal values, that 
    350347is, the central value of each bin on the x-axis. 
    351348 
     
    355352This operation computes an average I(Qy) for the region of interest. 
    356353 
    357 When editing the slicer parameters, the user can control the length and the  
    358 width the rectangular slicer. The averaged output is calculated from constant  
    359 bins with rectangular shape. The resultant Q values are nominal values, that  
     354When editing the slicer parameters, the user can control the length and the 
     355width the rectangular slicer. The averaged output is calculated from constant 
     356bins with rectangular shape. The resultant Q values are nominal values, that 
    360357is, the central value of each bin on the x-axis. 
    361358 
  • test/sasdataloader/test/utest_cansas.py

    r83b6408 r1686a333  
    9999        self.assertTrue(data.detector[1].name == "main-detector-bank") 
    100100        self.assertTrue(data.detector[0].distance == 575.0) 
    101         self.assertTrue(data.detector[1].distance == 4145.02) 
     101        self.assertAlmostEqual(data.detector[1].distance, 4145.02) 
    102102        self.assertTrue(data.process[0].name == "Mantid generated CanSAS1D XML") 
    103103        self.assertTrue(data.meta_data["xmlpreprocess"] != None) 
     
    176176        data = list[0] 
    177177        self.assertTrue(data.x.size == 2) 
    178         self.assertTrue(len(data.meta_data) == 3) 
     178        self.assertTrue(len(data.meta_data) == 2) 
    179179        self.assertTrue(len(data.errors) == 1) 
    180180        self.assertTrue(data.detector[0].distance_unit == "mm") 
  • .gitignore

    re04f87b rdf332d8  
    88# generated. 
    99# 
    10 # Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue.  
     10# Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue. 
    1111 
    1212.project 
     
    5050/test/sasdataloader/test/plugins.zip 
    5151/test/sasdataloader/test/test_log.txt 
     52/test/sasdataloader/test/isis_1_0_write_test.xml 
     53/test/sasdataloader/test/isis_1_1_write_test.xml 
     54/test/sasdataloader/test/write_test.xml 
    5255 
    5356# autogenerated scripts 
    5457/sasview/installer.iss 
    55  
  • docs/sphinx-docs/source/user/tools.rst

    r8f46df7 reb8da5f  
    88 
    99   Data Operations Utility <sasgui/perspectives/calculator/data_operator_help> 
    10        
     10 
    1111   Density/Volume Calculator <sasgui/perspectives/calculator/density_calculator_help> 
    12     
     12 
    1313   Generic SANS Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sas_calculator_help> 
    14     
     14 
    1515   Image Viewer <sasgui/perspectives/calculator/image_viewer_help> 
    16     
     16 
    1717   Kiessig Thickness Calculator <sasgui/perspectives/calculator/kiessig_calculator_help> 
    18     
     18 
    1919   SLD Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sld_calculator_help> 
    20     
     20 
    2121   Slit Size Calculator <sasgui/perspectives/calculator/slit_calculator_help> 
    22     
     22 
    2323   Q Resolution Estimator <sasgui/perspectives/calculator/resolution_calculator_help> 
    24     
     24 
    2525   Python Shell <sasgui/perspectives/calculator/python_shell_help> 
    26     
     26 
     27   File Converter <sasgui/perspectives/file_converter/file_converter_help> 
  • run.py

    r832fea2 r18e7309  
    7272    platform = '%s-%s'%(get_platform(),sys.version[:3]) 
    7373    build_path = joinpath(root, 'build','lib.'+platform) 
    74      
    75     # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different  
     74 
     75    # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different 
    7676    # place than it otherwise would be. 
    7777    os.environ['SASVIEW_DOC_PATH'] = joinpath(build_path, "doc") 
     
    123123    # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    124124    # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
     125    import sas.sascalc.file_converter 
     126    sas.sascalc.file_converter.core = import_package('sas.sascalc.file_converter.core', 
     127                                  joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'file_converter', 'core'))                     
     128 
     129    # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
     130    # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    125131    import sas.sascalc.calculator 
    126132    sas.sascalc.calculator.core = import_package('sas.sascalc.calculator.core', 
  • setup.py

    rdb74ee8 r18e7309  
    99from distutils.command.build_ext import build_ext 
    1010from distutils.core import Command 
     11import numpy 
    1112 
    1213# Manage version number ###################################### 
     
    5455        print "Removing existing build directory", SASVIEW_BUILD, "for a clean build" 
    5556        shutil.rmtree(SASVIEW_BUILD) 
    56                      
     57 
    5758# 'sys.maxsize' and 64bit: Not supported for python2.5 
    5859is_64bits = False 
    5960if sys.version_info >= (2, 6): 
    6061    is_64bits = sys.maxsize > 2**32 
    61      
     62 
    6263enable_openmp = False 
    6364 
     
    118119        c = self.compiler.compiler_type 
    119120        print "Compiling with %s (64bit=%s)" % (c, str(is_64bits)) 
    120          
     121 
    121122        # OpenMP build options 
    122123        if enable_openmp: 
     
    127128                for e in self.extensions: 
    128129                    e.extra_link_args = lopt[ c ] 
    129                      
     130 
    130131        # Platform-specific build options 
    131132        if platform_lopt.has_key(c): 
     
    205206) 
    206207 
    207      
     208 
    208209# sas.sascalc.pr 
    209210srcdir  = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "pr", "c_extensions") 
     
    217218                              include_dirs=[], 
    218219                              ) ) 
    219          
     220 
     221# sas.sascalc.file_converter 
     222mydir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "file_converter", "c_ext") 
     223package_dir["sas.sascalc.file_converter.core"] = mydir 
     224package_dir["sas.sascalc.file_converter"] = os.path.join("src","sas", "sascalc", "file_converter") 
     225packages.extend(["sas.sascalc.file_converter","sas.sascalc.file_converter.core"]) 
     226ext_modules.append( Extension("sas.sascalc.file_converter.core.bsl_loader", 
     227                              sources = [os.path.join(mydir, "bsl_loader.c")], 
     228                              include_dirs=[numpy.get_include()], 
     229                              ) ) 
     230 
    220231# sas.sascalc.fit 
    221232package_dir["sas.sascalc.fit"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "fit") 
     
    239250packages.extend(["sas.sasgui.perspectives", "sas.sasgui.perspectives.calculator"]) 
    240251package_data['sas.sasgui.perspectives.calculator'] = ['images/*', 'media/*'] 
    241      
     252 
    242253# Data util 
    243254package_dir["sas.sascalc.data_util"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "data_util") 
     
    294305                               'test/2d_data/*', 
    295306                               'test/save_states/*', 
    296                                'test/upcoming_formats/*',  
     307                               'test/upcoming_formats/*', 
    297308                                 'default_categories.json'] 
    298309packages.append("sas.sasview") 
     
    316327    required.extend(['pillow']) 
    317328 
    318 # Set up SasView     
     329# Set up SasView 
    319330setup( 
    320331    name="sasview", 
     
    341352                'docs': BuildSphinxCommand, 
    342353                'disable_openmp': DisableOpenMPCommand} 
    343     )    
     354    ) 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rd72567e r3d6ab79  
    6262        :return: List of Data1D/2D objects and/or a list of errors. 
    6363        """ 
    64  
    6564        ## Reinitialize the class when loading a new data file to reset all class variables 
    6665        self.reset_class_variables() 
     
    136135                ## If this is a dataset, store the data appropriately 
    137136                data_set = data[key][:] 
     137                unit = self._get_unit(value) 
     138                 
     139                ## I and Q Data 
     140                if key == u'I': 
     141                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     142                        self.current_dataset.data = data_set.flatten() 
     143                        self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
     144                    else: 
     145                        self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
     146                        self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     147                    continue 
     148                elif key == u'Idev': 
     149                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     150                        self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
     151                    else: 
     152                        self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
     153                    continue 
     154                elif key == u'Q': 
     155                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     156                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     157                        self.current_dataset.q = data_set.flatten() 
     158                    else: 
     159                        self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
     160                    continue 
     161                elif key == u'Qy': 
     162                    self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
     163                    self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
     164                    continue 
     165                elif key == u'Qydev': 
     166                    self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
     167                    continue 
     168                elif key == u'Qx': 
     169                    self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
     170                    self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
     171                    continue 
     172                elif key == u'Qxdev': 
     173                    self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
     174                    continue 
     175                elif key == u'Mask': 
     176                    self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
     177                    continue 
    138178 
    139179                for data_point in data_set: 
    140180                    ## Top Level Meta Data 
    141                     unit = self._get_unit(value) 
    142181                    if key == u'definition': 
    143182                        self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_point 
     
    149188                        self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    150189 
    151                     ## I and Q Data 
    152                     elif key == u'I': 
    153                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    154                             self.current_dataset.data = np.append(self.current_dataset.data, data_point) 
    155                             self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
    156                         else: 
    157                             self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    158                             self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    159                     elif key == u'Idev': 
    160                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    161                             self.current_dataset.err_data = np.append(self.current_dataset.err_data, data_point) 
    162                         else: 
    163                             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    164                     elif key == u'Q': 
    165                         self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    166                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    167                             self.current_dataset.q = np.append(self.current_dataset.q, data_point) 
    168                         else: 
    169                             self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    170                     elif key == u'Qy': 
    171                         self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
    172                         self.current_dataset.qy_data = np.append(self.current_dataset.qy_data, data_point) 
    173                     elif key == u'Qydev': 
    174                         self.current_dataset.dqy_data = np.append(self.current_dataset.dqy_data, data_point) 
    175                     elif key == u'Qx': 
    176                         self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
    177                         self.current_dataset.qx_data = np.append(self.current_dataset.qx_data, data_point) 
    178                     elif key == u'Qxdev': 
    179                         self.current_dataset.dqx_data = np.append(self.current_dataset.dqx_data, data_point) 
    180                     elif key == u'Mask': 
    181                         self.current_dataset.mask = np.append(self.current_dataset.mask, data_point) 
    182  
    183190                    ## Sample Information 
    184                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
     191                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': # CanSAS 2.0 format 
     192                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     193                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASsample': # NXcanSAS format 
    185194                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    186195                    elif key == u'thickness' and self.parent_class == u'SASsample': 
     
    206215                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    207216                        self.process.name = data_point 
    208                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': 
     217                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 format 
     218                        self.process.name = data_point 
     219                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': # NXcanSAS format 
    209220                        self.process.name = data_point 
    210221                    elif key == u'description' and self.parent_class == u'SASprocess': 
     
    296307        ## Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
    297308        for dataset in self.data2d: 
    298             dataset.data = np.delete(dataset.data, [0]) 
    299309            dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
    300             dataset.err_data = np.delete(dataset.err_data, [0]) 
    301310            dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
    302             dataset.mask = np.delete(dataset.mask, [0]) 
    303311            if dataset.qx_data is not None: 
    304                 dataset.qx_data = np.delete(dataset.qx_data, [0]) 
    305312                dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
    306313                dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    307314                dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
    308315            if dataset.dqx_data is not None: 
    309                 dataset.dqx_data = np.delete(dataset.dqx_data, [0]) 
    310316                dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
    311317            if dataset.qy_data is not None: 
    312                 dataset.qy_data = np.delete(dataset.qy_data, [0]) 
    313318                dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    314319                dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
    315320                dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
    316321            if dataset.dqy_data is not None: 
    317                 dataset.dqy_data = np.delete(dataset.dqy_data, [0]) 
    318322                dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
    319323            if dataset.q_data is not None: 
    320                 dataset.q_data = np.delete(dataset.q_data, [0]) 
    321324                dataset.q_data = dataset.q_data.astype(np.float64) 
    322325            zeros = np.ones(dataset.data.size, dtype=bool) 
     
    338341        for dataset in self.data1d: 
    339342            if dataset.x is not None: 
    340                 dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
    341343                dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
    342344                dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
    343345                dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
    344346            if dataset.y is not None: 
    345                 dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
    346347                dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
    347348                dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
    348349                dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
    349350            if dataset.dx is not None: 
    350                 dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
    351351                dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
    352352            if dataset.dxl is not None: 
    353                 dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
    354353                dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
    355354            if dataset.dxw is not None: 
    356                 dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
    357355                dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
    358356            if dataset.dy is not None: 
    359                 dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
    360357                dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
    361358            final_dataset = combine_data_info_with_plottable(dataset, self.current_datainfo) 
     
    375372        self.data2d = [] 
    376373        self.current_datainfo = DataInfo() 
     374 
    377375 
    378376    def _initialize_new_data_set(self, parent_list = None): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.