Changes in / [1686a333:7f71637] in sasview


Ignore:
Files:
17 added
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • .gitignore

    re04f87b rdf332d8  
    88# generated. 
    99# 
    10 # Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue.  
     10# Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue. 
    1111 
    1212.project 
    … …  
    5050/test/sasdataloader/test/plugins.zip 
    5151/test/sasdataloader/test/test_log.txt 
     52/test/sasdataloader/test/isis_1_0_write_test.xml 
     53/test/sasdataloader/test/isis_1_1_write_test.xml 
     54/test/sasdataloader/test/write_test.xml 
    5255 
    5356# autogenerated scripts 
    5457/sasview/installer.iss 
    55  

  • docs/sphinx-docs/source/user/tools.rst

    r8f46df7 reb8da5f  
    88 
    99   Data Operations Utility <sasgui/perspectives/calculator/data_operator_help> 
    10        
     10 
    1111   Density/Volume Calculator <sasgui/perspectives/calculator/density_calculator_help> 
    12     
     12 
    1313   Generic SANS Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sas_calculator_help> 
    14     
     14 
    1515   Image Viewer <sasgui/perspectives/calculator/image_viewer_help> 
    16     
     16 
    1717   Kiessig Thickness Calculator <sasgui/perspectives/calculator/kiessig_calculator_help> 
    18     
     18 
    1919   SLD Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sld_calculator_help> 
    20     
     20 
    2121   Slit Size Calculator <sasgui/perspectives/calculator/slit_calculator_help> 
    22     
     22 
    2323   Q Resolution Estimator <sasgui/perspectives/calculator/resolution_calculator_help> 
    24     
     24 
    2525   Python Shell <sasgui/perspectives/calculator/python_shell_help> 
    26     
     26 
     27   File Converter <sasgui/perspectives/file_converter/file_converter_help> 

  • run.py

    r832fea2 r18e7309  
    7272    platform = '%s-%s'%(get_platform(),sys.version[:3]) 
    7373    build_path = joinpath(root, 'build','lib.'+platform) 
    74      
    75     # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different  
     74 
     75    # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different 
    7676    # place than it otherwise would be. 
    7777    os.environ['SASVIEW_DOC_PATH'] = joinpath(build_path, "doc") 
    … …  
    123123    # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    124124    # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
     125    import sas.sascalc.file_converter 
     126    sas.sascalc.file_converter.core = import_package('sas.sascalc.file_converter.core', 
     127                                  joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'file_converter', 'core'))                     
     128 
     129    # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
     130    # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    125131    import sas.sascalc.calculator 
    126132    sas.sascalc.calculator.core = import_package('sas.sascalc.calculator.core', 

  • sasview/sasview.py

    re68c9bf re68c9bf  
    158158            logging.error(traceback.format_exc()) 
    159159 
     160        # File converter tool 
     161        try: 
     162            import sas.sasgui.perspectives.file_converter as module 
     163            converter_plug = module.Plugin() 
     164            self.gui.add_perspective(converter_plug) 
     165        except: 
     166            logging.error("%s: could not find File Converter plug-in module"% \ 
     167                                                        APP_NAME) 
     168            logging.error(traceback.format_exc()) 
     169 
    160170 
    161171        # Add welcome page 

  • setup.py

    rdb74ee8 r18e7309  
    99from distutils.command.build_ext import build_ext 
    1010from distutils.core import Command 
     11import numpy 
    1112 
    1213# Manage version number ###################################### 
    … …  
    5455        print "Removing existing build directory", SASVIEW_BUILD, "for a clean build" 
    5556        shutil.rmtree(SASVIEW_BUILD) 
    56                      
     57 
    5758# 'sys.maxsize' and 64bit: Not supported for python2.5 
    5859is_64bits = False 
    5960if sys.version_info >= (2, 6): 
    6061    is_64bits = sys.maxsize > 2**32 
    61      
     62 
    6263enable_openmp = False 
    6364 
    … …  
    118119        c = self.compiler.compiler_type 
    119120        print "Compiling with %s (64bit=%s)" % (c, str(is_64bits)) 
    120          
     121 
    121122        # OpenMP build options 
    122123        if enable_openmp: 
    … …  
    127128                for e in self.extensions: 
    128129                    e.extra_link_args = lopt[ c ] 
    129                      
     130 
    130131        # Platform-specific build options 
    131132        if platform_lopt.has_key(c): 
    … …  
    205206) 
    206207 
    207      
     208 
    208209# sas.sascalc.pr 
    209210srcdir  = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "pr", "c_extensions") 
    … …  
    217218                              include_dirs=[], 
    218219                              ) ) 
    219          
     220 
     221# sas.sascalc.file_converter 
     222mydir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "file_converter", "c_ext") 
     223package_dir["sas.sascalc.file_converter.core"] = mydir 
     224package_dir["sas.sascalc.file_converter"] = os.path.join("src","sas", "sascalc", "file_converter") 
     225packages.extend(["sas.sascalc.file_converter","sas.sascalc.file_converter.core"]) 
     226ext_modules.append( Extension("sas.sascalc.file_converter.core.bsl_loader", 
     227                              sources = [os.path.join(mydir, "bsl_loader.c")], 
     228                              include_dirs=[numpy.get_include()], 
     229                              ) ) 
     230 
    220231# sas.sascalc.fit 
    221232package_dir["sas.sascalc.fit"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "fit") 
    … …  
    239250packages.extend(["sas.sasgui.perspectives", "sas.sasgui.perspectives.calculator"]) 
    240251package_data['sas.sasgui.perspectives.calculator'] = ['images/*', 'media/*'] 
    241      
     252 
    242253# Data util 
    243254package_dir["sas.sascalc.data_util"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "data_util") 
    … …  
    294305                               'test/2d_data/*', 
    295306                               'test/save_states/*', 
    296                                'test/upcoming_formats/*',  
     307                               'test/upcoming_formats/*', 
    297308                                 'default_categories.json'] 
    298309packages.append("sas.sasview") 
    … …  
    316327    required.extend(['pillow']) 
    317328 
    318 # Set up SasView     
     329# Set up SasView 
    319330setup( 
    320331    name="sasview", 
    … …  
    341352                'docs': BuildSphinxCommand, 
    342353                'disable_openmp': DisableOpenMPCommand} 
    343     )    
     354    ) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r1686a333 r1686a333  
    11611161            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z, 
    11621162                                                {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1163             written = written | self.write_node(det, "slit_length", 
    1164                                                 item.slit_length, 
    1165                                                 {"unit": item.slit_length_unit}) 
    11661163            if written == True: 
    11671164                self.append(pix, det) 
     1165            self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length, 
     1166                {"unit": item.slit_length_unit}) 
     1167 
    11681168 
    11691169    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rd72567e r3d6ab79  
    6262        :return: List of Data1D/2D objects and/or a list of errors. 
    6363        """ 
    64  
    6564        ## Reinitialize the class when loading a new data file to reset all class variables 
    6665        self.reset_class_variables() 
    … …  
    136135                ## If this is a dataset, store the data appropriately 
    137136                data_set = data[key][:] 
     137                unit = self._get_unit(value) 
     138                 
     139                ## I and Q Data 
     140                if key == u'I': 
     141                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     142                        self.current_dataset.data = data_set.flatten() 
     143                        self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
     144                    else: 
     145                        self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
     146                        self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     147                    continue 
     148                elif key == u'Idev': 
     149                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     150                        self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
     151                    else: 
     152                        self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
     153                    continue 
     154                elif key == u'Q': 
     155                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     156                    if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
     157                        self.current_dataset.q = data_set.flatten() 
     158                    else: 
     159                        self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
     160                    continue 
     161                elif key == u'Qy': 
     162                    self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
     163                    self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
     164                    continue 
     165                elif key == u'Qydev': 
     166                    self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
     167                    continue 
     168                elif key == u'Qx': 
     169                    self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
     170                    self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
     171                    continue 
     172                elif key == u'Qxdev': 
     173                    self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
     174                    continue 
     175                elif key == u'Mask': 
     176                    self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
     177                    continue 
    138178 
    139179                for data_point in data_set: 
    140180                    ## Top Level Meta Data 
    141                     unit = self._get_unit(value) 
    142181                    if key == u'definition': 
    143182                        self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_point 
    … …  
    149188                        self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    150189 
    151                     ## I and Q Data 
    152                     elif key == u'I': 
    153                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    154                             self.current_dataset.data = np.append(self.current_dataset.data, data_point) 
    155                             self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
    156                         else: 
    157                             self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    158                             self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    159                     elif key == u'Idev': 
    160                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    161                             self.current_dataset.err_data = np.append(self.current_dataset.err_data, data_point) 
    162                         else: 
    163                             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    164                     elif key == u'Q': 
    165                         self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    166                         if type(self.current_dataset) is plottable_2D: 
    167                             self.current_dataset.q = np.append(self.current_dataset.q, data_point) 
    168                         else: 
    169                             self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    170                     elif key == u'Qy': 
    171                         self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
    172                         self.current_dataset.qy_data = np.append(self.current_dataset.qy_data, data_point) 
    173                     elif key == u'Qydev': 
    174                         self.current_dataset.dqy_data = np.append(self.current_dataset.dqy_data, data_point) 
    175                     elif key == u'Qx': 
    176                         self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
    177                         self.current_dataset.qx_data = np.append(self.current_dataset.qx_data, data_point) 
    178                     elif key == u'Qxdev': 
    179                         self.current_dataset.dqx_data = np.append(self.current_dataset.dqx_data, data_point) 
    180                     elif key == u'Mask': 
    181                         self.current_dataset.mask = np.append(self.current_dataset.mask, data_point) 
    182  
    183190                    ## Sample Information 
    184                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
     191                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': # CanSAS 2.0 format 
     192                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     193                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASsample': # NXcanSAS format 
    185194                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    186195                    elif key == u'thickness' and self.parent_class == u'SASsample': 
    … …  
    206215                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    207216                        self.process.name = data_point 
    208                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': 
     217                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 format 
     218                        self.process.name = data_point 
     219                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': # NXcanSAS format 
    209220                        self.process.name = data_point 
    210221                    elif key == u'description' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    … …  
    296307        ## Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
    297308        for dataset in self.data2d: 
    298             dataset.data = np.delete(dataset.data, [0]) 
    299309            dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
    300             dataset.err_data = np.delete(dataset.err_data, [0]) 
    301310            dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
    302             dataset.mask = np.delete(dataset.mask, [0]) 
    303311            if dataset.qx_data is not None: 
    304                 dataset.qx_data = np.delete(dataset.qx_data, [0]) 
    305312                dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
    306313                dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    307314                dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
    308315            if dataset.dqx_data is not None: 
    309                 dataset.dqx_data = np.delete(dataset.dqx_data, [0]) 
    310316                dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
    311317            if dataset.qy_data is not None: 
    312                 dataset.qy_data = np.delete(dataset.qy_data, [0]) 
    313318                dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    314319                dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
    315320                dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
    316321            if dataset.dqy_data is not None: 
    317                 dataset.dqy_data = np.delete(dataset.dqy_data, [0]) 
    318322                dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
    319323            if dataset.q_data is not None: 
    320                 dataset.q_data = np.delete(dataset.q_data, [0]) 
    321324                dataset.q_data = dataset.q_data.astype(np.float64) 
    322325            zeros = np.ones(dataset.data.size, dtype=bool) 
    … …  
    338341        for dataset in self.data1d: 
    339342            if dataset.x is not None: 
    340                 dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
    341343                dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
    342344                dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
    343345                dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
    344346            if dataset.y is not None: 
    345                 dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
    346347                dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
    347348                dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
    348349                dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
    349350            if dataset.dx is not None: 
    350                 dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
    351351                dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
    352352            if dataset.dxl is not None: 
    353                 dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
    354353                dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
    355354            if dataset.dxw is not None: 
    356                 dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
    357355                dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
    358356            if dataset.dy is not None: 
    359                 dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
    360357                dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
    361358            final_dataset = combine_data_info_with_plottable(dataset, self.current_datainfo) 
    … …  
    375372        self.data2d = [] 
    376373        self.current_datainfo = DataInfo() 
     374 
    377375 
    378376    def _initialize_new_data_set(self, parent_list = None): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.