Changeset 3c903ea in sasview for src


Ignore:
Timestamp:
Apr 6, 2017 4:36:51 AM (8 years ago)
Author:
Adam Washington <adam.washington@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d01b55c
Parents:
d3bce8c (diff), 5e2f36c (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' of github.com:SasView/sasview

Location:
src/sas
Files:
53 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/calculator/resolution_calculator.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1515import sys 
    1616import logging 
     17 
     18logger = logging.getLogger(__name__) 
    1719 
    1820#Plank's constant in cgs unit 
    … …  
    10061008            detector_offset = self.sample2detector_distance[1] 
    10071009        except: 
    1008             logging.error(sys.exc_value) 
     1010            logger.error(sys.exc_value) 
    10091011 
    10101012        # detector size in [no of pix_x,no of pix_y] 
    … …  
    10931095            output.qy_data = qy_value 
    10941096        except: 
    1095             logging.error(sys.exc_value) 
     1097            logger.error(sys.exc_value) 
    10961098 
    10971099        return output 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1212import sys 
    1313import logging 
     14 
     15logger = logging.getLogger(__name__) 
    1416 
    1517MFACTOR_AM = 2.853E-12 
    … …  
    285287                mask = (x_dir2 + y_dir2 + z_dir2) <= 1.0 
    286288            except: 
    287                 logging.error(sys.exc_value) 
     289                logger.error(sys.exc_value) 
    288290        self.output = MagSLD(self.pos_x[mask], self.pos_y[mask], 
    289291                             self.pos_z[mask], self.sld_n[mask], 
    … …  
    394396                except: 
    395397                    # Skip non-data lines 
    396                     logging.error(sys.exc_value) 
     398                    logger.error(sys.exc_value) 
    397399                #Reading Header; Segment count ignored 
    398400                s_line = line.split(":", 1) 
    … …  
    589591                        z_lines.append(z_line) 
    590592                except: 
    591                     logging.error(sys.exc_value) 
     593                    logger.error(sys.exc_value) 
    592594 
    593595            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    … …  
    683685                    except: 
    684686                        # Skip non-data lines 
    685                         logging.error(sys.exc_value) 
     687                        logger.error(sys.exc_value) 
    686688            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, 
    687689                            sld_mx, sld_my, sld_mz) 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    r934ce649 r64ca561  
    88import traceback 
    99import sys 
     10import logging 
    1011 
    1112if sys.platform.count("darwin") > 0: 
    … …  
    2122    from time import clock 
    2223    from time import sleep 
     24 
     25logger = logging.getLogger(__name__) 
    2326 
    2427 
    … …  
    243246            except Exception: 
    244247                pass 
    245         import logging 
    246         logging.error(traceback.format_exc()) 
     248        logger.error(traceback.format_exc()) 
    247249        #print 'CalcThread exception', 
    248250 

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    rb699768 r463e7ffc  
    3232from readers import cansas_reader 
    3333 
     34logger = logging.getLogger(__name__) 
     35 
    3436class Registry(ExtensionRegistry): 
    3537    """ 
    … …  
    99101            msg = "DataLoader couldn't locate DataLoader plugin folder." 
    100102            msg += """ "%s" does not exist""" % dir 
    101             logging.warning(msg) 
     103            logger.warning(msg) 
    102104            return readers_found 
    103105 
    … …  
    117119                        msg = "Loader: Error importing " 
    118120                        msg += "%s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    119                         logging.error(msg) 
     121                        logger.error(msg) 
    120122 
    121123                # Process zip files 
    … …  
    139141                                msg = "Loader: Error importing" 
    140142                                msg += " %s\n  %s" % (mfile, sys.exc_value) 
    141                                 logging.error(msg) 
     143                                logger.error(msg) 
    142144 
    143145                    except: 
    144146                        msg = "Loader: Error importing " 
    145147                        msg += " %s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    146                         logging.error(msg) 
     148                        logger.error(msg) 
    147149 
    148150        return readers_found 
    … …  
    190192                msg = "Loader: Error accessing" 
    191193                msg += " Reader in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    192                 logging.error(msg) 
     194                logger.error(msg) 
    193195        return reader_found 
    194196 
    … …  
    223225            msg = "Loader: Error accessing Reader " 
    224226            msg += "in %s\n  %s" % (loader.__name__, sys.exc_value) 
    225             logging.error(msg) 
     227            logger.error(msg) 
    226228        return reader_found 
    227229 
    … …  
    268270                msg = "Loader: Error accessing Reader" 
    269271                msg += " in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    270                 logging.error(msg) 
     272                logger.error(msg) 
    271273        return reader_found 
    272274 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    re5c09cf r463e7ffc  
    1818import logging 
    1919import json 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123FILE_NAME = 'defaults.json' 
    … …  
    6769                    msg = "read_associations: skipping association" 
    6870                    msg += " for %s\n  %s" % (ext.lower(), sys.exc_value) 
    69                     logging.error(msg) 
     71                    logger.error(msg) 
    7072    else: 
    7173        print "Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd()) 
    … …  
    8183    :param registry_function: function to be called to register each reader 
    8284    """ 
    83     logging.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
     85    logger.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
    8486    import abs_reader 
    8587    import ascii_reader 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r747334d r3c903ea  
    3333import xml.dom.minidom 
    3434from xml.dom.minidom import parseString 
     35 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3537 
    3638PREPROCESS = "xmlpreprocess" 
    … …  
    14751477                            self.errors.add(err_mess) 
    14761478                            if optional: 
    1477                                 logging.info(err_mess) 
     1479                                logger.info(err_mess) 
    14781480                            else: 
    14791481                                raise ValueError, err_mess 
    … …  
    14841486                        self.errors.add(err_mess) 
    14851487                        if optional: 
    1486                             logging.info(err_mess) 
     1488                            logger.info(err_mess) 
    14871489                        else: 
    14881490                            raise ValueError, err_mess 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1919from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    2020from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
     21 
     22logger = logging.getLogger(__name__) 
    2123 
    2224# Look for unit converter 
    … …  
    142144                            error.append(err) 
    143145                        except: 
    144                             logging.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
     146                            logger.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
    145147                                                                sys.exc_value)) 
    146148             
    … …  
    196198                    msg = "Skipping entry (v1.0):%s,%s" % (str(data[i_pt]), 
    197199                                                           sys.exc_value) 
    198                     logging.info(msg) 
     200                    logger.info(msg) 
    199201                 
    200202                # Get bin number 
    … …  
    271273                raise ValueError, msg 
    272274            else: 
    273                 logging.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
     275                logger.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
    274276             
    275277            # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1616from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    1717from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    18      
     18 
     19logger = logging.getLogger(__name__) 
     20 
    1921class Reader: 
    2022    """ 
    … …  
    7678                value = float(val) 
    7779            except: 
    78                 logging.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
     80                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    7981                continue 
    8082             

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    ra235f715 r463e7ffc  
    1818from lxml import etree 
    1919from lxml.builder import E 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123PARSER = etree.ETCompatXMLParser(remove_comments=True, remove_pis=False) 
    … …  
    7173            self.xmlroot = self.xmldoc.getroot() 
    7274        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    73             logging.info(xml_error) 
     75            logger.info(xml_error) 
    7476        except Exception: 
    7577            self.xml = None 
    … …  
    8890            self.xmlroot = etree.fromstring(tag_soup) 
    8991        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    90             logging.info(xml_error) 
     92            logger.info(xml_error) 
    9193        except Exception: 
    9294            self.xml = None 
    … …  
    102104            self.schemadoc = etree.parse(self.schema, parser=PARSER) 
    103105        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    104             logging.info(xml_error) 
     106            logger.info(xml_error) 
    105107        except Exception: 
    106108            self.schema = None 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    1818from scipy import optimize 
    1919from sas.sascalc.pr.core.pr_inversion import Cinvertor 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123def help(): 
    … …  
    495497            # We were not able to estimate the errors 
    496498            # Return an empty error matrix 
    497             logging.error(sys.exc_value) 
     499            logger.error(sys.exc_value) 
    498500 
    499501        # Keep a copy of the last output 
    … …  
    541543            # number of terms 
    542544            best_alpha, _, _ = self.estimate_alpha(self.nfunc) 
    543             logging.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
     545            logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
    544546            return self.nfunc, best_alpha, "Could not estimate number of terms" 
    545547 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    55import logging 
    66from sas.sascalc.pr.invertor import Invertor 
     7 
     8logger = logging.getLogger(__name__) 
    79 
    810class NTermEstimator(object): 
    … …  
    180182                data_err = np.append(data_err, err) 
    181183            except: 
    182                 logging.error(sys.exc_value) 
     184                logger.error(sys.exc_value) 
    183185 
    184186    return data_x, data_y, data_err 

  • src/sas/sasgui/guiframe/CategoryInstaller.py

    rddbac66 r463e7ffc  
    1616 
    1717USER_FILE = 'categories.json' 
     18 
     19logger = logging.getLogger(__name__) 
    1820 
    1921class CategoryInstaller: 
    … …  
    114116    @staticmethod 
    115117    def get_default_file(): 
    116         logging.warning("CategoryInstaller.get_default_file is deprecated.") 
     118        logger.warning("CategoryInstaller.get_default_file is deprecated.") 
    117119 
    118120    @staticmethod 
    … …  
    153155                        model_enabled_dict.pop(model_name) 
    154156                    except: 
    155                         logging.error("CategoryInstaller: %s", sys.exc_value) 
     157                        logger.error("CategoryInstaller: %s", sys.exc_value) 
    156158                else: 
    157159                    add_list.remove(model_name) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/CategoryManager.py

    r212bfc2 r463e7ffc  
    2020from sas.sasgui.guiframe.CategoryInstaller import CategoryInstaller 
    2121IS_MAC = (sys.platform == 'darwin') 
     22 
     23logger = logging.getLogger(__name__) 
    2224 
    2325""" Notes 
    … …  
    373375                    self.master_category_dict = json.load(f) 
    374376        except IOError: 
    375             logging.error('Problem reading in category file.') 
     377            logger.error('Problem reading in category file.') 
    376378 
    377379        self._regenerate_model_dict() 

  • src/sas/sasgui/guiframe/config.py

    r1779e72 r64ca561  
    77import sas.sasview 
    88import logging 
     9 
     10 
     11logger = logging.getLogger(__name__) 
    912 
    1013# Version of the application 
    … …  
    5760 
    5861icon_path = os.path.abspath(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "images")) 
    59 logging.info("icon path: %s" % icon_path) 
     62logger.info("icon path: %s" % icon_path) 
    6063media_path = os.path.abspath(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "media")) 
    6164test_path = os.path.abspath(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "test")) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/data_manager.py

    r2ffe241 r463e7ffc  
    2525from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data2D 
    2626import time 
     27 
     28logger = logging.getLogger(__name__) 
    2729 
    2830class DataManager(object): 
    … …  
    136138                msg = "Data manager already stores %s" % str(data.name) 
    137139                msg += "" 
    138                 logging.info(msg) 
     140                logger.info(msg) 
    139141                data_state = self.stored_data[id] 
    140142                data_state.data = data 

  • src/sas/sasgui/guiframe/documentation_window.py

    rd85c194 r463e7ffc  
    2020import urllib 
    2121import sys 
     22 
     23logger = logging.getLogger(__name__) 
    2224 
    2325SPHINX_DOC_ENV = "SASVIEW_DOC_PATH" 
    … …  
    7173 
    7274        if not os.path.exists(file_path): 
    73             logging.error("Could not find Sphinx documentation at %s \ 
     75            logger.error("Could not find Sphinx documentation at %s \ 
    7476            -- has it been built?", file_path) 
    7577        elif WX_SUPPORTS_HTML2: 
    … …  
    7981            self.Show() 
    8082        else: 
    81             logging.error("No html2 support, popping up a web browser") 
     83            logger.error("No html2 support, popping up a web browser") 
    8284            #For cases that do not build against current version dependency 
    8385            # Wx 3.0 we provide a webbrowser call - this is particularly for 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_manager.py

    r73cbeec r64ca561  
    4848from matplotlib import _pylab_helpers 
    4949 
     50logger = logging.getLogger(__name__) 
     51 
    5052warnings.simplefilter("ignore") 
    51  
    5253 
    5354def get_app_dir(): 
    … …  
    6465    if os.path.isfile(os.path.join(app_path, "custom_config.py")): 
    6566        app_path = os.path.abspath(app_path) 
    66         logging.info("Using application path: %s", app_path) 
     67        logger.info("Using application path: %s", app_path) 
    6768        return app_path 
    6869 
    6970    # Next, try the current working directory 
    7071    if os.path.isfile(os.path.join(os.getcwd(), "custom_config.py")): 
    71         logging.info("Using application path: %s", os.getcwd()) 
     72        logger.info("Using application path: %s", os.getcwd()) 
    7273        return os.path.abspath(os.getcwd()) 
    7374 
    … …  
    7677    # clean all these module variables and put them into a config class 
    7778    # that can be passed by sasview.py. 
    78     logging.info(sys.executable) 
    79     logging.info(str(sys.argv)) 
     79    logger.info(sys.executable) 
     80    logger.info(str(sys.argv)) 
    8081    from sas import sasview as sasview 
    8182    app_path = os.path.dirname(sasview.__file__) 
    82     logging.info("Using application path: %s", app_path) 
     83    logger.info("Using application path: %s", app_path) 
    8384    return app_path 
    8485 
    … …  
    104105        config_module = imp.load_module(file, fObj, path_config, descr) 
    105106    except: 
    106         logging.error("Error loading %s/%s: %s" % (path, file, sys.exc_value)) 
     107        logger.error("Error loading %s/%s: %s" % (path, file, sys.exc_value)) 
    107108    finally: 
    108109        if fObj is not None: 
    109110            fObj.close() 
    110     logging.info("GuiManager loaded %s/%s" % (path, file)) 
     111    logger.info("GuiManager loaded %s/%s" % (path, file)) 
    111112    return config_module 
    112113 
    … …  
    125126        # Didn't find local config, load the default 
    126127        import sas.sasgui.guiframe.config as config 
    127         logging.info("using default local_config") 
     128        logger.info("using default local_config") 
    128129    else: 
    129         logging.info("found local_config in %s" % os.getcwd()) 
     130        logger.info("found local_config in %s" % os.getcwd()) 
    130131else: 
    131     logging.info("found local_config in %s" % PATH_APP) 
     132    logger.info("found local_config in %s" % PATH_APP) 
    132133 
    133134from sas.sasgui.guiframe.customdir import SetupCustom 
    … …  
    138139    if custom_config is None: 
    139140        msgConfig = "Custom_config file was not imported" 
    140         logging.info(msgConfig) 
     141        logger.info(msgConfig) 
    141142    else: 
    142         logging.info("using custom_config in %s" % os.getcwd()) 
     143        logger.info("using custom_config in %s" % os.getcwd()) 
    143144else: 
    144     logging.info("using custom_config from %s" % c_conf_dir) 
     145    logger.info("using custom_config from %s" % c_conf_dir) 
    145146 
    146147# read some constants from config 
    … …  
    374375                    frame.SetIcon(icon) 
    375376                except: 
    376                     logging.error("ViewerFrame.put_icon: could not set icon") 
     377                    logger.error("ViewerFrame.put_icon: could not set icon") 
    377378 
    378379    def get_client_size(self): 
    … …  
    803804                                                str(self._input_file)) 
    804805            msg += str(sys.exc_value) + '\n' 
    805             logging.error(msg) 
     806            logger.error(msg) 
    806807        if self._data_panel is not None and len(self.plugins) > 0: 
    807808            self._data_panel.fill_cbox_analysis(self.plugins) 
    … …  
    869870            if plugin.__class__ == item.__class__: 
    870871                msg = "Plugin %s already loaded" % plugin.sub_menu 
    871                 logging.info(msg) 
     872                logger.info(msg) 
    872873                is_loaded = True 
    873874        if not is_loaded: 
    874875            self.plugins.append(plugin) 
    875876            msg = "Plugin %s appended" % plugin.sub_menu 
    876             logging.info(msg) 
     877            logger.info(msg) 
    877878 
    878879    def _get_local_plugins(self): 
    … …  
    894895                msg = "ViewerFrame._get_local_plugins:" 
    895896                msg += "cannot import dataloader plugin.\n %s" % sys.exc_value 
    896                 logging.error(msg) 
     897                logger.error(msg) 
    897898        if style2 == GUIFRAME.PLOTTING_ON: 
    898899            try: 
    … …  
    904905                msg = "ViewerFrame._get_local_plugins:" 
    905906                msg += "cannot import plotting plugin.\n %s" % sys.exc_value 
    906                 logging.error(msg) 
     907                logger.error(msg) 
    907908 
    908909        return plugins 
    … …  
    949950                                plugins.append(module.Plugin()) 
    950951                                msg = "Found plug-in: %s" % module.PLUGIN_ID 
    951                                 logging.info(msg) 
     952                                logger.info(msg) 
    952953                            except: 
    953954                                msg = "Error accessing PluginPanel" 
    … …  
    956957                    except: 
    957958                        msg = "ViewerFrame._find_plugins: %s" % sys.exc_value 
    958                         logging.error(msg) 
     959                        logger.error(msg) 
    959960                    finally: 
    960961                        if file is not None: 
    … …  
    963964            # Should raise and catch at a higher level and 
    964965            # display error on status bar 
    965             logging.error(sys.exc_value) 
     966            logger.error(sys.exc_value) 
    966967 
    967968        return plugins 
    … …  
    13851386 
    13861387        if config._do_aboutbox: 
    1387             logging.info("Doing help menu") 
     1388            logger.info("Doing help menu") 
    13881389            wx_id = wx.NewId() 
    13891390            self._help_menu.Append(wx_id, '&About', 'Software information') 
    … …  
    17461747                del self.panels[ID] 
    17471748        else: 
    1748             logging.error("delete_panel: No such plot id as %s" % ID) 
     1749            logger.error("delete_panel: No such plot id as %s" % ID) 
    17491750 
    17501751    def create_gui_data(self, data, path=None): 
    … …  
    17631764            log_msg += "load: %s\n" % str(basename) 
    17641765            log_msg += "Try Data opening...." 
    1765             logging.error(log_msg) 
     1766            logger.error(log_msg) 
    17661767            return 
    17671768 
    … …  
    18431844            log_msg += "load: %s\n" % str(path) 
    18441845            log_msg += "Try File opening ...." 
    1845             logging.error(log_msg) 
     1846            logger.error(log_msg) 
    18461847            return 
    18471848        log_msg = '' 
    … …  
    18491850        error_message = "" 
    18501851        try: 
    1851             logging.info("Loading Data...:\n" + str(path) + "\n") 
     1852            logger.info("Loading Data...:\n" + str(path) + "\n") 
    18521853            temp = self.loader.load(path) 
    18531854            if temp.__class__.__name__ == "list": 
    … …  
    18641865            error_message += " Data from cmd:\n %s\n" % str(path) 
    18651866            error_message += str(sys.exc_value) + "\n" 
    1866             logging.error(error_message) 
     1867            logger.error(error_message) 
    18671868 
    18681869    def load_folder(self, path): 
    … …  
    18851886            error_message += " Data folder from cmd:\n %s\n" % str(path) 
    18861887            error_message += str(sys.exc_value) + "\n" 
    1887             logging.error(error_message) 
     1888            logger.error(error_message) 
    18881889 
    18891890    def _on_open_state_application(self, event): 
    … …  
    20442045                msg += "and model selected. " 
    20452046                msg += "No project was saved to %s" % (str(path)) 
    2046                 logging.warning(msg) 
     2047                logger.warning(msg) 
    20472048                wx.PostEvent(self, StatusEvent(status=msg, info="error")) 
    20482049        except Exception: 
    … …  
    21112112        #IF SAS_OPENCL is set, settings are stored in the custom config file 
    21122113        self._write_opencl_config_file() 
    2113         logging.info(" --- SasView session was closed --- \n") 
     2114        logger.info(" --- SasView session was closed --- \n") 
    21142115        wx.Exit() 
    21152116        sys.exit() 
    … …  
    21402141            new_config_file.close() 
    21412142        else: 
    2142             logging.info("Failed to save OPENCL settings in custom config file") 
     2143            logger.info("Failed to save OPENCL settings in custom config file") 
    21432144 
    21442145 
    … …  
    21572158                #  
    21582159                content = response.read().strip() 
    2159                 logging.info("Connected to www.sasview.org. Latest version: %s" 
     2160                logger.info("Connected to www.sasview.org. Latest version: %s" 
    21602161                             % (content)) 
    21612162                version_info = json.loads(content) 
    21622163            except: 
    2163                 logging.info("Failed to connect to www.sasview.org") 
     2164                logger.info("Failed to connect to www.sasview.org") 
    21642165        self._process_version(version_info, standalone=event is None) 
    21652166 
    … …  
    22012202            msg = "guiframe: could not get latest application" 
    22022203            msg += " version number\n  %s" % sys.exc_value 
    2203             logging.error(msg) 
     2204            logger.error(msg) 
    22042205            if not standalone: 
    22052206                msg = "Could not connect to the application server." 
    … …  
    22482249                    dialog.Show(True) 
    22492250                except: 
    2250                     logging.error("Error in _onTutorial: %s" % sys.exc_value) 
     2251                    logger.error("Error in _onTutorial: %s" % sys.exc_value) 
    22512252                    try: 
    22522253                        # Try an alternate method 
    2253                         logging.error( 
     2254                        logger.error( 
    22542255                            "Could not open the tutorial pdf, trying xhtml2pdf") 
    22552256                        from xhtml2pdf import pisa 
    22562257                        pisa.startViewer(path) 
    22572258                    except: 
    2258                         logging.error( 
     2259                        logger.error( 
    22592260                            "Could not open the tutorial pdf with xhtml2pdf") 
    22602261                        msg = "This feature requires 'PDF Viewer'\n" 
    … …  
    22672268                    try: 
    22682269                        # Try an alternate method 
    2269                         logging.error( 
     2270                        logger.error( 
    22702271                            "Could not open the tutorial pdf, trying xhtml2pdf") 
    22712272                        from xhtml2pdf import pisa 
    22722273                        pisa.startViewer(path) 
    22732274                    except: 
    2274                         logging.error( 
     2275                        logger.error( 
    22752276                            "Could not open the tutorial pdf with xhtml2pdf") 
    22762277                        msg = "This feature requires the Preview application\n" 
    … …  
    24112412        else: 
    24122413            msg = "Guiframe does not have a current perspective" 
    2413             logging.info(msg) 
     2414            logger.info(msg) 
    24142415 
    24152416    def set_theory(self, state_id, theory_id=None): 
    … …  
    24222423            except: 
    24232424                msg = "Guiframe set_theory: \n" + str(sys.exc_value) 
    2424                 logging.info(msg) 
     2425                logger.info(msg) 
    24252426                wx.PostEvent(self, StatusEvent(status=msg, info="error")) 
    24262427        else: 
    24272428            msg = "Guiframe does not have a current perspective" 
    2428             logging.info(msg) 
     2429            logger.info(msg) 
    24292430 
    24302431    def plot_data(self, state_id, data_id=None, 
    … …  
    25082509                                            action='remove')) 
    25092510        except: 
    2510             logging.error(sys.exc_value) 
     2511            logger.error(sys.exc_value) 
    25112512 
    25122513    def save_data1d(self, data, fname): 
    … …  
    33063307            msg = "%s Could not load " % str(APPLICATION_NAME) 
    33073308            msg += "input file from command line.\n" 
    3308             logging.error(msg) 
     3309            logger.error(msg) 
    33093310        # Display a splash screen on top of the frame. 
    33103311        try: 
    … …  
    33203321            msg = "Cannot display splash screen\n" 
    33213322            msg += str(sys.exc_value) 
    3322             logging.error(msg) 
     3323            logger.error(msg) 
    33233324            self.frame.Show() 
    33243325 
    … …  
    33753376                            os.remove(file_path) 
    33763377                except: 
    3377                     logging.error("gui_manager.clean_plugin_models:\n  %s" 
     3378                    logger.error("gui_manager.clean_plugin_models:\n  %s" 
    33783379                                  % sys.exc_value) 
    33793380 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_statusbar.py

    r3a22ce7 r463e7ffc  
    1212from sas.sasgui.guiframe.gui_style import GUIFRAME_ICON 
    1313 
     14logger = logging.getLogger(__name__) 
     15 
    1416# Number of fields on the status bar 
    1517NB_FIELDS = 4 
    … …  
    7173            icon_type = event.info.lower() 
    7274            if icon_type == "warning": 
    73                 logging.warning(status) 
     75                logger.warning(status) 
    7476                color = (0, 0, 255) # blue 
    7577                icon_bmp = wx.ArtProvider.GetBitmap(wx.ART_WARNING, 
    7678                                                    wx.ART_TOOLBAR) 
    7779            if icon_type == "error": 
    78                 logging.error(status) 
     80                logger.error(status) 
    7981                color = (255, 0, 0) # red 
    8082                icon_bmp = wx.ArtProvider.GetBitmap(wx.ART_ERROR, 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/data_loader/data_loader.py

    ra674d0b r463e7ffc  
    77import wx 
    88import logging 
     9 
     10logger = logging.getLogger(__name__) 
    911 
    1012from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
    … …  
    160162                message += "\tError: {0}\n".format(error_data) 
    161163        else: 
    162             logging.error("Loader returned an invalid object:\n %s" % str(item)) 
     164            logger.error("Loader returned an invalid object:\n %s" % str(item)) 
    163165            data_error = True 
    164166 
    … …  
    182184                log_msg += "Please try to open that file from \"open project\"" 
    183185                log_msg += "or \"open analysis\" menu." 
    184                 logging.info(log_msg) 
     186                logger.info(log_msg) 
    185187                file_errors[basename] = [log_msg] 
    186188                continue 
    … …  
    212214 
    213215            except: 
    214                 logging.error(sys.exc_value) 
     216                logger.error(sys.exc_value) 
    215217 
    216218                error_message = "The Data file you selected could not be loaded.\n" 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/Plotter1D.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    2424from appearanceDialog import appearanceDialog 
    2525from graphAppearance import graphAppearance 
     26 
     27logger = logging.getLogger(__name__) 
    2628 
    2729DEFAULT_QMAX = 0.05 
    … …  
    242244                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=position)) 
    243245            except: 
    244                 logging.error(sys.exc_value) 
     246                logger.error(sys.exc_value) 
    245247            if not event.leftdown: 
    246248                # text event 
    … …  
    255257                        self.canvas.draw() 
    256258                except: 
    257                     logging.error(sys.exc_value) 
     259                    logger.error(sys.exc_value) 
    258260                event.Skip() 
    259261                return 
    … …  
    409411            self.q_ctrl[vl_ind].SetValue(str(pos_x)) 
    410412        except: 
    411             logging.error(sys.exc_value) 
     413            logger.error(sys.exc_value) 
    412414 
    413415    def set_resizing(self, resizing=False): 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/Plotter2D.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    3030from graphAppearance import graphAppearance 
    3131(InternalEvent, EVT_INTERNAL) = wx.lib.newevent.NewEvent() 
     32 
     33logger = logging.getLogger(__name__) 
    3234 
    3335DEFAULT_QMAX = 0.05 
    … …  
    432434            except: 
    433435                msg = "Add Text: Error. Check your property values..." 
    434                 logging.error(msg) 
     436                logger.error(msg) 
    435437                if self.parent != None: 
    436438                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg)) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/binder.py

    rd85c194 r463e7ffc  
    44import logging 
    55import sys 
     6 
     7logger = logging.getLogger(__name__) 
    68 
    79class Selection(object): 
    … …  
    7072            canvas.mpl_disconnect(canvas.scroll_pick_id) 
    7173        except: 
    72             logging.error(sys.exc_value) 
     74            logger.error(sys.exc_value) 
    7375        self.canvas = canvas 
    7476        self.figure = figure 

  • src/sas/sasgui/guiframe/proxy.py

    rd85c194 r463e7ffc  
    66import logging 
    77import re 
     8 
     9 
     10logger = logging.getLogger(__name__) 
    811 
    912''' 
    … …  
    7174        proxy_url_list = [] 
    7275        for this_pac_url in pac_urls_list: 
    73             logging.debug('Trying pac file (%s)...' % this_pac_url) 
     76            logger.debug('Trying pac file (%s)...' % this_pac_url) 
    7477            try: 
    7578                response = urllib2.urlopen( 
    7679                    this_pac_url, timeout=self.timeout) 
    77                 logging.debug('Succeeded (%s)...' % this_pac_url) 
     80                logger.debug('Succeeded (%s)...' % this_pac_url) 
    7881            except Exception: 
    79                 logging.debug('Failled (%s)...' % this_pac_url) 
     82                logger.debug('Failled (%s)...' % this_pac_url) 
    8083                continue 
    8184            pacStr = response.read() 
    … …  
    120123        response = None 
    121124        try: 
    122             logging.debug("Trying Direct connection to %s..."%self.url) 
     125            logger.debug("Trying Direct connection to %s..."%self.url) 
    123126            response = urllib2.urlopen(req, timeout=self.timeout) 
    124127        except Exception, e: 
    125             logging.debug("Failed!") 
    126             logging.debug(e) 
     128            logger.debug("Failed!") 
     129            logger.debug(e) 
    127130            try: 
    128                 logging.debug("Trying to use system proxy if it exists...") 
     131                logger.debug("Trying to use system proxy if it exists...") 
    129132                self._set_proxy() 
    130133                response = urllib2.urlopen(req, timeout=self.timeout) 
    131134            except Exception, e: 
    132                 logging.debug("Failed!") 
    133                 logging.debug(e) 
     135                logger.debug("Failed!") 
     136                logger.debug(e) 
    134137                pac_urls = self._get_addresses_of_proxy_pac() 
    135138                proxy_urls = self._parse_proxy_pac(pac_urls) 
    136139                for proxy in proxy_urls: 
    137140                    try: 
    138                         logging.debug("Trying to use the proxy %s found in proxy.pac configuration"%proxy) 
     141                        logger.debug("Trying to use the proxy %s found in proxy.pac configuration"%proxy) 
    139142                        self._set_proxy(proxy) 
    140143                        response = urllib2.urlopen(req, timeout=self.timeout) 
    141144                    except Exception, e: 
    142                         logging.debug("Failed!") 
    143                         logging.debug(e) 
     145                        logger.debug("Failed!") 
     146                        logger.debug(e) 
    144147        if response is not None: 
    145             logging.debug("The connection to %s was successful."%self.url) 
     148            logger.debug("The connection to %s was successful."%self.url) 
    146149        else: 
    147             logging.warning("Connection to %s failed..."%self.url) 
     150            logger.warning("Connection to %s failed..."%self.url) 
    148151        return response 
    149152 

  • src/sas/sasgui/guiframe/report_dialog.py

    r6dd6e32 r463e7ffc  
    77import sys 
    88import wx.html as html 
     9 
     10logger = logging.getLogger(__name__) 
    911 
    1012ISPDF = False 
    … …  
    135137            return pisaStatus.err 
    136138        except: 
    137             logging.error("Error creating pdf: %s" % sys.exc_value) 
     139            logger.error("Error creating pdf: %s" % sys.exc_value) 
    138140        return False 
    139141 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/calculator.py

    ra0c1e1d r463e7ffc  
    2828import logging 
    2929 
     30logger = logging.getLogger(__name__) 
     31 
    3032class Plugin(PluginBase): 
    3133    """ 
    … …  
    3638        PluginBase.__init__(self, name="Calculator") 
    3739        # Log startup 
    38         logging.info("Calculator plug-in started") 
     40        logger.info("Calculator plug-in started") 
    3941        self.sub_menu = "Tool" 
    4042        self.data_edit_frame = None 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/gen_scatter_panel.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    3838from sas.sasgui.guiframe.events import NewPlotEvent 
    3939from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
     40 
     41logger = logging.getLogger(__name__) 
    4042 
    4143_BOX_WIDTH = 76 
    … …  
    699701                ax = Axes3D(panel.figure) 
    700702            except: 
    701                 logging.error("PlotPanel could not import Axes3D") 
     703                logger.error("PlotPanel could not import Axes3D") 
    702704                raise 
    703705        panel.dimension = 3 
    … …  
    13441346            msg = "OMF Panel: %s" % sys.exc_value 
    13451347            infor = 'Error' 
    1346             #logging.error(msg) 
     1348            #logger.error(msg) 
    13471349            if self.parent.parent != None: 
    13481350                # inform msg to wx 
    … …  
    16961698                msg = "%s cannot write %s\n" % ('Generic Scattering', str(path)) 
    16971699                infor = 'Error' 
    1698                 #logging.error(msg) 
     1700                #logger.error(msg) 
    16991701                if self.parent.parent != None: 
    17001702                    # inform msg to wx 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    rddbac66 r463e7ffc  
    3232from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
    3333from .pyconsole import show_model_output, check_model 
     34 
     35logger = logging.getLogger(__name__) 
    3436 
    3537 
    … …  
    985987                exec "from %s import Model" % name 
    986988            except: 
    987                 logging.error(sys.exc_value) 
     989                logger.error(sys.exc_value) 
    988990 
    989991        # Prepare the messagebox 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/resolution_calculator_panel.py

    ra0c1e1d r463e7ffc  
    3434from sas.sasgui.perspectives.calculator import calculator_widgets as widget 
    3535from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
     36 
     37logger = logging.getLogger(__name__) 
    3638 
    3739_BOX_WIDTH = 100 
    … …  
    10981100                new_string.append(value) 
    10991101            except: 
    1100                 logging.error(sys.exc_value) 
     1102                logger.error(sys.exc_value) 
    11011103 
    11021104        return new_string 
    … …  
    11401142                        return out 
    11411143                except: 
    1142                     logging.error(sys.exc_value) 
     1144                    logger.error(sys.exc_value) 
    11431145 
    11441146    def _on_xy_coordinate(self, event=None): 
    … …  
    13181320                except: 
    13191321                    # Skip non-data lines 
    1320                     logging.error(sys.exc_value) 
     1322                    logger.error(sys.exc_value) 
    13211323 
    13221324            return [wavelength, intensity] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc.py

    r1dc8ec9 r463e7ffc  
    2020from plot_labels import * 
    2121 
     22logger = logging.getLogger(__name__) 
    2223 
    2324class Plugin(PluginBase): 
    … …  
    2930    def __init__(self): 
    3031        PluginBase.__init__(self, name="Correlation Function") 
    31         logging.info("Correlation function plug-in started") 
     32        logger.info("Correlation function plug-in started") 
    3233        self._always_active = True 
    3334        self.state_reader = Reader(self.set_state) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc_state.py

    rae9b8bf r463e7ffc  
    1313from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
    1414 
     15logger = logging.getLogger(__name__) 
     16 
    1517CORNODE_NAME = 'corfunc' 
    1618CANSAS_NS = 'cansas1d/1.0' 
    … …  
    216218                    msg = ("CorfuncState.fromXML: Could not read timestamp", 
    217219                        "\n{}").format(sys.exc_value) 
    218                     logging.error(msg) 
     220                    logger.error(msg) 
    219221 
    220222            # Parse current state 
    … …  
    360362            msg = "XML document does not contain CorfuncState information\n{}" 
    361363            msg.format(sys.exc_value) 
    362             logging.info(msg) 
     364            logger.info(msg) 
    363365        return state 

  • src/sas/sasgui/perspectives/file_converter/file_converter.py

    rba65aff r463e7ffc  
    66from sas.sasgui.guiframe.plugin_base import PluginBase 
    77from sas.sasgui.perspectives.file_converter.converter_panel import ConverterWindow 
     8 
     9logger = logging.getLogger(__name__) 
    810 
    911class Plugin(PluginBase): 
    … …  
    1517    def __init__(self): 
    1618        PluginBase.__init__(self, name="File Converter") 
    17         logging.info("File Converter plug-in started") 
     19        logger.info("File Converter plug-in started") 
    1820        self._sub_menu = "Tool" 
    1921        self.converter_frame = None 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    red2276f r9c0f3c17  
    3434from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
    3535 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3637 
    3738(PageInfoEvent, EVT_PAGE_INFO) = wx.lib.newevent.NewEvent() 
    … …  
    782783                except Exception: 
    783784                    # Skip non-data lines 
    784                     logging.error(traceback.format_exc()) 
     785                    logger.error(traceback.format_exc()) 
    785786            return np.array(angles), np.array(weights) 
    786787        except: 
    … …  
    13041305                    [state.values, state.weights] 
    13051306            except Exception: 
    1306                 logging.error(traceback.format_exc()) 
     1307                logger.error(traceback.format_exc()) 
    13071308            selection = self._find_polyfunc_selection(disp_model) 
    13081309            for list in self.fittable_param: 
    … …  
    13211322                            list[6].Disable() 
    13221323                        except Exception: 
    1323                             logging.error(traceback.format_exc()) 
     1324                            logger.error(traceback.format_exc()) 
    13241325            # For array, disable all fixed params 
    13251326            if selection == 1: 
    … …  
    13301331                            item[2].Disable() 
    13311332                        except Exception: 
    1332                             logging.error(traceback.format_exc()) 
     1333                            logger.error(traceback.format_exc()) 
    13331334 
    13341335    def _selectDlg(self): 
    … …  
    14511452                self.Refresh() 
    14521453 
    1453         # logging.info("is_modified flag set to %g",is_modified) 
     1454        # logger.info("is_modified flag set to %g",is_modified) 
    14541455        return is_modified 
    14551456 
    … …  
    15561557            self.save_current_state() 
    15571558        except Exception: 
    1558             logging.error(traceback.format_exc()) 
     1559            logger.error(traceback.format_exc()) 
    15591560 
    15601561        return flag, is_modified 
    … …  
    23712372                    self.model.set_dispersion(p, disp_model) 
    23722373                except Exception: 
    2373                     logging.error(traceback.format_exc()) 
     2374                    logger.error(traceback.format_exc()) 
    23742375 
    23752376        # save state into 
    … …  
    24862487            self.Refresh() 
    24872488        except Exception: 
    2488             logging.error(traceback.format_exc()) 
     2489            logger.error(traceback.format_exc()) 
    24892490            # Error msg 
    24902491            msg = "Error occurred:" 
    … …  
    25872588                del self.state.model._persistency_dict[name.split('.')[0]] 
    25882589        except Exception: 
    2589             logging.error(traceback.format_exc()) 
     2590            logger.error(traceback.format_exc()) 
    25902591 
    25912592    def _lay_out(self): 
    … …  
    27192720            except Exception: 
    27202721                # Not for control panels 
    2721                 logging.error(traceback.format_exc()) 
     2722                logger.error(traceback.format_exc()) 
    27222723        # Make sure the resduals plot goes to the last 
    27232724        if res_item is not None: 
    … …  
    30523053                    disfunc = str(item[7].GetValue()) 
    30533054            except Exception: 
    3054                 logging.error(traceback.format_exc()) 
     3055                logger.error(traceback.format_exc()) 
    30553056 
    30563057            # 2D 
    … …  
    30953096                        disfunc += ' ' + str(weight) 
    30963097            except Exception: 
    3097                 logging.error(traceback.format_exc()) 
     3098                logger.error(traceback.format_exc()) 
    30983099            content += name + ',' + str(check) + ',' + value + disfunc + ',' + \ 
    30993100                       bound_lo + ',' + bound_hi + ':' 
    … …  
    33663367 
    33673368        except Exception: 
    3368             logging.error(traceback.format_exc()) 
     3369            logger.error(traceback.format_exc()) 
    33693370            print "Error in BasePage._paste_poly_help: %s" % \ 
    33703371                  sys.exc_info()[1] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    red2276f r9c0f3c17  
    4848 
    4949from . import models 
     50 
     51logger = logging.getLogger(__name__) 
    5052 
    5153MAX_NBR_DATA = 4 
    … …  
    119121        self.page_finder = {} 
    120122        # Log startup 
    121         logging.info("Fitting plug-in started") 
     123        logger.info("Fitting plug-in started") 
    122124        self.batch_capable = self.get_batch_capable() 
    123125 
    … …  
    346348                                page.formfactorbox.SetLabel(current_val) 
    347349        except: 
    348             logging.error("update_custom_combo: %s", sys.exc_value) 
     350            logger.error("update_custom_combo: %s", sys.exc_value) 
    349351 
    350352    def set_edit_menu(self, owner): 
    … …  
    586588                msg = "Fitting: cannot deal with the theory received" 
    587589                evt = StatusEvent(status=msg, info="error") 
    588                 logging.error("set_theory " + msg + "\n" + str(sys.exc_value)) 
     590                logger.error("set_theory " + msg + "\n" + str(sys.exc_value)) 
    589591                wx.PostEvent(self.parent, evt) 
    590592 
    … …  
    17961798        Handle exception from calculator by posting it as an error. 
    17971799        """ 
    1798         logging.error("".join(traceback.format_exception(etype, value, tb))) 
     1800        logger.error("".join(traceback.format_exception(etype, value, tb))) 
    17991801        msg = traceback.format_exception(etype, value, tb, limit=1) 
    18001802        evt = StatusEvent(status="".join(msg), type="stop", info="error") 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r11b094f r463e7ffc  
    1818from sas.sasgui.guiframe.CategoryInstaller import CategoryInstaller 
    1919from sasmodels.sasview_model import load_custom_model, load_standard_models 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123 
    … …  
    168170    if not os.path.isdir(dir): 
    169171        msg = "SasView couldn't locate Model plugin folder %r." % dir 
    170         logging.warning(msg) 
     172        logger.warning(msg) 
    171173        return {} 
    172174 
    173175    plugin_log("looking for models in: %s" % str(dir)) 
    174176    #compile_file(dir)  #always recompile the folder plugin 
    175     logging.info("plugin model dir: %s" % str(dir)) 
     177    logger.info("plugin model dir: %s" % str(dir)) 
    176178 
    177179    plugins = {} 
    … …  
    188190                msg += "\nwhile accessing model in %r" % path 
    189191                plugin_log(msg) 
    190                 logging.warning("Failed to load plugin %r. See %s for details" 
     192                logger.warning("Failed to load plugin %r. See %s for details" 
    191193                                % (path, PLUGIN_LOG)) 
    192194             
    … …  
    261263        if self.is_changed(): 
    262264            return  _findModels(dir) 
    263         logging.info("plugin model : %s" % str(temp)) 
     265        logger.info("plugin model : %s" % str(temp)) 
    264266        return temp 
    265267 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    red2276f r9c0f3c17  
    3333from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Collimation, Detector 
    3434from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process, Aperture 
     35 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3537 
    3638# Information to read/write state as xml 
    … …  
    395397                    msg = "Save state does not have enough information to load" 
    396398                    msg += " the all of the data." 
    397                     logging.warning(msg=msg) 
     399                    logger.warning(msg=msg) 
    398400            else: 
    399401                self.formfactorcombobox = FIRST_FORM[self.categorycombobox] 
    … …  
    620622            except Exception: 
    621623                msg = "Report string expected 'name: value' but got %r" % line 
    622                 logging.error(msg) 
     624                logger.error(msg) 
    623625            if name.count("State created"): 
    624626                repo_time = "" + value 
    … …  
    662664                except Exception: 
    663665                    msg = "While parsing 'data: ...'\n" 
    664                     logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     666                    logger.error(msg + traceback.format_exc()) 
    665667            if name == "model name ": 
    666668                try: 
    … …  
    678680                except Exception: 
    679681                    msg = "While parsing 'Plotting Range: ...'\n" 
    680                     logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     682                    logger.error(msg + traceback.format_exc()) 
    681683        paramval = "" 
    682684        for lines in param_string.split(":"): 
    … …  
    10371039                    msg = "PageState.fromXML: Could not" 
    10381040                    msg += " read timestamp\n %s" % sys.exc_value 
    1039                     logging.error(msg) 
     1041                    logger.error(msg) 
    10401042 
    10411043            if entry is not None: 
    … …  
    10771079                            except Exception: 
    10781080                                base = "unable to load distribution %r for %s" 
    1079                                 logging.error(base % (value, parameter)) 
     1081                                logger.error(base % (value, parameter)) 
    10801082                                continue 
    10811083                        _disp_obj_dict = getattr(self, varname) 
    … …  
    10991101                                msg = ("Error reading %r from %s %s\n" 
    11001102                                       % (line, tagname, name)) 
    1101                                 logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     1103                                logger.error(msg + traceback.format_exc()) 
    11021104                        dic[name] = np.array(value_list) 
    11031105                    setattr(self, varname, dic) 
    … …  
    12071209 
    12081210        except: 
    1209             logging.info("XML document does not contain fitting information.\n" 
     1211            logger.info("XML document does not contain fitting information.\n" 
    12101212                         + traceback.format_exc()) 
    12111213 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant.py

    rc10d9d6c r463e7ffc  
    2727from sas.sasgui.guiframe.plugin_base import PluginBase 
    2828 
     29logger = logging.getLogger(__name__) 
     30 
    2931class Plugin(PluginBase): 
    3032    """ 
    … …  
    4648 
    4749        # Log startup 
    48         logging.info("Invariant plug-in started") 
     50        logger.info("Invariant plug-in started") 
    4951 
    5052    def get_data(self): 
    … …  
    280282 
    281283        except: 
    282             logging.error("invariant.set_state: %s" % sys.exc_value) 
     284            logger.error("invariant.set_state: %s" % sys.exc_value) 
    283285 
    284286    def on_set_state_helper(self, event=None): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_panel.py

    r18b7ecb9 r463e7ffc  
    2424from sas.sasgui.guiframe.panel_base import PanelBase 
    2525from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
     26 
     27logger = logging.getLogger(__name__) 
    2628 
    2729# The minimum q-value to be used when extrapolating 
    … …  
    460462                self._manager.plot_theory(name="Low-Q extrapolation") 
    461463            except: 
    462                 logging.error(sys.exc_value) 
     464                logger.error(sys.exc_value) 
    463465 
    464466    def get_high_qstar(self, inv, high_q=False): 
    … …  
    494496                self._manager.plot_theory(name="High-Q extrapolation") 
    495497            except: 
    496                 logging.error(sys.exc_value) 
     498                logger.error(sys.exc_value) 
    497499 
    498500    def get_qstar(self, inv): 
    … …  
    845847            attr.SetValue(value) 
    846848        except: 
    847             logging.error("Invariant state: %s", sys.exc_value) 
     849            logger.error("Invariant state: %s", sys.exc_value) 
    848850 
    849851    def get_bookmark_by_num(self, num=None): 
    … …  
    862864            _, _, current_state, comp_state = self.state.bookmark_list[int(num)] 
    863865        except: 
    864             logging.error(sys.exc_value) 
     866            logger.error(sys.exc_value) 
    865867            raise ValueError, "No such bookmark exists" 
    866868 
    … …  
    957959                    self.state.clone_state() 
    958960        except: 
    959             logging.error(sys.exc_value) 
     961            logger.error(sys.exc_value) 
    960962 
    961963        self._set_undo_flag(True) 
    … …  
    10011003                del self.state.state_list[str(i)] 
    10021004            except: 
    1003                 logging.error(sys.exc_value) 
     1005                logger.error(sys.exc_value) 
    10041006        # Enable the undo button if it was not 
    10051007        self._set_undo_flag(True) 
    … …  
    10661068                del self.state.state_list[str(i)] 
    10671069            except: 
    1068                 logging.error(sys.exc_value) 
     1070                logger.error(sys.exc_value) 
    10691071 
    10701072        # try to add new state of the text changes in the state_list 
    … …  
    10811083            self.state.state_list[str(self.state.state_num)] = self.state.clone_state() 
    10821084        except: 
    1083             logging.error(sys.exc_value) 
     1085            logger.error(sys.exc_value) 
    10841086 
    10851087        self._set_undo_flag(True) 
    … …  
    11031105            self.state.state_list[str(self.state.state_num)] = self.state.clone_state() 
    11041106        except: 
    1105             logging.error(sys.exc_value) 
     1107            logger.error(sys.exc_value) 
    11061108 
    11071109    def _get_input_list(self): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_state.py

    rdb5294e r463e7ffc  
    1616from sas.sasgui.guiframe.gui_style import GUIFRAME_ID 
    1717from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D 
     18 
     19logger = logging.getLogger(__name__) 
    1820 
    1921INVNODE_NAME = 'invariant' 
    … …  
    381383                    msg = "InvariantSate.fromXML: Could not read" 
    382384                    msg += " timestamp\n %s" % sys.exc_value 
    383                     logging.error(msg) 
     385                    logger.error(msg) 
    384386 
    385387            # Parse bookmarks 
    … …  
    694696            msg = "XML document does not contain invariant" 
    695697            msg += " information.\n %s" % sys.exc_value 
    696             logging.info(msg) 
     698            logger.info(msg) 
    697699        return state 
    698700 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/report_dialog.py

    rd85c194 r463e7ffc  
    2020 
    2121from sas.sasgui.guiframe.report_dialog import BaseReportDialog 
     22 
     23logger = logging.getLogger(__name__) 
    2224 
    2325class ReportDialog(BaseReportDialog): 
    … …  
    9294                    except: 
    9395                        # DO not open 
    94                         logging.error("Could not open file: %s" % sys.exc_value) 
     96                        logger.error("Could not open file: %s" % sys.exc_value) 
    9597            # delete image file 
    9698            os.remove(pic_fname) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/explore_dialog.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    2222import logging 
    2323import sys 
     24 
     25logger = logging.getLogger(__name__) 
    2426 
    2527# Avoid Matplotlib complaining about the lack of legend on the plot 
    … …  
    284286            msg += "a change in the " % str(output_type) 
    285287            msg += "ExploreDialog code." 
    286             logging.error(msg) 
     288            logger.error(msg) 
    287289 
    288290    def __do_layout(self): 
    … …  
    418420                msg = "ExploreDialog: inversion failed " 
    419421                msg += "for D_max=%s\n%s" % (str(d), sys.exc_value) 
    420                 logging.error(msg) 
     422                logger.error(msg) 
    421423 
    422424        self.results = results 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_panel.py

    r18b7ecb9 r463e7ffc  
    1717from pr_widgets import OutputTextCtrl 
    1818from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
     19 
     20logger = logging.getLogger(__name__) 
    1921 
    2022if sys.platform.count("win32") > 0: 
    … …  
    710712            self.alpha_ctl.SetValue(alpha) 
    711713        except ValueError: 
    712             logging.error("InversionControl._on_accept_alpha got a value that was not a number: %s" % alpha ) 
     714            logger.error("InversionControl._on_accept_alpha got a value that was not a number: %s" % alpha ) 
    713715        except: 
    714716            # No estimate or bad estimate, either do nothing 
    715             logging.error("InversionControl._on_accept_alpha: %s" % sys.exc_value) 
     717            logger.error("InversionControl._on_accept_alpha: %s" % sys.exc_value) 
    716718 
    717719    def _on_accept_nterms(self, evt): 
    … …  
    726728            self.nfunc_ctl.SetValue(nterms) 
    727729        except ValueError: 
    728             logging.error("InversionControl._on_accept_nterms got a value that was not a number: %s" % nterms ) 
     730            logger.error("InversionControl._on_accept_nterms got a value that was not a number: %s" % nterms ) 
    729731        except: 
    730732            # No estimate or bad estimate, either do nothing 
    731             logging.error("InversionControl._on_accept_nterms: %s" % sys.exc_value) 
     733            logger.error("InversionControl._on_accept_nterms: %s" % sys.exc_value) 
    732734 
    733735    def clear_panel(self): 
    … …  
    947949            except: 
    948950                msg = "InversionControl._change_file: %s" % sys.exc_value 
    949                 logging.error(msg) 
     951                logger.error(msg) 
    950952 
    951953    def on_help(self, event): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_state.py

    rd85c194 r463e7ffc  
    2222from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import get_content 
    2323 
     24logger = logging.getLogger(__name__) 
     25 
    2426PRNODE_NAME = 'pr_inversion' 
    2527CANSAS_NS = "cansas1d/1.0" 
    … …  
    250252                    msg = "InversionState.fromXML: Could not read " 
    251253                    msg += "timestamp\n %s" % sys.exc_value 
    252                     logging.error(msg) 
     254                    logger.error(msg) 
    253255 
    254256            # Parse inversion inputs 
    … …  
    306308                        err_msg += "%d %d" % (len(self.coefficients), 
    307309                                              self.nfunc) 
    308                         logging.error(err_msg) 
     310                        logger.error(err_msg) 
    309311                        self.coefficients = None 
    310312 
    … …  
    343345                        err_msg += " covariance matrix: " 
    344346                        err_msg += "%d %d" % (len(self.covariance), self.nfunc) 
    345                         logging.error(err_msg) 
     347                        logger.error(err_msg) 
    346348                        self.covariance = None 
    347349 
    … …  
    430432            msg = "XML document does not contain P(r) " 
    431433            msg += "information.\n %s" % sys.exc_value 
    432             logging.info(msg) 
     434            logger.info(msg) 
    433435 
    434436        return state 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/pr.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    3434from pr_widgets import load_error 
    3535from sas.sasgui.guiframe.plugin_base import PluginBase 
     36 
     37logger = logging.getLogger(__name__) 
    3638 
    3739 
    … …  
    113115 
    114116        # Log startup 
    115         logging.info("Pr(r) plug-in started") 
     117        logger.info("Pr(r) plug-in started") 
    116118 
    117119    def delete_data(self, data_id): 
    … …  
    181183            self.control_panel.set_state(state) 
    182184        except: 
    183             logging.error("prview.set_state: %s" % sys.exc_value) 
     185            logger.error("prview.set_state: %s" % sys.exc_value) 
    184186 
    185187 
    … …  
    508510                    data_err = np.append(data_err, err) 
    509511                except: 
    510                     logging.error(sys.exc_value) 
     512                    logger.error(sys.exc_value) 
    511513 
    512514        if not scale == None: 
    … …  
    559561                        data_err = np.append(data_err, err) 
    560562                    except: 
    561                         logging.error(sys.exc_value) 
     563                        logger.error(sys.exc_value) 
    562564                elif line.find("The 6 columns") >= 0: 
    563565                    data_started = True 
    … …  
    12011203            dataset = panel.plots[panel.graph.selected_plottable].name 
    12021204        else: 
    1203             logging.info("Prview Error: No data is available") 
     1205            logger.info("Prview Error: No data is available") 
    12041206            return 
    12051207 
    … …  
    12111213        except: 
    12121214            self.control_panel.alpha = self.alpha 
    1213             logging.info("Prview :Alpha Not estimate yet") 
     1215            logger.info("Prview :Alpha Not estimate yet") 
    12141216        try: 
    12151217            estimate = int(self.control_panel.nterms_estimate) 
    … …  
    12171219        except: 
    12181220            self.control_panel.nfunc = self.nfunc 
    1219             logging.info("Prview : ntemrs Not estimate yet") 
     1221            logger.info("Prview : ntemrs Not estimate yet") 
    12201222 
    12211223        self.current_plottable = panel.plots[panel.graph.selected_plottable] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/simulation/simulation.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    2424from sas.sascalc.data_util.calcthread import CalcThread 
    2525from sas.guicomm.events import NewPlotEvent, StatusEvent     
     26 
     27logger = logging.getLogger(__name__) 
    2628 
    2729class Calc1D(CalcThread): 
    … …  
    9395        self._default_save_location = os.getcwd() 
    9496        # Log startup 
    95         logging.info("Simulation plug-in started") 
     97        logger.info("Simulation plug-in started") 
    9698         
    9799    def get_panels(self, parent): 

  • src/sas/sasgui/plottools/PlotPanel.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    3333from sas.sasgui.guiframe.events import StatusEvent 
    3434from .toolbar import NavigationToolBar, PlotPrintout, bind 
     35 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3537 
    3638def show_tree(obj, d=0): 
    … …  
    15061508                    from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
    15071509                except: 
    1508                     logging.error("PlotPanel could not import Axes3D") 
     1510                    logger.error("PlotPanel could not import Axes3D") 
    15091511                self.subplot.figure.clear() 
    15101512                ax = Axes3D(self.subplot.figure) 

  • src/sas/sasgui/plottools/binder.py

    rd7bb526 r463e7ffc  
    44import sys 
    55import logging 
     6 
     7logger = logging.getLogger(__name__) 
    68 
    79class Selection(object): 
    … …  
    121123            for cid in self._connections: self.canvas.mpl_disconnect(cid) 
    122124        except: 
    123             logging.error("Error disconnection canvas: %s" % sys.exc_value) 
     125            logger.error("Error disconnection canvas: %s" % sys.exc_value) 
    124126        self._connections = [] 
    125127 

  • src/sas/sasgui/plottools/canvas.py

    rd7bb526 r463e7ffc  
    1111from matplotlib.backends.backend_wx import RendererWx 
    1212 
     13logger = logging.getLogger(__name__) 
     14 
    1315 
    1416def draw_image(self, x, y, im, bbox, clippath=None, clippath_trans=None): 
    … …  
    9698            dc.DrawBitmap(self.canvas.bitmap, (0, 0)) 
    9799        except: 
    98             logging.error(sys.exc_value) 
     100            logger.error(sys.exc_value) 
    99101 
    100102    # restore original figure  resolution 
    … …  
    207209                fig.draw(self) 
    208210            except ValueError: 
    209                 logging.error(sys.exc_value) 
     211                logger.error(sys.exc_value) 
    210212        else: 
    211213            self._isRendered = False 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottables.py

    r9a5097c r9c0f3c17  
    4646import sys 
    4747import logging 
     48 
     49logger = logging.getLogger(__name__) 
    4850 
    4951if 'any' not in dir(__builtins__): 
    … …  
    808810                        tempdy.append(self.dy[i]) 
    809811                except: 
    810                     logging.error("check_data_logX: skipping point x %g", self.x[i]) 
    811                     logging.error(sys.exc_value) 
     812                    logger.error("check_data_logX: skipping point x %g", self.x[i]) 
     813                    logger.error(sys.exc_value) 
    812814            self.x = tempx 
    813815            self.y = tempy 
    … …  
    838840                        tempdy.append(self.dy[i]) 
    839841                except: 
    840                     logging.error("check_data_logY: skipping point %g", self.y[i]) 
    841                     logging.error(sys.exc_value) 
     842                    logger.error("check_data_logY: skipping point %g", self.y[i]) 
     843                    logger.error(sys.exc_value) 
    842844 
    843845            self.x = tempx 

  • src/sas/sasgui/plottools/toolbar.py

    rd7bb526 r463e7ffc  
    66from matplotlib.backends.backend_wx import _load_bitmap 
    77import logging 
     8 
     9logger = logging.getLogger(__name__) 
    810 
    911# Event binding code changed after version 2.5 
    … …  
    9496            self._parent.onToolContextMenu(event=event) 
    9597        except: 
    96             logging.error("Plot toolbar could not show menu") 
     98            logger.error("Plot toolbar could not show menu") 
    9799 
    98100    def context_menu(self, event): 
    … …  
    122124        except: 
    123125            import traceback 
    124             logging.error(traceback.format_exc()) 
     126            logger.error(traceback.format_exc()) 
    125127 
    126128    def copy_figure(self, event): 

  • src/sas/sascalc/data_util/qsmearing.py

    r9a5097c r0ac6e11  
    6767    if _found_sesans == True: 
    6868        #Pre-compute the Hankel matrix (H) 
    69         qmax, qunits = data.sample.zacceptance 
    7069        SElength = Converter(data._xunit)(data.x, "A") 
    71         zaccept = Converter(qunits)(qmax, "1/A"), 
     70 
     71        theta_max = Converter("radians")(data.sample.zacceptance)[0] 
     72        q_max = 2 * np.pi / np.max(data.source.wavelength) * np.sin(theta_max) 
     73        zaccept = Converter("1/A")(q_max, "1/" + data.source.wavelength_unit), 
     74 
    7275        Rmax = 10000000 
    7376        hankel = SesansTransform(data.x, SElength, zaccept, Rmax) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r9a5097c r747334d  
    354354    ## SESANS zacceptance 
    355355    zacceptance = None 
     356    yacceptance = None 
    356357 
    357358    def __init__(self): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    rad4632c r747334d  
    135135                             "Sesans": {"storeas": "content"}, 
    136136                             "zacceptance": {"storeas": "float"}, 
     137                             "yacceptance": {"storeas": "float"}, 
    137138                             "<any>" : ANY 
    138139                            } 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r9a5097c r0ac6e11  
    11""" 
    22    SESANS reader (based on ASCII reader) 
    3      
     3 
    44    Reader for .ses or .sesans file format 
    5      
    6     Jurrian Bakker  
     5 
     6    Jurrian Bakker 
    77""" 
     8import logging 
    89import numpy as np 
    910import os 
    … …  
    1819_ZERO = 1e-16 
    1920 
     21 
    2022class Reader: 
    2123    """ 
    2224    Class to load sesans files (6 columns). 
    2325    """ 
    24     ## File type 
     26    # File type 
    2527    type_name = "SESANS" 
    26      
    27     ## Wildcards 
     28 
     29    # Wildcards 
    2830    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses", 
    2931            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"] 
    30     ## List of allowed extensions 
     32    # List of allowed extensions 
    3133    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS'] 
    32      
    33     ## Flag to bypass extension check 
     34 
     35    # Flag to bypass extension check 
    3436    allow_all = True 
    35      
     37 
    3638    def read(self, path): 
    37          
    38 #        print "reader triggered" 
    39          
    4039        """ 
    4140        Load data file 
    42          
     41 
    4342        :param path: file path 
    44          
     43 
    4544        :return: SESANSData1D object, or None 
    46          
     45 
    4746        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    4847        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    … …  
    5150            basename = os.path.basename(path) 
    5251            _, extension = os.path.splitext(basename) 
    53             if self.allow_all or extension.lower() in self.ext: 
    54                 try: 
    55                     # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
    56                     # characters that brakes the open operation 
    57                     input_f = open(path,'rb') 
    58                 except: 
    59                     raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    60                 buff = input_f.read() 
    61                 lines = buff.splitlines() 
    62                 x  = np.zeros(0) 
    63                 y  = np.zeros(0) 
    64                 dy = np.zeros(0) 
    65                 lam  = np.zeros(0) 
    66                 dlam = np.zeros(0) 
    67                 dx = np.zeros(0) 
    68                  
    69                #temp. space to sort data 
    70                 tx  = np.zeros(0) 
    71                 ty  = np.zeros(0) 
    72                 tdy = np.zeros(0) 
    73                 tlam  = np.zeros(0) 
    74                 tdlam = np.zeros(0) 
    75                 tdx = np.zeros(0) 
    76                 output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    77                 self.filename = output.filename = basename 
     52            if not (self.allow_all or extension.lower() in self.ext): 
     53                raise RuntimeError("{} has an unrecognized file extension".format(path)) 
     54        else: 
     55            raise RunetimeError("{} is not a file".format(path)) 
     56        with open(path, 'r') as input_f: 
     57            # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
     58            # characters that brakes the open operation 
     59            line = input_f.readline() 
     60            params = {} 
     61            while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
     62                terms = line.split() 
     63                if len(terms) >= 2: 
     64                    params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
     65                line = input_f.readline() 
     66            self.params = params 
     67            headers = input_f.readline().split() 
    7868 
    79                 paramnames=[] 
    80                 paramvals=[] 
    81                 zvals=[] 
    82                 dzvals=[] 
    83                 lamvals=[] 
    84                 dlamvals=[] 
    85                 Pvals=[] 
    86                 dPvals=[] 
     69            data = np.loadtxt(input_f) 
     70            if data.size < 1: 
     71                raise RuntimeError("{} is empty".format(path)) 
     72            x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     73            dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
     74            lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     75            dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     76            y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     77            dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    8778 
    88                 for line in lines: 
    89                     # Initial try for CSV (split on ,) 
    90                     line=line.strip() 
    91                     toks = line.split('\t') 
    92                     if len(toks)==2: 
    93                         paramnames.append(toks[0]) 
    94                         paramvals.append(toks[1]) 
    95                     if len(toks)>5: 
    96                         zvals.append(toks[0]) 
    97                         dzvals.append(toks[3]) 
    98                         lamvals.append(toks[4]) 
    99                         dlamvals.append(toks[5]) 
    100                         Pvals.append(toks[1]) 
    101                         dPvals.append(toks[2]) 
    102                     else: 
    103                         continue 
     79            lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     80            x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     81            dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
     82                dx, lam_unit, 
     83                self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     84            dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
     85                dlam, lam_unit, 
     86                self._unit_fetch("Wavelength")) 
     87            y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    10488 
    105                 x=[] 
    106                 y=[] 
    107                 lam=[] 
    108                 dx=[] 
    109                 dy=[] 
    110                 dlam=[] 
    111                 lam_header = lamvals[0].split() 
    112                 data_conv_z = None 
    113                 default_z_unit = "A" 
    114                 data_conv_P = None 
    115                 default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    116                 lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
    117                 if lam_unit == 'AA': 
    118                     lam_unit = 'A' 
    119                 varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    120                 valrange=range(1, len(zvals)) 
    121                 for i in valrange: 
    122                     x.append(float(zvals[i])) 
    123                     y.append(float(Pvals[i])) 
    124                     lam.append(float(lamvals[i])) 
    125                     dy.append(float(dPvals[i])) 
    126                     dx.append(float(dzvals[i])) 
    127                     dlam.append(float(dlamvals[i])) 
     89            output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, 
     90                            isSesans=True) 
    12891 
    129                 x,y,lam,dy,dx,dlam = [ 
    130                     np.asarray(v, 'double') 
    131                    for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam) 
    132                 ] 
     92            output.y_unit = y_unit 
     93            output.x_unit = x_unit 
     94            output.source.wavelength_unit = lam_unit 
     95            output.source.wavelength = lam 
     96            self.filename = output.filename = basename 
     97            output.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     98            # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     99            output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
     100            # Store loading process information 
     101            output.meta_data['loader'] = self.type_name 
     102            output.sample.name = params["Sample"] 
     103            output.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     104            output.sample.thickness = float( 
     105                self._unit_conversion( 
     106                    params["Thickness"], "cm", self._unit_fetch("Thickness"))[0]) 
    133107 
    134                 input_f.close() 
     108            output.sample.zacceptance = ( 
     109                float(params["Theta_zmax"]), 
     110                self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    135111 
    136                 output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    137                 output.y = y 
    138                 output.y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added 
    139                 output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    140                 output.dy = dy 
    141                 output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit) 
    142                 output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    143                  
    144                 output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit) 
    145                 output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     112            output.sample.yacceptance = ( 
     113                float(params["Theta_ymax"]), 
     114                self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
     115            return output 
    146116 
    147                 # Store loading process information 
    148                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    149                 #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    150                 output.sample.name = paramvals[1] 
    151                 output.sample.ID = paramvals[0] 
    152                 zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    153                 zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    154                 if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == r'\A^-1': 
    155                     zaccept_unit = "1/A" 
    156                 output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
    157                 output.vars = varheader 
     117    @staticmethod 
     118    def _unit_conversion(value, value_unit, default_unit): 
     119        """ 
     120        Performs unit conversion on a measurement. 
    158121 
    159                 if len(output.x) < 1: 
    160                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
    161                 return output 
    162  
    163         else: 
    164             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    165         return None 
    166  
    167     def _unit_conversion(self, value, value_unit, default_unit): 
    168         if has_converter == True and value_unit != default_unit: 
     122        :param value: The magnitude of the measurement 
     123        :param value_unit: a string containing the final desired unit 
     124        :param default_unit: a string containing the units of the original measurement 
     125        :return: The magnitude of the measurement in the new units 
     126        """ 
     127        # (float, string, string) -> float 
     128        if has_converter and value_unit != default_unit: 
    169129            data_conv_q = Converter(value_unit) 
    170130            value = data_conv_q(value, units=default_unit) 
    … …  
    173133            new_unit = value_unit 
    174134        return value, new_unit 
     135 
     136    def _unit_fetch(self, unit): 
     137        return self.params[unit+"_unit"] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.