source: sasmodels/Models/code_triaxialellipse.py @ 099e053

core_shell_microgelscostrafo411magnetic_modelrelease_v0.94release_v0.95ticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since 099e053 was ca6c007, checked in by HMP1 <helen.park@…>, 10 years ago

further organizing

  • Property mode set to 100644
File size: 3.9 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3
4import numpy as np
5import pyopencl as cl
6
7from weights import GaussianDispersion
8from sasmodel import card
9
10
11def set_precision(src, qx, qy, dtype):
12    qx = np.ascontiguousarray(qx, dtype=dtype)
13    qy = np.ascontiguousarray(qy, dtype=dtype)
14    if np.dtype(dtype) == np.dtype('float32'):
15        header = """\
16#define real float
17"""
18    else:
19        header = """\
20#pragma OPENCL EXTENSION cl_khr_fp64: enable
21#define real double
22"""
23    return header+src, qx, qy
24
25class GpuTriEllipse:
26    PARS = {'scale':1, 'axisA':35, 'axisB':100, 'axisC':400, 'sldEll':1e-6, 'sldSolv':6.3e-6, 'background':0,
27            'theta':0, 'phi':0, 'psi':0}
28
29    PD_PARS = ['axisA', 'axisB', 'axisC', 'theta', 'phi', 'psi']
30
31    def __init__(self, qx, qy, dtype='float32'):
32        ctx,_queue = card()
33        src, qx, qy = set_precision(open('Kernel/Kernel-TriaxialEllipse.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype)
34        self.prg = cl.Program(ctx, src).build()
35        self.qx, self.qy = qx, qy
36
37        #buffers
38        mf = cl.mem_flags
39        self.qx_b = cl.Buffer(ctx, mf.READ_ONLY | mf.COPY_HOST_PTR, hostbuf=self.qx)
40        self.qy_b = cl.Buffer(ctx, mf.READ_ONLY | mf.COPY_HOST_PTR, hostbuf=self.qy)
41        self.res_b = cl.Buffer(ctx, mf.WRITE_ONLY, qx.nbytes)
42        self.res = np.empty_like(self.qx)
43
44    def eval(self, pars):
45
46        _ctx,queue = card()
47        axisA, axisB, axisC, theta, phi, psi = \
48            [GaussianDispersion(int(pars[base+'_pd_n']), pars[base+'_pd'], pars[base+'_pd_nsigma'])
49             for base in GpuTriEllipse.PD_PARS]
50
51        axisA.value, axisA.weight = axisA.get_weights(pars['axisA'], 0, 10000, True)
52        axisB.value, axisB.weight = axisB.get_weights(pars['axisB'], 0, 10000, True)
53        axisC.value, axisC.weight = axisC.get_weights(pars['axisC'], 0, 10000, True)
54        theta.value, theta.weight = theta.get_weights(pars['theta'], -90, 180, False)
55        phi.value, phi.weight = phi.get_weights(pars['phi'], -90, 180, False)
56        psi.value, psi.weight = psi.get_weights(pars['psi'], -90, 180, False)
57
58        sum, norm, norm_vol, vol = 0.0, 0.0, 0.0, 0.0
59        size = len(theta.weight)
60        sub = pars['sldEll'] - pars['sldSolv']
61
62        real = np.float32 if self.qx.dtype == np.dtype('float32') else np.float64
63        for a in xrange(len(axisA.weight)):
64            for b in xrange(len(axisB.weight)):
65                for c in xrange(len(axisC.weight)):
66                    for t in xrange(len(theta.weight)):
67                        for i in xrange(len(phi.weight)):
68                            for s in xrange(len(psi.weight)):
69                                self.prg.TriaxialEllipseKernel(queue, self.qx.shape, None, self.qx_b, self.qy_b, self.res_b,
70                                            real(sub), real(pars['scale']), real(axisA.value[a]), real(axisB.value[b]),
71                                            real(axisC.value[c]), real(phi.value[i]), real(theta.value[t]), real(psi.value[s]),
72                                            real(axisA.weight[a]), real(axisB.weight[b]), real(axisC.weight[c]), real(psi.weight[s]),
73                                            real(phi.weight[i]), real(theta.weight[t]), np.uint32(self.qx.size), np.uint32(size))
74                                cl.enqueue_copy(queue, self.res, self.res_b)
75                                sum += self.res
76
77                                vol += axisA.weight[a]*axisB.weight[b]*axisC.weight[c]*axisA.value[a]*axisB.value[b]*axisC.value[c]
78                                norm_vol += axisA.weight[a]*axisB.weight[b]*axisC.weight[c]
79                                norm += axisA.weight[a]*axisB.weight[b]*axisC.weight[c]*theta.weight[t]*phi.weight[i]*psi.weight[s]
80
81      #  if size > 1:
82       #     norm /= asin(1.0)
83
84        if vol != 0.0 and norm_vol != 0.0:
85            sum *= norm_vol/vol
86
87        return sum/norm + pars['background']
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.