Changeset ca6c007 in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Jul 24, 2014 10:10:18 AM (11 years ago)
Author:
HMP1 <helen.park@…>
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, release_v0.94, release_v0.95, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
099e053
Parents:
473183c
Message:

further organizing

Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • Models/code_capcyl.py

    r473183c rca6c007  
    77 
    88from weights import GaussianDispersion 
    9 from Models.sasmodel import card 
     9from sasmodel import card 
    1010 
    1111 
    … …  
    3434        #create context, queue, and build program 
    3535        ctx,_queue = card() 
    36         trala = open('NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Capcyl_Kfun.cpp').read()+"\n"+open('Kernel-CapCyl.cpp').read() 
     36        trala = open('Kernel/NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/Capcyl_Kfun.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/Kernel-CapCyl.cpp').read() 
    3737        src, qx, qy = set_precision(trala, qx, qy, dtype=dtype) 
    3838        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 

  • Models/code_coreshellcyl.py

    r473183c rca6c007  
    66 
    77from weights import GaussianDispersion 
    8 from Models.sasmodel import card 
     8from sasmodel import card 
    99 
    1010 
    … …  
    3131        #create context, queue, and build program 
    3232        ctx,_queue = card() 
    33         src, qx, qy = set_precision(open('NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel-CoreShellCylinder.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
     33        src, qx, qy = set_precision(open('Kernel/NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/Kernel-CoreShellCylinder.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
    3434        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 
    3535        self.qx, self.qy = qx, qy 

  • Models/code_cylinder.py

    r473183c rca6c007  
    66 
    77from weights import GaussianDispersion 
    8 from Models.sasmodel import card 
     8from sasmodel import card 
    99 
    1010 
    … …  
    4747        #create context, queue, and build program 
    4848        ctx,_queue = card() 
    49         src, qx, qy = set_precision(open('NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel-Cylinder.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
     49        src, qx, qy = set_precision(open('Kernel/NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/Kernel-Cylinder.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
    5050        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 
    5151        self.qx, self.qy = qx, qy 
    … …  
    111111        #create context, queue, and build program 
    112112        ctx,_queue = card() 
    113         trala = open('NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('OneDCyl_Kfun.cpp').read()+"\n"+open('Kernel-OneDCylinder.cpp').read() 
     113        trala = open('Kernel/NR_BessJ1.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/OneDCyl_Kfun.cpp').read()+"\n"+open('Kernel/Kernel-OneDCylinder.cpp').read() 
    114114        src, self.q = set_precision_1d(trala, q, dtype=dtype) 
    115115        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 

  • Models/code_ellipse.py

    r473183c rca6c007  
    66 
    77from weights import GaussianDispersion 
    8 from Models.sasmodel import card 
     8from sasmodel import card 
    99 
    1010 
    … …  
    3232 
    3333        ctx,_queue = card() 
    34         src, qx, qy = set_precision(open('Kernel-Ellipse.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
     34        src, qx, qy = set_precision(open('Kernel/Kernel-Ellipse.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
    3535        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 
    3636        self.qx, self.qy = qx, qy 

  • Models/code_lamellar.py

    r473183c rca6c007  
    44import numpy as np 
    55import pyopencl as cl 
    6 from weights import GaussianDispersion 
     6from Models.weights import GaussianDispersion 
    77 
    88def set_precision(src, qx, qy, dtype): 
    … …  
    3131        self.ctx = cl.create_some_context() 
    3232        self.queue = cl.CommandQueue(self.ctx) 
    33         src,qx,qy = set_precision(open('Kernel-Lamellar.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
     33        src,qx,qy = set_precision(open('Kernel/Kernel-Lamellar.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
    3434        self.prg = cl.Program(self.ctx, src).build() 
    3535        self.qx, self.qy = qx, qy 

  • Models/code_triaxialellipse.py

    r473183c rca6c007  
    66 
    77from weights import GaussianDispersion 
    8 from Models.sasmodel import card 
     8from sasmodel import card 
    99 
    1010 
    … …  
    3131    def __init__(self, qx, qy, dtype='float32'): 
    3232        ctx,_queue = card() 
    33         src, qx, qy = set_precision(open('Kernel-TriaxialEllipse.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
     33        src, qx, qy = set_precision(open('Kernel/Kernel-TriaxialEllipse.cpp').read(), qx, qy, dtype=dtype) 
    3434        self.prg = cl.Program(ctx, src).build() 
    3535        self.qx, self.qy = qx, qy 

  • fit.py

    rd772f5d rca6c007  
    33 
    44from bumps.names import * 
    5 from code_cylinder import GpuCylinder, OneDGpuCylinder 
    6 from code_lamellar import GpuLamellar 
    7 from code_ellipse import GpuEllipse 
    8 from code_coreshellcyl import GpuCoreShellCylinder 
    9 from code_capcyl import GpuCapCylinder 
    10 from code_triaxialellipse import GpuTriEllipse 
    11 from sasmodel import SasModel, load_data, set_beam_stop, set_half 
    12 import numpy as np 
     5from sasmodel import SasModel, load_data, set_beam_stop 
     6from Models.code_capcyl import GpuCapCylinder 
     7from Models.code_coreshellcyl import GpuCoreShellCylinder 
     8from Models.code_cylinder import GpuCylinder, OneDGpuCylinder 
     9from Models.code_ellipse import GpuEllipse 
     10from Models.code_lamellar import GpuLamellar 
     11from Models.code_triaxialellipse import GpuTriEllipse 
    1312 
    1413""" IMPORT THE DATA USED """ 
    15  
    16 data = load_data('December/Tangential/Sector0/DEC07133.ABS') 
    17 #data = load_data('December/DEC07133.DAT') 
     14#data = load_data('December/Tangential/Sector0/DEC07133.ABS') 
     15data = load_data('December/DEC07235.DAT') 
    1816 
    1917""" SET INNER BEAM STOP, OUTER RING, AND MASK HALF OF THE DATA """ 
    … …  
    2119#set_half(data, 'left') 
    2220 
    23  
     21""" 
    2422 
    2523model = SasModel(data, OneDGpuCylinder, 
    … …  
    3331bolim=0.0, 
    3432uplim=90) #bottom limit, upper limit of angle integral 
     33""" 
    3534 
    3635 
    37 """ 
    3836model = SasModel(data, GpuEllipse, 
    3937scale=0.0011, 
    … …  
    5553#model.background.range(0,1000) 
    5654model.scale.range(0, 1) 
     55 
    5756""" 
    5857 
    59 """ 
    6058model = SasModel(data, GpuLamellar, 
    6159scale=0.70, 
    … …  
    120118""" 
    121119 
     120 
    122121""" 
     122model = SasModel(data, GpuCapCylinder, 
     123                 scale=1, rad_cyl=20, rad_cap=40, length=400, 
     124                 sld_capcyl=1e-6, sld_solv=6.3e-6, 
     125                 background=0, theta=0, phi=0, 
     126                 rad_cyl_pd=.1, rad_cyl_pd_n=1, rad_cyl_pd_nsigma=0, 
     127                 rad_cap_pd=.1, rad_cap_pd_n=1, rad_cap_pd_nsigma=0, 
     128                 length_pd=.1, length_pd_n=1, length_pd_nsigma=0, 
     129                 theta_pd=.1, theta_pd_n=1, theta_pd_nsigma=0, 
     130                 phi_pd=.1, phi_pd_n=1, phi_pd_nsigma=0, 
     131                 dtype='float') 
    123132 
    124 model = SasModel(data, GpuCapCylinder, scale=1, rad_cyl=20, rad_cap=40, length=400, sld_capcyl=1e-6, sld_solv=6.3e-6, 
    125                  background=0, theta=0, phi=0, rad_cyl_pd=.1, rad_cyl_pd_n=10, rad_cyl_nsigma=3, rad_cap_pd=.1, rad_cap_pd_n=1, 
    126                  rad_cap_pd_nsigma=3, length_pd=.1, length_pd_n=10, length_pd_nsigma=3, theta_pd=.1, theta_pd_n=4, 
    127                  theta_pd_nsigma=3, phi_pd=.1, phi_pd_n=4, phi_pd_nsigma=3, dtype='float') 
     133model.scale.range(0, 1) 
     134 
    128135""" 
    129136""" 
    130  
    131137model = SasModel(data, GpuTriEllipse, 
    132138                 scale=0.0036, axisA=118, axisB=70, axisC=800, 
    … …  
    150156#model.psi_pd.range(0, 360) 
    151157 
     158""" 
    152159 
    153 """ 
    154160 
    155161problem = FitProblem(model) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.