Changeset edf1e8b in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Dec 20, 2016 5:30:01 PM (8 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
4367142
Parents:
d504bcd
Message:

round to nearest number of disks; require at least one disk; code tidying

Location:
sasmodels/models
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/models/stacked_disks.c

    r98ce141 redf1e8b  
    1 double form_volume(double thick_core, 
    2                    double thick_layer, 
    3                    double radius, 
    4                    double n_stacking); 
    5  
    6 double Iq(double q, 
    7           double thick_core, 
    8           double thick_layer, 
    9           double radius, 
    10           double n_stacking, 
    11           double sigma_dnn, 
    12           double core_sld, 
    13           double layer_sld, 
    14           double solvent_sld); 
    15  
    16 double Iqxy(double qx, double qy, 
    17           double thick_core, 
    18           double thick_layer, 
    19           double radius, 
    20           double n_stacking, 
    21           double sigma_dnn, 
    22           double core_sld, 
    23           double layer_sld, 
    24           double solvent_sld, 
    25           double theta, 
    26           double phi); 
    27  
    28 static 
    29 double _kernel(double q, 
    30                double radius, 
    31                double core_sld, 
    32                double layer_sld, 
    33                double solvent_sld, 
    34                double halfheight, 
    35                double thick_layer, 
    36                double sin_alpha, 
    37                double cos_alpha, 
    38                double sigma_dnn, 
    39                double d, 
    40                double n_stacking) 
     1static double stacked_disks_kernel( 
     2    double q, 
     3    double halfheight, 
     4    double thick_layer, 
     5    double radius, 
     6    double n_stacking, 
     7    double sigma_dnn, 
     8    double core_sld, 
     9    double layer_sld, 
     10    double solvent_sld, 
     11    double sin_alpha, 
     12    double cos_alpha, 
     13    double d) 
    4114 
    4215{ 
    … …  
    8861 
    8962 
    90 static 
    91 double stacked_disks_kernel(double q, 
    92                             double thick_core, 
    93                             double thick_layer, 
    94                             double radius, 
    95                             double n_stacking, 
    96                             double sigma_dnn, 
    97                             double core_sld, 
    98                             double layer_sld, 
    99                             double solvent_sld) 
     63static double stacked_disks_1d( 
     64    double q, 
     65    double thick_core, 
     66    double thick_layer, 
     67    double radius, 
     68    double n_stacking, 
     69    double sigma_dnn, 
     70    double core_sld, 
     71    double layer_sld, 
     72    double solvent_sld) 
    10073{ 
    10174/*    StackedDiscsX  :  calculates the form factor of a stacked "tactoid" of core shell disks 
    … …  
    11184        double sin_alpha, cos_alpha; // slots to hold sincos function output 
    11285        SINCOS(zi, sin_alpha, cos_alpha); 
    113         double yyy = _kernel(q, 
     86        double yyy = stacked_disks_kernel(q, 
     87                           halfheight, 
     88                           thick_layer, 
    11489                           radius, 
     90                           n_stacking, 
     91                           sigma_dnn, 
    11592                           core_sld, 
    11693                           layer_sld, 
    11794                           solvent_sld, 
    118                            halfheight, 
    119                            thick_layer, 
    12095                           sin_alpha, 
    12196                           cos_alpha, 
    122                            sigma_dnn, 
    123                            d, 
    124                            n_stacking); 
     97                           d); 
    12598        summ += Gauss76Wt[i] * yyy * sin_alpha; 
    12699    } 
    … …  
    132105} 
    133106 
    134 double form_volume(double thick_core, 
    135                    double thick_layer, 
    136                    double radius, 
    137                    double n_stacking){ 
     107static double form_volume( 
     108    double thick_core, 
     109    double thick_layer, 
     110    double radius, 
     111    double fp_n_stacking) 
     112{ 
     113    int n_stacking = (int)(fp_n_stacking + 0.5); 
    138114    double d = 2.0 * thick_layer + thick_core; 
    139115    return M_PI * radius * radius * d * n_stacking; 
    140116} 
    141117 
    142 double Iq(double q, 
    143           double thick_core, 
    144           double thick_layer, 
    145           double radius, 
    146           double n_stacking, 
    147           double sigma_dnn, 
    148           double core_sld, 
    149           double layer_sld, 
    150           double solvent_sld) 
     118static double Iq( 
     119    double q, 
     120    double thick_core, 
     121    double thick_layer, 
     122    double radius, 
     123    double fp_n_stacking, 
     124    double sigma_dnn, 
     125    double core_sld, 
     126    double layer_sld, 
     127    double solvent_sld) 
    151128{ 
    152     return stacked_disks_kernel(q, 
     129    int n_stacking = (int)(fp_n_stacking + 0.5); 
     130    return stacked_disks_1d(q, 
    153131                    thick_core, 
    154132                    thick_layer, 
    … …  
    162140 
    163141 
    164 double 
    165 Iqxy(double qx, double qy, 
    166      double thick_core, 
    167      double thick_layer, 
    168      double radius, 
    169      double n_stacking, 
    170      double sigma_dnn, 
    171      double core_sld, 
    172      double layer_sld, 
    173      double solvent_sld, 
    174      double theta, 
    175      double phi) 
     142static double Iqxy(double qx, double qy, 
     143    double thick_core, 
     144    double thick_layer, 
     145    double radius, 
     146    double fp_n_stacking, 
     147    double sigma_dnn, 
     148    double core_sld, 
     149    double layer_sld, 
     150    double solvent_sld, 
     151    double theta, 
     152    double phi) 
    176153{ 
     154    int n_stacking = (int)(fp_n_stacking + 0.5); 
    177155    double q, sin_alpha, cos_alpha; 
    178156    ORIENT_SYMMETRIC(qx, qy, theta, phi, q, sin_alpha, cos_alpha); 
    … …  
    180158    double d = 2.0 * thick_layer + thick_core; 
    181159    double halfheight = 0.5*thick_core; 
    182     double answer = _kernel(q, 
     160    double answer = stacked_disks_kernel(q, 
     161                     halfheight, 
     162                     thick_layer, 
    183163                     radius, 
     164                     n_stacking, 
     165                     sigma_dnn, 
    184166                     core_sld, 
    185167                     layer_sld, 
    186168                     solvent_sld, 
    187                      halfheight, 
    188                      thick_layer, 
    189169                     sin_alpha, 
    190170                     cos_alpha, 
    191                      sigma_dnn, 
    192                      d, 
    193                      n_stacking); 
     171                     d); 
    194172 
    195173    //convert to [cm-1] 

  • sasmodels/models/stacked_disks.py

    r07300ea redf1e8b  
    126126    ["thick_layer", "Ang",        10.0, [0, inf],    "volume",      "Thickness of layer each side of core"], 
    127127    ["radius",      "Ang",        15.0, [0, inf],    "volume",      "Radius of the stacked disk"], 
    128     ["n_stacking",  "",            1.0, [0, inf],    "volume",      "Number of stacked layer/core/layer disks"], 
     128    ["n_stacking",  "",            1.0, [1, inf],    "volume",      "Number of stacked layer/core/layer disks"], 
    129129    ["sigma_d",     "Ang",         0,   [0, inf],    "",            "Sigma of nearest neighbor spacing"], 
    130130    ["sld_core",    "1e-6/Ang^2",  4,   [-inf, inf], "sld",         "Core scattering length density"], 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.