Changeset e6b97f5 in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Mar 18, 2016 1:06:12 PM (9 years ago)
Author:
wojciech
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, release_v0.94, release_v0.95, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
9ef9dd9
Parents:
0b05c24 (diff), 9c77bcf (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' of ​https://github.com/SasView/sasmodels

Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • doc/genmodel.py

    r044a9c1 r824465b  
    2929    'q_max'     : 1.0, 
    3030    'nq'        : 1000, 
    31     'nq2d'      : 100, 
     31    'nq2d'      : 1000, 
    3232    'vmin'      : 1e-3,  # floor for the 2D data results 
    3333    'qx_max'    : 0.5, 
     34    #'colormap'  : 'gist_ncar', 
     35    'colormap'  : 'jet', 
    3436} 
    3537 
    … …  
    6163        Iq2D = np.log(np.clip(Iq2D, opts['vmin'], np.inf)) 
    6264    ax.imshow(Iq2D, interpolation='nearest', aspect=1, origin='lower', 
    63         extent=[-qx_max, qx_max, -qx_max, qx_max], cmap=pylab.cm.jet)    
     65        extent=[-qx_max, qx_max, -qx_max, qx_max], cmap=opts['colormap']) 
    6466    ax.set_xlabel(r'$Q_x \/(\AA^{-1})$') 
    6567    ax.set_ylabel(r'$Q_y \/(\AA^{-1})$') 
    66  
    67 #            im = self.subplot.imshow(output, interpolation='nearest', 
    68 #                                     origin='lower', 
    69 #                                     vmin=zmin_temp, vmax=self.zmax_2D, 
    70 #                                     cmap=self.cmap, 
    71 #                                     extent=(self.xmin_2D, self.xmax_2D, 
    72 #                                             self.ymin_2D, self.ymax_2D)) 
    73  
    74 def ice_cm(): 
    75     from matplotlib._cm import _Blues_data 
    76     from matplotlib import colors 
    77     from matplotlib import rcParams 
    78     def from_white(segments): 
    79         scale = 1.0/segments[0][1] 
    80         return [(k, v*scale, w*scale) for k, v, w in segments] 
    81     ice_data = dict((k,from_white(v)) for k,v in _Blues_data.items()) 
    82     ice = colors.LinearSegmentedColormap("ice", ice_data, rcParams['image.lut']) 
    83     return ice 
    84  
    8568 
    8669# Generate image  

  • sasmodels/compare.py

    rd6850fa raf92b73  
    539539        try: 
    540540            base_value, base_time = time_calculation(base, pars, Nbase) 
    541             print("%s t=%.1f ms, intensity=%.0f" 
     541            print("%s t=%.2f ms, intensity=%.0f" 
    542542                  % (base.engine, base_time, sum(base_value))) 
    543543        except ImportError: 
    … …  
    550550        try: 
    551551            comp_value, comp_time = time_calculation(comp, pars, Ncomp) 
    552             print("%s t=%.1f ms, intensity=%.0f" 
     552            print("%s t=%.2f ms, intensity=%.0f" 
    553553                  % (comp.engine, comp_time, sum(comp_value))) 
    554554        except ImportError: 
    … …  
    584584        if Ncomp > 0: plt.subplot(131) 
    585585        plot_theory(data, base_value, view=view, use_data=False, limits=limits) 
    586         plt.title("%s t=%.1f ms"%(base.engine, base_time)) 
     586        plt.title("%s t=%.2f ms"%(base.engine, base_time)) 
    587587        #cbar_title = "log I" 
    588588    if Ncomp > 0: 
    589589        if Nbase > 0: plt.subplot(132) 
    590590        plot_theory(data, comp_value, view=view, use_data=False, limits=limits) 
    591         plt.title("%s t=%.1f ms"%(comp.engine, comp_time)) 
     591        plt.title("%s t=%.2f ms"%(comp.engine, comp_time)) 
    592592        #cbar_title = "log I" 
    593593    if Ncomp > 0 and Nbase > 0: 

  • sasmodels/data.py

    rc094758 r092cb3c  
    389389            if view is 'log': 
    390390                mdata[mdata <= 0] = masked 
    391             plt.errorbar(data.x/10, scale*mdata, yerr=data.dy, fmt='.') 
     391            plt.errorbar(data.x, scale*mdata, yerr=data.dy, fmt='.') 
    392392            all_positive = all_positive and (mdata > 0).all() 
    393393            some_present = some_present or (mdata.count() > 0) 
    … …  
    412412                   if view == 'q4' or not some_present or not all_positive 
    413413                   else view) 
    414         plt.xlabel("$q$/nm$^{-1}$") 
     414        plt.xlabel("$q$/A$^{-1}$") 
    415415        plt.ylabel('$I(q)$') 
    416416 
    … …  
    422422        if num_plots > 1: 
    423423            plt.subplot(1, num_plots, (use_data or use_theory) + 1) 
    424         plt.plot(data.x/10, mresid, '-') 
    425         plt.xlabel("$q$/nm$^{-1}$") 
     424        plt.plot(data.x, mresid, '-') 
     425        plt.xlabel("$q$/A$^{-1}$") 
    426426        plt.ylabel('residuals') 
    427427        plt.xscale('linear' if not some_present else view) 

  • sasmodels/models/lib/j0_cephes.c

    r95ce773 r0b05c24  
    5252/* Note: all coefficients satisfy the relative error criterion 
    5353 * except YP, YQ which are designed for absolute error. */ 
     54 
     55 
     56 constant double PPJ0[8] = { 
     57        7.96936729297347051624E-4, 
     58        8.28352392107440799803E-2, 
     59        1.23953371646414299388E0, 
     60        5.44725003058768775090E0, 
     61        8.74716500199817011941E0, 
     62        5.30324038235394892183E0, 
     63        9.99999999999999997821E-1, 
     64        0.0 
     65    }; 
     66 
     67 constant double PQJ0[8] = { 
     68        9.24408810558863637013E-4, 
     69        8.56288474354474431428E-2, 
     70        1.25352743901058953537E0, 
     71        5.47097740330417105182E0, 
     72        8.76190883237069594232E0, 
     73        5.30605288235394617618E0, 
     74        1.00000000000000000218E0, 
     75        0.0 
     76    }; 
     77 
     78 constant double QPJ0[8] = { 
     79        -1.13663838898469149931E-2, 
     80        -1.28252718670509318512E0, 
     81        -1.95539544257735972385E1, 
     82        -9.32060152123768231369E1, 
     83        -1.77681167980488050595E2, 
     84        -1.47077505154951170175E2, 
     85        -5.14105326766599330220E1, 
     86        -6.05014350600728481186E0, 
     87    }; 
     88 
     89 constant double QQJ0[8] = { 
     90        /*  1.00000000000000000000E0,*/ 
     91        6.43178256118178023184E1, 
     92        8.56430025976980587198E2, 
     93        3.88240183605401609683E3, 
     94        7.24046774195652478189E3, 
     95        5.93072701187316984827E3, 
     96        2.06209331660327847417E3, 
     97        2.42005740240291393179E2, 
     98    }; 
     99 
     100 constant double YPJ0[8] = { 
     101        1.55924367855235737965E4, 
     102        -1.46639295903971606143E7, 
     103        5.43526477051876500413E9, 
     104        -9.82136065717911466409E11, 
     105        8.75906394395366999549E13, 
     106        -3.46628303384729719441E15, 
     107        4.42733268572569800351E16, 
     108        -1.84950800436986690637E16, 
     109 }; 
     110 
     111 
     112 constant double YQJ0[7] = { 
     113        /* 1.00000000000000000000E0,*/ 
     114        1.04128353664259848412E3, 
     115        6.26107330137134956842E5, 
     116        2.68919633393814121987E8, 
     117        8.64002487103935000337E10, 
     118        2.02979612750105546709E13, 
     119        3.17157752842975028269E15, 
     120        2.50596256172653059228E17, 
     121  }; 
     122 
     123 constant double RPJ0[8] = { 
     124        -4.79443220978201773821E9, 
     125        1.95617491946556577543E12, 
     126        -2.49248344360967716204E14, 
     127        9.70862251047306323952E15, 
     128        0.0, 
     129        0.0, 
     130        0.0, 
     131        0.0 
     132  }; 
     133 
     134 constant double RQJ0[8] = { 
     135        /* 1.00000000000000000000E0,*/ 
     136        4.99563147152651017219E2, 
     137        1.73785401676374683123E5, 
     138        4.84409658339962045305E7, 
     139        1.11855537045356834862E10, 
     140        2.11277520115489217587E12, 
     141        3.10518229857422583814E14, 
     142        3.18121955943204943306E16, 
     143        1.71086294081043136091E18, 
     144  }; 
     145 
     146 constant double MOJ0[8] = { 
     147        -6.838999669318810E-002, 
     148        1.864949361379502E-001, 
     149        -2.145007480346739E-001, 
     150        1.197549369473540E-001, 
     151        -3.560281861530129E-003, 
     152        -4.969382655296620E-002, 
     153        -3.355424622293709E-006, 
     154        7.978845717621440E-001 
     155  }; 
     156 
     157 constant double PHJ0[8] = { 
     158        3.242077816988247E+001, 
     159        -3.630592630518434E+001, 
     160        1.756221482109099E+001, 
     161        -4.974978466280903E+000, 
     162        1.001973420681837E+000, 
     163        -1.939906941791308E-001, 
     164        6.490598792654666E-002, 
     165        -1.249992184872738E-001 
     166  }; 
     167 
     168 constant double JPJ0[8] = { 
     169        -6.068350350393235E-008, 
     170        6.388945720783375E-006, 
     171        -3.969646342510940E-004, 
     172        1.332913422519003E-002, 
     173        -1.729150680240724E-001, 
     174        0.0, 
     175        0.0, 
     176        0.0 
     177 }; 
    54178 
    55179double J0(double x) { 

  • sasmodels/models/lib/j1_cephes.c

    r95ce773 r0b05c24  
    3939Copyright 1984, 1987, 1989, 2000 by Stephen L. Moshier 
    4040*/ 
     41 
     42constant double RPJ1[8] = { 
     43    -8.99971225705559398224E8, 
     44    4.52228297998194034323E11, 
     45    -7.27494245221818276015E13, 
     46    3.68295732863852883286E15, 
     47    0.0, 
     48    0.0, 
     49    0.0, 
     50    0.0 }; 
     51 
     52constant double RQJ1[8] = { 
     53    6.20836478118054335476E2, 
     54    2.56987256757748830383E5, 
     55    8.35146791431949253037E7, 
     56    2.21511595479792499675E10, 
     57    4.74914122079991414898E12, 
     58    7.84369607876235854894E14, 
     59    8.95222336184627338078E16, 
     60    5.32278620332680085395E18 
     61    }; 
     62 
     63constant double PPJ1[8] = { 
     64    7.62125616208173112003E-4, 
     65    7.31397056940917570436E-2, 
     66    1.12719608129684925192E0, 
     67    5.11207951146807644818E0, 
     68    8.42404590141772420927E0, 
     69    5.21451598682361504063E0, 
     70    1.00000000000000000254E0, 
     71    0.0} ; 
     72 
     73 
     74constant double PQJ1[8] = { 
     75    5.71323128072548699714E-4, 
     76    6.88455908754495404082E-2, 
     77    1.10514232634061696926E0, 
     78    5.07386386128601488557E0, 
     79    8.39985554327604159757E0, 
     80    5.20982848682361821619E0, 
     81    9.99999999999999997461E-1, 
     82    0.0 }; 
     83 
     84constant double QPJ1[8] = { 
     85    5.10862594750176621635E-2, 
     86    4.98213872951233449420E0, 
     87    7.58238284132545283818E1, 
     88    3.66779609360150777800E2, 
     89    7.10856304998926107277E2, 
     90    5.97489612400613639965E2, 
     91    2.11688757100572135698E2, 
     92    2.52070205858023719784E1 }; 
     93 
     94constant double QQJ1[8] = { 
     95    7.42373277035675149943E1, 
     96    1.05644886038262816351E3, 
     97    4.98641058337653607651E3, 
     98    9.56231892404756170795E3, 
     99    7.99704160447350683650E3, 
     100    2.82619278517639096600E3, 
     101    3.36093607810698293419E2, 
     102    0.0 }; 
     103 
     104constant double JPJ1[8] = { 
     105    -4.878788132172128E-009, 
     106    6.009061827883699E-007, 
     107    -4.541343896997497E-005, 
     108    1.937383947804541E-003, 
     109    -3.405537384615824E-002, 
     110    0.0, 
     111    0.0, 
     112    0.0 
     113    }; 
     114 
     115constant double MO1J1[8] = { 
     116    6.913942741265801E-002, 
     117    -2.284801500053359E-001, 
     118    3.138238455499697E-001, 
     119    -2.102302420403875E-001, 
     120    5.435364690523026E-003, 
     121    1.493389585089498E-001, 
     122    4.976029650847191E-006, 
     123    7.978845453073848E-001 
     124    }; 
     125 
     126constant double PH1J1[8] = { 
     127    -4.497014141919556E+001, 
     128    5.073465654089319E+001, 
     129    -2.485774108720340E+001, 
     130    7.222973196770240E+000, 
     131    -1.544842782180211E+000, 
     132    3.503787691653334E-001, 
     133    -1.637986776941202E-001, 
     134    3.749989509080821E-001 
     135    }; 
    41136 
    42137double J1(double x) { 

  • sasmodels/models/lib/polevl.c

    r95ce773 r0b05c24  
    5151*/ 
    5252 
    53 constant double RPJ1[8] = { 
    54     -8.99971225705559398224E8, 
    55     4.52228297998194034323E11, 
    56     -7.27494245221818276015E13, 
    57     3.68295732863852883286E15, 
    58     0.0, 
    59     0.0, 
    60     0.0, 
    61     0.0 }; 
    62  
    63 constant double RQJ1[8] = { 
    64     6.20836478118054335476E2, 
    65     2.56987256757748830383E5, 
    66     8.35146791431949253037E7, 
    67     2.21511595479792499675E10, 
    68     4.74914122079991414898E12, 
    69     7.84369607876235854894E14, 
    70     8.95222336184627338078E16, 
    71     5.32278620332680085395E18 
    72     }; 
    73  
    74 constant double PPJ1[8] = { 
    75     7.62125616208173112003E-4, 
    76     7.31397056940917570436E-2, 
    77     1.12719608129684925192E0, 
    78     5.11207951146807644818E0, 
    79     8.42404590141772420927E0, 
    80     5.21451598682361504063E0, 
    81     1.00000000000000000254E0, 
    82     0.0} ; 
    83  
    84  
    85 constant double PQJ1[8] = { 
    86     5.71323128072548699714E-4, 
    87     6.88455908754495404082E-2, 
    88     1.10514232634061696926E0, 
    89     5.07386386128601488557E0, 
    90     8.39985554327604159757E0, 
    91     5.20982848682361821619E0, 
    92     9.99999999999999997461E-1, 
    93     0.0 }; 
    94  
    95 constant double QPJ1[8] = { 
    96     5.10862594750176621635E-2, 
    97     4.98213872951233449420E0, 
    98     7.58238284132545283818E1, 
    99     3.66779609360150777800E2, 
    100     7.10856304998926107277E2, 
    101     5.97489612400613639965E2, 
    102     2.11688757100572135698E2, 
    103     2.52070205858023719784E1 }; 
    104  
    105 constant double QQJ1[8] = { 
    106     7.42373277035675149943E1, 
    107     1.05644886038262816351E3, 
    108     4.98641058337653607651E3, 
    109     9.56231892404756170795E3, 
    110     7.99704160447350683650E3, 
    111     2.82619278517639096600E3, 
    112     3.36093607810698293419E2, 
    113     0.0 }; 
    114  
    115 constant double JPJ1[8] = { 
    116     -4.878788132172128E-009, 
    117     6.009061827883699E-007, 
    118     -4.541343896997497E-005, 
    119     1.937383947804541E-003, 
    120     -3.405537384615824E-002, 
    121     0.0, 
    122     0.0, 
    123     0.0 
    124     }; 
    125  
    126 constant double MO1J1[8] = { 
    127     6.913942741265801E-002, 
    128     -2.284801500053359E-001, 
    129     3.138238455499697E-001, 
    130     -2.102302420403875E-001, 
    131     5.435364690523026E-003, 
    132     1.493389585089498E-001, 
    133     4.976029650847191E-006, 
    134     7.978845453073848E-001 
    135     }; 
    136  
    137 constant double PH1J1[8] = { 
    138     -4.497014141919556E+001, 
    139     5.073465654089319E+001, 
    140     -2.485774108720340E+001, 
    141     7.222973196770240E+000, 
    142     -1.544842782180211E+000, 
    143     3.503787691653334E-001, 
    144     -1.637986776941202E-001, 
    145     3.749989509080821E-001 
    146     }; 
    147  
    148  constant double PPJ0[8] = { 
    149         7.96936729297347051624E-4, 
    150         8.28352392107440799803E-2, 
    151         1.23953371646414299388E0, 
    152         5.44725003058768775090E0, 
    153         8.74716500199817011941E0, 
    154         5.30324038235394892183E0, 
    155         9.99999999999999997821E-1, 
    156         0.0 
    157     }; 
    158  
    159  constant double PQJ0[8] = { 
    160         9.24408810558863637013E-4, 
    161         8.56288474354474431428E-2, 
    162         1.25352743901058953537E0, 
    163         5.47097740330417105182E0, 
    164         8.76190883237069594232E0, 
    165         5.30605288235394617618E0, 
    166         1.00000000000000000218E0, 
    167         0.0 
    168     }; 
    169  
    170  constant double QPJ0[8] = { 
    171         -1.13663838898469149931E-2, 
    172         -1.28252718670509318512E0, 
    173         -1.95539544257735972385E1, 
    174         -9.32060152123768231369E1, 
    175         -1.77681167980488050595E2, 
    176         -1.47077505154951170175E2, 
    177         -5.14105326766599330220E1, 
    178         -6.05014350600728481186E0, 
    179     }; 
    180  
    181  constant double QQJ0[8] = { 
    182         /*  1.00000000000000000000E0,*/ 
    183         6.43178256118178023184E1, 
    184         8.56430025976980587198E2, 
    185         3.88240183605401609683E3, 
    186         7.24046774195652478189E3, 
    187         5.93072701187316984827E3, 
    188         2.06209331660327847417E3, 
    189         2.42005740240291393179E2, 
    190     }; 
    191  
    192  constant double YPJ0[8] = { 
    193         1.55924367855235737965E4, 
    194         -1.46639295903971606143E7, 
    195         5.43526477051876500413E9, 
    196         -9.82136065717911466409E11, 
    197         8.75906394395366999549E13, 
    198         -3.46628303384729719441E15, 
    199         4.42733268572569800351E16, 
    200         -1.84950800436986690637E16, 
    201  }; 
    202  
    203  
    204  constant double YQJ0[7] = { 
    205         /* 1.00000000000000000000E0,*/ 
    206         1.04128353664259848412E3, 
    207         6.26107330137134956842E5, 
    208         2.68919633393814121987E8, 
    209         8.64002487103935000337E10, 
    210         2.02979612750105546709E13, 
    211         3.17157752842975028269E15, 
    212         2.50596256172653059228E17, 
    213   }; 
    214  
    215  constant double RPJ0[8] = { 
    216         -4.79443220978201773821E9, 
    217         1.95617491946556577543E12, 
    218         -2.49248344360967716204E14, 
    219         9.70862251047306323952E15, 
    220         0.0, 
    221         0.0, 
    222         0.0, 
    223         0.0 
    224   }; 
    225  
    226  constant double RQJ0[8] = { 
    227         /* 1.00000000000000000000E0,*/ 
    228         4.99563147152651017219E2, 
    229         1.73785401676374683123E5, 
    230         4.84409658339962045305E7, 
    231         1.11855537045356834862E10, 
    232         2.11277520115489217587E12, 
    233         3.10518229857422583814E14, 
    234         3.18121955943204943306E16, 
    235         1.71086294081043136091E18, 
    236   }; 
    237  
    238  constant double MOJ0[8] = { 
    239         -6.838999669318810E-002, 
    240         1.864949361379502E-001, 
    241         -2.145007480346739E-001, 
    242         1.197549369473540E-001, 
    243         -3.560281861530129E-003, 
    244         -4.969382655296620E-002, 
    245         -3.355424622293709E-006, 
    246         7.978845717621440E-001 
    247   }; 
    248  
    249  constant double PHJ0[8] = { 
    250         3.242077816988247E+001, 
    251         -3.630592630518434E+001, 
    252         1.756221482109099E+001, 
    253         -4.974978466280903E+000, 
    254         1.001973420681837E+000, 
    255         -1.939906941791308E-001, 
    256         6.490598792654666E-002, 
    257         -1.249992184872738E-001 
    258   }; 
    259  
    260  constant double JPJ0[8] = { 
    261         -6.068350350393235E-008, 
    262         6.388945720783375E-006, 
    263         -3.969646342510940E-004, 
    264         1.332913422519003E-002, 
    265         -1.729150680240724E-001, 
    266         0.0, 
    267         0.0, 
    268         0.0 
    269  }; 
    270  
    27153double polevl( double x, constant double *coef, int N ) { 
    27254 
    … …  
    28062 
    28163    return ans ; 
    282  
    28364} 
    28465 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.