Changeset cbb9551 in sasview for src/sas/sascalc


Ignore:
Timestamp:
Apr 10, 2017 10:19:20 AM (8 years ago)
Author:
Tim Snow <tim.snow@…>
Children:
4597637
Parents:
1b9a367 (diff), d26f025 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' into load_speed_increase

Merged and sorted conflict

Location:
src/sas/sascalc
Files:
1 added
25 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/calculator/kiessig_calculator.py

    rb699768 r235f514  
    4949            return None 
    5050        # check if delta_q is zero 
    51         if dq == 0.0 or dq == None: 
     51        if dq == 0.0 or dq is None: 
    5252            return None 
    5353        else: 

  • src/sas/sascalc/calculator/resolution_calculator.py

    r9a5097c r7432acb  
    1515import sys 
    1616import logging 
     17 
     18logger = logging.getLogger(__name__) 
    1719 
    1820#Plank's constant in cgs unit 
    … …  
    606608        a_value *= 1.0E-16 
    607609        # if lamda is give (broad meanning of A)  return 2* lamda^2 * A 
    608         if lamda != None: 
     610        if lamda is not None: 
    609611            a_value *= (4 * lamda * lamda) 
    610612        return a_value 
    … …  
    10061008            detector_offset = self.sample2detector_distance[1] 
    10071009        except: 
    1008             logging.error(sys.exc_value) 
     1010            logger.error(sys.exc_value) 
    10091011 
    10101012        # detector size in [no of pix_x,no of pix_y] 
    … …  
    10931095            output.qy_data = qy_value 
    10941096        except: 
    1095             logging.error(sys.exc_value) 
     1097            logger.error(sys.exc_value) 
    10961098 
    10971099        return output 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    r9a5097c r7432acb  
    1212import sys 
    1313import logging 
     14 
     15logger = logging.getLogger(__name__) 
    1416 
    1517MFACTOR_AM = 2.853E-12 
    … …  
    9597        :Param volume: pixel volume [float] 
    9698        """ 
    97         if self.data_vol == None: 
     99        if self.data_vol is None: 
    98100            raise 
    99101        self.data_vol = volume 
    … …  
    117119        pos_z = self.data_z 
    118120        len_x = len(pos_x) 
    119         if self.is_avg == None: 
     121        if self.is_avg is None: 
    120122            len_x *= -1 
    121123            pos_x, pos_y, pos_z = transform_center(pos_x, pos_y, pos_z) 
    … …  
    255257        self.sld_n = np.zeros(length) 
    256258 
    257         if omfdata.mx == None: 
     259        if omfdata.mx is None: 
    258260            self.mx = np.zeros(length) 
    259         if omfdata.my == None: 
     261        if omfdata.my is None: 
    260262            self.my = np.zeros(length) 
    261         if omfdata.mz == None: 
     263        if omfdata.mz is None: 
    262264            self.mz = np.zeros(length) 
    263265 
    … …  
    285287                mask = (x_dir2 + y_dir2 + z_dir2) <= 1.0 
    286288            except: 
    287                 logging.error(sys.exc_value) 
     289                logger.error(sys.exc_value) 
    288290        self.output = MagSLD(self.pos_x[mask], self.pos_y[mask], 
    289291                             self.pos_z[mask], self.sld_n[mask], 
    … …  
    394396                except: 
    395397                    # Skip non-data lines 
    396                     logging.error(sys.exc_value) 
     398                    logger.error(sys.exc_value) 
    397399                #Reading Header; Segment count ignored 
    398400                s_line = line.split(":", 1) 
    … …  
    589591                        z_lines.append(z_line) 
    590592                except: 
    591                     logging.error(sys.exc_value) 
     593                    logger.error(sys.exc_value) 
    592594 
    593595            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    … …  
    683685                    except: 
    684686                        # Skip non-data lines 
    685                         logging.error(sys.exc_value) 
     687                        logger.error(sys.exc_value) 
    686688            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, 
    687689                            sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    … …  
    689691            output.set_pix_type('pixel') 
    690692            output.set_pixel_symbols('pixel') 
    691             if vol_pix != None: 
     693            if vol_pix is not None: 
    692694                output.set_pixel_volumes(vol_pix) 
    693695            return output 
    … …  
    701703        :Param data: MagSLD data object 
    702704        """ 
    703         if path == None: 
     705        if path is None: 
    704706            raise ValueError, "Missing the file path." 
    705         if data == None: 
     707        if data is None: 
    706708            raise ValueError, "Missing the data to save." 
    707709        x_val = data.pos_x 
    … …  
    711713        length = len(x_val) 
    712714        sld_n = data.sld_n 
    713         if sld_n == None: 
     715        if sld_n is None: 
    714716            sld_n = np.zeros(length) 
    715717        sld_mx = data.sld_mx 
    716         if sld_mx == None: 
     718        if sld_mx is None: 
    717719            sld_mx = np.zeros(length) 
    718720            sld_my = np.zeros(length) 
    … …  
    865867        self.sld_theta = None 
    866868        self.pix_symbol = None 
    867         if sld_mx != None and sld_my != None and sld_mz != None: 
     869        if sld_mx is not None and sld_my is not None and sld_mz is not None: 
    868870            self.set_sldms(sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    869871        self.set_nodes() 
    … …  
    933935        :Params pixel: str; pixel or atomic symbol, or array of strings 
    934936        """ 
    935         if self.sld_n == None: 
     937        if self.sld_n is None: 
    936938            return 
    937939        if symbol.__class__.__name__ == 'str': 
    … …  
    945947        :Params pixel: str; pixel or atomic symbol, or array of strings 
    946948        """ 
    947         if self.sld_n == None: 
     949        if self.sld_n is None: 
    948950            return 
    949951        if vol.__class__.__name__ == 'ndarray': 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    r934ce649 r7432acb  
    88import traceback 
    99import sys 
     10import logging 
    1011 
    1112if sys.platform.count("darwin") > 0: 
    … …  
    2122    from time import clock 
    2223    from time import sleep 
     24 
     25logger = logging.getLogger(__name__) 
    2326 
    2427 
    … …  
    202205    def update(self, **kwargs): 
    203206        """Update GUI with the lastest results from the current work unit.""" 
    204         if self.updatefn != None and clock() > self._time_for_update: 
     207        if self.updatefn is not None and clock() > self._time_for_update: 
    205208            self._lock.acquire() 
    206209            self._time_for_update = clock() + self._delay 
    … …  
    218221    def complete(self, **kwargs): 
    219222        """Update the GUI with the completed results from a work unit.""" 
    220         if self.completefn != None: 
     223        if self.completefn is not None: 
    221224            self.completefn(**kwargs) 
    222225            sleep(self.yieldtime) 
    … …  
    243246            except Exception: 
    244247                pass 
    245         import logging 
    246         logging.error(traceback.format_exc()) 
     248        logger.error(traceback.format_exc()) 
    247249        #print 'CalcThread exception', 
    248250 

  • src/sas/sascalc/data_util/qsmearing.py

    r9a5097c r235f514  
    4242    # This checks for 2D data (does not throw exception because fail is common) 
    4343    if  data.__class__.__name__ not in ['Data1D', 'Theory1D']: 
    44         if data == None: 
     44        if data is None: 
    4545            return None 
    46         elif data.dqx_data == None or data.dqy_data == None: 
     46        elif data.dqx_data is None or data.dqy_data is None: 
    4747            return None 
    4848        return PySmear2D(data) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r9a5097c r7432acb  
    353353    details = None 
    354354    ## SESANS zacceptance 
    355     zacceptance = None 
     355    zacceptance = (0,"") 
     356    yacceptance = (0,"") 
    356357 
    357358    def __init__(self): 
    … …  
    805806            # create zero vector 
    806807            dy_other = other.dy 
    807             if other.dy == None or (len(other.dy) != len(other.y)): 
     808            if other.dy is None or (len(other.dy) != len(other.y)): 
    808809                dy_other = np.zeros(len(other.y)) 
    809810 
    810811        # Check that we have errors, otherwise create zero vector 
    811812        dy = self.dy 
    812         if self.dy == None or (len(self.dy) != len(self.y)): 
     813        if self.dy is None or (len(self.dy) != len(self.y)): 
    813814            dy = np.zeros(len(self.y)) 
    814815 
    … …  
    821822        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
    822823        result = self.clone_without_data(len(self.x)) 
    823         if self.dxw == None: 
     824        if self.dxw is None: 
    824825            result.dxw = None 
    825826        else: 
    826827            result.dxw = np.zeros(len(self.x)) 
    827         if self.dxl == None: 
     828        if self.dxl is None: 
    828829            result.dxl = None 
    829830        else: 
    … …  
    883884        self._validity_check_union(other) 
    884885        result = self.clone_without_data(len(self.x) + len(other.x)) 
    885         if self.dy == None or other.dy is None: 
     886        if self.dy is None or other.dy is None: 
    886887            result.dy = None 
    887888        else: 
    888889            result.dy = np.zeros(len(self.x) + len(other.x)) 
    889         if self.dx == None or other.dx is None: 
     890        if self.dx is None or other.dx is None: 
    890891            result.dx = None 
    891892        else: 
    892893            result.dx = np.zeros(len(self.x) + len(other.x)) 
    893         if self.dxw == None or other.dxw is None: 
     894        if self.dxw is None or other.dxw is None: 
    894895            result.dxw = None 
    895896        else: 
    896897            result.dxw = np.zeros(len(self.x) + len(other.x)) 
    897         if self.dxl == None or other.dxl is None: 
     898        if self.dxl is None or other.dxl is None: 
    898899            result.dxl = None 
    899900        else: 
    … …  
    906907        result.y = np.append(self.y, other.y) 
    907908        result.y = result.y[ind] 
    908         if result.dy != None: 
     909        if result.dy is not None: 
    909910            result.dy = np.append(self.dy, other.dy) 
    910911            result.dy = result.dy[ind] 
    … …  
    10291030            # Check that the scales match 
    10301031            err_other = other.err_data 
    1031             if other.err_data == None or \ 
     1032            if other.err_data is None or \ 
    10321033                (len(other.err_data) != len(other.data)): 
    10331034                err_other = np.zeros(len(other.data)) 
    … …  
    10351036        # Check that we have errors, otherwise create zero vector 
    10361037        err = self.err_data 
    1037         if self.err_data == None or \ 
     1038        if self.err_data is None or \ 
    10381039            (len(self.err_data) != len(self.data)): 
    10391040            err = np.zeros(len(other.data)) 
    … …  
    10501051        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
    10511052        result = self.clone_without_data(np.size(self.data)) 
    1052         if self.dqx_data == None or self.dqy_data == None: 
     1053        if self.dqx_data is None or self.dqy_data is None: 
    10531054            result.dqx_data = None 
    10541055            result.dqy_data = None 
    … …  
    11241125        result.ymin = self.ymin 
    11251126        result.ymax = self.ymax 
    1126         if self.dqx_data == None or self.dqy_data == None or \ 
    1127                 other.dqx_data == None or other.dqy_data == None: 
     1127        if self.dqx_data is None or self.dqy_data is None or \ 
     1128                other.dqx_data is None or other.dqy_data is None: 
    11281129            result.dqx_data = None 
    11291130            result.dqy_data = None 

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    rb699768 r463e7ffc  
    3232from readers import cansas_reader 
    3333 
     34logger = logging.getLogger(__name__) 
     35 
    3436class Registry(ExtensionRegistry): 
    3537    """ 
    … …  
    99101            msg = "DataLoader couldn't locate DataLoader plugin folder." 
    100102            msg += """ "%s" does not exist""" % dir 
    101             logging.warning(msg) 
     103            logger.warning(msg) 
    102104            return readers_found 
    103105 
    … …  
    117119                        msg = "Loader: Error importing " 
    118120                        msg += "%s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    119                         logging.error(msg) 
     121                        logger.error(msg) 
    120122 
    121123                # Process zip files 
    … …  
    139141                                msg = "Loader: Error importing" 
    140142                                msg += " %s\n  %s" % (mfile, sys.exc_value) 
    141                                 logging.error(msg) 
     143                                logger.error(msg) 
    142144 
    143145                    except: 
    144146                        msg = "Loader: Error importing " 
    145147                        msg += " %s\n  %s" % (item, sys.exc_value) 
    146                         logging.error(msg) 
     148                        logger.error(msg) 
    147149 
    148150        return readers_found 
    … …  
    190192                msg = "Loader: Error accessing" 
    191193                msg += " Reader in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    192                 logging.error(msg) 
     194                logger.error(msg) 
    193195        return reader_found 
    194196 
    … …  
    223225            msg = "Loader: Error accessing Reader " 
    224226            msg += "in %s\n  %s" % (loader.__name__, sys.exc_value) 
    225             logging.error(msg) 
     227            logger.error(msg) 
    226228        return reader_found 
    227229 
    … …  
    268270                msg = "Loader: Error accessing Reader" 
    269271                msg += " in %s\n  %s" % (module.__name__, sys.exc_value) 
    270                 logging.error(msg) 
     272                logger.error(msg) 
    271273        return reader_found 
    272274 

  • src/sas/sascalc/dataloader/manipulations.py

    rdd11014 r7432acb  
    210210            y[i_q] += frac * data[npts] 
    211211 
    212             if err_data == None or err_data[npts] == 0.0: 
     212            if err_data is None or err_data[npts] == 0.0: 
    213213                if data[npts] < 0: 
    214214                    data[npts] = -data[npts] 
    … …  
    333333                continue 
    334334            y += frac * data[npts] 
    335             if err_data == None or err_data[npts] == 0.0: 
     335            if err_data is None or err_data[npts] == 0.0: 
    336336                if data[npts] < 0: 
    337337                    data[npts] = -data[npts] 
    … …  
    422422 
    423423        # Get the dq for resolution averaging 
    424         if data2D.dqx_data != None and data2D.dqy_data != None: 
     424        if data2D.dqx_data is not None and data2D.dqy_data is not None: 
    425425            # The pinholes and det. pix contribution present 
    426426            # in both direction of the 2D which must be subtracted when 
    … …  
    462462 
    463463        #q_data_max = numpy.max(q_data) 
    464         if len(data2D.q_data) == None: 
     464        if len(data2D.q_data) is None: 
    465465            msg = "Circular averaging: invalid q_data: %g" % data2D.q_data 
    466466            raise RuntimeError, msg 
    … …  
    502502            # Take dqs from data to get the q_average 
    503503            x[i_q] += frac * q_value 
    504             if err_data == None or err_data[npt] == 0.0: 
     504            if err_data is None or err_data[npt] == 0.0: 
    505505                if data_n < 0: 
    506506                    data_n = -data_n 
    … …  
    508508            else: 
    509509                err_y[i_q] += frac * frac * err_data[npt] * err_data[npt] 
    510             if dq_data != None: 
     510            if dq_data is not None: 
    511511                # To be consistent with dq calculation in 1d reduction, 
    512512                # we need just the averages (not quadratures) because 
    … …  
    523523                err_y[n] = -err_y[n] 
    524524            err_y[n] = math.sqrt(err_y[n]) 
    525             #if err_x != None: 
     525            #if err_x is not None: 
    526526            #    err_x[n] = math.sqrt(err_x[n]) 
    527527 
    … …  
    532532        idx = (numpy.isfinite(y)) & (numpy.isfinite(x)) 
    533533 
    534         if err_x != None: 
     534        if err_x is not None: 
    535535            d_x = err_x[idx] / y_counts[idx] 
    536536        else: 
    … …  
    623623            phi_bins[i_phi] += frac * data[npt] 
    624624 
    625             if err_data == None or err_data[npt] == 0.0: 
     625            if err_data is None or err_data[npt] == 0.0: 
    626626                if data_n < 0: 
    627627                    data_n = -data_n 
    … …  
    777777 
    778778        # Get the dq for resolution averaging 
    779         if data2D.dqx_data != None and data2D.dqy_data != None: 
     779        if data2D.dqx_data is not None and data2D.dqy_data is not None: 
    780780            # The pinholes and det. pix contribution present 
    781781            # in both direction of the 2D which must be subtracted when 
    … …  
    888888            y[i_bin] += frac * data_n 
    889889            x[i_bin] += frac * q_value 
    890             if err_data[n] == None or err_data[n] == 0.0: 
     890            if err_data[n] is None or err_data[n] == 0.0: 
    891891                if data_n < 0: 
    892892                    data_n = -data_n 
    … …  
    895895                y_err[i_bin] += frac * frac * err_data[n] * err_data[n] 
    896896 
    897             if dq_data != None: 
     897            if dq_data is not None: 
    898898                # To be consistent with dq calculation in 1d reduction, 
    899899                # we need just the averages (not quadratures) because 
    … …  
    925925        y_err[y_err == 0] = numpy.average(y_err) 
    926926        idx = (numpy.isfinite(y) & numpy.isfinite(y_err)) 
    927         if x_err != None: 
     927        if x_err is not None: 
    928928            d_x = x_err[idx] / y_counts[idx] 
    929929        else: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    r9a5097c r235f514  
    128128                        if new_lentoks > 2: 
    129129                            _dy = float(toks[2]) 
    130                         has_error_dy = False if _dy == None else True 
     130                        has_error_dy = False if _dy is None else True 
    131131 
    132132                        # If a 4th row is present, consider it dx 
    133133                        if new_lentoks > 3: 
    134134                            _dx = float(toks[3]) 
    135                         has_error_dx = False if _dx == None else True 
     135                        has_error_dx = False if _dx is None else True 
    136136 
    137137                        # Delete the previously stored lines of data candidates if 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    re5c09cf r959eb01  
    1818import logging 
    1919import json 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123FILE_NAME = 'defaults.json' 
    … …  
    6769                    msg = "read_associations: skipping association" 
    6870                    msg += " for %s\n  %s" % (ext.lower(), sys.exc_value) 
    69                     logging.error(msg) 
     71                    logger.error(msg) 
    7072    else: 
    7173        print "Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd()) 
    … …  
    8183    :param registry_function: function to be called to register each reader 
    8284    """ 
    83     logging.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
     85    logger.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
    8486    import abs_reader 
    8587    import ascii_reader 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_constants.py

    rad4632c r63d773c  
    135135                             "Sesans": {"storeas": "content"}, 
    136136                             "zacceptance": {"storeas": "float"}, 
     137                             "yacceptance": {"storeas": "float"}, 
    137138                             "<any>" : ANY 
    138139                            } 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r1b9a367 rcbb9551  
    3333import xml.dom.minidom 
    3434from xml.dom.minidom import parseString 
     35 
     36logger = logging.getLogger(__name__) 
    3537 
    3638PREPROCESS = "xmlpreprocess" 
    … …  
    990992        :param data1d: presumably a Data1D object 
    991993        """ 
    992         if self.current_dataset == None: 
     994        if self.current_dataset is None: 
    993995            x_vals = np.empty(0) 
    994996            y_vals = np.empty(0) 
    … …  
    10781080        # Write the file 
    10791081        file_ref = open(filename, 'w') 
    1080         if self.encoding == None: 
     1082        if self.encoding is None: 
    10811083            self.encoding = "UTF-8" 
    10821084        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding, 
    … …  
    12011203        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
    12021204        """ 
    1203         if datainfo.run == None or datainfo.run == []: 
     1205        if datainfo.run is None or datainfo.run == []: 
    12041206            datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT) 
    12051207            datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT 
    … …  
    12451247            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
    12461248            node.append(sesans) 
     1249            self.write_node(node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
     1250                             {'unit': datainfo.sample.yacceptance[1]}) 
    12471251            self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
    12481252                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    … …  
    13171321                self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i], 
    13181322                                {'unit': spectrum.transmission_unit}) 
    1319                 if spectrum.transmission_deviation != None \ 
     1323                if spectrum.transmission_deviation is not None \ 
    13201324                and len(spectrum.transmission_deviation) >= i: 
    13211325                    self.write_node(point, "Tdev", 
    … …  
    13971401                                 str(datainfo.source.name)) 
    13981402        self.append(source, instr) 
    1399         if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '': 
     1403        if datainfo.source.radiation is None or datainfo.source.radiation == '': 
    14001404            datainfo.source.radiation = "neutron" 
    14011405        self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
    … …  
    14381442        :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to 
    14391443        """ 
    1440         if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None: 
     1444        if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation is None: 
    14411445            coll = Collimation() 
    14421446            datainfo.collimation.append(coll) 
    … …  
    14831487        :param inst: lxml instrument node to be appended to 
    14841488        """ 
    1485         if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []: 
     1489        if datainfo.detector is None or datainfo.detector == []: 
    14861490            det = Detector() 
    14871491            det.name = "" 
    … …  
    16591663                local_unit = None 
    16601664                exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0] 
    1661                 if local_unit != None and units.lower() != local_unit.lower(): 
     1665                if local_unit is not None and units.lower() != local_unit.lower(): 
    16621666                    if HAS_CONVERTER == True: 
    16631667                        try: 
    … …  
    16721676                            self.errors.add(err_mess) 
    16731677                            if optional: 
    1674                                 logging.info(err_mess) 
     1678                                logger.info(err_mess) 
    16751679                            else: 
    16761680                                raise ValueError, err_mess 
    … …  
    16811685                        self.errors.add(err_mess) 
    16821686                        if optional: 
    1683                             logging.info(err_mess) 
     1687                            logger.info(err_mess) 
    16841688                        else: 
    16851689                            raise ValueError, err_mess 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r9a5097c r235f514  
    1919from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    2020from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
     21 
     22logger = logging.getLogger(__name__) 
    2123 
    2224# Look for unit converter 
    … …  
    142144                            error.append(err) 
    143145                        except: 
    144                             logging.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
     146                            logger.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
    145147                                                                sys.exc_value)) 
    146148             
    … …  
    164166                 
    165167                x_vals.append(qx) 
    166                 if xmin == None or qx < xmin: 
     168                if xmin is None or qx < xmin: 
    167169                    xmin = qx 
    168                 if xmax == None or qx > xmax: 
     170                if xmax is None or qx > xmax: 
    169171                    xmax = qx 
    170172             
    … …  
    179181                 
    180182                y_vals.append(qy) 
    181                 if ymin == None or qy < ymin: 
     183                if ymin is None or qy < ymin: 
    182184                    ymin = qy 
    183                 if ymax == None or qy > ymax: 
     185                if ymax is None or qy > ymax: 
    184186                    ymax = qy 
    185187             
    … …  
    196198                    msg = "Skipping entry (v1.0):%s,%s" % (str(data[i_pt]), 
    197199                                                           sys.exc_value) 
    198                     logging.info(msg) 
     200                    logger.info(msg) 
    199201                 
    200202                # Get bin number 
    … …  
    271273                raise ValueError, msg 
    272274            else: 
    273                 logging.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
     275                logger.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
    274276             
    275277            # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r9a5097c r959eb01  
    1616from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    1717from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    18      
     18 
     19logger = logging.getLogger(__name__) 
     20 
    1921class Reader: 
    2022    """ 
    … …  
    7678                value = float(val) 
    7779            except: 
    78                 logging.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
     80                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    7981                continue 
    8082             

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    ra235f715 r235f514  
    1818from lxml import etree 
    1919from lxml.builder import E 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123PARSER = etree.ETCompatXMLParser(remove_comments=True, remove_pis=False) 
    … …  
    7173            self.xmlroot = self.xmldoc.getroot() 
    7274        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    73             logging.info(xml_error) 
     75            logger.info(xml_error) 
    7476        except Exception: 
    7577            self.xml = None 
    … …  
    8890            self.xmlroot = etree.fromstring(tag_soup) 
    8991        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    90             logging.info(xml_error) 
     92            logger.info(xml_error) 
    9193        except Exception: 
    9294            self.xml = None 
    … …  
    102104            self.schemadoc = etree.parse(self.schema, parser=PARSER) 
    103105        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    104             logging.info(xml_error) 
     106            logger.info(xml_error) 
    105107        except Exception: 
    106108            self.schema = None 
    … …  
    238240        :param name: The name of the element to be created 
    239241        """ 
    240         if attrib == None: 
     242        if attrib is None: 
    241243            attrib = {} 
    242244        return etree.Element(name, attrib, nsmap) 
    … …  
    297299        """ 
    298300        text = str(text) 
    299         if attrib == None: 
     301        if attrib is None: 
    300302            attrib = {} 
    301303        elem = E(elementname, attrib, text) 

  • src/sas/sascalc/file_converter/cansas_writer.py

    r0b1a677 r7432acb  
    1717        # Write the file 
    1818        file_ref = open(filename, 'w') 
    19         if self.encoding == None: 
     19        if self.encoding is None: 
    2020            self.encoding = "UTF-8" 
    2121        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding, 
    … …  
    9696                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    9797                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    98             if datainfo.dy != None and len(datainfo.dy) > i: 
     98            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    9999                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    100100                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    101             if datainfo.dx != None and len(datainfo.dx) > i: 
     101            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    102102                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    103103                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    104             if datainfo.dxw != None and len(datainfo.dxw) > i: 
     104            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    105105                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    106106                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    107             if datainfo.dxl != None and len(datainfo.dxl) > i: 
     107            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    108108                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    109109                                {'unit': datainfo.x_unit}) 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    r9a5097c r7432acb  
    190190        if qmin == 0.0 and not np.isfinite(self.y[qmin]): 
    191191            self.qmin = min(self.x[self.x != 0]) 
    192         elif qmin != None: 
     192        elif qmin is not None: 
    193193            self.qmin = qmin 
    194         if qmax != None: 
     194        if qmax is not None: 
    195195            self.qmax = qmax 
    196196        # Determine the range needed in unsmeared-Q to cover 
    … …  
    202202        self._last_unsmeared_bin = len(self.x) - 1 
    203203         
    204         if self.smearer != None: 
     204        if self.smearer is not None: 
    205205            self._first_unsmeared_bin, self._last_unsmeared_bin = \ 
    206206                    self.smearer.get_bin_range(self.qmin, self.qmax) 
    … …  
    294294         
    295295        ## fitting range 
    296         if qmin == None: 
     296        if qmin is None: 
    297297            self.qmin = 1e-16 
    298         if qmax == None: 
     298        if qmax is None: 
    299299            self.qmax = math.sqrt(x_max * x_max + y_max * y_max) 
    300300        ## new error image for fitting purpose 
    301         if self.err_data == None or self.err_data == []: 
     301        if self.err_data is None or self.err_data == []: 
    302302            self.res_err_data = np.ones(len(self.data)) 
    303303        else: 
    … …  
    318318            Set smearer 
    319319        """ 
    320         if smearer == None: 
     320        if smearer is None: 
    321321            return 
    322322        self.smearer = smearer 
    … …  
    330330        if qmin == 0.0: 
    331331            self.qmin = 1e-16 
    332         elif qmin != None: 
     332        elif qmin is not None: 
    333333            self.qmin = qmin 
    334         if qmax != None: 
     334        if qmax is not None: 
    335335            self.qmax = qmax 
    336336        self.radius = np.sqrt(self.qx_data**2 + self.qy_data**2) 
    … …  
    357357        return the residuals 
    358358        """ 
    359         if self.smearer != None: 
     359        if self.smearer is not None: 
    360360            fn.set_index(self.idx) 
    361361            gn = fn.get_value() 
    … …  
    612612        """ 
    613613        """ 
    614         if self.pvec == None and self.model is None and self.param_list is None: 
     614        if self.pvec is None and self.model is None and self.param_list is None: 
    615615            return "No results" 
    616616 

  • src/sas/sascalc/fit/Loader.py

    r9a5097c rac07a3a  
    3434    def set_values(self): 
    3535        """ Store the values loaded from file in local variables""" 
    36         if not self.filename == None: 
     36        if self.filename is not None: 
    3737            input_f =  open(self.filename, 'r') 
    3838            buff = input_f.read() 

  • src/sas/sascalc/fit/MultiplicationModel.py

    r9a5097c r7432acb  
    178178        """ 
    179179        value = self.params['volfraction'] 
    180         if value != None: 
     180        if value is not None: 
    181181            factor = self.p_model.calculate_VR() 
    182             if factor == None or factor == NotImplemented or factor == 0.0: 
     182            if factor is None or factor == NotImplemented or factor == 0.0: 
    183183                val = value 
    184184            else: 
    … …  
    195195        effective_radius = self.p_model.calculate_ER() 
    196196        #Reset the effective_radius of s_model just before the run 
    197         if effective_radius != None and effective_radius != NotImplemented: 
     197        if effective_radius is not None and effective_radius != NotImplemented: 
    198198            self.s_model.setParam('radius_effective', effective_radius) 
    199199 

  • src/sas/sascalc/invariant/invariant.py

    r9a5097c r7432acb  
    329329 
    330330        ##power is given only for function = power_law 
    331         if power != None: 
     331        if power is not None: 
    332332            sigma2 = linearized_data.dy * linearized_data.dy 
    333333            a = -(power) 
    … …  
    389389        self._data = self._get_data(data) 
    390390        # get the dxl if the data is smeared: This is done only once on init. 
    391         if self._data.dxl != None and self._data.dxl.all() > 0: 
     391        if self._data.dxl is not None and self._data.dxl.all() > 0: 
    392392            # assumes constant dxl 
    393393            self._smeared = self._data.dxl[0] 
    … …  
    579579 
    580580        result_data = LoaderData1D(x=q, y=iq, dy=diq) 
    581         if self._smeared != None: 
     581        if self._smeared is not None: 
    582582            result_data.dxl = self._smeared * np.ones(len(q)) 
    583583        return result_data 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/AbstractFitEngine.py

    r9a5097c r7432acb  
    190190        if qmin == 0.0 and not np.isfinite(self.y[qmin]): 
    191191            self.qmin = min(self.x[self.x != 0]) 
    192         elif qmin != None: 
     192        elif qmin is not None: 
    193193            self.qmin = qmin 
    194         if qmax != None: 
     194        if qmax is not None: 
    195195            self.qmax = qmax 
    196196        # Determine the range needed in unsmeared-Q to cover 
    … …  
    202202        self._last_unsmeared_bin = len(self.x) - 1 
    203203         
    204         if self.smearer != None: 
     204        if self.smearer is not None: 
    205205            self._first_unsmeared_bin, self._last_unsmeared_bin = \ 
    206206                    self.smearer.get_bin_range(self.qmin, self.qmax) 
    … …  
    294294         
    295295        ## fitting range 
    296         if qmin == None: 
     296        if qmin is None: 
    297297            self.qmin = 1e-16 
    298         if qmax == None: 
     298        if qmax is None: 
    299299            self.qmax = math.sqrt(x_max * x_max + y_max * y_max) 
    300300        ## new error image for fitting purpose 
    301         if self.err_data == None or self.err_data == []: 
     301        if self.err_data is None or self.err_data == []: 
    302302            self.res_err_data = np.ones(len(self.data)) 
    303303        else: 
    … …  
    318318            Set smearer 
    319319        """ 
    320         if smearer == None: 
     320        if smearer is None: 
    321321            return 
    322322        self.smearer = smearer 
    … …  
    330330        if qmin == 0.0: 
    331331            self.qmin = 1e-16 
    332         elif qmin != None: 
     332        elif qmin is not None: 
    333333            self.qmin = qmin 
    334         if qmax != None: 
     334        if qmax is not None: 
    335335            self.qmax = qmax 
    336336        self.radius = np.sqrt(self.qx_data**2 + self.qy_data**2) 
    … …  
    357357        return the residuals 
    358358        """ 
    359         if self.smearer != None: 
     359        if self.smearer is not None: 
    360360            fn.set_index(self.idx) 
    361361            # Get necessary data from self.data and set the data for smearing 
    … …  
    615615        """ 
    616616        """ 
    617         if self.pvec == None and self.model is None and self.param_list is None: 
     617        if self.pvec is None and self.model is None and self.param_list is None: 
    618618            return "No results" 
    619619 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    r9a5097c rac07a3a  
    3434    def set_values(self): 
    3535        """ Store the values loaded from file in local variables""" 
    36         if not self.filename == None: 
     36        if self.filename is not None: 
    3737            input_f =  open(self.filename, 'r') 
    3838            buff = input_f.read() 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r9a5097c r45dffa69  
    1818from scipy import optimize 
    1919from sas.sascalc.pr.core.pr_inversion import Cinvertor 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2022 
    2123def help(): 
    … …  
    160162            return self.set_dmax(value) 
    161163        elif name == 'q_min': 
    162             if value == None: 
     164            if value is None: 
    163165                return self.set_qmin(-1.0) 
    164166            return self.set_qmin(value) 
    165167        elif name == 'q_max': 
    166             if value == None: 
     168            if value is None: 
    167169                return self.set_qmax(-1.0) 
    168170            return self.set_qmax(value) 
    … …  
    393395        Check q-value against user-defined range 
    394396        """ 
    395         if not self.q_min == None and q < self.q_min: 
     397        if self.q_min is not None and q < self.q_min: 
    396398            return False 
    397         if not self.q_max == None and q > self.q_max: 
     399        if self.q_max is not None and q > self.q_max: 
    398400            return False 
    399401        return True 
    … …  
    495497            # We were not able to estimate the errors 
    496498            # Return an empty error matrix 
    497             logging.error(sys.exc_value) 
     499            logger.error(sys.exc_value) 
    498500 
    499501        # Keep a copy of the last output 
    … …  
    541543            # number of terms 
    542544            best_alpha, _, _ = self.estimate_alpha(self.nfunc) 
    543             logging.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
     545            logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
    544546            return self.nfunc, best_alpha, "Could not estimate number of terms" 
    545547 
    … …  
    656658            file.write("#has_bck=0\n") 
    657659        file.write("#alpha_estimate=%g\n" % self.suggested_alpha) 
    658         if not self.out == None: 
     660        if self.out is not None: 
    659661            if len(self.out) == len(self.cov): 
    660662                for i in range(len(self.out)): 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r9a5097c r7432acb  
    55import logging 
    66from sas.sascalc.pr.invertor import Invertor 
     7 
     8logger = logging.getLogger(__name__) 
    79 
    810class NTermEstimator(object): 
    … …  
    6567        self.alpha_list = [] 
    6668        for k in range(self.nterm_min, self.nterm_max, 1): 
    67             if self.isquit_func != None: 
     69            if self.isquit_func is not None: 
    6870                self.isquit_func() 
    6971            best_alpha, message, _ = inver.estimate_alpha(k) 
    … …  
    157159    scale = None 
    158160    min_err = 0.0 
    159     if not path == None: 
     161    if path is not None: 
    160162        input_f = open(path, 'r') 
    161163        buff = input_f.read() 
    … …  
    169171                    err = float(toks[2]) 
    170172                else: 
    171                     if scale == None: 
     173                    if scale is None: 
    172174                        scale = 0.05 * math.sqrt(test_y) 
    173175                        #scale = 0.05/math.sqrt(y) 
    … …  
    180182                data_err = np.append(data_err, err) 
    181183            except: 
    182                 logging.error(sys.exc_value) 
     184                logger.error(sys.exc_value) 
    183185 
    184186    return data_x, data_y, data_err 

  • src/sas/sascalc/realspace/VolumeCanvas.py

    rd85c194 r235f514  
    293293        """ 
    294294        # If the handle is not provided, create one 
    295         if id == None: 
     295        if id is None: 
    296296            id = shapeDesc.params["type"]+str(self.shapecount) 
    297297          
    … …  
    303303        self.shapecount += 1 
    304304 
    305         #model changed, need to recalculate P(r) 
     305        # model changed, need to recalculate P(r) 
    306306        self._model_changed() 
    307307 
    … …  
    325325        """ 
    326326        # If the handle is not provided, create one 
    327         if id == None: 
     327        if id is None: 
    328328            id = "shape"+str(self.shapecount) 
    329329  
    330         #shapeDesc = ShapeDescriptor(shape.lower()) 
     330        # shapeDesc = ShapeDescriptor(shape.lower()) 
    331331        if shape.lower() in shape_dict: 
    332332            shapeDesc = shape_dict[shape.lower()]() 
    … …  
    335335            shapeDesc = PDBDescriptor(shape) 
    336336        else: 
    337             raise ValueError, "VolumeCanvas.add: Unknown shape %s" % shape 
     337            raise ValueError("VolumeCanvas.add: Unknown shape %s" % shape) 
    338338         
    339339        return self.addObject(shapeDesc, id) 
    … …  
    345345        """ 
    346346 
    347         if self.shapes.has_key(id): 
     347        if id in self.shapes: 
    348348            del self.shapes[id] 
    349349        else: 
    350             raise KeyError, "VolumeCanvas.delete: could not find shape ID" 
    351  
    352         #model changed, need to recalculate P(r) 
     350            raise KeyError("VolumeCanvas.delete: could not find shape ID") 
     351 
     352        # model changed, need to recalculate P(r) 
    353353        self._model_changed() 
    354354 
    … …  
    379379        # If a shape identifier was given, look the shape up 
    380380        # in the dictionary 
    381         if len(toks)>1: 
    382             if toks[0] in self.shapes.keys(): 
     381        if len(toks): 
     382            if toks[0] in self.shapes: 
    383383                # The shape was found, now look for the parameter 
    384384                if toks[1] in self.shapes[toks[0]].params: 
    … …  
    387387                    self._model_changed() 
    388388                else: 
    389                     raise ValueError, "Could not find parameter %s" % name 
     389                    raise ValueError("Could not find parameter %s" % name) 
    390390            else: 
    391                 raise ValueError, "Could not find shape %s" % toks[0] 
     391                raise ValueError("Could not find shape %s" % toks[0]) 
    392392         
    393393        else: 
    … …  
    410410        if len(toks) == 1: 
    411411            try: 
    412                 self.params.has_key(toks[0]) 
     412                value = self.params[toks[0]] 
    413413            except KeyError: 
    414                 raise ValueError, \ 
    415                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    416  
    417             value = self.params[toks[0]] 
     414                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find" 
     415                                 " %s" % name) 
    418416            if isinstance(value, ShapeDescriptor): 
    419                 raise ValueError, \ 
    420                     "VolumeCanvas.getParam: Cannot get parameter value."  
     417                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Cannot get parameter" 
     418                                 " value.") 
    421419            else: 
    422420                return value 
    … …  
    424422        elif len(toks) == 2: 
    425423            try: 
    426                 self.shapes.has_key(toks[0]) 
     424                shapeinstance = self.shapes[toks[0]] 
    427425            except KeyError: 
    428                 raise ValueError, \ 
    429                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    430  
    431             shapeinstance = self.shapes[toks[0]] 
    432  
    433             try: 
    434                 shapeinstance.params.has_key(toks[1]) 
    435             except KeyError: 
    436                 raise ValueError, \ 
    437                     "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
     426                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find " 
     427                                 "%s" % name) 
     428 
     429            if not toks[1] in shapeinstance.params: 
     430                raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find " 
     431                                 "%s" % name) 
    438432 
    439433            return shapeinstance.params[toks[1]] 
    440434 
    441435        else: 
    442             raise ValueError, \ 
    443                 "VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name 
    444              
    445     def getParamList(self, shapeid = None): 
     436            raise ValueError("VolumeCanvas.getParam: Could not find %s" % name) 
     437             
     438    def getParamList(self, shapeid=None): 
    446439        """ 
    447440               return a full list of all available parameters from  
    … …  
    455448 
    456449        param_list = [] 
    457         if shapeid == None:         
    458             for key1 in self.params.keys(): 
     450        if shapeid is None: 
     451            for key1 in self.params: 
    459452                #value1 = self.params[key1] 
    460453                param_list.append(key1) 
    461             for key2 in self.shapes.keys(): 
     454            for key2 in self.shapes: 
    462455                value2 = self.shapes[key2] 
    463456                header = key2 + '.' 
    464                 for key3 in value2.params.keys():    
     457                for key3 in value2.params: 
    465458                    fullname = header + key3                  
    466459                    param_list.append(fullname) 
    467460      
    468461        else: 
    469             try: 
    470                 self.shapes.has_key(shapeid) 
    471             except KeyError: 
    472                 raise ValueError, \ 
    473                     "VolumeCanvas: getParamList: Could not find %s" % shapeid 
     462            if not shapeid in self.shapes: 
     463                raise ValueError("VolumeCanvas: getParamList: Could not find " 
     464                                 "%s" % shapeid) 
     465 
    474466            header = shapeid + '.' 
    475             param_list = self.shapes[shapeid].params.keys()   
    476             for i in range(len(param_list)): 
    477                 param_list[i] = header + param_list[i] 
    478  
     467            param_list = [header + param for param in self.shapes[shapeid].params] 
    479468        return param_list 
    480469 
    … …  
    490479            @param shapeDesc: shape description 
    491480        """ 
    492         #Create the object model 
     481        # Create the object model 
    493482        shapeDesc.create() 
    494483                     
    … …  
    605594        # type we recognize 
    606595        else: 
    607             raise ValueError, "run(q): bad type for q" 
     596            raise ValueError("run(q): bad type for q") 
    608597     
    609598    def runXY(self, q = 0): 
    … …  
    625614        # type we recognize 
    626615        else: 
    627             raise ValueError, "runXY(q): bad type for q" 
     616            raise ValueError("runXY(q): bad type for q") 
    628617     
    629618    def _create_modelObject(self): 
    … …  
    674663        # If this is the first simulation call, we need to generate the 
    675664        # space points 
    676         if self.points == None: 
     665        if self.points is None: 
    677666            self._create_modelObject() 
    678667             
    679668            # Protect against empty model 
    680             if self.points == None: 
     669            if self.points is None: 
    681670                return 0 
    682671                
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.