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Timestamp:
Aug 2, 2017 5:09:59 AM (7 years ago)
Author:
lewis
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
2a52b0e
Parents:
83ee7258
Message:

Fix sesans reader

File:
1 edited

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  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r5a8cdbb rbe43448  
    7575        self._insist_header(headers, "Wavelength") 
    7676 
    77             data = np.loadtxt(self.f_open) 
     77        data = np.loadtxt(self.f_open) 
    7878 
    79             if data.shape[1] != len(headers): 
    80                 raise FileContentsException( 
    81                     "File has {} headers, but {} columns".format( 
    82                         len(headers), 
    83                         data.shape[1])) 
     79        if data.shape[1] != len(headers): 
     80            raise FileContentsException( 
     81                "File has {} headers, but {} columns".format( 
     82                    len(headers), 
     83                    data.shape[1])) 
    8484 
    85             if not data.size: 
    86                 raise FileContentsException("{} is empty".format(path)) 
    87             x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
    88             if "SpinEchoLength_error" in headers: 
    89                 dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
    90             else: 
    91                 dx = x * 0.05 
    92             lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
    93             if "Wavelength_error" in headers: 
    94                 dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
    95             else: 
    96                 dlam = lam * 0.05 
    97             y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
    98             dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
     85        if not data.size: 
     86            raise FileContentsException("{} is empty".format(path)) 
     87        x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     88        if "SpinEchoLength_error" in headers: 
     89            dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
     90        else: 
     91            dx = x * 0.05 
     92        lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     93        if "Wavelength_error" in headers: 
     94            dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     95        else: 
     96            dlam = lam * 0.05 
     97        y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     98        dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    9999 
    100             lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
    101             x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", 
    102                                               self._unit_fetch( 
    103                                                   "SpinEchoLength")) 
    104             dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
    105                 dx, lam_unit, 
    106                 self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
    107             dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
    108                 dlam, lam_unit, 
    109                 self._unit_fetch("Wavelength")) 
    110             y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
     100        lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     101        x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", 
     102                                          self._unit_fetch( 
     103                                              "SpinEchoLength")) 
     104        dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
     105            dx, lam_unit, 
     106            self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     107        dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
     108            dlam, lam_unit, 
     109            self._unit_fetch("Wavelength")) 
     110        y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    111111 
    112             self.current_dataset.x = x 
    113             self.current_dataset.y = y 
    114             self.current_dataset.lam = lam 
    115             self.current_dataset.dy = dy 
    116             self.current_dataset.dx = dx 
    117             self.current_dataset.dlam = dlam 
    118             self.current_datainfo.isSesans = True 
     112        self.current_dataset.x = x 
     113        self.current_dataset.y = y 
     114        self.current_dataset.lam = lam 
     115        self.current_dataset.dy = dy 
     116        self.current_dataset.dx = dx 
     117        self.current_dataset.dlam = dlam 
     118        self.current_datainfo.isSesans = True 
    119119 
    120             self.current_datainfo._yunit = y_unit 
    121             self.current_datainfo._xunit = x_unit 
    122             self.current_datainfo.source.wavelength_unit = lam_unit 
    123             self.current_datainfo.source.wavelength = lam 
    124             self.current_datainfo.filename = os.basename(self.f_open.name) 
    125             self.current_dataset.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
    126             # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
    127             self.current_dataset.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
    128             # Store loading process information 
    129             self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
    130             self.current_datainfo.sample.name = params["Sample"] 
    131             self.current_datainfo.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
    132             self.current_datainfo.sample.thickness = self._unit_conversion( 
    133                 float(params["Thickness"]), "cm", 
    134                 self._unit_fetch("Thickness"))[0] 
     120        self.current_datainfo._yunit = y_unit 
     121        self.current_datainfo._xunit = x_unit 
     122        self.current_datainfo.source.wavelength_unit = lam_unit 
     123        self.current_datainfo.source.wavelength = lam 
     124        self.current_datainfo.filename = os.path.basename(self.f_open.name) 
     125        self.current_dataset.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     126        # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     127        self.current_dataset.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
     128        # Store loading process information 
     129        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     130        self.current_datainfo.sample.name = params["Sample"] 
     131        self.current_datainfo.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     132        self.current_datainfo.sample.thickness = self._unit_conversion( 
     133            float(params["Thickness"]), "cm", 
     134            self._unit_fetch("Thickness"))[0] 
    135135 
    136             self.current_datainfo.sample.zacceptance = ( 
    137                 float(params["Theta_zmax"]), 
    138                 self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
     136        self.current_datainfo.sample.zacceptance = ( 
     137            float(params["Theta_zmax"]), 
     138            self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    139139 
    140             self.current_datainfo.sample.yacceptance = ( 
    141                 float(params["Theta_ymax"]), 
    142                 self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
     140        self.current_datainfo.sample.yacceptance = ( 
     141            float(params["Theta_ymax"]), 
     142            self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
    143143 
    144             self.send_to_output() 
     144        self.send_to_output() 
    145145 
    146146    @staticmethod 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.