Changeset b2b3009d in sasview for src/sas/sascalc/dataloader/readers


Ignore:
Timestamp:
Apr 4, 2017 12:00:30 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
f68d503
Parents:
571bf4b (diff), ed2276f (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Andrew Jackson <andrew.jackson@…> (04/04/17 12:00:30)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (04/04/17 12:00:30)
Message:

Merge pull request #55 from andyfaff/numpy_import

MAINT: import numpy as np

Location:
src/sas/sascalc/dataloader/readers
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/IgorReader.py

    r36d69e1 red2276f  
    1414import os 
    1515 
     16import numpy as np 
     17import math 
     18#import logging 
     19 
    1620from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    1721from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector 
    1822from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    19 import numpy as np 
    2023 
    2124# Look for unit converter 
    … …  
    6265            data_conv_i(1.0, output.I_unit) 
    6366 
     67        for line in lines: 
     68             
     69            # Find setup info line 
     70            if isInfo: 
     71                isInfo = False 
     72                line_toks = line.split() 
     73                # Wavelength in Angstrom 
     74                try: 
     75                    wavelength = float(line_toks[1]) 
     76                except: 
     77                    msg = "IgorReader: can't read this file, missing wavelength" 
     78                    raise ValueError, msg 
     79                 
     80            #Find # of bins in a row assuming the detector is square. 
     81            if dataStarted == True: 
     82                try: 
     83                    value = float(line) 
     84                except: 
     85                    # Found a non-float entry, skip it 
     86                    continue 
     87                 
     88                # Get total bin number 
     89                 
     90            i_tot_row += 1 
     91        i_tot_row = math.ceil(math.sqrt(i_tot_row)) - 1 
     92        #print "i_tot", i_tot_row 
     93        size_x = i_tot_row  # 192#128 
     94        size_y = i_tot_row  # 192#128 
     95        output.data = np.zeros([size_x, size_y]) 
     96        output.err_data = np.zeros([size_x, size_y]) 
     97   
    6498        data_row = 0 
    6599        wavelength = distance = center_x = center_y = None 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    99###################################################################### 
    1010 
    11 import numpy 
     11import numpy as np 
    1212import os 
    1313from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    … …  
    5353                buff = input_f.read() 
    5454                lines = buff.split('\n') 
    55                 x  = numpy.zeros(0) 
    56                 y  = numpy.zeros(0) 
    57                 dy = numpy.zeros(0) 
    58                 dx = numpy.zeros(0) 
     55                x  = np.zeros(0) 
     56                y  = np.zeros(0) 
     57                dy = np.zeros(0) 
     58                dx = np.zeros(0) 
    5959                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    6060                detector = Detector() 
    … …  
    204204                                _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit) 
    205205                            
    206                             x = numpy.append(x, _x) 
    207                             y = numpy.append(y, _y) 
    208                             dy = numpy.append(dy, _dy) 
    209                             dx = numpy.append(dx, _dx) 
     206                            x = np.append(x, _x) 
     207                            y = np.append(y, _y) 
     208                            dy = np.append(dy, _dy) 
     209                            dx = np.append(dx, _dx) 
    210210                             
    211211                        except: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    rd2471870 r9a5097c  
    1414 
    1515 
    16 import numpy 
     16import numpy as np 
    1717import os 
    1818from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    … …  
    6969 
    7070                # Arrays for data storage 
    71                 tx = numpy.zeros(0) 
    72                 ty = numpy.zeros(0) 
    73                 tdy = numpy.zeros(0) 
    74                 tdx = numpy.zeros(0) 
     71                tx = np.zeros(0) 
     72                ty = np.zeros(0) 
     73                tdy = np.zeros(0) 
     74                tdx = np.zeros(0) 
    7575 
    7676                # The first good line of data will define whether 
    … …  
    140140                            is_data == False: 
    141141                            try: 
    142                                 tx = numpy.zeros(0) 
    143                                 ty = numpy.zeros(0) 
    144                                 tdy = numpy.zeros(0) 
    145                                 tdx = numpy.zeros(0) 
     142                                tx = np.zeros(0) 
     143                                ty = np.zeros(0) 
     144                                tdy = np.zeros(0) 
     145                                tdx = np.zeros(0) 
    146146                            except: 
    147147                                pass 
    148148 
    149149                        if has_error_dy == True: 
    150                             tdy = numpy.append(tdy, _dy) 
     150                            tdy = np.append(tdy, _dy) 
    151151                        if has_error_dx == True: 
    152                             tdx = numpy.append(tdx, _dx) 
    153                         tx = numpy.append(tx, _x) 
    154                         ty = numpy.append(ty, _y) 
     152                            tdx = np.append(tdx, _dx) 
     153                        tx = np.append(tx, _x) 
     154                        ty = np.append(ty, _y) 
    155155 
    156156                        #To remember the # of columns on the current line 
    … …  
    188188                #Let's re-order the data to make cal. 
    189189                # curve look better some cases 
    190                 ind = numpy.lexsort((ty, tx)) 
    191                 x = numpy.zeros(len(tx)) 
    192                 y = numpy.zeros(len(ty)) 
    193                 dy = numpy.zeros(len(tdy)) 
    194                 dx = numpy.zeros(len(tdx)) 
     190                ind = np.lexsort((ty, tx)) 
     191                x = np.zeros(len(tx)) 
     192                y = np.zeros(len(ty)) 
     193                dy = np.zeros(len(tdy)) 
     194                dx = np.zeros(len(tdx)) 
    195195                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    196196                self.filename = output.filename = basename 
    … …  
    212212                output.y = y[x != 0] 
    213213                output.dy = dy[x != 0] if has_error_dy == True\ 
    214                     else numpy.zeros(len(output.y)) 
     214                    else np.zeros(len(output.y)) 
    215215                output.dx = dx[x != 0] if has_error_dx == True\ 
    216                     else numpy.zeros(len(output.x)) 
     216                    else np.zeros(len(output.x)) 
    217217 
    218218                output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    1515import os 
    1616import sys 
    17 import numpy 
     17import numpy as np 
    1818import logging 
    1919from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    … …  
    7979            output.detector.append(detector) 
    8080             
    81             output.data = numpy.zeros([size_x,size_y]) 
    82             output.err_data = numpy.zeros([size_x, size_y]) 
     81            output.data = np.zeros([size_x,size_y]) 
     82            output.err_data = np.zeros([size_x, size_y]) 
    8383             
    8484            data_conv_q = None 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/hfir1d_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    99#copyright 2008, University of Tennessee 
    1010###################################################################### 
    11 import numpy 
     11import numpy as np 
    1212import os 
    1313from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    … …  
    5252                buff = input_f.read() 
    5353                lines = buff.split('\n') 
    54                 x = numpy.zeros(0) 
    55                 y = numpy.zeros(0) 
    56                 dx = numpy.zeros(0) 
    57                 dy = numpy.zeros(0) 
     54                x = np.zeros(0) 
     55                y = np.zeros(0) 
     56                dx = np.zeros(0) 
     57                dy = np.zeros(0) 
    5858                output = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
    5959                self.filename = output.filename = basename 
    … …  
    8888                            _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit) 
    8989                                                     
    90                         x = numpy.append(x, _x) 
    91                         y = numpy.append(y, _y) 
    92                         dx = numpy.append(dx, _dx) 
    93                         dy = numpy.append(dy, _dy) 
     90                        x = np.append(x, _x) 
     91                        y = np.append(y, _y) 
     92                        dx = np.append(dx, _dx) 
     93                        dy = np.append(dy, _dy) 
    9494                    except: 
    9595                        # Couldn't parse this line, skip it  

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/red2d_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    1010###################################################################### 
    1111import os 
    12 import numpy 
     12import numpy as np 
    1313import math 
    1414from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    … …  
    198198                break 
    199199        # Make numpy array to remove header lines using index 
    200         lines_array = numpy.array(lines) 
     200        lines_array = np.array(lines) 
    201201 
    202202        # index for lines_array 
    203         lines_index = numpy.arange(len(lines)) 
     203        lines_index = np.arange(len(lines)) 
    204204         
    205205        # get the data lines 
    … …  
    225225 
    226226        # numpy array form 
    227         data_array = numpy.array(data_list1) 
     227        data_array = np.array(data_list1) 
    228228        # Redimesion based on the row_num and col_num, 
    229229        #otherwise raise an error. 
    … …  
    235235        ## Get the all data: Let's HARDcoding; Todo find better way 
    236236        # Defaults 
    237         dqx_data = numpy.zeros(0) 
    238         dqy_data = numpy.zeros(0) 
    239         err_data = numpy.ones(row_num) 
    240         qz_data = numpy.zeros(row_num) 
    241         mask = numpy.ones(row_num, dtype=bool) 
     237        dqx_data = np.zeros(0) 
     238        dqy_data = np.zeros(0) 
     239        err_data = np.ones(row_num) 
     240        qz_data = np.zeros(row_num) 
     241        mask = np.ones(row_num, dtype=bool) 
    242242        # Get from the array 
    243243        qx_data = data_point[0] 
    … …  
    254254            dqy_data = data_point[(5 + ver)] 
    255255        #if col_num > (6 + ver): mask[data_point[(6 + ver)] < 1] = False 
    256         q_data = numpy.sqrt(qx_data*qx_data+qy_data*qy_data+qz_data*qz_data) 
     256        q_data = np.sqrt(qx_data*qx_data+qy_data*qy_data+qz_data*qz_data) 
    257257            
    258258        # Extra protection(it is needed for some data files):  
    … …  
    262262   
    263263        # Store limits of the image in q space 
    264         xmin = numpy.min(qx_data) 
    265         xmax = numpy.max(qx_data) 
    266         ymin = numpy.min(qy_data) 
    267         ymax = numpy.max(qy_data) 
     264        xmin = np.min(qx_data) 
     265        xmax = np.max(qx_data) 
     266        ymin = np.min(qy_data) 
     267        ymax = np.max(qy_data) 
    268268 
    269269        # units 
    … …  
    287287         
    288288        # store x and y axis bin centers in q space 
    289         x_bins = numpy.arange(xmin, xmax + xstep, xstep) 
    290         y_bins = numpy.arange(ymin, ymax + ystep, ystep) 
     289        x_bins = np.arange(xmin, xmax + xstep, xstep) 
     290        y_bins = np.arange(ymin, ymax + ystep, ystep) 
    291291        
    292292        # get the limits of q values 
    … …  
    300300        output.data = data 
    301301        if (err_data == 1).all(): 
    302             output.err_data = numpy.sqrt(numpy.abs(data)) 
     302            output.err_data = np.sqrt(np.abs(data)) 
    303303            output.err_data[output.err_data == 0.0] = 1.0 
    304304        else: 
    … …  
    335335                # tranfer the comp. to cartesian coord. for newer version. 
    336336                if ver != 1: 
    337                     diag = numpy.sqrt(qx_data * qx_data + qy_data * qy_data) 
     337                    diag = np.sqrt(qx_data * qx_data + qy_data * qy_data) 
    338338                    cos_th = qx_data / diag 
    339339                    sin_th = qy_data / diag 
    340                     output.dqx_data = numpy.sqrt((dqx_data * cos_th) * \ 
     340                    output.dqx_data = np.sqrt((dqx_data * cos_th) * \ 
    341341                                                 (dqx_data * cos_th) \ 
    342342                                                 + (dqy_data * sin_th) * \ 
    343343                                                  (dqy_data * sin_th)) 
    344                     output.dqy_data = numpy.sqrt((dqx_data * sin_th) * \ 
     344                    output.dqy_data = np.sqrt((dqx_data * sin_th) * \ 
    345345                                                 (dqx_data * sin_th) \ 
    346346                                                 + (dqy_data * cos_th) * \ 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r7caf3e5 r9a5097c  
    66    Jurrian Bakker  
    77""" 
    8 import numpy 
     8import numpy as np 
    99import os 
    1010from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    … …  
    6060                buff = input_f.read() 
    6161                lines = buff.splitlines() 
    62                 x  = numpy.zeros(0) 
    63                 y  = numpy.zeros(0) 
    64                 dy = numpy.zeros(0) 
    65                 lam  = numpy.zeros(0) 
    66                 dlam = numpy.zeros(0) 
    67                 dx = numpy.zeros(0) 
     62                x  = np.zeros(0) 
     63                y  = np.zeros(0) 
     64                dy = np.zeros(0) 
     65                lam  = np.zeros(0) 
     66                dlam = np.zeros(0) 
     67                dx = np.zeros(0) 
    6868                 
    6969               #temp. space to sort data 
    70                 tx  = numpy.zeros(0) 
    71                 ty  = numpy.zeros(0) 
    72                 tdy = numpy.zeros(0) 
    73                 tlam  = numpy.zeros(0) 
    74                 tdlam = numpy.zeros(0) 
    75                 tdx = numpy.zeros(0) 
     70                tx  = np.zeros(0) 
     71                ty  = np.zeros(0) 
     72                tdy = np.zeros(0) 
     73                tlam  = np.zeros(0) 
     74                tdlam = np.zeros(0) 
     75                tdx = np.zeros(0) 
    7676                output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    7777                self.filename = output.filename = basename 
    … …  
    128128 
    129129                x,y,lam,dy,dx,dlam = [ 
    130                    numpy.asarray(v, 'double') 
     130                    np.asarray(v, 'double') 
    131131                   for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam) 
    132132                ] 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    1313import logging 
    1414import os 
    15 import numpy 
     15import numpy as np 
    1616from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    1717from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    … …  
    5656 
    5757        # Initiazed the output data object 
    58         output.data = numpy.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
    59         output.err_data = numpy.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
    60         output.mask = numpy.ones([im.size[0], im.size[1]], dtype=bool) 
     58        output.data = np.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
     59        output.err_data = np.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
     60        output.mask = np.ones([im.size[0], im.size[1]], dtype=bool) 
    6161         
    6262        # Initialize 
    … …  
    9494        output.x_bins = x_vals 
    9595        output.y_bins = y_vals 
    96         output.qx_data = numpy.array(x_vals) 
    97         output.qy_data = numpy.array(y_vals) 
     96        output.qx_data = np.array(x_vals) 
     97        output.qy_data = np.array(y_vals) 
    9898        output.xmin = 0 
    9999        output.xmax = im.size[0] - 1 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.