Changeset af08e55 in sasview for src/sas/sasgui/perspectives


Ignore:
Timestamp:
Jan 12, 2017 9:01:09 AM (7 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
1905128
Parents:
83c09af
Message:

Saving and loading of 2D data within projects and fit save states is working. This works alongside saving and loading 1D fits withint the same .svs file. #827

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    r83c09af raf08e55  
    11091109        """ 
    11101110        node = dom.xpath('ns:data_class', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1111         if not node or node[0].text.lstrip().rstrip() != "Data2D": 
    1112             return_value, _ = self._parse_entry(dom) 
    1113             numpy.trim_zeros(return_value.x) 
    1114             numpy.trim_zeros(return_value.y) 
    1115             numpy.trim_zeros(return_value.dy) 
    1116             size_dx = return_value.dx.size 
    1117             size_dxl = return_value.dxl.size 
    1118             size_dxw = return_value.dxw.size 
    1119             if size_dxl == 0 and size_dxw == 0: 
    1120                 return_value.dxl = None 
    1121                 return_value.dxw = None 
    1122                 numpy.trim_zeros(return_value.dx) 
    1123             elif size_dx == 0: 
    1124                 return_value.dx = None 
    1125                 size_dx = size_dxl 
    1126                 numpy.trim_zeros(return_value.dxl) 
    1127                 numpy.trim_zeros(return_value.dxw) 
    1128  
    1129             return return_value, _ 
    1130  
    1131         # Parse 2D 
    1132         data_info = Data2D() 
    1133  
    1134         # Look up title 
    1135         self._store_content('ns:Title', dom, 'title', data_info) 
    1136  
    1137         # Look up run number 
    1138         nodes = dom.xpath('ns:Run', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1139         for item in nodes: 
    1140             if item.text is not None: 
    1141                 value = item.text.strip() 
    1142                 if len(value) > 0: 
    1143                     data_info.run.append(value) 
    1144                     if item.get('name') is not None: 
    1145                         data_info.run_name[value] = item.get('name') 
    1146  
    1147         # Look up instrument name 
    1148         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:name', dom, 
    1149                             'instrument', data_info) 
    1150  
    1151         # Notes 
    1152         note_list = dom.xpath('ns:SASnote', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1153         for note in note_list: 
    1154             try: 
    1155                 if note.text is not None: 
    1156                     note_value = note.text.strip() 
    1157                     if len(note_value) > 0: 
    1158                         data_info.notes.append(note_value) 
    1159             except Exception: 
    1160                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
    1161                 err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    1162                 self.errors.append(err_mess) 
    1163                 logging.error(err_mess) 
    1164  
    1165         # Sample info ################### 
    1166         entry = get_content('ns:SASsample', dom) 
    1167         if entry is not None: 
    1168             data_info.sample.name = entry.get('name') 
    1169  
    1170         self._store_content('ns:SASsample/ns:ID', dom, 'ID', data_info.sample) 
    1171         self._store_float('ns:SASsample/ns:thickness', dom, 'thickness', 
    1172                           data_info.sample) 
    1173         self._store_float('ns:SASsample/ns:transmission', dom, 'transmission', 
    1174                           data_info.sample) 
    1175         self._store_float('ns:SASsample/ns:temperature', dom, 'temperature', 
    1176                           data_info.sample) 
    1177  
    1178         nodes = dom.xpath('ns:SASsample/ns:details', 
    1179                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1180         for item in nodes: 
    1181             try: 
    1182                 if item.text is not None: 
    1183                     detail_value = item.text.strip() 
    1184                     if len(detail_value) > 0: 
    1185                         data_info.sample.details.append(detail_value) 
    1186             except Exception: 
    1187                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
    1188                 err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    1189                 self.errors.append(err_mess) 
    1190                 logging.error(err_mess) 
    1191  
    1192         # Position (as a vector) 
    1193         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:x', dom, 'position.x', 
    1194                           data_info.sample) 
    1195         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:y', dom, 'position.y', 
    1196                           data_info.sample) 
    1197         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:z', dom, 'position.z', 
    1198                           data_info.sample) 
    1199  
    1200         # Orientation (as a vector) 
    1201         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:roll', 
    1202                           dom, 'orientation.x', data_info.sample) 
    1203         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:pitch', 
    1204                           dom, 'orientation.y', data_info.sample) 
    1205         self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:yaw', 
    1206                           dom, 'orientation.z', data_info.sample) 
    1207  
    1208         # Source info ################### 
    1209         entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource', dom) 
    1210         if entry is not None: 
    1211             data_info.source.name = entry.get('name') 
    1212  
    1213         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:radiation', 
    1214                             dom, 'radiation', data_info.source) 
    1215         self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_shape', 
    1216                             dom, 'beam_shape', data_info.source) 
    1217         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength', 
    1218                           dom, 'wavelength', data_info.source) 
    1219         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_min', 
    1220                           dom, 'wavelength_min', data_info.source) 
    1221         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_max', 
    1222                           dom, 'wavelength_max', data_info.source) 
    1223         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_spread', 
    1224                           dom, 'wavelength_spread', data_info.source) 
    1225  
    1226         # Beam size (as a vector) 
    1227         entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size', dom) 
    1228         if entry is not None: 
    1229             data_info.source.beam_size_name = entry.get('name') 
    1230  
    1231         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:x', 
    1232                           dom, 'beam_size.x', data_info.source) 
    1233         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:y', 
    1234                           dom, 'beam_size.y', data_info.source) 
    1235         self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:z', 
    1236                           dom, 'beam_size.z', data_info.source) 
    1237  
    1238         # Collimation info ################### 
    1239         nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SAScollimation', 
    1240                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1241         for item in nodes: 
    1242             collim = Collimation() 
    1243             if item.get('name') is not None: 
    1244                 collim.name = item.get('name') 
    1245             self._store_float('ns:length', item, 'length', collim) 
    1246  
    1247             # Look for apertures 
    1248             apert_list = item.xpath('ns:aperture', 
    1249                                     namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1250             for apert in apert_list: 
    1251                 aperture = Aperture() 
    1252  
    1253                 # Get the name and type of the aperture 
    1254                 aperture.name = apert.get('name') 
    1255                 aperture.type = apert.get('type') 
    1256  
    1257                 self._store_float('ns:distance', apert, 'distance', aperture) 
    1258  
    1259                 entry = get_content('ns:size', apert) 
    1260                 if entry is not None: 
    1261                     aperture.size_name = entry.get('name') 
    1262  
    1263                 self._store_float('ns:size/ns:x', apert, 'size.x', aperture) 
    1264                 self._store_float('ns:size/ns:y', apert, 'size.y', aperture) 
    1265                 self._store_float('ns:size/ns:z', apert, 'size.z', aperture) 
    1266  
    1267                 collim.aperture.append(aperture) 
    1268  
    1269             data_info.collimation.append(collim) 
    1270  
    1271         # Detector info ###################### 
    1272         nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SASdetector', 
    1273                           namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1274         for item in nodes: 
    1275  
    1276             detector = Detector() 
    1277  
    1278             self._store_content('ns:name', item, 'name', detector) 
    1279             self._store_float('ns:SDD', item, 'distance', detector) 
    1280  
    1281             # Detector offset (as a vector) 
    1282             self._store_float('ns:offset/ns:x', item, 'offset.x', detector) 
    1283             self._store_float('ns:offset/ns:y', item, 'offset.y', detector) 
    1284             self._store_float('ns:offset/ns:z', item, 'offset.z', detector) 
    1285  
    1286             # Detector orientation (as a vector) 
    1287             self._store_float('ns:orientation/ns:roll', item, 
    1288                               'orientation.x', detector) 
    1289             self._store_float('ns:orientation/ns:pitch', item, 
    1290                               'orientation.y', detector) 
    1291             self._store_float('ns:orientation/ns:yaw', item, 
    1292                               'orientation.z', detector) 
    1293  
    1294             # Beam center (as a vector) 
    1295             self._store_float('ns:beam_center/ns:x', item, 
    1296                               'beam_center.x', detector) 
    1297             self._store_float('ns:beam_center/ns:y', item, 
    1298                               'beam_center.y', detector) 
    1299             self._store_float('ns:beam_center/ns:z', item, 
    1300                               'beam_center.z', detector) 
    1301  
    1302             # Pixel size (as a vector) 
    1303             self._store_float('ns:pixel_size/ns:x', item, 
    1304                               'pixel_size.x', detector) 
    1305             self._store_float('ns:pixel_size/ns:y', item, 
    1306                               'pixel_size.y', detector) 
    1307             self._store_float('ns:pixel_size/ns:z', item, 
    1308                               'pixel_size.z', detector) 
    1309  
    1310             self._store_float('ns:slit_length', item, 'slit_length', detector) 
    1311  
    1312             data_info.detector.append(detector) 
    1313  
    1314         # Processes info ###################### 
    1315         nodes = dom.xpath('ns:SASprocess', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1316         for item in nodes: 
    1317             process = Process() 
    1318             self._store_content('ns:name', item, 'name', process) 
    1319             self._store_content('ns:date', item, 'date', process) 
    1320             self._store_content('ns:description', item, 'description', process) 
    1321  
    1322             term_list = item.xpath('ns:term', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1323             for term in term_list: 
    1324                 try: 
    1325                     term_attr = {} 
    1326                     for attr in term.keys(): 
    1327                         term_attr[attr] = term.get(attr).strip() 
    1328                     if term.text is not None: 
    1329                         term_attr['value'] = term.text.strip() 
    1330                         process.term.append(term_attr) 
    1331                 except: 
    1332                     err_mess = "cansas_reader.read: error processing " 
    1333                     err_mess += "entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
    1334                     self.errors.append(err_mess) 
    1335                     logging.error(err_mess) 
    1336  
    1337             note_list = item.xpath('ns:SASprocessnote', 
    1338                                    namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1339             for note in note_list: 
    1340                 if note.text is not None: 
    1341                     process.notes.append(note.text.strip()) 
    1342  
    1343             data_info.process.append(process) 
    1344  
    1345         # Data info ###################### 
    1346         nodes = dom.xpath('ns:SASdata', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1347         if len(nodes) > 1: 
    1348             raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with" + \ 
    1349                                 " multiple SASdata entries" 
    1350  
    1351         for entry in nodes: 
    1352             for item in LIST_OF_DATA_2D_ATTR: 
    1353                 # get node 
    1354                 node = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
    1355                 setattr(data_info, item[1], parse_entry_helper(node, item)) 
    1356  
    1357             for item in LIST_OF_DATA_2D_VALUES: 
    1358                 field = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
    1359                 value_list = [] 
    1360                 if field is not None: 
    1361                     value_list = \ 
    1362                         [parse_entry_helper(node, item) for node in field] 
    1363                 if len(value_list) < 2: 
    1364                     setattr(data_info, item[0], None) 
    1365                 else: 
    1366                     setattr(data_info, item[0], numpy.array(value_list)) 
    1367  
    1368         return data_info 
     1111        return_value, _ = self._parse_entry(dom) 
     1112        return return_value, _ 
    13691113 
    13701114    def _read_cansas(self, path): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.