Changeset a75347f in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
May 2, 2017 8:20:11 AM (8 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
44ca3e1
Parents:
9dcb21d (diff), 630156b (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' into ticket-741

Files:
3 added
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/compare.py

    r650c6d2 r630156b  
    7373    -1d*/-2d computes 1d or 2d data 
    7474    -preset*/-random[=seed] preset or random parameters 
    75     -mono/-poly* force monodisperse/polydisperse 
     75    -mono*/-poly force monodisperse or allow polydisperse demo parameters 
    7676    -magnetic/-nonmagnetic* suppress magnetism 
    7777    -cutoff=1e-5* cutoff value for including a point in polydispersity 
    … …  
    8484    -edit starts the parameter explorer 
    8585    -default/-demo* use demo vs default parameters 
    86     -html shows the model docs instead of running the model 
     86    -help/-html shows the model docs instead of running the model 
    8787    -title="note" adds note to the plot title, after the model name 
    8888    -data="path" uses q, dq from the data file 
    … …  
    753753    comp = opts['engines'][1] if have_comp else None 
    754754    data = opts['data'] 
    755     use_data = have_base ^ have_comp 
     755    use_data = (opts['datafile'] is not None) and (have_base ^ have_comp) 
    756756 
    757757    # Plot if requested 
    758758    view = opts['view'] 
    759759    import matplotlib.pyplot as plt 
    760     if limits is None: 
     760    if limits is None and not use_data: 
    761761        vmin, vmax = np.Inf, -np.Inf 
    762762        if have_base: 
    … …  
    836836    'linear', 'log', 'q4', 
    837837    'hist', 'nohist', 
    838     'edit', 'html', 
     838    'edit', 'html', 'help', 
    839839    'demo', 'default', 
    840840    ]) 
    … …  
    947947        'cutoff'    : 0.0, 
    948948        'seed'      : -1,  # default to preset 
    949         'mono'      : False, 
     949        'mono'      : True, 
    950950        # Default to magnetic a magnetic moment is set on the command line 
    951951        'magnetic'  : False, 
    … …  
    958958        'html'      : False, 
    959959        'title'     : None, 
    960         'data'      : None, 
     960        'datafile'  : None, 
    961961    } 
    962962    engines = [] 
    … …  
    980980        elif arg.startswith('-random='):   opts['seed'] = int(arg[8:]) 
    981981        elif arg.startswith('-title='):    opts['title'] = arg[7:] 
    982         elif arg.startswith('-data='):     opts['data'] = arg[6:] 
     982        elif arg.startswith('-data='):     opts['datafile'] = arg[6:] 
    983983        elif arg == '-random':  opts['seed'] = np.random.randint(1000000) 
    984984        elif arg == '-preset':  opts['seed'] = -1 
    … …  
    10051005        elif arg == '-default':    opts['use_demo'] = False 
    10061006        elif arg == '-html':    opts['html'] = True 
     1007        elif arg == '-help':    opts['html'] = True 
    10071008    # pylint: enable=bad-whitespace 
    10081009 
    … …  
    11211122 
    11221123    # Create the computational engines 
    1123     if opts['data'] is not None: 
    1124         data = load_data(os.path.expanduser(opts['data'])) 
     1124    if opts['datafile'] is not None: 
     1125        data = load_data(os.path.expanduser(opts['datafile'])) 
    11251126    else: 
    11261127        data, _ = make_data(opts) 

  • sasmodels/data.py

    ra769b54 r630156b  
    5151    from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader  # type: ignore 
    5252    loader = Loader() 
    53     data = loader.load(filename) 
    54     if data is None: 
     53    # Allow for one part in multipart file 
     54    if '[' in filename: 
     55        filename, indexstr = filename[:-1].split('[') 
     56        index = int(indexstr) 
     57    else: 
     58        index = None 
     59    datasets = loader.load(filename) 
     60    if datasets is None: 
    5561        raise IOError("Data %r could not be loaded" % filename) 
     62    if not isinstance(datasets, list): 
     63        datasets = [datasets] 
     64    if index is None and len(datasets) > 1: 
     65        raise ValueError("Need to specify filename[index] for multipart data") 
     66    data = datasets[index if index is not None else 0] 
    5667    if hasattr(data, 'x'): 
    5768        data.qmin, data.qmax = data.x.min(), data.x.max() 
    5869        data.mask = (np.isnan(data.y) if data.y is not None 
    5970                     else np.zeros_like(data.x, dtype='bool')) 
     71    elif hasattr(data, 'qx_data'): 
     72        data.mask = ~data.mask 
    6073    return data 
    6174 
    … …  
    450463            if view is 'log': 
    451464                mtheory[mtheory <= 0] = masked 
    452             plt.plot(data.x, scale*mtheory, '-', hold=True) 
     465            plt.plot(data.x, scale*mtheory, '-') 
    453466            all_positive = all_positive and (mtheory > 0).all() 
    454467            some_present = some_present or (mtheory.count() > 0) 
    … …  
    457470            plt.ylim(*limits) 
    458471 
    459         plt.xscale('linear' if not some_present or non_positive_x  else view) 
     472        plt.xscale('linear' if not some_present or non_positive_x 
     473                   else view if view is not None 
     474                   else 'log') 
    460475        plt.yscale('linear' 
    461476                   if view == 'q4' or not some_present or not all_positive 
    462                    else view) 
     477                   else view if view is not None 
     478                   else 'log') 
    463479        plt.xlabel("$q$/A$^{-1}$") 
    464480        plt.ylabel('$I(q)$') 
     481        title = ("data and model" if use_theory and use_data 
     482                 else "data" if use_data 
     483                 else "model") 
     484        plt.title(title) 
    465485 
    466486    if use_calc: 
    … …  
    482502        if num_plots > 1: 
    483503            plt.subplot(1, num_plots, use_calc + 2) 
    484         plt.plot(data.x, mresid, '-') 
     504        plt.plot(data.x, mresid, '.') 
    485505        plt.xlabel("$q$/A$^{-1}$") 
    486506        plt.ylabel('residuals') 
    487         plt.xscale('linear' if not some_present or non_positive_x else view) 
     507        plt.xscale('linear') 
     508        plt.title('(model - Iq)/dIq') 
    488509 
    489510 
    … …  
    512533        if theory is not None: 
    513534            if is_tof: 
    514                 plt.plot(data.x, np.log(theory)/(data.lam*data.lam), '-', hold=True) 
     535                plt.plot(data.x, np.log(theory)/(data.lam*data.lam), '-') 
    515536            else: 
    516                 plt.plot(data.x, theory, '-', hold=True) 
     537                plt.plot(data.x, theory, '-') 
    517538        if limits is not None: 
    518539            plt.ylim(*limits) 

  • sasmodels/models/spherical_sld.py

    r3330bb4 r63a7fe8  
    199199category = "shape:sphere" 
    200200 
    201 SHAPES = [["erf(|nu|*z)", "Rpow(z^|nu|)", "Lpow(z^|nu|)", 
    202            "Rexp(-|nu|z)", "Lexp(-|nu|z)"]] 
     201SHAPES = ["erf(|nu|*z)", "Rpow(z^|nu|)", "Lpow(z^|nu|)", 
     202          "Rexp(-|nu|z)", "Lexp(-|nu|z)"] 
    203203 
    204204# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    … …  
    209209              ["thickness[n_shells]",  "Ang",        100.0,  [0, inf],       "volume", "thickness shell"], 
    210210              ["interface[n_shells]",  "Ang",        50.0,   [0, inf],       "volume", "thickness of the interface"], 
    211               ["shape[n_shells]",      "",           0,      SHAPES,         "", "interface shape"], 
     211              ["shape[n_shells]",      "",           0,      [SHAPES],       "", "interface shape"], 
    212212              ["nu[n_shells]",         "",           2.5,    [0, inf],       "", "interface shape exponent"], 
    213213              ["n_steps",              "",           35,     [0, inf],       "", "number of steps in each interface (must be an odd integer)"], 

  • sasmodels/rst2html.py

    rc4e3215 rf2f5413  
    155155    return frame 
    156156 
     157def view_html_wxapp(html, url=""): 
     158    import wx  # type: ignore 
     159    app = wx.App() 
     160    frame = wxview(html, url) 
     161    app.MainLoop() 
     162 
     163def view_url_wxapp(url): 
     164    import wx  # type: ignore 
     165    from wx.html2 import WebView 
     166    app = wx.App() 
     167    frame = wx.Frame(None, -1, size=(850, 540)) 
     168    view = WebView.New(frame) 
     169    view.LoadURL(url) 
     170    frame.Show() 
     171    app.MainLoop() 
     172 
    157173def qtview(html, url=""): 
    158174    try: 
    … …  
    167183    return helpView 
    168184 
    169 def view_html_wxapp(html, url=""): 
    170     import wx  # type: ignore 
    171     app = wx.App() 
    172     frame = wxview(html, url) 
    173     app.MainLoop() 
    174  
    175185def view_html_qtapp(html, url=""): 
    176186    import sys 
    … …  
    183193    sys.exit(app.exec_()) 
    184194 
    185 def view_rst_app(filename, qt=False): 
     195def view_url_qtapp(url): 
     196    import sys 
     197    try: 
     198        from PyQt5.QtWidgets import QApplication 
     199    except ImportError: 
     200        from PyQt4.QtGui import QApplication 
     201    app = QApplication([]) 
     202    try: 
     203        from PyQt5.QtWebKitWidgets import QWebView 
     204        from PyQt5.QtCore import QUrl 
     205    except ImportError: 
     206        from PyQt4.QtWebkit import QWebView 
     207        from PyQt4.QtCore import QUrl 
     208    frame = QWebView() 
     209    frame.load(QUrl(url)) 
     210    frame.show() 
     211    sys.exit(app.exec_()) 
     212 
     213def view_help(filename, qt=False): 
    186214    import os 
    187     html = load_rst_as_html(filename) 
    188     url="file://"+os.path.abspath(filename)+"/" 
    189     if qt: 
    190         view_html_qtapp(html, url) 
     215    url="file:///"+os.path.abspath(filename).replace("\\","/") 
     216    if filename.endswith('.rst'): 
     217        html = load_rst_as_html(filename) 
     218        if qt: 
     219            view_html_qtapp(html, url) 
     220        else: 
     221            view_html_wxapp(html, url) 
    191222    else: 
    192         view_html_wxapp(html, url) 
     223        if qt: 
     224            view_url_qtapp(url) 
     225        else: 
     226            view_url_wxapp(url) 
    193227 
    194228if __name__ == "__main__": 
    195229    import sys 
    196     view_rst_app(sys.argv[1], qt=True) 
    197  
     230    view_help(sys.argv[1], qt=True) 
     231 

  • sasmodels/sasview_model.py

    r749a7d4 r9dcb21d  
    148148        _previous_name = model.name 
    149149        model.name = model.id 
    150          
     150 
    151151        # If the new model name is still in the model list (for instance, 
    152152        # if we put a cylinder.py in our plug-in directory), then append 
    … …  
    586586                            % type(qdist)) 
    587587 
    588     def get_composition_models(self): 
    589         """ 
    590             Returns usable models that compose this model 
    591         """ 
    592         s_model = None 
    593         p_model = None 
    594         if hasattr(self._model_info, "composition") \ 
    595            and self._model_info.composition is not None: 
    596             p_model = _make_model_from_info(self._model_info.composition[1][0])() 
    597             s_model = _make_model_from_info(self._model_info.composition[1][1])() 
    598         return p_model, s_model 
     588    def calc_composition_models(self, qx): 
     589        """ 
     590        returns parts of the composition model or None if not a composition 
     591        model. 
     592        """ 
     593        with calculation_lock: 
     594            self._calculate_Iq(qx) 
     595            return self._intermediate_results 
    599596 
    600597    def calculate_Iq(self, qx, qy=None): 
    … …  
    637634        result = calculator(call_details, values, cutoff=self.cutoff, 
    638635                            magnetic=is_magnetic) 
     636        self._intermediate_results = getattr(calculator, 'results', None) 
    639637        calculator.release() 
    640638        self._model.release() 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.