Changeset a1b2471 in sasview for sansmodels/src/sans


Ignore:
Timestamp:
Sep 21, 2010 5:44:24 PM (14 years ago)
Author:
Jae Cho <jhjcho@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
db08737
Parents:
60c320b
Message:

added sld plot for onion model and etc…

Location:
sansmodels/src/sans/models
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • sansmodels/src/sans/models/CoreMultiShellModel.py

    r4523b68 ra1b2471  
    129129                        except: pass 
    130130 
    131     
     131    def getProfile(self): 
     132        """ 
     133        Get SLD profile  
     134         
     135        : return: (r, beta) where r is a list of radius of the transition points 
     136                beta is a list of the corresponding SLD values  
     137        : Note: This works only for func_shell# = 2. 
     138        """ 
     139        r = [] 
     140        beta = [] 
     141        # for core at r=0 
     142        r.append(0) 
     143        beta.append(self.params['sld_core']) 
     144        # for core at r=rad_core 
     145        r.append(self.params['rad_core']) 
     146        beta.append(self.params['sld_core']) 
     147         
     148        # for shells 
     149        for n in range(1,self.n_shells+1): 
     150            # Left side of each shells 
     151            r0 = r[len(r)-1]             
     152            r.append(r0) 
     153            exec "beta.append(self.params['sld_shell%s'% str(n)])" 
     154 
     155            # Right side of each shells 
     156            exec "r0 += self.params['thick_shell%s'% str(n)]" 
     157            r.append(r0) 
     158            exec "beta.append(self.params['sld_shell%s'% str(n)])" 
     159             
     160        # for solvent 
     161        r0 = r[len(r)-1]             
     162        r.append(r0) 
     163        beta.append(self.params['sld_solv']) 
     164        r_solv = 5*r0/4 
     165        r.append(r_solv) 
     166        beta.append(self.params['sld_solv']) 
     167         
     168        return r, beta 
     169 
    132170    def setParam(self, name, value): 
    133171        """  
  • sansmodels/src/sans/models/MultiplicationModel.py

    r06c7fcc ra1b2471  
    8282        ##set dispersion only from p_model  
    8383        for name , value in self.p_model.dispersion.iteritems(): 
    84             self.dispersion[name]= value                            
    85  
     84            self.dispersion[name]= value  
     85                                       
     86    def getProfile(self): 
     87        """ 
     88        Get SLD profile of p_model if exists 
     89         
     90        : return: (r, beta) where r is a list of radius of the transition points 
     91                beta is a list of the corresponding SLD values  
     92        : Note: This works only for func_shell# = 2 (exp function). 
     93        """ 
     94        try: 
     95            x,y = self.p_model.getProfile() 
     96        except: 
     97            x = None 
     98            y = None 
     99             
     100        return x, y 
     101     
    86102    def _set_params(self): 
    87103        """ 
  • sansmodels/src/sans/models/SphereExpShellModel.py

    re096270 ra1b2471  
    4242        for item in self.model.orientation_params: 
    4343            self.orientation_params.append(item) 
    44                  
     44        self.getProfile()         
    4545    def _clone(self, obj): 
    4646        """ 
     
    133133                            self.model.setParam(key, value) 
    134134                        except: pass 
    135  
    136     
     135    def getProfile(self): 
     136        """ 
     137        Get SLD profile  
     138         
     139        : return: (r, beta) where r is a list of radius of the transition points 
     140                beta is a list of the corresponding SLD values  
     141        : Note: This works only for func_shell# = 2. 
     142        """ 
     143        # max_pts for each shells 
     144        max_pts = 10 
     145        r = [] 
     146        beta = [] 
     147        # for core at r=0 
     148        r.append(0) 
     149        beta.append(self.params['sld_core']) 
     150        # for core at r=rad_core 
     151        r.append(self.params['rad_core']) 
     152        beta.append(self.params['sld_core']) 
     153         
     154        # for shells 
     155        for n in range(1,self.n_shells+1): 
     156            # Left side of each shells 
     157            r0 = r[len(r)-1]             
     158            r.append(r0) 
     159            exec "beta.append(self.params['sld_in_shell%s'% str(n)])" 
     160             
     161            exec "A = self.params['A_shell%s'% str(n)]" 
     162            if A ==0: 
     163                # Right side of each shells 
     164                exec "r0 += self.params['thick_shell%s'% str(n)]" 
     165                r.append(r0) 
     166                exec "beta.append(self.params['sld_in_shell%s'% str(n)])" 
     167            else: 
     168                from math import exp 
     169                rn = r0 
     170                for n_sub in range(0,max_pts): 
     171                    # Right side of each sub_shells 
     172                    exec "rn += self.params['thick_shell%s'% str(n)]/10.0" 
     173                    r.append(rn) 
     174                    exec "slope = (self.params['sld_out_shell%s'% str(n)] \ 
     175                                        -self.params['sld_in_shell%s'% str(n)]) \ 
     176                                        /(exp(self.params['A_shell%s'% str(n)])-1)" 
     177                    exec "const = (self.params['sld_in_shell%s'% str(n)]-slope)" 
     178                    exec "beta_n = slope*exp((self.params['A_shell%s'% str(n)]*(rn-r0) \ 
     179                                        /self.params['thick_shell%s'% str(n)])) + const" 
     180                    beta.append(beta_n) 
     181             
     182        # for solvent 
     183        r0 = r[len(r)-1]             
     184        r.append(r0) 
     185        beta.append(self.params['sld_solv']) 
     186        r_solv = 5*r0/4 
     187        r.append(r_solv) 
     188        beta.append(self.params['sld_solv']) 
     189         
     190        return r, beta 
     191     
    137192    def setParam(self, name, value): 
    138193        """  
  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/onion.c

    re096270 ra1b2471  
    4141        fun_type[n+1] = 0; 
    4242 
    43     double bes,fun,alpha,f,vol,qr,r,contr,f2; 
     43    double bes,fun,alpha,f,vol,vol_pre,vol_sub,qr,r,contr,f2; 
    4444    double sign; 
    4545    double pi; 
     
    4848    f = 0.0; 
    4949    r = 0.0; 
     50    vol = 0.0; 
     51    vol_pre = 0.0; 
     52    vol_sub = 0.0; 
    5053    double r0 = 0.0; 
    5154 
     
    5861                A[i] = 0.0; 
    5962        } 
     63        vol_pre = vol; 
    6064        switch(fun_type[i]){ 
    6165            case 2 : 
     
    103107 
    104108                        vol = 4.0 * pi / 3.0 * r * r * r; 
     109                        if (j == 1 && fabs(sld_in[i]-sld_solv) < 1e-04*fabs(sld_solv) && A[i]==0.0){ 
     110                                vol_sub += (vol_pre - vol); 
     111                        } 
    105112                        f += vol * (contr * (fun) + (sld_in[i]-slope[i]) * bes); 
    106113                        } 
     
    141148                                } 
    142149                            vol = 4.0 * pi / 3.0 * r * r * r; 
     150                            if (j == 1 && fabs(sld_in[i]-sld_solv) < 1e-04*fabs(sld_solv) && fun_type[i]==0){ 
     151                                vol_sub += (vol_pre - vol); 
     152                            } 
    143153                            f += vol * (bes * contr + fun * slope[i]); 
    144154                            } 
     
    147157 
    148158        } 
    149  
     159    vol += vol_sub; 
    150160    f2 = f * f / vol * 1.0e8; 
    151161        f2 *= scale; 
  • sansmodels/src/sans/models/test/utest_model_sphereexpshell.py

    re096270 ra1b2471  
    1414        from sans.models.SphereExpShellModel import SphereExpShellModel 
    1515        from sans.models.CoreMultiShellModel import CoreMultiShellModel 
     16        from sans.models.VesicleModel import VesicleModel  
    1617 
    1718        self.model = SphereExpShellModel(n_shells=1) 
    1819        self.model2 = SphereExpShellModel(n_shells=1).model 
    1920        self.model3 = CoreMultiShellModel(n_shells=1) 
     21        self.model4 = VesicleModel() 
    2022         
    2123    def test_compare_Exp0_flat(self): 
     
    4951        self.assertAlmostEqual(self.model2.run(0.1),self.model3.run(0.1),10) 
    5052 
     53    def test_compare_Exp0_flat_vesicle(self): 
     54        """ 
     55        Check if Exp function with A_shell=0 gives the same value as Flat function of vesicle model when sld_solv=sld_core 
     56        """ 
     57        print "\n*****Note: All tests (test_compare_Exp0_flat and test_compare_Expsmall_line) were passes since Sept. 18, 2010..." 
     58        # Exp: func_shell = 2, Line: func_shell =1 , Flat: func_shell = 0. 
     59        # A_shell = The coefficient of the exponential function: exp(A_shell*(r-ro)/thick_shell) 
     60        # exp function by default 
     61        # exp function crosses over to flat func at A_shell=0 
     62        self.model.setParam("A_shell1", 0) 
     63                # set A_shell=1 
     64        self.model2.setParam("A_shell1", 1) 
     65        # change the function to flat function 
     66        self.model2.setParam("func_shell1", 0) 
     67         
     68        # model: set param values as same as the model2 
     69        self.model.setParam("background", 0.0) 
     70        self.model.setParam("rad_core", 100.0) 
     71        self.model.setParam("scale", 1.0) 
     72        self.model.setParam("sld_core", 6.36e-006) 
     73        self.model.setParam("sld_in_shell1", 5e-007) 
     74        self.model.setParam("sld_solv", 6.36e-006) 
     75        self.model.setParam("thick_shell1", 30.0) 
     76        # model2: set param values as same as the model2 
     77        self.model2.setParam("background", 0.0) 
     78        self.model2.setParam("rad_core", 100.0) 
     79        self.model2.setParam("scale", 1.0) 
     80        self.model2.setParam("sld_core", 6.36e-006) 
     81        self.model2.setParam("sld_in_shell1", 5e-007) 
     82        self.model2.setParam("sld_solv", 6.36e-006) 
     83        self.model2.setParam("thick_shell1", 30.0) 
     84        #Compare exp(A=0) to flat (where A_shell is null) function 
     85        self.assertEqual(self.model.run(0.1),self.model4.run(0.1)) 
     86        self.assertEqual(self.model2.run(0.1),self.model4.run(0.1)) 
     87        #self.assertAlmostEqual(self.model2.run(0.1),self.model3.run(0.1),10) 
     88 
    5189   
    5290    def test_compare_Expsmall_line(self): 
  • sansmodels/src/sans/models/test/utest_models.py

    r9ce41c6 ra1b2471  
    1313# pylint: disable-msg=R0201 
    1414 
    15  
     15class TestSpherew(unittest.TestCase): 
     16    """ Unit tests for sphere model """ 
     17     
     18    def setUp(self): 
     19        from sans.models.CoreFourShellModel import CoreFourShellModel 
     20        from sans.models.CoreMultiShellModel import CoreMultiShellModel 
     21        self.comp = CoreMultiShellModel(4) 
     22         
     23    def test1D(self): 
     24        """ Test 1D model for a sphere """ 
     25        self.comp._set_dispersion() 
    1626         
    1727class TestSphere(unittest.TestCase): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.