Changeset 9ce41c6 in sasview for sansmodels/src


Ignore:
Timestamp:
Sep 9, 2009 7:06:42 PM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
3b865c1
Parents:
d2caa18
Message:

wrote unittest for all model untested , haven' test critial point error handling

Location:
sansmodels/src/sans/models
Files:
8 added
42 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/BaseComponent.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    8585            above, numpy arrays must be created the following way: 
    8686 
    87             qx_prime = numpy.reshape(qx, [3,1]) 
    88             qy_prime = numpy.reshape(qy, [1,3]) 
     87            qx_prime = numpy.reshape(qx, [1,3]) 
     88            qy_prime = numpy.reshape(qy, [3,1]) 
    8989             
    9090            The method is then called the following way: 
    … …  
    106106             
    107107            # Create output array 
    108             iq_array = numpy.zeros([qx.shape[0], qy.shape[1]]) 
     108            iq_array = numpy.zeros([qx.shape[1], qy.shape[0]]) 
    109109              
    110             for i in range(qx.shape[0]): 
    111                 for j in range(qy.shape[1]): 
    112                     iq_array[i][j] = self.runXY([qx[i][0],qy[0][j]]) 
     110            for j in range(qy.shape[0]): 
     111                for i in range(qx.shape[1]): 
     112                    iq_array[j][i] = self.runXY([qx[0][i],qy[j][0]]) 
    113113            return iq_array 
    114114                 

  • sansmodels/src/sans/models/BinaryHSModel.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1717 
    1818        WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    19                  DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\binaryHS.h 
     19                 DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\binaryHs.h 
    2020                 AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2121 
    … …  
    2828class BinaryHSModel(CBinaryHSModel, BaseComponent): 
    2929    """ Class that evaluates a BinaryHSModel model.  
    30         This file was auto-generated from ..\c_extensions\binaryHS.h. 
     30        This file was auto-generated from ..\c_extensions\binaryHs.h. 
    3131        Refer to that file and the structure it contains 
    3232        for details of the model. 

  • sansmodels/src/sans/models/FractalModel.py

    r1ed3834 r9ce41c6  
    3030        """ Initialization """ 
    3131         
    32         # Initialize BaseComponent first, then sphere 
     32        # Initialize BaseComponent first, then fractal 
    3333        BaseComponent.__init__(self) 
    3434         

  • sansmodels/src/sans/models/HardsphereStructure.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1717 
    1818        WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    19                  DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\hardsphere.h 
     19                 DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\Hardsphere.h 
    2020                 AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2121 
    … …  
    2828class HardsphereStructure(CHardsphereStructure, BaseComponent): 
    2929    """ Class that evaluates a HardsphereStructure model.  
    30         This file was auto-generated from ..\c_extensions\hardsphere.h. 
     30        This file was auto-generated from ..\c_extensions\Hardsphere.h. 
    3131        Refer to that file and the structure it contains 
    3232        for details of the model. 

  • sansmodels/src/sans/models/LogNormal.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1717 
    1818        WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    19                  DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\lognormal.h 
     19                 DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\logNormal.h 
    2020                 AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2121 
    … …  
    2828class LogNormal(CLogNormal, BaseComponent): 
    2929    """ Class that evaluates a LogNormal model.  
    30         This file was auto-generated from ..\c_extensions\lognormal.h. 
     30        This file was auto-generated from ..\c_extensions\logNormal.h. 
    3131        Refer to that file and the structure it contains 
    3232        for details of the model. 

  • sansmodels/src/sans/models/PorodModel.py

    r1ed3834 r9ce41c6  
    1111    """ Class that evaluates a Porod model. 
    1212     
    13        I(q) = scale/q^4 
     13       I(q) = scale/q^4 +background 
    1414         
    1515    """ 
    … …  
    2929        self.params['background'] = 0.0 
    3030        self.description= """The Porod model. 
    31         I(q) = scale/q^4""" 
     31        I(q) = scale/q^4 +background""" 
    3232 
    3333        ## Parameter details [units, min, max] 

  • sansmodels/src/sans/models/PowerLawModel.py

    r1ed3834 r9ce41c6  
    3636        self.params['background']   = 0.0 
    3737        self.description=""" The Power_Law model. 
    38         F(x) = scale* (|x|)^(-m) + bkd 
     38        F(x) = scale* (x)^(-m) + bkd 
    3939         
    4040        The model has three parameters:  
    … …  
    5151    def _PowerLaw(self, x): 
    5252        """ 
    53             Evaluate  F(x) = scale* (|x|)^(-m) + bkd 
     53            Evaluate  F(x) = scale* (x)^(-m) + bkd 
    5454            
    5555        """ 

  • sansmodels/src/sans/models/SquareWellStructure.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1717 
    1818        WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    19                  DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\squarewell.h 
     19                 DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\SquareWell.h 
    2020                 AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2121 
    … …  
    2828class SquareWellStructure(CSquareWellStructure, BaseComponent): 
    2929    """ Class that evaluates a SquareWellStructure model.  
    30         This file was auto-generated from ..\c_extensions\squarewell.h. 
     30        This file was auto-generated from ..\c_extensions\SquareWell.h. 
    3131        Refer to that file and the structure it contains 
    3232        for details of the model. 

  • sansmodels/src/sans/models/StickyHSStructure.py

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1717 
    1818        WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    19                  DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\stickyHS.h 
     19                 DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY ..\c_extensions\StickyHS.h 
    2020                 AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2121 
    … …  
    2828class StickyHSStructure(CStickyHSStructure, BaseComponent): 
    2929    """ Class that evaluates a StickyHSStructure model.  
    30         This file was auto-generated from ..\c_extensions\stickyHS.h. 
     30        This file was auto-generated from ..\c_extensions\StickyHS.h. 
    3131        Refer to that file and the structure it contains 
    3232        for details of the model. 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CBinaryHSModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY binaryHS.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY binaryHs.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "binaryHS.h" 
     35#include "binaryHs.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    192192        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    193193                 
    194             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    195         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     194            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     195        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    196196             
    197197            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    206206        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    207207            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    208                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    209                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     208                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     209                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    210210                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    211211                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CBinaryHSPSF11Model.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    192192        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    193193                 
    194             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    195         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     194            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     195        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    196196             
    197197            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    206206        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    207207            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    208                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    209                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     208                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     209                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    210210                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    211211                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellCylinderModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    203203        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    204204                 
    205             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    206         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     205            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     206        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    207207             
    208208            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    217217        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    218218            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    219                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    220                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     219                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     220                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    221221                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    222222                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellEllipsoidModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    206206        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    207207                 
    208             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    209         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     208            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     209        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    210210             
    211211            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    220220        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    221221            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    222                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    223                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     222                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     223                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    224224                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    225225                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    191191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    192192                 
    193             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    194         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    195195             
    196196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    205205        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    206206            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    207                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    208                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    209209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    210210                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCylinderModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    197197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    198198                 
    199             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    200         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    201201             
    202202            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    211211        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    212212            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    213                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    214                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    215215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    216216                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CDiamCylFunc.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    186186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    187187                 
    188             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    189         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    190190             
    191191            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    200200        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    201201            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    202                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    203                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    204204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    205205                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CDiamEllipFunc.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    186186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    187187                 
    188             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    189         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    190190             
    191191            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    200200        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    201201            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    202                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    203                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    204204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    205205                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CEllipsoidModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    197197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    198198                 
    199             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    200         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    201201             
    202202            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    211211        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    212212            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    213                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    214                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    215215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    216216                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CEllipticalCylinderModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206206                 
    207             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    208         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    209209             
    210210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    219219        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220220            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    221                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    222                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    223223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    224224                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CFlexibleCylinderModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    193193        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    194194                 
    195             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    196         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     195            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     196        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    197197             
    198198            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    207207        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    208208            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    209                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    210                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     209                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     210                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    211211                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    212212                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CGaussian.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    181181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    182182                 
    183             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    184         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    185185             
    186186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    195195        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    196196            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    197                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    198                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    199199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    200200                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHardsphereStructure.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY hardsphere.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY Hardsphere.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "hardsphere.h" 
     35#include "Hardsphere.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    183183        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    184184                 
    185             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    186         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     185            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     186        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    187187             
    188188            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    197197        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    198198            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    199                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    200                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     199                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     200                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    201201                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    202202                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHayterMSAStructure.cpp

    r42ae1d9 r9ce41c6  
    187187        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    188188                 
    189             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    190         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     189            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     190        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    191191             
    192192            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    201201        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    202202            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    203                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    204                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     203                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     204                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    205205                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    206206                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHollowCylinderModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    201201        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    202202                 
    203             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    204         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     203            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     204        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    205205             
    206206            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    215215        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    216216            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    217                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    218                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     217                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     218                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    219219                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    220220                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarFFHGModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    191191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    192192                 
    193             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    194         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    195195             
    196196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    205205        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    206206            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    207                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    208                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    209209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    210210                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    186186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    187187                 
    188             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    189         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    190190             
    191191            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    200200        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    201201            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    202                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    203                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    204204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    205205                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarPSHGModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    197197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    198198                 
    199             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    200         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    201201             
    202202            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    211211        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    212212            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    213                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    214                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    215215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    216216                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarPSModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    191191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    192192                 
    193             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    194         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    195195             
    196196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    205205        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    206206            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    207                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    208                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    209209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    210210                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLogNormal.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY lognormal.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY logNormal.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "lognormal.h" 
     35#include "logNormal.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    181181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    182182                 
    183             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    184         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    185185             
    186186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    195195        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    196196            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    197                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    198                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    199199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    200200                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLorentzian.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    181181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    182182                 
    183             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    184         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    185185             
    186186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    195195        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    196196            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    197                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    198                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    199199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    200200                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CMultiShellModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    195195        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    196196                 
    197             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    198         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     197            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     198        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    199199             
    200200            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    209209        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    210210            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    211                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    212                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     211                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     212                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    213213                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    214214                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CParallelepipedModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206206                 
    207             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    208         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    209209             
    210210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    219219        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220220            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    221                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    222                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    223223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    224224                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSchulz.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    181181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    182182                 
    183             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    184         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    185185             
    186186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    195195        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    196196            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    197                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    198                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    199199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    200200                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSphereModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    185185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    186186                 
    187             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    188         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    189189             
    190190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    199199        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    200200            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    201                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    202                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    203203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    204204                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSquareWellStructure.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY squarewell.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY SquareWell.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "squarewell.h" 
     35#include "SquareWell.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    185185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    186186                 
    187             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    188         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    189189             
    190190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    199199        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    200200            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    201                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    202                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    203203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    204204                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CStackedDisksModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206206                 
    207             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    208         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    209209             
    210210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    219219        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220220            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    221                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    222                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    223223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    224224                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CStickyHSStructure.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY stickyHS.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY StickyHS.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "stickyHS.h" 
     35#include "StickyHS.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    185185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    186186                 
    187             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    188         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    189189             
    190190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    199199        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    200200            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    201                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    202                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    203203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    204204                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CTriaxialEllipsoidModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    196196        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    197197                 
    198             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    199         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     198            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     199        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    200200             
    201201            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    210210        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    211211            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    212                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    213                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     212                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     213                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    214214                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    215215                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CVesicleModel.cpp

    r5eb9154 r9ce41c6  
    190190        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    191191                 
    192             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    193         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     192            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     193        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    194194             
    195195            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    204204        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    205205            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    206                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    207                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     206                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     207                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    208208                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    209209                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/classTemplate.txt

    r5eb9154 r9ce41c6  
    171171        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    172172                 
    173             x_len = dims[1]= x->dimensions[0]; 
    174         y_len = dims[0]= y->dimensions[1]; 
     173            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     174        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    175175             
    176176            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    185185        for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    186186            for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    187                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    188                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     187                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     188                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    189189                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    190190                              j*result->strides[0] + i*result->strides[1]); 

  • sansmodels/src/sans/models/test/TriaxialEllipsoidModel_avg.txt

    r861a2d3 r9ce41c6  
    2222      0.21   0.352447    0.35239 
    2323      0.22   0.318321   0.319034 
    24       0.23   0.286235    0.28683 
    25       0.24   0.253276   0.253296 
    26       0.25   0.215823   0.216689 
    27       0.26   0.175608   0.176596 
    28       0.27   0.142021   0.141555 
    29       0.28   0.117013   0.115955 
    30       0.29   0.097918  0.0978735 
    31        0.3  0.0857748  0.0869363 
    32       0.31  0.0797341  0.0810271 
    33       0.32  0.0751376   0.075475 
    34       0.33   0.069484  0.0688126 
    35       0.34  0.0623802  0.0614295 
    36       0.35  0.0534721  0.0530275 
    37       0.36  0.0443903  0.0448143 
    38       0.37  0.0376499  0.0384918 
    39       0.38  0.0332545  0.0339966 
    40       0.39   0.030798   0.031047 

  • sansmodels/src/sans/models/test/utest_models.py

    r26e4a24 r9ce41c6  
    2424    def test1D(self): 
    2525        """ Test 1D model for a sphere """ 
    26         self.assertAlmostEqual(self.comp.run(1.0), 56.3878, 4) 
     26        self.assertAlmostEqual(self.comp.run(1.0), 5.6387e-5, 4) 
    2727         
    2828    def test1D_2(self): 
    2929        """ Test 2D model for a sphere """ 
    30         self.assertAlmostEqual(self.comp.run([1.0, 1.3]), 56.3878, 4) 
     30        self.assertAlmostEqual(self.comp.run([1.0, 1.3]), 5.6387e-5, 4) 
    3131 
    3232class TestCyl(unittest.TestCase): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.