Ignore:
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    r6c382da r998ca90  
    22    Class that holds a fit page state 
    33""" 
    4 #TODO: Refactor code so we don't need to use getattr/setattr 
     4# TODO: Refactor code so we don't need to use getattr/setattr 
    55################################################################################ 
    6 #This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    7 #Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    8 #project funded by the US National Science Foundation. 
     6# This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     7# Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     8# project funded by the US National Science Foundation. 
    99# 
    10 #See the license text in license.txt 
     10# See the license text in license.txt 
    1111# 
    12 #copyright 2009, University of Tennessee 
     12# copyright 2009, University of Tennessee 
    1313################################################################################ 
    1414import time 
    … …  
    3030from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader as CansasReader 
    3131from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import get_content, write_node 
    32 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    33 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation 
    34 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector 
    35 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process 
    36 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Aperture 
    37 #Information to read/write state as xml 
     32from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Collimation, Detector 
     33from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process, Aperture 
     34# Information to read/write state as xml 
    3835FITTING_NODE_NAME = 'fitting_plug_in' 
    3936CANSAS_NS = "cansas1d/1.0" 
    … …  
    123120            try: 
    124121                return node.get(item[0]).strip() == "True" 
    125  
    126122            except: 
    127123                return None 
    … …  
    146142        """ 
    147143        self.file = None 
    148         #Time of state creation 
     144        # Time of state creation 
    149145        self.timestamp = time.time() 
    150         ## Data member to store the dispersion object created 
     146        # Data member to store the dispersion object created 
    151147        self._disp_obj_dict = {} 
    152         #------------------------ 
    153         #Data used for fitting 
     148        # ------------------------ 
     149        # Data used for fitting 
    154150        self.data = data 
    155151        # model data 
    156152        self.theory_data = None 
    157         #Is 2D 
     153        # Is 2D 
    158154        self.is_2D = False 
    159155        self.images = None 
    160156 
    161         #save additional information on data that dataloader.reader does not read 
     157        # save additional information on data that dataloader.reader 
     158        # does not read 
    162159        self.is_data = None 
    163160        self.data_name = "" 
    … …  
    172169            self.data_group_id = self.data.group_id 
    173170 
    174         ## reset True change the state of exsiting button 
     171        # reset True change the state of existing button 
    175172        self.reset = False 
    176173 
    … …  
    180177        self.model = model 
    181178        self.m_name = None 
    182         #list of process done to model 
     179        # list of process done to model 
    183180        self.process = [] 
    184         #fit page manager 
     181        # fit page manager 
    185182        self.manager = None 
    186         #Store the parent of this panel parent 
     183        # Store the parent of this panel parent 
    187184        # For this application fitpanel is the parent 
    188185        self.parent = parent 
    189186        # Event_owner is the owner of model event 
    190187        self.event_owner = None 
    191         ##page name 
     188        # page name 
    192189        self.page_name = "" 
    193190        # Contains link between model, all its parameters, and panel organization 
    … …  
    196193        self.str_parameters = [] 
    197194        # Contains list of parameters that cannot be fitted and reference to 
    198         #panel objects 
     195        # panel objects 
    199196        self.fixed_param = [] 
    200197        # Contains list of parameters with dispersity and reference to 
    201         #panel objects 
     198        # panel objects 
    202199        self.fittable_param = [] 
    203         ## orientation parameters 
     200        # orientation parameters 
    204201        self.orientation_params = [] 
    205         ## orientation parameters for gaussian dispersity 
     202        # orientation parameters for gaussian dispersity 
    206203        self.orientation_params_disp = [] 
    207         ## smearer info 
     204        # smearer info 
    208205        self.smearer = None 
    209206        self.smear_type = None 
    … …  
    214211        self.dxl = None 
    215212        self.dxw = None 
    216         #list of dispersion parameters 
     213        # list of dispersion parameters 
    217214        self.disp_list = [] 
    218215        if self.model is not None: 
    … …  
    223220        self.weights = {} 
    224221 
    225         #contains link between a model and selected parameters to fit 
     222        # contains link between a model and selected parameters to fit 
    226223        self.param_toFit = [] 
    227         ##dictionary of model type and model class 
     224        # dictionary of model type and model class 
    228225        self.model_list_box = None 
    229         ## save the state of the context menu 
     226        # save the state of the context menu 
    230227        self.saved_states = {} 
    231         ## save selection of combobox 
     228        # save selection of combobox 
    232229        self.formfactorcombobox = None 
    233230        self.categorycombobox = None 
    234231        self.structurecombobox = None 
    235232 
    236         ## radio box to select type of model 
    237         #self.shape_rbutton = False 
    238         #self.shape_indep_rbutton = False 
    239         #self.struct_rbutton = False 
    240         #self.plugin_rbutton = False 
    241         ## the indice of the current selection 
     233        # radio box to select type of model 
     234        # self.shape_rbutton = False 
     235        # self.shape_indep_rbutton = False 
     236        # self.struct_rbutton = False 
     237        # self.plugin_rbutton = False 
     238        # the indice of the current selection 
    242239        self.disp_box = 0 
    243         ## Qrange 
    244         ## Q range 
     240        # Qrange 
     241        # Q range 
    245242        self.qmin = 0.001 
    246243        self.qmax = 0.1 
    247         #reset data range 
     244        # reset data range 
    248245        self.qmax_x = None 
    249246        self.qmin_x = None 
    … …  
    253250        self.multi_factor = None 
    254251        self.magnetic_on = False 
    255         ## enable smearering state 
     252        # enable smearering state 
    256253        self.enable_smearer = False 
    257254        self.disable_smearer = True 
    … …  
    263260        self.dI_sqrdata = False 
    264261        self.dI_idata = False 
    265         ## disperity selection 
     262        # disperity selection 
    266263        self.enable_disp = False 
    267264        self.disable_disp = True 
    268265 
    269         ## state of selected all check button 
     266        # state of selected all check button 
    270267        self.cb1 = False 
    271         ## store value of chisqr 
     268        # store value of chisqr 
    272269        self.tcChi = None 
    273270 
    … …  
    293290        obj.structurecombobox = self.structurecombobox 
    294291 
    295         #obj.shape_rbutton = self.shape_rbutton 
    296         #obj.shape_indep_rbutton = self.shape_indep_rbutton 
    297         #obj.struct_rbutton = self.struct_rbutton 
    298         #obj.plugin_rbutton = self.plugin_rbutton 
     292        # obj.shape_rbutton = self.shape_rbutton 
     293        # obj.shape_indep_rbutton = self.shape_indep_rbutton 
     294        # obj.struct_rbutton = self.struct_rbutton 
     295        # obj.plugin_rbutton = self.plugin_rbutton 
    299296 
    300297        obj.manager = self.manager 
    … …  
    381378 
    382379        rep += "State created: %s\n" % time_str 
    383         rep += "State form factor combobox selection: %s\n" % self.formfactorcombobox 
    384         rep += "State structure factor combobox selection: %s\n" % self.structurecombobox 
     380        rep += "State form factor combobox selection: %s\n" % \ 
     381               self.formfactorcombobox 
     382        rep += "State structure factor combobox selection: %s\n" % \ 
     383               self.structurecombobox 
    385384        rep += "is data : %s\n" % self.is_data 
    386385        rep += "data's name : %s\n" % self.data_name 
    387386        rep += "data's id : %s\n" % self.data_id 
    388         if self.model != None: 
     387        if self.model is not None: 
    389388            m_name = self.model.__class__.__name__ 
    390389            if m_name == 'Model': 
    … …  
    397396        rep += "model type (Category) selected: %s\n" % self.categorycombobox 
    398397        rep += "data : %s\n" % str(self.data) 
    399         rep += "Plotting Range: min: %s, max: %s, steps: %s\n" % (str(self.qmin), 
    400                                                                   str(self.qmax), str(self.npts)) 
     398        rep += "Plotting Range: min: %s, max: %s, steps: %s\n" % \ 
     399               (str(self.qmin),str(self.qmax), str(self.npts)) 
    401400        rep += "Dispersion selection : %s\n" % str(self.disp_box) 
    402401        rep += "Smearing enable : %s\n" % str(self.enable_smearer) 
    … …  
    414413 
    415414        rep += "2D enable : %s\n" % str(self.enable2D) 
    416         rep += "All parameters checkbox selected: %s\n" % (self.cb1) 
     415        rep += "All parameters checkbox selected: %s\n" % str(self.cb1) 
    417416        rep += "Value of Chisqr : %s\n" % str(self.tcChi) 
    418417        rep += "Smear object : %s\n" % str(self.smearer) 
    419         rep += "Smear type : %s\n" % (self.smear_type) 
     418        rep += "Smear type : %s\n" % str(self.smear_type) 
    420419        rep += "dq_l  : %s\n" % self.dq_l 
    421420        rep += "dq_r  : %s\n" % self.dq_r 
    … …  
    434433            if not self.is_2D: 
    435434                for item in self.parameters: 
    436                     if not item in self.orientation_params: 
     435                    if item not in self.orientation_params: 
    437436                        temp_parameters.append(item) 
    438437                for item in self.fittable_param: 
    439                     if not item in self.orientation_params_disp: 
     438                    if item not in self.orientation_params_disp: 
    440439                        temp_fittable_param.append(item) 
    441440            else: 
    … …  
    443442                temp_fittable_param = self.fittable_param 
    444443 
    445             rep += "number parameters(self.parameters): %s\n" % len(temp_parameters) 
     444            rep += "number parameters(self.parameters): %s\n" % \ 
     445                   len(temp_parameters) 
    446446            rep = self._repr_helper(list=temp_parameters, rep=rep) 
    447             rep += "number str_parameters(self.str_parameters): %s\n" % len(self.str_parameters) 
     447            rep += "number str_parameters(self.str_parameters): %s\n" % \ 
     448                   len(self.str_parameters) 
    448449            rep = self._repr_helper(list=self.str_parameters, rep=rep) 
    449             rep += "number fittable_param(self.fittable_param): %s\n" % len(temp_fittable_param) 
     450            rep += "number fittable_param(self.fittable_param): %s\n" % \ 
     451                   len(temp_fittable_param) 
    450452            rep = self._repr_helper(list=temp_fittable_param, rep=rep) 
    451453        return rep 
    … …  
    551553                    paramval_string += CENTRE % param + "\n" 
    552554 
    553         text_string = "\n\n\n%s\n\n%s\n%s\n%s\n\n%s" % (title, file, q_name, chi2, paramval) 
     555        text_string = "\n\n\n%s\n\n%s\n%s\n%s\n\n%s" % \ 
     556                      (title, file, q_name, chi2, paramval) 
    554557 
    555558        title_name = self._check_html_format(title_name) 
    … …  
    632635            element.appendChild(sub_element) 
    633636 
    634     def toXML(self, file="fitting_state.fitv", doc=None, entry_node=None): 
    635         """ 
    636         Writes the state of the InversionControl panel to file, as XML. 
     637    def toXML(self, file="fitting_state.fitv", doc=None, 
     638              entry_node=None, batch_fit_state=None): 
     639        """ 
     640        Writes the state of the fit panel to file, as XML. 
    637641 
    638642        Compatible with standalone writing, or appending to an 
    639         already existing XML document. In that case, the XML document 
    640         is required. An optional entry node in the XML document may also be given. 
     643        already existing XML document. In that case, the XML document is 
     644        required. An optional entry node in the XML document may also be given. 
    641645 
    642646        :param file: file to write to 
    643647        :param doc: XML document object [optional] 
    644         :param entry_node: XML node within the XML document at which we will append the data [optional] 
    645  
     648        :param entry_node: XML node within the XML document at which we 
     649                           will append the data [optional] 
    646650        """ 
    647651        from xml.dom.minidom import getDOMImplementation 
    … …  
    691695        element.setAttributeNode(attr) 
    692696        top_element.appendChild(element) 
     697 
    693698        # Inputs 
    694699        inputs = newdoc.createElement("Attributes") 
    … …  
    741746        for item in LIST_OF_STATE_PARAMETERS: 
    742747            element = newdoc.createElement(item[0]) 
    743             self._toXML_helper(thelist=getattr(self, item[1]), element=element, newdoc=newdoc) 
     748            self._toXML_helper(thelist=getattr(self, item[1]), 
     749                               element=element, newdoc=newdoc) 
    744750            inputs.appendChild(element) 
     751 
     752        # Combined and Simultaneous Fit Parameters 
     753        if batch_fit_state is not None: 
     754            batch_combo = newdoc.createElement('simultaneous_fit') 
     755            top_element.appendChild(batch_combo) 
     756 
     757            # Simultaneous Fit Number For Linking Later 
     758            element = newdoc.createElement('sim_fit_number') 
     759            element.setAttribute('fit_number', str(batch_fit_state.fit_page_no)) 
     760            batch_combo.appendChild(element) 
     761 
     762            # Save constraints 
     763            constraints = newdoc.createElement('constraints') 
     764            batch_combo.appendChild(constraints) 
     765            for constraint in batch_fit_state.constraints_list: 
     766                if constraint.model_cbox.GetValue() != "": 
     767                    # model_cbox, param_cbox, egal_txt, constraint, btRemove, sizer 
     768                    doc_cons = newdoc.createElement('constraint') 
     769                    doc_cons.setAttribute('model_cbox', 
     770                                          str(constraint.model_cbox.GetValue())) 
     771                    doc_cons.setAttribute('param_cbox', 
     772                                          str(constraint.param_cbox.GetValue())) 
     773                    doc_cons.setAttribute('egal_txt', 
     774                                          str(constraint.egal_txt.GetLabel())) 
     775                    doc_cons.setAttribute('constraint', 
     776                                          str(constraint.constraint.GetValue())) 
     777                    constraints.appendChild(doc_cons) 
     778 
     779            # Save all models 
     780            models = newdoc.createElement('model_list') 
     781            batch_combo.appendChild(models) 
     782            for model in batch_fit_state.model_list: 
     783                doc_model = newdoc.createElement('model_list_item') 
     784                doc_model.setAttribute('checked', str(model[0].GetValue())) 
     785                keys = model[1].keys() 
     786                doc_model.setAttribute('name', str(keys[0])) 
     787                values = model[1].get(keys[0]) 
     788                doc_model.setAttribute('fit_number', str(model[2])) 
     789                doc_model.setAttribute('fit_page_source', str(model[3])) 
     790                doc_model.setAttribute('model_name', str(values.model.id)) 
     791                models.appendChild(doc_model) 
     792 
     793            # Select All Checkbox 
     794            element = newdoc.createElement('select_all') 
     795            if batch_fit_state.select_all: 
     796                element.setAttribute('checked', 'True') 
     797            else: 
     798                element.setAttribute('checked', 'False') 
     799            batch_combo.appendChild(element) 
    745800 
    746801        # Save the file 
    … …  
    809864        :param file: .fitv file 
    810865        :param node: node of a XML document to read from 
    811  
    812866        """ 
    813867        if file is not None: 
    … …  
    816870            raise RuntimeError, msg 
    817871 
    818         if node.get('version')and node.get('version') == '1.0': 
     872        if node.get('version') and node.get('version') == '1.0': 
    819873 
    820874            # Get file name 
    … …  
    862916                                value = cls.type 
    863917                            except Exception: 
    864                                 logging.error("unable to load distribution %r for %s" 
    865                                               % (value, parameter)) 
     918                                base = "unable to load distribution %r for %s" 
     919                                logging.error(base % (value, parameter)) 
    866920                                continue 
    867921                        _disp_obj_dict = getattr(self, varname) 
    … …  
    9601014        self.cansas = cansas 
    9611015        self.state = None 
     1016        # batch fitting params for saving 
     1017        self.batchfit_params = [] 
    9621018 
    9631019    def get_state(self): 
    … …  
    9841040            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data2D instance" 
    9851041 
     1042        title = "cansas1d/%s" % self.version 
     1043        title += "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd" 
    9861044        doc = xml.dom.minidom.Document() 
    9871045        main_node = doc.createElement("SASroot") 
    9881046        main_node.setAttribute("version", self.version) 
    9891047        main_node.setAttribute("xmlns", "cansas1d/%s" % self.version) 
    990         main_node.setAttribute("xmlns:xsi", "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
    991         main_node.setAttribute("xsi:schemaLocation", 
    992                                "cansas1d/%s http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd" % self.version) 
     1048        main_node.setAttribute("xmlns:xsi", 
     1049                               "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
     1050        main_node.setAttribute("xsi:schemaLocation", title) 
    9931051 
    9941052        doc.appendChild(main_node) 
    … …  
    9991057        write_node(doc, entry_node, "Title", datainfo.title) 
    10001058        if datainfo is not None: 
    1001             write_node(doc, entry_node, "data_class", datainfo.__class__.__name__) 
     1059            write_node(doc, entry_node, "data_class", 
     1060                       datainfo.__class__.__name__) 
    10021061        for item in datainfo.run: 
    10031062            runname = {} 
    1004             if datainfo.run_name.has_key(item) and len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
     1063            if datainfo.run_name.has_key(item) and \ 
     1064                            len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
    10051065                runname = {'name': datainfo.run_name[item]} 
    10061066            write_node(doc, entry_node, "Run", item, runname) 
    … …  
    12191279 
    12201280        :param entry: XML node to read from 
    1221  
    12221281        :return: PageState object 
    12231282        """ 
    … …  
    12281287            nodes = entry.xpath('ns:%s' % FITTING_NODE_NAME, 
    12291288                                namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    1230             if nodes != []: 
     1289            if nodes: 
    12311290                # Create an empty state 
    12321291                state = PageState() 
    … …  
    12381297 
    12391298        return state 
     1299 
     1300    def _parse_simfit_state(self, entry): 
     1301        """ 
     1302        Parses the saved data for a simultaneous fit 
     1303        :param entry: XML object to read from 
     1304        :return: XML object for a simultaneous fit or None 
     1305        """ 
     1306        nodes = entry.xpath('ns:%s' % FITTING_NODE_NAME, 
     1307                            namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1308        if nodes: 
     1309            simfitstate = nodes[0].xpath('ns:simultaneous_fit', 
     1310                                         namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1311            if simfitstate: 
     1312                from simfitpage import SimFitPageState 
     1313                sim_fit_state = SimFitPageState() 
     1314                simfitstate_0 = simfitstate[0] 
     1315                all = simfitstate_0.xpath('ns:select_all', 
     1316                                        namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1317                atts = all[0].attrib 
     1318                checked = atts.get('checked') 
     1319                sim_fit_state.select_all = bool(checked) 
     1320                model_list = simfitstate_0.xpath('ns:model_list', 
     1321                                               namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1322                model_list_items = model_list[0].xpath('ns:model_list_item', 
     1323                                                   namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1324                for model in model_list_items: 
     1325                    attrs = model.attrib 
     1326                    sim_fit_state.model_list.append(attrs) 
     1327 
     1328                constraints = simfitstate_0.xpath('ns:constraints', 
     1329                                                namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1330                constraint_list = constraints[0].xpath('ns:constraint', 
     1331                                               namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1332                for constraint in constraint_list: 
     1333                    attrs = constraint.attrib 
     1334                    sim_fit_state.constraints_list.append(attrs) 
     1335 
     1336                return sim_fit_state 
     1337            else: 
     1338                return None 
    12401339 
    12411340    def _parse_save_state_entry(self, dom): 
    … …  
    12981397                        data_info.notes.append(note_value) 
    12991398            except Exception: 
    1300                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
     1399                err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
     1400                err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    13011401                self.errors.append(err_mess) 
    13021402                logging.error(err_mess) 
    … …  
    13081408 
    13091409        self._store_content('ns:SASsample/ns:ID', dom, 'ID', data_info.sample) 
    1310         self._store_float('ns:SASsample/ns:thickness', dom, 'thickness', data_info.sample) 
    1311         self._store_float('ns:SASsample/ns:transmission', dom, 'transmission', data_info.sample) 
    1312         self._store_float('ns:SASsample/ns:temperature', dom, 'temperature', data_info.sample) 
    1313  
    1314         nodes = dom.xpath('ns:SASsample/ns:details', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1410        self._store_float('ns:SASsample/ns:thickness', dom, 'thickness', 
     1411                          data_info.sample) 
     1412        self._store_float('ns:SASsample/ns:transmission', dom, 'transmission', 
     1413                          data_info.sample) 
     1414        self._store_float('ns:SASsample/ns:temperature', dom, 'temperature', 
     1415                          data_info.sample) 
     1416 
     1417        nodes = dom.xpath('ns:SASsample/ns:details', 
     1418                          namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    13151419        for item in nodes: 
    13161420            try: 
    … …  
    13201424                        data_info.sample.details.append(detail_value) 
    13211425            except Exception: 
    1322                 err_mess = "cansas_reader.read: error processing sample details\n  %s" % sys.exc_value 
     1426                err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n" 
     1427                err_mess += "  %s" % sys.exc_value 
    13231428                self.errors.append(err_mess) 
    13241429                logging.error(err_mess) 
    13251430 
    13261431        # Position (as a vector) 
    1327         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:x', dom, 'position.x', data_info.sample) 
    1328         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:y', dom, 'position.y', data_info.sample) 
    1329         self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:z', dom, 'position.z', data_info.sample) 
     1432        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:x', dom, 'position.x', 
     1433                          data_info.sample) 
     1434        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:y', dom, 'position.y', 
     1435                          data_info.sample) 
     1436        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:z', dom, 'position.z', 
     1437                          data_info.sample) 
    13301438 
    13311439        # Orientation (as a vector) 
    … …  
    14611569                        process.term.append(term_attr) 
    14621570                except: 
    1463                     err_mess = "cansas_reader.read: error processing process term\n  %s" % sys.exc_value 
     1571                    err_mess = "cansas_reader.read: error processing " 
     1572                    err_mess += "entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
    14641573                    self.errors.append(err_mess) 
    14651574                    logging.error(err_mess) 
    … …  
    14761585        nodes = dom.xpath('ns:SASdata', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    14771586        if len(nodes) > 1: 
    1478             raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with multiple SASdata entries" 
     1587            raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with" + \ 
     1588                                " multiple SASdata entries" 
    14791589 
    14801590        for entry in nodes: 
    … …  
    14881598                value_list = [] 
    14891599                if field is not None: 
    1490                     value_list = [parse_entry_helper(node, item) for node in field] 
     1600                    value_list = \ 
     1601                        [parse_entry_helper(node, item) for node in field] 
    14911602                if len(value_list) < 2: 
    14921603                    setattr(data_info, item[0], None) 
    … …  
    14981609    def _read_cansas(self, path): 
    14991610        """ 
    1500         Load data and P(r) information from a CanSAS XML file. 
     1611        Load data and fitting information from a CanSAS XML file. 
    15011612 
    15021613        :param path: file path 
    1503  
    15041614        :return: Data1D object if a single SASentry was found, 
    15051615                    or a list of Data1D objects if multiple entries were found, 
    15061616                    or None of nothing was found 
    1507  
    15081617        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    15091618        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    1510  
    15111619        """ 
    15121620        output = [] 
     1621        simfitstate = None 
    15131622        basename = os.path.basename(path) 
    15141623        root, extension = os.path.splitext(basename) 
    … …  
    15161625        try: 
    15171626            if os.path.isfile(path): 
    1518  
    1519                 #TODO: eventually remove the check for .xml once 
    1520                 # the P(r) writer/reader is truly complete. 
    1521                 if  ext in self.ext or \ 
    1522                     ext == '.xml': 
    1523  
     1627                if ext in self.ext or ext == '.xml': 
    15241628                    tree = etree.parse(path, parser=etree.ETCompatXMLParser()) 
    15251629                    # Check the format version number 
    1526                     # Specifying the namespace will take care of the file format version 
     1630                    # Specifying the namespace will take care of the file 
     1631                    # format version 
    15271632                    root = tree.getroot() 
    15281633                    entry_list = root.xpath('ns:SASentry', 
    15291634                                            namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     1635                    name_map = {} 
    15301636                    for entry in entry_list: 
    15311637                        try: 
    … …  
    15341640                            raise 
    15351641                        fitstate = self._parse_state(entry) 
    1536  
    1537                         #state could be None when .svs file is loaded 
    1538                         #in this case, skip appending to output 
    1539                         if fitstate != None: 
     1642                        simfitstate = self._parse_simfit_state(entry) 
     1643 
     1644                        # state could be None when .svs file is loaded 
     1645                        # in this case, skip appending to output 
     1646                        if fitstate is not None: 
    15401647                            sas_entry.meta_data['fitstate'] = fitstate 
    15411648                            sas_entry.filename = fitstate.file 
    15421649                            output.append(sas_entry) 
     1650 
    15431651            else: 
    15441652                self.call_back(format=ext) 
    … …  
    15801688                        name = original_fname 
    15811689                    state.data.group_id = name 
    1582                     #store state in fitting 
     1690                    # store state in fitting 
    15831691                    self.call_back(state=state, 
    15841692                                   datainfo=output[ind], format=ext) 
    15851693                    self.state = state 
     1694                if simfitstate is not None: 
     1695                    self.call_back(state=simfitstate) 
     1696 
    15861697                return output 
    15871698        except: 
    … …  
    15991710        """ 
    16001711        # Sanity check 
    1601         if self.cansas == True: 
     1712        if self.cansas: 
    16021713            # Add fitting information to the XML document 
    16031714            doc = self.write_toXML(datainfo, fitstate) 
    … …  
    16111722        fd.close() 
    16121723 
    1613     def write_toXML(self, datainfo=None, state=None): 
     1724    def write_toXML(self, datainfo=None, state=None, batchfit=None): 
    16141725        """ 
    16151726        Write toXML, a helper for write(), 
    … …  
    16191730        """ 
    16201731 
    1621         if state.data is None: 
    1622             data = sas.sascalc.dataloader.data_info.Data1D(x=[], y=[]) 
     1732        self.batchfit_params = batchfit 
     1733        if state.data is None or not state.data.is_data: 
    16231734            return None 
    1624         elif not state.data.is_data: 
    1625             return None 
     1735        # make sure title and data run are filled. 
     1736        if state.data.title is None or state.data.title == '': 
     1737            state.data.title = state.data.name 
     1738        if state.data.run_name is None or state.data.run_name == {}: 
     1739            state.data.run = [str(state.data.name)] 
     1740            state.data.run_name[0] = state.data.name 
     1741 
     1742        if issubclass(state.data.__class__, 
     1743                      sas.sascalc.dataloader.data_info.Data1D): 
     1744            data = state.data 
     1745            doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    16261746        else: 
    1627             #make sure title and data run is filled up. 
    1628             if state.data.title == None or state.data.title == '': 
    1629                 state.data.title = state.data.name 
    1630             if state.data.run_name == None or state.data.run_name == {}: 
    1631                 state.data.run = [str(state.data.name)] 
    1632                 state.data.run_name[0] = state.data.name 
    1633  
    1634             if issubclass(state.data.__class__, 
    1635                           sas.sascalc.dataloader.data_info.Data1D): 
    1636                 data = state.data 
    1637                 doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    1638             else: 
    1639                 data = state.data 
    1640                 doc, sasentry = self._data2d_to_xml_doc(data) 
     1747            data = state.data 
     1748            doc, sasentry = self._data2d_to_xml_doc(data) 
    16411749 
    16421750        if state is not None: 
    1643             doc = state.toXML(doc=doc, file=data.filename, entry_node=sasentry) 
     1751            doc = state.toXML(doc=doc, file=data.filename, entry_node=sasentry, 
     1752                              batch_fit_state=self.batchfit_params) 
    16441753 
    16451754        return doc 
    1646  
    1647 # Simple html report templet 
    1648 HEADER = "<html>\n" 
    1649 HEADER += "<head>\n" 
    1650 HEADER += "<meta http-equiv=Content-Type content='text/html; " 
    1651 HEADER += "charset=windows-1252'> \n" 
    1652 HEADER += "<meta name=Generator >\n" 
    1653 HEADER += "</head>\n" 
    1654 HEADER += "<body lang=EN-US>\n" 
    1655 HEADER += "<div class=WordSection1>\n" 
    1656 HEADER += "<p class=MsoNormal><b><span ><center><font size='4' >" 
    1657 HEADER += "%s</font></center></span></center></b></p>" 
    1658 HEADER += "<p class=MsoNormal>&nbsp;</p>" 
    1659 PARA = "<p class=MsoNormal><font size='4' > %s \n" 
    1660 PARA += "</font></p>" 
    1661 CENTRE = "<p class=MsoNormal><center><font size='4' > %s \n" 
    1662 CENTRE += "</font></center></p>" 
    1663 FEET_1 = \ 
    1664 """ 
    1665 <p class=MsoNormal>&nbsp;</p> 
    1666 <br> 
    1667 <p class=MsoNormal><b><span ><center> <font size='4' > Graph 
    1668 </font></span></center></b></p> 
    1669 <p class=MsoNormal>&nbsp;</p> 
    1670 <center> 
    1671 <br><font size='4' >Model Computation</font> 
    1672 <br><font size='4' >Data: "%s"</font><br> 
    1673 """ 
    1674 FEET_2 = \ 
    1675 """ 
    1676 <img src="%s" > 
    1677 </img> 
    1678 """ 
    1679 FEET_3 = \ 
    1680 """ 
    1681 </center> 
    1682 </div> 
    1683 </body> 
    1684 </html> 
    1685 """ 
    1686 ELINE = "<p class=MsoNormal>&nbsp;</p>" 
    1687  
    1688 if __name__ == "__main__": 
    1689     state = PageState(parent=None) 
    1690     #state.toXML() 
    1691     """ 
    1692  
    1693     file = open("test_state", "w") 
    1694     pickle.dump(state, file) 
    1695     print pickle.dumps(state) 
    1696     state.data_name = "hello---->" 
    1697     pickle.dump(state, file) 
    1698     file = open("test_state", "r") 
    1699     new_state= pickle.load(file) 
    1700     print "new state", new_state 
    1701     new_state= pickle.load(file) 
    1702     print "new state", new_state 
    1703     #print "state", state 
    1704     """ 
    1705     import bsddb 
    1706     import pickle 
    1707     db = bsddb.btopen('file_state.db', 'c') 
    1708     val = (pickle.dumps(state), "hello", "hi") 
    1709     db['state1'] = pickle.dumps(val) 
    1710     print pickle.loads(db['state1']) 
    1711     state.data_name = "hello---->22" 
    1712     db['state2'] = pickle.dumps(state) 
    1713     state.data_name = "hello---->2" 
    1714     db['state3'] = pickle.dumps(state) 
    1715     del db['state3'] 
    1716     state.data_name = "hello---->3" 
    1717     db['state4'] = pickle.dumps(state) 
    1718     new_state = pickle.loads(db['state1']) 
    1719     #print db.last() 
    1720     db.set_location('state2') 
    1721     state.data_name = "hello---->5" 
    1722     db['aastate5'] = pickle.dumps(state) 
    1723     db.keys().sort() 
    1724     print pickle.loads(db['state2']) 
    1725  
    1726     db.close() 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.