Changeset 83c09af in sasview for src


Ignore:
Timestamp:
Jan 3, 2017 1:12:00 PM (8 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
af08e55
Parents:
c1681ea
Message:

Fit states and projects are now able to save 2D data. Loading is still not working. #827

Location:
src/sas
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r0639476 r83c09af  
    2020import inspect 
    2121# For saving individual sections of data 
    22 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, DataInfo, plottable_1D 
    23 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture 
    24 from sas.sascalc.dataloader.data_info import combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
     23    plottable_1D 
     24from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
     25    Detector, Process, Aperture 
     26from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
     27    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    2528import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    2629from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    … …  
    792795        :param datainfo: Data1D object 
    793796        """ 
    794         if not issubclass(datainfo.__class__, Data1D): 
    795             raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance" 
     797        if issubclass(datainfo.__class__, Data2D): 
     798            is_2d = True 
    796799 
    797800        # Get PIs and create root element 
    … …  
    813816        self._write_run_names(datainfo, entry_node) 
    814817        # Add Data info to SASEntry 
    815         self._write_data(datainfo, entry_node) 
     818        if is_2d: 
     819            self._write_data_2d(datainfo, entry_node) 
     820        else: 
     821            self._write_data(datainfo, entry_node) 
    816822        # Transmission Spectrum Info 
    817823        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node) 
    … …  
    907913    def _write_data(self, datainfo, entry_node): 
    908914        """ 
    909         Writes the I and Q data to the XML file 
     915        Writes 1D I and Q data to the XML file 
    910916 
    911917        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    … …  
    935941                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    936942                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
     943 
     944    def _write_data_2d(self, datainfo, entry_node): 
     945        """ 
     946        Writes 2D data to the XML file 
     947 
     948        :param datainfo: The Data2D object the information is coming from 
     949        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     950        """ 
     951        node = self.create_element("SASdata") 
     952        self.append(node, entry_node) 
     953 
     954        for i in range(len(datainfo.data)): 
     955            point = self.create_element("Idata") 
     956            node.append(point) 
     957            self.write_node(point, "Qx", datainfo.qx_data[i], 
     958                            {'unit': datainfo._xunit}) 
     959            self.write_node(point, "Qy", datainfo.qy_data[i], 
     960                            {'unit': datainfo._yunit}) 
     961            self.write_node(point, "I", datainfo.data[i], 
     962                            {'unit': datainfo._zunit}) 
     963            if datainfo.err_data is not None and len(datainfo.err_data) > i: 
     964                self.write_node(point, "Idev", datainfo.err_data[i], 
     965                                {'unit': datainfo._zunit}) 
     966            if datainfo.dqy_data is not None and len(datainfo.dqy_data) > i: 
     967                self.write_node(point, "Qydev", datainfo.dqy_data[i], 
     968                                {'unit': datainfo._yunit}) 
     969            if datainfo.dqx_data is not None and len(datainfo.dqx_data) > i: 
     970                self.write_node(point, "Qxdev", datainfo.dqx_data[i], 
     971                                {'unit': datainfo._xunit}) 
     972            if datainfo.mask is not None and len(datainfo.mask) > i: 
     973                self.write_node(point, "Mask", datainfo.err_data[i]) 
    937974 
    938975    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_0.xsd

    r250fec92 r83c09af  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_1.xsd

    r250fec92 r83c09af  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    rc8e1996 r83c09af  
    10341034            return self._read_cansas(path) 
    10351035 
    1036     def _data2d_to_xml_doc(self, datainfo): 
    1037         """ 
    1038         Create an XML document to contain the content of a Data2D 
    1039  
    1040         :param datainfo: Data2D object 
    1041  
    1042         """ 
    1043         if not issubclass(datainfo.__class__, Data2D): 
    1044             raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data2D instance" 
    1045  
    1046         title = "cansas1d/%s" % self.version 
    1047         title += "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd" 
    1048         doc = xml.dom.minidom.Document() 
    1049         main_node = doc.createElement("SASroot") 
    1050         main_node.setAttribute("version", self.version) 
    1051         main_node.setAttribute("xmlns", "cansas1d/%s" % self.version) 
    1052         main_node.setAttribute("xmlns:xsi", 
    1053                                "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
    1054         main_node.setAttribute("xsi:schemaLocation", title) 
    1055  
    1056         doc.appendChild(main_node) 
    1057  
    1058         entry_node = doc.createElement("SASentry") 
    1059         main_node.appendChild(entry_node) 
    1060  
    1061         write_node(doc, entry_node, "Title", datainfo.title) 
    1062         if datainfo is not None: 
    1063             write_node(doc, entry_node, "data_class", 
    1064                        datainfo.__class__.__name__) 
    1065         for item in datainfo.run: 
    1066             runname = {} 
    1067             if item in datainfo.run_name and \ 
    1068                             len(str(datainfo.run_name[item])) > 1: 
    1069                 runname = {'name': datainfo.run_name[item]} 
    1070             write_node(doc, entry_node, "Run", item, runname) 
    1071         # Data info 
    1072         new_node = doc.createElement("SASdata") 
    1073         entry_node.appendChild(new_node) 
    1074         for item in LIST_OF_DATA_2D_ATTR: 
    1075             element = doc.createElement(item[0]) 
    1076             element.setAttribute(item[0], str(getattr(datainfo, item[1]))) 
    1077             new_node.appendChild(element) 
    1078  
    1079         for item in LIST_OF_DATA_2D_VALUES: 
    1080             root_node = doc.createElement(item[0]) 
    1081             new_node.appendChild(root_node) 
    1082             temp_list = getattr(datainfo, item[1]) 
    1083  
    1084             if temp_list is None or len(temp_list) == 0: 
    1085                 element = doc.createElement(item[0]) 
    1086                 element.appendChild(doc.createTextNode(str(temp_list))) 
    1087                 root_node.appendChild(element) 
    1088             else: 
    1089                 for value in temp_list: 
    1090                     element = doc.createElement(item[0]) 
    1091                     element.setAttribute(item[0], str(value)) 
    1092                     root_node.appendChild(element) 
    1093  
    1094         # Sample info 
    1095         sample = doc.createElement("SASsample") 
    1096         if datainfo.sample.name is not None: 
    1097             sample.setAttribute("name", str(datainfo.sample.name)) 
    1098         entry_node.appendChild(sample) 
    1099         write_node(doc, sample, "ID", str(datainfo.sample.ID)) 
    1100         write_node(doc, sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, 
    1101                    {"unit": datainfo.sample.thickness_unit}) 
    1102         write_node(doc, sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
    1103         write_node(doc, sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, 
    1104                    {"unit": datainfo.sample.temperature_unit}) 
    1105  
    1106         for item in datainfo.sample.details: 
    1107             write_node(doc, sample, "details", item) 
    1108  
    1109         pos = doc.createElement("position") 
    1110         written = write_node(doc, pos, "x", datainfo.sample.position.x, 
    1111                              {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1112         written = written | write_node(doc, pos, "y", 
    1113                                        datainfo.sample.position.y, 
    1114                                        {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1115         written = written | write_node(doc, pos, "z", 
    1116                                        datainfo.sample.position.z, 
    1117                                        {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    1118         if written: 
    1119             sample.appendChild(pos) 
    1120  
    1121         ori = doc.createElement("orientation") 
    1122         written = write_node(doc, ori, "roll", datainfo.sample.orientation.x, 
    1123                              {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1124         written = written | write_node(doc, ori, "pitch", 
    1125                                        datainfo.sample.orientation.y, 
    1126                                        {"unit": 
    1127                                             datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1128         written = written | write_node(doc, ori, "yaw", 
    1129                                        datainfo.sample.orientation.z, 
    1130                                        {"unit": 
    1131                                             datainfo.sample.orientation_unit}) 
    1132         if written: 
    1133             sample.appendChild(ori) 
    1134  
    1135         # Instrument info 
    1136         instr = doc.createElement("SASinstrument") 
    1137         entry_node.appendChild(instr) 
    1138  
    1139         write_node(doc, instr, "name", datainfo.instrument) 
    1140  
    1141         #   Source 
    1142         source = doc.createElement("SASsource") 
    1143         if datainfo.source.name is not None: 
    1144             source.setAttribute("name", str(datainfo.source.name)) 
    1145         instr.appendChild(source) 
    1146  
    1147         write_node(doc, source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
    1148         write_node(doc, source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
    1149         size = doc.createElement("beam_size") 
    1150         if datainfo.source.beam_size_name is not None: 
    1151             size.setAttribute("name", str(datainfo.source.beam_size_name)) 
    1152         written = write_node(doc, size, "x", datainfo.source.beam_size.x, 
    1153                              {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1154         written = written | write_node(doc, size, "y", 
    1155                                        datainfo.source.beam_size.y, 
    1156                                        {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1157         written = written | write_node(doc, size, "z", 
    1158                                        datainfo.source.beam_size.z, 
    1159                                        {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1160         if written: 
    1161             source.appendChild(size) 
    1162  
    1163         write_node(doc, source, "wavelength", datainfo.source.wavelength, 
    1164                    {"unit": datainfo.source.wavelength_unit}) 
    1165         write_node(doc, source, "wavelength_min", 
    1166                    datainfo.source.wavelength_min, 
    1167                    {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
    1168         write_node(doc, source, "wavelength_max", 
    1169                    datainfo.source.wavelength_max, 
    1170                    {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
    1171         write_node(doc, source, "wavelength_spread", 
    1172                    datainfo.source.wavelength_spread, 
    1173                    {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
    1174  
    1175         #   Collimation 
    1176         for item in datainfo.collimation: 
    1177             coll = doc.createElement("SAScollimation") 
    1178             if item.name is not None: 
    1179                 coll.setAttribute("name", str(item.name)) 
    1180             instr.appendChild(coll) 
    1181  
    1182             write_node(doc, coll, "length", item.length, 
    1183                        {"unit": item.length_unit}) 
    1184  
    1185             for apert in item.aperture: 
    1186                 ap = doc.createElement("aperture") 
    1187                 if apert.name is not None: 
    1188                     ap.setAttribute("name", str(apert.name)) 
    1189                 if apert.type is not None: 
    1190                     ap.setAttribute("type", str(apert.type)) 
    1191                 coll.appendChild(ap) 
    1192  
    1193                 write_node(doc, ap, "distance", apert.distance, 
    1194                            {"unit": apert.distance_unit}) 
    1195  
    1196                 size = doc.createElement("size") 
    1197                 if apert.size_name is not None: 
    1198                     size.setAttribute("name", str(apert.size_name)) 
    1199                 written = write_node(doc, size, "x", apert.size.x, 
    1200                                      {"unit": apert.size_unit}) 
    1201                 written = written | write_node(doc, size, "y", apert.size.y, 
    1202                                                {"unit": apert.size_unit}) 
    1203                 written = written | write_node(doc, size, "z", apert.size.z, 
    1204                                                {"unit": apert.size_unit}) 
    1205                 if written: 
    1206                     ap.appendChild(size) 
    1207  
    1208         #   Detectors 
    1209         for item in datainfo.detector: 
    1210             det = doc.createElement("SASdetector") 
    1211             written = write_node(doc, det, "name", item.name) 
    1212             written = written | write_node(doc, det, "SDD", item.distance, 
    1213                                            {"unit": item.distance_unit}) 
    1214             written = written | write_node(doc, det, "slit_length", 
    1215                                            item.slit_length, 
    1216                                            {"unit": item.slit_length_unit}) 
    1217             if written: 
    1218                 instr.appendChild(det) 
    1219  
    1220             off = doc.createElement("offset") 
    1221             written = write_node(doc, off, "x", item.offset.x, 
    1222                                  {"unit": item.offset_unit}) 
    1223             written = written | write_node(doc, off, "y", item.offset.y, 
    1224                                            {"unit": item.offset_unit}) 
    1225             written = written | write_node(doc, off, "z", item.offset.z, 
    1226                                            {"unit": item.offset_unit}) 
    1227             if written: 
    1228                 det.appendChild(off) 
    1229  
    1230             center = doc.createElement("beam_center") 
    1231             written = write_node(doc, center, "x", item.beam_center.x, 
    1232                                  {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1233             written = written | write_node(doc, center, "y", 
    1234                                            item.beam_center.y, 
    1235                                            {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1236             written = written | write_node(doc, center, "z", 
    1237                                            item.beam_center.z, 
    1238                                            {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1239             if written: 
    1240                 det.appendChild(center) 
    1241  
    1242             pix = doc.createElement("pixel_size") 
    1243             written = write_node(doc, pix, "x", item.pixel_size.x, 
    1244                                  {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1245             written = written | write_node(doc, pix, "y", item.pixel_size.y, 
    1246                                            {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1247             written = written | write_node(doc, pix, "z", item.pixel_size.z, 
    1248                                            {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1249             if written: 
    1250                 det.appendChild(pix) 
    1251  
    1252             ori = doc.createElement("orientation") 
    1253             written = write_node(doc, ori, "roll", item.orientation.x, 
    1254                                  {"unit": item.orientation_unit}) 
    1255             written = written | write_node(doc, ori, "pitch", 
    1256                                            item.orientation.y, 
    1257                                            {"unit": item.orientation_unit}) 
    1258             written = written | write_node(doc, ori, "yaw", item.orientation.z, 
    1259                                            {"unit": item.orientation_unit}) 
    1260             if written: 
    1261                 det.appendChild(ori) 
    1262  
    1263         # Processes info 
    1264         for item in datainfo.process: 
    1265             node = doc.createElement("SASprocess") 
    1266             entry_node.appendChild(node) 
    1267  
    1268             write_node(doc, node, "name", item.name) 
    1269             write_node(doc, node, "date", item.date) 
    1270             write_node(doc, node, "description", item.description) 
    1271             for term in item.term: 
    1272                 value = term['value'] 
    1273                 del term['value'] 
    1274                 write_node(doc, node, "term", value, term) 
    1275             for note in item.notes: 
    1276                 write_node(doc, node, "SASprocessnote", note) 
    1277         # Return the document, and the SASentry node associated with 
    1278         # the data we just wrote 
    1279         return doc, entry_node 
    1280  
    12811036    def _parse_state(self, entry): 
    12821037        """ 
    … …  
    17451500            state.data.run_name[0] = state.data.name 
    17461501 
    1747         if issubclass(state.data.__class__, 
    1748                       sas.sascalc.dataloader.data_info.Data1D): 
    1749             data = state.data 
    1750             doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    1751         else: 
    1752             data = state.data 
    1753             doc, sasentry = self._data2d_to_xml_doc(data) 
     1502        data = state.data 
     1503        doc, sasentry = self._to_xml_doc(data) 
    17541504 
    17551505        if state is not None: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.