Changeset 7b07fbe in sasview for src/sas/sascalc


Ignore:
Timestamp:
Sep 25, 2017 11:51:21 AM (7 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
deaa0c6
Parents:
1fa4f736
Message:

Move generic loading functions from cansas_reader into file_reader_base_class. Cascade changes to other readers. refs #985

Location:
src/sas/sascalc/dataloader
Files:
4 edited

Legend:

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Added
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  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    rae69c690 r7b07fbe  
    191191        self.output = [] 
    192192 
    193     def remove_empty_q_values(self, has_error_dx=False, has_error_dy=False, 
    194                               has_error_dxl=False, has_error_dxw=False): 
     193    def data_cleanup(self): 
     194        """ 
     195        Clean up the data sets and refresh everything 
     196        :return: None 
     197        """ 
     198        self.remove_empty_q_values() 
     199        self.send_to_output()  # Combine datasets with DataInfo 
     200        self.current_datainfo = DataInfo()  # Reset DataInfo 
     201 
     202    def remove_empty_q_values(self): 
    195203        """ 
    196204        Remove any point where Q == 0 
    197205        """ 
    198         x = self.current_dataset.x 
    199         self.current_dataset.x = self.current_dataset.x[x != 0] 
    200         self.current_dataset.y = self.current_dataset.y[x != 0] 
    201         if has_error_dy: 
    202             self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] 
    203         if has_error_dx: 
    204             self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] 
    205         if has_error_dxl: 
    206             self.current_dataset.dxl = self.current_dataset.dxl[x != 0] 
    207         if has_error_dxw: 
    208             self.current_dataset.dxw = self.current_dataset.dxw[x != 0] 
     206        if isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
     207            # Booleans for resolutions 
     208            has_error_dx = self.current_dataset.dx is not None 
     209            has_error_dxl = self.current_dataset.dxl is not None 
     210            has_error_dxw = self.current_dataset.dxw is not None 
     211            has_error_dy = self.current_dataset.dy is not None 
     212            # Create arrays of zeros for non-existent resolutions 
     213            if has_error_dxw and not has_error_dxl: 
     214                array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
     215                self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, 
     216                                                    np.zeros([array_size])) 
     217                has_error_dxl = True 
     218            elif has_error_dxl and not has_error_dxw: 
     219                array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
     220                self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, 
     221                                                    np.zeros([array_size])) 
     222                has_error_dxw = True 
     223            elif not has_error_dxl and not has_error_dxw and not has_error_dx: 
     224                array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
     225                self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
     226                                                    np.zeros([array_size])) 
     227                has_error_dx = True 
     228            if not has_error_dy: 
     229                array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
     230                self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
     231                                                    np.zeros([array_size])) 
     232                has_error_dy = True 
     233 
     234            # Remove points where q = 0 
     235            x = self.current_dataset.x 
     236            self.current_dataset.x = self.current_dataset.x[x != 0] 
     237            self.current_dataset.y = self.current_dataset.y[x != 0] 
     238            if has_error_dy: 
     239                self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] 
     240            if has_error_dx: 
     241                self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] 
     242            if has_error_dxl: 
     243                self.current_dataset.dxl = self.current_dataset.dxl[x != 0] 
     244            if has_error_dxw: 
     245                self.current_dataset.dxw = self.current_dataset.dxw[x != 0] 
     246        elif isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     247            has_error_dqx = self.current_dataset.dqx_data is not None 
     248            has_error_dqy = self.current_dataset.dqy_data is not None 
     249            has_error_dy = self.current_dataset.err_data is not None 
     250            has_mask = self.current_dataset.mask is not None 
     251            has_q_data = self.current_dataset.q_data is not None 
     252            x = self.current_dataset.qx_data 
     253            self.current_dataset.data = self.current_dataset.data[x != 0] 
     254            self.current_dataset.qx_data = self.current_dataset.qx_data[x != 0] 
     255            self.current_dataset.qy_data = self.current_dataset.qy_data[x != 0] 
     256            if has_error_dy: 
     257                self.current_dataset.err_data = self.current_dataset.err_data[x != 0] 
     258            if has_error_dqx: 
     259                self.current_dataset.dqx_data = self.current_dataset.dqx_data[x != 0] 
     260            if has_error_dqy: 
     261                self.current_dataset.dqy_data = self.current_dataset.dqy_data[x != 0] 
     262            if has_mask: 
     263                self.current_dataset.mask = self.current_dataset.mask[x != 0] 
     264            if has_q_data: 
     265                self.current_dataset.q_data = self.current_dataset.q_data[x != 0] 
    209266 
    210267    def reset_data_list(self, no_lines=0): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    rad92c5a r7b07fbe  
    202202                is_data_started = True 
    203203 
    204         self.remove_empty_q_values(True, True) 
     204        self.remove_empty_q_values() 
    205205 
    206206        # Sanity check 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    rf994e8b1 r7b07fbe  
    156156            raise FileContentsException(msg) 
    157157 
    158         self.remove_empty_q_values(has_error_dx, has_error_dy) 
     158        self.remove_empty_q_values() 
    159159        self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    160160        self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rae69c690 r7b07fbe  
    104104            xml_file = self.f_open.name 
    105105        # We don't sure f_open since lxml handles opnening/closing files 
    106         if not self.f_open.closed: 
    107             self.f_open.close() 
    108  
    109         basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file)) 
    110  
    111106        try: 
    112107            # Raises FileContentsException 
    113108            self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path) 
    114             self.current_datainfo = DataInfo() 
    115             # Raises FileContentsException if file doesn't meet CanSAS schema 
     109            # Parse each SASentry 
     110            entry_list = self.xmlroot.xpath('/ns:SASroot/ns:SASentry', 
     111                                            namespaces={ 
     112                                                'ns': self.cansas_defaults.get( 
     113                                                    "ns") 
     114                                            }) 
    116115            self.is_cansas(self.extension) 
    117             self.invalid = False # If we reach this point then file must be valid CanSAS 
    118  
    119             # Parse each SASentry 
    120             entry_list = self.xmlroot.xpath('/ns:SASroot/ns:SASentry', namespaces={ 
    121                 'ns': self.cansas_defaults.get("ns") 
    122             }) 
    123             # Look for a SASentry 
    124             self.names.append("SASentry") 
    125116            self.set_processing_instructions() 
    126  
    127117            for entry in entry_list: 
    128                 self.current_datainfo.filename = basename + self.extension 
    129                 self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D" 
    130                 self.current_datainfo.meta_data[PREPROCESS] = self.processing_instructions 
    131118                self._parse_entry(entry) 
    132119                self.data_cleanup() 
    … …  
    150137                    invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
    151138                    if invalid_xml != "": 
     139                        basename, _ = os.path.splitext( 
     140                            os.path.basename(self.f_open.name)) 
    152141                        invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + self.extension) + invalid_xml 
    153142                        raise DataReaderException(invalid_xml) # Handled by base class 
    … …  
    164153        except Exception as e: # Convert all other exceptions to FileContentsExceptions 
    165154            raise FileContentsException(e.message) 
    166  
     155        finally: 
     156            if not self.f_open.closed: 
     157                self.f_open.close() 
    167158 
    168159    def load_file_and_schema(self, xml_file, schema_path=""): 
    … …  
    209200        if not self._is_call_local() and not recurse: 
    210201            self.reset_state() 
     202        if not recurse: 
     203            self.current_datainfo = DataInfo() 
     204            # Raises FileContentsException if file doesn't meet CanSAS schema 
     205            self.invalid = False 
     206            # Look for a SASentry 
    211207            self.data = [] 
    212             self.current_datainfo = DataInfo() 
     208            self.parent_class = "SASentry" 
    213209            self.names.append("SASentry") 
    214             self.parent_class = "SASentry" 
     210            self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D" 
     211            self.current_datainfo.meta_data[ 
     212                PREPROCESS] = self.processing_instructions 
     213        if self._is_call_local() and not recurse: 
     214            basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(self.f_open.name)) 
     215            self.current_datainfo.filename = basename + self.extension 
    215216        # Create an empty dataset if no data has been passed to the reader 
    216217        if self.current_dataset is None: 
    217             self.current_dataset = plottable_1D(np.empty(0), np.empty(0), 
    218                 np.empty(0), np.empty(0)) 
     218            self._initialize_new_data_set(dom) 
    219219        self.base_ns = "{" + CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") + "}" 
    220220 
    … …  
    228228            tagname_original = tagname 
    229229            # Skip this iteration when loading in save state information 
    230             if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or tagname == "invariant": 
     230            if tagname in ["fitting_plug_in", "pr_inversion", "invariant", "corfunc"]: 
    231231                continue 
    232232            # Get where to store content 
    … …  
    258258                self._add_intermediate() 
    259259            else: 
     260                # TODO: Clean this up to make it faster (fewer if/elifs) 
    260261                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    261262                    data_point = node.text 
    … …  
    502503            self.sort_two_d_data() 
    503504            self.reset_data_list() 
    504             empty = None 
    505             return self.output[0], empty 
    506  
    507     def data_cleanup(self): 
    508         """ 
    509         Clean up the data sets and refresh everything 
    510         :return: None 
    511         """ 
    512         has_error_dx = self.current_dataset.dx is not None 
    513         has_error_dxl = self.current_dataset.dxl is not None 
    514         has_error_dxw = self.current_dataset.dxw is not None 
    515         has_error_dy = self.current_dataset.dy is not None 
    516         self.remove_empty_q_values(has_error_dx=has_error_dx, 
    517                                    has_error_dxl=has_error_dxl, 
    518                                    has_error_dxw=has_error_dxw, 
    519                                    has_error_dy=has_error_dy) 
    520         self.send_to_output()  # Combine datasets with DataInfo 
    521         self.current_datainfo = DataInfo()  # Reset DataInfo 
     505            return self.output[0], None 
    522506 
    523507    def _is_call_local(self): 
    … …  
    553537            self.aperture = Aperture() 
    554538        elif self.parent_class == 'SASdata': 
    555             self._check_for_empty_resolution() 
    556539            self.data.append(self.current_dataset) 
    557540 
    … …  
    665648        return node_value, value_unit 
    666649 
    667     def _check_for_empty_resolution(self): 
    668         """ 
    669         a method to check all resolution data sets are the same size as I and q 
    670         """ 
    671         dql_exists = False 
    672         dqw_exists = False 
    673         dq_exists = False 
    674         di_exists = False 
    675         if self.current_dataset.dxl is not None: 
    676             dql_exists = True 
    677         if self.current_dataset.dxw is not None: 
    678             dqw_exists = True 
    679         if self.current_dataset.dx is not None: 
    680             dq_exists = True 
    681         if self.current_dataset.dy is not None: 
    682             di_exists = True 
    683         if dqw_exists and not dql_exists: 
    684             array_size = self.current_dataset.dxw.size 
    685             self.current_dataset.dxl = np.zeros(array_size) 
    686         elif dql_exists and not dqw_exists: 
    687             array_size = self.current_dataset.dxl.size 
    688             self.current_dataset.dxw = np.zeros(array_size) 
    689         elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
    690             array_size = self.current_dataset.x.size 
    691             self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
    692                                                 np.zeros([array_size])) 
    693         if not di_exists: 
    694             array_size = self.current_dataset.y.size 
    695             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
    696                                                 np.zeros([array_size])) 
    697  
    698650    def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
    699651        if node is not None: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.