Changeset 6bd4235 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Jan 23, 2018 10:35:39 AM (7 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, unittest-saveload
Children:
0863065
Parents:
18af6d2 (diff), e110cb0 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' into ticket-976

Files:
7 added
1 deleted
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • .gitignore

    r948484f r1b605fb  
    2929default_categories.json 
    3030/setup.cfg 
     31Thumbs.db 
    3132 
    3233# doc build 

  • installers/installer_generator.py

    r460d3a1 ra0f4768  
    99import sys 
    1010import string 
     11 
     12is_64bit = sys.maxsize > 2**32 
    1113 
    1214root = os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))) 
    … …  
    2527AppSupportURL = local_config._homepage 
    2628AppUpdatesURL = local_config._homepage 
     29ArchitecturesInstallIn64BitMode = 'x64' 
    2730ChangesEnvironment = 'true' 
    2831DefaultDirName = os.path.join("{pf}" , AppName+Dev) 
    … …  
    343346    TEMPLATE += "AppSupportURL=%s\n" % str(AppSupportURL) 
    344347    TEMPLATE += "AppUpdatesURL=%s \n" % str(AppUpdatesURL) 
     348    if is_64bit: 
     349        TEMPLATE += "ArchitecturesInstallIn64BitMode=%s \n" % str(ArchitecturesInstallIn64BitMode) 
    345350    TEMPLATE += "ChangesEnvironment=%s \n" % str(ChangesEnvironment) 
    346351    TEMPLATE += "DefaultDirName=%s\n" % str(DefaultDirName) 

  • installers/sasview.spec

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • installers/version.txt

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r3053a4a ra58b5a0  
    77import os 
    88import sys 
    9 import re 
     9import math 
    1010import logging 
    1111from abc import abstractmethod 
    … …  
    2525    def decode(s): 
    2626        return s.decode() if isinstance(s, bytes) else s 
     27 
     28# Data 1D fields for iterative purposes 
     29FIELDS_1D = ('x', 'y', 'dx', 'dy', 'dxl', 'dxw') 
     30# Data 2D fields for iterative purposes 
     31FIELDS_2D = ('data', 'qx_data', 'qy_data', 'q_data', 'err_data', 
     32                 'dqx_data', 'dqy_data', 'mask') 
     33 
    2734 
    2835class FileReader(object): 
    … …  
    102109        self.current_dataset = None 
    103110        self.filepath = None 
     111        self.ind = None 
    104112        self.output = [] 
    105113 
    … …  
    159167                # Sort data by increasing x and remove 1st point 
    160168                ind = np.lexsort((data.y, data.x)) 
    161                 data.x = np.asarray([data.x[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
    162                 data.y = np.asarray([data.y[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     169                data.x = self._reorder_1d_array(data.x, ind) 
     170                data.y = self._reorder_1d_array(data.y, ind) 
    163171                if data.dx is not None: 
    164172                    if len(data.dx) == 0: 
    165173                        data.dx = None 
    166174                        continue 
    167                     data.dx = np.asarray([data.dx[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     175                    data.dx = self._reorder_1d_array(data.dx, ind) 
    168176                if data.dxl is not None: 
    169                     data.dxl = np.asarray([data.dxl[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     177                    data.dxl = self._reorder_1d_array(data.dxl, ind) 
    170178                if data.dxw is not None: 
    171                     data.dxw = np.asarray([data.dxw[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     179                    data.dxw = self._reorder_1d_array(data.dxw, ind) 
    172180                if data.dy is not None: 
    173181                    if len(data.dy) == 0: 
    174182                        data.dy = None 
    175183                        continue 
    176                     data.dy = np.asarray([data.dy[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     184                    data.dy = self._reorder_1d_array(data.dy, ind) 
    177185                if data.lam is not None: 
    178                     data.lam = np.asarray([data.lam[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     186                    data.lam = self._reorder_1d_array(data.lam, ind) 
    179187                if data.dlam is not None: 
    180                     data.dlam = np.asarray([data.dlam[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
     188                    data.dlam = self._reorder_1d_array(data.dlam, ind) 
     189                data = self._remove_nans_in_data(data) 
    181190                if len(data.x) > 0: 
    182191                    data.xmin = np.min(data.x) 
    … …  
    184193                    data.ymin = np.min(data.y) 
    185194                    data.ymax = np.max(data.y) 
     195 
     196    @staticmethod 
     197    def _reorder_1d_array(array, ind): 
     198        """ 
     199        Reorders a 1D array based on the indices passed as ind 
     200        :param array: Array to be reordered 
     201        :param ind: Indices used to reorder array 
     202        :return: reordered array 
     203        """ 
     204        array = np.asarray(array, dtype=np.float64) 
     205        return array[ind] 
     206 
     207    @staticmethod 
     208    def _remove_nans_in_data(data): 
     209        """ 
     210        Remove data points where nan is loaded 
     211        :param data: 1D or 2D data object 
     212        :return: data with nan points removed 
     213        """ 
     214        if isinstance(data, Data1D): 
     215            fields = FIELDS_1D 
     216        elif isinstance(data, Data2D): 
     217            fields = FIELDS_2D 
     218        else: 
     219            return data 
     220        # Make array of good points - all others will be removed 
     221        good = np.isfinite(getattr(data, fields[0])) 
     222        for name in fields[1:]: 
     223            array = getattr(data, name) 
     224            if array is not None: 
     225                # Update good points only if not already changed 
     226                good &= np.isfinite(array) 
     227        if not np.all(good): 
     228            for name in fields: 
     229                array = getattr(data, name) 
     230                if array is not None: 
     231                    setattr(data, name, array[good]) 
     232        return data 
    186233 
    187234    def sort_two_d_data(self): 
    … …  
    214261                    dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
    215262                dataset.data = dataset.data.flatten() 
     263                dataset = self._remove_nans_in_data(dataset) 
    216264                if len(dataset.data) > 0: 
    217265                    dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    r1efbc190 re3775c6  
    2929    type_name = "IGOR 1D" 
    3030    # Wildcards 
    31     type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"] 
     31    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs", "IGOR 1D USANS files (*.cor)|*.cor"] 
    3232    # List of allowed extensions 
    33     ext = ['.abs'] 
     33    ext = ['.abs', '.cor'] 
    3434 
    3535    def get_file_contents(self): 
    … …  
    4646        self.current_datainfo = DataInfo() 
    4747        self.current_datainfo.filename = filepath 
    48         self.reset_data_list(len(lines)) 
    4948        detector = Detector() 
    5049        data_line = 0 
    … …  
    188187                    self.current_dataset.y[data_line] = _y 
    189188                    self.current_dataset.dy[data_line] = _dy 
    190                     self.current_dataset.dx[data_line] = _dx 
     189                    if _dx > 0: 
     190                        self.current_dataset.dx[data_line] = _dx 
     191                    else: 
     192                        if data_line == 0: 
     193                            self.current_dataset.dx = None 
     194                            self.current_dataset.dxl = np.zeros(len(lines)) 
     195                            self.current_dataset.dxw = np.zeros(len(lines)) 
     196                        self.current_dataset.dxl[data_line] = abs(_dx) 
     197                        self.current_dataset.dxw[data_line] = 0 
    191198                    data_line += 1 
    192199 
    … …  
    197204                    pass 
    198205 
     206            # SANS Data: 
    199207            # The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. 
    200208            # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor| 
    201             if line.count("The 6 columns") > 0: 
     209            # USANS Data: 
     210            # EMP LEVEL: <value> ; BKG LEVEL: <value> 
     211            if line.startswith("The 6 columns") or line.startswith("EMP LEVEL"): 
    202212                is_data_started = True 
    203213 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    r574adc7 ra32c19c  
    2626    ".dat": "red2d_reader", 
    2727    ".abs": "abs_reader", 
     28    ".cor": "abs_reader", 
    2829    ".sans": "danse_reader", 
    2930    ".pdh": "anton_paar_saxs_reader" 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    reee94bf r58a8f76  
    28122812        if self.model is not None: 
    28132813            name = self.formfactorbox.GetValue() 
    2814             _TreeLocation = 'user/models/' + name.lower()+'.html' 
     2814            _TreeLocation = 'user/models/%s.html' % name 
    28152815            _doc_viewer = DocumentationWindow(self, wx.ID_ANY, _TreeLocation, 
    28162816                                              "", name + " Help") 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • src/sas/sasview/images/dls_logo.png

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • src/sas/sasview/images/tudelft_logo.png

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • src/sas/sasview/test/1d_data/saxess_example.pdh

    • Property mode changed from 100755 to 100644

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    rf53d684 rfa749b7  
    7575        data = Loader().load(find("jan08002.ABS")) 
    7676        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "IGOR 1D") 
     77 
     78    def test_usans_negative_dxl(self): 
     79        data_abs = Loader().load(find("sam14_cor.ABS")) 
     80        data_cor = Loader().load(find("sam14_cor.cor")) 
     81        for i in range(0, len(data_abs) - 1): 
     82            self.assertEquals(data_abs.x[i], data_cor.x[i]) 
     83            self.assertEquals(data_abs.y[i], data_cor.y[i]) 
     84            self.assertEquals(data_abs.dxl[i], data_cor.dxl[i]) 
     85            self.assertEquals(data_abs.dxw[i], data_cor.dxw[i]) 
     86            self.assertTrue(data_abs.dxl > 0) 
     87 
    7788 
    7889class DanseReaderTests(unittest.TestCase): 

  • test/sasdataloader/test/utest_ascii.py

    rf53d684 rdb5196d  
    55import os.path 
    66import warnings 
     7import math 
    78warnings.simplefilter("ignore") 
    89 
    … …  
    110111            self.assertEqual(f, None) 
    111112 
     113    def test_nan_values(self): 
     114        """ 
     115        Test loading an ascii data file with nan values saved in x, y, or dy. 
     116        """ 
     117        f_1d = self.loader.load(find("nans_in_1d_data.dat"))[0] 
     118        f_2d = self.loader.load(find("nans_in_2d_data.DAT"))[0] 
     119        for i in range(0, len(f_1d.x) - 1): 
     120            self.assertFalse(math.isnan(f_1d.x[i])) 
     121            self.assertFalse(math.isnan(f_1d.y[i])) 
     122            self.assertFalse(math.isnan(f_1d.dy[i])) 
     123        f_2d.data = f_2d.data.flatten() 
     124        f_2d.qx_data = f_2d.qx_data.flatten() 
     125        f_2d.qy_data = f_2d.qy_data.flatten() 
     126        for i in range(0, len(f_2d.data) - 1): 
     127            self.assertFalse(math.isnan(f_2d.data[i])) 
     128            self.assertFalse(math.isnan(f_2d.qx_data[i])) 
     129            self.assertFalse(math.isnan(f_2d.qy_data[i])) 
     130 
     131 
    112132if __name__ == '__main__': 
    113133    unittest.main() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r61f329f0 r18af6d2  
    3838    # CanSAS version 
    3939    cansas_version = 2.0 
    40     # Logged warnings or messages 
    41     logging = None 
    42     # List of errors for the current data set 
    43     errors = None 
    44     # Raw file contents to be processed 
    45     raw_data = None 
    46     # List of plottable1D objects that should be linked to the current_datainfo 
    47     data1d = None 
    48     # List of plottable2D objects that should be linked to the current_datainfo 
    49     data2d = None 
    5040    # Data type name 
    5141    type_name = "CanSAS 2.0" 
    … …  
    111101        self.errors = set() 
    112102        self.logging = [] 
     103        self.q_name = [] 
     104        self.mask_name = u'' 
     105        self.i_name = u'' 
     106        self.i_node = u'' 
     107        self.q_uncertainties = u'' 
     108        self.q_resolutions = u'' 
     109        self.i_uncertainties = u'' 
    113110        self.parent_class = u'' 
    114111        self.detector = Detector() 
    … …  
    147144                    self.add_data_set(key) 
    148145                elif class_prog.match(u'SASdata'): 
     146                    self._find_data_attributes(value) 
    149147                    self._initialize_new_data_set(parent_list) 
    150148                # Recursion step to access data within the group 
    … …  
    159157                data_set = data[key][:] 
    160158                unit = self._get_unit(value) 
    161  
    162                 # I and Q Data 
    163                 if key == u'I': 
    164                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    165                         self.current_dataset.data = data_set 
    166                         self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
    167                     else: 
    168                         self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
    169                         self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    170                     continue 
    171                 elif key == u'Idev': 
    172                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    173                         self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
    174                     else: 
    175                         self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
    176                     continue 
    177                 elif key == u'Q': 
    178                     self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    179                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    180                         self.current_dataset.q = data_set.flatten() 
    181                     else: 
    182                         self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
    183                     continue 
    184                 elif key == u'Qdev': 
    185                     self.current_dataset.dx = data_set.flatten() 
    186                     continue 
    187                 elif key == u'dQw': 
    188                     self.current_dataset.dxw = data_set.flatten() 
    189                     continue 
    190                 elif key == u'dQl': 
    191                     self.current_dataset.dxl = data_set.flatten() 
    192                     continue 
    193                 elif key == u'Qy': 
    194                     self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
    195                     self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
    196                     continue 
    197                 elif key == u'Qydev': 
    198                     self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
    199                     continue 
    200                 elif key == u'Qx': 
    201                     self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
    202                     self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
    203                     continue 
    204                 elif key == u'Qxdev': 
    205                     self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
    206                     continue 
    207                 elif key == u'Mask': 
    208                     self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
    209                     continue 
    210                 # Transmission Spectrum 
    211                 elif (key == u'T' 
    212                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    213                     self.trans_spectrum.transmission = data_set.flatten() 
    214                     continue 
    215                 elif (key == u'Tdev' 
    216                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    217                     self.trans_spectrum.transmission_deviation = \ 
    218                         data_set.flatten() 
    219                     continue 
    220                 elif (key == u'lambda' 
    221                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    222                     self.trans_spectrum.wavelength = data_set.flatten() 
    223                     continue 
    224159 
    225160                for data_point in data_set: 
    … …  
    232167                    if key == u'definition': 
    233168                        self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_point 
     169                    # Run 
    234170                    elif key == u'run': 
    235171                        self.current_datainfo.run.append(data_point) 
    … …  
    240176                        except Exception: 
    241177                            pass 
     178                    # Title 
    242179                    elif key == u'title': 
    243180                        self.current_datainfo.title = data_point 
     181                    # Note 
    244182                    elif key == u'SASnote': 
    245183                        self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    246  
    247184                    # Sample Information 
    248                     # CanSAS 2.0 format 
    249                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
    250                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    251                     # NXcanSAS format 
    252                     elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASsample': 
    253                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    254                     # NXcanSAS format 
    255                     elif key == u'ID' and self.parent_class == u'SASsample': 
    256                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    257                     elif (key == u'thickness' 
    258                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    259                         self.current_datainfo.sample.thickness = data_point 
    260                     elif (key == u'temperature' 
    261                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    262                         self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
    263                     elif (key == u'transmission' 
    264                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    265                         self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
    266                     elif (key == u'x_position' 
    267                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    268                         self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
    269                     elif (key == u'y_position' 
    270                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    271                         self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
    272                     elif key == u'pitch' and self.parent_class == u'SASsample': 
    273                         self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
    274                     elif key == u'yaw' and self.parent_class == u'SASsample': 
    275                         self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point 
    276                     elif key == u'roll' and self.parent_class == u'SASsample': 
    277                         self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
    278                     elif (key == u'details' 
    279                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    280                         self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
    281  
     185                    elif self.parent_class == u'SASsample': 
     186                        self.process_sample(data_point, key) 
    282187                    # Instrumental Information 
    283188                    elif (key == u'name' 
    284189                          and self.parent_class == u'SASinstrument'): 
    285190                        self.current_datainfo.instrument = data_point 
    286                     elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    287                         self.detector.name = data_point 
    288                     elif key == u'SDD' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    289                         self.detector.distance = float(data_point) 
    290                         self.detector.distance_unit = unit 
    291                     elif (key == u'slit_length' 
    292                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    293                         self.detector.slit_length = float(data_point) 
    294                         self.detector.slit_length_unit = unit 
    295                     elif (key == u'x_position' 
    296                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    297                         self.detector.offset.x = float(data_point) 
    298                         self.detector.offset_unit = unit 
    299                     elif (key == u'y_position' 
    300                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    301                         self.detector.offset.y = float(data_point) 
    302                         self.detector.offset_unit = unit 
    303                     elif (key == u'pitch' 
    304                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    305                         self.detector.orientation.x = float(data_point) 
    306                         self.detector.orientation_unit = unit 
    307                     elif key == u'roll' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    308                         self.detector.orientation.z = float(data_point) 
    309                         self.detector.orientation_unit = unit 
    310                     elif key == u'yaw' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    311                         self.detector.orientation.y = float(data_point) 
    312                         self.detector.orientation_unit = unit 
    313                     elif (key == u'beam_center_x' 
    314                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    315                         self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
    316                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    317                     elif (key == u'beam_center_y' 
    318                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    319                         self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
    320                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    321                     elif (key == u'x_pixel_size' 
    322                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    323                         self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
    324                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    325                     elif (key == u'y_pixel_size' 
    326                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    327                         self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
    328                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    329                     elif (key == u'distance' 
    330                           and self.parent_class == u'SAScollimation'): 
    331                         self.collimation.length = data_point 
    332                         self.collimation.length_unit = unit 
    333                     elif (key == u'name' 
    334                           and self.parent_class == u'SAScollimation'): 
    335                         self.collimation.name = data_point 
    336                     elif (key == u'shape' 
    337                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    338                         self.aperture.shape = data_point 
    339                     elif (key == u'x_gap' 
    340                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    341                         self.aperture.size.x = data_point 
    342                     elif (key == u'y_gap' 
    343                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    344                         self.aperture.size.y = data_point 
    345  
     191                    # Detector 
     192                    elif self.parent_class == u'SASdetector': 
     193                        self.process_detector(data_point, key, unit) 
     194                    # Collimation 
     195                    elif self.parent_class == u'SAScollimation': 
     196                        self.process_collimation(data_point, key, unit) 
     197                    # Aperture 
     198                    elif self.parent_class == u'SASaperture': 
     199                        self.process_aperture(data_point, key) 
    346200                    # Process Information 
    347                     elif (key == u'Title' 
    348                           and self.parent_class == u'SASprocess'): # CanSAS 2.0 
    349                         self.process.name = data_point 
    350                     elif (key == u'name' 
    351                           and self.parent_class == u'SASprocess'): # NXcanSAS 
    352                         self.process.name = data_point 
    353                     elif (key == u'description' 
    354                           and self.parent_class == u'SASprocess'): 
    355                         self.process.description = data_point 
    356                     elif key == u'date' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    357                         self.process.date = data_point 
    358                     elif key == u'term' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    359                         self.process.term = data_point 
    360                     elif self.parent_class == u'SASprocess': 
    361                         self.process.notes.append(data_point) 
    362  
     201                    elif self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 
     202                        self.process_process(data_point, key) 
    363203                    # Source 
    364                     elif (key == u'wavelength' 
    365                           and self.parent_class == u'SASdata'): 
    366                         self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    367                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    368                     elif (key == u'incident_wavelength' 
    369                           and self.parent_class == 'SASsource'): 
    370                         self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    371                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    372                     elif (key == u'wavelength_max' 
    373                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    374                         self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
    375                         self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
    376                     elif (key == u'wavelength_min' 
    377                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    378                         self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
    379                         self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
    380                     elif (key == u'incident_wavelength_spread' 
    381                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    382                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread = \ 
    383                             data_point 
    384                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = \ 
    385                             unit 
    386                     elif (key == u'beam_size_x' 
    387                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    388                         self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
    389                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    390                     elif (key == u'beam_size_y' 
    391                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    392                         self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
    393                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    394                     elif (key == u'beam_shape' 
    395                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    396                         self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
    397                     elif (key == u'radiation' 
    398                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    399                         self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
    400                     elif (key == u'transmission' 
    401                           and self.parent_class == u'SASdata'): 
    402                         self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
    403  
     204                    elif self.parent_class == u'SASsource': 
     205                        self.process_source(data_point, key, unit) 
    404206                    # Everything else goes in meta_data 
     207                    elif self.parent_class == u'SASdata': 
     208                        self.process_data_object(data_set, key, unit) 
     209                        break 
     210                    elif self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum': 
     211                        self.process_trans_spectrum(data_set, key) 
     212                        break 
    405213                    else: 
    406214                        new_key = self._create_unique_key( 
    … …  
    411219                # I don't know if this reachable code 
    412220                self.errors.add("ShouldNeverHappenException") 
     221 
     222    def process_data_object(self, data_set, key, unit): 
     223        """ 
     224        SASdata processor method 
     225        :param data_set: data from HDF5 file 
     226        :param key: canSAS_class attribute 
     227        :param unit: unit attribute 
     228        """ 
     229        if key == self.i_name: 
     230            if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     231                self.current_dataset.data = data_set 
     232                self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
     233            else: 
     234                self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
     235                self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     236        elif key == self.i_uncertainties: 
     237            if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     238                self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
     239            else: 
     240                self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
     241        elif key in self.q_name: 
     242            self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     243            if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     244                self.current_dataset.q = data_set.flatten() 
     245            else: 
     246                self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
     247        elif key in self.q_resolutions: 
     248            if key == u'dQw': 
     249                self.current_dataset.dxw = data_set.flatten() 
     250            elif key == u'dQl': 
     251                self.current_dataset.dxl = data_set.flatten() 
     252            else: 
     253                self.current_dataset.dx = data_set.flatten() 
     254        elif key == u'Qy': 
     255            self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
     256            self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
     257        elif key == u'Qydev': 
     258            self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
     259        elif key == u'Qx': 
     260            self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
     261            self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
     262        elif key == u'Qxdev': 
     263            self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
     264        elif key == self.mask_name: 
     265            self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
     266        elif key == u'wavelength': 
     267            self.current_datainfo.source.wavelength = data_set[0] 
     268            self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     269 
     270    def process_trans_spectrum(self, data_set, key): 
     271        """ 
     272        SAStransmission_spectrum processor 
     273        :param data_set: data from HDF5 file 
     274        :param key: canSAS_class attribute 
     275        """ 
     276        if key == u'T': 
     277            self.trans_spectrum.transmission = data_set.flatten() 
     278        elif key == u'Tdev': 
     279            self.trans_spectrum.transmission_deviation = data_set.flatten() 
     280        elif key == u'lambda': 
     281            self.trans_spectrum.wavelength = data_set.flatten() 
     282 
     283    def process_sample(self, data_point, key): 
     284        """ 
     285        SASsample processor 
     286        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     287        :param key: class name data_point was taken from 
     288        """ 
     289        if key == u'Title': 
     290            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     291        elif key == u'name': 
     292            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     293        elif key == u'ID': 
     294            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     295        elif key == u'thickness': 
     296            self.current_datainfo.sample.thickness = data_point 
     297        elif key == u'temperature': 
     298            self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
     299        elif key == u'transmission': 
     300            self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
     301        elif key == u'x_position': 
     302            self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
     303        elif key == u'y_position': 
     304            self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
     305        elif key == u'pitch': 
     306            self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
     307        elif key == u'yaw': 
     308            self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point 
     309        elif key == u'roll': 
     310            self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
     311        elif key == u'details': 
     312            self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
     313 
     314    def process_detector(self, data_point, key, unit): 
     315        """ 
     316        SASdetector processor 
     317        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     318        :param key: class name data_point was taken from 
     319        :param unit: unit attribute from data set 
     320        """ 
     321        if key == u'name': 
     322            self.detector.name = data_point 
     323        elif key == u'SDD': 
     324            self.detector.distance = float(data_point) 
     325            self.detector.distance_unit = unit 
     326        elif key == u'slit_length': 
     327            self.detector.slit_length = float(data_point) 
     328            self.detector.slit_length_unit = unit 
     329        elif key == u'x_position': 
     330            self.detector.offset.x = float(data_point) 
     331            self.detector.offset_unit = unit 
     332        elif key == u'y_position': 
     333            self.detector.offset.y = float(data_point) 
     334            self.detector.offset_unit = unit 
     335        elif key == u'pitch': 
     336            self.detector.orientation.x = float(data_point) 
     337            self.detector.orientation_unit = unit 
     338        elif key == u'roll': 
     339            self.detector.orientation.z = float(data_point) 
     340            self.detector.orientation_unit = unit 
     341        elif key == u'yaw': 
     342            self.detector.orientation.y = float(data_point) 
     343            self.detector.orientation_unit = unit 
     344        elif key == u'beam_center_x': 
     345            self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
     346            self.detector.beam_center_unit = unit 
     347        elif key == u'beam_center_y': 
     348            self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
     349            self.detector.beam_center_unit = unit 
     350        elif key == u'x_pixel_size': 
     351            self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
     352            self.detector.pixel_size_unit = unit 
     353        elif key == u'y_pixel_size': 
     354            self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
     355            self.detector.pixel_size_unit = unit 
     356 
     357    def process_collimation(self, data_point, key, unit): 
     358        """ 
     359        SAScollimation processor 
     360        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     361        :param key: class name data_point was taken from 
     362        :param unit: unit attribute from data set 
     363        """ 
     364        if key == u'distance': 
     365            self.collimation.length = data_point 
     366            self.collimation.length_unit = unit 
     367        elif key == u'name': 
     368            self.collimation.name = data_point 
     369 
     370    def process_aperture(self, data_point, key): 
     371        """ 
     372        SASaperture processor 
     373        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     374        :param key: class name data_point was taken from 
     375        """ 
     376        if key == u'shape': 
     377            self.aperture.shape = data_point 
     378        elif key == u'x_gap': 
     379            self.aperture.size.x = data_point 
     380        elif key == u'y_gap': 
     381            self.aperture.size.y = data_point 
     382 
     383    def process_source(self, data_point, key, unit): 
     384        """ 
     385        SASsource processor 
     386        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     387        :param key: class name data_point was taken from 
     388        :param unit: unit attribute from data set 
     389        """ 
     390        if key == u'incident_wavelength': 
     391            self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
     392            self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     393        elif key == u'wavelength_max': 
     394            self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
     395            self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
     396        elif key == u'wavelength_min': 
     397            self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
     398            self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
     399        elif key == u'incident_wavelength_spread': 
     400            self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point 
     401            self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit 
     402        elif key == u'beam_size_x': 
     403            self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
     404            self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     405        elif key == u'beam_size_y': 
     406            self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
     407            self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     408        elif key == u'beam_shape': 
     409            self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
     410        elif key == u'radiation': 
     411            self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
     412 
     413    def process_process(self, data_point, key): 
     414        """ 
     415        SASprocess processor 
     416        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     417        :param key: class name data_point was taken from 
     418        """ 
     419        if key == u'Title':  # CanSAS 2.0 
     420            self.process.name = data_point 
     421        elif key == u'name':  # NXcanSAS 
     422            self.process.name = data_point 
     423        elif key == u'description': 
     424            self.process.description = data_point 
     425        elif key == u'date': 
     426            self.process.date = data_point 
     427        elif key == u'term': 
     428            self.process.term = data_point 
     429        else: 
     430            self.process.notes.append(data_point) 
    413431 
    414432    def add_intermediate(self): 
    … …  
    515533        self.current_datainfo = DataInfo() 
    516534 
    517  
    518535    def _initialize_new_data_set(self, parent_list=None): 
    519536        """ 
    … …  
    534551            self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    535552        self.current_datainfo.filename = self.raw_data.filename 
     553        self.mask_name = "" 
     554        self.i_name = "" 
     555        self.i_node = "" 
     556        self.q_name = [] 
     557        self.q_uncertainties = "" 
     558        self.q_resolutions = "" 
     559        self.i_uncertainties = "" 
     560 
     561    def _find_data_attributes(self, value): 
     562        """ 
     563        A class to find the indices for Q, the name of the Qdev and Idev, and 
     564        the name of the mask. 
     565        :param value: SASdata/NXdata HDF5 Group 
     566        """ 
     567        attrs = value.attrs 
     568        signal = attrs.get("signal") 
     569        i_axes = np.array(str(attrs.get("I_axes")).split(",")) 
     570        q_indices = np.int_(attrs.get("Q_indices").split(",")) 
     571        keys = value.keys() 
     572        self.mask_name = attrs.get("mask") 
     573        for val in q_indices: 
     574            self.q_name.append(i_axes[val]) 
     575        self.i_name = signal 
     576        self.i_node = value.get(self.i_name) 
     577        for item in self.q_name: 
     578            if item in keys: 
     579                q_vals = value.get(item) 
     580                self.q_uncertainties = q_vals.attrs.get("uncertainty") 
     581                self.q_resolutions = q_vals.attrs.get("resolution") 
     582        if self.i_name in keys: 
     583            i_vals = value.get(self.i_name) 
     584            self.i_uncertainties = i_vals.attrs.get("uncertainty") 
    536585 
    537586    def _find_intermediate(self, parent_list, basename=""): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.