source: sasview/test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py @ f53d684

magnetic_scattrelease-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since f53d684 was f53d684, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 7 years ago

Make tests work from any directory and functional without special runner script (#124)
  • Property mode set to 100644
File size: 13.8 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for data manipulations
3"""
4from __future__ import print_function
5
6import unittest
7import numpy as np
8from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader
9from sas.sascalc.dataloader.readers.abs_reader import Reader as AbsReader
10from sas.sascalc.dataloader.readers.danse_reader import Reader as DANSEReader
11from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader as CANSASReader
12
13from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D
14
15import os.path
16
17
18def find(filename):
19    return os.path.join(os.path.dirname(__file__), filename)
20
21
22class abs_reader(unittest.TestCase):
23
24    def setUp(self):
25        reader = AbsReader()
26        self.data_list = reader.read(find("jan08002.ABS"))
27        self.data = self.data_list[0]
28
29    def test_abs_checkdata(self):
30        """
31            Check the data content to see whether
32            it matches the specific file we loaded.
33            Check the units too to see whether the
34            Data1D defaults changed. Otherwise the
35            tests won't pass
36        """
37        self.assertEqual(os.path.basename(self.data.filename), "jan08002.ABS")
38        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "IGOR 1D")
39
40        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
41        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6.0)
42
43        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
44        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 1000.0)
45
46        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.5667)
47
48        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
49        center_x = 114.58*5.08
50        center_y = 64.22*5.08
51        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
52        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
53
54        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
55        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.002618)
56        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.007854)
57        self.assertEqual(self.data.x[2], 0.01309)
58        self.assertEqual(self.data.x[126], 0.5828)
59
60        self.assertEqual(self.data.y[0], 0.02198)
61        self.assertEqual(self.data.y[1], 0.02201)
62        self.assertEqual(self.data.y[2], 0.02695)
63        self.assertEqual(self.data.y[126], 0.2958)
64
65        self.assertEqual(self.data.dy[0], 0.002704)
66        self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.001643)
67        self.assertEqual(self.data.dy[2], 0.002452)
68        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
69
70    def test_checkdata2(self):
71        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
72
73    def test_generic_loader(self):
74        # the generic loader should work as well
75        data = Loader().load(find("jan08002.ABS"))
76        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "IGOR 1D")
77
78class DanseReaderTests(unittest.TestCase):
79
80    def setUp(self):
81        reader = DANSEReader()
82        self.data_list = reader.read(find("MP_New.sans"))
83        self.data = self.data_list[0]
84
85    def test_checkdata(self):
86        """
87            Check the data content to see whether
88            it matches the specific file we loaded.
89            Check the units too to see whether the
90            Data1D defaults changed. Otherwise the
91            tests won't pass
92        """
93        self.assertEqual(len(self.data_list), 1)
94        self.assertEqual(os.path.basename(self.data.filename), "MP_New.sans")
95        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE")
96
97        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
98        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 7.5)
99
100        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
101        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].distance, 5414.99, 3)
102
103        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
104        center_x = 68.74*5.0
105        center_y = 64.77*5.0
106        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
107        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
108
109        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm')
110        self.assertEqual(self.data.data[0], 1.57831)
111        self.assertEqual(self.data.data[1], 2.70983)
112        self.assertEqual(self.data.data[2], 3.83422)
113
114        self.assertEqual(self.data.err_data[0], 1.37607)
115        self.assertEqual(self.data.err_data[1], 1.77569)
116        self.assertEqual(self.data.err_data[2], 2.06313)
117
118    def test_generic_loader(self):
119        # the generic loader should work as well
120        data = Loader().load(find("MP_New.sans"))
121        self.assertEqual(len(data), 1)
122        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "DANSE")
123
124
125class cansas_reader(unittest.TestCase):
126
127    def setUp(self):
128        reader = CANSASReader()
129        self.data_list = reader.read(find("cansas1d.xml"))
130        self.data = self.data_list[0]
131
132    def test_generic_loader(self):
133        # the generic loader should work as well
134        data = Loader().load(find("cansas1d.xml"))
135        self.assertEqual(len(data), 1)
136        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
137
138    def test_cansas_checkdata(self):
139        self.assertEqual(os.path.basename(self.data.filename), "cansas1d.xml")
140        self._checkdata()
141
142    def _checkdata(self):
143        """
144            Check the data content to see whether
145            it matches the specific file we loaded.
146            Check the units too to see whether the
147            Data1D defaults changed. Otherwise the
148            tests won't pass
149        """
150        self.assertEqual(len(self.data_list), 1)
151        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
152        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
153
154        # Data
155        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
156        self.assertEqual(self.data.x_unit, 'A^{-1}')
157        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
158        self.assertAlmostEqual(self.data.x[0], 0.02, 6)
159        self.assertAlmostEqual(self.data.y[0], 1000, 6)
160        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[0], 0.01, 6)
161        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[0], 3, 6)
162        self.assertAlmostEqual(self.data.x[1], 0.03, 6)
163        self.assertAlmostEqual(self.data.y[1], 1001.0)
164        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[1], 0.02, 6)
165        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[1], 4, 6)
166        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
167        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
168
169        # Sample info
170        self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long")
171        self.assertEqual(self.data.sample.name, "my sample")
172        self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm')
173        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 1.03)
174
175        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
176
177        self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C')
178        self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0)
179
180        self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm')
181        self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10)
182        self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0)
183
184        self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree')
185        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5, 6)
186        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02, 6)
187
188        self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720")
189        self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here")
190
191        # Instrument info
192        self.assertEqual(self.data.instrument, "canSAS instrument")
193
194        # Source
195        self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron")
196
197        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm")
198        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_name, "bm")
199        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12)
200        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 13)
201
202        self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc")
203
204        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A")
205        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6)
206
207        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm")
208        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0)
209        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm")
210        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22)
211        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent")
212        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3)
213
214        # Collimation
215        _found1 = False
216        _found2 = False
217        self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.)
218        self.assertEqual(self.data.collimation[0].name, 'test coll name')
219
220        for item in self.data.collimation[0].aperture:
221            self.assertEqual(item.size_unit,'mm')
222            self.assertEqual(item.distance_unit,'mm')
223
224            if item.size.x == 50 \
225                and item.distance == 11000.0 \
226                and item.name == 'source' \
227                and item.type == 'radius':
228                _found1 = True
229            elif item.size.x == 1.0 \
230                and item.name == 'sample' \
231                and item.type == 'radius':
232                _found2 = True
233
234        if not _found1 or not _found2:
235            raise RuntimeError("Could not find all data %s %s"
236                               % (_found1, _found2))
237
238        # Detector
239        self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid")
240        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "mm")
241        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4150)
242
243        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree")
244        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0, 6)
245        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0)
246        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0)
247
248        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m")
249        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .001)
250        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .002)
251        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None)
252
253        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm")
254        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64)
255        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68)
256        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None)
257
258        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm")
259        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5)
260        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5)
261        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None)
262
263        # Process
264        _found_term1 = False
265        _found_term2 = False
266        for item in self.data.process:
267            self.assertTrue(item.name in ['NCNR-IGOR', 'spol'])
268            self.assertTrue(item.date in ['04-Sep-2007 18:35:02',
269                                          '03-SEP-2006 11:42:47'])
270            for t in item.term:
271                if (t['name'] == "ABS:DSTAND"
272                    and t['unit'] == 'mm'
273                    and float(t['value']) == 1.0):
274                    _found_term2 = True
275                elif (t['name'] == "radialstep"
276                      and t['unit'] == 'mm'
277                      and float(t['value']) == 10.0):
278                    _found_term1 = True
279
280        if not _found_term1 or not _found_term2:
281            raise RuntimeError("Could not find all process terms %s %s"
282                               % (_found_term1, _found_term2))
283
284    def test_writer(self):
285        r = CANSASReader()
286
287        filename = "write_test.xml"
288        r.write(find(filename), self.data)
289        data = Loader().load(find(filename))
290        self.data = data[0]
291        self.assertEqual(len(data), 1)
292        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
293        self._checkdata()
294        if os.path.isfile(filename):
295            os.remove(filename)
296
297    def test_units(self):
298        """
299            Check units.
300            Note that not all units are available.
301        """
302        filename = "cansas1d_units.xml"
303        data = CANSASReader().read(find(filename))
304        self.data = data[0]
305        self.assertEqual(len(data), 1)
306        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
307        self._checkdata()
308
309    def test_badunits(self):
310        """
311            Check units.
312            Note that not all units are available.
313        """
314        filename = "cansas1d_badunits.xml"
315        data = CANSASReader().read(find(filename))
316        self.data = data[0]
317        self.assertEqual(len(data), 1)
318        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
319        # The followed should not have been loaded
320        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 0.00103)
321        # This one should
322        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
323
324        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
325        self.assertEqual(len(self.data.errors), 0)
326
327    def test_slits(self):
328        """
329            Check slit data
330        """
331        filename = "cansas1d_slit.xml"
332        data = CANSASReader().read(find(filename))
333        self.data = data[0]
334        self.assertEqual(len(data), 1)
335        self.assertEqual(len(self.data_list), 1)
336        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
337        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
338
339        # Data
340        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
341        self.assertEqual(self.data.x_unit, 'A^{-1}')
342        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
343        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.02)
344        self.assertEqual(self.data.y[0], 1000)
345        self.assertEqual(self.data.dxl[0], 0.005)
346        self.assertEqual(self.data.dxw[0], 0.001)
347        self.assertEqual(self.data.dy[0], 3)
348        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.03)
349        self.assertAlmostEquals(self.data.y[1], 1001.0)
350        self.assertEqual(self.data.dxl[1], 0.005)
351        self.assertEqual(self.data.dxw[1], 0.001)
352        self.assertEqual(self.data.dy[1], 4)
353        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
354        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
355
356
357if __name__ == '__main__':
358    unittest.main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.