Changeset 574adc7 in sasview for src/sas/sascalc/dataloader/readers


Ignore:
Timestamp:
Sep 22, 2017 4:01:32 PM (7 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
34d7b35
Parents:
9706d88
Message:

convert sascalc to python 2/3 syntax

Location:
src/sas/sascalc/dataloader/readers
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/__init__.py

    r7a5d066 r574adc7  
    11# Method to associate extensions to default readers 
    2 from associations import read_associations 
     2from .associations import read_associations 
    33 
    44 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    rad92c5a r574adc7  
    3131    # List of allowed extensions 
    3232    ext = ['.abs'] 
    33      
     33 
    3434    def get_file_contents(self): 
    35         """  
     35        """ 
    3636        Get the contents of the file 
    37          
     37 
    3838        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    3939        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    rf994e8b1 r574adc7  
    130130                # Reset # of lines of data candidates 
    131131                candidate_lines = 0 
    132          
     132 
    133133        if not is_data: 
    134134            self.set_all_to_none() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    rce8c7bd r574adc7  
    4040    """ 
    4141    # For each FileType entry, get the associated reader and extension 
    42     for ext, reader in settings.iteritems(): 
     42    for ext, reader in settings.items(): 
    4343        if reader is not None and ext is not None: 
    4444            # Associate the extension with a particular reader 
    … …  
    4747            # and remove the extra line below. 
    4848            try: 
    49                 exec "import %s" % reader 
    50                 exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.lower(), 
    51                                                                 reader) 
    52                 exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.upper(), 
    53                                                                 reader) 
     49                exec("from . import %s" % reader) 
     50                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     51                     % (ext.lower(), reader)) 
     52                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     53                     % (ext.upper(), reader)) 
    5454            except: 
    5555                msg = "read_associations: skipping association" 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rae69c690 r574adc7  
    11import logging 
    2 import numpy as np 
    32import os 
    43import sys 
    54import datetime 
    65import inspect 
    7 # For saving individual sections of data 
    8 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
    9     plottable_1D, plottable_2D 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
    11     Detector, Process, Aperture 
    12 from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
    13     combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    14 import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    15 from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    16 from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    17 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, \ 
    18     DefaultReaderException, DataReaderException 
     6 
     7import numpy as np 
    198 
    209# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either. 
    … …  
    2312 
    2413from lxml import etree 
     14 
     15from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     16 
     17# For saving individual sections of data 
     18from ..data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D, \ 
     19    Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture, \ 
     20    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     21from ..loader_exceptions import FileContentsException, DefaultReaderException, \ 
     22    DataReaderException 
     23from . import xml_reader 
     24from .xml_reader import XMLreader 
     25from .cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    2526 
    2627logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    3435              "as much of the data as possible.\n\n" 
    3536HAS_CONVERTER = True 
    36 try: 
    37     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    38 except ImportError: 
    39     HAS_CONVERTER = False 
    4037 
    4138CONSTANTS = CansasConstants() 
    … …  
    163160                raise fc_exc 
    164161        except Exception as e: # Convert all other exceptions to FileContentsExceptions 
    165             raise FileContentsException(e.message) 
     162            raise 
     163            raise FileContentsException(str(e)) 
    166164 
    167165 
    … …  
    632630                else: 
    633631                    save_in = "current_datainfo" 
    634                 exec "default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname) 
    635                 if local_unit and default_unit and local_unit.lower() != default_unit.lower() \ 
    636                         and local_unit.lower() != "none": 
    637                     if HAS_CONVERTER == True: 
     632                exec("default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname)) 
     633                if (local_unit and default_unit 
     634                        and local_unit.lower() != default_unit.lower() 
     635                        and local_unit.lower() != "none"): 
     636                    if HAS_CONVERTER: 
    638637                        # Check local units - bad units raise KeyError 
    639638                        data_conv_q = Converter(local_unit) 
    … …  
    654653                    err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
    655654                value_unit = local_unit 
    656             except: 
     655            except Exception: 
    657656                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting " 
    658657                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]" 
    … …  
    908907        point = self.create_element("Idata") 
    909908        node.append(point) 
    910         qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))]) 
    911         qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))]) 
    912         intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))]) 
     909        qx = ','.join(str(v) for v in datainfo.qx_data) 
     910        qy = ','.join(str(v) for v in datainfo.qy_data) 
     911        intensity = ','.join(str(v) for v in datainfo.data) 
    913912 
    914913        self.write_node(point, "Qx", qx, 
    … …  
    919918                        {'unit': datainfo._zunit}) 
    920919        if datainfo.err_data is not None: 
    921             err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in 
    922                             xrange(len(datainfo.err_data))]) 
     920            err = ','.join(str(v) for v in datainfo.err_data) 
    923921            self.write_node(point, "Idev", err, 
    924922                            {'unit': datainfo._zunit}) 
    925923        if datainfo.dqy_data is not None: 
    926             dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in 
    927                             xrange(len(datainfo.dqy_data))]) 
     924            dqy = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqy_data) 
    928925            self.write_node(point, "Qydev", dqy, 
    929926                            {'unit': datainfo._yunit}) 
    930927        if datainfo.dqx_data is not None: 
    931             dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in 
    932                             xrange(len(datainfo.dqx_data))]) 
     928            dqx = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqx_data) 
    933929            self.write_node(point, "Qxdev", dqx, 
    934930                            {'unit': datainfo._xunit}) 
    935931        if datainfo.mask is not None: 
    936             mask = ','.join( 
    937                 ["1" if datainfo.mask[i] else "0" 
    938                  for i in xrange(len(datainfo.mask))]) 
     932            mask = ','.join("1" if v else "0" for v in datainfo.mask) 
    939933            self.write_node(point, "Mask", mask) 
    940934 
    … …  
    12801274        try: 
    12811275            value = float(entry.text) 
    1282         except: 
     1276        except ValueError: 
    12831277            value = None 
    12841278 
    … …  
    12891283            if units is not None: 
    12901284                toks = variable.split('.') 
    1291                 local_unit = None 
    1292                 exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0] 
     1285                exec("local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]) 
    12931286                if local_unit is not None and units.lower() != local_unit.lower(): 
    12941287                    if HAS_CONVERTER == True: 
    12951288                        try: 
    12961289                            conv = Converter(units) 
    1297                             exec "storage.%s = %g" % \ 
    1298                                 (variable, conv(value, units=local_unit)) 
    1299                         except: 
     1290                            exec("storage.%s = %g" % 
     1291-                                (variable, conv(value, units=local_unit))) 
     1292                        except Exception: 
    13001293                            _, exc_value, _ = sys.exc_info() 
    13011294                            err_mess = "CanSAS reader: could not convert" 
    … …  
    13061299                                logger.info(err_mess) 
    13071300                            else: 
    1308                                 raise ValueError, err_mess 
     1301                                raise ValueError(err_mess) 
    13091302                    else: 
    13101303                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\ 
    … …  
    13151308                            logger.info(err_mess) 
    13161309                        else: 
    1317                             raise ValueError, err_mess 
     1310                            raise ValueError(err_mess) 
    13181311                else: 
    1319                     exec "storage.%s = value" % variable 
     1312                    exec("storage.%s = value" % variable) 
    13201313            else: 
    1321                 exec "storage.%s = value" % variable 
     1314                exec("storage.%s = value" % variable) 
    13221315 
    13231316    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states. 
    … …  
    13391332        entry = get_content(location, node) 
    13401333        if entry is not None and entry.text is not None: 
    1341             exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable 
     1334            exec("storage.%s = entry.text.strip()" % variable) 
    13421335 
    13431336# DO NOT REMOVE Called by outside packages: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    ra78a02f r574adc7  
    1414import math 
    1515import os 
     16import logging 
     17 
    1618import numpy as np 
    17 import logging 
    18 from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
    19 from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    20 from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    21 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
     19 
     20from ..data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
     21from ..manipulations import reader2D_converter 
     22from ..file_reader_base_class import FileReader 
     23from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    2224 
    2325logger = logging.getLogger(__name__) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    rbe43448 r574adc7  
    66    Jurrian Bakker 
    77""" 
     8import os 
     9 
    810import numpy as np 
    9 import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    11 from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_1D, DataInfo 
    12 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
     11 
     12from ..file_reader_base_class import FileReader 
     13from ..data_info import plottable_1D, DataInfo 
     14from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    1315 
    1416# Check whether we have a converter available 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r959eb01 r574adc7  
    22#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    33#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    4 #project funded by the US National Science Foundation.  
     4#project funded by the US National Science Foundation. 
    55#See the license text in license.txt 
    66#copyright 2008, University of Tennessee 
    … …  
    3131    ## Extension 
    3232    ext = ['.tif', '.tiff'] 
    33          
     33 
    3434    def read(self, filename=None): 
    3535        """ 
    3636        Open and read the data in a file 
    37          
     37 
    3838        :param file: path of the file 
    3939        """ 
    … …  
    4444        except: 
    4545            msg = "tiff_reader: could not load file. Missing Image module." 
    46             raise RuntimeError, msg 
    47          
     46            raise RuntimeError(msg) 
     47 
    4848        # Instantiate data object 
    4949        output = Data2D() 
    5050        output.filename = os.path.basename(filename) 
    51              
     51 
    5252        # Read in the image 
    5353        try: 
    5454            im = Image.open(filename) 
    5555        except: 
    56             raise  RuntimeError, "cannot open %s"%(filename) 
     56            raise  RuntimeError("cannot open %s"%(filename)) 
    5757        data = im.getdata() 
    5858 
    … …  
    6161        output.err_data = np.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
    6262        output.mask = np.ones([im.size[0], im.size[1]], dtype=bool) 
    63          
     63 
    6464        # Initialize 
    6565        x_vals = [] 
    … …  
    6969        for i_x in range(im.size[0]): 
    7070            x_vals.append(i_x) 
    71              
     71 
    7272        itot = 0 
    7373        for i_y in range(im.size[1]): 
    … …  
    8080                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    8181                continue 
    82              
     82 
    8383            # Get bin number 
    8484            if math.fmod(itot, im.size[0]) == 0: 
    … …  
    8787            else: 
    8888                i_x += 1 
    89                  
     89 
    9090            output.data[im.size[1] - 1 - i_y][i_x] = value 
    91              
     91 
    9292            itot += 1 
    93                  
     93 
    9494        output.xbins = im.size[0] 
    9595        output.ybins = im.size[1] 
    … …  
    102102        output.ymin = 0 
    103103        output.ymax = im.size[0] - 1 
    104          
     104 
    105105        # Store loading process information 
    106106        output.meta_data['loader'] = self.type_name 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    rcd57c7d4 r574adc7  
    1616 
    1717import logging 
     18 
    1819from lxml import etree 
    1920from lxml.builder import E 
     21 
    2022from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    2123 
    … …  
    151153        Converts an etree element into a string 
    152154        """ 
    153         return etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, \ 
     155        return etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, 
    154156                              encoding=encoding) 
    155157 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.