Changeset 574adc7 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Sep 22, 2017 4:01:32 PM (7 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
34d7b35
Parents:
9706d88
Message:

convert sascalc to python 2/3 syntax

Files:
39 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/calculator/BaseComponent.py

    r9a5097c r574adc7  
    143143                qdist[1].__class__.__name__ != 'ndarray': 
    144144                msg = "evalDistribution expects a list of 2 ndarrays" 
    145                 raise RuntimeError, msg 
     145                raise RuntimeError(msg) 
    146146 
    147147            # Extract qx and qy for code clarity 
    … …  
    167167            mesg = "evalDistribution is expecting an ndarray of scalar q-values" 
    168168            mesg += " or a list [qx,qy] where qx,qy are 2D ndarrays." 
    169             raise RuntimeError, mesg 
     169            raise RuntimeError(mesg) 
    170170 
    171171 
    … …  
    228228                    return 
    229229 
    230         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     230        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    231231 
    232232    def getParam(self, name): 
    … …  
    250250                    return self.params[item] 
    251251 
    252         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     252        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    253253 
    254254    def getParamList(self): 
    … …  
    294294        add 
    295295        """ 
    296         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     296        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    297297    def __sub__(self, other): 
    298298        """ 
    299299        sub 
    300300        """ 
    301         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     301        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    302302    def __mul__(self, other): 
    303303        """ 
    304304        mul 
    305305        """ 
    306         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     306        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    307307    def __div__(self, other): 
    308308        """ 
    309309        div 
    310310        """ 
    311         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     311        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    312312 
    313313 

  • src/sas/sascalc/calculator/instrument.py

    r9a5097c r574adc7  
    222222        """ 
    223223        # check if the wavelength is in range 
    224         if min(band) < self.min or\ 
    225                 max(band) > self.max: 
    226             raise 
     224        if min(band) < self.min or max(band) > self.max: 
     225            raise ValueError("band out of range") 
    227226        self.band = band 
    228227 
    … …  
    239238        """ 
    240239        # check if the wavelength is in range 
    241         if wavelength < min(self.band) or\ 
    242                 wavelength > max(self.band): 
    243             raise 
     240        if wavelength < min(self.band) or wavelength > max(self.band): 
     241            raise ValueError("wavelength out of range") 
    244242        self.wavelength = wavelength 
    245243        validate(wavelength) 
    … …  
    324322            plt.show() 
    325323        except: 
    326             raise RuntimeError, "Can't import matplotlib required to plot..." 
     324            raise RuntimeError("Can't import matplotlib required to plot...") 
    327325 
    328326 

  • src/sas/sascalc/calculator/resolution_calculator.py

    r7432acb r574adc7  
    44instrumental parameters. 
    55""" 
    6 from instrument import Sample 
    7 from instrument import Detector 
    8 from instrument import TOF as Neutron 
    9 from instrument import Aperture 
    10 # import math stuffs 
    11 from math import pi 
    12 from math import sqrt 
     6import sys 
     7from math import pi, sqrt 
    138import math 
     9import logging 
     10 
    1411import numpy as np 
    15 import sys 
    16 import logging 
     12 
     13from .instrument import Sample 
     14from .instrument import Detector 
     15from .instrument import TOF as Neutron 
     16from .instrument import Aperture 
    1717 
    1818logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    208208        if wavelength == 0: 
    209209            msg = "Can't compute the resolution: the wavelength is zero..." 
    210             raise RuntimeError, msg 
     210            raise RuntimeError(msg) 
    211211        return self.intensity 
    212212 
    … …  
    379379        if qx_min < self.qx_min: 
    380380            self.qx_min = qx_min 
    381             #raise ValueError, msg 
     381            #raise ValueError(msg) 
    382382        if qx_max > self.qx_max: 
    383383            self.qx_max = qx_max 
    384             #raise ValueError, msg 
     384            #raise ValueError(msg) 
    385385        if qy_min < self.qy_min: 
    386386            self.qy_min = qy_min 
    387             #raise ValueError, msg 
     387            #raise ValueError(msg) 
    388388        if qy_max > self.qy_max: 
    389389            self.qy_max = qy_max 
    390             #raise ValueError, msg 
     390            #raise ValueError(msg) 
    391391        if not full_cal: 
    392392            return None 
    … …  
    503503        # otherwise 
    504504        else: 
    505             raise ValueError, " Improper input..." 
     505            raise ValueError(" Improper input...") 
    506506        # get them squared 
    507507        sigma = x_comp * x_comp 
    … …  
    706706            #self.set_wavelength(wavelength) 
    707707        else: 
    708             raise 
     708            raise TypeError("invalid wavlength---should be list or float") 
    709709 
    710710    def set_wave_spread(self, wavelength_spread): 
    … …  
    717717            self.wave.set_wave_spread_list([wavelength_spread]) 
    718718        else: 
    719             raise 
     719            raise TypeError("invalid wavelength spread---should be list or float") 
    720720 
    721721    def set_wavelength(self, wavelength): 
    … …  
    766766        """ 
    767767        if len(size) < 1 or len(size) > 2: 
    768             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     768            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    769769        self.aperture.set_source_size(size) 
    770770 
    … …  
    783783        """ 
    784784        if len(size) < 1 or len(size) > 2: 
    785             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     785            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    786786        self.aperture.set_sample_size(size) 
    787787 
    … …  
    806806        """ 
    807807        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    808             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     808            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    809809        self.aperture.set_sample_distance(distance) 
    810810 
    … …  
    816816        """ 
    817817        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    818             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     818            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    819819        self.sample.set_distance(distance) 
    820820 
    … …  
    826826        """ 
    827827        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    828             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     828            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    829829        self.detector.set_distance(distance) 
    830830 
    … …  
    998998            pix_y_size = detector_pix_size[1] 
    999999        else: 
    1000             raise ValueError, " Input value format error..." 
     1000            raise ValueError(" Input value format error...") 
    10011001        # Sample to detector distance = sample slit to detector 
    10021002        # minus sample offset 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    rf2ea95a r574adc7  
    3434        factor = MFACTOR_MT 
    3535    else: 
    36         raise ValueError, "Invalid valueunit" 
     36        raise ValueError("Invalid valueunit") 
    3737    sld_m = factor * mag 
    3838    return sld_m 
    … …  
    100100        """ 
    101101        if self.data_vol is None: 
    102             raise 
     102            raise TypeError("data_vol is missing") 
    103103        self.data_vol = volume 
    104104 
    … …  
    174174            if len(x[1]) > 0: 
    175175                msg = "Not a 1D." 
    176                 raise ValueError, msg 
     176                raise ValueError(msg) 
    177177            i_out = np.zeros_like(x[0]) 
    178178            # 1D I is found at y =0 in the 2D pattern 
    … …  
    181181        else: 
    182182            msg = "Q must be given as list of qx's and qy's" 
    183             raise ValueError, msg 
     183            raise ValueError(msg) 
    184184 
    185185    def runXY(self, x=0.0): 
    … …  
    196196        else: 
    197197            msg = "Q must be given as list of qx's and qy's" 
    198             raise ValueError, msg 
     198            raise ValueError(msg) 
    199199 
    200200    def evalDistribution(self, qdist): 
    … …  
    214214            mesg = "evalDistribution is expecting an ndarray of " 
    215215            mesg += "a list [qx,qy] where qx,qy are arrays." 
    216             raise RuntimeError, mesg 
     216            raise RuntimeError(mesg) 
    217217 
    218218class OMF2SLD(object): 
    … …  
    313313        :Params length: data length 
    314314        """ 
    315         msg = "Error: Inconsistent data length." 
    316         if len(self.pos_x) != length: 
    317             raise ValueError, msg 
    318         if len(self.pos_y) != length: 
    319             raise ValueError, msg 
    320         if len(self.pos_z) != length: 
    321             raise ValueError, msg 
    322         if len(self.mx) != length: 
    323             raise ValueError, msg 
    324         if len(self.my) != length: 
    325             raise ValueError, msg 
    326         if len(self.mz) != length: 
    327             raise ValueError, msg 
     315        parts = (self.pos_x, self.pos_y, self.pos_z, self.mx, self.my, self.mz) 
     316        if any(len(v) != length for v in parts): 
     317            raise ValueError("Error: Inconsistent data length.") 
    328318 
    329319    def remove_null_points(self, remove=False, recenter=False): 
    … …  
    415405                        msg = "Error: \n" 
    416406                        msg += "We accept only m as meshunit" 
    417                         raise ValueError, msg 
     407                        raise ValueError(msg) 
    418408                if s_line[0].lower().count("xbase") > 0: 
    419409                    xbase = s_line[1].lstrip() 
    … …  
    485475            msg = "%s is not supported: \n" % path 
    486476            msg += "We accept only Text format OMF file." 
    487             raise RuntimeError, msg 
     477            raise RuntimeError(msg) 
    488478 
    489479class PDBReader(object): 
    … …  
    605595            return output 
    606596        except: 
    607             raise RuntimeError, "%s is not a sld file" % path 
     597            raise RuntimeError("%s is not a sld file" % path) 
    608598 
    609599    def write(self, path, data): 
    … …  
    697687            return output 
    698688        except: 
    699             raise RuntimeError, "%s is not a sld file" % path 
     689            raise RuntimeError("%s is not a sld file" % path) 
    700690 
    701691    def write(self, path, data): 
    … …  
    706696        """ 
    707697        if path is None: 
    708             raise ValueError, "Missing the file path." 
     698            raise ValueError("Missing the file path.") 
    709699        if data is None: 
    710             raise ValueError, "Missing the data to save." 
     700            raise ValueError("Missing the data to save.") 
    711701        x_val = data.pos_x 
    712702        y_val = data.pos_y 

  • src/sas/sascalc/corfunc/corfunc_calculator.py

    ra859f99 r574adc7  
    8888        # Only process data of the class Data1D 
    8989        if not issubclass(data.__class__, Data1D): 
    90             raise ValueError, "Data must be of the type DataLoader.Data1D" 
     90            raise ValueError("Data must be of the type DataLoader.Data1D") 
    9191 
    9292        # Prepare the data 
    … …  
    161161            err = ("Incorrect transform type supplied, must be 'fourier'", 
    162162                " or 'hilbert'") 
    163             raise ValueError, err 
     163            raise ValueError(err) 
    164164 
    165165        self._transform_thread.queue() 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    ra1b8fee r574adc7  
    66from __future__ import print_function 
    77 
    8 import thread 
    98import traceback 
    109import sys 
    1110import logging 
     11try: 
     12    import _thread as thread 
     13except ImportError: # CRUFT: python 2 support 
     14    import thread 
    1215 
    1316if sys.platform.count("darwin") > 0: 
    1417    import time 
    1518    stime = time.time() 
    16      
     19 
    1720    def clock(): 
    1821        return time.time() - stime 
    19      
     22 
    2023    def sleep(t): 
    2124        return time.sleep(t) 
    … …  
    3538    CalcThread.__init__, passing it the keyword arguments for 
    3639    yieldtime, worktime, update and complete. 
    37      
     40 
    3841    When defining the compute() method you need to include code which 
    3942    allows the GUI to run.  They are as follows: :: 
    … …  
    211214            self._lock.release() 
    212215            self._time_for_update += 1e6  # No more updates 
    213              
     216 
    214217            self.updatefn(**kwargs) 
    215218            sleep(self.yieldtime) 

  • src/sas/sascalc/data_util/nxsunit.py

    r8e9536f r574adc7  
    1313in the NeXus definition files. 
    1414 
    15 Unlike other units packages, this package does not carry the units along with  
     15Unlike other units packages, this package does not carry the units along with 
    1616the value but merely provides a conversion function for transforming values. 
    1717 
    … …  
    6868    Ack! Allows, e.g., Coulomb and coulomb even though Coulomb is not 
    6969    a unit because some NeXus files store it that way! 
    70      
     70 
    7171    Returns a dictionary of names and scales. 
    7272    """ 
    … …  
    7878                        n=1e-9,p=1e-12,f=1e-15) 
    7979    map = {abbr:1} 
    80     map.update([(P+abbr,scale) for (P,scale) in short_prefix.iteritems()]) 
     80    map.update([(P+abbr,scale) for (P,scale) in short_prefix.items()]) 
    8181    for name in [unit,unit.capitalize()]: 
    8282        map.update({name:1,name+'s':1}) 
    83         map.update([(P+name,scale) for (P,scale) in prefix.iteritems()]) 
    84         map.update([(P+'*'+name,scale) for (P,scale) in prefix.iteritems()]) 
    85         map.update([(P+name+'s',scale) for (P,scale) in prefix.iteritems()]) 
     83        map.update([(P+name,scale) for (P,scale) in prefix.items()]) 
     84        map.update([(P+'*'+name,scale) for (P,scale) in prefix.items()]) 
     85        map.update([(P+name+'s',scale) for (P,scale) in prefix.items()]) 
    8686    return map 
    8787 
    … …  
    9191    """ 
    9292    map = {} 
    93     map.update([(name,scale) for name,scale in kw.iteritems()]) 
    94     map.update([(name+'s',scale) for name,scale in kw.iteritems()]) 
     93    map.update([(name,scale) for name,scale in kw.items()]) 
     94    map.update([(name+'s',scale) for name,scale in kw.items()]) 
    9595    return map 
    9696 
    … …  
    101101    * WARNING * this will incorrect transform 10^3 to 103. 
    102102    """ 
    103     s.update((k.replace('^',''),v)  
    104              for k,v in s.items() 
     103    s.update((k.replace('^',''),v) 
     104             for k, v in list(s.items()) 
    105105             if '^' in k) 
    106106 
    … …  
    130130    temperature.update(_build_metric_units('Celcius', 'C')) 
    131131    temperature.update(_build_metric_units('celcius', 'C')) 
    132      
     132 
    133133    charge = _build_metric_units('coulomb','C') 
    134134    charge.update({'microAmp*hour':0.0036}) 
    135135 
    136136    sld = { '10^-6 Angstrom^-2': 1e-6, 'Angstrom^-2': 1 } 
    137     Q = { 'invA': 1, 'invAng': 1, 'invAngstroms': 1, '1/A': 1,  
     137    Q = { 'invA': 1, 'invAng': 1, 'invAngstroms': 1, '1/A': 1, 
    138138          '10^-3 Angstrom^-1': 1e-3, '1/cm': 1e-8, '1/m': 1e-10, 
    139139          'nm^-1': 0.1, '1/nm': 0.1, 'n_m^-1': 0.1 } 
    … …  
    189189 
    190190def _check(expect,get): 
    191     if expect != get: raise ValueError, "Expected %s but got %s"%(expect,get) 
     191    if expect != get: 
     192        raise ValueError("Expected %s but got %s"%(expect, get)) 
    192193     #print expect,"==",get 
    193194 
    … …  
    202203    _check(123,Converter('a.u.')(123,units='s')) # arbitrary units always returns the same value 
    203204    _check(123,Converter('a.u.')(123,units='')) # arbitrary units always returns the same value 
    204     try: Converter('help') 
    205     except KeyError: pass 
    206     else: raise Exception("unknown unit did not raise an error") 
     205    try: 
     206        Converter('help') 
     207    except KeyError: 
     208        pass 
     209    else: 
     210        raise Exception("unknown unit did not raise an error") 
    207211 
    208212    # TODO: more tests 

  • src/sas/sascalc/data_util/odict.py

    rb699768 r574adc7  
    3939    """ 
    4040    A class of dictionary that keeps the insertion order of keys. 
    41      
     41 
    4242    All appropriate methods return keys, items, or values in an ordered way. 
    43      
     43 
    4444    All normal dictionary methods are available. Update and comparison is 
    4545    restricted to other OrderedDict objects. 
    46      
     46 
    4747    Various sequence methods are available, including the ability to explicitly 
    4848    mutate the key ordering. 
    49      
     49 
    5050    __contains__ tests: 
    51      
     51 
    5252    >>> d = OrderedDict(((1, 3),)) 
    5353    >>> 1 in d 
    … …  
    5555    >>> 4 in d 
    5656    0 
    57      
     57 
    5858    __getitem__ tests: 
    59      
     59 
    6060    >>> OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1)))[2] 
    6161    1 
    … …  
    6363    Traceback (most recent call last): 
    6464    KeyError: 4 
    65      
     65 
    6666    __len__ tests: 
    67      
     67 
    6868    >>> len(OrderedDict()) 
    6969    0 
    7070    >>> len(OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1)))) 
    7171    3 
    72      
     72 
    7373    get tests: 
    74      
     74 
    7575    >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    7676    >>> d.get(1) 
    … …  
    8282    >>> d 
    8383    OrderedDict([(1, 3), (3, 2), (2, 1)]) 
    84      
     84 
    8585    has_key tests: 
    86      
     86 
    8787    >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    8888    >>> d.has_key(1) 
    … …  
    9696        Create a new ordered dictionary. Cannot init from a normal dict, 
    9797        nor from kwargs, since items order is undefined in those cases. 
    98          
     98 
    9999        If the ``strict`` keyword argument is ``True`` (``False`` is the 
    100100        default) then when doing slice assignment - the ``OrderedDict`` you are 
    101101        assigning from *must not* contain any keys in the remaining dict. 
    102          
     102 
    103103        >>> OrderedDict() 
    104104        OrderedDict([]) 
    … …  
    283283        """ 
    284284        Used for __repr__ and __str__ 
    285          
     285 
    286286        >>> r1 = repr(OrderedDict((('a', 'b'), ('c', 'd'), ('e', 'f')))) 
    287287        >>> r1 
    … …  
    321321        >>> d 
    322322        OrderedDict([(0, 1), (1, 2), (5, 6), (7, 8), (3, 4)]) 
    323          
     323 
    324324        >>> a = OrderedDict(((0, 1), (1, 2), (2, 3)), strict=True) 
    325325        >>> a[3] = 4 
    … …  
    345345        >>> a 
    346346        OrderedDict([(3, 4), (2, 3), (1, 2), (0, 1)]) 
    347          
     347 
    348348        >>> d = OrderedDict([(0, 1), (1, 2), (2, 3), (3, 4)]) 
    349349        >>> d[:1] = 3 
    350350        Traceback (most recent call last): 
    351351        TypeError: slice assignment requires an OrderedDict 
    352          
     352 
    353353        >>> d = OrderedDict([(0, 1), (1, 2), (2, 3), (3, 4)]) 
    354354        >>> d[:1] = OrderedDict([(9, 8)]) 
    … …  
    444444        """ 
    445445        Implemented so that access to ``sequence`` raises a warning. 
    446          
     446 
    447447        >>> d = OrderedDict() 
    448448        >>> d.sequence 
    … …  
    463463        """ 
    464464        To allow deepcopy to work with OrderedDict. 
    465          
     465 
    466466        >>> from copy import deepcopy 
    467467        >>> a = OrderedDict([(1, 1), (2, 2), (3, 3)]) 
    … …  
    490490    def items(self): 
    491491        """ 
    492         ``items`` returns a list of tuples representing all the  
     492        ``items`` returns a list of tuples representing all the 
    493493        ``(key, value)`` pairs in the dictionary. 
    494          
     494 
    495495        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    496496        >>> d.items() 
    … …  
    505505        """ 
    506506        Return a list of keys in the ``OrderedDict``. 
    507          
     507 
    508508        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    509509        >>> d.keys() 
    … …  
    515515        """ 
    516516        Return a list of all the values in the OrderedDict. 
    517          
     517 
    518518        Optionally you can pass in a list of values, which will replace the 
    519519        current list. The value list must be the same len as the OrderedDict. 
    520          
     520 
    521521        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    522522        >>> d.values() 
    … …  
    596596        """ 
    597597        No dict.pop in Python 2.2, gotta reimplement it 
    598          
     598 
    599599        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    600600        >>> d.pop(3) 
    … …  
    612612        """ 
    613613        if len(args) > 1: 
    614             raise TypeError, ('pop expected at most 2 arguments, got %s' % 
     614            raise TypeError('pop expected at most 2 arguments, got %s' % 
    615615                (len(args) + 1)) 
    616616        if key in self: 
    … …  
    628628        Delete and return an item specified by index, not a random one as in 
    629629        dict. The index is -1 by default (the last item). 
    630          
     630 
    631631        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    632632        >>> d.popitem() 
    … …  
    674674        """ 
    675675        Update from another OrderedDict or sequence of (key, value) pairs 
    676          
     676 
    677677        >>> d = OrderedDict(((1, 0), (0, 1))) 
    678678        >>> d.update(OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1)))) 
    … …  
    706706        """ 
    707707        Rename the key for a given value, without modifying sequence order. 
    708          
     708 
    709709        For the case where new_key already exists this raise an exception, 
    710710        since if new_key exists, it is ambiguous as to what happens to the 
    711711        associated values, and the position of new_key in the sequence. 
    712          
     712 
    713713        >>> od = OrderedDict() 
    714714        >>> od['a'] = 1 
    … …  
    732732            raise ValueError("New key already exists: %r" % new_key) 
    733733        # rename sequence entry 
    734         value = self[old_key]  
     734        value = self[old_key] 
    735735        old_idx = self._sequence.index(old_key) 
    736736        self._sequence[old_idx] = new_key 
    … …  
    742742        """ 
    743743        This method allows you to set the items in the dict. 
    744          
     744 
    745745        It takes a list of tuples - of the same sort returned by the ``items`` 
    746746        method. 
    747          
     747 
    748748        >>> d = OrderedDict() 
    749749        >>> d.setitems(((3, 1), (2, 3), (1, 2))) 
    … …  
    760760        replace the current set. This must contain the same set of keys, but 
    761761        need not be in the same order. 
    762          
     762 
    763763        If you pass in new keys that don't match, a ``KeyError`` will be 
    764764        raised. 
    765          
     765 
    766766        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    767767        >>> d.keys() 
    … …  
    791791        You can pass in a list of values, which will replace the 
    792792        current list. The value list must be the same len as the OrderedDict. 
    793          
     793 
    794794        (Or a ``ValueError`` is raised.) 
    795          
     795 
    796796        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    797797        >>> d.setvalues((1, 2, 3)) 
    … …  
    813813        """ 
    814814        Return the position of the specified key in the OrderedDict. 
    815          
     815 
    816816        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    817817        >>> d.index(3) 
    … …  
    826826        """ 
    827827        Takes ``index``, ``key``, and ``value`` as arguments. 
    828          
     828 
    829829        Sets ``key`` to ``value``, so that ``key`` is at position ``index`` in 
    830830        the OrderedDict. 
    831          
     831 
    832832        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    833833        >>> d.insert(0, 4, 0) 
    … …  
    850850        """ 
    851851        Reverse the order of the OrderedDict. 
    852          
     852 
    853853        >>> d = OrderedDict(((1, 3), (3, 2), (2, 1))) 
    854854        >>> d.reverse() 
    … …  
    861861        """ 
    862862        Sort the key order in the OrderedDict. 
    863          
     863 
    864864        This method takes the same arguments as the ``list.sort`` method on 
    865865        your version of Python. 
    866          
     866 
    867867        >>> d = OrderedDict(((4, 1), (2, 2), (3, 3), (1, 4))) 
    868868        >>> d.sort() 
    … …  
    876876    """ 
    877877    Custom object for accessing the keys of an OrderedDict. 
    878      
     878 
    879879    Can be called like the normal ``OrderedDict.keys`` method, but also 
    880880    supports indexing and sequence methods. 
    … …  
    897897        You cannot assign to keys, but you can do slice assignment to re-order 
    898898        them. 
    899          
     899 
    900900        You can only do slice assignment if the new set of keys is a reordering 
    901901        of the original set. 
    … …  
    967967    """ 
    968968    Custom object for accessing the items of an OrderedDict. 
    969      
     969 
    970970    Can be called like the normal ``OrderedDict.items`` method, but also 
    971971    supports indexing and sequence methods. 
    … …  
    10771077    """ 
    10781078    Custom object for accessing the values of an OrderedDict. 
    1079      
     1079 
    10801080    Can be called like the normal ``OrderedDict.values`` method, but also 
    10811081    supports indexing and sequence methods. 
    … …  
    10991099        """ 
    11001100        Set the value at position i to value. 
    1101          
     1101 
    11021102        You can only do slice assignment to values if you supply a sequence of 
    11031103        equal length to the slice you are replacing. 
    … …  
    11681168    Experimental version of OrderedDict that has a custom object for ``keys``, 
    11691169    ``values``, and ``items``. 
    1170      
     1170 
    11711171    These are callable sequence objects that work as methods, or can be 
    11721172    manipulated directly as sequences. 
    1173      
     1173 
    11741174    Test for ``keys``, ``items`` and ``values``. 
    1175      
     1175 
    11761176    >>> d = SequenceOrderedDict(((1, 2), (2, 3), (3, 4))) 
    11771177    >>> d 
    … …  
    12931293    >>> d 
    12941294    SequenceOrderedDict([(1, 1), (2, 2), (3, 3)]) 
    1295      
     1295 
    12961296    >>> d = SequenceOrderedDict(((1, 2), (2, 3), (3, 4))) 
    12971297    >>> d 

  • src/sas/sascalc/data_util/uncertainty.py

    r9a5097c r574adc7  
    22Uncertainty propagation class for arithmetic, log and exp. 
    33 
    4 Based on scalars or numpy vectors, this class allows you to store and  
     4Based on scalars or numpy vectors, this class allows you to store and 
    55manipulate values+uncertainties, with propagation of gaussian error for 
    66addition, subtraction, multiplication, division, power, exp and log. 
    77 
    88Storage properties are determined by the numbers used to set the value 
    9 and uncertainty.  Be sure to use floating point uncertainty vectors  
     9and uncertainty.  Be sure to use floating point uncertainty vectors 
    1010for inplace operations since numpy does not do automatic type conversion. 
    1111Normal operations can use mixed integer and floating point.  In place 
    … …  
    1818 
    1919import numpy as np 
    20 import err1d 
    21 from formatnum import format_uncertainty 
     20 
     21from .import err1d 
     22from .formatnum import format_uncertainty 
    2223 
    2324__all__ = ['Uncertainty'] 
    … …  
    2829    # Make standard deviation available 
    2930    def _getdx(self): return np.sqrt(self.variance) 
    30     def _setdx(self,dx):  
     31    def _setdx(self,dx): 
    3132        # Direct operation 
    3233        #    variance = dx**2 
    … …  
    3839    # Constructor 
    3940    def __init__(self, x, variance=None): 
    40         self.x, self.variance = x, variance     
    41   
     41        self.x, self.variance = x, variance 
     42 
    4243    # Numpy array slicing operations 
    43     def __len__(self):  
     44    def __len__(self): 
    4445        return len(self.x) 
    45     def __getitem__(self,key):  
     46    def __getitem__(self,key): 
    4647        return Uncertainty(self.x[key],self.variance[key]) 
    4748    def __setitem__(self,key,value): 
    … …  
    137138    def __idiv__(self, other): return self.__itruediv__(other) 
    138139 
    139          
     140 
    140141    # Unary ops 
    141142    def __neg__(self): 
    … …  
    151152            return format_uncertainty(self.x,np.sqrt(self.variance)) 
    152153        else: 
    153             return [format_uncertainty(v,dv)  
     154            return [format_uncertainty(v,dv) 
    154155                    for v,dv in zip(self.x,np.sqrt(self.variance))] 
    155156    def __repr__(self): 
    … …  
    219220    z = a/4 
    220221    assert z.x == 5./4 and z.variance == 3./4**2 
    221      
     222 
    222223    # Reverse scalar operations 
    223224    z = 4+a 
    … …  
    229230    z = 4/a 
    230231    assert z.x == 4./5 and abs(z.variance - 3./5**4 * 4**2) < 1e-15 
    231      
     232 
    232233    # Power operations 
    233234    z = a**2 
    … …  
    250251    assert z.x == 5./4 and abs(z.variance - (3./5**2 + 2./4**2)*(5./4)**2) < 1e-15 
    251252 
    252     # ===== Inplace operations =====     
     253    # ===== Inplace operations ===== 
    253254    # Scalar operations 
    254255    y = a+0; y += 4 
    … …  
    308309    assert (z.x == 5./4).all() 
    309310    assert (abs(z.variance - (3./5**2 + 2./4**2)*(5./4)**2) < 1e-15).all() 
    310      
     311 
    311312    # printing; note that sqrt(3) ~ 1.7 
    312313    assert str(Uncertainty(5,3)) == "5.0(17)" 

  • src/sas/sascalc/dataloader/__init__.py

    rb699768 r574adc7  
    1 from data_info import * 
    2 from manipulations import * 
    3 from readers import * 
     1from .data_info import * 
     2from .manipulations import * 
     3from .readers import * 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r17e257b5 r574adc7  
    716716                self.y_unit = '1/cm' 
    717717        except: # the data is not recognized/supported, and the user is notified 
    718             raise(TypeError, 'data not recognized, check documentation for supported 1D data formats') 
     718            raise TypeError('data not recognized, check documentation for supported 1D data formats') 
    719719 
    720720    def __str__(self): 
    … …  
    796796                len(self.y) != len(other.y): 
    797797                msg = "Unable to perform operation: data length are not equal" 
    798                 raise ValueError, msg 
     798                raise ValueError(msg) 
    799799            # Here we could also extrapolate between data points 
    800800            TOLERANCE = 0.01 
    … …  
    802802                if math.fabs((self.x[i] - other.x[i])/self.x[i]) > TOLERANCE: 
    803803                    msg = "Incompatible data sets: x-values do not match" 
    804                     raise ValueError, msg 
     804                    raise ValueError(msg) 
    805805 
    806806            # Check that the other data set has errors, otherwise 
    … …  
    876876        if not isinstance(other, Data1D): 
    877877            msg = "Unable to perform operation: different types of data set" 
    878             raise ValueError, msg 
     878            raise ValueError(msg) 
    879879        return True 
    880880 
    … …  
    948948 
    949949        if len(self.detector) > 0: 
    950             raise RuntimeError, "Data2D: Detector bank already filled at init" 
     950            raise RuntimeError("Data2D: Detector bank already filled at init") 
    951951 
    952952    def __str__(self): 
    … …  
    10201020                len(self.qy_data) != len(other.qy_data): 
    10211021                msg = "Unable to perform operation: data length are not equal" 
    1022                 raise ValueError, msg 
     1022                raise ValueError(msg) 
    10231023            for ind in range(len(self.data)): 
    10241024                if math.fabs((self.qx_data[ind] - other.qx_data[ind])/self.qx_data[ind]) > TOLERANCE: 
    10251025                    msg = "Incompatible data sets: qx-values do not match: %s %s" % (self.qx_data[ind], other.qx_data[ind]) 
    1026                     raise ValueError, msg 
     1026                    raise ValueError(msg) 
    10271027                if math.fabs((self.qy_data[ind] - other.qy_data[ind])/self.qy_data[ind]) > TOLERANCE: 
    10281028                    msg = "Incompatible data sets: qy-values do not match: %s %s" % (self.qy_data[ind], other.qy_data[ind]) 
    1029                     raise ValueError, msg 
     1029                    raise ValueError(msg) 
    10301030 
    10311031            # Check that the scales match 
    … …  
    11081108        if not isinstance(other, Data2D): 
    11091109            msg = "Unable to perform operation: different types of data set" 
    1110             raise ValueError, msg 
     1110            raise ValueError(msg) 
    11111111        return True 
    11121112 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    rae69c690 r574adc7  
    88import re 
    99import logging 
     10from abc import abstractmethod 
     11 
    1012import numpy as np 
    11 from abc import abstractmethod 
    12 from loader_exceptions import NoKnownLoaderException, FileContentsException,\ 
     13from .loader_exceptions import NoKnownLoaderException, FileContentsException,\ 
    1314    DataReaderException, DefaultReaderException 
    14 from data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D,\ 
     15from .data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D,\ 
    1516    combine_data_info_with_plottable 
    1617 

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    rdcb91cf r574adc7  
    2626import time 
    2727from zipfile import ZipFile 
     28 
    2829from sas.sascalc.data_util.registry import ExtensionRegistry 
     30 
    2931# Default readers are defined in the readers sub-module 
    30 import readers 
    31 from loader_exceptions import NoKnownLoaderException, FileContentsException,\ 
     32from . import readers 
     33from .loader_exceptions import NoKnownLoaderException, FileContentsException,\ 
    3234    DefaultReaderException 
    33 from readers import ascii_reader 
    34 from readers import cansas_reader 
    35 from readers import cansas_reader_HDF5 
     35from .readers import ascii_reader 
     36from .readers import cansas_reader 
     37from .readers import cansas_reader_HDF5 
    3638 
    3739logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    341343        # Raise an error if there are no matching extensions 
    342344        if len(writers) == 0: 
    343             raise ValueError, "Unknown file type for " + path 
     345            raise ValueError("Unknown file type for " + path) 
    344346        # All done 
    345347        return writers 
    … …  
    360362            try: 
    361363                return fn(path, data) 
    362             except: 
     364            except Exception: 
    363365                pass  # give other loaders a chance to succeed 
    364366        # If we get here it is because all loaders failed 

  • src/sas/sascalc/dataloader/manipulations.py

    r324e0bf r574adc7  
    2626 
    2727#from data_info import plottable_2D 
    28 from data_info import Data1D 
     28from .data_info import Data1D 
    2929 
    3030 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/__init__.py

    r7a5d066 r574adc7  
    11# Method to associate extensions to default readers 
    2 from associations import read_associations 
     2from .associations import read_associations 
    33 
    44 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    rad92c5a r574adc7  
    3131    # List of allowed extensions 
    3232    ext = ['.abs'] 
    33      
     33 
    3434    def get_file_contents(self): 
    35         """  
     35        """ 
    3636        Get the contents of the file 
    37          
     37 
    3838        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    3939        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    rf994e8b1 r574adc7  
    130130                # Reset # of lines of data candidates 
    131131                candidate_lines = 0 
    132          
     132 
    133133        if not is_data: 
    134134            self.set_all_to_none() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    rce8c7bd r574adc7  
    4040    """ 
    4141    # For each FileType entry, get the associated reader and extension 
    42     for ext, reader in settings.iteritems(): 
     42    for ext, reader in settings.items(): 
    4343        if reader is not None and ext is not None: 
    4444            # Associate the extension with a particular reader 
    … …  
    4747            # and remove the extra line below. 
    4848            try: 
    49                 exec "import %s" % reader 
    50                 exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.lower(), 
    51                                                                 reader) 
    52                 exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.upper(), 
    53                                                                 reader) 
     49                exec("from . import %s" % reader) 
     50                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     51                     % (ext.lower(), reader)) 
     52                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     53                     % (ext.upper(), reader)) 
    5454            except: 
    5555                msg = "read_associations: skipping association" 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rae69c690 r574adc7  
    11import logging 
    2 import numpy as np 
    32import os 
    43import sys 
    54import datetime 
    65import inspect 
    7 # For saving individual sections of data 
    8 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
    9     plottable_1D, plottable_2D 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
    11     Detector, Process, Aperture 
    12 from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
    13     combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    14 import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    15 from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    16 from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    17 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, \ 
    18     DefaultReaderException, DataReaderException 
     6 
     7import numpy as np 
    198 
    209# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either. 
    … …  
    2312 
    2413from lxml import etree 
     14 
     15from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     16 
     17# For saving individual sections of data 
     18from ..data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D, \ 
     19    Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture, \ 
     20    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     21from ..loader_exceptions import FileContentsException, DefaultReaderException, \ 
     22    DataReaderException 
     23from . import xml_reader 
     24from .xml_reader import XMLreader 
     25from .cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    2526 
    2627logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    3435              "as much of the data as possible.\n\n" 
    3536HAS_CONVERTER = True 
    36 try: 
    37     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    38 except ImportError: 
    39     HAS_CONVERTER = False 
    4037 
    4138CONSTANTS = CansasConstants() 
    … …  
    163160                raise fc_exc 
    164161        except Exception as e: # Convert all other exceptions to FileContentsExceptions 
    165             raise FileContentsException(e.message) 
     162            raise 
     163            raise FileContentsException(str(e)) 
    166164 
    167165 
    … …  
    632630                else: 
    633631                    save_in = "current_datainfo" 
    634                 exec "default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname) 
    635                 if local_unit and default_unit and local_unit.lower() != default_unit.lower() \ 
    636                         and local_unit.lower() != "none": 
    637                     if HAS_CONVERTER == True: 
     632                exec("default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname)) 
     633                if (local_unit and default_unit 
     634                        and local_unit.lower() != default_unit.lower() 
     635                        and local_unit.lower() != "none"): 
     636                    if HAS_CONVERTER: 
    638637                        # Check local units - bad units raise KeyError 
    639638                        data_conv_q = Converter(local_unit) 
    … …  
    654653                    err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
    655654                value_unit = local_unit 
    656             except: 
     655            except Exception: 
    657656                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting " 
    658657                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]" 
    … …  
    908907        point = self.create_element("Idata") 
    909908        node.append(point) 
    910         qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))]) 
    911         qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))]) 
    912         intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))]) 
     909        qx = ','.join(str(v) for v in datainfo.qx_data) 
     910        qy = ','.join(str(v) for v in datainfo.qy_data) 
     911        intensity = ','.join(str(v) for v in datainfo.data) 
    913912 
    914913        self.write_node(point, "Qx", qx, 
    … …  
    919918                        {'unit': datainfo._zunit}) 
    920919        if datainfo.err_data is not None: 
    921             err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in 
    922                             xrange(len(datainfo.err_data))]) 
     920            err = ','.join(str(v) for v in datainfo.err_data) 
    923921            self.write_node(point, "Idev", err, 
    924922                            {'unit': datainfo._zunit}) 
    925923        if datainfo.dqy_data is not None: 
    926             dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in 
    927                             xrange(len(datainfo.dqy_data))]) 
     924            dqy = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqy_data) 
    928925            self.write_node(point, "Qydev", dqy, 
    929926                            {'unit': datainfo._yunit}) 
    930927        if datainfo.dqx_data is not None: 
    931             dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in 
    932                             xrange(len(datainfo.dqx_data))]) 
     928            dqx = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqx_data) 
    933929            self.write_node(point, "Qxdev", dqx, 
    934930                            {'unit': datainfo._xunit}) 
    935931        if datainfo.mask is not None: 
    936             mask = ','.join( 
    937                 ["1" if datainfo.mask[i] else "0" 
    938                  for i in xrange(len(datainfo.mask))]) 
     932            mask = ','.join("1" if v else "0" for v in datainfo.mask) 
    939933            self.write_node(point, "Mask", mask) 
    940934 
    … …  
    12801274        try: 
    12811275            value = float(entry.text) 
    1282         except: 
     1276        except ValueError: 
    12831277            value = None 
    12841278 
    … …  
    12891283            if units is not None: 
    12901284                toks = variable.split('.') 
    1291                 local_unit = None 
    1292                 exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0] 
     1285                exec("local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]) 
    12931286                if local_unit is not None and units.lower() != local_unit.lower(): 
    12941287                    if HAS_CONVERTER == True: 
    12951288                        try: 
    12961289                            conv = Converter(units) 
    1297                             exec "storage.%s = %g" % \ 
    1298                                 (variable, conv(value, units=local_unit)) 
    1299                         except: 
     1290                            exec("storage.%s = %g" % 
     1291-                                (variable, conv(value, units=local_unit))) 
     1292                        except Exception: 
    13001293                            _, exc_value, _ = sys.exc_info() 
    13011294                            err_mess = "CanSAS reader: could not convert" 
    … …  
    13061299                                logger.info(err_mess) 
    13071300                            else: 
    1308                                 raise ValueError, err_mess 
     1301                                raise ValueError(err_mess) 
    13091302                    else: 
    13101303                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\ 
    … …  
    13151308                            logger.info(err_mess) 
    13161309                        else: 
    1317                             raise ValueError, err_mess 
     1310                            raise ValueError(err_mess) 
    13181311                else: 
    1319                     exec "storage.%s = value" % variable 
     1312                    exec("storage.%s = value" % variable) 
    13201313            else: 
    1321                 exec "storage.%s = value" % variable 
     1314                exec("storage.%s = value" % variable) 
    13221315 
    13231316    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states. 
    … …  
    13391332        entry = get_content(location, node) 
    13401333        if entry is not None and entry.text is not None: 
    1341             exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable 
     1334            exec("storage.%s = entry.text.strip()" % variable) 
    13421335 
    13431336# DO NOT REMOVE Called by outside packages: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    ra78a02f r574adc7  
    1414import math 
    1515import os 
     16import logging 
     17 
    1618import numpy as np 
    17 import logging 
    18 from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
    19 from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
    20 from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    21 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
     19 
     20from ..data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
     21from ..manipulations import reader2D_converter 
     22from ..file_reader_base_class import FileReader 
     23from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    2224 
    2325logger = logging.getLogger(__name__) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    rbe43448 r574adc7  
    66    Jurrian Bakker 
    77""" 
     8import os 
     9 
    810import numpy as np 
    9 import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    11 from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_1D, DataInfo 
    12 from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
     11 
     12from ..file_reader_base_class import FileReader 
     13from ..data_info import plottable_1D, DataInfo 
     14from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    1315 
    1416# Check whether we have a converter available 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r959eb01 r574adc7  
    22#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    33#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    4 #project funded by the US National Science Foundation.  
     4#project funded by the US National Science Foundation. 
    55#See the license text in license.txt 
    66#copyright 2008, University of Tennessee 
    … …  
    3131    ## Extension 
    3232    ext = ['.tif', '.tiff'] 
    33          
     33 
    3434    def read(self, filename=None): 
    3535        """ 
    3636        Open and read the data in a file 
    37          
     37 
    3838        :param file: path of the file 
    3939        """ 
    … …  
    4444        except: 
    4545            msg = "tiff_reader: could not load file. Missing Image module." 
    46             raise RuntimeError, msg 
    47          
     46            raise RuntimeError(msg) 
     47 
    4848        # Instantiate data object 
    4949        output = Data2D() 
    5050        output.filename = os.path.basename(filename) 
    51              
     51 
    5252        # Read in the image 
    5353        try: 
    5454            im = Image.open(filename) 
    5555        except: 
    56             raise  RuntimeError, "cannot open %s"%(filename) 
     56            raise  RuntimeError("cannot open %s"%(filename)) 
    5757        data = im.getdata() 
    5858 
    … …  
    6161        output.err_data = np.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
    6262        output.mask = np.ones([im.size[0], im.size[1]], dtype=bool) 
    63          
     63 
    6464        # Initialize 
    6565        x_vals = [] 
    … …  
    6969        for i_x in range(im.size[0]): 
    7070            x_vals.append(i_x) 
    71              
     71 
    7272        itot = 0 
    7373        for i_y in range(im.size[1]): 
    … …  
    8080                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    8181                continue 
    82              
     82 
    8383            # Get bin number 
    8484            if math.fmod(itot, im.size[0]) == 0: 
    … …  
    8787            else: 
    8888                i_x += 1 
    89                  
     89 
    9090            output.data[im.size[1] - 1 - i_y][i_x] = value 
    91              
     91 
    9292            itot += 1 
    93                  
     93 
    9494        output.xbins = im.size[0] 
    9595        output.ybins = im.size[1] 
    … …  
    102102        output.ymin = 0 
    103103        output.ymax = im.size[0] - 1 
    104          
     104 
    105105        # Store loading process information 
    106106        output.meta_data['loader'] = self.type_name 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    rcd57c7d4 r574adc7  
    1616 
    1717import logging 
     18 
    1819from lxml import etree 
    1920from lxml.builder import E 
     21 
    2022from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
    2123 
    … …  
    151153        Converts an etree element into a string 
    152154        """ 
    153         return etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, \ 
     155        return etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, 
    154156                              encoding=encoding) 
    155157 

  • src/sas/sascalc/file_converter/cansas_writer.py

    r7432acb r574adc7  
    3232        valid_class = all([issubclass(data.__class__, Data1D) for data in frame_data]) 
    3333        if not valid_class: 
    34             raise RuntimeError, ("The cansas writer expects an array of " 
     34            raise RuntimeError("The cansas writer expects an array of " 
    3535                "Data1D instances") 
    3636 

  • src/sas/sascalc/file_converter/nxcansas_writer.py

    r5e906207 r574adc7  
    166166            'wavelength_max': 'wavelength_max', 
    167167            'wavelength_spread': 'incident_wavelength_spread' } 
    168         for sasname, nxname in wavelength_keys.iteritems(): 
     168        for sasname, nxname in wavelength_keys.items(): 
    169169            value = getattr(data_info.source, sasname) 
    170170            units = getattr(data_info.source, sasname + '_unit') 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    r50fcb09 r574adc7  
    251251            msg = "FitData1D: invalid error array " 
    252252            msg += "%d <> %d" % (np.shape(self.dy), np.size(fx)) 
    253             raise RuntimeError, msg 
     253            raise RuntimeError(msg) 
    254254        return (self.y[self.idx] - fx[self.idx]) / self.dy[self.idx], fx[self.idx] 
    255255 

  • src/sas/sascalc/fit/Loader.py

    ra1b8fee r574adc7  
    1818        self.dy = dy 
    1919        self.filename = None 
    20          
     20 
    2121    def set_filename(self, path=None): 
    2222        """ 
    23         Store path into a variable.If the user doesn't give  
     23        Store path into a variable.If the user doesn't give 
    2424        a path as a parameter a pop-up 
    2525        window appears to select the file. 
    26          
     26 
    2727        :param path: the path given by the user 
    28          
     28 
    2929        """ 
    3030        self.filename = path 
    31         
     31 
    3232    def get_filename(self): 
    3333        """ return the file's path""" 
    3434        return self.filename 
    35      
     35 
    3636    def set_values(self): 
    3737        """ Store the values loaded from file in local variables""" 
    … …  
    4242            self.x = [] 
    4343            self.y = [] 
    44             self.dx = []  
     44            self.dx = [] 
    4545            self.dy = [] 
    4646            for line in lines: 
    … …  
    5050                    y = float(toks[1]) 
    5151                    dy = float(toks[2]) 
    52                      
     52 
    5353                    self.x.append(x) 
    5454                    self.y.append(y) 
    … …  
    5959            # Sanity check 
    6060            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    61                 raise ValueError, "x and dx have different length" 
     61                raise ValueError("x and dx have different length") 
    6262            if not len(self.y) == len(self.dy): 
    63                 raise ValueError, "y and dy have different length" 
    64              
    65              
     63                raise ValueError("y and dy have different length") 
     64 
     65 
    6666    def get_values(self): 
    6767        """ Return x, y, dx, dy""" 
    6868        return self.x, self.y, self.dx, self.dy 
    69      
     69 
    7070    def load_data(self, data): 
    7171        """ Return plottable""" 
    … …  
    7777        #Load its View class 
    7878        #plottable.reset_view() 
    79         
    80      
    81 if __name__ == "__main__":  
     79 
     80 
     81if __name__ == "__main__": 
    8282    load = Load() 
    8383    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    84     print(load.get_filename())  
     84    print(load.get_filename()) 
    8585    load.set_values() 
    8686    print(load.get_values()) 
    87      
    88              
     87 

  • src/sas/sascalc/fit/MultiplicationModel.py

    r7432acb r574adc7  
    109109        """ 
    110110        ##set dispersion only from p_model 
    111         for name , value in self.p_model.dispersion.iteritems(): 
     111        for name , value in self.p_model.dispersion.items(): 
    112112            self.dispersion[name] = value 
    113113 
    … …  
    135135        """ 
    136136 
    137         for name , value in self.p_model.params.iteritems(): 
     137        for name , value in self.p_model.params.items(): 
    138138            if not name in self.params.keys() and name not in self.excluded_params: 
    139139                self.params[name] = value 
    140140 
    141         for name , value in self.s_model.params.iteritems(): 
     141        for name , value in self.s_model.params.items(): 
    142142            #Remove the radius_effective from the (P*S) model parameters. 
    143143            if not name in self.params.keys() and name not in self.excluded_params: 
    … …  
    155155        this model's details 
    156156        """ 
    157         for name, detail in self.p_model.details.iteritems(): 
     157        for name, detail in self.p_model.details.items(): 
    158158            if name not in self.excluded_params: 
    159159                self.details[name] = detail 
    160160 
    161         for name , detail in self.s_model.details.iteritems(): 
     161        for name , detail in self.s_model.details.items(): 
    162162            if not name in self.details.keys() or name not in self.exluded_params: 
    163163                self.details[name] = detail 
    … …  
    245245                    return 
    246246 
    247         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     247        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    248248 
    249249 

  • src/sas/sascalc/fit/expression.py

    ra1b8fee r574adc7  
    5959    occur multiple times.  The return value is a set with the elements in 
    6060    no particular order. 
    61      
     61 
    6262    This is the first step in computing a dependency graph. 
    6363    """ 
    … …  
    8181        offset = end 
    8282    pieces.append(expr[offset:]) 
    83      
     83 
    8484    # Join the pieces and return them 
    8585    return "".join(pieces) 
    … …  
    8888    """ 
    8989    Returns a list of pair-wise dependencies from the parameter expressions. 
    90      
     90 
    9191    For example, if p3 = p1+p2, then find_dependencies([p1,p2,p3]) will 
    9292    return [(p3,p1),(p3,p2)].  For base expressions without dependencies, 
    … …  
    110110    """ 
    111111    Find the parameter substitution we need so that expressions can 
    112     be evaluated without having to traverse a chain of  
     112    be evaluated without having to traverse a chain of 
    113113    model.layer.parameter.value 
    114114    """ 
    … …  
    122122    return definition, substitution 
    123123 
    124 def no_constraints():  
     124def no_constraints(): 
    125125    """ 
    126126    This parameter set has no constraints between the parameters. 
    … …  
    163163 
    164164    Parameter names are assumed to contain only _.a-zA-Z0-9#[] 
    165      
     165 
    166166    Both names are provided for inverse functions, e.g., acos and arccos. 
    167167 
    168168    Should try running the function to identify syntax errors before 
    169169    running it in a fit. 
    170      
     170 
    171171    Use help(fn) to see the code generated for the returned function fn. 
    172172    dis.dis(fn) will show the corresponding python vm instructions. 
    … …  
    239239        if independent == emptyset: 
    240240            cycleset = ", ".join(str(s) for s in left) 
    241             raise ValueError,"Cyclic dependencies amongst %s"%cycleset 
     241            raise ValueError("Cyclic dependencies amongst %s"%cycleset) 
    242242 
    243243        # The possibly resolvable items are those that depend on the independents 
    … …  
    267267        n.sort() 
    268268        items = list(items); items.sort() 
    269         raise Exception,"%s expect %s to contain %s for %s"%(msg,n,items,pairs) 
     269        raise ValueError("%s expect %s to contain %s for %s"%(msg,n,items,pairs)) 
    270270    for lo,hi in pairs: 
    271271        if lo in n and hi in n and n.index(lo) >= n.index(hi): 
    272             raise Exception,"%s expect %s before %s in %s for %s"%(msg,lo,hi,n,pairs) 
     272            raise ValueError("%s expect %s before %s in %s for %s"%(msg,lo,hi,n,pairs)) 
    273273 
    274274def test_deps(): 
    … …  
    288288    # Cycle test 
    289289    pairs = [(1,4),(4,3),(4,5),(5,1)] 
    290     try: n = order_dependencies(pairs) 
    291     except ValueError: pass 
    292     else: raise Exception,"test3 expect ValueError exception for %s"%(pairs,) 
     290    try: 
     291        n = order_dependencies(pairs) 
     292    except ValueError: 
     293        pass 
     294    else: 
     295        raise ValueError("test3 expect ValueError exception for %s"%(pairs,)) 
    293296 
    294297    # large test for gross speed check 
    … …  
    308311    import inspect, dis 
    309312    import math 
    310      
     313 
    311314    symtab = {'a.b.x':1, 'a.c':2, 'a.b':3, 'b.x':4} 
    312315    expr = 'a.b.x + sin(4*pi*a.c) + a.b.x/a.b' 
    313      
     316 
    314317    # Check symbol lookup 
    315318    assert _symbols(expr, symtab) == set([1,2,3]) 
    … …  
    357360    expected = 2*math.pi*math.sin(5/.1875) + 6 
    358361    assert p2.value == expected,"Value was %s, not %s"%(p2.value,expected) 
    359      
     362 
    360363    # Check empty dependency set doesn't crash 
    361364    fn = compile_constraints(*world(p1,p3)) 
    … …  
    381384    fn() 
    382385    assert p5.value == 2.07,"Value for %s was %s"%(p5.expression,p5.value) 
    383      
     386 
    384387 
    385388    # Verify that we capture invalid expressions 
    386     for expr in ['G4.cage', 'M0.cage', 'M1.G1 + *2',  
     389    for expr in ['G4.cage', 'M0.cage', 'M1.G1 + *2', 
    387390                 'piddle', 
    388391                 '5; import sys; print "p0wned"', 

  • src/sas/sascalc/fit/pagestate.py

    r277257f r574adc7  
    313313 
    314314        if len(self.disp_obj_dict) > 0: 
    315             for k, v in self.disp_obj_dict.iteritems(): 
     315            for k, v in self.disp_obj_dict.items(): 
    316316                obj.disp_obj_dict[k] = v 
    317317        if len(self.disp_cb_dict) > 0: 
    318             for k, v in self.disp_cb_dict.iteritems(): 
     318            for k, v in self.disp_cb_dict.items(): 
    319319                obj.disp_cb_dict[k] = v 
    320320        if len(self.values) > 0: 
    321             for k, v in self.values.iteritems(): 
     321            for k, v in self.values.items(): 
    322322                obj.values[k] = v 
    323323        if len(self.weights) > 0: 
    324             for k, v in self.weights.iteritems(): 
     324            for k, v in self.weights.items(): 
    325325                obj.weights[k] = v 
    326326        obj.enable_smearer = copy.deepcopy(self.enable_smearer) 
    … …  
    347347        obj.version = copy.deepcopy(self.version) 
    348348 
    349         for name, state in self.saved_states.iteritems(): 
     349        for name, state in self.saved_states.items(): 
    350350            copy_name = copy.deepcopy(name) 
    351351            copy_state = state.clone() 
    … …  
    430430        """ 
    431431        p_map = [] 
    432         for name, info in params.iteritems(): 
     432        for name, info in params.items(): 
    433433            if ".fittable" in name or ".std" in name or ".upper" in name or \ 
    434434                            ".lower" in name or ".units" in name: 
    … …  
    475475            formfactor, str_params = convert.convert_model( 
    476476                self.formfactorcombobox, str_pars, False, self.version) 
    477             for key, value in str_params.iteritems(): 
     477            for key, value in str_params.items(): 
    478478                params[key] = value 
    479479 
    … …  
    835835            element = newdoc.createElement(item[0]) 
    836836            value_list = getattr(self, item[1]) 
    837             for key, value in value_list.iteritems(): 
     837            for key, value in value_list.items(): 
    838838                sub_element = newdoc.createElement(key) 
    839839                sub_element.setAttribute('name', str(key)) 
    … …  
    848848            element = newdoc.createElement(tagname) 
    849849            value_list = getattr(self, varname) 
    850             for key, value in value_list.iteritems(): 
     850            for key, value in value_list.items(): 
    851851                sub_element = newdoc.createElement(key) 
    852852                sub_element.setAttribute('name', str(key)) 
    … …  
    950950            msg = "PageState no longer supports non-CanSAS" 
    951951            msg += " format for fitting files" 
    952             raise RuntimeError, msg 
     952            raise RuntimeError(msg) 
    953953 
    954954        if node.get('version'): 
    … …  
    12411241            else: 
    12421242                self.call_back(format=ext) 
    1243                 raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
     1243                raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    12441244 
    12451245            # Return output consistent with the loader's api 

  • src/sas/sascalc/fit/pluginmodel.py

    r5213d22 r574adc7  
    3535            return self.function(x_val)*self.function(y_val) 
    3636        elif x.__class__.__name__ == 'tuple': 
    37             raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models" 
     37            raise ValueError("Tuples are not allowed as input to BaseComponent models") 
    3838        else: 
    3939            return self.function(x) 
    … …  
    5252            return self.function(x[0])*self.function(x[1]) 
    5353        elif x.__class__.__name__ == 'tuple': 
    54             raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models" 
     54            raise ValueError("Tuples are not allowed as input to BaseComponent models") 
    5555        else: 
    5656            return self.function(x) 

  • src/sas/sascalc/invariant/invariant.py

    rb1f20d1 r574adc7  
    424424        if not issubclass(data.__class__, LoaderData1D): 
    425425            #Process only data that inherited from DataLoader.Data_info.Data1D 
    426             raise ValueError, "Data must be of type DataLoader.Data1D" 
     426            raise ValueError("Data must be of type DataLoader.Data1D") 
    427427        #from copy import deepcopy 
    428428        new_data = (self._scale * data) - self._background 
    … …  
    484484            msg = "Length x and y must be equal" 
    485485            msg += " and greater than 1; got x=%s, y=%s" % (len(data.x), len(data.y)) 
    486             raise ValueError, msg 
     486            raise ValueError(msg) 
    487487        else: 
    488488            # Take care of smeared data 
    … …  
    507507                #iterate between for element different 
    508508                #from the first and the last 
    509                 for i in xrange(1, n - 1): 
     509                for i in range(1, n - 1): 
    510510                    dxi = (data.x[i + 1] - data.x[i - 1]) / 2 
    511511                    total += gx[i] * data.y[i] * dxi 
    … …  
    533533            msg = "Length of data.x and data.y must be equal" 
    534534            msg += " and greater than 1; got x=%s, y=%s" % (len(data.x), len(data.y)) 
    535             raise ValueError, msg 
     535            raise ValueError(msg) 
    536536        else: 
    537537            #Create error for data without dy error 
    … …  
    560560                #iterate between for element different 
    561561                #from the first and the last 
    562                 for i in xrange(1, n - 1): 
     562                for i in range(1, n - 1): 
    563563                    dxi = (data.x[i + 1] - data.x[i - 1]) / 2 
    564564                    total += (gx[i] * dy[i] * dxi) ** 2 
    … …  
    742742        range = range.lower() 
    743743        if range not in ['high', 'low']: 
    744             raise ValueError, "Extrapolation range should be 'high' or 'low'" 
     744            raise ValueError("Extrapolation range should be 'high' or 'low'") 
    745745        function = function.lower() 
    746746        if function not in ['power_law', 'guinier']: 
    747747            msg = "Extrapolation function should be 'guinier' or 'power_law'" 
    748             raise ValueError, msg 
     748            raise ValueError(msg) 
    749749 
    750750        if range == 'high': 
    751751            if function != 'power_law': 
    752752                msg = "Extrapolation only allows a power law at high Q" 
    753                 raise ValueError, msg 
     753                raise ValueError(msg) 
    754754            self._high_extrapolation_npts = npts 
    755755            self._high_extrapolation_power = power 
    … …  
    852852        """ 
    853853        if contrast <= 0: 
    854             raise ValueError, "The contrast parameter must be greater than zero" 
     854            raise ValueError("The contrast parameter must be greater than zero") 
    855855 
    856856        # Make sure Q star is up to date 
    … …  
    859859        if self._qstar <= 0: 
    860860            msg = "Invalid invariant: Invariant Q* must be greater than zero" 
    861             raise RuntimeError, msg 
     861            raise RuntimeError(msg) 
    862862 
    863863        # Compute intermediate constant 
    … …  
    869869        if discrim < 0: 
    870870            msg = "Could not compute the volume fraction: negative discriminant" 
    871             raise RuntimeError, msg 
     871            raise RuntimeError(msg) 
    872872        elif discrim == 0: 
    873873            return 1 / 2 
    … …  
    881881                return volume2 
    882882            msg = "Could not compute the volume fraction: inconsistent results" 
    883             raise RuntimeError, msg 
     883            raise RuntimeError(msg) 
    884884 
    885885    def get_qstar_with_error(self, extrapolation=None): 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/AbstractFitEngine.py

    r50fcb09 r574adc7  
    251251            msg = "FitData1D: invalid error array " 
    252252            msg += "%d <> %d" % (np.shape(self.dy), np.size(fx)) 
    253             raise RuntimeError, msg 
     253            raise RuntimeError(msg) 
    254254        return (self.y[self.idx] - fx[self.idx]) / self.dy[self.idx], fx[self.idx] 
    255255 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    ra1b8fee r574adc7  
    1818        self.dy = dy 
    1919        self.filename = None 
    20          
     20 
    2121    def set_filename(self, path=None): 
    2222        """ 
    23         Store path into a variable.If the user doesn't give  
     23        Store path into a variable.If the user doesn't give 
    2424        a path as a parameter a pop-up 
    2525        window appears to select the file. 
    26          
     26 
    2727        :param path: the path given by the user 
    28          
     28 
    2929        """ 
    3030        self.filename = path 
    31         
     31 
    3232    def get_filename(self): 
    3333        """ return the file's path""" 
    3434        return self.filename 
    35      
     35 
    3636    def set_values(self): 
    3737        """ Store the values loaded from file in local variables""" 
    … …  
    4242            self.x = [] 
    4343            self.y = [] 
    44             self.dx = []  
     44            self.dx = [] 
    4545            self.dy = [] 
    4646            for line in lines: 
    … …  
    5050                    y = float(toks[1]) 
    5151                    dy = float(toks[2]) 
    52                      
     52 
    5353                    self.x.append(x) 
    5454                    self.y.append(y) 
    … …  
    5959            # Sanity check 
    6060            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    61                 raise ValueError, "x and dx have different length" 
     61                raise ValueError("x and dx have different length") 
    6262            if not len(self.y) == len(self.dy): 
    63                 raise ValueError, "y and dy have different length" 
    64              
    65              
     63                raise ValueError("y and dy have different length") 
     64 
     65 
    6666    def get_values(self): 
    6767        """ Return x, y, dx, dy""" 
    6868        return self.x, self.y, self.dx, self.dy 
    69      
     69 
    7070    def load_data(self, data): 
    7171        """ Return plottable""" 
    … …  
    7777        #Load its View class 
    7878        #plottable.reset_view() 
    79         
    80      
    81 if __name__ == "__main__":  
     79 
     80 
     81if __name__ == "__main__": 
    8282    load = Load() 
    8383    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    84     print(load.get_filename())  
     84    print(load.get_filename()) 
    8585    load.set_values() 
    8686    print(load.get_values()) 
    87      
    88              
     87 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/expression.py

    ra1b8fee r574adc7  
    5959    occur multiple times.  The return value is a set with the elements in 
    6060    no particular order. 
    61      
     61 
    6262    This is the first step in computing a dependency graph. 
    6363    """ 
    … …  
    8181        offset = end 
    8282    pieces.append(expr[offset:]) 
    83      
     83 
    8484    # Join the pieces and return them 
    8585    return "".join(pieces) 
    … …  
    8888    """ 
    8989    Returns a list of pair-wise dependencies from the parameter expressions. 
    90      
     90 
    9191    For example, if p3 = p1+p2, then find_dependencies([p1,p2,p3]) will 
    9292    return [(p3,p1),(p3,p2)].  For base expressions without dependencies, 
    … …  
    110110    """ 
    111111    Find the parameter substitution we need so that expressions can 
    112     be evaluated without having to traverse a chain of  
     112    be evaluated without having to traverse a chain of 
    113113    model.layer.parameter.value 
    114114    """ 
    … …  
    122122    return definition, substitution 
    123123 
    124 def no_constraints():  
     124def no_constraints(): 
    125125    """ 
    126126    This parameter set has no constraints between the parameters. 
    … …  
    163163 
    164164    Parameter names are assumed to contain only _.a-zA-Z0-9#[] 
    165      
     165 
    166166    Both names are provided for inverse functions, e.g., acos and arccos. 
    167167 
    168168    Should try running the function to identify syntax errors before 
    169169    running it in a fit. 
    170      
     170 
    171171    Use help(fn) to see the code generated for the returned function fn. 
    172172    dis.dis(fn) will show the corresponding python vm instructions. 
    … …  
    239239        if independent == emptyset: 
    240240            cycleset = ", ".join(str(s) for s in left) 
    241             raise ValueError,"Cyclic dependencies amongst %s"%cycleset 
     241            raise ValueError("Cyclic dependencies amongst %s"%cycleset) 
    242242 
    243243        # The possibly resolvable items are those that depend on the independents 
    … …  
    267267        n.sort() 
    268268        items = list(items); items.sort() 
    269         raise Exception,"%s expect %s to contain %s for %s"%(msg,n,items,pairs) 
     269        raise ValueError("%s expect %s to contain %s for %s"%(msg,n,items,pairs)) 
    270270    for lo,hi in pairs: 
    271271        if lo in n and hi in n and n.index(lo) >= n.index(hi): 
    272             raise Exception,"%s expect %s before %s in %s for %s"%(msg,lo,hi,n,pairs) 
     272            raise ValueError("%s expect %s before %s in %s for %s"%(msg,lo,hi,n,pairs)) 
    273273 
    274274def test_deps(): 
    … …  
    288288    # Cycle test 
    289289    pairs = [(1,4),(4,3),(4,5),(5,1)] 
    290     try: n = order_dependencies(pairs) 
    291     except ValueError: pass 
    292     else: raise Exception,"test3 expect ValueError exception for %s"%(pairs,) 
     290    try: 
     291        n = order_dependencies(pairs) 
     292    except ValueError: 
     293        pass 
     294    else: 
     295        raise Exception("test3 expect ValueError exception for %s"%(pairs,)) 
    293296 
    294297    # large test for gross speed check 
    … …  
    308311    import inspect, dis 
    309312    import math 
    310      
     313 
    311314    symtab = {'a.b.x':1, 'a.c':2, 'a.b':3, 'b.x':4} 
    312315    expr = 'a.b.x + sin(4*pi*a.c) + a.b.x/a.b' 
    313      
     316 
    314317    # Check symbol lookup 
    315318    assert _symbols(expr, symtab) == set([1,2,3]) 
    … …  
    357360    expected = 2*math.pi*math.sin(5/.1875) + 6 
    358361    assert p2.value == expected,"Value was %s, not %s"%(p2.value,expected) 
    359      
     362 
    360363    # Check empty dependency set doesn't crash 
    361364    fn = compile_constraints(*world(p1,p3)) 
    … …  
    381384    fn() 
    382385    assert p5.value == 2.07,"Value for %s was %s"%(p5.expression,p5.value) 
    383      
     386 
    384387 
    385388    # Verify that we capture invalid expressions 
    386     for expr in ['G4.cage', 'M0.cage', 'M1.G1 + *2',  
     389    for expr in ['G4.cage', 'M0.cage', 'M1.G1 + *2', 
    387390                 'piddle', 
    388391                 '5; import sys; print "p0wned"', 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    rcb62bd5 r574adc7  
    148148                msg = "Invertor: one of your q-values is zero. " 
    149149                msg += "Delete that entry before proceeding" 
    150                 raise ValueError, msg 
     150                raise ValueError(msg) 
    151151            return self.set_x(value) 
    152152        elif name == 'y': 
    … …  
    159159                msg = "Invertor: d_max must be greater than zero." 
    160160                msg += "Correct that entry before proceeding" 
    161                 raise ValueError, msg 
     161                raise ValueError(msg) 
    162162            return self.set_dmax(value) 
    163163        elif name == 'q_min': 
    … …  
    181181                return self.set_est_bck(0) 
    182182            else: 
    183                 raise ValueError, "Invertor: est_bck can only be True or False" 
     183                raise ValueError("Invertor: est_bck can only be True or False") 
    184184 
    185185        return Cinvertor.__setattr__(self, name, value) 
    … …  
    331331        if self.is_valid() <= 0: 
    332332            msg = "Invertor.invert: Data array are of different length" 
    333             raise RuntimeError, msg 
     333            raise RuntimeError(msg) 
    334334 
    335335        p = np.ones(nfunc) 
    … …  
    364364        if self.is_valid() <= 0: 
    365365            msg = "Invertor.invert: Data arrays are of different length" 
    366             raise RuntimeError, msg 
     366            raise RuntimeError(msg) 
    367367 
    368368        p = np.ones(nfunc) 
    … …  
    448448        if self.is_valid() < 0: 
    449449            msg = "Invertor: invalid data; incompatible data lengths." 
    450             raise RuntimeError, msg 
     450            raise RuntimeError(msg) 
    451451 
    452452        self.nfunc = nfunc 
    … …  
    473473            self._get_matrix(nfunc, nq, a, b) 
    474474        except: 
    475             raise RuntimeError, "Invertor: could not invert I(Q)\n  %s" % sys.exc_value 
     475            raise RuntimeError("Invertor: could not invert I(Q)\n  %s" % sys.exc_value) 
    476476 
    477477        # Perform the inversion (least square fit) 
    … …  
    756756            except: 
    757757                msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % sys.exc_value 
    758                 raise RuntimeError, msg 
     758                raise RuntimeError(msg) 
    759759        else: 
    760760            msg = "Invertor.from_file: '%s' is not a file" % str(path) 
    761             raise RuntimeError, msg 
     761            raise RuntimeError(msg) 

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    rae69c690 r574adc7  
    224224                _found2 = True 
    225225 
    226         if _found1 == False or _found2 == False: 
    227             raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2) 
     226        if not _found1 or not _found2: 
     227            raise RuntimeError("Could not find all data %s %s" 
     228                               % (_found1, _found2)) 
    228229 
    229230        # Detector 
    … …  
    269270                    _found_term1 = True 
    270271 
    271         if _found_term1 == False or _found_term2 == False: 
    272             raise RuntimeError, "Could not find all process terms %s %s" % (_found_term1, _found_term2) 
     272        if not _found_term1 or not _found_term2: 
     273            raise RuntimeError("Could not find all process terms %s %s" 
     274                               % (_found_term1, _found_term2)) 
    273275 
    274276    def test_writer(self): 

  • test/sasdataloader/test/utest_cansas.py

    r17e257b5 r574adc7  
    22    Unit tests for the new recursive cansas reader 
    33""" 
     4import os 
     5import sys 
     6import StringIO 
     7import unittest 
     8import logging 
     9import warnings 
     10 
     11from lxml import etree 
     12from lxml.etree import XMLSyntaxError 
     13from xml.dom import minidom 
     14 
    415import sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader as cansas 
    516from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
    … …  
    819from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader 
    920from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants 
    10  
    11 import os 
    12 import sys 
    13 import urllib2 
    14 import StringIO 
    15 import pylint as pylint 
    16 import unittest 
    17 import numpy as np 
    18 import logging 
    19 import warnings 
    20  
    21 from lxml import etree 
    22 from lxml.etree import XMLSyntaxError 
    23 from xml.dom import minidom 
    2421 
    2522logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    309306 
    310307if __name__ == '__main__': 
    311     unittest.main()     
     308    unittest.main() 

  • test/utest_sasview.py

    rbe51cf6 r574adc7  
    6262                    proc = subprocess.Popen(code, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr = subprocess.STDOUT) 
    6363                    std_out, std_err = proc.communicate() 
     64                    std_out, std_err = std_out.decode(), (std_err.decode() if std_err else None) 
    6465                    #print(">>>>>> standard out", file_path, "\n", std_out, "\n>>>>>>>>> end stdout", file_path) 
    6566                    #sys.exit() 
    … …  
    109110    if run_tests(dirs=dirs, all=all)>0: 
    110111        sys.exit(1) 
    111  
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.