source: sasview/test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py @ ae69c690

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalcmagnetic_scattrelease-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
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Ensure dxl and dxw and the same length as each other and as x.

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Line 
1"""
2    Unit tests for data manipulations
3"""
4from __future__ import print_function
5
6import unittest
7import numpy as np
8from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader
9from sas.sascalc.dataloader.readers.abs_reader import Reader as AbsReader
10from sas.sascalc.dataloader.readers.danse_reader import Reader as DANSEReader
11from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader as CANSASReader
12
13from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D
14
15import os.path
16
17
18class abs_reader(unittest.TestCase):
19
20    def setUp(self):
21        reader = AbsReader()
22        data = reader.read("jan08002.ABS")
23        self.data= data[0]
24
25    def test_abs_checkdata(self):
26        """
27            Check the data content to see whether
28            it matches the specific file we loaded.
29            Check the units too to see whether the
30            Data1D defaults changed. Otherwise the
31            tests won't pass
32        """
33        self.assertEqual(self.data.filename, "jan08002.ABS")
34        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "IGOR 1D")
35
36        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
37        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6.0)
38
39        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
40        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 1000.0)
41
42        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.5667)
43
44        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
45        center_x = 114.58*5.08
46        center_y = 64.22*5.08
47        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
48        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
49
50        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
51        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.002618)
52        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.007854)
53        self.assertEqual(self.data.x[2], 0.01309)
54        self.assertEqual(self.data.x[126], 0.5828)
55
56        self.assertEqual(self.data.y[0], 0.02198)
57        self.assertEqual(self.data.y[1], 0.02201)
58        self.assertEqual(self.data.y[2], 0.02695)
59        self.assertEqual(self.data.y[126], 0.2958)
60
61        self.assertEqual(self.data.dy[0], 0.002704)
62        self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.001643)
63        self.assertEqual(self.data.dy[2], 0.002452)
64        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
65
66    def test_checkdata2(self):
67        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
68
69    def test_generic_loader(self):
70        # the generic loader should work as well
71        data = Loader().load("jan08002.ABS")
72        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "IGOR 1D")
73
74class DanseReaderTests(unittest.TestCase):
75
76    def setUp(self):
77        reader = DANSEReader()
78        data = reader.read("MP_New.sans")
79        self.data = data[0]
80
81    def test_checkdata(self):
82        """
83            Check the data content to see whether
84            it matches the specific file we loaded.
85            Check the units too to see whether the
86            Data1D defaults changed. Otherwise the
87            tests won't pass
88        """
89        self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans")
90        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE")
91
92        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
93        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 7.5)
94
95        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
96        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].distance, 5414.99, 3)
97
98        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
99        center_x = 68.74*5.0
100        center_y = 64.77*5.0
101        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
102        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
103
104        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm')
105        self.assertEqual(self.data.data[0], 1.57831)
106        self.assertEqual(self.data.data[1], 2.70983)
107        self.assertEqual(self.data.data[2], 3.83422)
108
109        self.assertEqual(self.data.err_data[0], 1.37607)
110        self.assertEqual(self.data.err_data[1], 1.77569)
111        self.assertEqual(self.data.err_data[2], 2.06313)
112
113    def test_generic_loader(self):
114        # the generic loader should work as well
115        data = Loader().load("MP_New.sans")
116        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "DANSE")
117
118
119class cansas_reader(unittest.TestCase):
120
121    def setUp(self):
122        reader = CANSASReader()
123        data = reader.read("cansas1d.xml")
124        self.data = data[0]
125
126    def test_generic_loader(self):
127        # the generic loader should work as well
128        data = Loader().load("cansas1d.xml")
129        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
130
131    def test_cansas_checkdata(self):
132        self.assertEqual(self.data.filename, "cansas1d.xml")
133        self._checkdata()
134
135    def _checkdata(self):
136        """
137            Check the data content to see whether
138            it matches the specific file we loaded.
139            Check the units too to see whether the
140            Data1D defaults changed. Otherwise the
141            tests won't pass
142        """
143        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
144        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
145
146        # Data
147        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
148        self.assertEqual(self.data.x_unit, 'A^{-1}')
149        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
150        self.assertAlmostEqual(self.data.x[0], 0.02, 6)
151        self.assertAlmostEqual(self.data.y[0], 1000, 6)
152        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[0], 0.01, 6)
153        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[0], 3, 6)
154        self.assertAlmostEqual(self.data.x[1], 0.03, 6)
155        self.assertAlmostEqual(self.data.y[1], 1001.0)
156        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[1], 0.02, 6)
157        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[1], 4, 6)
158        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
159        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
160
161        # Sample info
162        self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long")
163        self.assertEqual(self.data.sample.name, "my sample")
164        self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm')
165        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 1.03)
166
167        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
168
169        self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C')
170        self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0)
171
172        self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm')
173        self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10)
174        self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0)
175
176        self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree')
177        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5, 6)
178        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02, 6)
179
180        self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720")
181        self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here")
182
183        # Instrument info
184        self.assertEqual(self.data.instrument, "canSAS instrument")
185
186        # Source
187        self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron")
188
189        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm")
190        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_name, "bm")
191        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12)
192        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 13)
193
194        self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc")
195
196        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A")
197        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6)
198
199        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm")
200        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0)
201        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm")
202        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22)
203        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent")
204        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3)
205
206        # Collimation
207        _found1 = False
208        _found2 = False
209        self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.)
210        self.assertEqual(self.data.collimation[0].name, 'test coll name')
211
212        for item in self.data.collimation[0].aperture:
213            self.assertEqual(item.size_unit,'mm')
214            self.assertEqual(item.distance_unit,'mm')
215
216            if item.size.x == 50 \
217                and item.distance == 11000.0 \
218                and item.name == 'source' \
219                and item.type == 'radius':
220                _found1 = True
221            elif item.size.x == 1.0 \
222                and item.name == 'sample' \
223                and item.type == 'radius':
224                _found2 = True
225
226        if _found1 == False or _found2 == False:
227            raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2)
228
229        # Detector
230        self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid")
231        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "mm")
232        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4150)
233
234        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree")
235        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0, 6)
236        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0)
237        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0)
238
239        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m")
240        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .001)
241        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .002)
242        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None)
243
244        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm")
245        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64)
246        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68)
247        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None)
248
249        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm")
250        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5)
251        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5)
252        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None)
253
254        # Process
255        _found_term1 = False
256        _found_term2 = False
257        for item in self.data.process:
258            self.assertTrue(item.name in ['NCNR-IGOR', 'spol'])
259            self.assertTrue(item.date in ['04-Sep-2007 18:35:02',
260                                          '03-SEP-2006 11:42:47'])
261            for t in item.term:
262                if (t['name'] == "ABS:DSTAND"
263                    and t['unit'] == 'mm'
264                    and float(t['value']) == 1.0):
265                    _found_term2 = True
266                elif (t['name'] == "radialstep"
267                      and t['unit'] == 'mm'
268                      and float(t['value']) == 10.0):
269                    _found_term1 = True
270
271        if _found_term1 == False or _found_term2 == False:
272            raise RuntimeError, "Could not find all process terms %s %s" % (_found_term1, _found_term2)
273
274    def test_writer(self):
275        r = CANSASReader()
276
277        filename = "write_test.xml"
278        r.write(filename, self.data)
279        data = Loader().load(filename)
280        self.data = data[0]
281        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
282        self._checkdata()
283        if os.path.isfile(filename):
284            os.remove(filename)
285
286    def test_units(self):
287        """
288            Check units.
289            Note that not all units are available.
290        """
291        filename = "cansas1d_units.xml"
292        data = CANSASReader().read(filename)
293        self.data = data[0]
294        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
295        self._checkdata()
296
297    def test_badunits(self):
298        """
299            Check units.
300            Note that not all units are available.
301        """
302        filename = "cansas1d_badunits.xml"
303        data = CANSASReader().read(filename)
304        self.data = data[0]
305        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
306        # The followed should not have been loaded
307        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 0.00103)
308        # This one should
309        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
310
311        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
312        self.assertEqual(len(self.data.errors), 0)
313
314    def test_slits(self):
315        """
316            Check slit data
317        """
318        filename = "cansas1d_slit.xml"
319        data = CANSASReader().read(filename)
320        self.data = data[0]
321        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
322        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
323
324        # Data
325        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
326        self.assertEqual(self.data.x_unit, 'A^{-1}')
327        self.assertEqual(self.data.y_unit, 'cm^{-1}')
328        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.02)
329        self.assertEqual(self.data.y[0], 1000)
330        self.assertEqual(self.data.dxl[0], 0.005)
331        self.assertEqual(self.data.dxw[0], 0.001)
332        self.assertEqual(self.data.dy[0], 3)
333        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.03)
334        self.assertAlmostEquals(self.data.y[1], 1001.0)
335        self.assertEqual(self.data.dxl[1], 0.005)
336        self.assertEqual(self.data.dxw[1], 0.001)
337        self.assertEqual(self.data.dy[1], 4)
338        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
339        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
340
341
342if __name__ == '__main__':
343    unittest.main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.