Changeset 50f1477 in sasview for src/sas/sascalc/dataloader


Ignore:
Timestamp:
Dec 19, 2016 7:25:08 AM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
09fdc89, b61bd57
Parents:
f2724b6 (diff), 345e7e4 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
jhbakker <j.h.bakker@…> (12/19/16 07:25:08)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (12/19/16 07:25:08)
Message:

Merge pull request #27 from SasView?/revert-26-Jurtest2

Revert "Jurtest2"

Location:
src/sas/sascalc/dataloader
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r1fac6c0 r345e7e4  
    2525import numpy 
    2626import math 
     27 
     28class plottable_sesans1D(object): 
     29    """ 
     30    SESANS is a place holder for 1D SESANS plottables. 
     31 
     32    #TODO: This was directly copied from the plottables_1D. Modified Somewhat. 
     33    #Class has been updated. 
     34    """ 
     35    # The presence of these should be mutually 
     36    # exclusive with the presence of Qdev (dx) 
     37    x = None 
     38    y = None 
     39    lam = None 
     40    dx = None 
     41    dy = None 
     42    dlam = None 
     43    ## Slit smearing length 
     44    dxl = None 
     45    ## Slit smearing width 
     46    dxw = None 
     47 
     48    # Units 
     49    _xaxis = '' 
     50    _xunit = '' 
     51    _yaxis = '' 
     52    _yunit = '' 
     53 
     54    def __init__(self, x, y, lam, dx=None, dy=None, dlam=None): 
     55#        print "SESANS plottable working" 
     56        self.x = numpy.asarray(x) 
     57        self.y = numpy.asarray(y) 
     58        self.lam = numpy.asarray(lam) 
     59        if dx is not None: 
     60            self.dx = numpy.asarray(dx) 
     61        if dy is not None: 
     62            self.dy = numpy.asarray(dy) 
     63        if dlam is not None: 
     64            self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
     65 
     66    def xaxis(self, label, unit): 
     67        """ 
     68        set the x axis label and unit 
     69        """ 
     70        self._xaxis = label 
     71        self._xunit = unit 
     72 
     73    def yaxis(self, label, unit): 
     74        """ 
     75        set the y axis label and unit 
     76        """ 
     77        self._yaxis = label 
     78        self._yunit = unit 
     79 
     80 
    2781class plottable_1D(object): 
    2882    """ 
    … …  
    4094    dxw = None 
    4195 
    42     ## SESANS specific params (wavelengths for spin echo length calculation) 
    43  
    44     lam = None 
    45     dlam = None 
    46  
    4796    # Units 
    4897    _xaxis = '' 
    … …  
    51100    _yunit = '' 
    52101 
    53     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None, lam=None, dlam=None): 
     102    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None): 
    54103        self.x = numpy.asarray(x) 
    55104        self.y = numpy.asarray(y) 
    … …  
    62111        if dxw is not None: 
    63112            self.dxw = numpy.asarray(dxw) 
    64         if lam is not None: 
    65             self.lam = numpy.asarray(lam) 
    66         if dlam is not None: 
    67             self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
    68113 
    69114    def xaxis(self, label, unit): 
    … …  
    691736        return self._perform_union(other) 
    692737 
    693 class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
    694     """ 
    695     1D data class 
    696     """ 
    697     #if plottable_1D.lam is None: # This means it's SANS data! 
    698      #   x_unit = '1/A' 
    699       #  y_unit = '1/cm' 
    700     #elif plottable_1D.lam is not None: # This means it's SESANS data! 
    701      #   x_unit = 'A' 
    702       #  y_unit = 'pol' 
    703     #else: # and if it's neither, you get punished! 
    704      #   raise(TypeError,'This is neither SANS nor SESANS data, what the hell are you doing??') 
    705  
    706     def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=False): 
    707         self.isSesans = isSesans 
     738class SESANSData1D(plottable_sesans1D, DataInfo): 
     739    """ 
     740    SESANS 1D data class 
     741    """ 
     742    x_unit = 'nm' 
     743    y_unit = 'pol' 
     744 
     745    def __init__(self, x=None, y=None, lam=None, dx=None, dy=None, dlam=None): 
    708746        DataInfo.__init__(self) 
    709         plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy,None, None, lam, dlam) 
    710         if self.isSesans: 
    711             x_unit = 'A' 
    712             y_unit = 'pol' 
    713         elif not self.isSesans: # it's SANS data! (Could also be simple else statement, but i prefer exhaustive conditionals...-JHB) 
    714             x_unit = '1/A' 
    715             y_unit = '1/cm' 
    716         else: # and if it's neither, you get punished! 
    717             raise(TypeError,'This is neither SANS nor SESANS data, what the hell are you doing??') 
     747        plottable_sesans1D.__init__(self, x, y, lam, dx, dy, dlam) 
    718748 
    719749    def __str__(self): 
    … …  
    729759        return _str 
    730760 
     761    def clone_without_data(self, length=0, clone=None): 
     762        """ 
     763        Clone the current object, without copying the data (which 
     764        will be filled out by a subsequent operation). 
     765        The data arrays will be initialized to zero. 
     766 
     767        :param length: length of the data array to be initialized 
     768        :param clone: if provided, the data will be copied to clone 
     769        """ 
     770        from copy import deepcopy 
     771        if clone is None or not issubclass(clone.__class__, Data1D): 
     772            x = numpy.zeros(length) 
     773            dx = numpy.zeros(length) 
     774            y = numpy.zeros(length) 
     775            dy = numpy.zeros(length) 
     776            clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
     777 
     778        clone.title = self.title 
     779        clone.run = self.run 
     780        clone.filename = self.filename 
     781        clone.instrument = self.instrument 
     782        clone.notes = deepcopy(self.notes) 
     783        clone.process = deepcopy(self.process) 
     784        clone.detector = deepcopy(self.detector) 
     785        clone.sample = deepcopy(self.sample) 
     786        clone.source = deepcopy(self.source) 
     787        clone.collimation = deepcopy(self.collimation) 
     788        clone.trans_spectrum = deepcopy(self.trans_spectrum) 
     789        clone.meta_data = deepcopy(self.meta_data) 
     790        clone.errors = deepcopy(self.errors) 
     791 
     792        return clone 
     793 
     794class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
     795    """ 
     796    1D data class 
     797    """ 
     798    x_unit = '1/A' 
     799    y_unit = '1/cm' 
     800 
     801    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
     802        DataInfo.__init__(self) 
     803        plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
     804 
     805    def __str__(self): 
     806        """ 
     807        Nice printout 
     808        """ 
     809        _str = "%s\n" % DataInfo.__str__(self) 
     810        _str += "Data:\n" 
     811        _str += "   Type:         %s\n" % self.__class__.__name__ 
     812        _str += "   X-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._xaxis, self._xunit) 
     813        _str += "   Y-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._yaxis, self._yunit) 
     814        _str += "   Length:       %g\n" % len(self.x) 
     815        return _str 
     816 
    731817    def is_slit_smeared(self): 
    732818        """ 
    … …  
    757843            y = numpy.zeros(length) 
    758844            dy = numpy.zeros(length) 
    759             lam = numpy.zeros(length) 
    760             dlam = numpy.zeros(length) 
    761             clone = Data1D(x, y, lam=lam, dx=dx, dy=dy, dlam=dlam ) 
     845            clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
    762846 
    763847        clone.title = self.title 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    ra01af35 r345e7e4  
    88import numpy 
    99import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
     10from sas.sascalc.dataloader.data_info import SESANSData1D 
    1111 
    1212# Check whether we have a converter available 
    … …  
    5959                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    6060                buff = input_f.read() 
     61#                print buff 
    6162                lines = buff.splitlines() 
     63#                print lines 
     64                #Jae could not find python universal line spliter: 
     65                #keep the below for now 
     66                # some ascii data has \r line separator, 
     67                # try it when the data is on only one long line 
     68#                if len(lines) < 2 : 
     69#                    lines = buff.split('\r') 
     70                  
    6271                x  = numpy.zeros(0) 
    6372                y  = numpy.zeros(0) 
    … …  
    7483                tdlam = numpy.zeros(0) 
    7584                tdx = numpy.zeros(0) 
    76                 output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True ) 
     85#                print "all good" 
     86                output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam) 
     87#                print output                 
    7788                self.filename = output.filename = basename 
    7889 
     90#                #Initialize counters for data lines and header lines. 
     91#                is_data = False  # Has more than 5 lines 
     92#                # More than "5" lines of data is considered as actual 
     93#                # data unless that is the only data 
     94#                mum_data_lines = 5 
     95#                # To count # of current data candidate lines 
     96#                i = -1 
     97#                # To count total # of previous data candidate lines 
     98#                i1 = -1 
     99#                # To count # of header lines 
     100#                j = -1 
     101#                # Helps to count # of header lines 
     102#                j1 = -1 
     103#                #minimum required number of columns of data; ( <= 4). 
     104#                lentoks = 2 
    79105                paramnames=[] 
    80106                paramvals=[] 
    … …  
    85111                Pvals=[] 
    86112                dPvals=[] 
     113#                print x 
     114#                print zvals 
    87115                for line in lines: 
    88116                    # Initial try for CSV (split on ,) 
    … …  
    94122                    if len(toks)>5: 
    95123                        zvals.append(toks[0]) 
    96                         dzvals.append(toks[3]) 
    97                         lamvals.append(toks[4]) 
    98                         dlamvals.append(toks[5]) 
    99                         Pvals.append(toks[1]) 
    100                         dPvals.append(toks[2]) 
     124                        dzvals.append(toks[1]) 
     125                        lamvals.append(toks[2]) 
     126                        dlamvals.append(toks[3]) 
     127                        Pvals.append(toks[4]) 
     128                        dPvals.append(toks[5]) 
    101129                    else: 
    102130                        continue 
    … …  
    112140                default_z_unit = "A" 
    113141                data_conv_P = None 
    114                 default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
     142                default_p_unit = " " 
    115143                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
    116                 if lam_unit == 'AA': 
    117                     lam_unit = 'A' 
    118144                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    119145                valrange=range(1, len(zvals)) 
    … …  
    135161                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    136162                output.y = y 
    137                 output.y_unit = '\AA^{-2} cm^{-1}' # output y_unit erbij 
    138163                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    139164                output.dy = dy 
    … …  
    141166                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    142167 
    143                 output.xaxis("\\rm{z}", output.x_unit) 
    144                 output.yaxis("\\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit) # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     168                output.xaxis("\rm{z}", output.x_unit) 
     169                output.yaxis("\\rm{P/P0}", output.y_unit) 
    145170                # Store loading process information 
    146171                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    147                 #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
     172                output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    148173                output.sample.name = paramvals[1] 
    149174                output.sample.ID = paramvals[0] 
    150175                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    151176                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    152                 if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == '\A^-1': 
     177                if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1': 
    153178                    zaccept_unit = "1/A" 
    154179                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.