Changeset 4c00964 in sasview for DataLoader/readers


Ignore:
Timestamp:
Aug 28, 2008 4:53:26 PM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
579ba85
Parents:
3c404d3
Message:

Working on cansas writer

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • DataLoader/readers/cansas_reader.py

    rd6513cd r4c00964  
    1010 
    1111#TODO: Unit conversion 
     12#TODO: missing aperture type: go through all entries and check for additional attributes 
     13#TODO: check that all vectors are written only if they have at least one non-empty value 
     14#TODO: multiple SASEntrys 
    1215#TODO: Store error list 
    1316#TODO: convert from pixel to mm for beam center... 
     
    2225from DataLoader.data_info import Data1D, Collimation, Detector, Process, Aperture 
    2326from xml import xpath 
     27import xml.dom.minidom  
     28 
    2429 
    2530has_converter = True 
     
    2833except: 
    2934    has_converter = False 
     35 
     36def write_node(doc, parent, name, value, attr={}): 
     37    """ 
     38        @param doc: document DOM 
     39        @param parent: parent node 
     40        @param name: tag of the element 
     41        @param value: value of the child text node 
     42        @param attr: attribute dictionary 
     43        @return: True if something was appended, otherwise False 
     44    """ 
     45    if value is not None: 
     46        node = doc.createElement(name) 
     47        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value))) 
     48        for item in attr: 
     49            node.setAttribute(item, attr[item]) 
     50        parent.appendChild(node) 
     51        return True 
     52    return False 
    3053 
    3154def get_node_text(node): 
     
    287310        
    288311        # Source info ################### 
     312        value, attr = get_content('SASinstrument/SASsource', dom) 
     313        if attr.has_key('name'): 
     314            data_info.source.name = attr['name'] 
     315         
    289316        _store_content('SASinstrument/SASsource/radiation',  
    290317                     dom, 'radiation', data_info.source)                     
     
    312339        for item in nodes: 
    313340            collim = Collimation() 
     341            value, attr = get_node_text(item) 
     342            if attr.has_key('name'): 
     343                collim.name = attr['name'] 
    314344            _store_float('length', item, 'length', collim)   
    315345             
     
    318348            for apert in apert_list: 
    319349                aperture =  Aperture() 
     350                 
     351                # Get the name and type of the aperture 
     352                ap_value, ap_attr = get_node_text(item) 
     353                if ap_attr.has_key('name'): 
     354                    aperture.name = ap_attr['name'] 
     355                if ap_attr.has_key('type'): 
     356                    aperture.type = ap_attr['type'] 
     357                     
    320358                _store_float('distance', apert, 'distance', aperture)     
    321359                _store_float('size/x', apert, 'size.x', aperture)     
     
    451489        return data_info 
    452490 
    453      
     491    def write(self, filename, datainfo): 
     492        """ 
     493            Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file 
     494             
     495            @param filename: name of the file to write 
     496            @param datainfo: Data1D object 
     497        """ 
     498         
     499        if not datainfo.__class__ == Data1D:  
     500            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance" 
     501         
     502        doc = xml.dom.minidom.Document() 
     503        main_node = doc.createElement("SASroot") 
     504        main_node.setAttribute("version", "1.0") 
     505        doc.appendChild(main_node) 
     506         
     507        entry_node = doc.createElement("SASentry") 
     508        main_node.appendChild(entry_node) 
     509         
     510        write_node(doc, entry_node, "title", datainfo.title) 
     511        write_node(doc, entry_node, "run", datainfo.run) 
     512         
     513        # Data info 
     514        node = doc.createElement("SASdata") 
     515        entry_node.appendChild(node) 
     516         
     517        # Sample info 
     518        sample = doc.createElement("SASsample") 
     519        entry_node.appendChild(sample) 
     520        write_node(doc, sample, "ID", datainfo.sample.ID) 
     521        write_node(doc, sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, {"unit":datainfo.sample.thickness_unit}) 
     522        write_node(doc, sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
     523        write_node(doc, sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, {"unit":datainfo.sample.temperature_unit}) 
     524         
     525        for item in datainfo.sample.details: 
     526            write_node(doc, sample, "details", item) 
     527         
     528        pos = doc.createElement("position") 
     529        written = False 
     530        written = written or write_node(doc, pos, "x", datainfo.sample.position.x, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     531        written = written or write_node(doc, pos, "y", datainfo.sample.position.y, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     532        written = written or write_node(doc, pos, "z", datainfo.sample.position.z, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     533        if written == True: 
     534            sample.appendChild(pos) 
     535         
     536        ori = doc.createElement("orientation") 
     537        written = False 
     538        written = written or write_node(doc, ori, "roll",  datainfo.sample.orientation.x, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     539        written = written or write_node(doc, ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     540        written = written or write_node(doc, ori, "yaw",   datainfo.sample.orientation.z, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     541        if written == True: 
     542            sample.appendChild(ori) 
     543         
     544        # Instrument info 
     545        instr = doc.createElement("SASinstrument") 
     546        entry_node.appendChild(instr) 
     547         
     548        write_node(doc, instr, "name", datainfo.instrument) 
     549         
     550        #   Source 
     551        source = doc.createElement("SASsource") 
     552        source.setAttribute("name", str(datainfo.source.name)) 
     553        instr.appendChild(source) 
     554         
     555        write_node(doc, source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
     556        write_node(doc, source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
     557        write_node(doc, source, "wavelength", datainfo.source.wavelength, {"unit":datainfo.source.wavelength_unit}) 
     558        write_node(doc, source, "wavelength_min", datainfo.source.wavelength_min, {"unit":datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
     559        write_node(doc, source, "wavelength_max", datainfo.source.wavelength_max, {"unit":datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
     560        write_node(doc, source, "wavelength_spread", datainfo.source.wavelength_spread, {"unit":datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
     561         
     562        #   Collimation 
     563        for item in datainfo.collimation: 
     564            coll = doc.createElement("SAScollimation") 
     565            coll.setAttribute("name", item.name) 
     566            instr.appendChild(coll) 
     567             
     568            write_node(doc, coll, "length", item.length, {"unit":item.length_unit}) 
     569             
     570            for apert in item.aperture: 
     571                ap = doc.createElement("SAScollimation") 
     572                ap.setAttribute("name", apert.name) 
     573                ap.setAttribute("type", apert.type) 
     574                instr.appendChild(ap) 
     575                 
     576                write_node(doc, ap, "distance", apert.distance, {"unit":apert.distance_unit}) 
     577                 
     578                size = doc.createElement("size") 
     579                ap.appendChild(size) 
     580                write_node(doc, size, "x", apert.size.x, {"unit":apert.size_unit}) 
     581                write_node(doc, size, "y", apert.size.y, {"unit":apert.size_unit}) 
     582                write_node(doc, size, "z", apert.size.z, {"unit":apert.size_unit}) 
     583                 
     584 
     585        #   Detectors 
     586        for item in datainfo.detector: 
     587            det = doc.createElement("SASdetector") 
     588            instr.appendChild(det) 
     589             
     590            write_node(doc, det, "name", item.name) 
     591            write_node(doc, det, "SDD", item.distance, {"unit":item.distance_unit}) 
     592            write_node(doc, det, "slit_length", item.slit_length, {"unit":item.slit_length_unit}) 
     593             
     594            off = doc.createElement("offset") 
     595            det.appendChild(off) 
     596            write_node(doc, off, "x", item.offset.x, {"unit":item.offset_unit}) 
     597            write_node(doc, off, "y", item.offset.y, {"unit":item.offset_unit}) 
     598            write_node(doc, off, "z", item.offset.z, {"unit":item.offset_unit}) 
     599             
     600             
     601            center = doc.createElement("beam_center") 
     602            det.appendChild(center) 
     603            write_node(doc, center, "x", item.beam_center.x, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     604            write_node(doc, center, "y", item.beam_center.y, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     605            write_node(doc, center, "z", item.beam_center.z, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     606             
     607            pix = doc.createElement("pixel_size") 
     608            det.appendChild(pix) 
     609            write_node(doc, pix, "x", item.pixel_size.x, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     610            write_node(doc, pix, "y", item.pixel_size.y, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     611            write_node(doc, pix, "z", item.pixel_size.z, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     612             
     613         
     614        # Sample info 
     615        for item in datainfo.process: 
     616            node = doc.createElement("SASprocess") 
     617            entry_node.appendChild(node) 
     618 
     619            write_node(doc, entry_node, "run", item.name) 
     620             
     621         
     622        # Write the file 
     623        fd = open(filename, 'w') 
     624        fd.write(doc.toprettyxml()) 
     625        fd.close() 
     626         
     627         
    454628if __name__ == "__main__":  
    455629    logging.basicConfig(level=logging.ERROR, 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.