Changeset 4c00964 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Aug 28, 2008 4:53:26 PM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
579ba85
Parents:
3c404d3
Message:

Working on cansas writer

Location:
DataLoader
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • DataLoader/data_info.py

    rd6513cd r4c00964  
    147147 
    148148class Aperture: 
    149     # Aperture size [Vector] 
     149    ## Name 
     150    name = '' 
     151    ## Type 
     152    type = '' 
     153    ## Aperture size [Vector] 
    150154    size = None 
    151155    size_unit = 'mm' 
    152     # Aperture distance [float] 
     156    ## Aperture distance [float] 
    153157    distance = None 
    154158    distance_unit = 'mm' 
    … …  
    161165        Class to hold collimation information 
    162166    """ 
    163      
     167    ## Name 
     168    name = '' 
    164169    ## Length [float] [mm] 
    165170    length = None 
    … …  
    186191        Class to hold source information 
    187192    """   
     193    ## Name 
     194    name = '' 
    188195    ## Radiation type [string] 
    189196    radiation = '' 

  • DataLoader/readers/cansas_reader.py

    rd6513cd r4c00964  
    1010 
    1111#TODO: Unit conversion 
     12#TODO: missing aperture type: go through all entries and check for additional attributes 
     13#TODO: check that all vectors are written only if they have at least one non-empty value 
     14#TODO: multiple SASEntrys 
    1215#TODO: Store error list 
    1316#TODO: convert from pixel to mm for beam center... 
    … …  
    2225from DataLoader.data_info import Data1D, Collimation, Detector, Process, Aperture 
    2326from xml import xpath 
     27import xml.dom.minidom  
     28 
    2429 
    2530has_converter = True 
    … …  
    2833except: 
    2934    has_converter = False 
     35 
     36def write_node(doc, parent, name, value, attr={}): 
     37    """ 
     38        @param doc: document DOM 
     39        @param parent: parent node 
     40        @param name: tag of the element 
     41        @param value: value of the child text node 
     42        @param attr: attribute dictionary 
     43        @return: True if something was appended, otherwise False 
     44    """ 
     45    if value is not None: 
     46        node = doc.createElement(name) 
     47        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value))) 
     48        for item in attr: 
     49            node.setAttribute(item, attr[item]) 
     50        parent.appendChild(node) 
     51        return True 
     52    return False 
    3053 
    3154def get_node_text(node): 
    … …  
    287310        
    288311        # Source info ################### 
     312        value, attr = get_content('SASinstrument/SASsource', dom) 
     313        if attr.has_key('name'): 
     314            data_info.source.name = attr['name'] 
     315         
    289316        _store_content('SASinstrument/SASsource/radiation',  
    290317                     dom, 'radiation', data_info.source)                     
    … …  
    312339        for item in nodes: 
    313340            collim = Collimation() 
     341            value, attr = get_node_text(item) 
     342            if attr.has_key('name'): 
     343                collim.name = attr['name'] 
    314344            _store_float('length', item, 'length', collim)   
    315345             
    … …  
    318348            for apert in apert_list: 
    319349                aperture =  Aperture() 
     350                 
     351                # Get the name and type of the aperture 
     352                ap_value, ap_attr = get_node_text(item) 
     353                if ap_attr.has_key('name'): 
     354                    aperture.name = ap_attr['name'] 
     355                if ap_attr.has_key('type'): 
     356                    aperture.type = ap_attr['type'] 
     357                     
    320358                _store_float('distance', apert, 'distance', aperture)     
    321359                _store_float('size/x', apert, 'size.x', aperture)     
    … …  
    451489        return data_info 
    452490 
    453      
     491    def write(self, filename, datainfo): 
     492        """ 
     493            Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file 
     494             
     495            @param filename: name of the file to write 
     496            @param datainfo: Data1D object 
     497        """ 
     498         
     499        if not datainfo.__class__ == Data1D:  
     500            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance" 
     501         
     502        doc = xml.dom.minidom.Document() 
     503        main_node = doc.createElement("SASroot") 
     504        main_node.setAttribute("version", "1.0") 
     505        doc.appendChild(main_node) 
     506         
     507        entry_node = doc.createElement("SASentry") 
     508        main_node.appendChild(entry_node) 
     509         
     510        write_node(doc, entry_node, "title", datainfo.title) 
     511        write_node(doc, entry_node, "run", datainfo.run) 
     512         
     513        # Data info 
     514        node = doc.createElement("SASdata") 
     515        entry_node.appendChild(node) 
     516         
     517        # Sample info 
     518        sample = doc.createElement("SASsample") 
     519        entry_node.appendChild(sample) 
     520        write_node(doc, sample, "ID", datainfo.sample.ID) 
     521        write_node(doc, sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, {"unit":datainfo.sample.thickness_unit}) 
     522        write_node(doc, sample, "transmission", datainfo.sample.transmission) 
     523        write_node(doc, sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, {"unit":datainfo.sample.temperature_unit}) 
     524         
     525        for item in datainfo.sample.details: 
     526            write_node(doc, sample, "details", item) 
     527         
     528        pos = doc.createElement("position") 
     529        written = False 
     530        written = written or write_node(doc, pos, "x", datainfo.sample.position.x, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     531        written = written or write_node(doc, pos, "y", datainfo.sample.position.y, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     532        written = written or write_node(doc, pos, "z", datainfo.sample.position.z, {"unit":datainfo.sample.position_unit}) 
     533        if written == True: 
     534            sample.appendChild(pos) 
     535         
     536        ori = doc.createElement("orientation") 
     537        written = False 
     538        written = written or write_node(doc, ori, "roll",  datainfo.sample.orientation.x, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     539        written = written or write_node(doc, ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     540        written = written or write_node(doc, ori, "yaw",   datainfo.sample.orientation.z, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit}) 
     541        if written == True: 
     542            sample.appendChild(ori) 
     543         
     544        # Instrument info 
     545        instr = doc.createElement("SASinstrument") 
     546        entry_node.appendChild(instr) 
     547         
     548        write_node(doc, instr, "name", datainfo.instrument) 
     549         
     550        #   Source 
     551        source = doc.createElement("SASsource") 
     552        source.setAttribute("name", str(datainfo.source.name)) 
     553        instr.appendChild(source) 
     554         
     555        write_node(doc, source, "radiation", datainfo.source.radiation) 
     556        write_node(doc, source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape) 
     557        write_node(doc, source, "wavelength", datainfo.source.wavelength, {"unit":datainfo.source.wavelength_unit}) 
     558        write_node(doc, source, "wavelength_min", datainfo.source.wavelength_min, {"unit":datainfo.source.wavelength_min_unit}) 
     559        write_node(doc, source, "wavelength_max", datainfo.source.wavelength_max, {"unit":datainfo.source.wavelength_max_unit}) 
     560        write_node(doc, source, "wavelength_spread", datainfo.source.wavelength_spread, {"unit":datainfo.source.wavelength_spread_unit}) 
     561         
     562        #   Collimation 
     563        for item in datainfo.collimation: 
     564            coll = doc.createElement("SAScollimation") 
     565            coll.setAttribute("name", item.name) 
     566            instr.appendChild(coll) 
     567             
     568            write_node(doc, coll, "length", item.length, {"unit":item.length_unit}) 
     569             
     570            for apert in item.aperture: 
     571                ap = doc.createElement("SAScollimation") 
     572                ap.setAttribute("name", apert.name) 
     573                ap.setAttribute("type", apert.type) 
     574                instr.appendChild(ap) 
     575                 
     576                write_node(doc, ap, "distance", apert.distance, {"unit":apert.distance_unit}) 
     577                 
     578                size = doc.createElement("size") 
     579                ap.appendChild(size) 
     580                write_node(doc, size, "x", apert.size.x, {"unit":apert.size_unit}) 
     581                write_node(doc, size, "y", apert.size.y, {"unit":apert.size_unit}) 
     582                write_node(doc, size, "z", apert.size.z, {"unit":apert.size_unit}) 
     583                 
     584 
     585        #   Detectors 
     586        for item in datainfo.detector: 
     587            det = doc.createElement("SASdetector") 
     588            instr.appendChild(det) 
     589             
     590            write_node(doc, det, "name", item.name) 
     591            write_node(doc, det, "SDD", item.distance, {"unit":item.distance_unit}) 
     592            write_node(doc, det, "slit_length", item.slit_length, {"unit":item.slit_length_unit}) 
     593             
     594            off = doc.createElement("offset") 
     595            det.appendChild(off) 
     596            write_node(doc, off, "x", item.offset.x, {"unit":item.offset_unit}) 
     597            write_node(doc, off, "y", item.offset.y, {"unit":item.offset_unit}) 
     598            write_node(doc, off, "z", item.offset.z, {"unit":item.offset_unit}) 
     599             
     600             
     601            center = doc.createElement("beam_center") 
     602            det.appendChild(center) 
     603            write_node(doc, center, "x", item.beam_center.x, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     604            write_node(doc, center, "y", item.beam_center.y, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     605            write_node(doc, center, "z", item.beam_center.z, {"unit":item.beam_center_unit}) 
     606             
     607            pix = doc.createElement("pixel_size") 
     608            det.appendChild(pix) 
     609            write_node(doc, pix, "x", item.pixel_size.x, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     610            write_node(doc, pix, "y", item.pixel_size.y, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     611            write_node(doc, pix, "z", item.pixel_size.z, {"unit":item.pixel_size_unit}) 
     612             
     613         
     614        # Sample info 
     615        for item in datainfo.process: 
     616            node = doc.createElement("SASprocess") 
     617            entry_node.appendChild(node) 
     618 
     619            write_node(doc, entry_node, "run", item.name) 
     620             
     621         
     622        # Write the file 
     623        fd = open(filename, 'w') 
     624        fd.write(doc.toprettyxml()) 
     625        fd.close() 
     626         
     627         
    454628if __name__ == "__main__":  
    455629    logging.basicConfig(level=logging.ERROR, 

  • DataLoader/release_notes.txt

    r9198b83 r4c00964  
    2020                        * numpy 
    2121                        * data_util from svn://danse.us/common/releases/data_util-0.1 
    22  
     22                        * The CanSAS reader needs PyXML installed 
     23         
    23243- Known Issues 
    2425 

  • DataLoader/test/cansas1d.xml

    rd6513cd r4c00964  
    5151                <SASinstrument name="TEST instrument"> 
    5252                        <name>canSAS instrument</name> 
    53                         <SASsource> 
     53                        <SASsource name="source name"> 
    5454                                <radiation>neutron</radiation> 
    5555                                <beam_size> 
    … …  
    6565                                </wavelength_spread> 
    6666                        </SASsource> 
    67                         <SAScollimation> 
     67                        <SAScollimation name="test coll name"> 
    6868                                <length unit='mm'> 123.0</length> 
    6969                                <aperture name="source" type="radius"> 
    … …  
    9090                                        <yaw unit="degree">0.00</yaw> 
    9191                                </orientation> 
     92                                <offset> 
     93                                        <x unit="mm">1</x> 
     94                                        <y unit="mm">2</y> 
     95                                </offset> 
    9296                                <beam_center> 
    9397                                        <x unit="mm">322.64</x> 

  • DataLoader/test/testplugings.py

    r16d8e5f r4c00964  
    5050            self.assertEqual(output.x[i],x[i]) 
    5151            self.assertEqual(output.y[i],y[i]) 
     52 
     53# How about actually executing the tests... 
     54if __name__ == '__main__': 
     55    unittest.main() 

  • DataLoader/test/utest_abs_reader.py

    rd6513cd r4c00964  
    207207            raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2)  
    208208             
     209        # Detector 
     210        self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid") 
     211        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "m") 
     212        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4.150) 
     213         
     214        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree") 
     215        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0) 
     216        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0) 
     217        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0) 
     218         
     219        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m") 
     220        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .01) 
     221        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .02) 
     222        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None) 
     223         
     224        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm") 
     225        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64) 
     226        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68) 
     227        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None) 
     228         
     229        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm") 
     230        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5) 
     231        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5) 
     232        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None) 
     233         
     234        # Process 
     235         
     236         
     237         
     238    def test_writer(self): 
     239        from DataLoader.readers.cansas_reader import Reader 
     240        r = Reader() 
     241        x = numpy.ones(5) 
     242        y = numpy.ones(5) 
     243        dy = numpy.ones(5) 
     244         
     245        d = Loader().load("jan08002.ABS") 
     246        #d = Data1D(x, y, dy) 
     247        r.write("write_test.xml", d) 
     248         
     249         
    209250         
    210251         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.