| 1 | """ |
|---|
| 2 | Unit tests for data manipulations |
|---|
| 3 | """ |
|---|
| 4 | |
|---|
| 5 | import unittest |
|---|
| 6 | import numpy, math |
|---|
| 7 | from DataLoader.loader import Loader |
|---|
| 8 | from DataLoader.data_info import Data1D |
|---|
| 9 | |
|---|
| 10 | import os.path |
|---|
| 11 | |
|---|
| 12 | class abs_reader(unittest.TestCase): |
|---|
| 13 | |
|---|
| 14 | def setUp(self): |
|---|
| 15 | self.data = Loader().load("jan08002.ABS") |
|---|
| 16 | |
|---|
| 17 | def test_checkdata(self): |
|---|
| 18 | """ |
|---|
| 19 | Check the data content to see whether |
|---|
| 20 | it matches the specific file we loaded. |
|---|
| 21 | Check the units too to see whether the |
|---|
| 22 | Data1D defaults changed. Otherwise the |
|---|
| 23 | tests won't pass |
|---|
| 24 | """ |
|---|
| 25 | self.assertEqual(self.data.filename, "jan08002.ABS") |
|---|
| 26 | |
|---|
| 27 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A') |
|---|
| 28 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6.0) |
|---|
| 29 | |
|---|
| 30 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm') |
|---|
| 31 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 1000.0) |
|---|
| 32 | |
|---|
| 33 | self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.5667) |
|---|
| 34 | |
|---|
| 35 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm') |
|---|
| 36 | center_x = 114.58*5.0 |
|---|
| 37 | center_y = 64.22*5.0 |
|---|
| 38 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x) |
|---|
| 39 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y) |
|---|
| 40 | |
|---|
| 41 | self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm') |
|---|
| 42 | self.assertEqual(self.data.x[0], 0.002618) |
|---|
| 43 | self.assertEqual(self.data.x[1], 0.007854) |
|---|
| 44 | self.assertEqual(self.data.x[2], 0.01309) |
|---|
| 45 | self.assertEqual(self.data.x[126], 0.5828) |
|---|
| 46 | |
|---|
| 47 | self.assertEqual(self.data.y[0], 0.02198) |
|---|
| 48 | self.assertEqual(self.data.y[1], 0.02201) |
|---|
| 49 | self.assertEqual(self.data.y[2], 0.02695) |
|---|
| 50 | self.assertEqual(self.data.y[126], 0.2958) |
|---|
| 51 | |
|---|
| 52 | self.assertEqual(self.data.dy[0], 0.002704) |
|---|
| 53 | self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.001643) |
|---|
| 54 | self.assertEqual(self.data.dy[2], 0.002452) |
|---|
| 55 | self.assertEqual(self.data.dy[126], 1) |
|---|
| 56 | |
|---|
| 57 | def test_checkdata2(self): |
|---|
| 58 | self.assertEqual(self.data.dy[126], 1) |
|---|
| 59 | |
|---|
| 60 | class igor_reader(unittest.TestCase): |
|---|
| 61 | |
|---|
| 62 | def setUp(self): |
|---|
| 63 | self.data = Loader().load("MAR07232_rest.ASC") |
|---|
| 64 | |
|---|
| 65 | def test_checkdata(self): |
|---|
| 66 | """ |
|---|
| 67 | Check the data content to see whether |
|---|
| 68 | it matches the specific file we loaded. |
|---|
| 69 | Check the units too to see whether the |
|---|
| 70 | Data1D defaults changed. Otherwise the |
|---|
| 71 | tests won't pass |
|---|
| 72 | """ |
|---|
| 73 | self.assertEqual(self.data.filename, "MAR07232_rest.ASC") |
|---|
| 74 | |
|---|
| 75 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A') |
|---|
| 76 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 8.4) |
|---|
| 77 | |
|---|
| 78 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm') |
|---|
| 79 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 13705) |
|---|
| 80 | |
|---|
| 81 | self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.84357) |
|---|
| 82 | |
|---|
| 83 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm') |
|---|
| 84 | center_x = 68.76*5.0 |
|---|
| 85 | center_y = 62.47*5.0 |
|---|
| 86 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x) |
|---|
| 87 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y) |
|---|
| 88 | |
|---|
| 89 | self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm') |
|---|
| 90 | self.assertEqual(self.data.data[0][0], 0.279783) |
|---|
| 91 | self.assertEqual(self.data.data[0][1], 0.28951) |
|---|
| 92 | self.assertEqual(self.data.data[0][2], 0.167634) |
|---|
| 93 | |
|---|
| 94 | class danse_reader(unittest.TestCase): |
|---|
| 95 | |
|---|
| 96 | def setUp(self): |
|---|
| 97 | self.data = Loader().load("MP_New.sans") |
|---|
| 98 | |
|---|
| 99 | def test_checkdata(self): |
|---|
| 100 | """ |
|---|
| 101 | Check the data content to see whether |
|---|
| 102 | it matches the specific file we loaded. |
|---|
| 103 | Check the units too to see whether the |
|---|
| 104 | Data1D defaults changed. Otherwise the |
|---|
| 105 | tests won't pass |
|---|
| 106 | """ |
|---|
| 107 | self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans") |
|---|
| 108 | |
|---|
| 109 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A') |
|---|
| 110 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 7.5) |
|---|
| 111 | |
|---|
| 112 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm') |
|---|
| 113 | self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].distance, 5414.99, 3) |
|---|
| 114 | |
|---|
| 115 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm') |
|---|
| 116 | center_x = 68.74*5.0 |
|---|
| 117 | center_y = 64.77*5.0 |
|---|
| 118 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x) |
|---|
| 119 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y) |
|---|
| 120 | |
|---|
| 121 | self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm') |
|---|
| 122 | self.assertEqual(self.data.data[0][0], 1.57831) |
|---|
| 123 | self.assertEqual(self.data.data[0][1], 2.70983) |
|---|
| 124 | self.assertEqual(self.data.data[0][2], 3.83422) |
|---|
| 125 | |
|---|
| 126 | self.assertEqual(self.data.err_data[0][0], 1.37607) |
|---|
| 127 | self.assertEqual(self.data.err_data[0][1], 1.77569) |
|---|
| 128 | self.assertEqual(self.data.err_data[0][2], 2.06313) |
|---|
| 129 | |
|---|
| 130 | |
|---|
| 131 | class cansas_reader(unittest.TestCase): |
|---|
| 132 | |
|---|
| 133 | def setUp(self): |
|---|
| 134 | self.data = Loader().load("cansas1d.xml") |
|---|
| 135 | |
|---|
| 136 | def test_checkdata(self): |
|---|
| 137 | """ |
|---|
| 138 | Check the data content to see whether |
|---|
| 139 | it matches the specific file we loaded. |
|---|
| 140 | Check the units too to see whether the |
|---|
| 141 | Data1D defaults changed. Otherwise the |
|---|
| 142 | tests won't pass |
|---|
| 143 | """ |
|---|
| 144 | self.assertEqual(self.data.filename, "cansas1d.xml") |
|---|
| 145 | self.assertEqual(self.data.run, "1234") |
|---|
| 146 | |
|---|
| 147 | # Sample info |
|---|
| 148 | self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long") |
|---|
| 149 | self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm') |
|---|
| 150 | self.assertEqual(self.data.sample.thickness, 1.03) |
|---|
| 151 | |
|---|
| 152 | self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.327) |
|---|
| 153 | |
|---|
| 154 | self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C') |
|---|
| 155 | self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0) |
|---|
| 156 | |
|---|
| 157 | self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm') |
|---|
| 158 | self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10) |
|---|
| 159 | self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0) |
|---|
| 160 | |
|---|
| 161 | self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree') |
|---|
| 162 | self.assertEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5) |
|---|
| 163 | self.assertEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02) |
|---|
| 164 | |
|---|
| 165 | self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720") |
|---|
| 166 | self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here") |
|---|
| 167 | |
|---|
| 168 | # Instrument info |
|---|
| 169 | self.assertEqual(self.data.instrument, "TEST instrument") |
|---|
| 170 | |
|---|
| 171 | # Source |
|---|
| 172 | self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron") |
|---|
| 173 | |
|---|
| 174 | self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm") |
|---|
| 175 | self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12) |
|---|
| 176 | self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 12) |
|---|
| 177 | |
|---|
| 178 | self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc") |
|---|
| 179 | |
|---|
| 180 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A") |
|---|
| 181 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6) |
|---|
| 182 | |
|---|
| 183 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm") |
|---|
| 184 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0) |
|---|
| 185 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm") |
|---|
| 186 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22) |
|---|
| 187 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent") |
|---|
| 188 | self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3) |
|---|
| 189 | |
|---|
| 190 | # Collimation |
|---|
| 191 | _found1 = False |
|---|
| 192 | _found2 = False |
|---|
| 193 | self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.) |
|---|
| 194 | |
|---|
| 195 | for item in self.data.collimation[0].aperture: |
|---|
| 196 | self.assertEqual(item.size_unit,'mm') |
|---|
| 197 | self.assertEqual(item.distance_unit,'mm') |
|---|
| 198 | |
|---|
| 199 | if item.size.x==50 \ |
|---|
| 200 | and item.distance==11000.: |
|---|
| 201 | _found1 = True |
|---|
| 202 | elif item.size.x==1.0: |
|---|
| 203 | _found2 = True |
|---|
| 204 | |
|---|
| 205 | if _found1==False or _found2==False: |
|---|
| 206 | print item.distance |
|---|
| 207 | raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2) |
|---|
| 208 | |
|---|
| 209 | # Detector |
|---|
| 210 | self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid") |
|---|
| 211 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "m") |
|---|
| 212 | self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4.150) |
|---|
| 213 | |
|---|
| 214 | self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree") |
|---|
| 215 | self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0) |
|---|
| 216 | self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0) |
|---|
| 217 | self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0) |
|---|
| 218 | |
|---|
| 219 | self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m") |
|---|
| 220 | self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .01) |
|---|
| 221 | self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .02) |
|---|
| 222 | self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None) |
|---|
| 223 | |
|---|
| 224 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm") |
|---|
| 225 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64) |
|---|
| 226 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68) |
|---|
| 227 | self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None) |
|---|
| 228 | |
|---|
| 229 | self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm") |
|---|
| 230 | self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5) |
|---|
| 231 | self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5) |
|---|
| 232 | self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None) |
|---|
| 233 | |
|---|
| 234 | # Process |
|---|
| 235 | |
|---|
| 236 | |
|---|
| 237 | |
|---|
| 238 | def test_writer(self): |
|---|
| 239 | from DataLoader.readers.cansas_reader import Reader |
|---|
| 240 | r = Reader() |
|---|
| 241 | x = numpy.ones(5) |
|---|
| 242 | y = numpy.ones(5) |
|---|
| 243 | dy = numpy.ones(5) |
|---|
| 244 | |
|---|
| 245 | d = Loader().load("jan08002.ABS") |
|---|
| 246 | #d = Data1D(x, y, dy) |
|---|
| 247 | r.write("write_test.xml", d) |
|---|
| 248 | |
|---|
| 249 | |
|---|
| 250 | |
|---|
| 251 | |
|---|
| 252 | |
|---|
| 253 | |
|---|
| 254 | if __name__ == '__main__': |
|---|
| 255 | unittest.main() |
|---|
| 256 | |
|---|
