Changeset 4bd557d in sasview for park_integration/ScipyFitting.py


Ignore:
Timestamp:
Apr 24, 2009 4:34:48 PM (16 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
ad6dd4c
Parents:
813334e
Message:

working on stop fitting only for scipy

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • park_integration/ScipyFitting.py

    reef2e0ed r4bd557d  
    1010from scipy import optimize 
    1111 
    12 from AbstractFitEngine import FitEngine, sansAssembly 
     12from AbstractFitEngine import FitEngine, sansAssembly,FitAbort 
     13print "in ScipyFitting fitabort",id(FitAbort),FitAbort.__class__.__module__ 
    1314 
    1415class fitresult: 
    … …  
    2728    parameters= None 
    2829     
     30class old_FitAbort(Exception): 
     31    """ 
     32        Exception raise to stop the fit 
     33    """ 
    2934class ScipyFit(FitEngine): 
    3035    """  
    … …  
    6267    #    return profile(self._fit, *args, **kw) 
    6368 
    64     def fit(self ,handler=None): 
     69    def fit(self ,handler=None,curr_thread= None): 
    6570        
    6671        fitproblem=[] 
    … …  
    8186        #data=self._concatenateData( listdata) 
    8287        data=listdata 
    83         functor= sansAssembly(self.paramList,model,data) 
     88        self.curr_thread= curr_thread 
    8489         
    85         out, cov_x, info, mesg, success = optimize.leastsq(functor,model.getParams(self.paramList), full_output=1, warning=True) 
    86         chisqr = functor.chisq(out) 
     90        try: 
     91            functor= sansAssembly(self.paramList,model,data, curr_thread= self.curr_thread) 
     92            out, cov_x, info, mesg, success = optimize.leastsq(functor,model.getParams(self.paramList), full_output=1, warning=True) 
     93             
     94            chisqr = functor.chisq(out) 
     95             
     96            if cov_x is not None and numpy.isfinite(cov_x).all(): 
     97                stderr = numpy.sqrt(numpy.diag(cov_x)) 
     98            else: 
     99                stderr=None 
     100            if not (numpy.isnan(out).any()) or ( cov_x !=None) : 
     101                    result = fitresult() 
     102                    result.fitness = chisqr 
     103                    result.stderr  = stderr 
     104                    result.pvec = out 
     105                    result.success =success 
     106                    return result 
     107            else:   
     108                raise ValueError, "SVD did not converge"+str(success) 
     109        except FitAbort: 
     110            ## fit engine is stop 
     111            print "fitabort====>" 
     112            return None 
    87113         
    88         if cov_x is not None and numpy.isfinite(cov_x).all(): 
    89             stderr = numpy.sqrt(numpy.diag(cov_x)) 
    90         else: 
    91             stderr=None 
    92         if not (numpy.isnan(out).any()) or ( cov_x !=None) : 
    93                 result = fitresult() 
    94                 result.fitness = chisqr 
    95                 result.stderr  = stderr 
    96                 result.pvec = out 
    97                 result.success =success 
    98                 
    99                 return result 
    100         else:   
    101             raise ValueError, "SVD did not converge"+str(success) 
    102          
     114        except: 
     115            return Fitresult() 
    103116        
    104117def profile(fn, *args, **kw): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.