Changeset 30fbe2e in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Oct 1, 2016 12:53:30 PM (8 years ago)
Author:
butler
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, release_v0.94, release_v0.95, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
5b60eeb
Parents:
7c57861
Message:

Last of parameter normalization. Fixes #649

Location:
sasmodels/models
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/models/mass_surface_fractal.c

    ra807206 r30fbe2e  
    55          double fractal_dim_surf, 
    66          double rg_cluster, 
    7           double primary_rg); 
     7          double rg_primary); 
    88 
    99static double _mass_surface_fractal_kernel(double q, 
    … …  
    1111          double fractal_dim_surf, 
    1212          double rg_cluster, 
    13           double primary_rg) 
     13          double rg_primary) 
    1414{ 
    1515     //computation 
    … …  
    1919 
    2020    double rc_norm = rg_cluster * rg_cluster / (3.0 * fractal_dim_mass); 
    21     double rp_norm = primary_rg * primary_rg / (3.0 * tot_dim); 
     21    double rp_norm = rg_primary * rg_primary / (3.0 * tot_dim); 
    2222 
    2323    //x for P 
    … …  
    4444          double fractal_dim_surf, 
    4545          double rg_cluster, 
    46           double primary_rg) 
     46          double rg_primary) 
    4747{ 
    4848    return _mass_surface_fractal_kernel(q, 
    … …  
    5050            fractal_dim_surf, 
    5151            rg_cluster, 
    52             primary_rg); 
     52            rg_primary); 
    5353} 

  • sasmodels/models/mass_surface_fractal.py

    ra807206 r30fbe2e  
    6969        fractal_dim_surf  =  Ds 
    7070        rg_cluster  =  Rg 
    71         primary_rg    =  rg 
     71        rg_primary    =  rg 
    7272        background   =  background 
    7373        Ref: Schmidt, J Appl Cryst, eq(19), (1991), 24, 414-435 
    … …  
    8585              ["rg_cluster", "Ang",   86.7, [0.0, inf], "", 
    8686               "Cluster radius of gyration"], 
    87               ["primary_rg", "Ang", 4000.,  [0.0, inf], "", 
     87              ["rg_primary", "Ang", 4000.,  [0.0, inf], "", 
    8888               "Primary particle radius of gyration"], 
    8989             ] 
    … …  
    9696            fractal_dim_surf=2.3, 
    9797            rg_cluster=86.7, 
    98             primary_rg=4000.0) 
     98            rg_primary=4000.0) 
    9999 
    100100tests = [ 
    … …  
    104104      'fractal_dim_surf':   2.3, 
    105105      'rg_cluster':   86.7, 
    106       'primary_rg': 4000.0, 
     106      'rg_primary': 4000.0, 
    107107      'background':    0.0, 
    108108     }, 0.05, 1.77537e-05], 
    … …  
    112112      'fractal_dim_surf':   1.0, 
    113113      'rg_cluster':   90.0, 
    114       'primary_rg': 4000.0, 
     114      'rg_primary': 4000.0, 
    115115     }, 0.001, 0.18562699016], 
    116116 
    … …  
    118118      'fractal_dim_surf':   1.0, 
    119119      'rg_cluster':   90.0, 
    120       'primary_rg': 2000.0, 
     120      'rg_primary': 2000.0, 
    121121      'background':    0.8, 
    122122     }, 0.001, 1.16539753641], 
    … …  
    125125      'fractal_dim_surf':   1.0, 
    126126      'rg_cluster':   90.0, 
    127       'primary_rg': 1000.0, 
     127      'rg_primary': 1000.0, 
    128128      'scale':        10.0, 
    129129      'background':    0.0, 

  • sasmodels/models/pringle.c

    r58c3367 r30fbe2e  
    66          double alpha, 
    77          double beta, 
    8           double sld_pringle, 
     8          double sld, 
    99          double sld_solvent); 
    1010 
    … …  
    110110    double alpha, 
    111111    double beta, 
    112     double sld_pringle, 
     112    double sld, 
    113113    double sld_solvent) 
    114114{ 
    115115    double form = _integrate_psi(q, radius, thickness, alpha, beta); 
    116     double contrast = sld_pringle - sld_solvent; 
     116    double contrast = sld - sld_solvent; 
    117117    double volume = M_PI*radius*radius*thickness; 
    118118    return 1.0e-4*form * square(contrast * volume); 

  • sasmodels/models/pringle.py

    r5fd684d r30fbe2e  
    6868    ["alpha",       "",            0.001,  [-inf, inf], "volume", "Curvature parameter alpha"], 
    6969    ["beta",        "",            0.02,   [-inf, inf], "volume", "Curvature paramter beta"], 
    70     ["sld_pringle", "1e-6/Ang^2",  1.0,    [-inf, inf], "sld", "Pringle sld"], 
     70    ["sld", "1e-6/Ang^2",  1.0,    [-inf, inf], "sld", "Pringle sld"], 
    7171    ["sld_solvent", "1e-6/Ang^2",  6.3,    [-inf, inf], "sld", "Solvent sld"] 
    7272    ] 
    … …  
    9191            alpha=0.001, 
    9292            beta=0.02, 
    93             sld_pringle=1.0, 
     93            sld=1.0, 
    9494            sld_solvent=6.35) 
    9595 
    … …  
    100100      'alpha': 0.001, 
    101101      'beta': 0.02, 
    102       'sld_pringle': 1.0, 
     102      'sld': 1.0, 
    103103      'sld_solvent': 6.3, 
    104104      'background': 0.001, 
    … …  
    110110      'alpha': 0.001, 
    111111      'beta': 0.02, 
    112       'sld_pringle': 1.0, 
     112      'sld': 1.0, 
    113113      'sld_solvent': 6.3, 
    114114      'background': 0.001, 
    … …  
    120120      'alpha': 0.001, 
    121121      'beta': 0.02, 
    122       'sld_pringle': 1.0, 
     122      'sld': 1.0, 
    123123      'sld_solvent': 6.3, 
    124124      'background': 0.001, 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.