Changeset 2b310602 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2017 10:33:21 AM (2 years ago)
Author:
Adam Washington <adam.washington@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d37ea0e
Parents:
8390cf6
Message:

Update SESANS reader to SESANS format v1.0

Files:
2 added
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    rcb9feea8 r2b310602  
    5858            line = input_f.readline() 
    5959            params = {} 
    60             while line.strip() != "": 
    61                 terms = line.strip().split("\t") 
    62                 params[terms[0].strip()] = " ".join(terms[1:]).strip() 
     60            while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
     61                terms = line.split() 
     62                if len(terms) >= 2: 
     63                    params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
    6364                line = input_f.readline() 
    64             headers_temp = input_f.readline().strip().split("\t") 
    65             headers = {} 
    66             for h in headers_temp: 
    67                 temp = h.strip().split() 
    68                 headers[h[:-1].strip()] = temp[-1][1:-1] 
     65            self.params = params 
     66            headers = input_f.readline().split() 
     67 
    6968            data = np.loadtxt(input_f) 
    7069            if data.size < 1: 
    7170                raise RuntimeError("{} is empty".format(path)) 
    72             x = data[:, 0] 
    73             dx = data[:, 3] 
    74             lam = data[:, 4] 
    75             dlam = data[:, 5] 
    76             y = data[:, 1] 
    77             dy = data[:, 2] 
     71            x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     72            dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
     73            lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     74            dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     75            y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     76            dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    7877 
    79             lam_unit = self._header_fetch(headers, "wavelength") 
    80             if lam_unit == "AA": 
    81                 lam_unit = "A" 
    82  
    83             x, x_unit = self._unit_conversion( 
    84                 x, lam_unit, 
    85                 self._fetch_unit(headers, "spin echo length")) 
     78            lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     79            x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
    8680            dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
    8781                dx, lam_unit, 
    88                 self._fetch_unit(headers, "error SEL")) 
     82                self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
    8983            dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
    9084                dlam, lam_unit, 
    91                 self._fetch_unit(headers, "error wavelength")) 
    92             y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}' 
     85                self._unit_fetch("Wavelength")) 
     86            y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    9387 
    9488            output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, 
    9589                            isSesans=True) 
     90 
     91            output.y_unit = y_unit 
     92            output.x_unit = x_unit 
    9693            self.filename = output.filename = basename 
    9794            output.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     
    10299            output.sample.name = params["Sample"] 
    103100            output.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     101            output.sample.thickness = float( 
     102                self._unit_conversion( 
     103                    params["Thickness"], "cm", self._unit_fetch("Thickness"))[0]) 
    104104 
    105105            output.sample.zacceptance = ( 
    106                 float(self._header_fetch(params, "Q_zmax")), 
    107                 self._fetch_unit(params, "Q_zmax")) 
     106                float(params["Theta_zmax"]), 
     107                self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    108108 
    109109            output.sample.yacceptance = ( 
    110                 float(self._header_fetch(params, "Q_ymax")), 
    111                 self._fetch_unit(params, "Q_ymax")) 
     110                float(params["Theta_ymax"]), 
     111                self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
    112112            return output 
    113113 
     
    131131        return value, new_unit 
    132132 
    133     @staticmethod 
    134     def _header_fetch(headers, key): 
    135         """ 
    136         Pull the value of a unit defined header from a dict. Example:: 
    137  
    138          d = {"Length [m]": 17} 
    139          self._header_fetch(d, "Length") == 17 
    140  
    141         :param header: A dictionary of values 
    142         :param key: A string which is a prefix for one of the keys in the dict 
    143         :return: The value of the dictionary for the specified key 
    144         """ 
    145         # (dict<string, x>, string) -> x 
    146         index = [k for k in headers.keys() 
    147                  if k.startswith(key)][0] 
    148         return headers[index] 
    149  
    150     @staticmethod 
    151     def _fetch_unit(params, key): 
    152         """ 
    153         Pull the unit off of a dictionary header. Example:: 
    154  
    155          d = {"Length [m]": 17} 
    156          self._fetch_unit(d, "Length") == "m" 
    157  
    158         :param header: A dictionary of values, where the keys are strings 
    159         with the units for the values appended onto the string within square 
    160         brackets (See the example above) 
    161         :param key: A string with the prefix of the dictionary key whose unit 
    162         is being fetched 
    163         :return: A string containing the unit specifed in the header 
    164         """ 
    165         # (dict<string, _>, string) -> string 
    166         index = [k for k in params.keys() 
    167                  if k.startswith(key)][0] 
    168         unit = index.strip().split()[-1][1:-1] 
    169         if unit.startswith(r"\A"): 
    170             unit = "1/A" 
    171         return unit 
     133    def _unit_fetch(self, unit): 
     134        return self.params[unit+"_unit"] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.