Changeset 1b49bf8 in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Oct 17, 2016 1:20:39 PM (8 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
8393c74
Parents:
218cdbc
Message:

update conversion tables corresponding to the great parameter shift

Location:
sasmodels
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/conversion_table.py

    r68425bf r1b49bf8  
    143143        } 
    144144    ], 
    145     "core_shell_ellipsoid": [ 
     145    "core_shell_ellipsoid(nonXT)": [ 
    146146        "CoreShellEllipsoidModel", 
    147147        { 
     148            "sld_core": "sld_core", 
     149            "sld_shell": "sld_shell", 
     150            "sld_solvent": "sld_solvent", 
     151            "equat_core": "equat_core", 
     152            "equat_shell": "equat_shell", 
     153            "polar_core": "polar_core", 
     154            "polar_shell": "polar_shell", 
     155            "theta": "axis_theta", 
    148156            "phi": "axis_phi", 
    149             "sld_core": "sld_core", 
    150             "polar_shell": "polar_shell", 
    151             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    152             "equat_shell": "equat_shell", 
    153             "equat_core": "equat_core", 
    154             "theta": "axis_theta", 
    155             "polar_core": "polar_core", 
    156             "sld_shell": "sld_shell" 
    157157        } 
    158158    ], 
    … …  
    160160        "CoreShellEllipsoidXTModel", 
    161161        { 
    162             "phi": "axis_phi", 
    163162            "sld_core": "sld_core", 
     163            "sld_shell": "sld_shell", 
     164            "sld_solvent": "sld_solvent", 
     165            "radius_equat_core": "equat_core", 
     166            "thick_shell": "T_shell", 
    164167            "x_core": "X_core", 
    165             "sld_solvent": "sld_solvent", 
    166             "thick_shell": "T_shell", 
    167168            "x_polar_shell": "XpolarShell", 
    168169            "theta": "axis_theta", 
    169             "sld_shell": "sld_shell" 
     170            "phi": "axis_phi", 
    170171        } 
    171172    ], 
    … …  
    240241        "DABModel", 
    241242        { 
    242             "length": "length" 
     243            "cor_length": "length" 
    243244        } 
    244245    ], 
    … …  
    300301        "FractalCoreShellModel", 
    301302        { 
     303            "sld_core": "core_sld", 
    302304            "sld_shell": "shell_sld", 
    303305            "sld_solvent": "solvent_sld", 
    304             "sld_core": "core_sld" 
     306            "radius": "radius", 
     307            "thickness": "thickness", 
     308            "fractal_dim": "frac_dim", 
     309            "cor_length": "cor_length", 
     310            "volfraction": "volfraction", 
    305311        } 
    306312    ], 
    … …  
    327333        "PeakGaussModel", 
    328334        { 
    329             "sigma": "B" 
     335            "peak_pos": "q0", 
     336            "sigma": "B", 
    330337        } 
    331338    ], 
    … …  
    335342            "rg": "radius", 
    336343            "lorentz_scale": "lScale", 
    337             "fractal_dim": "FractalExp", 
     344            "guinier_scale": "gScale", 
     345            "fractal_dim": "scale", 
    338346            "cor_length": "zeta", 
    339             "guinier_scale": "gScale" 
    340347        } 
    341348    ], 
    … …  
    351358            "s": "dim", 
    352359            "rg": "rg", 
    353             "m": "m", 
     360            "porod_exp": "m", 
    354361            "scale": "scale", 
    355362            "background": "background" 
    … …  
    367374        "HayterMSAStructure", 
    368375        { 
    369             "salt_concentration": "saltconc", 
    370             "radius_effective_pd": "effect_radius_pd", 
    371376            "radius_effective": "effect_radius", 
    372             "radius_effective_pd_n": "effect_radius_pd_n" 
     377            "volfraction": "volfraction", 
     378            "charge": "charge", 
     379            "temperature": "temperature", 
     380            "concentration_salt": "saltconc", 
     381            "dielectconst": "dielectconst", 
     382            #"radius_effective_pd_n": "effect_radius_pd_n", 
     383            #"radius_effective_pd": "effect_radius_pd", 
    373384        } 
    374385    ], 
    … …  
    376387        "HollowCylinderModel", 
    377388        { 
     389            "sld": "sldCyl", 
     390            "sld_solvent": "sldSolv", 
     391            "radius": "core_radius", 
     392            "thickness": "radius", 
     393            "length": "length", 
     394            "theta": "axis_theta", 
    378395            "phi": "axis_phi", 
    379             "scale": "scale", 
    380             "radius_core": "core_radius", 
    381             "sld_solvent": "sldSolv", 
    382             "length": "length", 
    383             "radius": "radius", 
    384             "background": "background", 
    385             "sld": "sldCyl", 
    386             "theta": "axis_theta" 
    387396        } 
    388397    ], 
    … …  
    429438        "LamellarPSHGModel", 
    430439        { 
     440            "sld": "sld_tail", 
     441            "sld_head": "sld_head", 
     442            "sld_solvent": "sld_solvent", 
     443            "length_tail": "deltaT", 
     444            "length_head": "deltaH", 
     445            "d_spacing": "spacing", 
    431446            "Caille_parameter": "caille", 
    432447            "Nlayers": "n_plates", 
    433             "sld_head": "sld_head", 
    434             "length_tail": "deltaT", 
    435             "length_head": "deltaH", 
    436             "sld": "sld_tail", 
    437             "sld_solvent": "sld_solvent" 
    438448        } 
    439449    ], 
    … …  
    442452        { 
    443453            "sld": "sld_bi", 
     454            "sld_solvent": "sld_sol", 
     455            "thickness": "delta", 
     456            "d_spacing": "spacing", 
    444457            "Caille_parameter": "caille", 
    445458            "Nlayers": "N_plates", 
    446             "sld_solvent": "sld_sol", 
    447             "thickness": "delta" 
    448459        } 
    449460    ], 
    … …  
    452463        { 
    453464            "sld": "sld_layer", 
     465            "sld_solvent": "sld_solvent", 
     466            "thickness": "thickness", 
     467            "d_spacing": "spacing", 
    454468            "sigma_d": "pd_spacing", 
    455             "sld_solvent": "sld_solvent" 
     469            "Nlayers": "Nlayers", 
    456470        } 
    457471    ], 
    … …  
    562576        { 
    563577            "scale": "scale", 
    564             "thick_string": "thick_string", 
     578            "string_thickness": "thick_string", 
    565579            "sld_string": "sld_string", 
    566580            "sld_solvent": "sld_solv", 
    567581            "edge_sep": "edge_separation", 
    568             "num_pearls": "num_pearls", 
     582            "number_of_pearls": "num_pearls", 
    569583            "radius": "radius", 
    570584            "background": "background", 
    … …  
    595609            "sld_corona": "rho_corona", 
    596610            "sld_solvent": "rho_solv", 
    597             "sld_core": "rho_core" 
     611            "sld_core": "rho_core", 
     612            "ndensity": "ndensity", 
     613            "v_core": "v_core", 
     614            "v_corona": "v_corona", 
     615            "radius_core": "radius_core", 
     616            "rg": "radius_gyr", 
     617            "d_penetration": "d_penetration", 
     618            "n_aggreg": "n_aggreg", 
    598619        } 
    599620    ], 
    … …  
    761782        "TeubnerStreyModel", 
    762783        { 
    763             "a2": "scale" 
     784            # Note: parameters are completely rewritten in convert.py 
     785            "volfraction_a": "volfraction_a", 
     786            "sld_a": "sld_a", 
     787            "sld_b": "sld_b", 
     788            "d": "d", 
     789            "xi": "xi", 
    764790        } 
    765791    ], 

  • sasmodels/convert.py

    r51241113 r1b49bf8  
    22Convert models to and from sasview. 
    33""" 
    4 from __future__ import print_function 
    5  
    6 from os.path import join as joinpath, abspath, dirname 
     4from __future__ import print_function, division 
     5 
    76import math 
    87import warnings 
    … …  
    1716    'two_lorentzian', 
    1817    "two_power_law", 
    19     'gel_fit', 
    2018    'gauss_lorentz_gel', 
    2119    'be_polyelectrolyte', 
    … …  
    215213        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION: 
    216214            del oldpars['volfraction'] 
    217         if name == 'stacked_disks': 
    218             _remove_pd(oldpars, 'n_stacking', name) 
    219         elif name == 'pearl_necklace': 
    220             _remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name) 
    221             _remove_pd(oldpars, 'thick_string', name) 
    222         elif name == 'core_shell_parallelepiped': 
    223             _remove_pd(oldpars, 'rimA', name) 
    224             _remove_pd(oldpars, 'rimB', name) 
    225             _remove_pd(oldpars, 'rimC', name) 
    226         elif name == 'polymer_micelle': 
    227             if 'ndensity' in oldpars: 
    228                 oldpars['ndensity'] *= 1e15 
    229         elif name == 'spherical_sld': 
    230             oldpars["CONTROL"] -= 1 
    231             # remove polydispersity from shells 
    232             for k in range(1, 11): 
    233                 _remove_pd(oldpars, 'thick_flat'+str(k), 'thickness') 
    234                 _remove_pd(oldpars, 'thick_inter'+str(k), 'interface') 
    235             # remove extra shells 
    236             for k in range(int(pars['n_shells']), 11): 
    237                 oldpars.pop('sld_flat'+str(k), 0) 
    238                 oldpars.pop('thick_flat'+str(k), 0) 
    239                 oldpars.pop('thick_inter'+str(k), 0) 
    240                 oldpars.pop('func_inter'+str(k), 0) 
    241                 oldpars.pop('nu_inter'+str(k), 0) 
    242215        elif name == 'core_multi_shell': 
    243216            # kill extra shells 
    … …  
    252225        elif name == 'core_shell_parallelepiped': 
    253226            _remove_pd(oldpars, 'rimA', name) 
     227            _remove_pd(oldpars, 'rimB', name) 
     228            _remove_pd(oldpars, 'rimC', name) 
     229        elif name == 'hollow_cylinder': 
     230            # now uses radius and thickness 
     231            oldpars['radius'] += oldpars['core_radius'] 
    254232        elif name in ['mono_gauss_coil', 'poly_gauss_coil']: 
    255233            del oldpars['i_zero'] 
    256234        elif name == 'onion': 
    257235            oldpars.pop('n_shells', None) 
     236        elif name == 'pearl_necklace': 
     237            _remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name) 
     238            _remove_pd(oldpars, 'thick_string', name) 
     239        elif name == 'polymer_micelle': 
     240            if 'ndensity' in oldpars: 
     241                oldpars['ndensity'] *= 1e15 
    258242        elif name == 'rpa': 
    259243            # convert scattering lengths from femtometers to centimeters 
    … …  
    272256                for k in "Kab,Kac,Kad".split(','): 
    273257                    oldpars.pop(k, None) 
     258        elif name == 'spherical_sld': 
     259            oldpars["CONTROL"] -= 1 
     260            # remove polydispersity from shells 
     261            for k in range(1, 11): 
     262                _remove_pd(oldpars, 'thick_flat'+str(k), 'thickness') 
     263                _remove_pd(oldpars, 'thick_inter'+str(k), 'interface') 
     264            # remove extra shells 
     265            for k in range(int(pars['n_shells']), 11): 
     266                oldpars.pop('sld_flat'+str(k), 0) 
     267                oldpars.pop('thick_flat'+str(k), 0) 
     268                oldpars.pop('thick_inter'+str(k), 0) 
     269                oldpars.pop('func_inter'+str(k), 0) 
     270                oldpars.pop('nu_inter'+str(k), 0) 
     271        elif name == 'stacked_disks': 
     272            _remove_pd(oldpars, 'n_stacking', name) 
     273        elif name == 'teubner_strey': 
     274            # basically redoing the entire Teubner-Strey calculations here. 
     275            volfraction = oldpars.pop('volfraction_a') 
     276            xi = oldpars.pop('xi') 
     277            d = oldpars.pop('d') 
     278            sld_a = oldpars.pop('sld_a') 
     279            sld_b = oldpars.pop('sld_b') 
     280            drho = 1e6*(sld_a - sld_b)  # conversion autoscaled these 
     281            k = 2.0*math.pi*xi/d 
     282            a2 = (1.0 + k**2)**2 
     283            c1 = 2.0 * xi**2 * (1.0 - k**2) 
     284            c2 = xi**4 
     285            prefactor = 8.0*math.pi*volfraction*(1.0-volfraction)*drho**2*c2/xi 
     286            scale = 1e-4*prefactor 
     287            oldpars['scale'] = a2/scale 
     288            oldpars['c1'] = c1/scale 
     289            oldpars['c2'] = c2/scale 
    274290 
    275291    #print("convert from",list(sorted(pars))) 
    … …  
    315331        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION: 
    316332            pars['volfraction'] = 1 
    317         if name == 'pearl_necklace': 
    318             pars['string_thickness_pd_n'] = 0 
    319             pars['number_of_pearls_pd_n'] = 0 
     333        if name == 'core_multi_shell': 
     334            pars['n'] = min(math.ceil(pars['n']), 4) 
     335        elif name == 'gel_fit': 
     336            pars['scale'] = 1 
    320337        elif name == 'line': 
    321338            pars['scale'] = 1 
    322339            pars['background'] = 0 
     340        elif name == 'mono_gauss_coil': 
     341            pars['i_zero'] = 1 
     342        elif name == 'onion': 
     343            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells']) 
     344        elif name == 'pearl_necklace': 
     345            pars['string_thickness_pd_n'] = 0 
     346            pars['number_of_pearls_pd_n'] = 0 
     347        elif name == 'poly_gauss_coil': 
     348            pars['i_zero'] = 1 
    323349        elif name == 'rpa': 
    324350            pars['case_num'] = int(pars['case_num']) 
    325         elif name == 'mono_gauss_coil': 
    326             pars['i_zero'] = 1 
    327         elif name == 'poly_gauss_coil': 
    328             pars['i_zero'] = 1 
    329         elif name == 'core_multi_shell': 
    330             pars['n'] = min(math.ceil(pars['n']), 4) 
    331         elif name == 'onion': 
    332             pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells']) 
    333351        elif name == 'spherical_sld': 
    334352            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells']) 
    … …  
    339357                pars['thickness%d_pd_n'%k] = 0 
    340358                pars['interface%d_pd_n'%k] = 0 
    341  
     359        elif name == 'teubner_strey': 
     360            pars['scale'] = 1 
     361 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.