Changeset 168052c in sasmodels


Ignore:
Timestamp:
Jan 29, 2016 4:02:35 AM (8 years ago)
Author:
piotr
Branches:
master, core_shell_microgels, costrafo411, magnetic_model, release_v0.94, release_v0.95, ticket-1257-vesicle-product, ticket_1156, ticket_1265_superball, ticket_822_more_unit_tests
Children:
ed82794
Parents:
bf6631a
Message:

pylint prettification

Location:
sasmodels/models
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • sasmodels/models/be_polyelectrolyte.py

    r07a6700 r168052c  
    4444J F Joanny, L Leibler, *Journal de Physique*, 51 (1990) 545 
    4545 
    46 A Moussaid, F Schosseler, J P Munch, S Candau, *J. Journal de Physique II France*, 3 (1993) 573 
     46A Moussaid, F Schosseler, J P Munch, S Candau, 
     47*J. Journal de Physique II France*, 3 (1993) 573 
    4748 
    4849E Raphael, J F Joanny, *Europhysics Letters*, 11 (1990) 179 
     
    5051""" 
    5152 
    52 from numpy import inf, power, pi, sqrt 
     53from numpy import inf, pi, sqrt 
    5354 
    5455name = "be_polyelectrolyte" 
     
    6667category = "shape-independent" 
    6768 
    68 #            ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
    69 parameters = [["contrast_factor",       "barns",   10.0,  [-inf, inf], "", "Contrast factor of the polymer"], 
    70               ["bjerrum_length",        "Ang",      7.1,  [0, inf],    "", "Bjerrum length"], 
    71               ["virial_param",          "1/Ang^2", 12.0,  [-inf, inf], "", "Virial parameter"], 
    72               ["monomer_length",        "Ang",     10.0,  [0, inf],    "", "Monomer length"], 
    73               ["salt_concentration",    "mol/L",    0.0,  [-inf, inf], "", "Concentration of monovalent salt"], 
    74               ["ionization_degree",     "",         0.05, [0, inf],    "", "Degree of ionization"], 
    75               ["polymer_concentration", "mol/L",    0.7,  [0, inf],    "", "Polymer molar concentration"], 
    76               ] 
     69# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
     70#   ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
     71parameters = [ 
     72    ["contrast_factor",       "barns",   10.0,  [-inf, inf], "", "Contrast factor of the polymer"], 
     73    ["bjerrum_length",        "Ang",      7.1,  [0, inf],    "", "Bjerrum length"], 
     74    ["virial_param",          "1/Ang^2", 12.0,  [-inf, inf], "", "Virial parameter"], 
     75    ["monomer_length",        "Ang",     10.0,  [0, inf],    "", "Monomer length"], 
     76    ["salt_concentration",    "mol/L",    0.0,  [-inf, inf], "", "Concentration of monovalent salt"], 
     77    ["ionization_degree",     "",         0.05, [0, inf],    "", "Degree of ionization"], 
     78    ["polymer_concentration", "mol/L",    0.7,  [0, inf],    "", "Polymer molar concentration"], 
     79    ] 
     80# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    7781 
    7882 
    7983def Iq(q, 
    80        contrast_factor, 
    81        bjerrum_length, 
    82        virial_param, 
    83        monomer_length, 
    84        salt_concentration, 
    85        ionization_degree, 
    86        polymer_concentration): 
     84       contrast_factor=10.0, 
     85       bjerrum_length=7.1, 
     86       virial_param=12.0, 
     87       monomer_length=10.0, 
     88       salt_concentration=0.0, 
     89       ionization_degree=0.05, 
     90       polymer_concentration=0.7): 
     91    """ 
     92    :param q:                     Input q-value 
     93    :param contrast_factor:       Contrast factor of the polymer 
     94    :param bjerrum_length:        Bjerrum length 
     95    :param virial_param:          Virial parameter 
     96    :param monomer_length:        Monomer length 
     97    :param salt_concentration:    Concentration of monovalent salt 
     98    :param ionization_degree:     Degree of ionization 
     99    :param polymer_concentration: Polymer molar concentration 
     100    :return:                      1-D intensity 
     101    """ 
    87102 
    88103    concentration = polymer_concentration * 6.022136e-4 
    89104 
    90105    k_square = 4.0 * pi * bjerrum_length * (2*salt_concentration + 
    91             ionization_degree * concentration) 
     106                                            ionization_degree * concentration) 
    92107 
    93108    r0_square = 1.0/ionization_degree/sqrt(concentration) * \ 
    94             (monomer_length/sqrt((48.0*pi*bjerrum_length))) 
     109                (monomer_length/sqrt((48.0*pi*bjerrum_length))) 
    95110 
    96111    term1 = contrast_factor/(4.0 * pi * bjerrum_length * 
    97         ionization_degree**2) * (q**2 + k_square) 
     112                             ionization_degree**2) * (q**2 + k_square) 
    98113 
    99114    term2 = 1.0 + r0_square**2 * (q**2 + k_square) * \ 
     
    106121 
    107122def Iqxy(qx, qy, *args): 
    108         iq = Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
    109  
    110         return iq 
     123    """ 
     124    :param qx:   Input q_x-value 
     125    :param qy:   Input q_y-value 
     126    :param args: Remaining arguments 
     127    :return:     2D-Intensity 
     128    """ 
     129    iq = Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
     130    return iq 
    111131 
    112132Iqxy.vectorized = True  # Iqxy accepts an array of qx, qy values 
     
    134154 
    135155tests = [ 
    136          # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
    137          [{'contrast_factor':       10.0, 
    138            'bjerrum_length':         7.1, 
    139            'virial_param':          12.0, 
    140            'monomer_length':        10.0, 
    141            'salt_concentration':     0.0, 
    142            'ionization_degree':      0.05, 
    143            'polymer_concentration':  0.7, 
    144            'background':             0.001, 
    145            }, 0.001, 0.0948379], 
    146156 
    147          # Additional tests with larger range of parameters 
    148          [{'contrast_factor':       10.0, 
    149            'bjerrum_length':       100.0, 
    150            'virial_param':           3.0, 
    151            'monomer_length':         1.0, 
    152            'salt_concentration':    10.0, 
    153            'ionization_degree':      2.0, 
    154            'polymer_concentration': 10.0, 
    155            }, 0.1, -3.75693800588], 
     157    # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
     158    [{'contrast_factor':       10.0, 
     159      'bjerrum_length':         7.1, 
     160      'virial_param':          12.0, 
     161      'monomer_length':        10.0, 
     162      'salt_concentration':     0.0, 
     163      'ionization_degree':      0.05, 
     164      'polymer_concentration':  0.7, 
     165      'background':             0.001, 
     166     }, 0.001, 0.0948379], 
    156167 
    157          [{'contrast_factor':       10.0, 
    158            'bjerrum_length':       100.0, 
    159            'virial_param':           3.0, 
    160            'monomer_length':         1.0, 
    161            'salt_concentration':    10.0, 
    162            'ionization_degree':      2.0, 
    163            'polymer_concentration': 10.0, 
    164            'background':           100.0 
    165            }, 5.0, 100.029142149], 
     168    # Additional tests with larger range of parameters 
     169    [{'contrast_factor':       10.0, 
     170      'bjerrum_length':       100.0, 
     171      'virial_param':           3.0, 
     172      'monomer_length':         1.0, 
     173      'salt_concentration':    10.0, 
     174      'ionization_degree':      2.0, 
     175      'polymer_concentration': 10.0, 
     176     }, 0.1, -3.75693800588], 
    166177 
    167          [{'contrast_factor':     100.0, 
    168            'bjerrum_length':       10.0, 
    169            'virial_param':        180.0, 
    170            'monomer_length':        1.0, 
    171            'salt_concentration':    0.1, 
    172            'ionization_degree':     0.5, 
    173            'polymer_concentration': 0.1, 
    174            }, 200., 1.80664667511e-06], 
    175          ] 
     178    [{'contrast_factor':       10.0, 
     179      'bjerrum_length':       100.0, 
     180      'virial_param':           3.0, 
     181      'monomer_length':         1.0, 
     182      'salt_concentration':    10.0, 
     183      'ionization_degree':      2.0, 
     184      'polymer_concentration': 10.0, 
     185      'background':           100.0 
     186     }, 5.0, 100.029142149], 
     187 
     188    [{'contrast_factor':     100.0, 
     189      'bjerrum_length':       10.0, 
     190      'virial_param':        180.0, 
     191      'monomer_length':        1.0, 
     192      'salt_concentration':    0.1, 
     193      'ionization_degree':     0.5, 
     194      'polymer_concentration': 0.1, 
     195     }, 200., 1.80664667511e-06], 
     196    ] 
  • sasmodels/models/flexible_cylinder.py

    rf94d8a2 r168052c  
    11r""" 
    2 This model provides the form factor, $P(q)$, for a flexible cylinder where the form factor 
    3 is normalized by the volume of the cylinder. 
     2This model provides the form factor, $P(q)$, for a flexible cylinder 
     3where the form factor is normalized by the volume of the cylinder. 
    44**Inter-cylinder interactions are NOT provided for.** 
    55 
     
    88    P(q) = \text{scale} \left<F^2\right>/V + \text{background} 
    99 
    10 where the averaging $\left<\ldots\right>$ is applied only for the 1D calculation 
     10where the averaging $\left<\ldots\right>$ is applied only for the 1D 
     11calculation 
    1112 
    12 The 2D scattering intensity is the same as 1D, regardless of the orientation of the q vector which is defined as 
     13The 2D scattering intensity is the same as 1D, regardless of the orientation of 
     14the q vector which is defined as 
    1315 
    1416.. math:: 
     
    2224 
    2325 
    24 The chain of contour length, $L$, (the total length) can be described as a chain of some number of 
    25 locally stiff segments of length $l_p$, the persistence length (the length along the cylinder over 
    26 which the flexible cylinder can be considered a rigid rod). 
     26The chain of contour length, $L$, (the total length) can be described as a 
     27chain of some number of locally stiff segments of length $l_p$, the persistence 
     28length (the length along the cylinder over which the flexible cylinder can be 
     29considered a rigid rod). 
    2730The Kuhn length $(b = 2*l_p)$ is also used to describe the stiffness of a chain. 
    2831 
    2932The returned value is in units of $cm^-1$, on absolute scale. 
    3033 
    31 In the parameters, the sldCyl and sldSolv represent the SLD of the chain/cylinder and solvent respectively. 
     34In the parameters, the sldCyl and sldSolv represent the SLD of the chain/cylinder 
     35and solvent respectively. 
    3236 
    3337 
     
    3741 
    3842 
    39 Our model uses the form factor calculations implemented in a c-library provided by the NIST Center 
    40 for Neutron Research (Kline, 2006). 
     43Our model uses the form factor calculations implemented in a c-library provided 
     44by the NIST Center for Neutron Research (Kline, 2006). 
    4145 
    4246 
     
    4549    'Method 3 With Excluded Volume' is used. 
    4650    The model is a parametrization of simulations of a discrete representation 
    47     of the worm-like chain model of Kratky and Porod applied in the pseudocontinuous limit. 
     51    of the worm-like chain model of Kratky and Porod applied in the 
     52    pseudocontinuous limit. 
    4853    See equations (13,26-27) in the original reference for the details. 
    4954 
     
    5156---------- 
    5257 
    53 J S Pedersen and P Schurtenberger. *Scattering functions of semiflexible polymers with and 
    54 without excluded volume effects.* Macromolecules, 29 (1996) 7602-7612 
     58J S Pedersen and P Schurtenberger. *Scattering functions of semiflexible 
     59polymers with and without excluded volume effects.* Macromolecules, 
     6029 (1996) 7602-7612 
    5561 
    5662Correction of the formula can be found in 
    5763 
    58 W R Chen, P D Butler and L J Magid, *Incorporating Intermicellar Interactions in the Fitting of 
    59 SANS Data from Cationic Wormlike Micelles.* Langmuir, 22(15) 2006 6539-6548 
     64W R Chen, P D Butler and L J Magid, *Incorporating Intermicellar Interactions 
     65in the Fitting of SANS Data from Cationic Wormlike Micelles.* Langmuir, 
     6622(15) 2006 6539-6548 
    6067""" 
    6168from numpy import inf 
    6269 
    6370name = "flexible_cylinder" 
    64 title = "Flexible cylinder where the form factor is normalized by the volume of the cylinder." 
    65 description = """Note : scale and contrast=sld-solvent_sld are both multiplicative factors in the 
    66                 model and are perfectly correlated. One or 
    67                 both of these parameters must be held fixed 
     71title = "Flexible cylinder where the form factor is normalized by the volume" \ 
     72        "of the cylinder." 
     73description = """Note : scale and contrast=sld-solvent_sld are both 
     74                multiplicative factors in the model and are perfectly 
     75                correlated. One or both of these parameters must be held fixed 
    6876                during model fitting. 
    6977              """ 
     
    7179category = "shape:cylinder" 
    7280 
     81# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    7382#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
    7483parameters = [ 
    75               ["length",      "Ang",       1000.0, [0, inf],    "volume", "Length of the flexible cylinder"], 
    76               ["kuhn_length", "Ang",        100.0, [0, inf],    "volume", "Kuhn length of the flexible cylinder"], 
    77               ["radius",      "Ang",         20.0, [0, inf],    "volume", "Radius of the flexible cylinder"], 
    78               ["sld",         "1e-6/Ang^2",   1.0, [-inf, inf], "",       "Cylinder scattering length density"], 
    79               ["solvent_sld", "1e-6/Ang^2",   6.3, [-inf, inf], "",       "Solvent scattering length density"], 
    80              ] 
    81  
     84    ["length",      "Ang",       1000.0, [0, inf],    "volume", "Length of the flexible cylinder"], 
     85    ["kuhn_length", "Ang",        100.0, [0, inf],    "volume", "Kuhn length of the flexible cylinder"], 
     86    ["radius",      "Ang",         20.0, [0, inf],    "volume", "Radius of the flexible cylinder"], 
     87    ["sld",         "1e-6/Ang^2",   1.0, [-inf, inf], "",       "Cylinder scattering length density"], 
     88    ["solvent_sld", "1e-6/Ang^2",   6.3, [-inf, inf], "",       "Solvent scattering length density"], 
     89    ] 
     90# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    8291source = ["lib/J1.c", "lib/wrc_cyl.c", "flexible_cylinder.c"] 
    8392 
     
    94103 
    95104tests = [ 
    96          # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
    97          # Currently fails in OCL 
    98          # [{'length':     1000.0, 
    99          #  'kuhn_length': 100.0, 
    100          #  'radius':       20.0, 
    101          #  'sld':           1.0, 
    102          #  'solvent_sld':   6.3, 
    103          #  'background':    0.0001, 
    104          #  }, 0.001, 3509.2187], 
     105    # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
     106    # Currently fails in OCL 
     107    # [{'length':     1000.0, 
     108    #  'kuhn_length': 100.0, 
     109    #  'radius':       20.0, 
     110    #  'sld':           1.0, 
     111    #  'solvent_sld':   6.3, 
     112    #  'background':    0.0001, 
     113    #  }, 0.001, 3509.2187], 
    105114 
    106          # Additional tests with larger range of parameters 
    107          [{'length':     1000.0, 
    108            'kuhn_length': 100.0, 
    109            'radius':       20.0, 
    110            'sld':           1.0, 
    111            'solvent_sld':   6.3, 
    112            'background':    0.0001, 
    113            }, 1.0, 0.000595345], 
    114         [{'length':        10.0, 
    115            'kuhn_length': 800.0, 
    116            'radius':        2.0, 
    117            'sld':           6.0, 
    118            'solvent_sld':  12.3, 
    119            'background':    0.001, 
    120            }, 0.1, 1.55228], 
    121        [{'length':        100.0, 
    122            'kuhn_length': 800.0, 
    123            'radius':       50.0, 
    124            'sld':           0.1, 
    125            'solvent_sld':   5.1, 
    126            'background':    0.0, 
    127            }, 1.0, 0.000938456] 
    128          ] 
     115    # Additional tests with larger range of parameters 
     116    [{'length':    1000.0, 
     117      'kuhn_length': 100.0, 
     118      'radius':       20.0, 
     119      'sld':           1.0, 
     120      'solvent_sld':   6.3, 
     121      'background':    0.0001, 
     122     }, 1.0, 0.000595345], 
     123    [{'length':        10.0, 
     124      'kuhn_length': 800.0, 
     125      'radius':        2.0, 
     126      'sld':           6.0, 
     127      'solvent_sld':  12.3, 
     128      'background':    0.001, 
     129     }, 0.1, 1.55228], 
     130    [{'length':        100.0, 
     131      'kuhn_length': 800.0, 
     132      'radius':       50.0, 
     133      'sld':           0.1, 
     134      'solvent_sld':   5.1, 
     135      'background':    0.0, 
     136     }, 1.0, 0.000938456] 
     137    ] 
    129138 
  • sasmodels/models/gauss_lorentz_gel.py

    r07a6700 r168052c  
    4242---------- 
    4343 
    44 G Evmenenko, E Theunissen, K Mortensen, H Reynaers, *Polymer*, 42 (2001) 2907-2913 
     44G Evmenenko, E Theunissen, K Mortensen, H Reynaers, *Polymer*, 
     4542 (2001) 2907-2913 
    4546 
    4647""" 
    4748 
    48 from numpy import inf, pi, sqrt, exp 
     49from numpy import inf, sqrt, exp 
    4950 
    5051name = "gauss_lorentz_gel" 
     
    6364            """ 
    6465category = "shape-independent" 
    65  
     66# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    6667#            ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
    6768parameters = [["gauss_scale_factor",   "",    100.0,  [-inf, inf], "", "Gauss scale factor"], 
     
    6970              ["lorentz_scale_factor", "",     50.0,  [-inf, inf], "", "Lorentzian scale factor"], 
    7071              ["dynamic_cor_length",   "Ang",  20.0,  [0, inf],    "", "Dynamic correlation length"], 
    71               ] 
    72  
     72             ] 
     73# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    7374 
    7475def Iq(q, 
    75        gauss_scale_factor, 
    76        static_cor_length, 
    77        lorentz_scale_factor, 
    78        dynamic_cor_length): 
     76       gauss_scale_factor=100.0, 
     77       static_cor_length=100.0, 
     78       lorentz_scale_factor=50.0, 
     79       dynamic_cor_length=20.0): 
     80    """ 
    7981 
    80         term1 = gauss_scale_factor *\ 
    81                 exp(-1.0*q*q*static_cor_length*static_cor_length/2.0) 
    82         term2 = lorentz_scale_factor /\ 
    83                 (1.0+(q*dynamic_cor_length)*(q*dynamic_cor_length)) 
     82    :param q:                    Input q-value 
     83    :param gauss_scale_factor:   Gauss scale factor 
     84    :param static_cor_length:    Static correlation length 
     85    :param lorentz_scale_factor: Lorentzian scale factor 
     86    :param dynamic_cor_length:   Dynamic correlation length 
     87    :return:                     1-D intensity 
     88    """ 
    8489 
    85         return term1 + term2 
     90    term1 = gauss_scale_factor *\ 
     91            exp(-1.0*q*q*static_cor_length*static_cor_length/2.0) 
     92    term2 = lorentz_scale_factor /\ 
     93            (1.0+(q*dynamic_cor_length)*(q*dynamic_cor_length)) 
     94 
     95    return term1 + term2 
    8696 
    8797Iq.vectorized = True  # Iq accepts an array of q values 
     
    8999 
    90100def Iqxy(qx, qy, *args): 
    91         iq = Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
     101    """ 
     102    :param qx:   Input q_x-value 
     103    :param qy:   Input q_y-value 
     104    :param args: Remaining aruments 
     105    :return:     2-D intensity 
     106    """ 
    92107 
    93         return iq 
     108    return Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
    94109 
    95110Iqxy.vectorized = True  # Iqxy accepts an array of qx, qy values 
     
    111126 
    112127tests = [ 
    113          # Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py 
    114          [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
    115            'static_cor_length':   100.0, 
    116            'lorentz_scale_factor': 50.0, 
    117            'dynamic_cor_length':   20.0, 
    118            }, 0.001, 149.481], 
    119128 
    120          [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
    121            'static_cor_length':   100.0, 
    122            'lorentz_scale_factor': 50.0, 
    123            'dynamic_cor_length':   20.0, 
    124            }, 0.105363, 9.1903], 
     129    # Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py 
     130    [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
     131      'static_cor_length':   100.0, 
     132      'lorentz_scale_factor': 50.0, 
     133      'dynamic_cor_length':   20.0, 
     134     }, 0.001, 149.481], 
    125135 
    126          [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
    127            'static_cor_length':   100.0, 
    128            'lorentz_scale_factor': 50.0, 
    129            'dynamic_cor_length':   20.0, 
    130            }, 0.441623, 0.632811], 
     136    [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
     137      'static_cor_length':   100.0, 
     138      'lorentz_scale_factor': 50.0, 
     139      'dynamic_cor_length':   20.0, 
     140     }, 0.105363, 9.1903], 
    131141 
    132          # Additional tests with larger range of parameters 
    133          [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
    134            'static_cor_length':  100.0, 
    135            'lorentz_scale_factor': 3.0, 
    136            'dynamic_cor_length':   1.0, 
    137            }, 0.1, 2.9702970297], 
     142    [{'gauss_scale_factor':  100.0, 
     143      'static_cor_length':   100.0, 
     144      'lorentz_scale_factor': 50.0, 
     145      'dynamic_cor_length':   20.0, 
     146     }, 0.441623, 0.632811], 
    138147 
    139          [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
    140            'static_cor_length':  100.0, 
    141            'lorentz_scale_factor': 3.0, 
    142            'dynamic_cor_length':   1.0, 
    143            'background':         100.0 
    144            }, 5.0, 100.115384615], 
     148    # Additional tests with larger range of parameters 
     149    [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
     150      'static_cor_length':  100.0, 
     151      'lorentz_scale_factor': 3.0, 
     152      'dynamic_cor_length':   1.0, 
     153     }, 0.1, 2.9702970297], 
    145154 
    146          [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
    147            'static_cor_length':  100.0, 
    148            'lorentz_scale_factor': 3.0, 
    149            'dynamic_cor_length':   1.0, 
    150            }, 200., 7.49981250469e-05], 
    151          ] 
     155    [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
     156      'static_cor_length':  100.0, 
     157      'lorentz_scale_factor': 3.0, 
     158      'dynamic_cor_length':   1.0, 
     159      'background':         100.0 
     160     }, 5.0, 100.115384615], 
     161 
     162    [{'gauss_scale_factor':  10.0, 
     163      'static_cor_length':  100.0, 
     164      'lorentz_scale_factor': 3.0, 
     165      'dynamic_cor_length':   1.0, 
     166     }, 200., 7.49981250469e-05], 
     167    ] 
  • sasmodels/models/gel_fit.py

    r513efc5 r168052c  
    77in the position of the polymer chains that ensure thermodynamic equilibrium, 
    88and a longer distance (denoted here as $a2$ ) needed to account for the static 
    9 accumulations of polymer pinned down by junction points or clusters of such points. 
    10 The latter is derived from a simple Guinier function. 
     9accumulations of polymer pinned down by junction points or clusters of such 
     10points. The latter is derived from a simple Guinier function. 
    1111 
    1212 
     
    4040--------- 
    4141 
    42 Mitsuhiro Shibayama, Toyoichi Tanaka, Charles C Han, J. Chem. Phys. 1992, 97 (9), 
    43 6829-6841 
     42Mitsuhiro Shibayama, Toyoichi Tanaka, Charles C Han, 
     43*J. Chem. Phys.* 1992, 97 (9), 6829-6841 
    4444 
    4545Simon Mallam, Ferenc Horkay, Anne-Marie Hecht, Adrian R Rennie, Erik Geissler, 
    46 Macromolecules 1991, 24, 543-548 
     46*Macromolecules* 1991, 24, 543-548 
    4747 
    4848""" 
     
    6262category = "shape-independent" 
    6363 
     64# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    6465#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type","description"], 
    6566parameters = [["guinier_scale",    "cm^{-1}",   1.7, [-inf, inf], "", "Guinier length scale"], 
     
    6869              ["fractal_exp",      "",          2.0, [0, inf],    "", "Fractal exponent"], 
    6970              ["cor_length",       "Ang",      16.0, [0, inf],    "", "Correlation length"] 
    70               ] 
    71  
     71             ] 
     72# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    7273 
    7374source = ["gel_fit.c"] 
     
    9293           'fractal_exp': 10.0, 
    9394           'cor_length': 20.0 
    94            }, 0.1, 0.716532], 
     95          }, 0.1, 0.716532], 
    9596 
    9697         [{'guinier_scale': 4.0, 
     
    100101           'cor_length': 20.0, 
    101102           'background': 20.0, 
    102            }, 5.0, 20.1224653026], 
    103  
    104          ] 
     103          }, 5.0, 20.1224653026], 
     104        ] 
  • sasmodels/models/mass_fractal.py

    r87edabf r168052c  
    5252--------- 
    5353 
    54 D Mildner and P Hall, *J. Phys. D: Appl. Phys.*,  19 (1986) 1535-1545 Equation(9) 
     54D Mildner and P Hall, *J. Phys. D: Appl. Phys.*, 
     5519 (1986) 1535-1545 Equation(9) 
    5556 
    5657 
     
    7980category = "shape-independent" 
    8081 
     82# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    8183#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type","description"], 
    8284parameters = [["radius",        "Ang",  10.0, [0.0, inf], "", "Particle radius"], 
    8385              ["mass_dim",      "",      1.9, [1.0, 6.0], "", "Mass fractal dimension"], 
    8486              ["cutoff_length", "Ang", 100.0, [0.0, inf], "", "Cut-off length"], 
    85               ] 
    86  
     87             ] 
     88# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    8789 
    8890source = ["lib/sph_j1c.c", "lib/lanczos_gamma.c", "mass_fractal.c"] 
     
    99101 
    100102tests = [ 
    101          # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
    102          [{'radius':         10.0, 
    103            'mass_dim':        1.9, 
    104            'cutoff_length': 100.0, 
    105            }, 0.05, 279.59322], 
    106103 
    107          # Additional tests with larger range of parameters 
    108          [{'radius':        2.0, 
    109            'mass_dim':      3.3, 
    110            'cutoff_length': 1.0, 
    111            }, 0.5, 1.29016774904], 
     104    # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
     105    [{'radius':         10.0, 
     106      'mass_dim':        1.9, 
     107      'cutoff_length': 100.0, 
     108     }, 0.05, 279.59322], 
    112109 
    113          [{'radius':        1.0, 
    114            'mass_dim':      1.3, 
    115            'cutoff_length': 1.0, 
    116            'background':    0.8, 
    117            }, 0.001, 1.69747015932], 
     110    # Additional tests with larger range of parameters 
     111    [{'radius':        2.0, 
     112      'mass_dim':      3.3, 
     113      'cutoff_length': 1.0, 
     114     }, 0.5, 1.29016774904], 
    118115 
    119          [{'radius':        1.0, 
    120            'mass_dim':      2.3, 
    121            'cutoff_length': 1.0, 
    122            'scale':        10.0, 
    123            }, 0.051, 11.6227966145], 
    124          ] 
     116    [{'radius':        1.0, 
     117      'mass_dim':      1.3, 
     118      'cutoff_length': 1.0, 
     119      'background':    0.8, 
     120     }, 0.001, 1.69747015932], 
     121 
     122    [{'radius':        1.0, 
     123      'mass_dim':      2.3, 
     124      'cutoff_length': 1.0, 
     125      'scale':        10.0, 
     126     }, 0.051, 11.6227966145], 
     127    ] 
  • sasmodels/models/mass_surface_fractal.py

    r07a6700 r168052c  
    5454P Schmidt, *J Appl. Cryst.*, 24 (1991) 414-435 Equation(19) 
    5555 
    56 A J Hurd, D W Schaefer, J E Martin, *Phys. Rev. A*, 35 (1987) 2361-2364 Equation(2) 
     56A J Hurd, D W Schaefer, J E Martin, *Phys. Rev. A*, 
     5735 (1987) 2361-2364 Equation(2) 
    5758 
    5859""" 
     
    7980category = "shape-independent" 
    8081 
     82# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    8183#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type","description"], 
    8284parameters = [["mass_dim",      "",    1.8, [1e-16, 6.0], "", 
     
    8890              ["primary_rg", "Ang", 4000.,  [0.0, inf], "", 
    8991               "Primary particle radius of gyration"], 
    90               ] 
    91  
     92             ] 
     93# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    9294 
    9395source = ["mass_surface_fractal.c"] 
     
    107109 
    108110tests = [ 
    109          # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
    110          [{'mass_dim':      1.8, 
    111            'surface_dim':   2.3, 
    112            'cluster_rg':   86.7, 
    113            'primary_rg': 4000.0, 
    114            }, 0.05, 1.77537e-05], 
    115111 
    116          # Additional tests with larger range of parameters 
    117          [{'mass_dim':      3.3, 
    118            'surface_dim':   1.0, 
    119            'cluster_rg':   90.0, 
    120            'primary_rg': 4000.0, 
    121            }, 0.001, 0.18462699016], 
     112    # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
     113    [{'mass_dim':      1.8, 
     114      'surface_dim':   2.3, 
     115      'cluster_rg':   86.7, 
     116      'primary_rg': 4000.0, 
     117     }, 0.05, 1.77537e-05], 
    122118 
    123          [{'mass_dim':      1.3, 
    124            'surface_dim':   1.0, 
    125            'cluster_rg':   90.0, 
    126            'primary_rg': 2000.0, 
    127            'background':    0.8, 
    128            }, 0.001, 1.16539753641], 
     119    # Additional tests with larger range of parameters 
     120    [{'mass_dim':      3.3, 
     121      'surface_dim':   1.0, 
     122      'cluster_rg':   90.0, 
     123      'primary_rg': 4000.0, 
     124     }, 0.001, 0.18462699016], 
    129125 
    130          [{'mass_dim':      2.3, 
    131            'surface_dim':   1.0, 
    132            'cluster_rg':   90.0, 
    133            'primary_rg': 1000.0, 
    134            'scale':        10.0, 
    135            }, 0.051, 0.000169548800377], 
    136          ] 
     126    [{'mass_dim':      1.3, 
     127      'surface_dim':   1.0, 
     128      'cluster_rg':   90.0, 
     129      'primary_rg': 2000.0, 
     130      'background':    0.8, 
     131     }, 0.001, 1.16539753641], 
     132 
     133    [{'mass_dim':      2.3, 
     134      'surface_dim':   1.0, 
     135      'cluster_rg':   90.0, 
     136      'primary_rg': 1000.0, 
     137      'scale':        10.0, 
     138     }, 0.051, 0.000169548800377], 
     139    ] 
  • sasmodels/models/polymer_excl_volume.py

    r07a6700 r168052c  
    113113category = "shape-independent" 
    114114 
     115# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    115116#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
    116117parameters = [["rg",        "Ang", 60.0, [0, inf],    "", "Radius of Gyration"], 
    117118              ["porod_exp", "",     3.0, [-inf, inf], "", "Porod exponent"], 
    118               ] 
     119             ] 
     120# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    119121 
    120122 
    121 def Iq(q, rg, porod_exp): 
    122  
     123def Iq(q, 
     124       rg=60.0, 
     125       porod_exp=3.0): 
    123126    """ 
    124127    :param q:         Input q-value (float or [float, float]) 
     
    131134    o2nu = 1.0/(2.0*nu) 
    132135 
    133     intensity = ((1.0/(nu*power(u, o2nu))) * (gamma(o2nu)*gammainc(o2nu, u) - 
     136    intensity = ((1.0/(nu*power(u, o2nu))) * 
     137                 (gamma(o2nu)*gammainc(o2nu, u) - 
    134138                  1.0/power(u, o2nu) * gamma(porod_exp) * 
    135139                  gammainc(porod_exp, u))) * (q > 0) + 1.0*(q <= 0) 
     
    141145 
    142146def Iqxy(qx, qy, *args): 
    143         iq = Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
     147    """ 
     148    :param qx:   Input q_x-value 
     149    :param qy:   Input q_y-value 
     150    :param args: Remaining arguments 
     151    :return:     2D-Intensity 
     152    """ 
    144153 
    145         return iq 
     154    return Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
    146155 
    147156Iqxy.vectorized = True  # Iqxy accepts an array of qx, qy values 
     
    158167 
    159168tests = [ 
    160          # Accuracy tests based on content in test/polyexclvol_default_igor.txt 
    161          [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.001, 0.998801], 
    162          [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.105363, 0.0162751], 
    163          [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.665075, 6.56261e-05], 
     169    # Accuracy tests based on content in test/polyexclvol_default_igor.txt 
     170    [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.001, 0.998801], 
     171    [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.105363, 0.0162751], 
     172    [{'rg': 60, 'porod_exp': 3.0}, 0.665075, 6.56261e-05], 
    164173 
    165          # Additional tests with larger range of parameters 
    166          [{'rg': 10, 'porod_exp': 4.0}, 0.1, 0.723436675809], 
    167          [{'rg': 2.2, 'porod_exp': 22.0, 'background': 100.0}, 5.0, 100.0], 
    168          [{'rg': 1.1, 'porod_exp': 1, 'background': 10.0, 'scale': 1.25}, 
    169          20000., 10.0000712097] 
    170          ] 
     174    # Additional tests with larger range of parameters 
     175    [{'rg': 10, 'porod_exp': 4.0}, 0.1, 0.723436675809], 
     176    [{'rg': 2.2, 'porod_exp': 22.0, 'background': 100.0}, 5.0, 100.0], 
     177    [{'rg': 1.1, 'porod_exp': 1, 'background': 10.0, 'scale': 1.25}, 
     178     20000., 10.0000712097] 
     179    ] 
  • sasmodels/models/star_polymer.py

    r55b283e8 r168052c  
    5555        """ 
    5656category = "shape-independent" 
    57  
     57# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    5858#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type","description"], 
    5959parameters = [["radius2", "Ang", 100.0, [0.0, inf], "", "Ensemble radius of gyration squared of an arm"], 
    6060              ["arms",    "",      3,   [1.0, 6.0], "", "Number of arms in the model"], 
    61               ] 
    62  
     61             ] 
     62# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    6363 
    6464source = ["star_polymer.c"] 
     
    7575tests = [[{'radius2': 2.0, 
    7676           'arms':    3.3, 
    77            }, 0.5, 0.850646091108], 
     77          }, 0.5, 0.850646091108], 
    7878 
    7979         [{'radius2':    1.0, 
    8080           'arms':       2.0, 
    8181           'background': 1.8, 
    82            }, 1.0, 2.53575888234], 
    83          ] 
     82          }, 1.0, 2.53575888234], 
     83        ] 
  • sasmodels/models/surface_fractal.py

    r07a6700 r168052c  
    8080category = "shape-independent" 
    8181 
     82# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    8283#             ["name", "units", default, [lower, upper], "type","description"], 
    8384parameters = [["radius",        "Ang", 10.0, [0, inf],   "", 
     
    8788              ["cutoff_length", "Ang", 500., [0.0, inf], "", 
    8889               "Cut-off Length"], 
    89               ] 
    90  
     90             ] 
     91# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    9192 
    9293source = ["lib/sph_j1c.c", "lib/lanczos_gamma.c", "surface_fractal.c"] 
     
    101102 
    102103tests = [ 
    103          # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
    104          [{'radius': 10.0, 'surface_dim': 2.0, 'cutoff_length': 500.0, 
    105            }, 0.05, 301428.65916], 
     104    # Accuracy tests based on content in test/utest_other_models.py 
     105    [{'radius': 10.0, 
     106      'surface_dim': 2.0, 
     107      'cutoff_length': 500.0, 
     108     }, 0.05, 301428.65916], 
    106109 
    107          # Additional tests with larger range of parameters 
    108          [{'radius': 1.0, 'surface_dim': 1.0, 'cutoff_length': 10.0, 
    109            }, 0.332070182643, 1125.00321004], 
     110    # Additional tests with larger range of parameters 
     111    [{'radius': 1.0, 
     112      'surface_dim': 1.0, 
     113      'cutoff_length': 10.0, 
     114     }, 0.332070182643, 1125.00321004], 
    110115 
    111          [{'radius': 3.5, 'surface_dim': 0.1, 'cutoff_length': 30.0, 
    112            'background': 0.01, 
    113            }, 5.0, 0.00999998891322], 
     116    [{'radius': 3.5, 
     117      'surface_dim': 0.1, 
     118      'cutoff_length': 30.0, 
     119      'background': 0.01, 
     120     }, 5.0, 0.00999998891322], 
    114121 
    115          [{'radius': 3.0, 'surface_dim': 1.0, 'cutoff_length': 33.0, 
    116            'scale': 0.1, 
    117            }, 0.51, 2.50020147004], 
    118          ] 
     122    [{'radius': 3.0, 
     123      'surface_dim': 1.0, 
     124      'cutoff_length': 33.0, 
     125      'scale': 0.1, 
     126     }, 0.51, 2.50020147004], 
     127    ] 
  • sasmodels/models/two_lorentzian.py

    r07a6700 r168052c  
    5454category = "shape-independent" 
    5555 
     56# pylint: disable=bad-whitespace, line-too-long 
    5657#            ["name", "units", default, [lower, upper], "type", "description"], 
    57 parameters = [["lorentz_scale_1",  "",     10.0, [-inf, inf], "", 
    58                "First power law scale factor"], 
    59               ["lorentz_length_1", "Ang", 100.0, [-inf, inf], "", 
    60                "First Lorentzian screening length"], 
    61               ["lorentz_exp_1",    "",      3.0, [-inf, inf], "", 
    62                "First exponent of power law"], 
    63               ["lorentz_scale_2",  "",      1.0, [-inf, inf], "", 
    64                "Second scale factor for broad Lorentzian peak"], 
    65               ["lorentz_length_2", "Ang",  10.0, [-inf, inf], "", 
    66                "Second Lorentzian screening length"], 
    67               ["lorentz_exp_2",    "",      2.0, [-inf, inf], "", 
    68                "Second exponent of power law"], 
    69               ] 
     58parameters = [["lorentz_scale_1",  "",     10.0, [-inf, inf], "", "First power law scale factor"], 
     59              ["lorentz_length_1", "Ang", 100.0, [-inf, inf], "", "First Lorentzian screening length"], 
     60              ["lorentz_exp_1",    "",      3.0, [-inf, inf], "", "First exponent of power law"], 
     61              ["lorentz_scale_2",  "",      1.0, [-inf, inf], "", "Second scale factor for broad Lorentzian peak"], 
     62              ["lorentz_length_2", "Ang",  10.0, [-inf, inf], "", "Second Lorentzian screening length"], 
     63              ["lorentz_exp_2",    "",      2.0, [-inf, inf], "", "Second exponent of power law"], 
     64             ] 
     65# pylint: enable=bad-whitespace, line-too-long 
    7066 
    7167 
    7268def Iq(q, 
    73        lorentz_scale_1, 
    74        lorentz_length_1, 
    75        lorentz_exp_1, 
    76        lorentz_scale_2, 
    77        lorentz_length_2, 
    78        lorentz_exp_2): 
     69       lorentz_scale_1=10.0, 
     70       lorentz_length_1=100.0, 
     71       lorentz_exp_1=3.0, 
     72       lorentz_scale_2=1.0, 
     73       lorentz_length_2=10.0, 
     74       lorentz_exp_2=2.0): 
    7975 
    8076    """ 
     
    8884    :return:                    Calculated intensity 
    8985    """ 
    90  
     86# pylint: disable=bad-whitespace 
    9187    intensity  = lorentz_scale_1/(1.0 + 
    9288                                  power(q*lorentz_length_1, lorentz_exp_1)) 
    9389    intensity += lorentz_scale_2/(1.0 + 
    9490                                  power(q*lorentz_length_2, lorentz_exp_2)) 
     91# pylint: enable=bad-whitespace 
    9592 
    9693    return intensity 
     
    10097 
    10198def Iqxy(qx, qy, *args): 
    102         iq = Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
     99    """ 
     100    :param qx:   Input q_x-value 
     101    :param qy:   Input q_y-value 
     102    :param args: Remaining arguments 
     103    :return:     2D-Intensity 
     104    """ 
    103105 
    104         return iq 
     106    return Iq(sqrt(qx**2 + qy**2), *args) 
    105107 
    106108Iqxy.vectorized = True  # Iqxy accepts an array of qx, qy values 
     
    108110 
    109111demo = dict(scale=1, background=0.1, 
    110             lorentz_scale_1=10, lorentz_length_1=100.0, lorentz_exp_1=3.0, 
    111             lorentz_scale_2=1,  lorentz_length_2=10,    lorentz_exp_2=2.0) 
     112            lorentz_scale_1=10, 
     113            lorentz_length_1=100.0, 
     114            lorentz_exp_1=3.0, 
     115            lorentz_scale_2=1, 
     116            lorentz_length_2=10, 
     117            lorentz_exp_2=2.0) 
    112118 
    113119oldname = "TwoLorentzianModel" 
    114120oldpars = dict(background='background', 
    115                lorentz_scale_1='scale_1',   lorentz_scale_2='scale_2', 
    116                lorentz_length_1='length_1', lorentz_length_2='length_2', 
    117                lorentz_exp_1='exponent_1',  lorentz_exp_2='exponent_2') 
     121               lorentz_scale_1='scale_1', 
     122               lorentz_scale_2='scale_2', 
     123               lorentz_length_1='length_1', 
     124               lorentz_length_2='length_2', 
     125               lorentz_exp_1='exponent_1', 
     126               lorentz_exp_2='exponent_2') 
    118127 
    119128tests = [ 
    120          # Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py 
    121          [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
    122            'lorentz_length_1': 100.0, 
    123            'lorentz_exp_1':      3.0, 
    124            'lorentz_scale_2':    1.0, 
    125            'lorentz_length_2':  10.0, 
    126            'lorentz_exp_2':      2.0, 
    127            'background':         0.1, 
    128            }, 0.001, 11.08991], 
    129129 
    130          [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
    131            'lorentz_length_1': 100.0, 
    132            'lorentz_exp_1':      3.0, 
    133            'lorentz_scale_2':    1.0, 
    134            'lorentz_length_2':  10.0, 
    135            'lorentz_exp_2':      2.0, 
    136            'background':         0.1, 
    137            }, 0.150141, 0.410245], 
     130    # Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py 
     131    [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
     132      'lorentz_length_1': 100.0, 
     133      'lorentz_exp_1':      3.0, 
     134      'lorentz_scale_2':    1.0, 
     135      'lorentz_length_2':  10.0, 
     136      'lorentz_exp_2':      2.0, 
     137      'background':         0.1, 
     138     }, 0.001, 11.08991], 
    138139 
    139          [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
    140            'lorentz_length_1': 100.0, 
    141            'lorentz_exp_1':      3.0, 
    142            'lorentz_scale_2':    1.0, 
    143            'lorentz_length_2':  10.0, 
    144            'lorentz_exp_2':      2.0, 
    145            'background':         0.1, 
    146            }, 0.442528, 0.148699], 
     140    [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
     141      'lorentz_length_1': 100.0, 
     142      'lorentz_exp_1':      3.0, 
     143      'lorentz_scale_2':    1.0, 
     144      'lorentz_length_2':  10.0, 
     145      'lorentz_exp_2':      2.0, 
     146      'background':         0.1, 
     147     }, 0.150141, 0.410245], 
    147148 
    148          # Additional tests with larger range of parameters 
    149          [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
    150            'lorentz_length_1': 100.0, 
    151            'lorentz_exp_1':      3.0, 
    152            'lorentz_scale_2':    1.0, 
    153            'lorentz_length_2':  10.0, 
    154            'lorentz_exp_2':      2.0, 
    155            }, 0.000332070182643, 10.9996228107], 
     149    [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
     150      'lorentz_length_1': 100.0, 
     151      'lorentz_exp_1':      3.0, 
     152      'lorentz_scale_2':    1.0, 
     153      'lorentz_length_2':  10.0, 
     154      'lorentz_exp_2':      2.0, 
     155      'background':         0.1, 
     156     }, 0.442528, 0.148699], 
    156157 
    157          [{'lorentz_scale_1':  0.0, 
    158            'lorentz_length_1': 0.0, 
    159            'lorentz_exp_1':    0.0, 
    160            'lorentz_scale_2':  0.0, 
    161            'lorentz_length_2': 0.0, 
    162            'lorentz_exp_2':    0.0, 
    163            'background':     100.0 
    164            }, 5.0, 100.0], 
     158    # Additional tests with larger range of parameters 
     159    [{'lorentz_scale_1':   10.0, 
     160      'lorentz_length_1': 100.0, 
     161      'lorentz_exp_1':      3.0, 
     162      'lorentz_scale_2':    1.0, 
     163      'lorentz_length_2':  10.0, 
     164      'lorentz_exp_2':      2.0, 
     165     }, 0.000332070182643, 10.9996228107], 
    165166 
    166          [{'lorentz_scale_1': 200.0, 
    167            'lorentz_length_1': 10.0, 
    168            'lorentz_exp_1':     0.1, 
    169            'lorentz_scale_2':   0.1, 
    170            'lorentz_length_2':  5.0, 
    171            'lorentz_exp_2':     2.0 
    172            }, 20000., 45.5659201896], 
    173          ] 
     167    [{'lorentz_scale_1':  0.0, 
     168      'lorentz_length_1': 0.0, 
     169      'lorentz_exp_1':    0.0, 
     170      'lorentz_scale_2':  0.0, 
     171      'lorentz_length_2': 0.0, 
     172      'lorentz_exp_2':    0.0, 
     173      'background':     100.0 
     174     }, 5.0, 100.0], 
     175 
     176    [{'lorentz_scale_1': 200.0, 
     177      'lorentz_length_1': 10.0, 
     178      'lorentz_exp_1':     0.1, 
     179      'lorentz_scale_2':   0.1, 
     180      'lorentz_length_2':  5.0, 
     181      'lorentz_exp_2':     2.0 
     182     }, 20000., 45.5659201896], 
     183    ] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.