Changeset 0cc77d8 in sasview for src/sas/sascalc


Ignore:
Timestamp:
May 1, 2017 5:00:53 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Children:
733cdcd
Parents:
b9d74f3 (diff), c00a797a (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Paul Kienzle <pkienzle@…> (05/01/17 17:00:53)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (05/01/17 17:00:53)
Message:

Merge branch 'master' into raise

Location:
src/sas/sascalc
Files:
46 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
    33SAS generic computation and sld file readers 
    44""" 
     5from __future__ import print_function 
     6 
    57import sas.sascalc.calculator.core.sld2i as mod 
    68from sas.sascalc.calculator.BaseComponent import BaseComponent 
    … …  
    558560                            vol_pix = np.append(vol_pix, vol) 
    559561                        except: 
    560                             print "Error: set the sld of %s to zero"% atom_name 
     562                            print("Error: set the sld of %s to zero"% atom_name) 
    561563                            sld_n = np.append(sld_n, 0.0) 
    562564                        sld_mx = np.append(sld_mx, 0) 
    … …  
    609611        Write 
    610612        """ 
    611         print "Not implemented... " 
     613        print("Not implemented... ") 
    612614 
    613615class SLDReader(object): 
    … …  
    10441046    from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
    10451047    current_dir = os.path.abspath(os.path.curdir) 
    1046     print current_dir 
     1048    print(current_dir) 
    10471049    for i in range(6): 
    10481050        current_dir, _ = os.path.split(current_dir) 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    r7432acb ra1b8fee  
    44#  \brief Abstract class for defining calculation threads. 
    55# 
     6from __future__ import print_function 
    67 
    78import thread 
    … …  
    295296    """ 
    296297    def __init__(self, n=20000): 
    297         print thread.get_ident() 
     298        print(thread.get_ident()) 
    298299        self.starttime = clock() 
    299300        self.done = False 
    … …  
    307308        self.work2.queue(n) 
    308309        self.work3.queue(n) 
    309         print "Expect updates from Main every second and from thread every 2.5 seconds" 
    310         print "" 
     310        print("Expect updates from Main every second and from thread every 2.5 seconds") 
     311        print("") 
    311312        self.work.ready(.5) 
    312313        while not self.done: 
    313314            sleep(1) 
    314             print "Main thread %d at %.2f" % (thread.get_ident(), 
    315                                               clock() - self.starttime) 
     315            print("Main thread %d at %.2f" % (thread.get_ident(), 
     316                                              clock() - self.starttime)) 
    316317 
    317318    def update(self, i=0): 
    318         print "Update i=%d from thread %d at %.2f" % (i, thread.get_ident(), 
    319                                                       clock() - self.starttime) 
     319        print("Update i=%d from thread %d at %.2f" % (i, thread.get_ident(), 
     320                                                      clock() - self.starttime)) 
    320321        self.work.ready(2.5) 
    321322 
    322323    def complete(self, total=0.0): 
    323         print "Complete total=%g from thread %d at %.2f" % (total, 
     324        print("Complete total=%g from thread %d at %.2f" % (total, 
    324325                                                    thread.get_ident(), 
    325                                                     clock() - self.starttime) 
     326                                                    clock() - self.starttime)) 
    326327        self.done = True 

  • src/sas/sascalc/data_util/formatnum.py

    r9a5097c ra1b8fee  
    3737formatter.compact flag. 
    3838""" 
    39 from __future__ import division 
     39from __future__ import division, print_function 
    4040 
    4141import math 

  • src/sas/sascalc/data_util/registry.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
    66and registers the built-in file extensions. 
    77""" 
     8from __future__ import print_function 
    89 
    910import os.path 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
    1616###################################################################### 
    1717 
     18from __future__ import print_function 
    1819 
    1920#TODO: Keep track of data manipulation in the 'process' data structure. 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/IgorReader.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    1212#copyright 2008, University of Tennessee 
    1313############################################################################# 
     14from __future__ import print_function 
     15 
    1416import os 
    1517 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    1414#copyright 2009, University of Tennessee 
    1515############################################################################# 
     16from __future__ import print_function 
     17 
    1618import os 
    1719import sys 
    … …  
    7173                    logger.error(msg) 
    7274    else: 
    73         print "Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd()) 
     75        print("Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd())) 
    7476          
    7577          

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/red2d_reader.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
    99#copyright 2008, University of Tennessee 
    1010###################################################################### 
     11from __future__ import print_function 
     12 
    1113import os 
    1214import numpy as np 
    … …  
    8183        detector = Detector() 
    8284        if len(output.detector) > 0: 
    83             print str(output.detector[0]) 
     85            print(str(output.detector[0])) 
    8486        output.detector.append(detector) 
    8587                 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
     1from __future__ import print_function 
    12 
    23import  copy 
    … …  
    627628        """ 
    628629        """ 
    629         print str(self) 
     630        print(str(self)) 

  • src/sas/sascalc/fit/Loader.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# class Loader  to load any king of file 
    24#import wx 
    … …  
    5456                    self.dx = np.zeros(len(self.x)) 
    5557                except: 
    56                     print "READ ERROR", line 
     58                    print("READ ERROR", line) 
    5759            # Sanity check 
    5860            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    … …  
    8082    load = Load() 
    8183    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    82     print load.get_filename()  
     84    print(load.get_filename())  
    8385    load.set_values() 
    84     print load.get_values() 
     86    print(load.get_values()) 
    8587     
    8688             

  • src/sas/sascalc/fit/expression.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
    4343Ideally, this interface will change 
    4444""" 
     45from __future__ import print_function 
     46 
    4547import math 
    4648import re 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/AbstractFitEngine.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
     1from __future__ import print_function 
    12 
    23import  copy 
    … …  
    630631        """ 
    631632        """ 
    632         print str(self) 
     633        print(str(self)) 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# class Loader  to load any king of file 
    24#import wx 
    … …  
    5456                    self.dx = np.zeros(len(self.x)) 
    5557                except: 
    56                     print "READ ERROR", line 
     58                    print("READ ERROR", line) 
    5759            # Sanity check 
    5860            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    … …  
    8082    load = Load() 
    8183    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    82     print load.get_filename()  
     84    print(load.get_filename())  
    8385    load.set_values() 
    84     print load.get_values() 
     86    print(load.get_values()) 
    8587     
    8688             

  • src/sas/sascalc/pr/fit/expression.py

    rb9d74f3 r0cc77d8  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# This program is public domain 
    24""" 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r7432acb ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13import math 
    24import numpy as np 
    … …  
    197199    # Testing estimator 
    198200    est = NTermEstimator(invert) 
    199     print est.num_terms() 
     201    print(est.num_terms()) 

  • src/sas/sascalc/simulation/analmodelpy/tests/signon.py

    rd85c194 r9c3d784  
    1717    from analmodelpy import analmodelpy as analmodelpymodule 
    1818 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", analmodelpy.copyright() 
    21     print "   ", analmodelpymodule.copyright() 
     19    print("copyright information:") 
     20    print("   ", analmodelpy.copyright()) 
     21    print("   ", analmodelpymodule.copyright()) 
    2222 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", analmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", analmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(analmodelpymodule) 
     23    print() 
     24    print("module information:") 
     25    print("    file:", analmodelpymodule.__file__) 
     26    print("    doc:", analmodelpymodule.__doc__) 
     27    print("    contents:", dir(analmodelpymodule)) 
    2828 
    29     print 
    30     print analmodelpymodule.hello() 
     29    print() 
     30    print(analmodelpymodule.hello()) 
    3131 
    3232# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/analmodelpy/tests/testanal_model.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1820    from SASsimulation import geoshapespy 
    1921 
    20     print "copyright information:" 
    21     print "   ", analmodelpymodule.copyright() 
     22    print("copyright information:") 
     23    print("   ", analmodelpymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", analmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", analmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(analmodelpymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", analmodelpymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", analmodelpymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(analmodelpymodule)) 
    2830 
    2931    a = geoshapespy.new_sphere(1.0) 

  • src/sas/sascalc/simulation/geoshapespy/tests/testshapes.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1618    from SASsimulation import geoshapespy 
    1719 
    18     print 
    19     print "module information:" 
    20     print "    file:", geoshapespy.__file__ 
    21     print "    doc:", geoshapespy.__doc__ 
    22     print "    contents:", dir(geoshapespy) 
     20    print() 
     21    print("module information:") 
     22    print("    file:", geoshapespy.__file__) 
     23    print("    doc:", geoshapespy.__doc__) 
     24    print("    contents:", dir(geoshapespy)) 
    2325 
    2426    sp = geoshapespy.new_sphere(10) 

  • src/sas/sascalc/simulation/iqPy/tests/signon.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1719    from iqPy import iqPy as iqPymodule 
    1820 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", iqPy.copyright() 
    21     print "   ", iqPymodule.copyright() 
     21    print("copyright information:") 
     22    print("   ", iqPy.copyright()) 
     23    print("   ", iqPymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", iqPymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", iqPymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(iqPymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", iqPymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", iqPymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(iqPymodule)) 
    2830 
    29     print 
     31    print() 
    3032 
    3133# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/iqPy/tests/testiq.py

    rd85c194 r9c3d784  
    1717        iqPy.new_iq(10,0.01,0.4) 
    1818 
    19         print "pass." 
     19        print("pass.") 
    2020 
    2121# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/signon.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1719    from pointsmodelpy import pointsmodelpy as pointsmodelpymodule 
    1820 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", pointsmodelpy.copyright() 
    21     print "   ", pointsmodelpymodule.copyright() 
     21    print("copyright information:") 
     22    print("   ", pointsmodelpy.copyright()) 
     23    print("   ", pointsmodelpymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", pointsmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", pointsmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(pointsmodelpymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", pointsmodelpymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", pointsmodelpymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(pointsmodelpymodule)) 
    2830 
    29     print 
    30     print pointsmodelpymodule.hello() 
     31    print() 
     32    print(pointsmodelpymodule.hello()) 
    3133 
    3234# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/test2dui.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    77#  Imports: 
    88#-------------------------------------------------------------------------------- 
     9from __future__ import print_function 
    910 
    1011import wx 
    … …  
    4647 
    4748        data = ImageData(value_grid, index_vals) 
    48         print value_grid, index_vals 
     49        print(value_grid, index_vals) 
    4950         
    5051        # Create the index axes 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testcomplexmodel.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13from sasModeling.pointsmodelpy import pointsmodelpy 
    24from sasModeling.iqPy import iqPy 
    35from sasModeling.geoshapespy import geoshapespy 
     6 
    47 
    58#First testing: a normal case, a lores model holds a sphere 
    … …  
    6164  iqPy.OutputIQ(iqcomplex,"testcomplex2.iq") 
    6265 
    63   print "p(r) is saved in testcomplex2.pr" 
    64   print "I(Q) is saved in testcomplex2.iq" 
    65   print "pass" 
     66  print("p(r) is saved in testcomplex2.pr") 
     67  print("I(Q) is saved in testcomplex2.iq") 
     68  print("pass") 
    6669 
    6770#testing 3, insert one empty pdbmodel and one loresmodel 
    … …  
    8891  iqPy.OutputIQ(iqcomplex,"testcomplex3.iq") 
    8992 
    90   print "p(r) is saved in testcomplex3.pr" 
    91   print "I(Q) is saved in testcomplex3.iq" 
    92   print "pass" 
     93  print("p(r) is saved in testcomplex3.pr") 
     94  print("I(Q) is saved in testcomplex3.iq") 
     95  print("pass") 
    9396 
    9497# Test 2D complex model 
    … …  
    106109    pointsmodelpy.get_complexpoints(complex,vpcomplex); 
    107110  
    108     print pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.1,0.1); 
    109     print pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.01,0.1); 
     111    print(pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.1,0.1)); 
     112    print(pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.01,0.1)); 
    110113 
    111114 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testlores.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
     3 
    14if __name__ == "__main__": 
    25 
    … …  
    1013#    print "   ", pointsmodelpymodule.copyright() 
    1114 
    12     print 
    13     print "module information:" 
    14     print "    file:", pointsmodelpy.__file__ 
    15     print "    doc:", pointsmodelpy.__doc__ 
    16     print "    contents:", dir(pointsmodelpy) 
    17     print "    contents:", dir(geoshapespy) 
     15    print() 
     16    print("module information:") 
     17    print("    file:", pointsmodelpy.__file__) 
     18    print("    doc:", pointsmodelpy.__doc__) 
     19    print("    contents:", dir(pointsmodelpy)) 
     20    print("    contents:", dir(geoshapespy)) 
    1821 
    1922#    a = geoshapespy.new_singlehelix(10,2,30,2) 
    … …  
    4649    pointsmodelpy.outputPDB(lm,vp,"modelpy.pseudo.pdb") 
    4750 
    48     print "calculating distance distribution" 
     51    print("calculating distance distribution") 
    4952    rmax = pointsmodelpy.get_lores_pr(lm,vp) 
    50     print "finish calculating get_lores_pr, and rmax is:", rmax 
     53    print("finish calculating get_lores_pr, and rmax is:", rmax) 
    5154    pointsmodelpy.outputPR(lm,"testlores.pr") 
    5255    pointsmodelpy.get_lores_iq(lm,iq) 
    … …  
    5457    iqPy.OutputIQ(iq, "testlores.iq") 
    5558 
    56     print "Testing get I from a single q" 
     59    print("Testing get I from a single q") 
    5760    result = pointsmodelpy.get_lores_i(lm,0.1) 
    58     print "The I(0.1) is: %s" % str(result)  
     61    print("The I(0.1) is: %s" % str(result))  
    5962 
    6063# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testlores2d.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
     3 
    14def test_lores2d(phi): 
    25  from sasModeling.pointsmodelpy import pointsmodelpy  
    … …  
    4548  value_grid = zeros((100,100),Float) 
    4649  width, height = value_grid.shape 
    47   print width,height 
     50  print(width,height) 
    4851 
    4952  I = pointsmodelpy.calculateI_Qxy(lm,0.00001,0.000002) 
    50   print I 
     53  print(I) 
    5154 
    5255  Imax = 0 
    … …  
    8689  value_grid = zeros((100,100),Float) 
    8790  width, height = value_grid.shape 
    88   print width,height 
     91  print(width,height) 
    8992 
    9093  I = pointsmodelpy.calculateI_Qxy(lm,0.00001,0.000002) 
    91   print I 
     94  print(I) 
    9295 
    9396  Imax = 0 
    … …  
    109112if __name__ == "__main__": 
    110113 
    111   print "start to test lores 2D" 
     114  print("start to test lores 2D") 
    112115#  test_lores2d(10) 
    113116  value_grid = get2d_2() 
    114   print value_grid 
    115   print "pass" 
     117  print(value_grid) 
     118  print("pass") 

  • src/sas/sascalc/calculator/BaseComponent.py

    r9a5097c rb9d74f3  
    143143                qdist[1].__class__.__name__ != 'ndarray': 
    144144                msg = "evalDistribution expects a list of 2 ndarrays" 
    145                 raise RuntimeError, msg 
     145                raise RuntimeError(msg) 
    146146 
    147147            # Extract qx and qy for code clarity 
    … …  
    167167            mesg = "evalDistribution is expecting an ndarray of scalar q-values" 
    168168            mesg += " or a list [qx,qy] where qx,qy are 2D ndarrays." 
    169             raise RuntimeError, mesg 
     169            raise RuntimeError(mesg) 
    170170 
    171171 
    … …  
    228228                    return 
    229229 
    230         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     230        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    231231 
    232232    def getParam(self, name): 
    … …  
    250250                    return self.params[item] 
    251251 
    252         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     252        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    253253 
    254254    def getParamList(self): 
    … …  
    294294        add 
    295295        """ 
    296         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     296        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    297297    def __sub__(self, other): 
    298298        """ 
    299299        sub 
    300300        """ 
    301         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     301        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    302302    def __mul__(self, other): 
    303303        """ 
    304304        mul 
    305305        """ 
    306         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     306        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    307307    def __div__(self, other): 
    308308        """ 
    309309        div 
    310310        """ 
    311         raise ValueError, "Model operation are no longer supported" 
     311        raise ValueError("Model operation are no longer supported") 
    312312 
    313313 

  • src/sas/sascalc/calculator/instrument.py

    r9a5097c rb9d74f3  
    324324            plt.show() 
    325325        except: 
    326             raise RuntimeError, "Can't import matplotlib required to plot..." 
     326            raise RuntimeError("Can't import matplotlib required to plot...") 
    327327 
    328328 

  • src/sas/sascalc/calculator/resolution_calculator.py

    r7432acb rb9d74f3  
    208208        if wavelength == 0: 
    209209            msg = "Can't compute the resolution: the wavelength is zero..." 
    210             raise RuntimeError, msg 
     210            raise RuntimeError(msg) 
    211211        return self.intensity 
    212212 
    … …  
    503503        # otherwise 
    504504        else: 
    505             raise ValueError, " Improper input..." 
     505            raise ValueError(" Improper input...") 
    506506        # get them squared 
    507507        sigma = x_comp * x_comp 
    … …  
    766766        """ 
    767767        if len(size) < 1 or len(size) > 2: 
    768             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     768            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    769769        self.aperture.set_source_size(size) 
    770770 
    … …  
    783783        """ 
    784784        if len(size) < 1 or len(size) > 2: 
    785             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     785            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    786786        self.aperture.set_sample_size(size) 
    787787 
    … …  
    806806        """ 
    807807        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    808             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     808            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    809809        self.aperture.set_sample_distance(distance) 
    810810 
    … …  
    816816        """ 
    817817        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    818             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     818            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    819819        self.sample.set_distance(distance) 
    820820 
    … …  
    826826        """ 
    827827        if len(distance) < 1 or len(distance) > 2: 
    828             raise RuntimeError, "The length of the size must be one or two." 
     828            raise RuntimeError("The length of the size must be one or two.") 
    829829        self.detector.set_distance(distance) 
    830830 
    … …  
    998998            pix_y_size = detector_pix_size[1] 
    999999        else: 
    1000             raise ValueError, " Input value format error..." 
     1000            raise ValueError(" Input value format error...") 
    10011001        # Sample to detector distance = sample slit to detector 
    10021002        # minus sample offset 

  • src/sas/sascalc/corfunc/corfunc_calculator.py

    rff11b21 rb9d74f3  
    8080        # Only process data of the class Data1D 
    8181        if not issubclass(data.__class__, Data1D): 
    82             raise ValueError, "Data must be of the type DataLoader.Data1D" 
     82            raise ValueError("Data must be of the type DataLoader.Data1D") 
    8383 
    8484        # Prepare the data 
    … …  
    151151            err = ("Incorrect transform type supplied, must be 'fourier'", 
    152152                " or 'hilbert'") 
    153             raise ValueError, err 
     153            raise ValueError(err) 
    154154 
    155155        self._transform_thread.queue() 

  • src/sas/sascalc/data_util/nxsunit.py

    rb699768 rb9d74f3  
    189189 
    190190def _check(expect,get): 
    191     if expect != get: raise ValueError, "Expected %s but got %s"%(expect,get) 
     191    if expect != get: raise ValueError("Expected %s but got %s"%(expect,get)) 
    192192     #print expect,"==",get 
    193193 

  • src/sas/sascalc/data_util/odict.py

    rb699768 rb9d74f3  
    612612        """ 
    613613        if len(args) > 1: 
    614             raise TypeError, ('pop expected at most 2 arguments, got %s' % 
     614            raise TypeError('pop expected at most 2 arguments, got %s' % 
    615615                (len(args) + 1)) 
    616616        if key in self: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    r463e7ffc rb9d74f3  
    295295        # Raise an error if there are no matching extensions 
    296296        if len(writers) == 0: 
    297             raise ValueError, "Unknown file type for " + path 
     297            raise ValueError("Unknown file type for " + path) 
    298298        # All done 
    299299        return writers 

  • src/sas/sascalc/dataloader/manipulations.py

    r7432acb rb9d74f3  
    8181    """ 
    8282    if data2d.data is None or data2d.x_bins is None or data2d.y_bins is None: 
    83         raise ValueError, "Can't convert this data: data=None..." 
     83        raise ValueError("Can't convert this data: data=None...") 
    8484    new_x = numpy.tile(data2d.x_bins, (len(data2d.y_bins), 1)) 
    8585    new_y = numpy.tile(data2d.y_bins, (len(data2d.x_bins), 1)) 
    … …  
    146146            msg = "_Slab._avg: invalid number of " 
    147147            msg += " detectors: %g" % len(data2D.detector) 
    148             raise RuntimeError, msg 
     148            raise RuntimeError(msg) 
    149149 
    150150        # Get data 
    … …  
    168168            nbins = int(math.ceil((self.y_max - y_min) / self.bin_width)) 
    169169        else: 
    170             raise RuntimeError, "_Slab._avg: unrecognized axis %s" % str(maj) 
     170            raise RuntimeError("_Slab._avg: unrecognized axis %s" % str(maj)) 
    171171 
    172172        x = numpy.zeros(nbins) 
    … …  
    229229        if not idx.any(): 
    230230            msg = "Average Error: No points inside ROI to average..." 
    231             raise ValueError, msg 
     231            raise ValueError(msg) 
    232232        return Data1D(x=x[idx], y=y[idx], dy=err_y[idx]) 
    233233 
    … …  
    302302            msg = "Circular averaging: invalid number " 
    303303            msg += "of detectors: %g" % len(data2D.detector) 
    304             raise RuntimeError, msg 
     304            raise RuntimeError(msg) 
    305305        # Get data 
    306306        data = data2D.data[numpy.isfinite(data2D.data)] 
    … …  
    464464        if len(data2D.q_data) is None: 
    465465            msg = "Circular averaging: invalid q_data: %g" % data2D.q_data 
    466             raise RuntimeError, msg 
     466            raise RuntimeError(msg) 
    467467 
    468468        # Build array of Q intervals 
    … …  
    488488            ## No need to calculate the frac when all data are within range 
    489489            if self.r_min >= self.r_max: 
    490                 raise ValueError, "Limit Error: min > max" 
     490                raise ValueError("Limit Error: min > max") 
    491491 
    492492            if self.r_min <= q_value and q_value <= self.r_max: 
    … …  
    539539        if not idx.any(): 
    540540            msg = "Average Error: No points inside ROI to average..." 
    541             raise ValueError, msg 
     541            raise ValueError(msg) 
    542542 
    543543        return Data1D(x=x[idx], y=y[idx], dy=err_y[idx], dx=d_x) 
    … …  
    580580        """ 
    581581        if data2D.__class__.__name__ not in ["Data2D", "plottable_2D"]: 
    582             raise RuntimeError, "Ring averaging only take plottable_2D objects" 
     582            raise RuntimeError("Ring averaging only take plottable_2D objects") 
    583583 
    584584        Pi = math.pi 
    … …  
    640640        if not idx.any(): 
    641641            msg = "Average Error: No points inside ROI to average..." 
    642             raise ValueError, msg 
     642            raise ValueError(msg) 
    643643        #elif len(phi_bins[idx])!= self.nbins_phi: 
    644644        #    print "resulted",self.nbins_phi- len(phi_bins[idx]) 
    … …  
    765765        """ 
    766766        if data2D.__class__.__name__ not in ["Data2D", "plottable_2D"]: 
    767             raise RuntimeError, "Ring averaging only take plottable_2D objects" 
     767            raise RuntimeError("Ring averaging only take plottable_2D objects") 
    768768        Pi = math.pi 
    769769 
    … …  
    931931        if not idx.any(): 
    932932            msg = "Average Error: No points inside sector of ROI to average..." 
    933             raise ValueError, msg 
     933            raise ValueError(msg) 
    934934        #elif len(y[idx])!= self.nbins: 
    935935        #    print "resulted",self.nbins- len(y[idx]), 
    … …  
    10071007        """ 
    10081008        if data2D.__class__.__name__ not in ["Data2D", "plottable_2D"]: 
    1009             raise RuntimeError, "Ring cut only take plottable_2D objects" 
     1009            raise RuntimeError("Ring cut only take plottable_2D objects") 
    10101010 
    10111011        # Get data 
    … …  
    10551055        """ 
    10561056        if data2D.__class__.__name__ not in ["Data2D", "plottable_2D"]: 
    1057             raise RuntimeError, "Boxcut take only plottable_2D objects" 
     1057            raise RuntimeError("Boxcut take only plottable_2D objects") 
    10581058        # Get qx_ and qy_data 
    10591059        qx_data = data2D.qx_data 
    … …  
    11061106        """ 
    11071107        if data2D.__class__.__name__ not in ["Data2D", "plottable_2D"]: 
    1108             raise RuntimeError, "Sectorcut take only plottable_2D objects" 
     1108            raise RuntimeError("Sectorcut take only plottable_2D objects") 
    11091109        Pi = math.pi 
    11101110        # Get data 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    r959eb01 rb9d74f3  
    5050                    input_f = open(path,'r') 
    5151                except: 
    52                     raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path 
     52                    raise  RuntimeError("abs_reader: cannot open %s" % path) 
    5353                buff = input_f.read() 
    5454                lines = buff.split('\n') 
    … …  
    9999                            #goes to ASC reader 
    100100                            msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    101                             raise  RuntimeError, msg 
     101                            raise  RuntimeError(msg) 
    102102                         
    103103                        # Distance in meters 
    … …  
    114114                            #goes to ASC reader 
    115115                            msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    116                             raise  RuntimeError, msg 
     116                            raise  RuntimeError(msg) 
    117117                        # Transmission 
    118118                        try: 
    … …  
    223223                if not len(y) == len(dy): 
    224224                    msg = "abs_reader: y and dy have different length" 
    225                     raise ValueError, msg 
     225                    raise ValueError(msg) 
    226226                # If the data length is zero, consider this as 
    227227                # though we were not able to read the file. 
    228228                if len(x) == 0: 
    229                     raise ValueError, "ascii_reader: could not load file" 
     229                    raise ValueError("ascii_reader: could not load file") 
    230230                 
    231231                output.x = x[x != 0] 
    … …  
    246246                return output 
    247247        else: 
    248             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
     248            raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    249249        return None 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    r235f514 rb9d74f3  
    6464                    input_f = open(path,'rb') 
    6565                except: 
    66                     raise  RuntimeError, "ascii_reader: cannot open %s" % path 
     66                    raise  RuntimeError("ascii_reader: cannot open %s" % path) 
    6767                buff = input_f.read() 
    6868                lines = buff.splitlines() 
    … …  
    173173                if not is_data: 
    174174                    msg = "ascii_reader: x has no data" 
    175                     raise RuntimeError, msg 
     175                    raise RuntimeError(msg) 
    176176                # Sanity check 
    177177                if has_error_dy == True and not len(ty) == len(tdy): 
    178178                    msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    179                     raise RuntimeError, msg 
     179                    raise RuntimeError(msg) 
    180180                if has_error_dx == True and not len(tx) == len(tdx): 
    181181                    msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    182                     raise RuntimeError, msg 
     182                    raise RuntimeError(msg) 
    183183                # If the data length is zero, consider this as 
    184184                # though we were not able to read the file. 
    185185                if len(tx) == 0: 
    186                     raise RuntimeError, "ascii_reader: could not load file" 
     186                    raise RuntimeError("ascii_reader: could not load file") 
    187187 
    188188                #Let's re-order the data to make cal. 
    … …  
    222222                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    223223                if len(output.x) < 1: 
    224                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
     224                    raise RuntimeError("%s is empty" % path) 
    225225                return output 
    226226 
    227227        else: 
    228             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
     228            raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    229229        return None 
    230230 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r7432acb rb9d74f3  
    14791479                                logger.info(err_mess) 
    14801480                            else: 
    1481                                 raise ValueError, err_mess 
     1481                                raise ValueError(err_mess) 
    14821482                    else: 
    14831483                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\ 
    … …  
    14881488                            logger.info(err_mess) 
    14891489                        else: 
    1490                             raise ValueError, err_mess 
     1490                            raise ValueError(err_mess) 
    14911491                else: 
    14921492                    exec "storage.%s = value" % variable 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r235f514 rb9d74f3  
    5656                datafile = open(filename, 'r') 
    5757            except: 
    58                 raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s" % (filename) 
     58                raise  RuntimeError("danse_reader cannot open %s" % (filename)) 
    5959         
    6060            # defaults 
    … …  
    271271            if not fversion >= 1.0: 
    272272                msg = "Danse_reader can't read this file %s" % filename 
    273                 raise ValueError, msg 
     273                raise ValueError(msg) 
    274274            else: 
    275275                logger.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/hfir1d_reader.py

    r959eb01 rb9d74f3  
    4949                    input_f = open(path,'r') 
    5050                except: 
    51                     raise  RuntimeError, "hfir1d_reader: cannot open %s" % path 
     51                    raise  RuntimeError("hfir1d_reader: cannot open %s" % path) 
    5252                buff = input_f.read() 
    5353                lines = buff.split('\n') 
    … …  
    9999                if not len(y) == len(dy): 
    100100                    msg = "hfir1d_reader: y and dy have different length" 
    101                     raise RuntimeError, msg 
     101                    raise RuntimeError(msg) 
    102102                if not len(x) == len(dx): 
    103103                    msg = "hfir1d_reader: x and dx have different length" 
    104                     raise RuntimeError, msg 
     104                    raise RuntimeError(msg) 
    105105 
    106106                # If the data length is zero, consider this as 
    107107                # though we were not able to read the file. 
    108108                if len(x) == 0: 
    109                     raise RuntimeError, "hfir1d_reader: could not load file" 
     109                    raise RuntimeError("hfir1d_reader: could not load file") 
    110110                
    111111                output.x = x 
    … …  
    126126                return output 
    127127        else: 
    128             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
     128            raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    129129        return None 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/nexus_reader.py

    r959eb01 rb9d74f3  
    3535            msg = "Error reading Nexus file: Nexus package is missing.\n" 
    3636            msg += "  Get it from http://http://www.nexusformat.org/" 
    37             raise RuntimeError, msg 
     37            raise RuntimeError(msg) 
    3838         
    3939        # Instantiate data object 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r9a5097c rb9d74f3  
    5757                    input_f = open(path,'rb') 
    5858                except: 
    59                     raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
     59                    raise  RuntimeError("sesans_reader: cannot open %s" % path) 
    6060                buff = input_f.read() 
    6161                lines = buff.splitlines() 
    … …  
    158158 
    159159                if len(output.x) < 1: 
    160                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
     160                    raise RuntimeError("%s is empty" % path) 
    161161                return output 
    162162 
    163163        else: 
    164             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
     164            raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    165165        return None 
    166166 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r959eb01 rb9d74f3  
    4444        except: 
    4545            msg = "tiff_reader: could not load file. Missing Image module." 
    46             raise RuntimeError, msg 
     46            raise RuntimeError(msg) 
    4747         
    4848        # Instantiate data object 
    … …  
    5454            im = Image.open(filename) 
    5555        except: 
    56             raise  RuntimeError, "cannot open %s"%(filename) 
     56            raise  RuntimeError("cannot open %s"%(filename)) 
    5757        data = im.getdata() 
    5858 

  • src/sas/sascalc/file_converter/cansas_writer.py

    r7432acb rb9d74f3  
    3232        valid_class = all([issubclass(data.__class__, Data1D) for data in frame_data]) 
    3333        if not valid_class: 
    34             raise RuntimeError, ("The cansas writer expects an array of " 
     34            raise RuntimeError("The cansas writer expects an array of " 
    3535                "Data1D instances") 
    3636 

  • src/sas/sascalc/fit/MultiplicationModel.py

    r7432acb rb9d74f3  
    245245                    return 
    246246 
    247         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
     247        raise ValueError("Model does not contain parameter %s" % name) 
    248248 
    249249 

  • src/sas/sascalc/fit/pluginmodel.py

    r5213d22 rb9d74f3  
    3535            return self.function(x_val)*self.function(y_val) 
    3636        elif x.__class__.__name__ == 'tuple': 
    37             raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models" 
     37            raise ValueError("Tuples are not allowed as input to BaseComponent models") 
    3838        else: 
    3939            return self.function(x) 
    … …  
    5252            return self.function(x[0])*self.function(x[1]) 
    5353        elif x.__class__.__name__ == 'tuple': 
    54             raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models" 
     54            raise ValueError("Tuples are not allowed as input to BaseComponent models") 
    5555        else: 
    5656            return self.function(x) 

  • src/sas/sascalc/invariant/invariant.py

    r7432acb rb9d74f3  
    424424        if not issubclass(data.__class__, LoaderData1D): 
    425425            #Process only data that inherited from DataLoader.Data_info.Data1D 
    426             raise ValueError, "Data must be of type DataLoader.Data1D" 
     426            raise ValueError("Data must be of type DataLoader.Data1D") 
    427427        #from copy import deepcopy 
    428428        new_data = (self._scale * data) - self._background 
    … …  
    484484            msg = "Length x and y must be equal" 
    485485            msg += " and greater than 1; got x=%s, y=%s" % (len(data.x), len(data.y)) 
    486             raise ValueError, msg 
     486            raise ValueError(msg) 
    487487        else: 
    488488            # Take care of smeared data 
    … …  
    533533            msg = "Length of data.x and data.y must be equal" 
    534534            msg += " and greater than 1; got x=%s, y=%s" % (len(data.x), len(data.y)) 
    535             raise ValueError, msg 
     535            raise ValueError(msg) 
    536536        else: 
    537537            #Create error for data without dy error 
    … …  
    742742        range = range.lower() 
    743743        if range not in ['high', 'low']: 
    744             raise ValueError, "Extrapolation range should be 'high' or 'low'" 
     744            raise ValueError("Extrapolation range should be 'high' or 'low'") 
    745745        function = function.lower() 
    746746        if function not in ['power_law', 'guinier']: 
    747747            msg = "Extrapolation function should be 'guinier' or 'power_law'" 
    748             raise ValueError, msg 
     748            raise ValueError(msg) 
    749749 
    750750        if range == 'high': 
    751751            if function != 'power_law': 
    752752                msg = "Extrapolation only allows a power law at high Q" 
    753                 raise ValueError, msg 
     753                raise ValueError(msg) 
    754754            self._high_extrapolation_npts = npts 
    755755            self._high_extrapolation_power = power 
    … …  
    852852        """ 
    853853        if contrast <= 0: 
    854             raise ValueError, "The contrast parameter must be greater than zero" 
     854            raise ValueError("The contrast parameter must be greater than zero") 
    855855 
    856856        # Make sure Q star is up to date 
    … …  
    859859        if self._qstar <= 0: 
    860860            msg = "Invalid invariant: Invariant Q* must be greater than zero" 
    861             raise RuntimeError, msg 
     861            raise RuntimeError(msg) 
    862862 
    863863        # Compute intermediate constant 
    … …  
    869869        if discrim < 0: 
    870870            msg = "Could not compute the volume fraction: negative discriminant" 
    871             raise RuntimeError, msg 
     871            raise RuntimeError(msg) 
    872872        elif discrim == 0: 
    873873            return 1 / 2 
    … …  
    881881                return volume2 
    882882            msg = "Could not compute the volume fraction: inconsistent results" 
    883             raise RuntimeError, msg 
     883            raise RuntimeError(msg) 
    884884 
    885885    def get_qstar_with_error(self, extrapolation=None): 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r45dffa69 rb9d74f3  
    148148                msg = "Invertor: one of your q-values is zero. " 
    149149                msg += "Delete that entry before proceeding" 
    150                 raise ValueError, msg 
     150                raise ValueError(msg) 
    151151            return self.set_x(value) 
    152152        elif name == 'y': 
    … …  
    159159                msg = "Invertor: d_max must be greater than zero." 
    160160                msg += "Correct that entry before proceeding" 
    161                 raise ValueError, msg 
     161                raise ValueError(msg) 
    162162            return self.set_dmax(value) 
    163163        elif name == 'q_min': 
    … …  
    181181                return self.set_has_bck(0) 
    182182            else: 
    183                 raise ValueError, "Invertor: has_bck can only be True or False" 
     183                raise ValueError("Invertor: has_bck can only be True or False") 
    184184 
    185185        return Cinvertor.__setattr__(self, name, value) 
    … …  
    325325        if self.is_valid() <= 0: 
    326326            msg = "Invertor.invert: Data array are of different length" 
    327             raise RuntimeError, msg 
     327            raise RuntimeError(msg) 
    328328 
    329329        p = np.ones(nfunc) 
    … …  
    358358        if self.is_valid() <= 0: 
    359359            msg = "Invertor.invert: Data arrays are of different length" 
    360             raise RuntimeError, msg 
     360            raise RuntimeError(msg) 
    361361 
    362362        p = np.ones(nfunc) 
    … …  
    442442        if self.is_valid() < 0: 
    443443            msg = "Invertor: invalid data; incompatible data lengths." 
    444             raise RuntimeError, msg 
     444            raise RuntimeError(msg) 
    445445 
    446446        self.nfunc = nfunc 
    … …  
    467467            self._get_matrix(nfunc, nq, a, b) 
    468468        except: 
    469             raise RuntimeError, "Invertor: could not invert I(Q)\n  %s" % sys.exc_value 
     469            raise RuntimeError("Invertor: could not invert I(Q)\n  %s" % sys.exc_value) 
    470470 
    471471        # Perform the inversion (least square fit) 
    … …  
    751751            except: 
    752752                msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % sys.exc_value 
    753                 raise RuntimeError, msg 
     753                raise RuntimeError(msg) 
    754754        else: 
    755755            msg = "Invertor.from_file: '%s' is not a file" % str(path) 
    756             raise RuntimeError, msg 
     756            raise RuntimeError(msg) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.