source: sasview/src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py @ 6a9c0e5a

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 6a9c0e5a was a0b355b, checked in by ajj, 9 years ago

Fixing polydispersity. Closes #533

  • Property mode set to 100644
File size: 15.1 KB
Line 
1"""
2    Utilities to manage models
3"""
4import wx
5import imp
6import os
7import sys
8import math
9import os.path
10# Time is needed by the log method
11import time
12import logging
13import py_compile
14import shutil
15from sas.sasgui.guiframe.events import StatusEvent
16# Explicitly import from the pluginmodel module so that py2exe
17# places it in the distribution. The Model1DPlugin class is used
18# as the base class of plug-in models.
19from sas.models.pluginmodel import Model1DPlugin
20from sas.models.BaseComponent import BaseComponent
21from sas.sasgui.guiframe.CategoryInstaller import CategoryInstaller
22from sasmodels import sasview_model,core
23
24
25PLUGIN_DIR = 'plugin_models'
26
27def get_model_python_path():
28    """
29        Returns the python path for a model
30    """
31    return os.path.dirname(__file__)
32
33
34def log(message):
35    """
36        Log a message in a file located in the user's home directory
37    """
38    dir = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR)
39    out = open(os.path.join(dir, "plugins.log"), 'a')
40    out.write("%10g%s\n" % (time.clock(), message))
41    out.close()
42
43
44def _check_plugin(model, name):
45    """
46    Do some checking before model adding plugins in the list
47
48    :param model: class model to add into the plugin list
49    :param name:name of the module plugin
50
51    :return model: model if valid model or None if not valid
52
53    """
54    #Check if the plugin is of type Model1DPlugin
55    if not issubclass(model, Model1DPlugin):
56        msg = "Plugin %s must be of type Model1DPlugin \n" % str(name)
57        log(msg)
58        return None
59    if model.__name__ != "Model":
60        msg = "Plugin %s class name must be Model \n" % str(name)
61        log(msg)
62        return None
63    try:
64        new_instance = model()
65    except:
66        msg = "Plugin %s error in __init__ \n\t: %s %s\n" % (str(name),
67                                                             str(sys.exc_type),
68                                                             sys.exc_info()[1])
69        log(msg)
70        return None
71
72    if hasattr(new_instance, "function"):
73        try:
74            value = new_instance.function()
75        except:
76            msg = "Plugin %s: error writing function \n\t :%s %s\n " % \
77                    (str(name), str(sys.exc_type), sys.exc_info()[1])
78            log(msg)
79            return None
80    else:
81        msg = "Plugin  %s needs a method called function \n" % str(name)
82        log(msg)
83        return None
84    return model
85
86
87def find_plugins_dir():
88    """
89        Find path of the plugins directory.
90        The plugin directory is located in the user's home directory.
91    """
92    dir = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR)
93
94    # If the plugin directory doesn't exist, create it
95    if not os.path.isdir(dir):
96        os.makedirs(dir)
97
98    # Find paths needed
99    try:
100        # For source
101        if os.path.isdir(os.path.dirname(__file__)):
102            p_dir = os.path.join(os.path.dirname(__file__), PLUGIN_DIR)
103        else:
104            raise
105    except:
106        # Check for data path next to exe/zip file.
107        #Look for maximum n_dir up of the current dir to find plugins dir
108        n_dir = 12
109        p_dir = None
110        f_dir = os.path.join(os.path.dirname(__file__))
111        for i in range(n_dir):
112            if i > 1:
113                f_dir, _ = os.path.split(f_dir)
114            plugin_path = os.path.join(f_dir, PLUGIN_DIR)
115            if os.path.isdir(plugin_path):
116                p_dir = plugin_path
117                break
118        if not p_dir:
119            raise
120    # Place example user models as needed
121    if os.path.isdir(p_dir):
122        for file in os.listdir(p_dir):
123            file_path = os.path.join(p_dir, file)
124            if os.path.isfile(file_path):
125                if file.split(".")[-1] == 'py' and\
126                    file.split(".")[0] != '__init__':
127                    if not os.path.isfile(os.path.join(dir, file)):
128                        shutil.copy(file_path, dir)
129
130    return dir
131
132
133class ReportProblem:
134    """
135        Class to check for problems with specific values
136    """
137    def __nonzero__(self):
138        type, value, traceback = sys.exc_info()
139        if type is not None and issubclass(type, py_compile.PyCompileError):
140            print "Problem with", repr(value)
141            raise type, value, traceback
142        return 1
143
144report_problem = ReportProblem()
145
146
147def compile_file(dir):
148    """
149    Compile a py file
150    """
151    try:
152        import compileall
153        compileall.compile_dir(dir=dir, ddir=dir, force=1,
154                               quiet=report_problem)
155    except:
156        return sys.exc_info()[1]
157    return None
158
159
160def _findModels(dir):
161    """
162    """
163    # List of plugin objects
164    plugins = {}
165    dir = find_plugins_dir()
166    # Go through files in plug-in directory
167    #always recompile the folder plugin
168    if not os.path.isdir(dir):
169        msg = "SasView couldn't locate Model plugin folder."
170        msg += """ "%s" does not exist""" % dir
171        logging.warning(msg)
172        return plugins
173    else:
174        log("looking for models in: %s" % str(dir))
175        compile_file(dir)
176        logging.info("plugin model dir: %s" % str(dir))
177    try:
178        list = os.listdir(dir)
179        for item in list:
180            toks = os.path.splitext(os.path.basename(item))
181            if toks[1] == '.py' and not toks[0] == '__init__':
182                name = toks[0]
183
184                path = [os.path.abspath(dir)]
185                file = None
186                try:
187                    (file, path, info) = imp.find_module(name, path)
188                    module = imp.load_module(name, file, item, info)
189                    if hasattr(module, "Model"):
190                        try:
191                            if _check_plugin(module.Model, name) != None:
192                                plugins[name] = module.Model
193                        except:
194                            msg = "Error accessing Model"
195                            msg += "in %s\n  %s %s\n" % (name,
196                                                         str(sys.exc_type),
197                                                         sys.exc_info()[1])
198                            log(msg)
199                except:
200                    msg = "Error accessing Model"
201                    msg += " in %s\n  %s %s \n" % (name,
202                                                   str(sys.exc_type),
203                                                   sys.exc_info()[1])
204                    log(msg)
205                finally:
206
207                    if not file == None:
208                        file.close()
209    except:
210        # Don't deal with bad plug-in imports. Just skip.
211        msg = "Could not import model plugin: %s" % sys.exc_info()[1]
212        log(msg)
213    return plugins
214
215
216class ModelList(object):
217    """
218    Contains dictionary of model and their type
219    """
220    def __init__(self):
221        """
222        """
223        self.mydict = {}
224
225    def set_list(self, name, mylist):
226        """
227        :param name: the type of the list
228        :param mylist: the list to add
229
230        """
231        if name not in self.mydict.keys():
232            self.reset_list(name, mylist)
233
234    def reset_list(self, name, mylist):
235        """
236        :param name: the type of the list
237        :param mylist: the list to add
238        """
239        self.mydict[name] = mylist
240
241    def get_list(self):
242        """
243        return all the list stored in a dictionary object
244        """
245        return self.mydict
246
247
248class ModelManagerBase:
249    """
250        Base class for the model manager
251    """
252    ## external dict for models
253    model_combobox = ModelList()
254    ## Dictionary of form factor models
255    form_factor_dict = {}
256    ## dictionary of structure factor models
257    struct_factor_dict = {}
258    ##list of structure factors
259    struct_list = []
260    ##list of model allowing multiplication by a structure factor
261    multiplication_factor = []
262    ##list of multifunctional shapes (i.e. that have user defined number of levels
263    multi_func_list = []
264    ## list of added models -- currently python models found in the plugin dir.
265    plugins = []
266    ## Event owner (guiframe)
267    event_owner = None
268    last_time_dir_modified = 0
269
270    def __init__(self):
271        """
272        """
273        self.model_dictionary = {}
274        self.stored_plugins = {}
275        self._getModelList()
276
277    def findModels(self):
278        """
279        find  plugin model in directory of plugin .recompile all file
280        in the directory if file were modified
281        """
282        temp = {}
283        if self.is_changed():
284            return  _findModels(dir)
285        logging.info("plugin model : %s" % str(temp))
286        return temp
287
288    def _getModelList(self):
289        """
290        List of models we want to make available by default
291        for this application
292
293        :return: the next free event ID following the new menu events
294
295        """
296
297        # regular model names only
298        base_message = "Unable to load model {0}"
299        self.model_name_list = []
300
301        #Build list automagically from sasmodels package
302        for model in sasview_model.standard_models():
303            self.model_dictionary[model._model_info['name']] = model
304            if model._model_info['structure_factor'] == True:
305                self.struct_list.append(model)
306            if model._model_info['variant_info'] is not None:
307                self.multi_func_list.append(model)
308            else:
309                self.model_name_list.append(model._model_info['name'])
310            if model._model_info['ER'] is not None:
311                self.multiplication_factor.append(model)
312
313
314        #Looking for plugins
315        self.stored_plugins = self.findModels()
316        self.plugins = self.stored_plugins.values()
317        for name, plug in self.stored_plugins.iteritems():
318            self.model_dictionary[name] = plug
319
320        self._get_multifunc_models()
321
322        return 0
323
324    def is_changed(self):
325        """
326        check the last time the plugin dir has changed and return true
327         is the directory was modified else return false
328        """
329        is_modified = False
330        plugin_dir = find_plugins_dir()
331        if os.path.isdir(plugin_dir):
332            temp = os.path.getmtime(plugin_dir)
333            if  self.last_time_dir_modified != temp:
334                is_modified = True
335                self.last_time_dir_modified = temp
336
337        return is_modified
338
339    def update(self):
340        """
341        return a dictionary of model if
342        new models were added else return empty dictionary
343        """
344        new_plugins = self.findModels()
345        if len(new_plugins) > 0:
346            for name, plug in  new_plugins.iteritems():
347                if name not in self.stored_plugins.keys():
348                    self.stored_plugins[name] = plug
349                    self.plugins.append(plug)
350                    self.model_dictionary[name] = plug
351            self.model_combobox.set_list("Customized Models", self.plugins)
352            return self.model_combobox.get_list()
353        else:
354            return {}
355
356    def plugins_reset(self):
357        """
358        return a dictionary of model
359        """
360        self.plugins = []
361        new_plugins = _findModels(dir)
362        for name, plug in  new_plugins.iteritems():
363            for stored_name, stored_plug in self.stored_plugins.iteritems():
364                if name == stored_name:
365                    del self.stored_plugins[name]
366                    del self.model_dictionary[name]
367                    break
368            self.stored_plugins[name] = plug
369            self.plugins.append(plug)
370            self.model_dictionary[name] = plug
371
372        self.model_combobox.reset_list("Customized Models", self.plugins)
373        return self.model_combobox.get_list()
374
375    def _on_model(self, evt):
376        """
377        React to a model menu event
378
379        :param event: wx menu event
380
381        """
382        if int(evt.GetId()) in self.form_factor_dict.keys():
383            from sas.models.MultiplicationModel import MultiplicationModel
384            self.model_dictionary[MultiplicationModel.__name__] = MultiplicationModel
385            model1, model2 = self.form_factor_dict[int(evt.GetId())]
386            model = MultiplicationModel(model1, model2)
387        else:
388            model = self.struct_factor_dict[str(evt.GetId())]()
389
390
391    def _get_multifunc_models(self):
392        """
393        Get the multifunctional models
394        """
395        for item in self.plugins:
396            try:
397                # check the multiplicity if any
398                if item.multiplicity_info[0] > 1:
399                    self.multi_func_list.append(item)
400            except:
401                # pass to other items
402                pass
403
404    def get_model_list(self):
405        """
406        return dictionary of models for fitpanel use
407
408        """
409        ## Model_list now only contains attribute lists not category list.
410        ## Eventually this should be in one master list -- read in category
411        ## list then pull those models that exist and get attributes then add
412        ## to list ..and if model does not exist remove from list as now
413        ## and update json file.
414        ##
415        ## -PDB   April 26, 2014
416
417#        self.model_combobox.set_list("Shapes", self.shape_list)
418#        self.model_combobox.set_list("Shape-Independent",
419#                                     self.shape_indep_list)
420        self.model_combobox.set_list("Structure Factors", self.struct_list)
421        self.model_combobox.set_list("Customized Models", self.plugins)
422        self.model_combobox.set_list("P(Q)*S(Q)", self.multiplication_factor)
423        self.model_combobox.set_list("multiplication",
424                                     self.multiplication_factor)
425        self.model_combobox.set_list("Multi-Functions", self.multi_func_list)
426        return self.model_combobox.get_list()
427
428    def get_model_name_list(self):
429        """
430        return regular model name list
431        """
432        return self.model_name_list
433
434    def get_model_dictionary(self):
435        """
436        return dictionary linking model names to objects
437        """
438        return self.model_dictionary
439
440
441class ModelManager(object):
442    """
443    implement model
444    """
445    __modelmanager = ModelManagerBase()
446    cat_model_list = [model_name for model_name \
447                      in __modelmanager.model_dictionary.keys() \
448                      if model_name not in __modelmanager.stored_plugins.keys()]
449
450    CategoryInstaller.check_install(model_list=cat_model_list)
451    def findModels(self):
452        return self.__modelmanager.findModels()
453
454    def _getModelList(self):
455        return self.__modelmanager._getModelList()
456
457    def is_changed(self):
458        return self.__modelmanager.is_changed()
459
460    def update(self):
461        return self.__modelmanager.update()
462
463    def plugins_reset(self):
464        return self.__modelmanager.plugins_reset()
465
466    def populate_menu(self, modelmenu, event_owner):
467        return self.__modelmanager.populate_menu(modelmenu, event_owner)
468
469    def _on_model(self, evt):
470        return self.__modelmanager._on_model(evt)
471
472    def _get_multifunc_models(self):
473        return self.__modelmanager._get_multifunc_models()
474
475    def get_model_list(self):
476        return self.__modelmanager.get_model_list()
477
478    def get_model_name_list(self):
479        return self.__modelmanager.get_model_name_list()
480
481    def get_model_dictionary(self):
482        return self.__modelmanager.get_model_dictionary()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.