source: sasview/src/sas/sasgui/guiframe/dataFitting.py @ 199b515e

Last change on this file since 199b515e was 9b6d62d, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 8 years ago

Remove duplicated code.
  • Property mode set to 100644
File size: 18.2 KB
RevLine 
[12aa9b5]1"""
[d955bf19]2Adapters for fitting module
[12aa9b5]3"""
[8e87ece]4import copy
5import numpy
[901142f]6import math
[b699768]7from sas.sascalc.data_util.uncertainty import Uncertainty
[d7bb526]8from sas.sasgui.plottools.plottables import Data1D as PlotData1D
9from sas.sasgui.plottools.plottables import Data2D as PlotData2D
10from sas.sasgui.plottools.plottables import Theory1D as PlotTheory1D
[81812d9]11
[b699768]12from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D as LoadData1D
13from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D as LoadData2D
[81812d9]14
[f444b20]15
[3562fbc]16class Data1D(PlotData1D, LoadData1D):
[d955bf19]17    """
18    """
[32c0841]19    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None):
[d955bf19]20        """
21        """
[32c0841]22        if x is None:
23            x = []
24        if y is None:
25            y = []
[ff3f900b]26        PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy)
27        LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy)
[901142f]28        self.id = None
[e88ebfd]29        self.list_group_id = []
30        self.group_id = None
[ff3f900b]31        self.is_data = True
[f444b20]32        self.path = None
[8a7d922]33        self.xtransform = None
34        self.ytransform = None
[f444b20]35        self.title = ""
[5c4b674]36        self.scale = None
37       
[ff3f900b]38    def copy_from_datainfo(self, data1d):
39        """
[d955bf19]40        copy values of Data1D of type DataLaoder.Data_info
[ff3f900b]41        """
42        self.x  = copy.deepcopy(data1d.x)
43        self.y  = copy.deepcopy(data1d.y)
44        self.dy = copy.deepcopy(data1d.dy)
[8e87ece]45       
46        if hasattr(data1d, "dx"):
47            self.dx = copy.deepcopy(data1d.dx)   
48        if hasattr(data1d, "dxl"):
49            self.dxl = copy.deepcopy(data1d.dxl)
50        if hasattr(data1d, "dxw"):
51            self.dxw = copy.deepcopy(data1d.dxw)
[ff3f900b]52   
[901142f]53        self.xaxis(data1d._xaxis, data1d._xunit)
54        self.yaxis(data1d._yaxis, data1d._yunit)
[f444b20]55        self.title = data1d.title
[3562fbc]56       
57    def __str__(self):
58        """
[d955bf19]59        print data
[3562fbc]60        """
61        _str = "%s\n" % LoadData1D.__str__(self)
62     
63        return _str
[901142f]64   
65    def _perform_operation(self, other, operation):
66        """
67        """
68        # First, check the data compatibility
69        dy, dy_other = self._validity_check(other)
70        result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None)
[a48842a2]71        result.clone_without_data(length=len(self.x), clone=self)
[901142f]72        result.copy_from_datainfo(data1d=self)
[a48842a2]73        if self.dxw == None:
74            result.dxw = None
75        else:
76            result.dxw = numpy.zeros(len(self.x))
77        if self.dxl == None:
78            result.dxl = None
79        else:
80            result.dxl = numpy.zeros(len(self.x))
81
[901142f]82        for i in range(len(self.x)):
83            result.x[i] = self.x[i]
84            if self.dx is not None and len(self.x) == len(self.dx):
85                result.dx[i] = self.dx[i]
[a48842a2]86            if self.dxw is not None and len(self.x) == len(self.dxw):
87                result.dxw[i] = self.dxw[i]
88            if self.dxl is not None and len(self.x) == len(self.dxl):
89                result.dxl[i] = self.dxl[i]
[901142f]90           
91            a = Uncertainty(self.y[i], dy[i]**2)
92            if isinstance(other, Data1D):
93                b = Uncertainty(other.y[i], dy_other[i]**2)
[a48842a2]94                if other.dx is not None:
95                    result.dx[i] *= self.dx[i]
96                    result.dx[i] += (other.dx[i]**2)
97                    result.dx[i] /= 2
98                    result.dx[i] = math.sqrt(result.dx[i])
99                if result.dxl is not None and other.dxl is not None:
100                    result.dxl[i] *= self.dxl[i]
101                    result.dxl[i] += (other.dxl[i]**2)
102                    result.dxl[i] /= 2
103                    result.dxl[i] = math.sqrt(result.dxl[i])
[901142f]104            else:
105                b = other
106           
107            output = operation(a, b)
108            result.y[i] = output.x
109            result.dy[i] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
110        return result
111   
[a48842a2]112    def _perform_union(self, other):
113        """
114        """
115        # First, check the data compatibility
116        self._validity_check_union(other)
117        result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None)
118        tot_length = len(self.x) + len(other.x)
119        result = self.clone_without_data(length=tot_length, clone=result)
120        if self.dy == None or other.dy is None:
121            result.dy = None
122        else:
123            result.dy = numpy.zeros(tot_length)
124        if self.dx == None or other.dx is None:
125            result.dx = None
126        else:
127            result.dx = numpy.zeros(tot_length)
128        if self.dxw == None or other.dxw is None:
129            result.dxw = None
130        else:
131            result.dxw = numpy.zeros(tot_length)
132        if self.dxl == None or other.dxl is None:
133            result.dxl = None
134        else:
135            result.dxl = numpy.zeros(tot_length)
136
137        result.x = numpy.append(self.x, other.x)
138        #argsorting
139        ind = numpy.argsort(result.x)
140        result.x = result.x[ind]
141        result.y = numpy.append(self.y, other.y)
142        result.y = result.y[ind]
143        if result.dy != None:
144            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy)
145            result.dy = result.dy[ind]
146        if result.dx is not None:
147            result.dx = numpy.append(self.dx, other.dx)
148            result.dx = result.dx[ind]
149        if result.dxw is not None:
150            result.dxw = numpy.append(self.dxw, other.dxw)
151            result.dxw = result.dxw[ind]
152        if result.dxl is not None:
153            result.dxl = numpy.append(self.dxl, other.dxl)
154            result.dxl = result.dxl[ind]
155        return result
156   
[f444b20]157 
158   
[32c0841]159class Theory1D(PlotTheory1D, LoadData1D):
[d955bf19]160    """
161    """
[32c0841]162    def __init__(self, x=None, y=None, dy=None):
[d955bf19]163        """
164        """
[32c0841]165        if x is None:
166            x = []
167        if y is None:
168            y = []
[e5664f2]169        PlotTheory1D.__init__(self, x, y, dy)
170        LoadData1D.__init__(self, x, y, dy)
[901142f]171        self.id = None
[e88ebfd]172        self.list_group_id = []
173        self.group_id = None
[e5664f2]174        self.is_data = True
[f444b20]175        self.path = None
[8a7d922]176        self.xtransform = None
177        self.ytransform = None
[f444b20]178        self.title = ""
[5c4b674]179        self.scale = None
[e5664f2]180   
181    def copy_from_datainfo(self, data1d):
182        """
[d955bf19]183        copy values of Data1D of type DataLaoder.Data_info
[e5664f2]184        """
185        self.x  = copy.deepcopy(data1d.x)
186        self.y  = copy.deepcopy(data1d.y)
187        self.dy = copy.deepcopy(data1d.dy)
[8e87ece]188        if hasattr(data1d, "dx"):
189            self.dx = copy.deepcopy(data1d.dx) 
190        if hasattr(data1d, "dxl"):
191            self.dxl = copy.deepcopy(data1d.dxl)
192        if hasattr(data1d, "dxw"):
193            self.dxw = copy.deepcopy(data1d.dxw)   
[901142f]194        self.xaxis(data1d._xaxis, data1d._xunit)
195        self.yaxis(data1d._yaxis, data1d._yunit)
[f444b20]196        self.title = data1d.title
[8e87ece]197       
[3562fbc]198    def __str__(self):
199        """
[d955bf19]200        print data
[3562fbc]201        """
202        _str = "%s\n" % LoadData1D.__str__(self)
203     
204        return _str
[901142f]205   
206    def _perform_operation(self, other, operation):
207        """
208        """
209        # First, check the data compatibility
210        dy, dy_other = self._validity_check(other)
[a48842a2]211        result = self.clone_without_data(len(self.x))
[901142f]212        result.copy_from_datainfo(data1d=self)
[a48842a2]213        if self.dxw == None:
214            result.dxw = None
215        else:
216            result.dxw = numpy.zeros(len(self.x))
217        if self.dxl == None:
218            result.dxl = None
219        else:
220            result.dxl = numpy.zeros(len(self.x))
221
222        for i in range(numpy.size(self.x)):
[901142f]223            result.x[i] = self.x[i]
[a48842a2]224            if self.dx is not None and len(self.x) == len(self.dx):
225                result.dx[i] = self.dx[i]
226            if self.dxw is not None and len(self.x) == len(self.dxw):
227                result.dxw[i] = self.dxw[i]
228            if self.dxl is not None and len(self.x) == len(self.dxl):
229                result.dxl[i] = self.dxl[i]
230           
[901142f]231            a = Uncertainty(self.y[i], dy[i]**2)
232            if isinstance(other, Data1D):
233                b = Uncertainty(other.y[i], dy_other[i]**2)
[a48842a2]234                if other.dx is not None:
235                    result.dx[i] *= self.dx[i]
236                    result.dx[i] += (other.dx[i]**2)
237                    result.dx[i] /= 2
238                    result.dx[i] = math.sqrt(result.dx[i])
239                if result.dxl is not None and other.dxl is not None:
240                    result.dxl[i] *= self.dxl[i]
241                    other.dxl[i] += (other.dxl[i]**2)
242                    result.dxl[i] /= 2
243                    result.dxl[i] = math.sqrt(result.dxl[i])
244                if result.dxw is not None and self.dxw is not None:
245                    result.dxw[i] *= self.dxw[i]
246                    other.dxw[i] += (other.dxw[i]**2)
247                    result.dxw[i] /= 2
248                    result.dxw[i] = math.sqrt(result.dxw[i])
[901142f]249            else:
250                b = other
[a48842a2]251           
[901142f]252            output = operation(a, b)
253            result.y[i] = output.x
254            result.dy[i] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
255        return result
256   
[a48842a2]257    def _perform_union(self, other):
258        """
259        """
260        # First, check the data compatibility
261        self._validity_check_union(other)
262        result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None)
263        tot_length = len(self.x)+len(other.x)
264        result.clone_without_data(length=tot_length, clone=self)
265        if self.dy == None or other.dy is None:
266            result.dy = None
267        else:
268            result.dy = numpy.zeros(tot_length)
269        if self.dx == None or other.dx is None:
270            result.dx = None
271        else:
272            result.dx = numpy.zeros(tot_length)
273        if self.dxw == None or other.dxw is None:
274            result.dxw = None
275        else:
276            result.dxw = numpy.zeros(tot_length)
277        if self.dxl == None or other.dxl is None:
278            result.dxl = None
279        else:
280            result.dxl = numpy.zeros(tot_length)
281        result.x = numpy.append(self.x, other.x)
282        #argsorting
283        ind = numpy.argsort(result.x)
284        result.x = result.x[ind]
285        result.y = numpy.append(self.y, other.y)
286        result.y = result.y[ind]
287        if result.dy != None:
288            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy)
289            result.dy = result.dy[ind]
290        if result.dx is not None:
291            result.dx = numpy.append(self.dx, other.dx)
292            result.dx = result.dx[ind]
293        if result.dxw is not None:
294            result.dxw = numpy.append(self.dxw, other.dxw)
295            result.dxw = result.dxw[ind]
296        if result.dxl is not None:
297            result.dxl = numpy.append(self.dxl, other.dxl)
298            result.dxl = result.dxl[ind]
299        return result
300 
[ff3f900b]301     
[32c0841]302class Data2D(PlotData2D, LoadData2D):
[d955bf19]303    """
304    """
[901142f]305    def __init__(self, image=None, err_image=None,
[0008f54]306                 qx_data=None, qy_data=None, q_data=None, 
307                 mask=None, dqx_data=None, dqy_data=None, 
[901142f]308                 xmin=None, xmax=None, ymin=None, ymax=None,
[0008f54]309                 zmin=None, zmax=None):
[d955bf19]310        """
311        """
[901142f]312        PlotData2D.__init__(self, image=image, err_image=err_image,
313                            xmin=xmin, xmax=xmax, ymin=ymin, ymax=ymax,
314                            zmin=zmin, zmax=zmax, qx_data=qx_data, 
315                            qy_data=qy_data)
[ff3f900b]316       
[901142f]317        LoadData2D.__init__(self, data=image, err_data=err_image,
318                            qx_data=qx_data, qy_data=qy_data,
319                            dqx_data=dqx_data, dqy_data=dqy_data,
320                            q_data=q_data, mask=mask)
[f444b20]321        self.id = None
[e88ebfd]322        self.list_group_id = []
323        self.group_id = None
[5c4b674]324        self.is_data = True
[f444b20]325        self.path = None
[5c4b674]326        self.xtransform = None
327        self.ytransform = None
[f444b20]328        self.title = ""
[8a7d922]329        self.scale = None
[ff3f900b]330       
331    def copy_from_datainfo(self, data2d):
332        """
[d955bf19]333        copy value of Data2D of type DataLoader.data_info
[ff3f900b]334        """
[32c0841]335        self.data = copy.deepcopy(data2d.data)
336        self.qx_data = copy.deepcopy(data2d.qx_data)
337        self.qy_data = copy.deepcopy(data2d.qy_data)
338        self.q_data = copy.deepcopy(data2d.q_data)
339        self.mask = copy.deepcopy(data2d.mask)
340        self.err_data = copy.deepcopy(data2d.err_data)
341        self.x_bins = copy.deepcopy(data2d.x_bins)
342        self.y_bins = copy.deepcopy(data2d.y_bins)
343        if data2d.dqx_data is not None:
344            self.dqx_data = copy.deepcopy(data2d.dqx_data)
345        if data2d.dqy_data is not None:
346            self.dqy_data = copy.deepcopy(data2d.dqy_data)
347        self.xmin = data2d.xmin
348        self.xmax = data2d.xmax
349        self.ymin = data2d.ymin
350        self.ymax = data2d.ymax
[f7a5c7e]351        if hasattr(data2d, "zmin"):
[32c0841]352            self.zmin = data2d.zmin
[f7a5c7e]353        if hasattr(data2d, "zmax"):
[32c0841]354            self.zmax = data2d.zmax
[901142f]355        self.xaxis(data2d._xaxis, data2d._xunit)
356        self.yaxis(data2d._yaxis, data2d._yunit)
[f444b20]357        self.title = data2d.title
[ff3f900b]358       
[3562fbc]359    def __str__(self):
360        """
[d955bf19]361        print data
[3562fbc]362        """
363        _str = "%s\n" % LoadData2D.__str__(self)
364        return _str
[fdef956]365
[901142f]366    def _perform_operation(self, other, operation):
367        """
[d955bf19]368        Perform 2D operations between data sets
369       
370        :param other: other data set
371        :param operation: function defining the operation
372       
[901142f]373        """
374        # First, check the data compatibility
375        dy, dy_other = self._validity_check(other)
376        result = Data2D(image=None, qx_data=None, qy_data=None,
[a48842a2]377                         q_data=None, err_image=None, xmin=None, xmax=None,
[901142f]378                         ymin=None, ymax=None, zmin=None, zmax=None)
[9053779]379        result.clone_without_data(len(self.data))
[901142f]380        result.copy_from_datainfo(data2d=self)
[a48842a2]381        result.xmin = self.xmin
382        result.xmax = self.xmax
383        result.ymin = self.ymin
384        result.ymax = self.ymax
385        if self.dqx_data == None or self.dqy_data == None:
386            result.dqx_data = None
387            result.dqy_data = None
388        else:
[dcf73a4]389            result.dqx_data = numpy.zeros(len(self.data))
390            result.dqy_data = numpy.zeros(len(self.data))
[a48842a2]391        for i in range(numpy.size(self.data)):
[dcf73a4]392            result.data[i] = self.data[i]
393            if self.err_data is not None and \
394                numpy.size(self.data) == numpy.size(self.err_data):
395                result.err_data[i] = self.err_data[i]   
396            if self.dqx_data is not None:
397                result.dqx_data[i] = self.dqx_data[i]
398            if self.dqy_data is not None:
399                result.dqy_data[i] = self.dqy_data[i]
400            result.qx_data[i] = self.qx_data[i]
401            result.qy_data[i] = self.qy_data[i]
402            result.q_data[i] = self.q_data[i]
403            result.mask[i] = self.mask[i]
404           
[a48842a2]405            a = Uncertainty(self.data[i], dy[i]**2)
406            if isinstance(other, Data2D):
407                b = Uncertainty(other.data[i], dy_other[i]**2)
408                if other.dqx_data is not None and \
409                        result.dqx_data is not None:
410                    result.dqx_data[i] *= self.dqx_data[i]
411                    result.dqx_data[i] += (other.dqx_data[i]**2)
412                    result.dqx_data[i] /= 2
413                    result.dqx_data[i] = math.sqrt(result.dqx_data[i])     
414                if other.dqy_data is not None and \
415                        result.dqy_data is not None:
416                    result.dqy_data[i] *= self.dqy_data[i]
417                    result.dqy_data[i] += (other.dqy_data[i]**2)
418                    result.dqy_data[i] /= 2
419                    result.dqy_data[i] = math.sqrt(result.dqy_data[i])
420            else:
421                b = other
422           
423            output = operation(a, b)
424            result.data[i] = output.x
425            result.err_data[i] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
426        return result
427   
428    def _perform_union(self, other):
429        """
430        Perform 2D operations between data sets
[901142f]431       
[a48842a2]432        :param other: other data set
433        :param operation: function defining the operation
434       
435        """
436        # First, check the data compatibility
437        self._validity_check_union(other)
438        result = Data2D(image=None, qx_data=None, qy_data=None,
439                         q_data=None, err_image=None, xmin=None, xmax=None,
440                         ymin=None, ymax=None, zmin=None, zmax=None)
441        length = len(self.data)
442        tot_length = length + len(other.data)
[9053779]443        result.clone_without_data(tot_length)
[a48842a2]444        result.xmin = self.xmin
445        result.xmax = self.xmax
446        result.ymin = self.ymin
447        result.ymax = self.ymax
448        if self.dqx_data == None or self.dqy_data == None or \
449                other.dqx_data == None or other.dqy_data == None :
450            result.dqx_data = None
451            result.dqy_data = None
452        else:
453            result.dqx_data = numpy.zeros(len(self.data) + \
454                                         numpy.size(other.data))
455            result.dqy_data = numpy.zeros(len(self.data) + \
456                                         numpy.size(other.data))
457       
458        result.data = numpy.append(self.data, other.data)
459        result.qx_data = numpy.append(self.qx_data, other.qx_data)
460        result.qy_data = numpy.append(self.qy_data, other.qy_data)
461        result.q_data = numpy.append(self.q_data, other.q_data)
462        result.mask = numpy.append(self.mask, other.mask)
463        if result.err_data is not None:
464            result.err_data = numpy.append(self.err_data, other.err_data) 
465        if self.dqx_data is not None:
466            result.dqx_data = numpy.append(self.dqx_data, other.dqx_data)
467        if self.dqy_data is not None:
468            result.dqy_data = numpy.append(self.dqy_data, other.dqy_data)
469
[901142f]470        return result
[1913820]471       
472def check_data_validity(data):
[b21d32b]473    """
474    Return True is data is valid enough to compute chisqr, else False
475    """
476    flag = True
477    if data is not None:
478        if issubclass(data.__class__, Data2D):
479            if (data.data is None) or (len(data.data) == 0)\
480            or (len(data.err_data) == 0):
481                flag = False
482        else:
483            if (data.y is None) or (len(data.y) == 0): 
484                flag = False
485        if not data.is_data:
486            flag = False
487    else:
488        flag = False
489    return flag
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.