source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py @ df332d8

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since df332d8 was d112c30, checked in by lewis, 8 years ago

Write run_name to SASentry.name instead of Run.name to agree with Mantid output
  • Property mode set to 100644
File size: 49.2 KB
Line 
1"""
2    CanSAS data reader - new recursive cansas_version.
3"""
4############################################################################
5#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
6#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
7#project funded by the US National Science Foundation.
8#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
9#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
10#following sentence:
11#This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547.
12#copyright 2008,2009 University of Tennessee
13#############################################################################
14
15import logging
16import numpy
17import os
18import sys
19import datetime
20import inspect
21# For saving individual sections of data
22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D
23from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation
24from sas.sascalc.dataloader.data_info import TransmissionSpectrum
25from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector
26from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process
27from sas.sascalc.dataloader.data_info import Aperture
28import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader
29from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader
30from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants
31
32# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either.
33import xml.dom.minidom
34from xml.dom.minidom import parseString
35
36_ZERO = 1e-16
37PREPROCESS = "xmlpreprocess"
38ENCODING = "encoding"
39RUN_NAME_DEFAULT = "None"
40HAS_CONVERTER = True
41try:
42    from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter
43except ImportError:
44    HAS_CONVERTER = False
45
46CONSTANTS = CansasConstants()
47CANSAS_FORMAT = CONSTANTS.format
48CANSAS_NS = CONSTANTS.names
49ALLOW_ALL = True
50
51# DO NOT REMOVE Called by outside packages:
52#    sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_state
53#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate
54def get_content(location, node):
55    """
56    Get the first instance of the content of a xpath location.
57
58    :param location: xpath location
59    :param node: node to start at
60
61    :return: Element, or None
62    """
63    nodes = node.xpath(location,
64                       namespaces={'ns': CANSAS_NS.get("1.0").get("ns")})
65    if len(nodes) > 0:
66        return nodes[0]
67    else:
68        return None
69
70# DO NOT REMOVE Called by outside packages:
71#    sas.sasgui.perspectives.fitting.pagestate
72def write_node(doc, parent, name, value, attr=None):
73    """
74    :param doc: document DOM
75    :param parent: parent node
76    :param name: tag of the element
77    :param value: value of the child text node
78    :param attr: attribute dictionary
79
80    :return: True if something was appended, otherwise False
81    """
82    if attr is None:
83        attr = {}
84    if value is not None:
85        node = doc.createElement(name)
86        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value)))
87        for item in attr:
88            node.setAttribute(item, attr[item])
89        parent.appendChild(node)
90        return True
91    return False
92
93class Reader(XMLreader):
94    """
95    Class to load cansas 1D XML files
96
97    :Dependencies:
98        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later.
99    """
100    ##CanSAS version - defaults to version 1.0
101    cansas_version = "1.0"
102    base_ns = "{cansas1d/1.0}"
103    logging = None
104    errors = None
105    type_name = "canSAS"
106    ## Wildcards
107    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"]
108    ## List of allowed extensions
109    ext = ['.xml', '.XML', '.svs', '.SVS']
110    ## Flag to bypass extension check
111    allow_all = True
112
113    def __init__(self):
114        ## List of errors
115        self.errors = set()
116        self.logging = []
117        self.encoding = None
118
119    def is_cansas(self, ext="xml"):
120        """
121        Checks to see if the xml file is a CanSAS file
122
123        :param ext: The file extension of the data file
124        """
125        if self.validate_xml():
126            name = "{http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance}schemaLocation"
127            value = self.xmlroot.get(name)
128            if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == \
129                    value.rsplit(" ")[0]:
130                return True
131        if ext == "svs":
132            return True
133        return False
134
135    def load_file_and_schema(self, xml_file):
136        """
137        Loads the file and associates a schema, if a known schema exists
138
139        :param xml_file: The xml file path sent to Reader.read
140        """
141        base_name = xml_reader.__file__
142        base_name = base_name.replace("\\", "/")
143        base = base_name.split("/sas/")[0]
144
145        # Load in xml file and get the cansas version from the header
146        self.set_xml_file(xml_file)
147        self.cansas_version = self.xmlroot.get("version", "1.0")
148
149        # Generic values for the cansas file based on the version
150        cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0")
151        schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{1}".format\
152                (base, cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/")
153
154        # Link a schema to the XML file.
155        self.set_schema(schema_path)
156        return cansas_defaults
157
158    def read(self, xml_file):
159        """
160        Validate and read in an xml_file file in the canSAS format.
161
162        :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format
163        """
164        # output - Final list of Data1D objects
165        output = []
166        # ns - Namespace hierarchy for current xml_file object
167        ns_list = []
168
169        # Check that the file exists
170        if os.path.isfile(xml_file):
171            basename = os.path.basename(xml_file)
172            _, extension = os.path.splitext(basename)
173            # If the file type is not allowed, return nothing
174            if extension in self.ext or self.allow_all:
175                # Get the file location of
176                cansas_defaults = self.load_file_and_schema(xml_file)
177
178                # Try to load the file, but raise an error if unable to.
179                # Check the file matches the XML schema
180                try:
181                    if self.is_cansas(extension):
182                        # Get each SASentry from XML file and add it to a list.
183                        entry_list = self.xmlroot.xpath(
184                                '/ns:SASroot/ns:SASentry',
185                                namespaces={'ns': cansas_defaults.get("ns")})
186                        ns_list.append("SASentry")
187
188                        # If multiple files, modify the name for each is unique
189                        increment = 0
190                        # Parse each SASentry item
191                        for entry in entry_list:
192                            # Define a new Data1D object with zeroes for
193                            # x_vals and y_vals
194                            data1d = Data1D(numpy.empty(0), numpy.empty(0),
195                                            numpy.empty(0), numpy.empty(0))
196                            data1d.dxl = numpy.empty(0)
197                            data1d.dxw = numpy.empty(0)
198
199                            # If more than one SASentry, increment each in order
200                            name = basename
201                            if len(entry_list) - 1 > 0:
202                                name += "_{0}".format(increment)
203                                increment += 1
204
205                            # Set the Data1D name and then parse the entry.
206                            # The entry is appended to a list of entry values
207                            data1d.filename = name
208                            data1d.meta_data["loader"] = "CanSAS 1D"
209
210                            # Get all preprocessing events and encoding
211                            self.set_processing_instructions()
212                            data1d.meta_data[PREPROCESS] = \
213                                    self.processing_instructions
214
215                            # Parse the XML file
216                            return_value, extras = \
217                                self._parse_entry(entry, ns_list, data1d)
218                            del extras[:]
219
220                            return_value = self._final_cleanup(return_value)
221                            output.append(return_value)
222                    else:
223                        raise RuntimeError, "Invalid XML at: {0}".format(\
224                                                    self.find_invalid_xml())
225                except:
226                    # If the file does not match the schema, raise this error
227                    raise RuntimeError, "%s cannot be read" % xml_file
228                return output
229        # Return a list of parsed entries that dataloader can manage
230        return None
231
232    def _final_cleanup(self, data1d):
233        """
234        Final cleanup of the Data1D object to be sure it has all the
235        appropriate information needed for perspectives
236
237        :param data1d: Data1D object that has been populated
238        """
239        # Final cleanup
240        # Remove empty nodes, verify array sizes are correct
241        for error in self.errors:
242            data1d.errors.append(error)
243        self.errors.clear()
244        numpy.trim_zeros(data1d.x)
245        numpy.trim_zeros(data1d.y)
246        numpy.trim_zeros(data1d.dy)
247        size_dx = data1d.dx.size
248        size_dxl = data1d.dxl.size
249        size_dxw = data1d.dxw.size
250        if data1d._xunit != data1d.x_unit:
251            data1d.x_unit = data1d._xunit
252        if data1d._yunit != data1d.y_unit:
253            data1d.y_unit = data1d._yunit
254        if size_dxl == 0 and size_dxw == 0:
255            data1d.dxl = None
256            data1d.dxw = None
257            numpy.trim_zeros(data1d.dx)
258        elif size_dx == 0:
259            data1d.dx = None
260            size_dx = size_dxl
261            numpy.trim_zeros(data1d.dxl)
262            numpy.trim_zeros(data1d.dxw)
263        return data1d
264
265    def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0):
266        """
267        Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting
268        Recurses until a unique key value is found.
269
270        :param dictionary: A dictionary with any number of entries
271        :param name: The index of the item to be added to dictionary
272        :param numb: The number to be appended to the name, starts at 0
273        """
274        if dictionary.get(name) is not None:
275            numb += 1
276            name = name.split("_")[0]
277            name += "_{0}".format(numb)
278            name = self._create_unique_key(dictionary, name, numb)
279        return name
280
281    def _unit_conversion(self, node, new_current_level, data1d, \
282                                                tagname, node_value):
283        """
284        A unit converter method used to convert the data included in the file
285        to the default units listed in data_info
286
287        :param new_current_level: cansas_constants level as returned by
288            iterate_namespace
289        :param attr: The attributes of the node
290        :param data1d: Where the values will be saved
291        :param node_value: The value of the current dom node
292        """
293        attr = node.attrib
294        value_unit = ''
295        err_msg = None
296        default_unit = None
297        if 'unit' in attr and new_current_level.get('unit') is not None:
298            try:
299                local_unit = attr['unit']
300                if isinstance(node_value, float) is False:
301                    exec("node_value = float({0})".format(node_value))
302                unitname = new_current_level.get("unit")
303                exec "default_unit = data1d.{0}".format(unitname)
304                if local_unit is not None and default_unit is not None and \
305                        local_unit.lower() != default_unit.lower() \
306                        and local_unit.lower() != "none":
307                    if HAS_CONVERTER == True:
308                        ## Check local units - bad units raise KeyError
309                        data_conv_q = Converter(local_unit)
310                        value_unit = default_unit
311                        node_value = data_conv_q(node_value, units=default_unit)
312                    else:
313                        value_unit = local_unit
314                        err_msg = "Unit converter is not available.\n"
315                else:
316                    value_unit = local_unit
317            except KeyError:
318                err_msg = "CanSAS reader: unexpected "
319                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; "
320                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
321                err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit)
322                value_unit = local_unit
323            except:
324                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting "
325                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]"
326                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
327                value_unit = local_unit
328        elif 'unit' in attr:
329            value_unit = attr['unit']
330        if err_msg:
331            self.errors.add(err_msg)
332        node_value = "float({0})".format(node_value)
333        return node_value, value_unit
334
335    def _check_for_empty_data(self, data1d):
336        """
337        Creates an empty data set if no data is passed to the reader
338
339        :param data1d: presumably a Data1D object
340        """
341        if data1d == None:
342            self.errors = set()
343            x_vals = numpy.empty(0)
344            y_vals = numpy.empty(0)
345            dx_vals = numpy.empty(0)
346            dy_vals = numpy.empty(0)
347            dxl = numpy.empty(0)
348            dxw = numpy.empty(0)
349            data1d = Data1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals)
350            data1d.dxl = dxl
351            data1d.dxw = dxw
352        return data1d
353
354    def _handle_special_cases(self, tagname, data1d, children):
355        """
356        Handle cases where the data type in Data1D is a dictionary or list
357
358        :param tagname: XML tagname in use
359        :param data1d: The original Data1D object
360        :param children: Child nodes of node
361        :param node: existing node with tag name 'tagname'
362        """
363        if tagname == "SASdetector":
364            data1d = Detector()
365        elif tagname == "SAScollimation":
366            data1d = Collimation()
367        elif tagname == "SAStransmission_spectrum":
368            data1d = TransmissionSpectrum()
369        elif tagname == "SASprocess":
370            data1d = Process()
371            for child in children:
372                if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "term":
373                    term_attr = {}
374                    for attr in child.keys():
375                        term_attr[attr] = \
376                            ' '.join(child.get(attr).split())
377                    if child.text is not None:
378                        term_attr['value'] = \
379                            ' '.join(child.text.split())
380                    data1d.term.append(term_attr)
381        elif tagname == "aperture":
382            data1d = Aperture()
383        if tagname == "Idata" and children is not None:
384            data1d = self._check_for_empty_resolution(data1d, children)
385        return data1d
386
387    def _check_for_empty_resolution(self, data1d, children):
388        """
389        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q
390        """
391        dql_exists = False
392        dqw_exists = False
393        dq_exists = False
394        di_exists = False
395        for child in children:
396            tag = child.tag.replace(self.base_ns, "")
397            if tag == "dQl":
398                dql_exists = True
399            if tag == "dQw":
400                dqw_exists = True
401            if tag == "Qdev":
402                dq_exists = True
403            if tag == "Idev":
404                di_exists = True
405        if dqw_exists and dql_exists == False:
406            data1d.dxl = numpy.append(data1d.dxl, 0.0)
407        elif dql_exists and dqw_exists == False:
408            data1d.dxw = numpy.append(data1d.dxw, 0.0)
409        elif dql_exists == False and dqw_exists == False \
410                                            and dq_exists == False:
411            data1d.dx = numpy.append(data1d.dx, 0.0)
412        if di_exists == False:
413            data1d.dy = numpy.append(data1d.dy, 0.0)
414        return data1d
415
416    def _restore_original_case(self,
417                               tagname_original,
418                               tagname,
419                               save_data1d,
420                               data1d):
421        """
422        Save the special case data to the appropriate location and restore
423        the original Data1D object
424
425        :param tagname_original: Unmodified tagname for the node
426        :param tagname: modified tagname for the node
427        :param save_data1d: The original Data1D object
428        :param data1d: If a special case was handled, an object of that type
429        """
430        if tagname_original == "SASdetector":
431            save_data1d.detector.append(data1d)
432        elif tagname_original == "SAScollimation":
433            save_data1d.collimation.append(data1d)
434        elif tagname == "SAStransmission_spectrum":
435            save_data1d.trans_spectrum.append(data1d)
436        elif tagname_original == "SASprocess":
437            save_data1d.process.append(data1d)
438        elif tagname_original == "aperture":
439            save_data1d.aperture.append(data1d)
440        else:
441            save_data1d = data1d
442        return save_data1d
443
444    def _handle_attributes(self, node, data1d, cs_values, tagname):
445        """
446        Process all of the attributes for a node
447        """
448        attr = node.attrib
449        if attr is not None:
450            for key in node.keys():
451                try:
452                    node_value, unit = self._get_node_value(node, cs_values, \
453                                                   data1d, tagname)
454                    cansas_attrib = \
455                        cs_values.current_level.get("attributes").get(key)
456                    attrib_variable = cansas_attrib.get("variable")
457                    if key == 'unit' and unit != '':
458                        attrib_value = unit
459                    else:
460                        attrib_value = node.attrib[key]
461                    store_attr = attrib_variable.format("data1d",
462                                                        attrib_value,
463                                                        key,
464                                                        node_value)
465                    exec store_attr
466                except AttributeError:
467                    pass
468        return data1d
469
470    def _get_node_value(self, node, cs_values, data1d, tagname):
471        """
472        Get the value of a node and any applicable units
473
474        :param node: The XML node to get the value of
475        :param cs_values: A CansasConstants.CurrentLevel object
476        :param attr: The node attributes
477        :param dataid: The working object to be modified
478        :param tagname: The tagname of the node
479        """
480        #Get the text from the node and convert all whitespace to spaces
481        units = ''
482        node_value = node.text
483        if node_value == "":
484            node_value = None
485        if node_value is not None:
486            node_value = ' '.join(node_value.split())
487
488        # If the value is a float, compile with units.
489        if cs_values.ns_datatype == "float":
490            # If an empty value is given, set as zero.
491            if node_value is None or node_value.isspace() \
492                                    or node_value.lower() == "nan":
493                node_value = "0.0"
494            #Convert the value to the base units
495            node_value, units = self._unit_conversion(node, \
496                        cs_values.current_level, data1d, tagname, node_value)
497
498        # If the value is a timestamp, convert to a datetime object
499        elif cs_values.ns_datatype == "timestamp":
500            if node_value is None or node_value.isspace():
501                pass
502            else:
503                try:
504                    node_value = \
505                        datetime.datetime.fromtimestamp(node_value)
506                except ValueError:
507                    node_value = None
508        return node_value, units
509
510    def _parse_entry(self, dom, names=None, data1d=None, extras=None):
511        """
512        Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of
513            the CanSAS data format. This will allow multiple data files
514            and extra nodes to be read in simultaneously.
515
516        :param dom: dom object with a namespace base of names
517        :param names: A list of element names that lead up to the dom object
518        :param data1d: The data1d object that will be modified
519        :param extras: Any values that should go into meta_data when data1d
520            is not a Data1D object
521        """
522
523        if extras is None:
524            extras = []
525        if names is None or names == []:
526            names = ["SASentry"]
527
528        data1d = self._check_for_empty_data(data1d)
529
530        self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \
531                            CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}")
532        tagname = ''
533        tagname_original = ''
534
535        # Go through each child in the parent element
536        for node in dom:
537            try:
538                # Get the element name and set the current names level
539                tagname = node.tag.replace(self.base_ns, "")
540                tagname_original = tagname
541                if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or\
542                    tagname == "invariant":
543                    continue
544                names.append(tagname)
545                children = node.getchildren()
546                if len(children) == 0:
547                    children = None
548                save_data1d = data1d
549
550                # Look for special cases
551                data1d = self._handle_special_cases(tagname, data1d, children)
552
553                # Get where to store content
554                cs_values = CONSTANTS.iterate_namespace(names)
555                # If the element is a child element, recurse
556                if children is not None:
557                    # Returned value is new Data1D object with all previous and
558                    # new values in it.
559                    data1d, extras = self._parse_entry(node,
560                                                       names, data1d, extras)
561
562                #Get the information from the node
563                node_value, _ = self._get_node_value(node, cs_values, \
564                                                            data1d, tagname)
565
566                # If appending to a dictionary (meta_data | run_name)
567                # make sure the key is unique
568                if cs_values.ns_variable == "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"":
569                    # If we are within a Process, Detector, Collimation or
570                    # Aperture instance, pull out old data1d
571                    tagname = self._create_unique_key(data1d.meta_data, \
572                                                      tagname, 0)
573                    if isinstance(data1d, Data1D) == False:
574                        store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \
575                                                            node_value, tagname)
576                        extras.append(store_me)
577                        cs_values.ns_variable = None
578                if cs_values.ns_variable == "{0}.run_name[\"{2}\"] = \"{1}\"":
579                    tagname = self._create_unique_key(data1d.run_name, \
580                                                      tagname, 0)
581
582                # Check for Data1D object and any extra commands to save
583                if isinstance(data1d, Data1D):
584                    for item in extras:
585                        exec item
586                # Don't bother saving empty information unless it is a float
587                if cs_values.ns_variable is not None and \
588                            node_value is not None and \
589                            node_value.isspace() == False:
590                    # Format a string and then execute it.
591                    store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \
592                                                            node_value, tagname)
593                    exec store_me
594                # Get attributes and process them
595                data1d = self._handle_attributes(node, data1d, cs_values, \
596                                                 tagname)
597
598            except TypeError:
599                pass
600            except Exception as excep:
601                exc_type, exc_obj, exc_tb = sys.exc_info()
602                fname = os.path.split(exc_tb.tb_frame.f_code.co_filename)[1]
603                print(excep, exc_type, fname, exc_tb.tb_lineno, \
604                      tagname, exc_obj)
605            finally:
606                # Save special cases in original data1d object
607                # then restore the data1d
608                save_data1d = self._restore_original_case(tagname_original, \
609                                                tagname, save_data1d, data1d)
610                if tagname_original == "fitting_plug_in" or \
611                    tagname_original == "invariant" or \
612                    tagname_original == "pr_inversion":
613                    pass
614                else:
615                    data1d = save_data1d
616                    # Remove tagname from names to restore original base
617                    names.remove(tagname_original)
618        return data1d, extras
619
620    def _get_pi_string(self):
621        """
622        Creates the processing instructions header for writing to file
623        """
624        pis = self.return_processing_instructions()
625        if len(pis) > 0:
626            pi_tree = self.create_tree(pis[0])
627            i = 1
628            for i in range(1, len(pis) - 1):
629                pi_tree = self.append(pis[i], pi_tree)
630            pi_string = self.to_string(pi_tree)
631        else:
632            pi_string = ""
633        return pi_string
634
635    def _create_main_node(self):
636        """
637        Creates the primary xml header used when writing to file
638        """
639        xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
640        version = self.cansas_version
641        n_s = CANSAS_NS.get(version).get("ns")
642        if version == "1.1":
643            url = "http://www.cansas.org/formats/1.1/"
644        else:
645            url = "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/"
646        schema_location = "{0} {1}cansas1d.xsd".format(n_s, url)
647        attrib = {"{" + xsi + "}schemaLocation" : schema_location,
648                  "version" : version}
649        nsmap = {'xsi' : xsi, None: n_s}
650
651        main_node = self.create_element("{" + n_s + "}SASroot",
652                                        attrib=attrib, nsmap=nsmap)
653        return main_node
654
655    def _write_run_names(self, datainfo, entry_node):
656        """
657        Writes the run names to the XML file
658
659        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
660        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
661        """
662        if datainfo.run == None or datainfo.run == []:
663            datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT)
664            datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT
665        for item in datainfo.run:
666            runname = {}
667            if item in datainfo.run_name and \
668            len(str(datainfo.run_name[item])) > 1:
669                runname = {'name': datainfo.run_name[item]}
670            self.write_node(entry_node, "Run", item, runname)
671
672    def _write_data(self, datainfo, entry_node):
673        """
674        Writes the I and Q data to the XML file
675
676        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
677        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
678        """
679        node = self.create_element("SASdata")
680        self.append(node, entry_node)
681
682        for i in range(len(datainfo.x)):
683            point = self.create_element("Idata")
684            node.append(point)
685            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i],
686                            {'unit': datainfo.x_unit})
687            if len(datainfo.y) >= i:
688                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i],
689                                {'unit': datainfo.y_unit})
690            if datainfo.dy != None and len(datainfo.dy) > i:
691                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i],
692                                {'unit': datainfo.y_unit})
693            if datainfo.dx != None and len(datainfo.dx) > i:
694                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i],
695                                {'unit': datainfo.x_unit})
696            if datainfo.dxw != None and len(datainfo.dxw) > i:
697                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i],
698                                {'unit': datainfo.x_unit})
699            if datainfo.dxl != None and len(datainfo.dxl) > i:
700                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i],
701                                {'unit': datainfo.x_unit})
702
703    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node):
704        """
705        Writes the transmission spectrum data to the XML file
706
707        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
708        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
709        """
710        for i in range(len(datainfo.trans_spectrum)):
711            spectrum = datainfo.trans_spectrum[i]
712            node = self.create_element("SAStransmission_spectrum",
713                                       {"name" : spectrum.name})
714            self.append(node, entry_node)
715            if isinstance(spectrum.timestamp, datetime.datetime):
716                node.setAttribute("timestamp", spectrum.timestamp)
717            for i in range(len(spectrum.wavelength)):
718                point = self.create_element("Tdata")
719                node.append(point)
720                self.write_node(point, "Lambda", spectrum.wavelength[i],
721                                {'unit': spectrum.wavelength_unit})
722                self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i],
723                                {'unit': spectrum.transmission_unit})
724                if spectrum.transmission_deviation != None \
725                and len(spectrum.transmission_deviation) >= i:
726                    self.write_node(point, "Tdev",
727                                    spectrum.transmission_deviation[i],
728                                    {'unit':
729                                     spectrum.transmission_deviation_unit})
730
731    def _write_sample_info(self, datainfo, entry_node):
732        """
733        Writes the sample information to the XML file
734
735        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
736        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
737        """
738        sample = self.create_element("SASsample")
739        if datainfo.sample.name is not None:
740            self.write_attribute(sample, "name",
741                                 str(datainfo.sample.name))
742        self.append(sample, entry_node)
743        self.write_node(sample, "ID", str(datainfo.sample.ID))
744        self.write_node(sample, "thickness", datainfo.sample.thickness,
745                        {"unit": datainfo.sample.thickness_unit})
746        self.write_node(sample, "transmission", datainfo.sample.transmission)
747        self.write_node(sample, "temperature", datainfo.sample.temperature,
748                        {"unit": datainfo.sample.temperature_unit})
749
750        pos = self.create_element("position")
751        written = self.write_node(pos,
752                                  "x",
753                                  datainfo.sample.position.x,
754                                  {"unit": datainfo.sample.position_unit})
755        written = written | self.write_node( \
756            pos, "y", datainfo.sample.position.y,
757            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
758        written = written | self.write_node( \
759            pos, "z", datainfo.sample.position.z,
760            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
761        if written == True:
762            self.append(pos, sample)
763
764        ori = self.create_element("orientation")
765        written = self.write_node(ori, "roll",
766                                  datainfo.sample.orientation.x,
767                                  {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
768        written = written | self.write_node( \
769            ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y,
770            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
771        written = written | self.write_node( \
772            ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z,
773            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
774        if written == True:
775            self.append(ori, sample)
776
777        for item in datainfo.sample.details:
778            self.write_node(sample, "details", item)
779
780    def _write_instrument(self, datainfo, entry_node):
781        """
782        Writes the instrumental information to the XML file
783
784        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
785        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
786        """
787        instr = self.create_element("SASinstrument")
788        self.append(instr, entry_node)
789        self.write_node(instr, "name", datainfo.instrument)
790        return instr
791
792    def _write_source(self, datainfo, instr):
793        """
794        Writes the source information to the XML file
795
796        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
797        :param instr: instrument node  to be appended to
798        """
799        source = self.create_element("SASsource")
800        if datainfo.source.name is not None:
801            self.write_attribute(source, "name",
802                                 str(datainfo.source.name))
803        self.append(source, instr)
804        if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '':
805            datainfo.source.radiation = "neutron"
806        self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation)
807
808        size = self.create_element("beam_size")
809        if datainfo.source.beam_size_name is not None:
810            self.write_attribute(size, "name",
811                                 str(datainfo.source.beam_size_name))
812        written = self.write_node( \
813            size, "x", datainfo.source.beam_size.x,
814            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
815        written = written | self.write_node( \
816            size, "y", datainfo.source.beam_size.y,
817            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
818        written = written | self.write_node( \
819            size, "z", datainfo.source.beam_size.z,
820            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
821        if written == True:
822            self.append(size, source)
823
824        self.write_node(source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape)
825        self.write_node(source, "wavelength",
826                        datainfo.source.wavelength,
827                        {"unit": datainfo.source.wavelength_unit})
828        self.write_node(source, "wavelength_min",
829                        datainfo.source.wavelength_min,
830                        {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit})
831        self.write_node(source, "wavelength_max",
832                        datainfo.source.wavelength_max,
833                        {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit})
834        self.write_node(source, "wavelength_spread",
835                        datainfo.source.wavelength_spread,
836                        {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit})
837
838    def _write_collimation(self, datainfo, instr):
839        """
840        Writes the collimation information to the XML file
841
842        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
843        :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to
844        """
845        if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None:
846            coll = Collimation()
847            datainfo.collimation.append(coll)
848        for item in datainfo.collimation:
849            coll = self.create_element("SAScollimation")
850            if item.name is not None:
851                self.write_attribute(coll, "name", str(item.name))
852            self.append(coll, instr)
853
854            self.write_node(coll, "length", item.length,
855                            {"unit": item.length_unit})
856
857            for aperture in item.aperture:
858                apert = self.create_element("aperture")
859                if aperture.name is not None:
860                    self.write_attribute(apert, "name", str(aperture.name))
861                if aperture.type is not None:
862                    self.write_attribute(apert, "type", str(aperture.type))
863                self.append(apert, coll)
864
865                size = self.create_element("size")
866                if aperture.size_name is not None:
867                    self.write_attribute(size, "name",
868                                         str(aperture.size_name))
869                written = self.write_node(size, "x", aperture.size.x,
870                                          {"unit": aperture.size_unit})
871                written = written | self.write_node( \
872                    size, "y", aperture.size.y,
873                    {"unit": aperture.size_unit})
874                written = written | self.write_node( \
875                    size, "z", aperture.size.z,
876                    {"unit": aperture.size_unit})
877                if written == True:
878                    self.append(size, apert)
879
880                self.write_node(apert, "distance", aperture.distance,
881                                {"unit": aperture.distance_unit})
882
883    def _write_detectors(self, datainfo, instr):
884        """
885        Writes the detector information to the XML file
886
887        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
888        :param inst: lxml instrument node to be appended to
889        """
890        if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []:
891            det = Detector()
892            det.name = ""
893            datainfo.detector.append(det)
894
895        for item in datainfo.detector:
896            det = self.create_element("SASdetector")
897            written = self.write_node(det, "name", item.name)
898            written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance,
899                                                {"unit": item.distance_unit})
900            if written == True:
901                self.append(det, instr)
902
903            off = self.create_element("offset")
904            written = self.write_node(off, "x", item.offset.x,
905                                      {"unit": item.offset_unit})
906            written = written | self.write_node(off, "y", item.offset.y,
907                                                {"unit": item.offset_unit})
908            written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z,
909                                                {"unit": item.offset_unit})
910            if written == True:
911                self.append(off, det)
912
913            ori = self.create_element("orientation")
914            written = self.write_node(ori, "roll", item.orientation.x,
915                                      {"unit": item.orientation_unit})
916            written = written | self.write_node(ori, "pitch",
917                                                item.orientation.y,
918                                                {"unit": item.orientation_unit})
919            written = written | self.write_node(ori, "yaw",
920                                                item.orientation.z,
921                                                {"unit": item.orientation_unit})
922            if written == True:
923                self.append(ori, det)
924
925            center = self.create_element("beam_center")
926            written = self.write_node(center, "x", item.beam_center.x,
927                                      {"unit": item.beam_center_unit})
928            written = written | self.write_node(center, "y",
929                                                item.beam_center.y,
930                                                {"unit": item.beam_center_unit})
931            written = written | self.write_node(center, "z",
932                                                item.beam_center.z,
933                                                {"unit": item.beam_center_unit})
934            if written == True:
935                self.append(center, det)
936
937            pix = self.create_element("pixel_size")
938            written = self.write_node(pix, "x", item.pixel_size.x,
939                                      {"unit": item.pixel_size_unit})
940            written = written | self.write_node(pix, "y", item.pixel_size.y,
941                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
942            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z,
943                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
944            if written == True:
945                self.append(pix, det)
946            self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length,
947                {"unit": item.slit_length_unit})
948
949
950    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node):
951        """
952        Writes the process notes to the XML file
953
954        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
955        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
956
957        """
958        for item in datainfo.process:
959            node = self.create_element("SASprocess")
960            self.append(node, entry_node)
961            self.write_node(node, "name", item.name)
962            self.write_node(node, "date", item.date)
963            self.write_node(node, "description", item.description)
964            for term in item.term:
965                value = term['value']
966                del term['value']
967                self.write_node(node, "term", value, term)
968            for note in item.notes:
969                self.write_node(node, "SASprocessnote", note)
970            if len(item.notes) == 0:
971                self.write_node(node, "SASprocessnote", "")
972
973    def _write_notes(self, datainfo, entry_node):
974        """
975        Writes the notes to the XML file and creates an empty note if none
976        exist
977
978        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
979        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
980
981        """
982        if len(datainfo.notes) == 0:
983            node = self.create_element("SASnote")
984            self.append(node, entry_node)
985        else:
986            for item in datainfo.notes:
987                node = self.create_element("SASnote")
988                self.write_text(node, item)
989                self.append(node, entry_node)
990
991    def _check_origin(self, entry_node, doc, frm):
992        """
993        Return the document, and the SASentry node associated with
994        the data we just wrote.
995        If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
996        object rather than an lxml object.
997
998        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
999        :param doc: entire xml tree
1000        """
1001        if not frm:
1002            frm = inspect.stack()[1]
1003        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "")
1004        mod_name = mod_name.replace(".py", "")
1005        mod = mod_name.split("sas/")
1006        mod_name = mod[1]
1007        if mod_name != "sascalc/dataloader/readers/cansas_reader":
1008            string = self.to_string(doc, pretty_print=False)
1009            doc = parseString(string)
1010            node_name = entry_node.tag
1011            node_list = doc.getElementsByTagName(node_name)
1012            entry_node = node_list.item(0)
1013        return doc, entry_node
1014
1015    def _to_xml_doc(self, datainfo, sasentry_attrs=None):
1016        """
1017        Create an XML document to contain the content of a Data1D
1018
1019        :param datainfo: Data1D object
1020        """
1021        if not issubclass(datainfo.__class__, Data1D):
1022            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance"
1023
1024        # Get PIs and create root element
1025        pi_string = self._get_pi_string()
1026        # Define namespaces and create SASroot object
1027        main_node = self._create_main_node()
1028        # Create ElementTree, append SASroot and apply processing instructions
1029        base_string = pi_string + self.to_string(main_node)
1030        base_element = self.create_element_from_string(base_string)
1031        doc = self.create_tree(base_element)
1032        # Create SASentry Element
1033        entry_node = self.create_element("SASentry", sasentry_attrs)
1034        root = doc.getroot()
1035        root.append(entry_node)
1036
1037        # Add Title to SASentry
1038        self.write_node(entry_node, "Title", datainfo.title)
1039        # Add Run to SASentry
1040        self._write_run_names(datainfo, entry_node)
1041        # Add Data info to SASEntry
1042        self._write_data(datainfo, entry_node)
1043        # Transmission Spectrum Info
1044        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node)
1045        # Sample info
1046        self._write_sample_info(datainfo, entry_node)
1047        # Instrument info
1048        instr = self._write_instrument(datainfo, entry_node)
1049        #   Source
1050        self._write_source(datainfo, instr)
1051        #   Collimation
1052        self._write_collimation(datainfo, instr)
1053        #   Detectors
1054        self._write_detectors(datainfo, instr)
1055        # Processes info
1056        self._write_process_notes(datainfo, entry_node)
1057        # Note info
1058        self._write_notes(datainfo, entry_node)
1059        # Return the document, and the SASentry node associated with
1060        #      the data we just wrote
1061        # If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
1062        #      object rather than an lxml object.
1063        frm = inspect.stack()[1]
1064        doc, entry_node = self._check_origin(entry_node, doc, frm)
1065        return doc, entry_node
1066
1067    def write_node(self, parent, name, value, attr=None):
1068        """
1069        :param doc: document DOM
1070        :param parent: parent node
1071        :param name: tag of the element
1072        :param value: value of the child text node
1073        :param attr: attribute dictionary
1074
1075        :return: True if something was appended, otherwise False
1076        """
1077        if value is not None:
1078            parent = self.ebuilder(parent, name, value, attr)
1079            return True
1080        return False
1081
1082    def write(self, filename, datainfo, sasentry_attrs=None):
1083        """
1084        Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file
1085
1086        :param filename: name of the file to write
1087        :param datainfo: Data1D object
1088        """
1089        # Create XML document
1090        doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo, sasentry_attrs)
1091        # Write the file
1092        file_ref = open(filename, 'w')
1093        if self.encoding == None:
1094            self.encoding = "UTF-8"
1095        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding,
1096                  pretty_print=True, xml_declaration=True)
1097        file_ref.close()
1098
1099    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1100    def _store_float(self, location, node, variable, storage, optional=True):
1101        """
1102        Get the content of a xpath location and store
1103        the result. Check that the units are compatible
1104        with the destination. The value is expected to
1105        be a float.
1106
1107        The xpath location might or might not exist.
1108        If it does not exist, nothing is done
1109
1110        :param location: xpath location to fetch
1111        :param node: node to read the data from
1112        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1113        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1114        :param optional: if True, no exception will be raised
1115            if unit conversion can't be done
1116
1117        :raise ValueError: raised when the units are not recognized
1118        """
1119        entry = get_content(location, node)
1120        try:
1121            value = float(entry.text)
1122        except:
1123            value = None
1124
1125        if value is not None:
1126            # If the entry has units, check to see that they are
1127            # compatible with what we currently have in the data object
1128            units = entry.get('unit')
1129            if units is not None:
1130                toks = variable.split('.')
1131                local_unit = None
1132                exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]
1133                if local_unit != None and units.lower() != local_unit.lower():
1134                    if HAS_CONVERTER == True:
1135                        try:
1136                            conv = Converter(units)
1137                            exec "storage.%s = %g" % \
1138                                (variable, conv(value, units=local_unit))
1139                        except:
1140                            _, exc_value, _ = sys.exc_info()
1141                            err_mess = "CanSAS reader: could not convert"
1142                            err_mess += " %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
1143                                % (variable, units, local_unit, exc_value)
1144                            self.errors.add(err_mess)
1145                            if optional:
1146                                logging.info(err_mess)
1147                            else:
1148                                raise ValueError, err_mess
1149                    else:
1150                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\
1151                        % (variable, units)
1152                        err_mess += " expecting [%s]" % local_unit
1153                        self.errors.add(err_mess)
1154                        if optional:
1155                            logging.info(err_mess)
1156                        else:
1157                            raise ValueError, err_mess
1158                else:
1159                    exec "storage.%s = value" % variable
1160            else:
1161                exec "storage.%s = value" % variable
1162
1163    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1164    def _store_content(self, location, node, variable, storage):
1165        """
1166        Get the content of a xpath location and store
1167        the result. The value is treated as a string.
1168
1169        The xpath location might or might not exist.
1170        If it does not exist, nothing is done
1171
1172        :param location: xpath location to fetch
1173        :param node: node to read the data from
1174        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1175        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1176
1177        :return: return a list of errors
1178        """
1179        entry = get_content(location, node)
1180        if entry is not None and entry.text is not None:
1181            exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.