source: sasview/park_integration/test/test_fit_line.py @ 948add7

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 948add7 was 8bbab51, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

modified tests
  • Property mode set to 100644
File size: 9.9 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for fitting module
3"""
4import unittest
5from sans.guitools.plottables import Theory1D
6from sans.guitools.plottables import Data1D
7from sans.fit.AbstractFitEngine import Data, Model
8import math
9class testFitModule(unittest.TestCase):
10    """ test fitting """
11    def test1(self):
12        """ Fit 1 data (testdata_line.txt)and 1 model(lineModel) """
13        #load data
14        from DataLoader.loader import Loader
15        data1 = Loader().load("testdata_line.txt")
16        #Importing the Fit module
17        from sans.fit.Fitting import Fit
18        fitter = Fit('scipy')
19        # Receives the type of model for the fitting
20        from sans.guitools.LineModel import LineModel
21        model1  = LineModel()
22        model1.name = "M1"
23        data = Data(sans_data=data1 )
24        model = Model(model1)
25        #fit with scipy test
26       
27        pars1= ['param1','param2']
28        fitter.set_data(data,1)
29        try:fitter.set_model(model,1,pars1)
30        except ValueError,msg:
31           assert str(msg)=="wrong paramter %s used to set model %s. Choose\
32                            parameter name within %s"%('param1', model.model.name,str(model.model.getParamList()))
33        else: raise AssertError,"No error raised for scipy fitting with wrong parameters name to fit"
34        pars1= ['A','B']
35        fitter.set_model(model,1,pars1)
36        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
37        result1 = fitter.fit()
38        self.assert_(result1)
39       
40        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 == result1.stderr[0] ) or 
41                         ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 < result1.stderr[0]) ) 
42       
43        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 == result1.stderr[1]) or
44                         ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 < result1.stderr[1] ) )
45        self.assertTrue( result1.fitness/49 < 2 )
46       
47        #fit with park test
48        fitter = Fit('park')
49        fitter.set_data(data,1)
50        fitter.set_model(model,1,pars1)
51        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
52        result2 = fitter.fit()
53       
54        self.assert_(result2)
55       
56        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
57                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
58       
59        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
60                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
61        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
62        # compare fit result result for scipy and park
63        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[0], result2.pvec[0] )
64        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[1],result2.pvec[1] )
65        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[0],result2.stderr[0] )
66        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[1],result2.stderr[1] )
67        self.assertAlmostEquals( result1.fitness,result2.fitness )
68       
69    def test2(self):
70        """ fit 2 data and 2 model with no constrainst"""
71        #load data
72        from DataLoader.loader import Loader
73        l = Loader()
74        out=l.load("testdata_line.txt")
75        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
76        out=l.load("testdata_line1.txt")
77        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
78        #Importing the Fit module
79        from sans.fit.Fitting import Fit
80        fitter = Fit('scipy')
81        # Receives the type of model for the fitting
82        from sans.guitools.LineModel import LineModel
83        model11  = LineModel()
84        model11.name= "M1"
85        model22  = LineModel()
86        model11.name= "M2"
87        data1 = Data(sans_data=data11 )
88        data2 = Data(sans_data=data22 )
89        model1 = Model(model11)
90        model2 = Model(model22)
91        #fit with scipy test
92        pars1= ['A','B']
93        fitter.set_data(data1,1)
94        fitter.set_model(model1,1,pars1)
95        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=0)
96        fitter.set_data(data2,2)
97        fitter.set_model(model2,2,pars1)
98        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=0)
99       
100        try: result1 = fitter.fit()
101        except RuntimeError,msg:
102           assert str(msg)=="No Assembly scheduled for Scipy fitting."
103        else: raise AssertError,"No error raised for scipy fitting with no model"
104        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
105        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
106        try: result1 = fitter.fit()
107        except RuntimeError,msg:
108           assert str(msg)=="Scipy can't fit more than a single fit problem at a time."
109        else: raise AssertError,"No error raised for scipy fitting with more than 2 models"
110       
111        #fit with park test
112        fitter = Fit('park')
113        fitter.set_data(data1,1)
114        fitter.set_model(model1,1,pars1)
115        fitter.set_data(data2,2)
116        fitter.set_model(model2,2,pars1)
117        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
118        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
119        result2 = fitter.fit()
120       
121        self.assert_(result2)
122        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
123                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
124       
125        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
126                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
127        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
128       
129       
130    def test3(self):
131        """ fit 2 data and 2 model with 1 constrainst"""
132        #load data
133        from DataLoader.loader import Loader
134        l = Loader()
135        out=l.load("testdata_line.txt")
136        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
137        out=l.load("testdata_cst.txt")
138        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
139        #Importing the Fit module
140        from sans.fit.Fitting import Fit
141        fitter = Fit('park')
142        # Receives the type of model for the fitting
143        from sans.guitools.LineModel import LineModel
144        from sans.models.Constant import Constant
145        model11  = LineModel()
146        model11.name= "line"
147       
148        model22  = Constant()
149        model22.name= "cst"
150        # Constrain the constant value to be equal to parameter B (the real value is 2.5)
151       
152       
153        data1 = Data(sans_data=data11 )
154        data2 = Data(sans_data=data22 )
155        model1 = Model(model11)
156        model2 = Model(model22)
157        model1.set(A=4)
158        model1.set(B=3)
159        model2.set(value='line.B')
160        #fit with scipy test
161        pars1= ['A','B']
162        pars2= ['value']
163       
164        fitter.set_data(data1,1)
165        fitter.set_model(model1,1,pars1)
166        fitter.set_data(data2,2)
167        fitter.set_model(model2,2,pars2)
168        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
169        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
170       
171        result2 = fitter.fit()
172        self.assert_(result2)
173        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4.0)/3. < result2.stderr[0]) ) 
174       
175        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3. < result2.stderr[1]) )
176        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
177       
178       
179    def test4(self):
180        """ fit 2 data concatenates with limited range of x and  one model """
181            #load data
182        from DataLoader.loader import Loader
183        l = Loader()
184        out=l.load("testdata_line.txt")
185        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
186        out=l.load("testdata_line1.txt")
187        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
188        #Importing the Fit module
189        from sans.fit.Fitting import Fit
190        fitter = Fit('scipy')
191        # Receives the type of model for the fitting
192        from sans.guitools.LineModel import LineModel
193        model1  = LineModel()
194        model1.name= "M1"
195     
196        data1 = Data(sans_data=data11 )
197        data2 = Data(sans_data=data22 )
198        model = Model(model1)
199       
200        #fit with scipy test
201        pars1= ['A','B']
202        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7)
203        fitter.set_model(model,1,pars1)
204        fitter.set_data(data2,1,qmin=1,qmax=10)
205        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
206       
207        result1 = fitter.fit()
208        self.assert_(result1)
209
210        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 == result1.stderr[0] ) or 
211                         ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 < result1.stderr[0]) ) 
212       
213        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 == result1.stderr[1]) or
214                         ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 < result1.stderr[1] ) )
215        self.assertTrue( result1.fitness/49 < 2 )
216       
217       
218        #fit with park test
219        fitter = Fit('park')
220        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7)
221        fitter.set_model(model,1,pars1)
222        fitter.set_data(data2,1,qmin=1,qmax=10)
223        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
224        result2 = fitter.fit()
225       
226        self.assert_(result2)
227        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
228                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
229       
230        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
231                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
232        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
233        # compare fit result result for scipy and park
234        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[0], result2.pvec[0] )
235        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[1],result2.pvec[1] )
236        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[0],result2.stderr[0] )
237        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[1],result2.stderr[1] )
238        self.assertAlmostEquals( result1.fitness,result2.fitness )
239   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.