source: sasview/fittingview/src/sans/perspectives/fitting/fitting.py @ 6246e00

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 6246e00 was f32d144, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 13 years ago

Pep-8-ification

  • Property mode set to 100644
File size: 88.1 KB
RevLine 
[6d8bad4]1"""
2    Fitting perspective
3"""
[5062bbf]4################################################################################
5#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
6#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
[f32d144]7#project funded by the US National Science Foundation.
[5062bbf]8#
9#See the license text in license.txt
10#
11#copyright 2009, University of Tennessee
12################################################################################
[a0da535]13import re
[5536035]14import sys
[056b569]15import os
[5536035]16import wx
17import logging
18import numpy
[c3b4dcb]19import time
[edcbd467]20from copy import deepcopy
[f83b94a]21import models
22
[c21e87b]23from sans.dataloader.loader import Loader
[c3b4dcb]24from sans.guiframe.dataFitting import Data2D
25from sans.guiframe.dataFitting import Data1D
[2dbffcc]26from sans.guiframe.dataFitting import check_data_validity
[6bbeacd4]27from sans.guiframe.events import NewPlotEvent
28from sans.guiframe.events import StatusEvent 
[a0da535]29from sans.guiframe.events import EVT_SLICER_PANEL
30from sans.guiframe.events import EVT_SLICER_PARS_UPDATE
[6bbeacd4]31from sans.guiframe.gui_style import GUIFRAME_ID
32from sans.guiframe.plugin_base import PluginBase
[e68bfef]33from sans.guiframe.data_processor import BatchCell
[2dbffcc]34from sans.fit.Fitting import Fit
[cc31608]35from .console import ConsoleUpdate
[2dbffcc]36from .fitproblem import FitProblemDictionary
[a0da535]37from .fitpanel import FitPanel
[cc31608]38from .fit_thread import FitThread
[a0da535]39from .pagestate import Reader
40from .fitpage import Chi2UpdateEvent
[6f140f2]41from sans.perspectives.calculator.model_editor import TextDialog
42from sans.perspectives.calculator.model_editor import EditorWindow
[ed2ea6a]43
[c26a64b]44MAX_NBR_DATA = 4
[2c6b224]45SANS_F_TOL = 5e-05
[5062bbf]46
[f32d144]47(PageInfoEvent, EVT_PAGE_INFO) = wx.lib.newevent.NewEvent()
[92a5ac92]48
[5062bbf]49
[f32d144]50if sys.platform.count("darwin") == 0:
[f6aee42]51    ON_MAC = False
52else:
[f32d144]53    ON_MAC = True
54
[3658abed]55
56class Plugin(PluginBase):
[d89f09b]57    """
[f32d144]58    Fitting plugin is used to perform fit
[d89f09b]59    """
[3658abed]60    def __init__(self, standalone=False):
[908b817]61        PluginBase.__init__(self, name="Fitting", standalone=standalone)
[d89f09b]62       
[ed2ea6a]63        #list of panel to send to guiframe
[f83b94a]64        self.mypanels = []
[ed2ea6a]65        # reference to the current running thread
[f83b94a]66        self.calc_2D = None
67        self.calc_1D = None
[9f4f8f4]68       
69        self.color_dict = {}
70       
[66ff250]71        self.fit_thread_list = {}
[2296316]72        self.residuals = None
[55bb249c]73        self.weight = None
[9466f2d6]74        self.fit_panel = None
[d89f09b]75        # Start with a good default
76        self.elapsed = 0.022
[ed2ea6a]77        # the type of optimizer selected, park or scipy
[f32d144]78        self.fitter = None
[2296316]79        self.fit_panel = None
[c660493]80        #let fit ready
81        self.fitproblem_count = None
[ed2ea6a]82        #Flag to let the plug-in know that it is running stand alone
[f83b94a]83        self.standalone = True
[f32d144]84        ## dictionary of page closed and id
[f83b94a]85        self.closed_page_dict = {}
[d89f09b]86        ## Fit engine
[e9e914f]87        self._fit_engine = 'scipy'
[7db52f1]88        self._gui_engine = None
[2296316]89        ## Relative error desired in the sum of squares (float); scipy only
[2c6b224]90        self.ftol = SANS_F_TOL
[7db52f1]91        self.batch_reset_flag = True
[ed2ea6a]92        #List of selected data
[f83b94a]93        self.selected_data_list = []
[c3435b7f]94        ## list of slicer panel created to display slicer parameters and results
[f83b94a]95        self.slicer_panels = []
[32d802f]96        # model 2D view
[f83b94a]97        self.model2D_id = None
[ed2ea6a]98        #keep reference of the simultaneous fit page
[f83b94a]99        self.sim_page = None
[fa02d95]100        self.sim_menu = None
101        self.batch_page = None
102        self.batch_menu = None
[ae4ade7]103        self.index_model = 0
[9f4f8f4]104        self.test_model_color = None
[f83b94a]105        #Create a reader for fit page's state
[f32d144]106        self.state_reader = None
[c8deee5]107        self._extensions = '.fitv'
[0b6ae5f]108        self.scipy_id = wx.NewId()
109        self.park_id = wx.NewId()
[dafc36f]110        self.menu1 = None
[6f140f2]111        self.new_model_frame = None
[0b6ae5f]112       
[4da35bc]113        self.temp_state = []
[ef16f59]114        self.state_index = 0
[b63dc6e]115        self.sfile_ext = None
[6bbeacd4]116        # take care of saving  data, model and page associated with each other
117        self.page_finder = {}
[f83b94a]118        # Log startup
[f32d144]119        logging.info("Fitting plug-in started")
[7360816]120        self.batch_capable = self.get_batch_capable()
121   
122    def get_batch_capable(self):
123        """
124        Check if the plugin has a batch capability
125        """
126        return True
[9f4f8f4]127   
[2dbffcc]128    def create_fit_problem(self, page_id):
129        """
130        Given an ID create a fitproblem container
131        """
132        self.page_finder[page_id] = FitProblemDictionary()
133       
134    def delete_fit_problem(self, page_id):
135        """
136        Given an ID create a fitproblem container
137        """
138        if page_id in self.page_finder.iterkeys():
139            del self.page_finder[page_id]
140       
[9f4f8f4]141    def add_color(self, color, id):
142        """
143        adds a color as a key with a plot id as its value to a dictionary
144        """
145        self.color_dict[id] = color
[2a8fac1]146       
[cc31608]147    def on_batch_selection(self, flag):
148        """
149        switch the the notebook of batch mode or not
150        """
151        self.batch_on = flag
[2dbffcc]152        if self.fit_panel is not None:
153            self.fit_panel.batch_on = self.batch_on
[cc31608]154       
[cab076b]155    def populate_menu(self, owner):
[d89f09b]156        """
[5062bbf]157        Create a menu for the Fitting plug-in
158       
159        :param id: id to create a menu
160        :param owner: owner of menu
161       
162        :return: list of information to populate the main menu
163       
[d89f09b]164        """
165        #Menu for fitting
166        self.menu1 = wx.Menu()
[0b6ae5f]167        id1 = wx.NewId()
168        simul_help = "Add new fit panel"
[f32d144]169        self.menu1.Append(id1, '&New Fit Page', simul_help)
[0b6ae5f]170        wx.EVT_MENU(owner, id1, self.on_add_new_page)
[6f023e8]171        self.menu1.AppendSeparator()
[dafc36f]172        self.id_simfit = wx.NewId()
[6bbeacd4]173        simul_help = "Simultaneous Fit"
[f32d144]174        self.menu1.Append(self.id_simfit, '&Simultaneous Fit', simul_help)
[dafc36f]175        wx.EVT_MENU(owner, self.id_simfit, self.on_add_sim_page)
[fa02d95]176        self.sim_menu = self.menu1.FindItemById(self.id_simfit)
[f32d144]177        self.sim_menu.Enable(False)
[fa02d95]178        #combined Batch
179        self.id_batchfit = wx.NewId()
[7b1ca97]180        batch_help = "Combined Batch"
[fa02d95]181        self.menu1.Append(self.id_batchfit, '&Combine Batch Fit', batch_help)
[f32d144]182        wx.EVT_MENU(owner, self.id_batchfit, self.on_add_sim_page)
[fa02d95]183        self.batch_menu = self.menu1.FindItemById(self.id_batchfit)
[f32d144]184        self.batch_menu.Enable(False)
[f7e9af2]185        self.menu1.AppendSeparator()
[0b6ae5f]186        #Set park engine
[fa02d95]187        scipy_help = "Scipy Engine: Perform Simple fit. More in Help window...."
[2c6b224]188        self.menu1.AppendCheckItem(self.scipy_id, "Simple FitEngine [LeastSq]",
[f32d144]189                                   scipy_help)
190        wx.EVT_MENU(owner, self.scipy_id, self._onset_engine_scipy)
[0b6ae5f]191       
192        park_help = "Park Engine: Perform Complex fit. More in Help window...."
[2c6b224]193        self.menu1.AppendCheckItem(self.park_id, "Complex FitEngine [ParkMC]",
[f32d144]194                                   park_help)
195        wx.EVT_MENU(owner, self.park_id, self._onset_engine_park)
[0b6ae5f]196       
197        self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(True)
198        self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(False)
[2c6b224]199        self.menu1.AppendSeparator()
200        self.id_tol = wx.NewId()
201        ftol_help = "Change the current FTolerance (=%s) " % str(self.ftol)
[f32d144]202        ftol_help += "of Simple FitEngine..."
203        self.menu1.Append(self.id_tol, "Change FTolerance",
204                                   ftol_help)
205        wx.EVT_MENU(owner, self.id_tol, self.show_ftol_dialog)
[da6fd1a]206        self.menu1.AppendSeparator()
[2c6b224]207       
[da6fd1a]208        self.id_reset_flag = wx.NewId()
209        resetf_help = "BatchFit: If checked, the initial param values will be "
[f32d144]210        resetf_help += "propagated from the previous results. "
[da6fd1a]211        resetf_help += "Otherwise, the same initial param values will be used "
[f32d144]212        resetf_help += "for all fittings."
213        self.menu1.AppendCheckItem(self.id_reset_flag,
214                                   "Chain Fitting [BatchFit Only]",
215                                   resetf_help)
216        wx.EVT_MENU(owner, self.id_reset_flag, self.on_reset_batch_flag)
[70e439f]217        chain_menu = self.menu1.FindItemById(self.id_reset_flag)
218        chain_menu.Check(not self.batch_reset_flag)
219        chain_menu.Enable(self.batch_on)
[056b569]220       
221        self.menu1.AppendSeparator()
[5d1c1f4]222        self.edit_model_menu = wx.Menu()
223        # Find and put files name in menu
224        try:
225            self.set_edit_menu(owner=owner)
226        except:
227            raise
[056b569]228       
[5d1c1f4]229        self.id_edit = wx.NewId()
[f32d144]230        editmodel_help = "Edit customized model sample file"
231        self.menu1.AppendMenu(self.id_edit, "Edit Custom Model",
[5d1c1f4]232                              self.edit_model_menu, editmodel_help)
[3b19ac9]233        #create  menubar items
[908b817]234        return [(self.menu1, self.sub_menu)]
[056b569]235   
236    def edit_custom_model(self, event):
237        """
238        Get the python editor panel
239        """
[5d1c1f4]240        id = event.GetId()
[7c8d3093]241        label = self.edit_menu.GetLabel(id)
[5d1c1f4]242        from sans.perspectives.calculator.pyconsole import PyConsole
243        filename = os.path.join(models.find_plugins_dir(), label)
[f32d144]244        frame = PyConsole(parent=self.parent, manager=self,
245                          panel=self.fit_panel,
246                          title='Advanced Custom Model Editor',
247                          filename=filename)
[056b569]248        self.put_icon(frame)
[f32d144]249        frame.Show(True)
[7c8d3093]250   
[b25caad]251    def delete_custom_model(self, event):
252        """
253        Delete custom model file
254        """
255        id = event.GetId()
256        label = self.delete_menu.GetLabel(id)
257        toks = os.path.splitext(label)
258        path = os.path.join(models.find_plugins_dir(), toks[0])
259        try:
260            for ext in ['.py', '.pyc']:
261                p_path = path + ext
262                os.remove(p_path)
263            self.update_custom_combo()
264            self.delete_menu.Delete(id)
265            for item in self.edit_menu.GetMenuItems():
266                if item.GetLabel() == label:
267                    self.edit_menu.DeleteItem(item)
268                    break
269        except:
270            msg ='Delete Error: \nCould not delete the file; Check if in use.'
271            wx.MessageBox(msg)
272   
[7c8d3093]273    def make_sum_model(self, event):
274        """
275        Edit summodel template and make one
276        """
277        id = event.GetId()
278        model_manager = models.ModelManager()
279        model_list = model_manager.get_model_name_list()
[796c4d4]280        plug_dir = models.find_plugins_dir()
281        textdial = TextDialog(None, self, -1, 'Easy Sum(p1, p2)', 
282                              model_list, plug_dir)
[7c8d3093]283        self.put_icon(textdial)
[f32d144]284        textdial.ShowModal()
[7c8d3093]285        textdial.Destroy()
[6f140f2]286   
287    def make_new_model(self, event):
288        """
[f32d144]289        Make new model
[6f140f2]290        """
291        if self.new_model_frame != None and self.new_model_frame.IsShown():
292            self.new_model_frame.Show(False)
293        else:
294            id = event.GetId()
295            dir_path = models.find_plugins_dir()
296            title = "New Custom Model Function"
[f32d144]297            self.new_model_frame = EditorWindow(parent=self, base=self,
[6f140f2]298                                                path=dir_path, title=title)
299            self.put_icon(self.new_model_frame)
300        self.new_model_frame.Show(True)
[7c8d3093]301
[ed8fa6a3]302    def update_custom_combo(self):
303        """
304        Update custom model list in the fitpage combo box
305        """
306        try:
[b25caad]307            # Update edit menus
308            self.set_edit_menu_helper(self.parent, self.edit_custom_model)
309            self.set_edit_menu_helper(self.parent, self.delete_custom_model)
[ed8fa6a3]310            temp = self.fit_panel.reset_pmodel_list()
311            if temp:
312                # Set the new custom model list for all fit pages
313                for uid, page in self.fit_panel.opened_pages.iteritems():
314                    if hasattr(page, "formfactorbox"):
315                        page.model_list_box = temp
316                        current_val = page.formfactorbox.GetValue()
317                        pos = page.formfactorbox.GetSelection()
318                        page._show_combox_helper()
[b25caad]319                        new_val = page.formfactorbox.GetValue()
320                        if current_val != new_val and new_val != '':
321                            page.formfactorbox.SetValue(new_val)
322                        else:
323                            page.formfactorbox.SetValue(current_val)
[ed8fa6a3]324        except:
325            pass
326       
327       
[f32d144]328    def set_edit_menu(self, owner):
[5d1c1f4]329        """
330        Set list of the edit model menu labels
331        """
[7c8d3093]332        id = wx.NewId()
[6f140f2]333        #new_model_menu = wx.Menu()
[f32d144]334        self.edit_model_menu.Append(id, 'New',
335                                   'Add a new model function')
336        wx.EVT_MENU(owner, id, self.make_new_model)
[6f140f2]337        id = wx.NewId()
[f32d144]338        self.edit_model_menu.Append(id, 'Sum(p1, p2)',
339                                    'Sum of two model functions')
340        wx.EVT_MENU(owner, id, self.make_sum_model)
[7c8d3093]341        e_id = wx.NewId()
[f32d144]342        self.edit_menu = wx.Menu()
[7c8d3093]343        self.edit_model_menu.AppendMenu(e_id, 
[b25caad]344                                    'Advanced', self.edit_menu) 
345        self.set_edit_menu_helper(owner, self.edit_custom_model)
346
347        d_id = wx.NewId()
[f32d144]348        self.delete_menu = wx.Menu()
349        self.edit_model_menu.AppendMenu(d_id,
350                                        'Delete', self.delete_menu)
[b25caad]351        self.set_edit_menu_helper(owner, self.delete_custom_model)
[7c8d3093]352   
[d83549c]353    def set_edit_menu_helper(self, owner=None, menu=None):
[7c8d3093]354        """
355        help for setting list of the edit model menu labels
356        """
[d83549c]357        if menu == None:
358            menu = self.edit_custom_model
[5d1c1f4]359        list_fnames = os.listdir(models.find_plugins_dir())
[d2843a9]360        list_fnames.sort()
361        for f_item in list_fnames:
362            name = os.path.basename(f_item)
[5d1c1f4]363            toks = os.path.splitext(name)
[f32d144]364            if toks[-1] == '.py' and not toks[0] == '__init__':
[b25caad]365                if menu == self.edit_custom_model:
[f32d144]366                    if toks[0] == 'easy_sum_of_p1_p2':
[b25caad]367                        continue
368                    submenu = self.edit_menu
369                else:
370                    submenu = self.delete_menu
[5d1c1f4]371                has_file = False
[b25caad]372                for item in submenu.GetMenuItems():
373                    if name == submenu.GetLabel(item.GetId()):
[5d1c1f4]374                        has_file = True
375                if not has_file:
376                    id = wx.NewId()
[f32d144]377                    submenu.Append(id, name)
378                    wx.EVT_MENU(owner, id, menu)
[5d1c1f4]379                    has_file = False
380
[056b569]381    def put_icon(self, frame):
382        """
383        Put icon in the frame title bar
384        """
385        if hasattr(frame, "IsIconized"):
386            if not frame.IsIconized():
387                try:
388                    icon = self.parent.GetIcon()
389                    frame.SetIcon(icon)
390                except:
[f32d144]391                    pass
392
[51d47b5]393    def on_add_sim_page(self, event):
[ed2ea6a]394        """
[5062bbf]395        Create a page to access simultaneous fit option
[ed2ea6a]396        """
[fa02d95]397        id = event.GetId()
398        caption = "Simultaneous Fit"
399        page = self.sim_page
400        if id == self.id_batchfit:
[7b1ca97]401            caption = "Combined Batch"
[fa02d95]402            page = self.batch_page
403           
404        def set_focus_page(page):
405            page.Show(True)
406            page.Refresh()
407            page.SetFocus()
[581d1d4]408            self.parent._mgr.Update()
[fa02d95]409            msg = "%s already opened\n" % str(page.window_caption)
410            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg))
411           
412        if page != None:
413            return set_focus_page(page)
414        if caption == "Simultaneous Fit":
415            self.sim_page = self.fit_panel.add_sim_page(caption=caption)
416        else:
417            self.batch_page = self.fit_panel.add_sim_page(caption=caption)
[b28717b]418       
[d89f09b]419    def help(self, evt):
420        """
[f32d144]421        Show a general help dialog.
[d89f09b]422        """
[484faf7]423        from help_panel import  HelpWindow
[f32d144]424        frame = HelpWindow(None, -1, 'HelpWindow')
[34ffeed]425        if hasattr(frame, "IsIconized"):
426            if not frame.IsIconized():
427                try:
428                    icon = self.parent.GetIcon()
429                    frame.SetIcon(icon)
430                except:
[f32d144]431                    pass
[2268d10]432        frame.Show(True)
433       
[6bbeacd4]434    def get_context_menu(self, plotpanel=None):
[d89f09b]435        """
[5062bbf]436        Get the context menu items available for P(r).them allow fitting option
437        for Data2D and Data1D only.
438       
439        :param graph: the Graph object to which we attach the context menu
440       
441        :return: a list of menu items with call-back function
442       
[f32d144]443        :note: if Data1D was generated from Theory1D
[5062bbf]444                the fitting option is not allowed
445               
[d89f09b]446        """
[6bbeacd4]447        graph = plotpanel.graph
[484faf7]448        fit_option = "Select data for fitting"
449        fit_hint =  "Dialog with fitting parameters "
[6bbeacd4]450       
451        if graph.selected_plottable not in plotpanel.plots:
452            return []
453        item = plotpanel.plots[graph.selected_plottable]
[f32d144]454        if item.__class__.__name__ is "Data2D":
455            if hasattr(item, "is_data"):
[6bbeacd4]456                if item.is_data:
457                    return [[fit_option, fit_hint, self._onSelect]]
458                else:
459                    return [] 
460            return [[fit_option, fit_hint, self._onSelect]]
461        else:
462           
463            # if is_data is true , this in an actual data loaded
464            #else it is a data created from a theory model
[f32d144]465            if hasattr(item, "is_data"):
[6bbeacd4]466                if item.is_data:
[f32d144]467                    return [[fit_option, fit_hint, self._onSelect]]
[6bbeacd4]468                else:
[f32d144]469                    return []
470        return []
[d89f09b]471
472    def get_panels(self, parent):
473        """
[5062bbf]474        Create and return a list of panel objects
[d89f09b]475        """
476        self.parent = parent
[75fbd17]477        #self.parent.Bind(EVT_FITSTATE_UPDATE, self.on_set_state_helper)
[d89f09b]478        # Creation of the fit panel
[6bbeacd4]479        self.fit_panel = FitPanel(parent=self.parent, manager=self)
480        self.on_add_new_page(event=None)
[f93dfcb]481        #Set the manager for the main panel
[d89f09b]482        self.fit_panel.set_manager(self)
483        # List of windows used for the perspective
484        self.perspective = []
485        self.perspective.append(self.fit_panel.window_name)
[6bbeacd4]486       
[3b19ac9]487        #index number to create random model name
488        self.index_model = 0
[f32d144]489        self.index_theory = 0
[32673ac]490        self.parent.Bind(EVT_SLICER_PANEL, self._on_slicer_event)
[848a2ef]491        self.parent.Bind(EVT_SLICER_PARS_UPDATE, self._onEVT_SLICER_PANEL)
[f32d144]492        self.parent._mgr.Bind(wx.aui.EVT_AUI_PANE_CLOSE,self._onclearslicer)
[3bf4a032]493        #Create reader when fitting panel are created
[f32d144]494        self.state_reader = Reader(self.set_state)
495        #append that reader to list of available reader
[3bf4a032]496        loader = Loader()
497        loader.associate_file_reader(".fitv", self.state_reader)
[f93dfcb]498        #Send the fitting panel to guiframe
[f32d144]499        self.mypanels.append(self.fit_panel)
[568e1a5]500        return self.mypanels
[232c3db]501   
[90a7bbd]502    def clear_panel(self):
503        """
504        """
[81f00d7]505        self.fit_panel.clear_panel()
[90a7bbd]506       
[1610976]507    def set_default_perspective(self):
508        """
[5062bbf]509        Call back method that True to notify the parent that the current plug-in
[f32d144]510        can be set as default perspective.
511        when returning False, the plug-in is not candidate for an automatic
[5062bbf]512        default perspective setting
[1610976]513        """
514        return True
[a0da535]515   
[17553ae]516    def delete_data(self, data):
[8ee56a9]517        """
518        delete  the given data from panel
519        """
520        self.fit_panel.delete_data(data)
521       
[e88ebfd]522    def set_data(self, data_list=None):
[a0da535]523        """
524        receive a list of data to fit
525        """
[b2d9826]526        if data_list is None:
527            data_list = []
[c26a64b]528        selected_data_list = []
[cc31608]529        if self.batch_on:
530            page = self.add_fit_page(data=data_list)
[c26a64b]531        else:
[cc31608]532            if len(data_list) > MAX_NBR_DATA:
533                from fitting_widgets import DataDialog
534                dlg = DataDialog(data_list=data_list, nb_data=MAX_NBR_DATA)
535                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
536                    selected_data_list = dlg.get_data()
537                dlg.Destroy()
538               
539            else:
540                selected_data_list = data_list
541            try:
[5e48acb]542                group_id = wx.NewId()
[cc31608]543                for data in selected_data_list:
[5e48acb]544                    if data is not None:
[33b7954]545                        # 2D has no same group_id
546                        if data.__class__.__name__ == 'Data2D':
547                            group_id = wx.NewId()
[5e48acb]548                        data.group_id = group_id
[14774db]549                        if group_id not in data.list_group_id:
550                            data.list_group_id.append(group_id)
551                        page = self.add_fit_page(data=[data])
[cc31608]552            except:
553                msg = "Fitting Set_data: " + str(sys.exc_value)
554                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="error"))
[1b1bbf9]555   
556    def set_top_panel(self):
557        """
558        Close default (welcome) panel
559        """
560        if 'default' in self.parent.panels:
561            self.parent.on_close_welcome_panel()
562
[5e48acb]563       
[f32d144]564    def set_theory(self, theory_list=None):
[e88ebfd]565        """
566        """
567        #set the model state for a given theory_state:
568        for item in theory_list:
569            try:
570                _, theory_state = item
571                self.fit_panel.set_model_state(theory_state)
572            except:
573                msg = "Fitting: cannot deal with the theory received"
574                logging.error("set_theory " + msg + "\n" + str(sys.exc_value))
[f32d144]575                wx.PostEvent(self.parent,
576                             StatusEvent(status=msg, info="error"))
[a0da535]577           
[b63dc6e]578    def set_state(self, state=None, datainfo=None, format=None):
[f83b94a]579        """
[5062bbf]580        Call-back method for the fit page state reader.
[8897d66]581        This method is called when a .fitv/.svs file is loaded.
[5062bbf]582       
[8897d66]583        : param state: PageState object
584        : param datainfo: data
[f83b94a]585        """
[90a7bbd]586        #state = self.state_reader.get_state()
[b63dc6e]587        if state != None:
[4bee68d]588            state = state.clone()
[b63dc6e]589            # store fitting state in temp_state
[f32d144]590            self.temp_state.append(state)
[b63dc6e]591        else:
592            self.temp_state = []
[ef16f59]593        # index to start with for a new set_state
594        self.state_index = 0
[b63dc6e]595        # state file format
596        self.sfile_ext = format
[75fbd17]597       
598        self.on_set_state_helper(event=None)
[ef16f59]599
[f32d144]600    def  on_set_state_helper(self, event=None):
[4da35bc]601        """
[f32d144]602        Set_state_helper. This actually sets state
[0fd2f27]603        after plotting data from state file.
[ef16f59]604       
[f32d144]605        : event: FitStateUpdateEvent called
[0fd2f27]606            by dataloader.plot_data from guiframe
[4da35bc]607        """
[7a07864]608        if len(self.temp_state) == 0:
[f32d144]609            if self.state_index == 0 and len(self.mypanels) <= 0 \
610            and self.sfile_ext == '.svs':
[6d8bad4]611                #TODO: Why was the following line left in the code
612                # if add_default_pages doesn't exist?
613                try:
614                    self.fit_panel.add_default_pages()
615                except:
616                    print sys.exc_value
[b63dc6e]617                self.temp_state = []
618                self.state_index = 0
[4da35bc]619            return
[3eb2811]620       
[ef16f59]621        try:
622            # Load fitting state
623            state = self.temp_state[self.state_index]
[3eb2811]624            #panel state should have model selection to set_state
625            if state.formfactorcombobox != None:
626                #set state
[75fbd17]627                data = self.parent.create_gui_data(state.data)
628                data.group_id = state.data.group_id
[f32d144]629                self.parent.add_data(data_list={data.id: data})
[75fbd17]630                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=data,
631                                        title=data.title))
[f95301b]632                #need to be fix later make sure we are sendind guiframe.data
633                #to panel
634                state.data = data
[f32d144]635                page = self.fit_panel.set_state(state)
[3eb2811]636            else:
637                #just set data because set_state won't work
[75fbd17]638                data = self.parent.create_gui_data(state.data)
639                data.group_id = state.data.group_id
[f32d144]640                self.parent.add_data(data_list={data.id: data})
[f95301b]641                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=data,
642                                        title=data.title))
[cc31608]643                page = self.add_fit_page([data])
[2dbffcc]644                caption = page.window_caption
[f32d144]645                self.store_data(uid=page.uid, data_list=page.get_data_list(),
[2dbffcc]646                        caption=caption)
[f32d144]647                self.mypanels.append(page)
[3eb2811]648               
[9b18735]649            # get ready for the next set_state
[ef16f59]650            self.state_index += 1
[9b18735]651
[f32d144]652            #reset state variables to default when all set_state is finished.
[ef16f59]653            if len(self.temp_state) == self.state_index:
[9b18735]654               
[ef16f59]655                self.temp_state = []
[b63dc6e]656                #self.state_index = 0
[ef16f59]657                # Make sure the user sees the fitting panel after loading
[f32d144]658                #self.parent.set_perspective(self.perspective)
[75fbd17]659                self.on_perspective(event=None)
[ef16f59]660        except:
[f32d144]661            self.state_index = 0
[8897d66]662            self.temp_state = []
[ef16f59]663            raise
[1b14795]664       
665    def set_param2fit(self, uid, param2fit):
666        """
667        Set the list of param names to fit for fitprobelm
668        """
669        self.page_finder[uid].set_param2fit(param2fit)
[5e48acb]670       
671    def set_graph_id(self, uid, graph_id):
672        """
673        Set graph_id for fitprobelm
674        """
675        self.page_finder[uid].set_graph_id(graph_id)
676       
677    def get_graph_id(self, uid):
678        """
679        Set graph_id for fitprobelm
680        """
[f32d144]681        return self.page_finder[uid].get_graph_id()
[5e48acb]682                         
[f32d144]683    def save_fit_state(self, filepath, fitstate):
[f83b94a]684        """
[5062bbf]685        save fit page state into file
[f83b94a]686        """
687        self.state_reader.write(filename=filepath, fitstate=fitstate)
[55bb249c]688
[f7ef313]689    def set_fit_weight(self, uid, flag, is2d=False, fid=None):
[55bb249c]690        """
691        Set the fit weights of a given page for all
[f32d144]692        its data by default. If fid is provide then set the range
[55bb249c]693        only for the data with fid as id
694        :param uid: id corresponding to a fit page
695        :param fid: id corresponding to a fit problem (data, model)
696        :param weight: current dy data
697        """
698        if uid in self.page_finder.keys():
[f7ef313]699            self.page_finder[uid].set_weight(flag=flag, is2d=is2d)
[55bb249c]700                   
[2dbffcc]701    def set_fit_range(self, uid, qmin, qmax, fid=None):
[ca7a626]702        """
[2dbffcc]703        Set the fitting range of a given page for all
[f32d144]704        its data by default. If fid is provide then set the range
[2dbffcc]705        only for the data with fid as id
706        :param uid: id corresponding to a fit page
707        :param fid: id corresponding to a fit problem (data, model)
708        :param qmin: minimum  value of the fit range
709        :param qmax: maximum  value of the fit range
[ca7a626]710        """
[2dbffcc]711        if uid in self.page_finder.keys():
[f6933b8]712            self.page_finder[uid].set_range(qmin=qmin, qmax=qmax, fid=fid)
713     
[f32d144]714    def schedule_for_fit(self, value=0, uid=None):
[948add7]715        """
[5062bbf]716        Set the fit problem field to 0 or 1 to schedule that problem to fit.
[f32d144]717        Schedule the specified fitproblem or get the fit problem related to
[5062bbf]718        the current page and set value.
[f32d144]719        :param value: integer 0 or 1
[2dbffcc]720        :param uid: the id related to a page contaning fitting information
721        """
[f32d144]722        if uid in self.page_finder.keys():
[66ff250]723            self.page_finder[uid].schedule_tofit(value)
[ca7a626]724         
[d89f09b]725    def get_page_finder(self):
[5062bbf]726        """
727        return self.page_finder used also by simfitpage.py
[f32d144]728        """
729        return self.page_finder
[d89f09b]730   
[f32d144]731    def set_page_finder(self, modelname, names, values):
[d89f09b]732        """
[5062bbf]733        Used by simfitpage.py to reset a parameter given the string constrainst.
734         
[f32d144]735        :param modelname: the name ot the model for with the parameter
[0fd2f27]736                            has to reset
[5062bbf]737        :param value: can be a string in this case.
738        :param names: the paramter name
739         
740        :note: expecting park used for fit.
741         
[f32d144]742        """
[66ff250]743        sim_page_id = self.sim_page.uid
744        for uid, value in self.page_finder.iteritems():
[fa02d95]745            if uid != sim_page_id and uid != self.batch_page.uid:
[6bbeacd4]746                list = value.get_model()
[f93dfcb]747                model = list[0]
[6bbeacd4]748                if model.name == modelname:
749                    value.set_model_param(names, values)
[d89f09b]750                    break
[2db1d66]751         
[f32d144]752    def split_string(self, item):
[d89f09b]753        """
[5062bbf]754        receive a word containing dot and split it. used to split parameterset
755        name into model name and parameter name example: ::
756       
[3b19ac9]757            paramaterset (item) = M1.A
[5062bbf]758            Will return model_name = M1 , parameter name = A
759           
[d89f09b]760        """
[6d8bad4]761        if item.find(".") >= 0:
[7c8d3093]762            param_names = re.split("\.", item)
[f32d144]763            model_name = param_names[0]
[6d91073]764            ##Assume max len is 3; eg., M0.radius.width
765            if len(param_names) == 3:
[7c8d3093]766                param_name = param_names[1] + "." + param_names[2]
[6d91073]767            else:
[f32d144]768                param_name = param_names[1]
[7c8d3093]769            return model_name, param_name
[2296316]770   
771    def set_ftol(self, ftol=None):
772        """
[f32d144]773        Set ftol: Relative error desired in the sum of chi squares.
[2296316]774        """
775        # check if it is flaot
776        try:
777            f_tol = float(ftol)
778        except:
779            # default
[2c6b224]780            f_tol = SANS_F_TOL
[2296316]781           
782        self.ftol = f_tol
[2c6b224]783        # update ftol menu help strings
784        ftol_help = "Change the current FTolerance (=%s) " % str(self.ftol)
[f32d144]785        ftol_help += "of Simple FitEngine..."
[dafc36f]786        if self.menu1 != None:
787            self.menu1.SetHelpString(self.id_tol, ftol_help)
[2c6b224]788       
789    def show_ftol_dialog(self, event=None):
790        """
791        Dialog to select ftol for Scipy
792        """
793        #if event != None:
794        #    event.Skip()
795        from ftol_dialog import ChangeFtol
796        panel = ChangeFtol(self.parent, self)
797        panel.ShowModal()
798                 
[66ff250]799    def stop_fit(self, uid):
[ed2ea6a]800        """
[5062bbf]801        Stop the fit engine
[ed2ea6a]802        """
[66ff250]803        if uid in self.fit_thread_list.keys():
804            calc_fit = self.fit_thread_list[uid]
805            if calc_fit is not  None and calc_fit.isrunning():
806                calc_fit.stop()
807                msg = "Fit stop!"
808                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="stop"))
[3ddc2c4]809            del self.fit_thread_list[uid]
[66ff250]810        #set the fit button label of page when fit stop is trigger from
811        #simultaneous fit pane
[fa02d95]812        sim_flag = self.sim_page is not None and uid == self.sim_page.uid
813        batch_flag = self.batch_page is not None and uid == self.batch_page.uid
814        if sim_flag or batch_flag:
[66ff250]815            for uid, value in self.page_finder.iteritems():
816                if value.get_scheduled() == 1:
817                    if uid in self.fit_panel.opened_pages.keys():
818                        panel = self.fit_panel.opened_pages[uid]
[fa02d95]819                        panel._on_fit_complete()
[6bbeacd4]820 
[2dbffcc]821    def set_smearer(self, uid, smearer, fid, qmin=None, qmax=None, draw=True,
822                    enable_smearer=False):
823        """
824        Get a smear object and store it to a fit problem of fid as id. If proper
825        flag is enable , will plot the theory with smearing information.
826       
827        :param smearer: smear object to allow smearing data of id fid
828        :param enable_smearer: Define whether or not all (data, model) contained
829            in the structure of id uid will be smeared before fitting.
830        :param qmin: the maximum value of the theory plotting range
831        :param qmax: the maximum value of the theory plotting range
832        :param draw: Determine if the theory needs to be plot
[f32d144]833        """
[66ff250]834        if uid not in self.page_finder.keys():
[2dbffcc]835            return
836        self.page_finder[uid].enable_smearing(flag=enable_smearer)
837        self.page_finder[uid].set_smearer(smearer, fid=fid)
[6bbeacd4]838        if draw:
839            ## draw model 1D with smeared data
[f32d144]840            data = self.page_finder[uid].get_fit_data(fid=fid)
[2dbffcc]841            if data is None:
842                msg = "set_mearer requires at least data.\n"
843                msg += "Got data = %s .\n" % str(data)
[269df2b]844                return
845                #raise ValueError, msg
[2dbffcc]846            model = self.page_finder[uid].get_model(fid=fid)
[6bbeacd4]847            if model is None:
848                return
[2dbffcc]849            enable1D = issubclass(data.__class__, Data1D)
850            enable2D = issubclass(data.__class__, Data2D)
[6bbeacd4]851            ## if user has already selected a model to plot
852            ## redraw the model with data smeared
[2dbffcc]853            smear = self.page_finder[uid].get_smearer(fid=fid)
[342dc442]854
855            # compute weight for the current data
856            weight = self.page_finder[uid].get_weight(fid=fid)
857
[66ff250]858            self.draw_model(model=model, data=data, page_id=uid, smearer=smear,
[ba1f0b2]859                enable1D=enable1D, enable2D=enable2D,
[342dc442]860                qmin=qmin, qmax=qmax, weight=weight)
[f6aee42]861            self._mac_sleep(0.2)
862           
863    def _mac_sleep(self, sec=0.2):
[2dbffcc]864        """
865        Give sleep to MAC
866        """
[f6aee42]867        if ON_MAC:
[f32d144]868            time.sleep(sec)
[2dbffcc]869       
[66ff250]870    def draw_model(self, model, page_id, data=None, smearer=None,
[67e258c]871                   enable1D=True, enable2D=False,
[5ef55d2]872                   state=None,
[f64a4b7]873                   fid=None,
[fa65e99]874                   toggle_mode_on=False,
[f32d144]875                   qmin=None, qmax=None,
[e3f6ef5]876                   update_chisqr=True, weight=None, source='model'):
[ca7a626]877        """
[5062bbf]878        Draw model.
879       
880        :param model: the model to draw
881        :param name: the name of the model to draw
882        :param data: the data on which the model is based to be drawn
883        :param description: model's description
884        :param enable1D: if true enable drawing model 1D
885        :param enable2D: if true enable drawing model 2D
886        :param qmin:  Range's minimum value to draw model
887        :param qmax:  Range's maximum value to draw model
888        :param qstep: number of step to divide the x and y-axis
[2296316]889        :param update_chisqr: update chisqr [bool]
[ed2ea6a]890             
[d89f09b]891        """
[62f851f]892        #self.weight = weight
[f32d144]893        if issubclass(data.__class__, Data1D) or not enable2D:
[f72333f]894            ## draw model 1D with no loaded data
[f32d144]895            self._draw_model1D(model=model,
[67e258c]896                               data=data,
[66ff250]897                               page_id=page_id,
[f32d144]898                               enable1D=enable1D,
[67e258c]899                               smearer=smearer,
900                               qmin=qmin,
[f32d144]901                               qmax=qmax,
[f64a4b7]902                               fid=fid,
[62f851f]903                               weight=weight,
[fa65e99]904                               toggle_mode_on=toggle_mode_on,
[5ef55d2]905                               state=state,
[e3f6ef5]906                               update_chisqr=update_chisqr,
907                               source=source)
[f32d144]908        else:
[f72333f]909            ## draw model 2D with no initial data
[ba1f0b2]910            self._draw_model2D(model=model,
[66ff250]911                                page_id=page_id,
[67e258c]912                                data=data,
913                                enable2D=enable2D,
914                                smearer=smearer,
915                                qmin=qmin,
916                                qmax=qmax,
[f64a4b7]917                                fid=fid,
[d682c92]918                                weight=weight,
[5ef55d2]919                                state=state,
[fa65e99]920                                toggle_mode_on=toggle_mode_on,
[e3f6ef5]921                                update_chisqr=update_chisqr,
922                                source=source)
[2db1d66]923           
[922497f]924    def onFit(self, uid):
[ca7a626]925        """
[2dbffcc]926        Get series of data, model, associates parameters and range and send then
[f32d144]927        to  series of fit engines. Fit data and model, display result to
928        corresponding panels.
[2dbffcc]929        :param uid: id related to the panel currently calling this fit function.
[ca7a626]930        """
[31469d50]931        flag = True
[f32d144]932        ##  count the number of fitproblem schedule to fit
[67e258c]933        fitproblem_count = 0
[66ff250]934        for value in self.page_finder.values():
[67e258c]935            if value.get_scheduled() == 1:
[bb18ef1]936                fitproblem_count += 1
[f32d144]937        self._gui_engine = self._return_engine_type()
938        self.fitproblem_count = fitproblem_count
[67e258c]939        if self._fit_engine == "park":
940            engineType = "Simultaneous Fit"
[ca7a626]941        else:
[67e258c]942            engineType = "Single Fit"
[f32d144]943        fitter_list = []
944        sim_fitter = None
[284f6fe]945        is_single_fit = True
[fa02d95]946        batch_on = False
[922497f]947        if self.sim_page is not None and self.sim_page.uid == uid:
[f32d144]948            #simulatanous fit only one engine need to be created
[284f6fe]949            ## if simultaneous fit change automatically the engine to park
[f32d144]950            self._on_change_engine(engine='park')
951            sim_fitter = Fit(self._fit_engine)
[fa02d95]952            sim_fitter.fitter_id = self.sim_page.uid
[f32d144]953            fitter_list.append(sim_fitter)
[284f6fe]954            is_single_fit = False
[fa02d95]955            batch_on = self.sim_page.batch_on
[7db52f1]956           
[f32d144]957        self.fitproblem_count = fitproblem_count
[284f6fe]958        if self._fit_engine == "park":
959            engineType = "Simultaneous Fit"
960        else:
961            engineType = "Single Fit"
[922497f]962       
[67e258c]963        self.current_pg = None
[66ff250]964        list_page_id = []
[922497f]965        fit_id = 0
[33dd2e5]966        batch_inputs = {}
967        batch_outputs = {}
[66ff250]968        for page_id, value in self.page_finder.iteritems():
[dc613d6]969            # For simulfit (uid give with None), do for-loop
970            # if uid is specified (singlefit), do it only on the page.
971            if engineType == "Single Fit":
[fa02d95]972                #combine more than 1 batch page on single mode
973                if self.batch_page is None or self.batch_page.uid != uid:
974                    if page_id != uid:
975                        continue
[d89f09b]976            try:
[67e258c]977                if value.get_scheduled() == 1:
[f64a4b7]978                    value.nbr_residuals_computed = 0
[f93dfcb]979                    #Get list of parameters name to fit
[d89f09b]980                    pars = []
981                    templist = []
[66ff250]982                    page = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id)
[f32d144]983                    self.set_fit_weight(uid=page.uid,
[7ee79cb]984                                     flag=page.get_weight_flag(),
[f32d144]985                                     is2d=page._is_2D())
[3b19ac9]986                    templist = page.get_param_list()
[f32d144]987                    flag = page._update_paramv_on_fit()
[31469d50]988                    if not flag:
989                        msg = "Fitting range or parameter values are"
[f32d144]990                        msg += " invalid in %s" % \
[31469d50]991                                    page.window_caption
[f32d144]992                        wx.PostEvent(page.parent.parent,
993                                     StatusEvent(status=msg, info="error",
[31469d50]994                                     type="stop"))
995                        return flag
[d89f09b]996                    for element in templist:
[513115c]997                        name = str(element[1])
[ca7a626]998                        pars.append(name)
[7bd6cfae]999                    fitproblem_list = value.values()
1000                    for fitproblem in  fitproblem_list:
[922497f]1001                        if sim_fitter is None:
[f32d144]1002                            fitter = Fit(self._fit_engine)
[fa02d95]1003                            fitter.fitter_id = page_id
[f32d144]1004                            self._fit_helper(fitproblem=fitproblem,
1005                                             pars=pars,
1006                                             fitter=fitter,
1007                                             fit_id=fit_id,
1008                                             batch_inputs=batch_inputs,
1009                                             batch_outputs=batch_outputs)
1010                            fitter_list.append(fitter)
[922497f]1011                        else:
1012                            fitter = sim_fitter
[f32d144]1013                            self._fit_helper(fitproblem=fitproblem,
1014                                             pars=pars,
1015                                             fitter=fitter,
1016                                             fit_id=fit_id,
1017                                             batch_inputs=batch_inputs,
1018                                             batch_outputs=batch_outputs)
[922497f]1019                        fit_id += 1
[66ff250]1020                    list_page_id.append(page_id)
1021                    current_page_id = page_id
[922497f]1022                    value.clear_model_param()
[d89f09b]1023            except:
[31469d50]1024                flag = False
[f32d144]1025                msg = "%s error: %s" % (engineType, sys.exc_value)
[ba1f0b2]1026                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="error",
1027                                                      type="stop"))
[31469d50]1028                return flag
[e54d2c32]1029        ## If a thread is already started, stop it
1030        #if self.calc_fit!= None and self.calc_fit.isrunning():
1031        #    self.calc_fit.stop()
[a2cb1f9]1032        msg = "Fitting is in progress..."
[f32d144]1033        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="progress"))
[a2cb1f9]1034       
1035        #Handler used for park engine displayed message
[66ff250]1036        handler = ConsoleUpdate(parent=self.parent,
1037                                manager=self,
1038                                improvement_delta=0.1)
[f6aee42]1039        self._mac_sleep(0.2)
[e54d2c32]1040        ## perform single fit
[05fb6d12]1041        try:
1042            page = self.fit_panel.get_page_by_id(uid)
1043            batch_on = page.batch_on
1044        except:
[fa02d95]1045            try:
[f32d144]1046                #if the id cannot be found then  we deal with a self.sim_page
[fa02d95]1047                #or a self.batch_page
1048                if self.sim_page is not None and uid == self.sim_page.uid:
[7b1ca97]1049                    batch_on = self.sim_page.batch_on
[fa02d95]1050                if self.batch_page is not None and uid == self.batch_page.uid:
[7b1ca97]1051                    batch_on = self.batch_page.batch_on
[fa02d95]1052            except:
[f32d144]1053                batch_on = False
1054
[05fb6d12]1055        # batch fit
1056        if batch_on:
[f32d144]1057            calc_fit = FitThread(handler=handler,
1058                                 fn=fitter_list,
1059                                 pars=pars,
1060                                 batch_inputs=batch_inputs,
1061                                 batch_outputs=batch_outputs,
1062                                 page_id=list_page_id,
1063                                 completefn=self._batch_fit_complete,
1064                                 ftol=self.ftol,
1065                                 reset_flag=self.batch_reset_flag)
[e54d2c32]1066        else:
[f32d144]1067            # single fit: not batch and not simul fit
[92a5ac92]1068            if not is_single_fit:
1069                current_page_id = self.sim_page.uid
[e54d2c32]1070            ## Perform more than 1 fit at the time
[58e0c83]1071            calc_fit = FitThread(handler=handler,
[cc31608]1072                                    fn=fitter_list,
[33dd2e5]1073                                    batch_inputs=batch_inputs,
1074                                    batch_outputs=batch_outputs,
[66ff250]1075                                    page_id=list_page_id,
[2296316]1076                                    updatefn=handler.update_fit,
[6a4002d]1077                                    completefn=self._fit_completed,
[2296316]1078                                    ftol=self.ftol)
[66ff250]1079        self.fit_thread_list[current_page_id] = calc_fit
[a2cb1f9]1080        calc_fit.queue()
[cc31608]1081        msg = "Fitting is in progress..."
[f32d144]1082        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="progress"))
[cc31608]1083       
1084        self.ready_fit(calc_fit=calc_fit)
[31469d50]1085        return flag
1086   
[662da312]1087    def ready_fit(self, calc_fit):
[c660493]1088        """
1089        Ready for another fit
1090        """
1091        if self.fitproblem_count != None and self.fitproblem_count > 1:
[662da312]1092            calc_fit.ready(2.5)
[c660493]1093        else:
1094            time.sleep(0.4)
[2f189dc]1095           
[2dbffcc]1096    def remove_plot(self, uid, fid=None, theory=False):
[2f189dc]1097        """
[5062bbf]1098        remove model plot when a fit page is closed
[2dbffcc]1099        :param uid: the id related to the fitpage to close
1100        :param fid: the id of the fitproblem(data, model, range,etc)
[2f189dc]1101        """
[2dbffcc]1102        if uid not in self.page_finder.keys():
1103            return
1104        fitproblemList = self.page_finder[uid].get_fit_problem(fid)
1105        for fitproblem in fitproblemList:
1106            data = fitproblem.get_fit_data()
1107            model = fitproblem.get_model()
1108            plot_id = None
1109            if model is not None:
[6d8bad4]1110                plot_id = data.id + model.name
[2dbffcc]1111            if theory:
[e1bc51d]1112                plot_id = data.id + model.name
[2dbffcc]1113            group_id = data.group_id
1114            wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(id=plot_id,
[f32d144]1115                                                   group_id=group_id,
1116                                                   action='remove'))
[edcbd467]1117           
[2dbffcc]1118    def store_data(self, uid, data_list=None, caption=None):
[31b0c47]1119        """
[2dbffcc]1120        Recieve a list of data and store them ans well as a caption of
1121        the fit page where they come from.
1122        :param uid: if related to a fit page
1123        :param data_list: list of data to fit
1124        :param caption: caption of the window related to these data
[31b0c47]1125        """
[cc31608]1126        if data_list is None:
1127            data_list = []
[f7ef313]1128       
[2dbffcc]1129        self.page_finder[uid].set_fit_data(data=data_list)
1130        if caption is not None:
1131            self.page_finder[uid].set_fit_tab_caption(caption=caption)
[f7ef313]1132           
[6bbeacd4]1133    def on_add_new_page(self, event=None):
[edcbd467]1134        """
[6bbeacd4]1135        ask fit panel to create a new empty page
[edcbd467]1136        """
1137        try:
[6bbeacd4]1138            page = self.fit_panel.add_empty_page()
[6450d8c]1139            # add data associated to the page created
[f32d144]1140            if page != None:
[f304194]1141                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Page Created",
[31b0c47]1142                                               info="info"))
[edcbd467]1143            else:
[f304194]1144                msg = "Page was already Created"
[a0da535]1145                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg,
1146                                                       info="warning"))
[1b1bbf9]1147            self.set_top_panel()
[edcbd467]1148        except:
[2dbffcc]1149            msg = "Creating Fit page: %s"%sys.exc_value
1150            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="error"))
[6bbeacd4]1151       
1152    def add_fit_page(self, data):
1153        """
1154        given a data, ask to the fitting panel to create a new fitting page,
1155        get this page and store it into the page_finder of this plug-in
[2dbffcc]1156        :param data: is a list of data
[6bbeacd4]1157        """
1158        page = self.fit_panel.set_data(data)
[7f76f89]1159        # page could be None when loading state files
1160        if page == None:
1161            return page
[6bbeacd4]1162        #append Data1D to the panel containing its theory
1163        #if theory already plotted
[66ff250]1164        if page.uid in self.page_finder:
[cc31608]1165            data = page.get_data()
[2dbffcc]1166            theory_data = self.page_finder[page.uid].get_theory_data(data.id)
[6bbeacd4]1167            if issubclass(data.__class__, Data2D):
[e88ebfd]1168                data.group_id = wx.NewId()
[a5701e6]1169                if theory_data is not None:
[66ff250]1170                    group_id = str(page.uid) + " Model1D"
[f32d144]1171                    wx.PostEvent(self.parent,
[a5701e6]1172                             NewPlotEvent(group_id=group_id,
1173                                               action="delete"))
[0fd2f27]1174                    self.parent.update_data(prev_data=theory_data,
[f32d144]1175                                             new_data=data)
[6bbeacd4]1176            else:
1177                if theory_data is not None:
[66ff250]1178                    group_id = str(page.uid) + " Model2D"
[e88ebfd]1179                    data.group_id = theory_data.group_id
[a5701e6]1180                    wx.PostEvent(self.parent, 
1181                             NewPlotEvent(group_id=group_id,
1182                                               action="delete"))
[0fd2f27]1183                    self.parent.update_data(prev_data=theory_data,
[f32d144]1184                                             new_data=data)
1185        self.store_data(uid=page.uid, data_list=page.get_data_list(),
[2dbffcc]1186                        caption=page.window_caption)
[33dd2e5]1187        if self.sim_page is not None and not self.batch_on:
[6bbeacd4]1188            self.sim_page.draw_page()
[fa02d95]1189        if self.batch_page is not None and self.batch_on:
1190            self.batch_page.draw_page()
1191           
[1b1bbf9]1192        return page
[6bbeacd4]1193           
[848a2ef]1194    def _onEVT_SLICER_PANEL(self, event):
1195        """
[f32d144]1196        receive and event telling to update a panel with a name starting with
1197        event.panel_name. this method update slicer panel
[2e08a9f]1198        for a given interactor.
[5062bbf]1199       
[f32d144]1200        :param event: contains type of slicer , paramaters for updating
[2e08a9f]1201            the panel and panel_name to find the slicer 's panel concerned.
[848a2ef]1202        """
1203        for item in self.parent.panels:
[0fd2f27]1204            name = event.panel_name
1205            if self.parent.panels[item].window_caption.startswith(name):
[848a2ef]1206                self.parent.panels[item].set_slicer(event.type, event.params)
[df4c3ad]1207               
1208        self.parent._mgr.Update()
[b324aa9]1209   
[f32d144]1210    def _closed_fitpage(self, event):
[848a2ef]1211        """
[f32d144]1212        request fitpanel to close a given page when its unique data is removed
[5062bbf]1213        from the plot. close fitpage only when the a loaded data is removed
[f32d144]1214        """
[784e2fa]1215        if event is None or event.data is None:
1216            return
[f32d144]1217        if hasattr(event.data, "is_data"):
[a0da535]1218            if not event.data.is_data or \
[66ff250]1219                event.data.__class__.__name__ == "Data1D":
[f32d144]1220                self.fit_panel.close_page_with_data(event.data)
[2dbffcc]1221 
[dc613d6]1222    def _reset_schedule_problem(self, value=0, uid=None):
[6f023e8]1223        """
[5062bbf]1224        unschedule or schedule all fitproblem to be fit
[6f023e8]1225        """
[dc613d6]1226        # case that uid is not specified
1227        if uid == None:
1228            for page_id in self.page_finder.keys():
1229                self.page_finder[page_id].schedule_tofit(value)
1230        # when uid is given
1231        else:
[2dbffcc]1232            if uid in self.page_finder.keys():
1233                self.page_finder[uid].schedule_tofit(value)
[dc613d6]1234               
[33dd2e5]1235    def _fit_helper(self, fitproblem, pars, fitter, fit_id,
1236                    batch_inputs, batch_outputs):
[2140e68]1237        """
[2dbffcc]1238        Create and set fit engine with series of data and model
1239        :param pars: list of fittable parameters
1240        :param fitter_list: list of fit engine
[f32d144]1241        :param value:  structure storing data mapped to their model, range etc.
[2140e68]1242        """
[922497f]1243        data = fitproblem.get_fit_data()
1244        model = fitproblem.get_model()
1245        smearer = fitproblem.get_smearer()
1246        qmin, qmax = fitproblem.get_range()
[29a4024]1247
[922497f]1248        #Extra list of parameters and their constraints
1249        listOfConstraint = []
1250        param = fitproblem.get_model_param()
1251        if len(param) > 0:
1252            for item in param:
1253                ## check if constraint
1254                if item[0] != None and item[1] != None:
[f32d144]1255                    listOfConstraint.append((item[0], item[1]))
1256        new_model = model
[41661a0]1257        fitter.set_model(new_model, fit_id, pars, data=data,
1258                         constraints=listOfConstraint)
[f32d144]1259        fitter.set_data(data=data, id=fit_id, smearer=smearer, qmin=qmin,
[922497f]1260                        qmax=qmax)
1261        fitter.select_problem_for_fit(id=fit_id, value=1)
[7bd6cfae]1262       
[f32d144]1263    def _onSelect(self, event):
1264        """
1265        when Select data to fit a new page is created .Its reference is
[5062bbf]1266        added to self.page_finder
[d89f09b]1267        """
[c77d859]1268        self.panel = event.GetEventObject()
[67e258c]1269        Plugin.on_perspective(self, event=event)
[5e48acb]1270        self.select_data(self.panel)
1271       
1272    def select_data(self, panel):
1273        """
1274        """
1275        self.panel = panel
[6ed82c7]1276        for plottable in self.panel.graph.plottables:
[2fff4db]1277            if plottable.__class__.__name__ in ["Data1D", "Theory1D"]:
[3831ea1e]1278                data_id = self.panel.graph.selected_plottable
1279                if plottable == self.panel.plots[data_id]:
[6bbeacd4]1280                    data = plottable
[cc31608]1281                    self.add_fit_page(data=[data])
[edcbd467]1282                    return
[c77d859]1283            else:
[6bbeacd4]1284                data = plottable
[cc31608]1285                self.add_fit_page(data=[data])
[1b1bbf9]1286        self.set_top_panel()
[1c1436d]1287           
[66ff250]1288    def update_fit(self, result=None, msg=""):
1289        """
1290        """
1291        print "update_fit result", result
1292       
[f32d144]1293    def _batch_fit_complete(self, result, pars, page_id,
[33dd2e5]1294                            batch_outputs, batch_inputs, elapsed=None):
[cc31608]1295        """
[f32d144]1296        Display fit result in batch
[2dbffcc]1297        :param result: list of objects received fromt fit engines
1298        :param pars: list of  fitted parameters names
1299        :param page_id: list of page ids which called fit function
1300        :param elapsed: time spent at the fitting level
[cc31608]1301        """
[92a5ac92]1302        self._mac_sleep(0.2)
1303        uid = page_id[0]
1304        if uid in self.fit_thread_list.keys():
[f32d144]1305            del self.fit_thread_list[uid]
[92a5ac92]1306         
[cc31608]1307        self._update_fit_button(page_id)
[2bb37c3]1308        t1 = time.time()
1309        str_time = time.strftime("%a, %d %b %Y %H:%M:%S ", time.localtime(t1))
1310        msg = "Fit completed on %s \n" % str_time
1311        msg += "Duration time: %s s.\n" % str(elapsed)
[cc31608]1312        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="info",
[f32d144]1313                                              type="stop"))
[fa02d95]1314       
[33dd2e5]1315        if batch_outputs is None:
1316            batch_outputs = {}
[fa02d95]1317       
1318        # format batch_outputs
1319        batch_outputs["Chi2"] = []
1320        #Don't like these loops
[f32d144]1321        # Need to create dictionary of all fitted parameters
[fa02d95]1322        # since the number of parameters can differ between each fit result
1323        for list_res in result:
1324            for res in list_res:
1325                model, data = res.inputs[0]
1326                if model is not None and hasattr(model, "model"):
1327                    model = model.model
1328                #get all fittable parameters of the current model
1329                for param in  model.getParamList():
1330                    if param  not in batch_outputs.keys():
1331                        batch_outputs[param] = []
1332                for param in model.getDispParamList():
1333                    if not model.is_fittable(param) and \
1334                        param in batch_outputs.keys():
1335                        del batch_outputs[param]
1336                # Add fitted parameters and their error
1337                for param in res.param_list:
1338                    if param not in batch_outputs.keys():
1339                        batch_outputs[param] = []
1340                    err_param = "error on %s" % str(param)
1341                    if err_param not in batch_inputs.keys():
1342                        batch_inputs[err_param] = []
1343        msg = ""
1344        for list_res in result:
1345            for res in list_res:
1346                pid = res.fitter_id
1347                model, data = res.inputs[0]
1348                correct_result = False
1349                if model is not None and hasattr(model, "model"):
1350                    model = model.model
1351                if data is not None and hasattr(data, "sans_data"):
1352                    data = data.sans_data
1353               
1354                is_data2d = issubclass(data.__class__, Data2D)
1355                #check consistency of arrays
1356                if not is_data2d:
1357                    if len(res.theory) == len(res.index[res.index]) and \
1358                        len(res.index) == len(data.y):
[46c4ccb]1359                        correct_result = True
[fa02d95]1360                else:
1361                    copy_data = deepcopy(data)
1362                    new_theory = copy_data.data
1363                    new_theory[res.index] = res.theory
[f32d144]1364                    new_theory[res.index == False] = numpy.nan
[fa02d95]1365                    correct_result = True
1366                #get all fittable parameters of the current model
1367                param_list = model.getParamList()
1368                for param in model.getDispParamList():
1369                    if not model.is_fittable(param) and \
1370                        param in param_list:
[f32d144]1371                        param_list.remove(param)
[fa02d95]1372                if not correct_result or res.fitness is None or \
1373                    not numpy.isfinite(res.fitness) or \
1374                    numpy.any(res.pvec == None) or not \
1375                    numpy.all(numpy.isfinite(res.pvec)):
1376                    data_name = str(None)
1377                    if data is not None:
1378                        data_name = str(data.name)
1379                    model_name = str(None)
1380                    if model is not None:
1381                        model_name = str(model.name)
[f32d144]1382                    msg += "Data %s and Model %s did not fit.\n" % (data_name,
[fa02d95]1383                                                                    model_name)
1384                    ERROR = numpy.NAN
1385                    cell = BatchCell()
1386                    cell.label = res.fitness
1387                    cell.value = res.fitness
1388                    batch_outputs["Chi2"].append(ERROR)
1389                    for param in param_list:
1390                        # save value of  fixed parameters
1391                        if param not in res.param_list:
1392                            batch_outputs[str(param)].append(ERROR)
1393                        else:
[4a52223]1394                            #save only fitted values
[fa02d95]1395                            batch_outputs[param].append(ERROR)
1396                            batch_inputs["error on %s" % str(param)].append(ERROR)
1397                else:
[f32d144]1398                    # ToDo: Why sometimes res.pvec comes with numpy.float64?
[26e1001]1399                    # Need to fix it within ScipyEngine
[f32d144]1400                    if res.pvec.__class__ == numpy.float64:
[26e1001]1401                        res.pvec = [res.pvec]
1402                       
[fa02d95]1403                    cell = BatchCell()
1404                    cell.label = res.fitness
1405                    cell.value = res.fitness
1406                    batch_outputs["Chi2"].append(cell)
1407                    # add parameters to batch_results
1408                    for param in param_list:
1409                        # save value of  fixed parameters
1410                        if param not in res.param_list:
1411                            batch_outputs[str(param)].append(model.getParam(param))
1412                        else:
1413                            index = res.param_list.index(param)
[47d9be79]1414                            #save only fitted values
[fa02d95]1415                            batch_outputs[param].append(res.pvec[index])
1416                            if res.stderr is not None and \
1417                                len(res.stderr) == len(res.param_list):
[15f68ce]1418                                item = res.stderr[index]
[fa02d95]1419                                batch_inputs["error on %s" % param].append(item)
[356d2d3]1420                            else:
1421                                batch_inputs["error on %s" % param].append('-')
[fa02d95]1422                            model.setParam(param, res.pvec[index])
[f32d144]1423                #fill the batch result with emtpy value if not in the current
[fa02d95]1424                #model
1425                EMPTY = "-"
1426                for key in batch_outputs.keys():
1427                    if key not in param_list and key not in ["Chi2", "Data"]:
1428                        batch_outputs[key].append(EMPTY)
1429                               
1430                self.page_finder[pid].set_batch_result(batch_inputs=batch_inputs,
[f32d144]1431                                                       batch_outputs=batch_outputs)
[fa02d95]1432               
1433                cpage = self.fit_panel.get_page_by_id(pid)
1434                cpage._on_fit_complete()
1435                self.page_finder[pid][data.id].set_result(res)
1436                fitproblem = self.page_finder[pid][data.id]
1437                qmin, qmax = fitproblem.get_range()
[a5f6748]1438                plot_result = False
1439                if correct_result:
[fa02d95]1440                    if not is_data2d:
[f32d144]1441                        self._complete1D(x=data.x, y=res.theory, page_id=pid,
1442                                         elapsed=None,
1443                                         index=res.index, model=model,
1444                                         weight=None, fid=data.id,
1445                                         toggle_mode_on=False, state=None,
1446                                         data=data, update_chisqr=False,
1447                                         source='fit', plot_result=plot_result)
[fa02d95]1448                    else:
1449                        self._complete2D(image=new_theory, data=data,
[f32d144]1450                                         model=model,
1451                                         page_id=pid, elapsed=None,
1452                                         index=res.index,
1453                                         qmin=qmin,
1454                                         qmax=qmax, fid=data.id, weight=None,
1455                                         toggle_mode_on=False, state=None,
1456                                         update_chisqr=False,
1457                                         source='fit', plot_result=plot_result)
1458                self.on_set_batch_result(page_id=pid,
1459                                         fid=data.id,
1460                                         batch_outputs=batch_outputs,
[fa02d95]1461                                         batch_inputs=batch_inputs)
[4a52223]1462       
[7643ba2]1463        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, error="error",
[f32d144]1464                                              type="stop"))
[1ac202f]1465        # Remove parameters that are not shown
1466        cpage = self.fit_panel.get_page_by_id(uid)
1467        tbatch_outputs = {}
1468        shownkeystr = cpage.get_copy_params()
1469        for key in batch_outputs.keys():
[f32d144]1470            if key in ["Chi2", "Data"] or shownkeystr.count(key) > 0:
[1ac202f]1471                tbatch_outputs[key] = batch_outputs[key]
1472               
[f32d144]1473        wx.CallAfter(self.parent.on_set_batch_result, tbatch_outputs,
1474                     batch_inputs, self.sub_menu)
[92a5ac92]1475       
[f64a4b7]1476    def on_set_batch_result(self, page_id, fid, batch_outputs, batch_inputs):
1477        """
1478        """
[f32d144]1479        pid = page_id
[f64a4b7]1480        if fid not in self.page_finder[pid]:
1481            return
1482        fitproblem = self.page_finder[pid][fid]
1483        index = self.page_finder[pid].nbr_residuals_computed - 1
[f32d144]1484        residuals = fitproblem.get_residuals()
[f64a4b7]1485        theory_data = fitproblem.get_theory_data()
1486        data = fitproblem.get_fit_data()
1487        model = fitproblem.get_model()
1488        #fill batch result information
1489        if "Data" not in batch_outputs.keys():
1490            batch_outputs["Data"] = []
1491        from sans.guiframe.data_processor import BatchCell
[ec9a635]1492        cell = BatchCell()
1493        cell.label = data.name
1494        cell.value = index
[6b3edc1]1495       
[ec9a635]1496        if theory_data != None:
[6b3edc1]1497            #Suucessful fit
1498            theory_data.id = wx.NewId()
[b5fe787]1499            theory_data.name = model.name + "[%s]" % str(data.name)
[e80e704]1500            if issubclass(theory_data.__class__, Data2D):
1501                group_id = wx.NewId()
1502                theory_data.group_id = group_id
1503                if group_id not in theory_data.list_group_id:
1504                    theory_data.list_group_id.append(group_id)
1505               
[ec9a635]1506            try:
1507                # associate residuals plot
[e80e704]1508                if issubclass(residuals.__class__, Data2D):
1509                    group_id = wx.NewId()
1510                    residuals.group_id = group_id
1511                    if group_id not in residuals.list_group_id:
1512                        residuals.list_group_id.append(group_id)
[ec9a635]1513                batch_outputs["Chi2"][index].object = [residuals]
1514            except:
1515                pass
1516
1517        cell.object = [data, theory_data]
1518        batch_outputs["Data"].append(cell)
1519        for key, value in data.meta_data.iteritems():
1520            if key not in batch_inputs.keys():
1521                batch_inputs[key] = []
[98fdccd]1522            #if key.lower().strip() != "loader":
1523            batch_inputs[key].append(value)
[ec9a635]1524        param = "temperature"
1525        if hasattr(data.sample, param):
1526            if param not in  batch_inputs.keys():
[f32d144]1527                batch_inputs[param] = []
[ec9a635]1528            batch_inputs[param].append(data.sample.temperature)
1529       
[6a4002d]1530    def _fit_completed(self, result, page_id, batch_outputs,
[f32d144]1531                       batch_inputs=None, pars=None, elapsed=None):
[c77d859]1532        """
[2dbffcc]1533        Display result of the fit on related panel(s).
1534        :param result: list of object generated when fit ends
1535        :param pars: list of names of parameters fitted
1536        :param page_id: list of page ids which called fit function
1537        :param elapsed: time spent at the fitting level
[c77d859]1538        """
[2bb37c3]1539        t1 = time.time()
1540        str_time = time.strftime("%a, %d %b %Y %H:%M:%S ", time.localtime(t1))
1541        msg = "Fit completed on %s \n" % str_time
1542        msg += "Duration time: %s s.\n" % str(elapsed)
1543        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="info",
1544                                                      type="stop"))
[bb8a180]1545        # reset fit_engine if changed by simul_fit
1546        if self._fit_engine != self._gui_engine:
1547            self._on_change_engine(self._gui_engine)
[2bb37c3]1548        self._update_fit_button(page_id)
[922497f]1549        result = result[0]
[dc613d6]1550        self.fit_thread_list = {}
[66ff250]1551        if page_id is None:
1552            page_id = []
[f32d144]1553        ## fit more than 1 model at the same time
1554        self._mac_sleep(0.2)
[ca7a626]1555        try:
[6a4002d]1556            index = 0
1557            for uid in page_id:
1558                res = result[index]
[7643ba2]1559                if res.fitness is None or \
[6a4002d]1560                    not numpy.isfinite(res.fitness) or \
1561                    numpy.any(res.pvec == None) or \
1562                    not numpy.all(numpy.isfinite(res.pvec)):
1563                    msg = "Fitting did not converge!!!"
[f32d144]1564                    wx.PostEvent(self.parent,
1565                             StatusEvent(status=msg,
[6a4002d]1566                                         info="warning",
1567                                         type="stop"))
1568                    self._update_fit_button(page_id)
1569                else:
[0438933]1570                    #set the panel when fit result are float not list
[f32d144]1571                    if res.pvec.__class__ == numpy.float64:
[0438933]1572                        pvec = [res.pvec]
1573                    else:
1574                        pvec = res.pvec
[f32d144]1575                    if res.stderr.__class__ == numpy.float64:
[0438933]1576                        stderr = [res.stderr]
1577                    else:
1578                        stderr = res.stderr
[7643ba2]1579                    cpage = self.fit_panel.get_page_by_id(uid)
[f32d144]1580                    # Make sure we got all results
[7643ba2]1581                    #(CallAfter is important to MAC)
[8b1d759]1582                    try:
1583                        #if res != None:
[f32d144]1584                        wx.CallAfter(cpage.onsetValues, res.fitness,
1585                                     res.param_list,
[8b1d759]1586                                     pvec, stderr)
1587                        index += 1
1588                        wx.CallAfter(cpage._on_fit_complete)
1589                    except:
[2d0756a5]1590                        msg = "Singular point: Fitting Error occurred."
[f32d144]1591                        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg,
1592                                                              info="error",
1593                                                              type="stop"))
[8b1d759]1594                   
[6a4002d]1595        except:
[d7345b71]1596            msg = "Fit completed but Following"
[6a4002d]1597            msg += " error occurred:%s" % sys.exc_value
[2296316]1598            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="error",
1599                                                  type="stop"))
[6a4002d]1600           
[12cd4ec]1601    def _update_fit_button(self, page_id):
1602        """
1603        Update Fit button when fit stopped
1604       
1605        : parameter page_id: fitpage where the button is
1606        """
[37290c4]1607        if page_id.__class__.__name__ != 'list':
1608            page_id = [page_id]
[f32d144]1609        for uid in page_id:
[12cd4ec]1610            page = self.fit_panel.get_page_by_id(uid)
1611            page._on_fit_complete()
1612       
[c77d859]1613    def _on_show_panel(self, event):
[5062bbf]1614        """
1615        """
1616        pass
[da6fd1a]1617   
1618    def on_reset_batch_flag(self, event):
1619        """
1620        Set batch_reset_flag
1621        """
1622        event.Skip()
[dafc36f]1623        if self.menu1 == None:
1624            return
[da6fd1a]1625        menu_item = self.menu1.FindItemById(self.id_reset_flag)
1626        flag = menu_item.IsChecked()
1627        if not flag:
1628            menu_item.Check(False)
1629            self.batch_reset_flag = True
1630        else:
1631            menu_item.Check(True)
1632            self.batch_reset_flag = False
[5062bbf]1633       
[da6fd1a]1634        ## post a message to status bar
1635        msg = "Set Chain Fitting: %s" % str(not self.batch_reset_flag)
[f32d144]1636        wx.PostEvent(self.parent,
[da6fd1a]1637                     StatusEvent(status=msg))
1638
[f32d144]1639    def _onset_engine_park(self, event):
[c77d859]1640        """
[5062bbf]1641        set engine to park
[c77d859]1642        """
1643        self._on_change_engine('park')
1644       
[f32d144]1645    def _onset_engine_scipy(self, event):
[c77d859]1646        """
[5062bbf]1647        set engine to scipy
[c77d859]1648        """
1649        self._on_change_engine('scipy')
1650       
1651    def _on_slicer_event(self, event):
1652        """
[f32d144]1653        Receive a panel as event and send it to guiframe
[5062bbf]1654       
1655        :param event: event containing a panel
1656       
[c77d859]1657        """
[5062bbf]1658        if event.panel is not None:
[c77d859]1659            new_panel = event.panel
[c3435b7f]1660            self.slicer_panels.append(event.panel)
[c77d859]1661            # Set group ID if available
1662            event_id = self.parent.popup_panel(new_panel)
1663            new_panel.uid = event_id
[f32d144]1664            self.mypanels.append(new_panel)
[5062bbf]1665       
[848a2ef]1666    def _onclearslicer(self, event):
1667        """
[5062bbf]1668        Clear the boxslicer when close the panel associate with this slicer
[848a2ef]1669        """
[f32d144]1670        name = event.GetPane().caption
[c3435b7f]1671   
1672        for panel in self.slicer_panels:
[f32d144]1673            if panel.window_caption == name:
[c3435b7f]1674               
[df4c3ad]1675                for item in self.parent.panels:
[2dbffcc]1676                    if hasattr(self.parent.panels[item], "uid"):
[f32d144]1677                        if self.parent.panels[item].uid == panel.base.uid:
[df4c3ad]1678                            self.parent.panels[item].onClearSlicer(event)
1679                            self.parent._mgr.Update()
[f32d144]1680                            break
[c3435b7f]1681                break
[5062bbf]1682   
[707436d]1683    def _return_engine_type(self):
1684        """
[5062bbf]1685        return the current type of engine
[707436d]1686        """
1687        return self._fit_engine
1688     
[c77d859]1689    def _on_change_engine(self, engine='park'):
1690        """
[f32d144]1691        Allow to select the type of engine to perform fit
[5062bbf]1692       
1693        :param engine: the key work of the engine
1694       
[c77d859]1695        """
[77e23a2]1696        ## saving fit engine name
[c77d859]1697        self._fit_engine = engine
[707436d]1698        ## change menu item state
[2dbffcc]1699        if engine == "park":
[0b6ae5f]1700            self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(True)
1701            self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(False)
[707436d]1702        else:
[0b6ae5f]1703            self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(False)
1704            self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(True)
[77e23a2]1705        ## post a message to status bar
[a0da535]1706        msg = "Engine set to: %s" % self._fit_engine
[f32d144]1707        wx.PostEvent(self.parent,
[a0da535]1708                     StatusEvent(status=msg))
[66ff250]1709        ## send the current engine type to fitpanel
1710        self.fit_panel._on_engine_change(name=self._fit_engine)
[dc613d6]1711
[c77d859]1712    def _on_model_panel(self, evt):
1713        """
[5062bbf]1714        react to model selection on any combo box or model menu.plot the model 
1715       
1716        :param evt: wx.combobox event
1717       
[c77d859]1718        """
1719        model = evt.model
[f32d144]1720        uid = evt.uid
[6bbeacd4]1721        qmin = evt.qmin
1722        qmax = evt.qmax
[2dbffcc]1723        caption = evt.caption
1724        enable_smearer = evt.enable_smearer
[9237df4]1725        if model == None:
[c77d859]1726            return
[2dbffcc]1727        if uid not in self.page_finder.keys():
1728            return
[6bbeacd4]1729        # save the name containing the data name with the appropriate model
[66ff250]1730        self.page_finder[uid].set_model(model)
[2dbffcc]1731        self.page_finder[uid].enable_smearing(enable_smearer)
[66ff250]1732        self.page_finder[uid].set_range(qmin=qmin, qmax=qmax)
[2dbffcc]1733        self.page_finder[uid].set_fit_tab_caption(caption=caption)
[33dd2e5]1734        if self.sim_page is not None and not self.batch_on:
[6bbeacd4]1735            self.sim_page.draw_page()
[fa02d95]1736        if self.batch_page is not None and self.batch_on:
1737            self.batch_page.draw_page()
[5062bbf]1738       
[2dbffcc]1739    def _update1D(self, x, output):
[bb18ef1]1740        """
[5062bbf]1741        Update the output of plotting model 1D
[bb18ef1]1742        """
[58e0c83]1743        msg = "Plot updating ... "
[f32d144]1744        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="update"))
[e575db9]1745       
[ad3fa1e]1746    def _complete1D(self, x, y, page_id, elapsed, index, model,
[f64a4b7]1747                    weight=None, fid=None,
[f32d144]1748                    toggle_mode_on=False, state=None,
1749                    data=None, update_chisqr=True,
[a5f6748]1750                    source='model', plot_result=True):
[c77d859]1751        """
[5062bbf]1752        Complete plotting 1D data
[f32d144]1753        """
[c77d859]1754        try:
[1ec979d]1755            numpy.nan_to_num(y)
1756           
[6bbeacd4]1757            new_plot = Data1D(x=x, y=y)
[dce84c0]1758            new_plot.is_data = False
[55d2f7e]1759            new_plot.dy = numpy.zeros(len(y))
[6bbeacd4]1760            new_plot.symbol = GUIFRAME_ID.CURVE_SYMBOL_NUM
[f32d144]1761            _yaxis, _yunit = data.get_yaxis()
1762            _xaxis, _xunit = data.get_xaxis()
[2dbffcc]1763            new_plot.title = data.name
[5e48acb]1764
[f32d144]1765            new_plot.group_id = data.group_id
[5e48acb]1766            if new_plot.group_id == None:
1767                new_plot.group_id = data.group_id
[f32d144]1768            new_plot.id = str(page_id) + "model-" + data.name
[a582d28]1769            #if new_plot.id in self.color_dict:
[f32d144]1770            #    new_plot.custom_color = self.color_dict[new_plot.id]
[6bbeacd4]1771            #find if this theory was already plotted and replace that plot given
1772            #the same id
[2dbffcc]1773            theory_data = self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data.id)
[71e5c11]1774           
1775            if data.is_data:
1776                data_name = str(data.name)
1777            else:
1778                data_name = str(model.__class__.__name__)
1779           
[f32d144]1780            new_plot.name = model.name + " [" + data_name +"]"
[6bbeacd4]1781            new_plot.xaxis(_xaxis, _xunit)
1782            new_plot.yaxis(_yaxis, _yunit)
[f32d144]1783            self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot,
[2e08a9f]1784                                                      fid=data.id)
[2dbffcc]1785            self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot,
[f32d144]1786                                       state=state)
[66ff250]1787            current_pg = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id)
[ae4ade7]1788            title = new_plot.title
[eb4f2fd]1789            batch_on = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id).batch_on
1790            if not batch_on:
1791                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot,
[2dbffcc]1792                                            title=str(title)))
[a5f6748]1793            elif plot_result:
[90a2358]1794                top_data_id = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id).data.id
1795                if data.id == top_data_id:
1796                    wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot,
[f32d144]1797                                            title=str(title)))
[2dbffcc]1798            caption = current_pg.window_caption
1799            self.page_finder[page_id].set_fit_tab_caption(caption=caption)
[7643ba2]1800           
[f32d144]1801            self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot,
[2dbffcc]1802                                                      fid=data.id)
1803            if toggle_mode_on:
[f32d144]1804                wx.PostEvent(self.parent,
[2dbffcc]1805                             NewPlotEvent(group_id=str(page_id) + " Model2D",
[f32d144]1806                                          action="Hide"))
[2296316]1807            else:
[2dbffcc]1808                if update_chisqr:
1809                    wx.PostEvent(current_pg,
[2e08a9f]1810                                 Chi2UpdateEvent(output=self._cal_chisqr(
1811                                                                data=data,
[f64a4b7]1812                                                                fid=fid,
[62f851f]1813                                                                weight=weight,
[2dbffcc]1814                                                            page_id=page_id,
1815                                                            index=index)))
1816                else:
[f64a4b7]1817                    self._plot_residuals(page_id=page_id, data=data, fid=fid,
[f32d144]1818                                         index=index, weight=weight)
[cfbd06a]1819
[d522635]1820            msg = "Computation  completed!"
[f32d144]1821            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="stop"))
[c77d859]1822        except:
[6bbeacd4]1823            raise
[5062bbf]1824   
[f32d144]1825    def _update2D(self, output, time=None):
[c77d859]1826        """
[5062bbf]1827        Update the output of plotting model
[c77d859]1828        """
[58e0c83]1829        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Plot \
[a0da535]1830        #updating ... ", type="update"))
[a2cb1f9]1831        #self.ready_fit()
[58e0c83]1832 
[f32d144]1833    def _complete2D(self, image, data, model, page_id, elapsed, index, qmin,
1834                qmax, fid=None, weight=None, toggle_mode_on=False, state=None,
[a5f6748]1835                     update_chisqr=True, source='model', plot_result=True):
[c77d859]1836        """
[5062bbf]1837        Complete get the result of modelthread and create model 2D
1838        that can be plot.
[c77d859]1839        """
[1ec979d]1840        numpy.nan_to_num(image)
[f32d144]1841        new_plot = Data2D(image=image, err_image=data.err_data)
[fa65e99]1842        new_plot.name = model.name
[818589a]1843        new_plot.title = "Analytical model 2D "
[2ee5c61]1844        new_plot.id = str(page_id) + "model-" + data.name
[f3242cf]1845        new_plot.group_id = str(page_id) + " Model2D"
[2dbffcc]1846        new_plot.detector = data.detector
1847        new_plot.source = data.source
[f32d144]1848        new_plot.is_data = False
[2dbffcc]1849        new_plot.qx_data = data.qx_data
1850        new_plot.qy_data = data.qy_data
1851        new_plot.q_data = data.q_data
1852        new_plot.mask = data.mask
1853        ## plot boundaries
1854        new_plot.ymin = data.ymin
1855        new_plot.ymax = data.ymax
1856        new_plot.xmin = data.xmin
1857        new_plot.xmax = data.xmax
1858        title = data.title
[71e5c11]1859       
[dce84c0]1860        new_plot.is_data = False
[71e5c11]1861        if data.is_data:
1862            data_name = str(data.name)
1863        else:
1864            data_name = str(model.__class__.__name__)
1865
1866        if len(title) > 1:
1867            new_plot.title = "Model2D for " + data_name
[53cf669]1868        new_plot.name = model.name + " [" + \
[71e5c11]1869                                    data_name + "-2D]"
[fa65e99]1870        theory_data = deepcopy(new_plot)
[5ef55d2]1871        theory_data.name = "Unknown"
[6bbeacd4]1872       
[f32d144]1873        self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=theory_data,
1874                                                  fid=data.id)
1875        self.parent.update_theory(data_id=data.id,
[05319e2]1876                                       theory=new_plot,
[f32d144]1877                                       state=state)
[66ff250]1878        current_pg = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id)
[ae4ade7]1879        title = new_plot.title
[a5f6748]1880        if not source == 'fit' and plot_result:
[763bec8]1881            wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot,
[ae4ade7]1882                                               title=title))
[2dbffcc]1883        if toggle_mode_on:
[f32d144]1884            wx.PostEvent(self.parent,
[2dbffcc]1885                             NewPlotEvent(group_id=str(page_id) + " Model1D",
1886                                               action="Hide"))
[2296316]1887        else:
[2dbffcc]1888            # Chisqr in fitpage
1889            if update_chisqr:
1890                wx.PostEvent(current_pg,
1891                             Chi2UpdateEvent(output=self._cal_chisqr(data=data,
[62f851f]1892                                                                    weight=weight,
[f64a4b7]1893                                                                    fid=fid,
[2dbffcc]1894                                                         page_id=page_id,
1895                                                         index=index)))
1896            else:
[f64a4b7]1897                self._plot_residuals(page_id=page_id, data=data, fid=fid,
[62f851f]1898                                      index=index, weight=weight)
[d522635]1899        msg = "Computation  completed!"
[a0da535]1900        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="stop"))
[6bbeacd4]1901   
[2dbffcc]1902    def _draw_model2D(self, model, page_id, qmin,
1903                      qmax,
1904                      data=None, smearer=None,
[a0da535]1905                      description=None, enable2D=False,
[5ef55d2]1906                      state=None,
[f64a4b7]1907                      fid=None,
[62f851f]1908                      weight=None,
[fa65e99]1909                      toggle_mode_on=False,
[e3f6ef5]1910                       update_chisqr=True, source='model'):
[f93dfcb]1911        """
[5062bbf]1912        draw model in 2D
1913       
1914        :param model: instance of the model to draw
1915        :param description: the description of the model
1916        :param enable2D: when True allows to draw model 2D
1917        :param qmin: the minimum value to  draw model 2D
1918        :param qmax: the maximum value to draw model 2D
1919        :param qstep: the number of division of Qx and Qy of the model to draw
[f93dfcb]1920           
1921        """
[c77d859]1922        if not enable2D:
[2dbffcc]1923            return None
[c77d859]1924        try:
1925            from model_thread import Calc2D
1926            ## If a thread is already started, stop it
[a0da535]1927            if (self.calc_2D is not None) and self.calc_2D.isrunning():
[c77d859]1928                self.calc_2D.stop()
[f32d144]1929            self.calc_2D = Calc2D(model=model,
[a0da535]1930                                    data=data,
[66ff250]1931                                    page_id=page_id,
[a0da535]1932                                    smearer=smearer,
1933                                    qmin=qmin,
1934                                    qmax=qmax,
[62f851f]1935                                    weight=weight, 
[f64a4b7]1936                                    fid=fid,
[fa65e99]1937                                    toggle_mode_on=toggle_mode_on,
[5ef55d2]1938                                    state=state,
[2296316]1939                                    completefn=self._complete2D,
[e3f6ef5]1940                                    update_chisqr=update_chisqr, source=source)
[c77d859]1941            self.calc_2D.queue()
1942        except:
[6bbeacd4]1943            raise
[f72333f]1944
[f32d144]1945    def _draw_model1D(self, model, page_id, data,
[2dbffcc]1946                      qmin, qmax, smearer=None,
[5ef55d2]1947                state=None,
[62f851f]1948                weight=None,
[f32d144]1949                fid=None,
[e3f6ef5]1950                toggle_mode_on=False, update_chisqr=True, source='model',
[2296316]1951                enable1D=True):
[c77d859]1952        """
[5062bbf]1953        Draw model 1D from loaded data1D
1954       
1955        :param data: loaded data
1956        :param model: the model to plot
1957       
[c77d859]1958        """
1959        if not enable1D:
[f32d144]1960            return
[c77d859]1961        try:
1962            from model_thread import Calc1D
1963            ## If a thread is already started, stop it
[a0da535]1964            if (self.calc_1D is not None) and self.calc_1D.isrunning():
[c77d859]1965                self.calc_1D.stop()
[2dbffcc]1966            self.calc_1D = Calc1D(data=data,
[6bbeacd4]1967                                  model=model,
[66ff250]1968                                  page_id=page_id, 
[a0da535]1969                                  qmin=qmin,
1970                                  qmax=qmax,
1971                                  smearer=smearer,
[5ef55d2]1972                                  state=state,
[62f851f]1973                                  weight=weight,
[f64a4b7]1974                                  fid=fid,
[fa65e99]1975                                  toggle_mode_on=toggle_mode_on,
[2296316]1976                                  completefn=self._complete1D,
1977                                  #updatefn = self._update1D,
[e3f6ef5]1978                                  update_chisqr=update_chisqr,
1979                                  source=source)
[c77d859]1980            self.calc_1D.queue()
1981        except:
[a0da535]1982            msg = " Error occurred when drawing %s Model 1D: " % model.name
1983            msg += " %s" % sys.exc_value
1984            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg))
[2dbffcc]1985   
[f32d144]1986    def _cal_chisqr(self, page_id, data, weight, fid=None, index=None):
[f72333f]1987        """
[5062bbf]1988        Get handy Chisqr using the output from draw1D and 2D,
1989        instead of calling expansive CalcChisqr in guithread
[f72333f]1990        """
[f32d144]1991        data_copy = deepcopy(data)
[f72333f]1992        # default chisqr
1993        chisqr = None
[2dbffcc]1994        #to compute chisq make sure data has valid data
[f72333f]1995        # return None if data == None
[df9e0fc]1996        if not check_data_validity(data_copy) or data_copy == None:
[2dbffcc]1997            return chisqr
[df9e0fc]1998
[f72333f]1999        # Get data: data I, theory I, and data dI in order
[ca2bdae]2000        if data_copy.__class__.__name__ == "Data2D":
[f32d144]2001            if index == None:
2002                index = numpy.ones(len(data_copy.data), ntype=bool)
[62f851f]2003            if weight != None:
2004                data_copy.err_data = weight
[a0da535]2005            # get rid of zero error points
[f32d144]2006            index = index & (data_copy.err_data != 0)
2007            index = index & (numpy.isfinite(data_copy.data))
2008            fn = data_copy.data[index]
[ca2bdae]2009            theory_data = self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data_copy.id)
[f32d144]2010            if theory_data == None:
[df9e0fc]2011                return chisqr
[6bbeacd4]2012            gn = theory_data.data[index]
[ca2bdae]2013            en = data_copy.err_data[index]
[f72333f]2014        else:
2015            # 1 d theory from model_thread is only in the range of index
[2296316]2016            if index == None: 
[ca2bdae]2017                index = numpy.ones(len(data_copy.y), ntype=bool)
[62f851f]2018            if weight != None:
2019                data_copy.dy = weight
[ca2bdae]2020            if data_copy.dy == None or data_copy.dy == []:
2021                dy = numpy.ones(len(data_copy.y))
[f151ddf]2022            else:
[a0da535]2023                ## Set consitently w/AbstractFitengine:
2024                # But this should be corrected later.
[ca2bdae]2025                dy = deepcopy(data_copy.dy)
[f32d144]2026                dy[dy == 0] = 1
2027            fn = data_copy.y[index]
[eb4f2fd]2028           
[ca2bdae]2029            theory_data = self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data_copy.id)
[f32d144]2030            if theory_data == None:
[df9e0fc]2031                return chisqr
[6bbeacd4]2032            gn = theory_data.y
[4d5fa8c]2033            en = dy[index]
[df9e0fc]2034           
[f72333f]2035        # residual
[2296316]2036        res = (fn - gn) / en
2037        residuals = res[numpy.isfinite(res)]
[f72333f]2038        # get chisqr only w/finite
[2296316]2039        chisqr = numpy.average(residuals * residuals)
[eb4f2fd]2040       
[f32d144]2041        self._plot_residuals(page_id=page_id, data=data_copy,
[f64a4b7]2042                             fid=fid,
[62f851f]2043                             weight=weight, index=index)
[ca2bdae]2044       
[f72333f]2045        return chisqr
2046   
[f64a4b7]2047    def _plot_residuals(self, page_id, weight, fid=None,
[f32d144]2048                        data=None, index=None):
[2296316]2049        """
2050        Plot the residuals
2051       
2052        :param data: data
[f32d144]2053        :param index: index array (bool)
[2296316]2054        : Note: this is different from the residuals in cal_chisqr()
2055        """
[ca2bdae]2056        data_copy = deepcopy(data)
[2296316]2057        # Get data: data I, theory I, and data dI in order
[ca2bdae]2058        if data_copy.__class__.__name__ == "Data2D":
[2296316]2059            # build residuals
2060            residuals = Data2D()
2061            #residuals.copy_from_datainfo(data)
2062            # Not for trunk the line below, instead use the line above
[ca2bdae]2063            data_copy.clone_without_data(len(data_copy.data), residuals)
[2296316]2064            residuals.data = None
[f32d144]2065            fn = data_copy.data
[ca2bdae]2066            theory_data = self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data_copy.id)
[f32d144]2067            gn = theory_data.data
[9fa4a4d]2068            if weight == None:
2069                en = data_copy.err_data
2070            else:
2071                en = weight
[f32d144]2072            residuals.data = (fn - gn) / en
2073            residuals.qx_data = data_copy.qx_data
2074            residuals.qy_data = data_copy.qy_data
2075            residuals.q_data = data_copy.q_data
2076            residuals.err_data = numpy.ones(len(residuals.data))
[2296316]2077            residuals.xmin = min(residuals.qx_data)
2078            residuals.xmax = max(residuals.qx_data)
2079            residuals.ymin = min(residuals.qy_data)
2080            residuals.ymax = max(residuals.qy_data)
[f32d144]2081            residuals.q_data = data_copy.q_data
[ca2bdae]2082            residuals.mask = data_copy.mask
[2296316]2083            residuals.scale = 'linear'
2084            # check the lengths
2085            if len(residuals.data) != len(residuals.q_data):
2086                return
2087        else:
2088            # 1 d theory from model_thread is only in the range of index
[ca2bdae]2089            if data_copy.dy == None or data_copy.dy == []:
2090                dy = numpy.ones(len(data_copy.y))
[2296316]2091            else:
[62f851f]2092                if weight == None:
[90a1440]2093                    dy = numpy.ones(len(data_copy.y))
[f32d144]2094                ## Set consitently w/AbstractFitengine:
[2296316]2095                ## But this should be corrected later.
[90a1440]2096                else:
[f32d144]2097                    dy = weight
2098                dy[dy == 0] = 1
2099            fn = data_copy.y[index]
[ca2bdae]2100            theory_data = self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data_copy.id)
[2296316]2101            gn = theory_data.y
2102            en = dy[index]
2103            # build residuals
2104            residuals = Data1D()
2105            residuals.y = (fn - gn) / en
[ca2bdae]2106            residuals.x = data_copy.x[index]
[2296316]2107            residuals.dy = numpy.ones(len(residuals.y))
2108            residuals.dx = None
2109            residuals.dxl = None
2110            residuals.dxw = None
2111            residuals.ytransform = 'y'
2112            # For latter scale changes
2113            residuals.xaxis('\\rm{Q} ', 'A^{-1}')
2114            residuals.yaxis('\\rm{Residuals} ', 'normalized')
2115        new_plot = residuals
[f32d144]2116        new_plot.name = "Residuals for " + str(theory_data.name.split()[0]) + "[" +  str(data.name) +"]"
[2296316]2117        ## allow to highlight data when plotted
2118        new_plot.interactive = True
2119        ## when 2 data have the same id override the 1 st plotted
[f32d144]2120        new_plot.id = "res" + str(data_copy.id)
[2296316]2121        ##group_id specify on which panel to plot this data
[5e48acb]2122        group_id = self.page_finder[page_id].get_graph_id()
2123        if group_id == None:
2124            group_id = data.group_id
[f32d144]2125        new_plot.group_id = "res" + str(group_id)
[2296316]2126        #new_plot.is_data = True
2127        ##post data to plot
[f32d144]2128        title = new_plot.name
2129        self.page_finder[page_id].set_residuals(residuals=new_plot,
2130                                                fid=data.id)
[2de278d9]2131        self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot)
[f64a4b7]2132        batch_on = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id).batch_on
[5cf1e5b]2133        if not batch_on:
2134            wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot, title=title))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.