Changes between Version 63 and Version 64 of ListofModels


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Jan 7, 2016 2:46:20 PM (9 years ago)
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pkienzle
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  • ListofModels

    v63 v64  
    1010Some models still have issues when run using single precision (lamellarPC for example).   
    1111 
    12 We are not dealing with magnetism at this point as it requires some work on the wrapper functionality. Thus the *Magnetic* column below is for reference as to which models need attention. The *SESANS* column should be used to indicate if the model is a priority (1 highest, 4 lowest). 
     12We are not dealing with magnetism at this point as it requires some work on the wrapper functionality. Thus the *Magnetic* column below is for reference as to which models need attention.  
     13The *SESANS* column should be used to indicate if the model is a priority (1 highest, 4 lowest). 
     14The Multiply column indicates whether the model can be multiplied by a structure factor.  This is currently hardcoded into src/sas/perspectives/fitting/models.py 
    1315 
    14 ||=!SasView name=||=sasmodels name=||= P(Q) =||= S(Q) =||= Multiply =||= Multiplicity =||= Magnetic =||= SESANS =||= Assigned =||= Converted =||= double err =||= single err =||= double 2D =||= single 2D =|| 
    15 ||HayterMSAStructure     ||HayterMSAsq        ||N||Y||N||N||N||1||RKH||Y||  NaNs|| FAIL||     -||    -|| 
    16 ||!BarBellModel          ||barbell            ||Y||N||N||N||N||3||AJJ||Y||  good|| good||  FAIL|| FAIL|| 
    17 ||BCCrystalModel         ||bcc_paracrystal    ||Y||N||N||N||N||3||AJJ||Y||  good|| FAIL|| 9e-14|| 2e-2|| 
    18 ||BinaryHSModel          ||binary_hard_sphere ||Y||Y||N||N||N||1||PDB||N||      ||     ||     -||    -|| 
    19 ||!BroadPeakModel        ||broad_peak         ||Y||N||N||N||N||4||PDB||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    20 ||!CappedCylinderModel   ||capped_cylinder    ||Y||N||N||N||N||3||HP ||Y||  good|| good|| 2e-11|| 3e-3|| 
    21 ||!CoreShellCylinderModel||core_shell_cylinder||Y||N||Y||N||N||3||HP ||Y||  good|| good|| 9e-14|| 4e-4|| 
    22 ||!CylinderModel         ||cylinder           ||Y||N||Y||N||Y||1||HP ||Y||  good|| good|| 2e-13|| 1e-4|| 
    23 ||DABModel               ||dab                ||Y||N||N||N||N||1||DM ||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    24 ||!EllipsoidModel        ||ellipsoid          ||Y||N||Y||N||N||1||HP ||Y|| good*|| good|| 3e-14|| 1e-4|| 
    25 ||FCCrystalModel         ||fcc_paracrystal    ||Y||N||N||N||N||3||AJJ||Y||  good|| FAIL||  FAIL|| FAIL|| 
    26 ||!PeakGaussModel        ||gaussian_peak      || || || || || ||4||AJJ||N||  good|| 1e-3||     -||    -|| 
    27 ||Guinier                ||guinier            ||Y||N||N||N||N||1||JRK||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    28 ||!HardsphereStructure   ||hardsphere         ||N||Y||N||N||N||1||RKH||Y||  good|| FAIL||     -||    -|| 
    29 ||!HollowCylinderModel   ||hollow_cylinder    ||Y||N||N||N||N||2||JRK||Y||  good|| 2e-3|| 4e-13|| 2e-3|| 
    30 ||!LamellarModel         ||lamellar           ||Y||N||N||N||N||2||PAK||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    31 ||LamellarPSModel        ||lamellarCaille     ||Y||N||N||N||N||3||RKH||Y||  good|| 5e-2||     -||    -|| 
    32 ||LamellarPSHGModel      ||lamellarCailleHG   ||Y||N||N||N||N||3||RKH||Y|| 3e-12|| 5e-3||     -||    -|| 
    33 ||LamellarFFHGModel      ||lamellarFFHG       ||Y||N||N||N||N||3||RKH||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    34 ||LamellarPCrystallModel ||lamellarPC         ||Y||N||N||N||N||3||RKH||Y||  good|| FAIL||     -||    -|| 
    35 ||Lorentz                ||lorentz            ||Y||N||N||N||N||1||JRK||Y||  good|| good||     -||    -|| 
    36 ||!ParallelepipedModel   ||parallelepiped     ||Y||N||Y||N||Y||2||MAG||Y||  good|| good|| 2e-13|| 8e-5|| 
    37 ||!PearlNecklaceModel    ||pearl_necklace     || || || || || ||3||JRK||N||  fail|| fail||     -||    -|| 
    38 ||!AbsolutePower_Law     ||power_law          || || || || || ||3||SMK||N||  good|| good||     -||    -|| 
    39 ||!SphereModel           ||sphere             ||Y||N||Y||N||Y||1||HP ||Y|| good*|| good||     -||    -|| 
    40 ||StickyHSStructure      ||stickyhardsphere   ||N||Y||N||N||N||1||RKH||Y||  good|| FAIL||     -||    -|| 
    41 ||!TeubnerStrey          ||teubner_strey      || || || || || ||1||PAK||Y|| good*|| good||     -||    -|| 
    42 ||!TriaxialEllipsoidModel||triaxial_ellipsoid ||Y||N||Y||N||Y||3||HP ||Y|| good*|| good||  good|| good|| 
    43 ||!FuzzySphereModel      ||                   || || || || || ||2||TRN||N|| || || 
    44 ||!RaspBerryModel        ||                   || || || || || ||2||AJJ|| || || || 
    45 ||!CoreShellModel        ||                   || || || || ||Y||2||MD ||N|| || || 
    46 ||!CoreMultiShellModel   ||                   || || || || ||Y||3||   || || || || 
    47 ||Core2ndMomentModel     ||                   || || || || || ||3||SMK||N|| || || 
    48 ||!MultiShellModel       ||                   || || || || || ||3||PAK|| || || || 
    49 ||!OnionExpShellModel    ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    50 ||!VesicleModel          ||                   || || || || || ||2||PDB||N|| || || 
    51 ||SphericalSLDModel      ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    52 ||!LinearPearlsModel     ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    53 ||!EllipticalCylinderModel||                  || || || || || ||3||MD ||N|| || || 
    54 ||!FlexibleCylinderModel ||                   || || || || || ||2||   ||N|| || || 
    55 ||FlexCylEllipXModel     ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    56 ||!CoreShellBicelleModel ||                   || || || || || ||2||   || || || || 
    57 ||!StackedDisksModel     ||                   || || || || || ||2||TRN||N|| || || 
    58 ||!PringleModel          ||                   || || || || || ||3||AJJ|| || || || 
    59 ||!CoreShellEllipsoidModel ||                 || || || || || ||3||   || || || || 
    60 ||CoreShellEllipsoidXTModel||                 || || || || || ||3||   || || || || 
    61 ||SCCrystalModel         ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    62 ||CSParallelepipedModel  ||                   || || || || || ||3||MAG||N|| || || 
    63 ||!RectangularPrismModel ||                   || || || || || ||2||MAG||N|| || || 
    64 ||!RectangularHollowPrismModel||              || || || || || ||3||MAG||N|| || || 
    65 ||!RectangularHollowPrismInfThinWallsModel||  || || || || || ||3||MAG||N|| || || 
    66 ||Debye                  ||                   || || || || || ||1||SMK||N|| || || 
    67 ||!CorrLength            ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    68 ||!FractalModel          ||                   || || || || || ||1||PDB|| || || || 
    69 ||!MassFractalModel      ||                   || || || || || ||1||   || || || || 
    70 ||!SurfaceFractalModel   ||                   || || || || || ||1||   || || || || 
    71 ||!MassSurfaceFractal    ||                   || || || || || ||1||   || || || || 
    72 ||!FractalCoreShell      ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    73 ||!GaussLorentzGel       ||                   || || || || || ||2||   || || || || 
    74 ||BEPolyelectrolyte      ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    75 ||!GuinierPorod          ||                   || || || || || ||2||MD ||N|| || || 
    76 ||!PorodModel            ||                   || || || || || ||3||MD ||N|| || || 
    77 ||!PeakLorentzModel      ||                   || || || || || ||4||AJJ||N|| || || 
    78 ||Poly_GaussCoil         ||                   || || || || || ||2||SMK||N|| || || 
    79 ||!PolyExclVolume        ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    80 ||RPA10Model             ||                   || || || || || ||3||PAK|| || || || 
    81 ||!TwoLorentzian         ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    82 ||!TwoPowerLaw           ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    83 ||!UnifiedPowerRg        ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    84 ||!LineModel             ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    85 ||!GelFitModel           ||                   || || || || || ||1||   || || || || 
    86 ||!StarPolymer           ||                   || || || || || ||2||   || || || || 
    87 ||!ReflectivityModel     ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    88 ||ReflectivityIIModel    ||                   || || || || || ||4||   || || || || 
    89 ||!SquareWellStructure   ||                   || || || || || ||1||PDB|| || || || 
    90 ||testmodel              ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    91 ||testmodel_2            ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    92 ||sum_p1_p2              ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    93 ||sum_Ap1_1_Ap2          ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    94 ||polynomial5            ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    95 ||sph_bessel_jn          ||                   || || || || || ||3||   || || || || 
    96   
     16||=!SasView name=||=sasmodels name=||= P(Q) =||= S(Q) =||= Multiply =||= Multiplicity =||= Magnetic =||= SESANS =||= Assigned =||= double err =||= single err =||= double 2D =||= single 2D =|| 
     17||HayterMSAStructure     ||HayterMSAsq        ||.||Y||.||.||.||1||RKH||  NaNs|| FAIL||     -||    -|| 
     18||!BarBellModel          ||barbell            ||Y||.||.||.||.||3||AJJ||  good|| good||  FAIL|| FAIL|| 
     19||BCCrystalModel         ||bcc_paracrystal    ||Y||.||.||.||.||3||AJJ||  good|| FAIL|| 9e-14|| 2e-2|| 
     20||BinaryHSModel          ||binary_hard_sphere ||.||Y||.||.||.||1||PDB||      ||     ||     -||    -|| 
     21||!BroadPeakModel        ||broad_peak         ||Y||.||.||.||.||4||PDB||  good|| good||     -||    -|| 
     22||!CappedCylinderModel   ||capped_cylinder    ||Y||.||.||.||.||3||HP ||  good|| good|| 2e-11|| 3e-3|| 
     23||!CoreShellCylinderModel||core_shell_cylinder||Y||.||Y||.||.||3||HP ||  good|| good|| 9e-14|| 4e-4|| 
     24||!CylinderModel         ||cylinder           ||Y||.||Y||.||Y||1||HP ||  good|| good|| 2e-13|| 1e-4|| 
     25||DABModel               ||dab                ||Y||.||.||.||.||1||DM ||  good|| good||     -||    -|| 
     26||!EllipsoidModel        ||ellipsoid          ||Y||.||Y||.||.||1||HP || good*|| good|| 3e-14|| 1e-4|| 
     27||FCCrystalModel         ||fcc_paracrystal    ||Y||.||.||.||.||3||AJJ||  good|| FAIL||  FAIL|| FAIL|| 
     28||!PeakGaussModel        ||gaussian_peak      ||Y||.||.||.||.||4||AJJ||  good|| 1e-3||     -||    -|| 
     29||Guinier                ||guinier            ||Y||.||.||.||.||1||JRK||  good|| good||     -||    -|| 
     30||!HardsphereStructure   ||hardsphere         ||.||Y||.||.||.||1||RKH||  good|| FAIL||     -||    -|| 
     31||!HollowCylinderModel   ||hollow_cylinder    ||Y||.||Y||.||.||2||JRK||  good|| 2e-3|| 4e-13|| 2e-3|| 
     32||!LamellarModel         ||lamellar           ||Y||.||.||.||.||2||PAK||  good|| good||     -||    -|| 
     33||LamellarPSModel        ||lamellarCaille     ||Y||.||.||.||.||3||RKH||  good|| 5e-2||     -||    -|| 
     34||LamellarPSHGModel      ||lamellarCailleHG   ||Y||.||.||.||.||3||RKH|| 3e-12|| 5e-3||     -||    -|| 
     35||LamellarFFHGModel      ||lamellarFFHG       ||Y||.||.||.||.||3||RKH||  good|| good||     -||    -|| 
     36||LamellarPCrystallModel ||lamellarPC         ||Y||.||.||.||.||3||RKH||  good|| FAIL||     -||    -|| 
     37||Lorentz                ||lorentz            ||Y||.||.||.||.||1||JRK||  good|| good||     -||    -|| 
     38||!ParallelepipedModel   ||parallelepiped     ||Y||.||Y||.||Y||2||MAG||  good|| good|| 2e-13|| 8e-5|| 
     39||!PearlNecklaceModel    ||pearl_necklace     ||Y||.||.||.||.||3||JRK||  fail|| fail||     -||    -|| 
     40||!AbsolutePower_Law     ||power_law          ||Y||.||.||.||.||3||SMK||  good|| good||     -||    -|| 
     41||!SphereModel           ||sphere             ||Y||.||Y||.||Y||1||HP || good*|| good||     -||    -|| 
     42||StickyHSStructure      ||stickyhardsphere   ||.||Y||.||.||.||1||RKH||  good|| FAIL||     -||    -|| 
     43||!TeubnerStrey          ||teubner_strey      ||Y||.||.||.||.||1||PAK|| good*|| good||     -||    -|| 
     44||!TriaxialEllipsoidModel||triaxial_ellipsoid ||Y||.||Y||.||.||3||HP || good*|| good||  good|| good|| 
     45||BEPolyelectrolyte      ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     46||Core2ndMomentModel     ||                   ||Y||.||.||.||.||3||SMK|| || || 
     47||!CoreMultiShellModel   ||                   ||Y||.||Y||Y||Y||3||   || || || 
     48||!CoreShellModel        ||                   ||Y||.||Y||.||Y||2||MD || || || 
     49||!CoreShellEllipsoidModel ||                 ||Y||.||Y||.||.||3||   || || || 
     50||CoreShellEllipsoidXTModel||                 ||Y||.||Y||.||.||3||   || || || 
     51||!CoreShellBicelleModel ||                   ||Y||.||Y||.||.||2||   || || || 
     52||!CorrLength            ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     53||CSParallelepipedModel  ||                   ||Y||.||Y||.||.||3||MAG|| || || 
     54||Debye                  ||                   ||Y||.||.||.||.||1||SMK|| || || 
     55||!EllipticalCylinderModel||                  ||Y||.||Y||.||.||3||MD || || || 
     56||!FlexibleCylinderModel ||                   ||Y||.||.||.||.||2||   || || || 
     57||FlexCylEllipXModel     ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     58||!FractalModel          ||                   ||Y||.||.||.||.||1||PDB|| || || 
     59||!FractalCoreShell      ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     60||!FuzzySphereModel      ||                   ||Y||.||.||.||.||2||TRN|| || || 
     61||!GaussLorentzGel       ||                   ||Y||.||.||.||.||2||   || || || 
     62||!GelFitModel           ||                   ||Y||.||.||.||.||1||   || || || 
     63||!GuinierPorod          ||                   ||Y||.||.||.||.||2||MD || || || 
     64||!LineModel             ||                   ||Y||.||.||.||.||4||   || || || 
     65||!LinearPearlsModel     ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     66||!MassFractalModel      ||                   ||Y||.||.||.||.||1||   || || || 
     67||!MassSurfaceFractal    ||                   ||Y||.||.||.||.||1||   || || || 
     68||!MicelleSphCore        ||                   ||Y||.||Y||.||.|| ||   || || || 
     69||!MultiShellModel       ||                   ||Y||.||Y||Y||.||3||PAK|| || || 
     70||!OnionExpShellModel    ||                   ||Y||.||Y||Y||.||3||   || || || 
     71||!PeakLorentzModel      ||                   ||Y||.||.||.||.||4||AJJ|| || || 
     72||Poly_GaussCoil         ||                   ||Y||.||.||.||.||2||SMK|| || || 
     73||!PolyExclVolume        ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     74||!PorodModel            ||                   ||Y||.||.||.||.||3||MD || || || 
     75||!PringleModel          ||                   ||Y||.||.||.||.||3||AJJ|| || || 
     76||!RaspBerryModel        ||                   ||Y||.||.||.||.||2||AJJ|| || || 
     77||!RectangularPrismModel ||                   ||Y||.||Y||.||.||2||MAG|| || || 
     78||!RectangularHollowPrismModel||              ||Y||.||Y||.||.||3||MAG|| || || 
     79||!RectangularHollowPrismInfThinWallsModel||  ||Y||.||.||.||.||3||MAG|| || || 
     80||!ReflectivityModel     ||                   ||Y||.||.||Y||.||4||   || || || 
     81||ReflectivityIIModel    ||                   ||Y||.||.||Y||.||4||   || || || 
     82||RPA10Model             ||                   ||Y||.||.||Y||.||3||PAK|| || || 
     83||!ReflectivityModel     ||                   ||Y||.||.||.||.||4||   || || || 
     84||SCCrystalModel         ||                   ||Y||.||.||.||.||3||   || || || 
     85||SphericalSLDModel      ||                   ||Y||.||Y||Y||.||3||   || || || 
     86||!SquareWellStructure   ||                   ||.||Y||.||.||.||1||PDB|| || || 
     87||!StackedDisksModel     ||                   ||Y||.||Y||.||.||2||TRN|| || || 
     88||!StarPolymer           ||                   ||Y||.||.||.||.||2||   || || || 
     89||!SurfaceFractalModel   ||                   ||Y||.||.||.||.||1||   || || || 
     90||!TwoLorentzian         ||                   ||Y||.||.||.||.||4||   || || || 
     91||!TwoPowerLaw           ||                   ||Y||.||.||.||.||4||   || || || 
     92||!UnifiedPowerRg        ||                   ||Y||.||.||Y||.||4||   || || || 
     93||!VesicleModel          ||                   ||Y||.||Y||.||.||2||PDB|| || || 
     94||testmodel              ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     95||testmodel_2            ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     96||sum_p1_p2              ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     97||sum_Ap1_1_Ap2          ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     98||polynomial5            ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     99||sph_bessel_jn          ||                   || || || || || ||3||   || || || 
     100 
    97101^*^ using taylor expansion near 0 for fq = 3 (sin(qr)/qr - cos(qr))/qr^2^; using quad precision as a cross check, this is more accurate than computing the direct expression for qr < 0.1 in double precision, and so the values will differ from those in sasview.  It is much more accurate in single precision.  This affects many models, including sphere and ellipsoid models.  The cylinder models are using J1(qr)/qr, which has its own numerical expansion and does not suffer from this problem.  Should probably settle on one or the other and move it into the library.  So even though the double precision values for sphere, ellipsoid and triaxial ellipsoid differ by more than 5e-14, they are still marked good.  Similarly, the Teubner-Strey model checks out against the quad precision version and so is marked good. 
    98102