Changes in / [4c8a5b4:faf83f2] in sasmodels


Ignore:
Location:
sasmodels
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/conversion_table.py

    rfa6d6fc rbb584b3  
    55names for each parameter in sasmodels.  This is used by :mod:`convert` to 
    66determine the equivalent parameter set when comparing a sasmodels model to 
    7 the models defined in SasView 3.1. 
     7the models defined in previous versions of SasView and sasmodels. This is now 
     8versioned based on the version number of SasView. 
     9 
     10When any sasmodels parameter or model name is changed, this must be modified to 
     11account for that. 
     12 
     13Usage: 
     14<old_Sasview_version> : { 
     15    <new_model_name> : [ 
     16        <old_model_name> , 
     17        { 
     18            <new_param_name_1> : <old_param_name_1>, 
     19            ... 
     20            <new_param_name_n> : <old_param_name_n> 
     21        } 
     22    ] 
     23} 
     24 
     25Any future parameter and model name changes can and should be given in this 
     26table for future compatibility. 
    827""" 
    928 
    10  
    1129CONVERSION_TABLE = { 
     30    (3,1,2) : { 
    1231    "adsorbed_layer": [ 
    1332        "Core2ndMomentModel", 
    … …  
    211230    ], 
    212231    "correlation_length": [ 
    213         "CorrLengthModel", 
     232        "CorrLength", 
    214233        { 
    215234            "porod_scale": "scale_p", 
    … …  
    218237            "lorentz_exp": "exponent_l", 
    219238            "cor_length": "length_l" 
    220         } 
     239        }, 
     240        "CorrLengthModel" 
    221241    ], 
    222242    "cylinder": [ 
    … …  
    299319    ], 
    300320    "fractal_core_shell": [ 
    301         "FractalCoreShellModel", 
     321        "FractalCoreShell", 
    302322        { 
    303323            "sld_core": "core_sld", 
    … …  
    309329            "cor_length": "cor_length", 
    310330            "volfraction": "volfraction", 
    311         } 
     331        }, 
     332        "FractalCoreShellModel" 
    312333    ], 
    313334    "fuzzy_sphere": [ 
    … …  
    321342    ], 
    322343    "gauss_lorentz_gel": [ 
    323         "GaussLorentzGelModel", 
     344        "GaussLorentzGel", 
    324345        { 
    325346            "gauss_scale": "scale_g", 
    … …  
    328349            "background": "background", 
    329350            "lorentz_scale": "scale_l" 
    330         } 
     351        }, 
     352        "GaussLorentzGelModel" 
    331353    ], 
    332354    "gaussian_peak": [ 
    333         "PeakGaussModel", 
     355        "Peak Gauss Model", 
    334356        { 
    335357            "peak_pos": "q0", 
    336358            "sigma": "B", 
    337         } 
     359        }, 
     360        "PeakGaussModel", 
    338361    ], 
    339362    "gel_fit": [ 
    … …  
    343366            "lorentz_scale": "lScale", 
    344367            "guinier_scale": "gScale", 
    345             "fractal_dim": "scale", 
     368            "fractal_dim": "FractalExp", 
    346369            "cor_length": "zeta", 
    347370        } 
    348371    ], 
    349372    "guinier": [ 
     373        "Guinier", 
     374        { 
     375            "rg": "rg" 
     376        }, 
    350377        "GuinierModel", 
    351         { 
    352             "rg": "rg" 
    353         } 
    354378    ], 
    355379    "guinier_porod": [ 
    356         "GuinierPorodModel", 
     380        "GuinierPorod", 
    357381        { 
    358382            "s": "dim", 
    … …  
    361385            "scale": "scale", 
    362386            "background": "background" 
    363         } 
     387        }, 
     388        "GuinierPorodModel", 
    364389    ], 
    365390    "hardsphere": [ 
    … …  
    454479            "d_spacing": "spacing", 
    455480            "Caille_parameter": "caille", 
    456             "Nlayers": "N_plates", 
     481            "Nlayers": "n_plates", 
    457482        } 
    458483    ], 
    … …  
    486511    ], 
    487512    "lorentz": [ 
     513        "Lorentz", 
     514        { 
     515            "cor_length": "length" 
     516        }, 
    488517        "LorentzModel", 
    489         { 
    490             "cor_length": "length" 
    491         } 
    492518    ], 
    493519    "mass_fractal": [ 
    … …  
    510536    ], 
    511537    "mono_gauss_coil": [ 
    512         "DebyeModel", 
     538        "Debye", 
    513539        { 
    514540            "rg": "rg", 
    515541            "i_zero": "scale", 
    516542            "background": "background", 
    517         } 
     543        }, 
     544        "DebyeModel", 
    518545    ], 
    519546    "multilayer_vesicle": [ 
    … …  
    564591    ], 
    565592    "peak_lorentz": [ 
    566         "PeakLorentzModel", 
     593        "Peak Lorentz Model", 
    567594        { 
    568595            "peak_pos": "q0", 
    569596            "peak_hwhm": "B" 
    570         } 
     597        }, 
     598        "PeakLorentzModel", 
    571599    ], 
    572600    "pearl_necklace": [ 
    … …  
    802830    ], 
    803831    "two_lorentzian": [ 
    804         "TwoLorentzianModel", 
     832        "TwoLorentzian", 
    805833        { 
    806834            "lorentz_scale_1": "scale_1", 
    … …  
    811839            "lorentz_length_1": "length_1", 
    812840            "background": "background" 
    813         } 
     841        }, 
     842        "TwoLorentzianModel", 
    814843    ], 
    815844    "two_power_law": [ 
    816         "TwoPowerLawModel", 
     845        "TwoPowerLaw", 
    817846        { 
    818847            "coefficent_1": "coef_A", 
    … …  
    821850            "background": "background", 
    822851            "crossover": "qc" 
    823         } 
     852        }, 
     853        "TwoPowerLawModel", 
    824854    ], 
    825855    "unified_power_Rg": [ 
     856        "UnifiedPowerRg", 
     857        dict(((field_new+str(index), field_old+str(index)) 
     858              for field_new, field_old in [("rg", "Rg"), 
     859                                           ("power", "power"), 
     860                                           ("G", "G"), 
     861                                           ("B", "B"),] 
     862              for index in range(11)), 
     863             **{ 
     864                   "background": "background", 
     865                   "scale": "scale", 
     866               }), 
    826867        "UnifiedPowerRgModel", 
    827         { 
    828         } 
    829868    ], 
    830869    "vesicle": [ 
    … …  
    835874        } 
    836875    ] 
     876    } 
    837877} 

  • sasmodels/convert.py

    rf80f334 r07c8d46  
    5353    ("_pd_nsigma", ".nsigmas"), 
    5454    ("_pd_type", ".type"), 
     55    (".lower", ".lower"), 
     56    (".upper", ".upper"), 
     57    (".fittable", ".fittable"), 
     58    (".std", ".std"), 
     59    (".units", ".units"), 
     60    ("", "") 
    5561    ] 
    5662 
    … …  
    6470    if id.startswith('M0:'): 
    6571        return True 
    66     if id.startswith('volfraction') or id.startswith('radius_effective'): 
    67         return False 
    6872    if '_pd' in id or '.' in id: 
    6973        return False 
    … …  
    7579        if p.id == id: 
    7680            return p.type == 'sld' 
    77     raise ValueError("unknown parameter %r in conversion"%id) 
     81    return False 
    7882 
    7983def _rescale_sld(model_info, pars, scale): 
    … …  
    8892 
    8993 
    90 def _get_translation_table(model_info): 
    91     _, translation = CONVERSION_TABLE.get(model_info.id, [None, {}]) 
    92     translation = translation.copy() 
     94def _get_translation_table(model_info, version=(3,1,2)): 
     95    conv_param = CONVERSION_TABLE.get(version, {}).get(model_info.id, [None, {}]) 
     96    translation = conv_param[1].copy() 
    9397    for p in model_info.parameters.kernel_parameters: 
    9498        if p.length > 1: 
    … …  
    119123def _pd_to_underscores(pars): 
    120124    return dict((_dot_pd_to_underscore_pd(k), v) for k, v in pars.items()) 
    121  
    122 def _convert_name(conv_dict, pars): 
    123     """ 
    124     Renames parameter values (upper, lower, etc) to v4.0 names 
    125     :param conv_dict: conversion dictionary mapping new name : old name 
    126     :param pars: parameters to convert 
    127     :return: 
    128     """ 
    129     new_pars = {} 
    130     i = 0 
    131     j = 0 
    132     for key_par, value_par in pars.iteritems(): 
    133         j += 1 
    134         for key_conv, value_conv in conv_dict.iteritems(): 
    135             if re.search(value_conv, key_par): 
    136                 new_pars[key_par.replace(value_conv, key_conv)] = value_par 
    137                 i += 1 
    138                 break 
    139             elif re.search("background", key_par) or re.search("scale", key_par): 
    140                 new_pars[key_par] = value_par 
    141                 i += 1 
    142                 break 
    143         if i != j: 
    144             new_pars[key_par] = value_par 
    145             i += 1 
    146     return new_pars 
    147125 
    148126def _convert_pars(pars, mapping): 
    … …  
    167145    return newpars 
    168146 
    169  
    170 def _conversion_target(model_name): 
     147def _conversion_target(model_name, version=(3,1,2)): 
    171148    """ 
    172149    Find the sasmodel name which translates into the sasview name. 
    … …  
    176153    two variants in sasview. 
    177154    """ 
    178     for sasmodels_name, [sasview_name, _] in CONVERSION_TABLE.items(): 
    179         if sasview_name == model_name: 
     155    for sasmodels_name, sasview_dict in \ 
     156            CONVERSION_TABLE.get(version, {}).items(): 
     157        if sasview_dict[0] == model_name: 
    180158            return sasmodels_name 
    181159    return None 
    182160 
    183  
    184 def _hand_convert(name, oldpars): 
     161def _hand_convert(name, oldpars, version=(3,1,2)): 
     162    if version == (3,1,2): 
     163        oldpars = _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars) 
     164    return oldpars 
     165 
     166def _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars): 
    185167    if name == 'core_shell_parallelepiped': 
    186168        # Make sure pd on rim parameters defaults to zero 
    … …  
    215197            pd = oldpars['radius.width']*oldpars['radius']/thickness 
    216198            oldpars['radius.width'] = pd 
     199    elif name == 'multilayer_vesicle': 
     200        if 'scale' in oldpars: 
     201            oldpars['volfraction'] = oldpars['scale'] 
     202            oldpars['scale'] = 1.0 
     203        if 'scale.lower' in oldpars: 
     204            oldpars['volfraction.lower'] = oldpars['scale.lower'] 
     205        if 'scale.upper' in oldpars: 
     206            oldpars['volfraction.upper'] = oldpars['scale.upper'] 
     207        if 'scale.fittable' in oldpars: 
     208            oldpars['volfraction.fittable'] = oldpars['scale.fittable'] 
     209        if 'scale.std' in oldpars: 
     210            oldpars['volfraction.std'] = oldpars['scale.std'] 
     211        if 'scale.units' in oldpars: 
     212            oldpars['volfraction.units'] = oldpars['scale.units'] 
    217213    elif name == 'pearl_necklace': 
    218214        pass 
    … …  
    236232                oldpars[p + ".upper"] /= 1e-13 
    237233    elif name == 'spherical_sld': 
    238         oldpars["CONTROL"] += 1 
     234        j = 0 
     235        while "func_inter" + str(j) in oldpars: 
     236            name = "func_inter" + str(j) 
     237            new_name = "shape" + str(j + 1) 
     238            if oldpars[name] == 'Erf(|nu|*z)': 
     239                oldpars[new_name] = int(0) 
     240            elif oldpars[name] == 'RPower(z^|nu|)': 
     241                oldpars[new_name] = int(1) 
     242            elif oldpars[name] == 'LPower(z^|nu|)': 
     243                oldpars[new_name] = int(2) 
     244            elif oldpars[name] == 'RExp(-|nu|*z)': 
     245                oldpars[new_name] = int(3) 
     246            elif oldpars[name] == 'LExp(-|nu|*z)': 
     247                oldpars[new_name] = int(4) 
     248            else: 
     249                oldpars[new_name] = int(0) 
     250            oldpars.pop(name) 
     251            oldpars['n_shells'] = str(j + 1) 
     252            j += 1 
    239253    elif name == 'teubner_strey': 
    240254        # basically undoing the entire Teubner-Strey calculations here. 
    … …  
    281295    return oldpars 
    282296 
    283 def convert_model(name, pars, use_underscore=False): 
     297def convert_model(name, pars, use_underscore=False, model_version=(3,1,2)): 
    284298    """ 
    285299    Convert model from old style parameter names to new style. 
    286300    """ 
    287     newname = _conversion_target(name) 
    288     if newname is None: 
    289         return name, pars 
    290     if ':' in newname:   # core_shell_ellipsoid:1 
    291         model_info = load_model_info(newname[:-2]) 
    292         # Know that the table exists and isn't multiplicity so grab it directly 
    293         # Can't use _get_translation_table since that will return the 'bare' 
    294         # version. 
    295         translation = CONVERSION_TABLE[newname][1] 
    296     else: 
    297         model_info = load_model_info(newname) 
    298         translation = _get_translation_table(model_info) 
    299     newpars = _hand_convert(newname, pars.copy()) 
    300     newpars = _convert_name(translation, newpars) 
    301     newpars = _convert_pars(newpars, translation) 
    302     if not model_info.structure_factor: 
    303         newpars = _rescale_sld(model_info, newpars, 1e6) 
    304     newpars.setdefault('scale', 1.0) 
    305     newpars.setdefault('background', 0.0) 
    306     if use_underscore: 
    307         newpars = _pd_to_underscores(newpars) 
     301    newpars = pars 
     302    keys = sorted(CONVERSION_TABLE.keys()) 
     303    for i, version in enumerate(keys): 
     304        # Don't allow indices outside list 
     305        next_i = i + 1 
     306        if next_i == len(keys): 
     307            next_i = i 
     308        # If the save state is from a later version, skip the check 
     309        if model_version <= keys[next_i]: 
     310            newname = _conversion_target(name, version) 
     311        else: 
     312            newname = None 
     313        # If no conversion is found, move on 
     314        if newname is None: 
     315            newname = name 
     316            continue 
     317        if ':' in newname:   # core_shell_ellipsoid:1 
     318            model_info = load_model_info(newname[:-2]) 
     319            # Know the table exists and isn't multiplicity so grab it directly 
     320            # Can't use _get_translation_table since that will return the 'bare' 
     321            # version. 
     322            translation = CONVERSION_TABLE.get(version, {})[newname][1] 
     323        else: 
     324            model_info = load_model_info(newname) 
     325            translation = _get_translation_table(model_info, version) 
     326        newpars = _hand_convert(newname, newpars, version) 
     327        newpars = _convert_pars(newpars, translation) 
     328        # TODO: Still not convinced this is the best check 
     329        if not model_info.structure_factor and version == (3,1,2): 
     330            newpars = _rescale_sld(model_info, newpars, 1e6) 
     331        newpars.setdefault('scale', 1.0) 
     332        newpars.setdefault('background', 0.0) 
     333        if use_underscore: 
     334            newpars = _pd_to_underscores(newpars) 
     335        name = newname 
    308336    return newname, newpars 
    309  
    310337 
    311338# ========= BACKWARD CONVERSION sasmodels => sasview 3.x =========== 

  • sasmodels/kernelcl.py

    r7fcdc9f rb8ddf2e  
    465465        # architectures tested so far. 
    466466        if self.is_2d: 
    467             # Note: 17 rather than 15 because results is 2 elements 
    468             # longer than input. 
    469             width = ((self.nq+17)//16)*16 
     467            # Note: 16 rather than 15 because result is 1 longer than input. 
     468            width = ((self.nq+16)//16)*16 
    470469            self.q = np.empty((width, 2), dtype=dtype) 
    471470            self.q[:self.nq, 0] = q_vectors[0] 
    472471            self.q[:self.nq, 1] = q_vectors[1] 
    473472        else: 
    474             # Note: 33 rather than 31 because results is 2 elements 
    475             # longer than input. 
    476             width = ((self.nq+33)//32)*32 
     473            # Note: 32 rather than 31 because result is 1 longer than input. 
     474            width = ((self.nq+32)//32)*32 
    477475            self.q = np.empty(width, dtype=dtype) 
    478476            self.q[:self.nq] = q_vectors[0] 
    … …  
    524522        self.dim = '2d' if q_input.is_2d else '1d' 
    525523        # plus three for the normalization values 
    526         self.result = np.empty(q_input.nq+3, dtype) 
     524        self.result = np.empty(q_input.nq+1, dtype) 
    527525 
    528526        # Inputs and outputs for each kernel call 

  • sasmodels/sasview_model.py

    r64614ad r64614ad  
    5757    import sas.models 
    5858    from sasmodels.conversion_table import CONVERSION_TABLE 
    59     for new_name, conversion in CONVERSION_TABLE.items(): 
     59    for new_name, conversion in CONVERSION_TABLE.get((3,1,2), {}).items(): 
    6060        # CoreShellEllipsoidModel => core_shell_ellipsoid:1 
    6161        new_name = new_name.split(':')[0] 
    62         old_name = conversion[0] 
     62        old_name = conversion[0] if len(conversion) < 3 else conversion[2] 
    6363        module_attrs = {old_name: find_model(new_name)} 
    6464        ConstructedModule = type(old_name, (), module_attrs) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.