Changeset f629e346 in sasview for sansmodels/src/sans/models/test


Ignore:
Timestamp:
Mar 25, 2008 4:19:00 PM (17 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
6b8399b
Parents:
3db3895
Message:

Updated tests to reflect proper math (took test funcs from Igor). Still need to look into incoherence btw Igor docs and Igor code!

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/test/utest_nonshape.py

    r829eee9 rf629e346  
    55 
    66import unittest, time, math 
    7 from scipy.special import erf,gamma 
     7from scipy.special import erf,gammaln 
    88 
    99# Disable "missing docstring" complaint 
    … …  
    2424    """ 
    2525    def _func(self, a, b, x): 
    26         return math.exp(a+b*x**2) 
    27      
    28     def setUp(self): 
    29         from GuinierModel import GuinierModel 
     26        return a*math.exp(-(b*x)**2/3.0) 
     27     
     28    def setUp(self): 
     29        from sans.models.GuinierModel import GuinierModel 
    3030        self.model= GuinierModel() 
    3131         
    3232    def test1D(self): 
    33         self.model.setParam('A', 2.0) 
    34         self.model.setParam('B', 1.0) 
    35          
    36         self.assertEqual(self.model.run(0.0), math.exp(2.0)) 
    37         self.assertEqual(self.model.run(2.0), math.exp(2.0+1.0*(2.0)**2)) 
    38          
    39     def test2D(self): 
    40         self.model.setParam('A', 2.0) 
    41         self.model.setParam('B', 1.0) 
     33        self.model.setParam('scale', 2.0) 
     34        self.model.setParam('rg', 1.0) 
     35         
     36        self.assertEqual(self.model.run(0.0), 2.0) 
     37        self.assertEqual(self.model.run(2.0), 2.0*math.exp(-(1.0*2.0)**2/3.0)) 
     38         
     39    def test2D(self): 
     40        self.model.setParam('scale', 2.0) 
     41        self.model.setParam('rg', 1.0) 
    4242         
    4343        value = self._func(2.0, 1.0, 1.0)*self._func(2.0, 1.0, 2.0) 
    44         self.assertEqual(self.model.runXY([0.0,0.0]), math.exp(2.0)*math.exp(2.0)) 
    45         self.assertEqual(self.model.runXY([1.0,2.0]), value) 
    46          
    47     def test2Dphi(self): 
    48         self.model.setParam('A', 2.0) 
    49         self.model.setParam('B', 1.0) 
     44        self.assertEqual(self.model.runXY([0.0,0.0]), 2.0*2.0) 
     45        self.assertEqual(self.model.runXY([1.0,2.0]), value) 
     46         
     47    def test2Dphi(self): 
     48        self.model.setParam('scale', 2.0) 
     49        self.model.setParam('rg', 1.0) 
    5050         
    5151        x = 1.0 
    … …  
    6464        Unit tests for Porod function 
    6565         
    66         F(x) = exp[ [C]/Q**4 ] 
     66        F(x) = C/Q**4  
    6767         
    6868        The model has one parameter: C 
    6969    """ 
    7070    def _func(self, c, x): 
    71         return math.exp(c/(x*x*x*x)) 
    72      
    73     def setUp(self): 
    74         from PorodModel import PorodModel 
     71        return c/(x**4) 
     72     
     73    def setUp(self): 
     74        from sans.models.PorodModel import PorodModel 
    7575        self.model= PorodModel() 
    76         self.model.setParam('c', 2.0)         
     76        self.model.setParam('scale', 2.0)         
    7777         
    7878    def test1D(self): 
    … …  
    109109     
    110110    def setUp(self): 
    111         from DebyeModel import DebyeModel 
     111        from sans.models.DebyeModel import DebyeModel 
    112112        self.model= DebyeModel() 
    113113        self.model.setParam('Rg', 50.0)     
    114114        self.model.setParam('scale',1.0)  
    115         self.model.setParam('bkd',0.001)    
     115        self.model.setParam('background',0.001)    
    116116         
    117117    def test1D(self): 
    … …  
    119119        self.assertEqual(self.model.run(2.0), value) 
    120120         
    121         #user enter zero as a value of x 
    122         self.assertEqual(self.model.run(0.0),False) 
    123         
     121        # User enter zero as a value of x 
     122        # An exceptio is raised 
     123        self.assertRaises(ZeroDivisionError, self.model.run, 0.0) 
    124124         
    125125    def test2D(self): 
    … …  
    148148            bkd    =  incoherent background 
    149149    """ 
    150     def _func(self,scale,L,bkd,x): 
    151          return scale/( 1 + (x*L)**2 ) + bkd  
    152     def setUp(self): 
    153         from LorentzModel import LorentzModel 
     150    def _func(self, I0 , L, bgd, qval): 
     151        return I0/(1.0 + (qval*L)*(qval*L)) + bgd 
     152     
     153    def setUp(self): 
     154        from sans.models.LorentzModel import LorentzModel 
    154155        self.model= LorentzModel() 
    155156         
    156157    def test1D(self): 
    157158        self.model.setParam('scale', 100.0) 
    158         self.model.setParam('L', 50.0) 
    159         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     159        self.model.setParam('Length', 50.0) 
     160        self.model.setParam('background', 1.0) 
    160161         
    161162        self.assertEqual(self.model.run(0.0), 101.0) 
    … …  
    164165    def test2D(self): 
    165166        self.model.setParam('scale', 100.0) 
    166         self.model.setParam('L', 50.0) 
    167         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     167        self.model.setParam('Length', 50.0) 
     168        self.model.setParam('background', 1.0) 
    168169         
    169170        value = self._func(100.0, 50.0, 1.0, 1.0)*self._func(100.0, 50.0, 1.0, 2.0)     
    … …  
    172173    def test2Dphi(self): 
    173174        self.model.setParam('scale', 100.0) 
    174         self.model.setParam('L', 50.0) 
    175         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     175        self.model.setParam('Length', 50.0) 
     176        self.model.setParam('background', 1.0) 
    176177         
    177178        x = 1.0 
    … …  
    194195            bkd    =  incoherent background 
    195196    """ 
    196     def _func(self, a, b,c, x): 
    197         return a/(( 1 + ( x * b )**2 ))**2 + c 
    198      
    199     def setUp(self): 
    200         from DABModel import DABModel 
     197    def _func(self, Izero, range, incoh, qval): 
     198        return Izero/pow((1.0 + (qval*range)*(qval*range)),2) + incoh 
     199     
     200    def setUp(self): 
     201        from sans.models.DABModel import DABModel 
    201202        self.model= DABModel() 
    202203         
    203204    def test1D(self): 
    204205        self.model.setParam('scale', 10.0) 
    205         self.model.setParam('L', 40.0) 
    206         self.model.setParam('bkd', 0.0) 
     206        self.model.setParam('Length', 40.0) 
     207        self.model.setParam('background', 0.0) 
    207208         
    208209        self.assertEqual(self.model.run(0.0), 10.0) 
    … …  
    211212    def test2D(self): 
    212213        self.model.setParam('scale', 10.0) 
    213         self.model.setParam('L', 40.0) 
    214         self.model.setParam('bkd', 0.0) 
     214        self.model.setParam('Length', 40.0) 
     215        self.model.setParam('background', 0.0) 
    215216         
    216217        value = self._func(10.0, 40.0, 0.0, 1.0)*self._func(10.0, 40.0, 0.0, 2.0)     
    … …  
    219220    def test2Dphi(self): 
    220221        self.model.setParam('scale', 10.0) 
    221         self.model.setParam('L', 40.0) 
    222         self.model.setParam('bkd', 0.0) 
     222        self.model.setParam('Length', 40.0) 
     223        self.model.setParam('background', 0.0) 
    223224         
    224225        x = 1.0 
    … …  
    241242            bkd    =  incoherent background 
    242243    """ 
    243     def _func(self, a, m,c, x): 
    244         return a*(x )**m + c 
    245      
    246     def setUp(self): 
    247         from PowerLawModel import PowerLawModel 
     244    def _func(self, a, m, bgd, qval): 
     245        return a*math.pow(qval,-m) + bgd 
     246     
     247     
     248    def setUp(self): 
     249        from sans.models.PowerLawModel import PowerLawModel 
    248250        self.model= PowerLawModel() 
    249251         
    … …  
    251253        self.model.setParam('scale', math.exp(-6)) 
    252254        self.model.setParam('m', 4.0) 
    253         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     255        self.model.setParam('background', 1.0) 
     256         
     257        #self.assertEqual(self.model.run(0.0), 1.0) 
     258        self.assertEqual(self.model.run(2.0), self._func(math.exp(-6), 4.0, 1.0, 2.0)) 
     259     
     260    def testlimit(self): 
     261        self.model.setParam('scale', math.exp(-6)) 
     262        self.model.setParam('m', -4.0) 
     263        self.model.setParam('background', 1.0) 
    254264         
    255265        self.assertEqual(self.model.run(0.0), 1.0) 
    256         self.assertEqual(self.model.run(2.0), self._func(math.exp(-6), 4.0, 1.0, 2.0)) 
    257266         
    258267    def test2D(self): 
    259268        self.model.setParam('scale', math.exp(-6)) 
    260269        self.model.setParam('m', 4.0) 
    261         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     270        self.model.setParam('background', 1.0) 
    262271         
    263272        value = self._func(math.exp(-6), 4.0, 1.0, 1.0)\ 
    … …  
    269278        self.model.setParam('scale', math.exp(-6)) 
    270279        self.model.setParam('m', 4.0) 
    271         self.model.setParam('bkd', 1.0) 
     280        self.model.setParam('background', 1.0) 
    272281         
    273282        x = 1.0 
    … …  
    292301            bkd    =  incoherent background 
    293302    """ 
    294     def _func(self, a,c1,c2,b, x): 
    295         return 1/( a + c1*(x)**(2)+  c2*(x)**(4)) + b 
    296      
    297     def setUp(self): 
    298         from TeubnerStreyModel import TeubnerStreyModel 
     303    def _func(self, scale, c1, c2, bck, q): 
     304         
     305        q2 = q*q; 
     306        q4 = q2*q2; 
     307     
     308        return 1.0/(scale + c1*q2+c2*q4) + bck 
     309     
     310    def setUp(self): 
     311        from sans.models.TeubnerStreyModel import TeubnerStreyModel 
    299312        self.model= TeubnerStreyModel() 
    300313         
    … …  
    304317        self.model.setParam('c2', 5000.0)  
    305318        self.model.setParam('scale', 0.1) 
    306         self.model.setParam('bkd', 0.1) 
     319        self.model.setParam('background', 0.1) 
    307320        #self.assertEqual(1/(math.sqrt(4)), math.pow(4,-1/2)) 
    308         self.assertEqual(self.model.TeubnerStreyLengths(),False ) 
     321        #self.assertEqual(self.model.TeubnerStreyLengths(),False ) 
    309322         
    310323        self.assertEqual(self.model.run(0.0), 10.1) 
    … …  
    315328        self.model.setParam('c2', 5000.0)  
    316329        self.model.setParam('scale', 0.1) 
    317         self.model.setParam('bkd', 0.1) 
     330        self.model.setParam('background', 0.1) 
    318331        value = self._func(0.1,-30.0,5000.0,0.1, 1.0)\ 
    319332        *self._func(0.1,-30.0,5000.0,0.1, 2.0)     
    … …  
    325338        self.model.setParam('c2', 5000.0)  
    326339        self.model.setParam('scale', 0.1) 
    327         self.model.setParam('bkd', 0.1) 
     340        self.model.setParam('background', 0.1) 
    328341         
    329342        x = 1.0 
    … …  
    358371     
    359372    def setUp(self): 
    360         from BEPolyelectrolyte import BEPolyelectrolyte 
     373        from sans.models.BEPolyelectrolyte import BEPolyelectrolyte 
    361374        self.model= BEPolyelectrolyte() 
    362375         
    363     def test1D(self): 
    364          
    365         self.model.setParam('K', 10.0)  
    366         self.model.setParam('Lb', 7.1)  
    367         self.model.setParam('H', 12) 
    368         self.model.setParam('B', 10) 
    369         self.model.setParam('Cs',0.0)  
    370         self.model.setParam('alpha', 0.05)  
    371         self.model.setParam('C', 0.7) 
    372         self.model.setParam('bkd', 0.001) 
    373         K2 = 4 * math.pi * 7.1 * (2*0.0 + 0.05*0.7) 
    374         Ca = 0.7 * 6.022136 * math.exp(-4) 
    375         r02 =1/(0.05 * math.pow(Ca,0.5)*(10/math.pow((48* math.pi *7.1),0.5))) 
    376   
    377          
    378         self.assertEqual(self.model.run(0.0), self._func( 10.0, 7.1, 12,\ 
    379                         10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2,  0.0)) 
    380         self.assertEqual(self.model.run(2.0),  self._func( 10.0, 7.1, 12,\ 
    381                         10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2,  2.0)) 
    382          
    383     def test2D(self): 
    384         self.model.setParam('K', 10.0)  
    385         self.model.setParam('Lb', 7.1)  
    386         self.model.setParam('H', 12) 
    387         self.model.setParam('B', 10) 
    388         self.model.setParam('Cs',0.0)  
    389         self.model.setParam('alpha', 0.05)  
    390         self.model.setParam('C', 0.7) 
    391         self.model.setParam('bkd', 0.001) 
    392         K2 = 4 * math.pi * 7.1 * (2*0.0 + 0.05*0.7) 
    393         Ca = 0.7 * 6.022136 * math.exp(-4) 
    394         r02 =1/(0.05 * math.pow(Ca,0.5)*(10/math.pow((48* math.pi *7.1),0.5))) 
    395   
    396         value = self._func(10.0, 7.1, 12, 10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2,  1.0)\ 
    397         *self._func(10.0, 7.1, 12,10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2, 2.0)     
    398          
    399         self.assertAlmostEquals(self.model.runXY([1.0,2.0]), value) 
    400          
    401     def test2Dphi(self): 
    402         self.model.setParam('K', 10.0)  
    403         self.model.setParam('Lb', 7.1)  
    404         self.model.setParam('H', 12) 
    405         self.model.setParam('B', 10) 
    406         self.model.setParam('Cs',0.0)  
    407         self.model.setParam('alpha', 0.05)  
    408         self.model.setParam('C', 0.7) 
    409         self.model.setParam('bkd', 0.001) 
    410         K2 = 4 * math.pi * 7.1 * (2*0.0 + 0.05*0.7) 
    411         Ca = 0.7 * 6.022136 * math.exp(-4) 
    412         r02 =1/(0.05 * math.pow(Ca,0.5)*(10/math.pow((48* math.pi *7.1),0.5))) 
    413          
    414         x = 1.0 
    415         y = 2.0 
    416         r = math.sqrt(x**2 + y**2) 
    417         phi = math.atan2(y, x) 
    418          
    419         value = self._func(10.0, 7.1, 12, 10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2,  x)\ 
    420         *self._func(10.0, 7.1, 12, 10.0, 0.0,0.05,0.7,0.001, r02, K2, y) 
    421         self.assertAlmostEquals(self.model.run([r, phi]), value,1) 
     376        self.K = 10.0 
     377        self.Lb = 6.5 
     378        self.h = 11 
     379        self.b = 13 
     380        self.Cs = 0.1 
     381        self.alpha = 0.05 
     382        self.C  = .7 
     383        self.Bkd =0.01 
     384        
     385        self.model.setParam('K', self.K)  
     386        self.model.setParam('Lb', self.Lb)  
     387        self.model.setParam('H', self.h) 
     388        self.model.setParam('B', self.b) 
     389        self.model.setParam('Cs',self.Cs)  
     390        self.model.setParam('alpha', self.alpha)  
     391        self.model.setParam('C', self.C) 
     392        self.model.setParam('background', self.Bkd) 
     393         
     394    def _func(self, q): 
     395         
     396        Ca = self.C *6.022136e-4           
     397        Csa = self.Cs * 6.022136e-4         
     398        k2= 4*math.pi*self.Lb*(2*self.Cs+self.alpha*Ca)    
     399 
     400        r02 = 1./self.alpha / Ca**0.5*( self.b / (48*math.pi*self.Lb)**0.5 ) 
     401        q2 = q**2     
     402        Sq = self.K*1./(4*math.pi*self.Lb*self.alpha**2) * (q2 + k2)  /  (1+(r02**2) * (q2+k2) * (q2- (12*self.h*Ca/self.b**2)) ) + self.Bkd 
     403        return Sq 
     404        
     405    def test1D(self): 
     406         
     407        
     408        q = 0.001 
     409    
     410        self.assertEqual(self.model.run(q), self._func(q)) 
     411          
     412    def test2D(self): 
     413        self.assertAlmostEquals(self.model.runXY([1.0,2.0]), self._func(1.0)*self._func(2.0), 8) 
     414         
     415    def test2Dphi(self): 
     416 
     417        x = 1.0 
     418        y = 2.0 
     419        r = math.sqrt(x**2 + y**2) 
     420        phi = math.atan2(y, x) 
     421         
     422        self.assertAlmostEquals(self.model.run([r, phi]), self._func(x)*self._func(y), 8) 
    422423         
    423424class TestFractalModel(unittest.TestCase): 
    … …  
    434435            bkd     =  background 
    435436    """ 
    436     def _func(self,p,s, bkd, x): 
    437         return p*s + bkd 
    438      
    439     def setUp(self): 
    440         from FractalModel import FractalModel 
     437    def setUp(self): 
     438        from sans.models.FractalModel import FractalModel 
    441439        self.model= FractalModel() 
    442440         
    443441    def test1D(self): 
    444          
    445         self.model.setParam('scale', 0.05)  
    446         self.model.setParam('Radius',5)  
    447         self.model.setParam('Fdim',2) 
    448         self.model.setParam('L', 100) 
    449         self.model.setParam('SDLB',2*math.exp(-6))  
    450         self.model.setParam('SDLS', 6.35*math.exp(-6))  
    451         self.model.setParam('bkd', 0.0) 
    452          
    453         s= 1 + (math.sin((2 - 1) * math.atan(2.0*100))* 2 * gamma(2-1))\ 
    454            /( math.pow( (2.0*5),2)*( 1 + 1/math.pow(((2.0**2)*(100**2)),(2-1)/2)))  
    455         v= (4/3)*math.pi *math.pow(5, 3) 
    456         f= ( math.sin(2.0*5)-(2.0*5)*math.cos(2.0*5) )/(3*math.pow(2.0*5, 3)) 
    457         p= 0.05 *(v**2)*(((2*math.exp(-6))-(6.35*math.exp(-6)))**2)*(f**2) 
     442        r0 = 5.0 
     443        sldp = 2.0e-6 
     444        sldm = 6.35e-6 
     445        phi = 0.05 
     446        Df = 2 
     447        corr = 100.0 
     448        bck = 1.0 
     449         
     450        x = 0.001 
     451         
     452        self.model.setParam('scale', phi)  
     453        self.model.setParam('Radius', r0)  
     454        self.model.setParam('fractal_dim',Df) 
     455        self.model.setParam('corr_length', corr) 
     456        self.model.setParam('block_sld', sldp)  
     457        self.model.setParam('solvent_sld', sldm)  
     458        self.model.setParam('background', bck) 
     459         
     460        pq = 1.0e8*phi*4.0/3.0*math.pi*r0*r0*r0*(sldp-sldm)*(sldp-sldm)*math.pow((3*(math.sin(x*r0) - x*r0*math.cos(x*r0))/math.pow((x*r0),3)),2); 
     461         
     462        sq = Df*math.exp(gammaln(Df-1.0))*math.sin((Df-1.0)*math.atan(x*corr)); 
     463        sq /= math.pow((x*r0),Df) * math.pow((1.0 + 1.0/(x*corr)/(x*corr)),((Df-1.0)/2.0)); 
     464        sq += 1.0; 
    458465        
    459         self.assertEqual(self.model._scatterRanDom(2.0),p ) 
    460         self.assertEqual(self.model._Block(2.0),s ) 
    461         self.assertEqual(self.model.run(2.0),self._func(p,s ,0.0,2.0)) 
    462          
    463 class TestUnifiedPowerLaw(unittest.TestCase): 
    464     """ 
    465         Unit tests for Unified PowerLaw function 
    466  
    467         F(x) =  bkd + sum(G[i]*exp(-x**2 *Rg[i]**2 /3)) \ 
    468           + [B[i]( erf(x*Rg[i]/math.sqrt(6)))** (3*p[i])]/x**p[i] ) 
    469          
    470     """ 
    471    
    472     def setUp(self): 
    473         from  UnifiedPowerLaw import  UnifiedPowerLawModel 
    474         self.model=  UnifiedPowerLawModel() 
    475          
    476     def _func(self,level,B,Rg,G,Pow,bkd, x): 
    477         return bkd + (B * math.pow(erf(x *Rg/math.sqrt(6)),3 *Pow))/math.pow(x,Pow) 
    478      
    479     def _Sum (self,level,x): 
    480         self.sum = 0 
    481         for i in xrange(level): 
    482             self.sum =self.sum +self.model.getParam('G'+str(i+1))*math.exp(-(x**2)*\ 
    483                          (self.model.getParam('Rg'+str(i+1))**2)/3) 
    484         return self.sum 
    485      
    486     def test1D(self): 
    487          
    488  
    489         self.model.setParam('bkd', 0.0) 
    490         #setValueParam(self,level,Bvalue,Rgvalue,Gvalue,Pvalue) 
    491         self.model.setValueParam(1,2,1,2,5) 
    492         self.model.setValueParam(2,3,12,8,9) 
    493         self.model.setValueParam(3,0,2,3,2) 
    494         self.model.setValueParam(4,1,4,1,-1) 
    495         self.model.setValueParam(5,1,4,1,-2) 
    496          
    497         self.assertEqual(self.model.getValue('P',1),5) 
    498         self.assertEqual(self.model.getValue('Rg',2),12) 
    499     
    500         value1 = self._func(1,2,1,2,5,0.0,1.0)+self._Sum(5,1.0) 
    501         value2 = self._func(2,3,12,8,9,0.0,1.0)+self._Sum(5,1.0) 
    502         value3 = self._func(3,0,2,3,2,0.0,1.0)+self._Sum(5,1.0) 
    503         value4 = self._func(4,1,4,1,-1,0.0,1.0)+self._Sum(5,1.0) 
    504         value5 = self._func(5,1,4,1,-2,0.0,1.0)+self._Sum(5,1.0) 
    505         self.assertEqual(self.model.run(1,1.0), value1) 
    506         self.assertEqual(self.model.run(2,1.0), value2) 
    507         self.assertEqual(self.model.run(3,1.0), value3) 
    508         self.assertEqual(self.model.run(4,1.0), value4) 
    509         self.assertEqual(self.model.run(5,1.0), value5) 
    510          
    511   
    512          
     466        self.assertAlmostEqual(self.model._scatterRanDom(x),pq, 8 ) 
     467         
     468        self.assertEqual(self.model._Block(x),sq ) 
     469         
     470        self.assertEqual(self.model.run(x), pq*sq+bck) 
    513471         
    514472if __name__ == '__main__': 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.