Changeset f1e0c1eb in sasview


Ignore:
Timestamp:
Jul 26, 2012 8:53:20 AM (12 years ago)
Author:
Kieran Campbell <kieranrcampbell@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
7fdb332
Parents:
32ea318
Message:

Added basic unit tests for star polymer model

Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • pr_inversion/test/test_output.txt

    r7578961 rf1e0c1eb  
    33#alpha=0.0007 
    44#chi2=836.797 
    5 #elapsed=0 
     5#elapsed=0.000865936 
    66#qmin=None 
    77#qmax=None 
    … …  
    1010#background=0 
    1111#has_bck=0 
    12 #alpha_estimate=4.58991e-006 
     12#alpha_estimate=4.58991e-06 
    1313#C_0=217.876478953+-2522.42314999 
    1414#C_1=0.30164617344+-226.644556603 

  • sansdataloader/test/write_test.xml

    r62dc94b rf1e0c1eb  
    22<SASroot version="1.0" xmlns="cansas1d/1.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="cansas1d/1.0 http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd"> 
    33        <SASentry> 
    4                 <Title> 
    5                         Test title 
    6                 </Title> 
    7                 <Run name="run name"> 
    8                         1234 
    9                 </Run> 
     4                <Title>Test title</Title> 
     5                <Run name="run name">1234</Run> 
    106                <SASdata> 
    117                        <Idata> 
    12                                 <Q unit="1/A"> 
    13                                         0.02 
    14                                 </Q> 
    15                                 <I unit="1/cm"> 
    16                                         1000.0 
    17                                 </I> 
    18                                 <Qdev unit="1/A"> 
    19                                         0.01 
    20                                 </Qdev> 
    21                                 <dQl unit="1/A"> 
    22                                         0.0 
    23                                 </dQl> 
    24                                 <dQw unit="1/A"> 
    25                                         0.0 
    26                                 </dQw> 
    27                                 <Idev unit="1/cm"> 
    28                                         3.0 
    29                                 </Idev> 
     8                                <Q unit="1/A">0.02</Q> 
     9                                <I unit="1/cm">1000.0</I> 
     10                                <Qdev unit="1/A">0.01</Qdev> 
     11                                <dQl unit="1/A">0.0</dQl> 
     12                                <dQw unit="1/A">0.0</dQw> 
     13                                <Idev unit="1/cm">3.0</Idev> 
    3014                        </Idata> 
    3115                        <Idata> 
    32                                 <Q unit="1/A"> 
    33                                         0.03 
    34                                 </Q> 
    35                                 <I unit="1/cm"> 
    36                                         1001.0 
    37                                 </I> 
    38                                 <Qdev unit="1/A"> 
    39                                         0.02 
    40                                 </Qdev> 
    41                                 <dQl unit="1/A"> 
    42                                         0.0 
    43                                 </dQl> 
    44                                 <dQw unit="1/A"> 
    45                                         0.0 
    46                                 </dQw> 
    47                                 <Idev unit="1/cm"> 
    48                                         4.0 
    49                                 </Idev> 
     16                                <Q unit="1/A">0.03</Q> 
     17                                <I unit="1/cm">1001.0</I> 
     18                                <Qdev unit="1/A">0.02</Qdev> 
     19                                <dQl unit="1/A">0.0</dQl> 
     20                                <dQw unit="1/A">0.0</dQw> 
     21                                <Idev unit="1/cm">4.0</Idev> 
    5022                        </Idata> 
    5123                </SASdata> 
    5224                <SASsample name="my sample"> 
    53                         <ID> 
    54                                 SI600-new-long 
    55                         </ID> 
    56                         <thickness unit="mm"> 
    57                                 1.03 
    58                         </thickness> 
    59                         <transmission> 
    60                                 0.327 
    61                         </transmission> 
    62                         <temperature unit="C"> 
    63                                 0.0 
    64                         </temperature> 
    65                         <details> 
    66                                 http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720 
    67                         </details> 
    68                         <details> 
    69                                 Some text here 
    70                         </details> 
     25                        <ID>SI600-new-long</ID> 
     26                        <thickness unit="mm">1.03</thickness> 
     27                        <transmission>0.327</transmission> 
     28                        <temperature unit="C">0.0</temperature> 
     29                        <details>http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720</details> 
     30                        <details>Some text here</details> 
    7131                        <position> 
    72                                 <x unit="mm"> 
    73                                         10.0 
    74                                 </x> 
    75                                 <y unit="mm"> 
    76                                         0.0 
    77                                 </y> 
     32                                <x unit="mm">10.0</x> 
     33                                <y unit="mm">0.0</y> 
    7834                        </position> 
    7935                        <orientation> 
    80                                 <roll unit="degree"> 
    81                                         22.5 
    82                                 </roll> 
    83                                 <pitch unit="degree"> 
    84                                         0.02 
    85                                 </pitch> 
     36                                <roll unit="degree">22.5</roll> 
     37                                <pitch unit="degree">0.02</pitch> 
    8638                        </orientation> 
    8739                </SASsample> 
    8840                <SASinstrument> 
    89                         <name> 
    90                                 canSAS instrument 
    91                         </name> 
     41                        <name>canSAS instrument</name> 
    9242                        <SASsource name="source name"> 
    93                                 <radiation> 
    94                                         neutron 
    95                                 </radiation> 
    96                                 <beam_shape> 
    97                                         disc 
    98                                 </beam_shape> 
     43                                <radiation>neutron</radiation> 
     44                                <beam_shape>disc</beam_shape> 
    9945                                <beam_size name="bm"> 
    100                                         <x unit="mm"> 
    101                                                 12.0 
    102                                         </x> 
    103                                         <y unit="mm"> 
    104                                                 13.0 
    105                                         </y> 
     46                                        <x unit="mm">12.0</x> 
     47                                        <y unit="mm">13.0</y> 
    10648                                </beam_size> 
    107                                 <wavelength unit="A"> 
    108                                         6.0 
    109                                 </wavelength> 
    110                                 <wavelength_min unit="nm"> 
    111                                         0.22 
    112                                 </wavelength_min> 
    113                                 <wavelength_max unit="nm"> 
    114                                         1.0 
    115                                 </wavelength_max> 
    116                                 <wavelength_spread unit="percent"> 
    117                                         14.3 
    118                                 </wavelength_spread> 
     49                                <wavelength unit="A">6.0</wavelength> 
     50                                <wavelength_min unit="nm">0.22</wavelength_min> 
     51                                <wavelength_max unit="nm">1.0</wavelength_max> 
     52                                <wavelength_spread unit="percent">14.3</wavelength_spread> 
    11953                        </SASsource> 
    12054                        <SAScollimation name="test coll name"> 
    121                                 <length unit="mm"> 
    122                                         123.0 
    123                                 </length> 
     55                                <length unit="mm">123.0</length> 
    12456                                <aperture name="source" type="radius"> 
    125                                         <distance unit="mm"> 
    126                                                 11000 
    127                                         </distance> 
     57                                        <distance unit="mm">11000</distance> 
    12858                                        <size> 
    129                                                 <x unit="mm"> 
    130                                                         50.0 
    131                                                 </x> 
     59                                                <x unit="mm">50.0</x> 
    13260                                        </size> 
    13361                                </aperture> 
    13462                                <aperture name="sample" type="radius"> 
    13563                                        <size name="size name"> 
    136                                                 <x unit="mm"> 
    137                                                         1.0 
    138                                                 </x> 
     64                                                <x unit="mm">1.0</x> 
    13965                                        </size> 
    14066                                </aperture> 
    14167                        </SAScollimation> 
    14268                        <SASdetector> 
    143                                 <name> 
    144                                         fictional hybrid 
    145                                 </name> 
    146                                 <SDD unit="mm"> 
    147                                         4150 
    148                                 </SDD> 
     69                                <name>fictional hybrid</name> 
     70                                <SDD unit="mm">4150</SDD> 
    14971                                <offset> 
    150                                         <x unit="m"> 
    151                                                 0.001 
    152                                         </x> 
    153                                         <y unit="m"> 
    154                                                 0.002 
    155                                         </y> 
     72                                        <x unit="m">0.001</x> 
     73                                        <y unit="m">0.002</y> 
    15674                                </offset> 
    15775                                <beam_center> 
    158                                         <x unit="mm"> 
    159                                                 322.64 
    160                                         </x> 
    161                                         <y unit="mm"> 
    162                                                 327.68 
    163                                         </y> 
     76                                        <x unit="mm">322.64</x> 
     77                                        <y unit="mm">327.68</y> 
    16478                                </beam_center> 
    16579                                <pixel_size> 
    166                                         <x unit="mm"> 
    167                                                 5.0 
    168                                         </x> 
    169                                         <y unit="mm"> 
    170                                                 5.0 
    171                                         </y> 
     80                                        <x unit="mm">5.0</x> 
     81                                        <y unit="mm">5.0</y> 
    17282                                </pixel_size> 
    17383                                <orientation> 
    174                                         <roll unit="degree"> 
    175                                                 1.0 
    176                                         </roll> 
    177                                         <pitch unit="degree"> 
    178                                                 0.0 
    179                                         </pitch> 
    180                                         <yaw unit="degree"> 
    181                                                 0.0 
    182                                         </yaw> 
     84                                        <roll unit="degree">1.0</roll> 
     85                                        <pitch unit="degree">0.0</pitch> 
     86                                        <yaw unit="degree">0.0</yaw> 
    18387                                </orientation> 
    18488                        </SASdetector> 
    18589                </SASinstrument> 
    18690                <SASprocess> 
    187                         <name> 
    188                                 spol 
    189                         </name> 
    190                         <date> 
    191                                 04-Sep-2007 18:35:02 
    192                         </date> 
    193                         <description> 
    194                                  
    195                         </description> 
    196                         <term name="radialstep" unit="mm"> 
    197                                 10.000 
    198                         </term> 
    199                         <term name="sector_width" unit="degree"> 
    200                                 180.0 
    201                         </term> 
    202                         <term name="sector_orient" unit="degree"> 
    203                                 0.0 
    204                         </term> 
    205                         <term name="MASK_file"> 
    206                                 USER:MASK.COM 
    207                         </term> 
    208                         <SASprocessnote> 
    209                                 AvA1 0.0000E+00 AsA2 1.0000E+00 XvA3 1.0526E+03 XsA4 
    210                                 5.2200E-02 XfA5 0.0000E+00 
    211                         </SASprocessnote> 
    212                         <SASprocessnote> 
    213                                 S... 13597 0 2.26E+02 2A 5mM 0%D2O Sbak 13594 0 1.13E+02 
    214                                 H2O Buffer 
    215                         </SASprocessnote> 
    216                         <SASprocessnote> 
    217                                 V... 13552 3 1.00E+00 H2O5m 
    218                         </SASprocessnote> 
     91                        <name>spol</name> 
     92                        <date>04-Sep-2007 18:35:02</date> 
     93                        <description></description> 
     94                        <term name="radialstep" unit="mm">10.000</term> 
     95                        <term name="sector_width" unit="degree">180.0</term> 
     96                        <term name="sector_orient" unit="degree">0.0</term> 
     97                        <term name="MASK_file">USER:MASK.COM</term> 
     98                        <SASprocessnote>AvA1 0.0000E+00 AsA2 1.0000E+00 XvA3 1.0526E+03 XsA4 
     99                                5.2200E-02 XfA5 0.0000E+00</SASprocessnote> 
     100                        <SASprocessnote>S... 13597 0 2.26E+02 2A 5mM 0%D2O Sbak 13594 0 1.13E+02 
     101                                H2O Buffer</SASprocessnote> 
     102                        <SASprocessnote>V... 13552 3 1.00E+00 H2O5m</SASprocessnote> 
    219103                </SASprocess> 
    220104                <SASprocess> 
    221                         <name> 
    222                                 NCNR-IGOR 
    223                         </name> 
    224                         <date> 
    225                                 03-SEP-2006 11:42:47 
    226                         </date> 
    227                         <description> 
    228                                  
    229                         </description> 
    230                         <term name="average_type"> 
    231                                 Circular 
    232                         </term> 
    233                         <term name="SAM_file"> 
    234                                 SEP06064.SA3_AJJ_L205 
    235                         </term> 
    236                         <term name="BKD_file"> 
    237                                 SEP06064.SA3_AJJ_L205 
    238                         </term> 
    239                         <term name="EMP_file"> 
    240                                 SEP06064.SA3_AJJ_L205 
    241                         </term> 
    242                         <term name="DIV_file"> 
    243                                 SEP06064.SA3_AJJ_L205 
    244                         </term> 
    245                         <term name="MASK_file"> 
    246                                 SEP06064.SA3_AJJ_L205 
    247                         </term> 
    248                         <term name="ABS:TSTAND"> 
    249                                 1 
    250                         </term> 
    251                         <term name="ABS:DSTAND" unit="mm"> 
    252                                 1 
    253                         </term> 
    254                         <term name="ABS:IZERO"> 
    255                                 230.09 
    256                         </term> 
    257                         <term name="ABS:XSECT" unit="mm"> 
    258                                 1 
    259                         </term> 
     105                        <name>NCNR-IGOR</name> 
     106                        <date>03-SEP-2006 11:42:47</date> 
     107                        <description></description> 
     108                        <term name="average_type">Circular</term> 
     109                        <term name="SAM_file">SEP06064.SA3_AJJ_L205</term> 
     110                        <term name="BKD_file">SEP06064.SA3_AJJ_L205</term> 
     111                        <term name="EMP_file">SEP06064.SA3_AJJ_L205</term> 
     112                        <term name="DIV_file">SEP06064.SA3_AJJ_L205</term> 
     113                        <term name="MASK_file">SEP06064.SA3_AJJ_L205</term> 
     114                        <term name="ABS:TSTAND">1</term> 
     115                        <term name="ABS:DSTAND" unit="mm">1</term> 
     116                        <term name="ABS:IZERO">230.09</term> 
     117                        <term name="ABS:XSECT" unit="mm">1</term> 
    260118                </SASprocess> 
    261119        </SASentry> 

  • sansmodels/src/c_models/starpolymer.cpp

    ra8d3b4f rf1e0c1eb  
    66 
    77**/ 
    8  
    98 
    109#include <math.h> 
    … …  
    2928 
    3029  double u = d_R2 * pow(q,2); 
    31   double v = pow(u,2) * d_arms / (3 * d_arms - 2); 
     30  double v = pow(u,2.0) * d_arms / (3.0 * d_arms - 2.0); 
    3231 
    33   double term1 = v - 1 + exp(-v); 
    34   double term2 = ((d_arms - 1)/2)* pow((1 - exp(-v)),2); 
     32  double term1 = v - 1.0 + exp(-v); 
     33  double term2 = ((d_arms - 1.0)/2.0)* pow((1.0 - exp(-v)),2.0); 
    3534 
    36   return 2 * d_scale / (d_arms * pow(v,2)) * (term1 + term2) + d_background; 
     35  return 2.0 * d_scale / (d_arms * pow(v,2.0)) * (term1 + term2) + d_background; 
    3736 
    3837} 

  • sansmodels/test/utest_nonshape.py

    r18e250c rf1e0c1eb  
    248248        value = self._func(self.scale, self.length, self.back, x)*self._func(self.scale, self.length, self.back, y) 
    249249        self.assertAlmostEquals(self.model.run([x, y]), value,1) 
    250          
     250 
     251 
    251252class TestPowerLaw(unittest.TestCase): 
    252253    """ 
    … …  
    521522if __name__ == '__main__': 
    522523    unittest.main() 
     524 

  • sansmodels/test/utest_other_models.py

    r279e371 rf1e0c1eb  
    12331233        """ Test DABModel at the critical point""" 
    12341234        self.assert_(numpy.isfinite(self.comp.run(0.0)))            
     1235 
     1236class TestStarPolymer(unittest.TestCase): 
     1237    """ Unit tests for StarPolymer""" 
     1238     
     1239    def setUp(self): 
     1240        from sans.models.StarPolymer import StarPolymer 
     1241        self.comp = StarPolymer() 
     1242        self.comp.setParam('arms',3.0) 
     1243        self.comp.setParam('scale',5.0) 
     1244        self.comp.setParam('background',1.0) 
     1245        self.comp.setParam('R2',100.0) 
     1246         
     1247         
     1248    def test1D(self): 
     1249        """ Test 1D model for a StarPolymer""" 
     1250        # our variables 
     1251        q = 0.001 
     1252        rg = 100.0 
     1253        f = 3.0 
     1254        bkg = 1.0 
     1255        scale = 5.0 
     1256 
     1257        # equation set up 
     1258        u = rg * q * q 
     1259        v = u * u * f / (3*f - 2) 
     1260        p = 2 / (f * v * v) 
     1261        temp = v - 1 + math.exp(-v) 
     1262        temp += (f - 1)/2 * math.pow(1 - math.exp(-v), 2) 
     1263        p *= (temp * scale) 
     1264        p += bkg 
     1265         
     1266        self.assertAlmostEquals(self.comp.run(q), p, 5) 
     1267         
     1268    def test1D_2(self): 
     1269        """ Test 2D model for a StarPolymer""" 
     1270        qx = 0.001 
     1271        qy = 1.3 
     1272        q = math.sqrt(qx*qx + qy*qy) 
     1273        rg = 100.0 
     1274        f = 3.0 
     1275        bkg = 1.0 
     1276        scale = 5.0 
     1277 
     1278        # equation set up 
     1279        u = rg * q * q 
     1280        v = u * u * f / (3*f - 2) 
     1281        p = 2 / (f * v * v) 
     1282        temp = v - 1 + math.exp(-v) 
     1283        temp += (f - 1)/2 * math.pow(1 - math.exp(-v), 2) 
     1284        p *= (temp * scale) 
     1285        p += bkg 
     1286 
     1287        self.assertAlmostEqual(self.comp.runXY([0.001, 1.3]), p, 5) 
    12351288              
    12361289     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.