Changes in / [a95ae9a:ef3e09b] in sasview


Ignore:
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/source/user/opencl_installation.rst

    r6e0c7b2 r6673d2f  
    1414 
    1515    * Go to: Start -> Control Panel -> Administrative Tools 
    16     * Double Click on Computer Managment 
     16    * Double Click on Computer Management 
    1717    * Click on Device Manager 
    1818    * Click open Display Adapters 
    … …  
    3232Windows 
    3333========= 
    34     Depeneding on the graphic card on your system, drivers 
     34    Depending on the graphic card on your system, drivers 
    3535    can be obtained from different sources: 
    3636 

  • docs/sphinx-docs/source/user/sasgui/guiframe/data_formats_help.rst

    r49148bb r756f288  
    33.. This is a port of the original SasView html help file to ReSTructured text 
    44.. by S King, ISIS, during SasView CodeCamp-III in Feb 2015. 
     5.. WG Bouwman, DUT, added during CodeCamp-V in Oct 2016 the SESANS data format 
    56 
    67.. _Formats: 
    … …  
    910============ 
    1011 
    11 SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q) and 2D (I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
     12SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q), 2D SANS(I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
     13and SESANS (P(z) vs z) 
    1214data files. But please note that SasView does not at present load data where 
    1315the Q and I(Q) data are in separate files. 
    1416 
    15 1D Formats 
    16 ---------- 
     171D Formats SANS 
     18--------------- 
    1719 
    1820SasView will read files with 2 to 4 columns of numbers in the following order:  
    … …  
    4648.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    4749 
    48 2D Formats 
    49 ---------- 
     502D Formats SANS 
     51--------------- 
    5052 
    5153SasView will only read files in the NIST 2D format with the extensions  
    … …  
    6062.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    6163 
    62 .. note::  This help document was last changed by Steve King, 01May2015 
     64Format SESANS 
     65--------------- 
     66 
     67The current file extension is .ses or .sesans (not case sensitive). 
     68 
     69The file format is to have a list of name-value pairs as a header at the top of the file, detailing general experimental parameters necessary for fitting and analyzing data. This list should contain all information necessary for the file to be 'portable' between users. 
     70 
     71Following that is a 6 column list of instrument experimental variables: 
     72 
     73- Spin echo length (z, in Angstroms) 
     74- Spin echo length error (:math:`\Delta` z, in Angstroms) (experimental resolution) 
     75- neutron wavelength (:math:`\lambda`, in Angstroms) (essential for ToF instruments) 
     76- neutron wavelength error (:math:`\Delta \lambda`, in Angstroms) 
     77- Normalized polarization (:math:`P/P_0`, unitless) 
     78- Normalized polarization error (:math:`\Delta(P/P_0)`, unitless) (measurement error) 
     79 
     80 
     81.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
     82 
     83.. note::  This help document was last changed by Wim Bouwman, 05Oct2016 

  • docs/sphinx-docs/source/user/user.rst

    r20a3c55 rbdae317  
    77   :maxdepth: 1 
    88 
    9    SasView Model Documentation <index> 
     9   Model Documentation <index> 
     10    
     11   Menu Bar <menu_bar> 
    1012 
    1113   Analysis <analysis> 
    … …  
    1416          
    1517   Working with SasView <working> 
    16  
    17    Computations with GPU <gpu_computations> 

  • docs/sphinx-docs/source/user/working.rst

    r3a6b10d rc43953ef  
    1616       
    1717   Tutorial <tutorial.rst> 
     18    
     19   Computations with a GPU <gpu_computations> 
     20    

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_manager.py

    rc8a641e8 r3fac0df  
    13451345        self._help_menu.Append(wx_id, '&Documentation', '') 
    13461346        wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onSphinxDocs) 
     1347        self._help_menu.AppendSeparator() 
    13471348 
    13481349        if config._do_tutorial and (IS_WIN or sys.platform == 'darwin'): 
    1349             self._help_menu.AppendSeparator() 
    13501350            wx_id = wx.NewId() 
    13511351            self._help_menu.Append(wx_id, '&Tutorial', 'Software tutorial') 
    13521352            wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onTutorial) 
     1353            self._help_menu.AppendSeparator() 
     1354 
    13531355 
    13541356        if config._do_acknowledge: 
    1355             self._help_menu.AppendSeparator() 
    13561357            wx_id = wx.NewId() 
    13571358            self._help_menu.Append(wx_id, '&Acknowledge', 'Acknowledging SasView') 
    13581359            wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onAcknowledge) 
     1360            self._help_menu.AppendSeparator() 
     1361 
    13591362 
    13601363        if config._do_aboutbox: 
     1364            logging.info("Doing help menu") 
     1365            wx_id = wx.NewId() 
     1366            self._help_menu.Append(wx_id, '&About', 'Software information') 
     1367            wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onAbout) 
    13611368            self._help_menu.AppendSeparator() 
    1362             self._help_menu.Append(wx.ID_ABOUT, '&About', 'Software information') 
    1363             wx.EVT_MENU(self, wx.ID_ABOUT, self._onAbout) 
     1369 
    13641370 
    13651371        # Checking for updates 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    r6c382da rc65a265  
    15211521                self.fitrange = False 
    15221522 
    1523             if not self.data.is_data: 
    1524                 is_modified = True 
    1525  
    15261523            ## if any value is modify draw model with new value 
    15271524            if not self.fitrange: 
    … …  
    15391536                self._draw_model() 
    15401537                self.Refresh() 
     1538 
     1539        logging.info("is_modified flag set to %g",is_modified) 
    15411540        return is_modified 
    15421541 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    r7673ecd rca4d985  
    313313        """ 
    314314        event_id = event.GetId() 
    315         self.update_custom_combo()         
     315        self.update_custom_combo() 
    316316 
    317317    def update_custom_combo(self): 
    … …  
    342342                                page.formfactorbox.SetLabel(current_val) 
    343343        except: 
    344             pass 
    345  
     344            logging.error("update_custom_combo: %s", sys.exc_value) 
    346345 
    347346    def set_edit_menu(self, owner): 
    … …  
    16661665        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="update")) 
    16671666 
     1667    def create_theory_1D(self, x, y, page_id, model, data, state, 
     1668                         data_description, data_id, dy=None): 
     1669        """ 
     1670            Create a theory object associate with an existing Data1D 
     1671            and add it to the data manager. 
     1672            @param x: x-values of the data 
     1673            @param y: y_values of the data 
     1674            @param page_id: fit page ID 
     1675            @param model: model used for fitting 
     1676            @param data: Data1D object to create the theory for 
     1677            @param state: model state 
     1678            @param data_description: title to use in the data manager 
     1679            @param data_id: unique data ID 
     1680        """ 
     1681        new_plot = Data1D(x=x, y=y) 
     1682        if dy is None: 
     1683            new_plot.is_data = False 
     1684            new_plot.dy = numpy.zeros(len(y)) 
     1685            # If this is a theory curve, pick the proper symbol to make it a curve 
     1686            new_plot.symbol = GUIFRAME_ID.CURVE_SYMBOL_NUM 
     1687        else: 
     1688            new_plot.is_data = True 
     1689            new_plot.dy = dy 
     1690        new_plot.interactive = True 
     1691        new_plot.dx = None 
     1692        new_plot.dxl = None 
     1693        new_plot.dxw = None 
     1694        _yaxis, _yunit = data.get_yaxis() 
     1695        _xaxis, _xunit = data.get_xaxis() 
     1696        new_plot.title = data.name 
     1697        new_plot.group_id = data.group_id 
     1698        if new_plot.group_id == None: 
     1699            new_plot.group_id = data.group_id 
     1700        new_plot.id = data_id 
     1701        # Find if this theory was already plotted and replace that plot given 
     1702        # the same id 
     1703        self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data.id) 
     1704 
     1705        if data.is_data: 
     1706            data_name = str(data.name) 
     1707        else: 
     1708            data_name = str(model.__class__.__name__) 
     1709 
     1710        new_plot.name = data_description + " [" + data_name + "]" 
     1711        new_plot.xaxis(_xaxis, _xunit) 
     1712        new_plot.yaxis(_yaxis, _yunit) 
     1713        self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot, 
     1714                                                  fid=data.id) 
     1715        self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot, 
     1716                                   state=state) 
     1717        return new_plot 
     1718 
    16681719    def _complete1D(self, x, y, page_id, elapsed, index, model, 
    16691720                    weight=None, fid=None, 
    16701721                    toggle_mode_on=False, state=None, 
    16711722                    data=None, update_chisqr=True, 
    1672                     source='model', plot_result=True): 
    1673         """ 
    1674         Complete plotting 1D data 
     1723                    source='model', plot_result=True, 
     1724                    unsmeared_model=None, unsmeared_data=None, 
     1725                    unsmeared_error=None, sq_model=None, pq_model=None): 
     1726        """ 
     1727            Complete plotting 1D data 
     1728            @param unsmeared_model: fit model, without smearing 
     1729            @param unsmeared_data: data, rescaled to unsmeared model 
     1730            @param unsmeared_error: data error, rescaled to unsmeared model 
    16751731        """ 
    16761732        try: 
    16771733            numpy.nan_to_num(y) 
    1678  
    1679             new_plot = Data1D(x=x, y=y) 
    1680             new_plot.is_data = False 
    1681             new_plot.dy = numpy.zeros(len(y)) 
    1682             new_plot.symbol = GUIFRAME_ID.CURVE_SYMBOL_NUM 
    1683             _yaxis, _yunit = data.get_yaxis() 
    1684             _xaxis, _xunit = data.get_xaxis() 
    1685             new_plot.title = data.name 
    1686  
    1687             new_plot.group_id = data.group_id 
    1688             if new_plot.group_id == None: 
    1689                 new_plot.group_id = data.group_id 
    1690             new_plot.id = str(page_id) + " " + data.name 
    1691             #if new_plot.id in self.color_dict: 
    1692             #    new_plot.custom_color = self.color_dict[new_plot.id] 
    1693             #find if this theory was already plotted and replace that plot given 
    1694             #the same id 
    1695             self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data.id) 
    1696  
    1697             if data.is_data: 
    1698                 data_name = str(data.name) 
    1699             else: 
    1700                 data_name = str(model.__class__.__name__) 
    1701  
    1702             new_plot.name = model.name + " [" + data_name + "]" 
    1703             new_plot.xaxis(_xaxis, _xunit) 
    1704             new_plot.yaxis(_yaxis, _yunit) 
    1705             self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot, 
    1706                                                       fid=data.id) 
    1707             self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot, 
    1708                                        state=state) 
     1734            new_plot = self.create_theory_1D(x, y, page_id, model, data, state, 
     1735                                             data_description=model.name, 
     1736                                             data_id=str(page_id) + " " + data.name) 
     1737            if unsmeared_model is not None: 
     1738                self.create_theory_1D(x, unsmeared_model, page_id, model, data, state, 
     1739                                      data_description=model.name + " unsmeared", 
     1740                                      data_id=str(page_id) + " " + data.name + " unsmeared") 
     1741 
     1742                self.create_theory_1D(x, unsmeared_data, page_id, model, data, state, 
     1743                                      data_description="Data unsmeared", 
     1744                                      data_id="Data  " + data.name + " unsmeared", 
     1745                                      dy=unsmeared_error) 
     1746                 
     1747            if sq_model is not None and pq_model is not None: 
     1748                self.create_theory_1D(x, sq_model, page_id, model, data, state, 
     1749                                      data_description=model.name + " S(q)", 
     1750                                      data_id=str(page_id) + " " + data.name + " S(q)") 
     1751                self.create_theory_1D(x, pq_model, page_id, model, data, state, 
     1752                                      data_description=model.name + " P(q)", 
     1753                                      data_id=str(page_id) + " " + data.name + " P(q)") 
     1754 
     1755 
    17091756            current_pg = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id) 
    17101757            title = new_plot.title 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/plugin.rst

    re925f61 rcbbb6a4  
    4848- If necessary use underscore to separate words (i.e. barbell not BarBell or 
    4949  broad_peak not BroadPeak) 
    50 - Do not include “model” in the name (i.e. barbell not BarBellModel) 
     50- Do not include “modelâ€ￜ in the name (i.e. barbell not BarBellModel) 
    5151 
    5252 
    … …  
    644644- a dictionary of parameter values. This can be {} using the default 
    645645  parameters, or filled with some parameters that will be different 
    646   from the default, such as {‘radius’:10.0, ‘sld’:4}. Unlisted parameters 
     646  from the default, such as {‘radius’:10.0, ‘sld’:4}. Unlisted parameters 
    647647  will be given the default values. 
    648648- the input $q$ value or tuple of $(q_x, q_y)$ values. 
    … …  
    664664 
    665665If you are editing your model from the SasView GUI, you can test it 
    666 by selecting *Run > Compile* from the *Model Editor* menu bar. An 
     666by selecting *Run > Check Model* from the *Model Editor* menu bar. An 
    667667*Info* box will appear with the results of the compilation and a 
    668668check that the model runs. 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/model_thread.py

    r934ce649 rca4d985  
    77import math 
    88from sas.sascalc.data_util.calcthread import CalcThread 
     9from sas.sascalc.fit.MultiplicationModel import MultiplicationModel 
    910 
    1011class Calc2D(CalcThread): 
    … …  
    166167        index = (self.qmin <= self.data.x) & (self.data.x <= self.qmax) 
    167168 
     169        # If we use a smearer, also return the unsmeared model 
     170        unsmeared_output = None 
     171        unsmeared_data = None 
     172        unsmeared_error = None 
    168173        ##smearer the ouput of the plot 
    169174        if self.smearer is not None: 
    … …  
    171176                                                             self.qmax) 
    172177            mask = self.data.x[first_bin:last_bin+1] 
    173             output[first_bin:last_bin+1] = self.model.evalDistribution(mask) 
    174             output = self.smearer(output, first_bin, last_bin) 
     178            unsmeared_output = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     179            unsmeared_output[first_bin:last_bin+1] = self.model.evalDistribution(mask) 
     180            output = self.smearer(unsmeared_output, first_bin, last_bin) 
     181             
     182            # Rescale data to unsmeared model 
     183            unsmeared_data = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     184            unsmeared_error = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     185            unsmeared_data[first_bin:last_bin+1] = self.data.y[first_bin:last_bin+1]\ 
     186                                                    * unsmeared_output[first_bin:last_bin+1]\ 
     187                                                    / output[first_bin:last_bin+1] 
     188            unsmeared_error[first_bin:last_bin+1] = self.data.dy[first_bin:last_bin+1]\ 
     189                                                    * unsmeared_output[first_bin:last_bin+1]\ 
     190                                                    / output[first_bin:last_bin+1] 
     191            unsmeared_output=unsmeared_output[index] 
     192            unsmeared_data=unsmeared_data[index] 
     193            unsmeared_error=unsmeared_error 
    175194        else: 
    176195            output[index] = self.model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
     196 
     197        sq_model = None 
     198        pq_model = None 
     199        if isinstance(self.model, MultiplicationModel): 
     200            sq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     201            pq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     202            sq_model[index] = self.model.s_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
     203            pq_model[index] = self.model.p_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    177204 
    178205        elapsed = time.time() - self.starttime 
    … …  
    187214                      data=self.data, 
    188215                      update_chisqr=self.update_chisqr, 
    189                       source=self.source) 
     216                      source=self.source, 
     217                      unsmeared_model=unsmeared_output, 
     218                      unsmeared_data=unsmeared_data, 
     219                      unsmeared_error=unsmeared_error, 
     220                      pq_model=pq_model, 
     221                      sq_model=sq_model) 
    190222 
    191223    def results(self): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.